Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/tenericutes

Acholeplasma brassicae

abra opérons

Lien tableur: abra opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

T1. abra opérons, Acholeplasma brassicae
35.8%GC	15.8.19 Paris	45	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
	253257..253430	CDS		86	86			58
	253517..253601	tac		214
	253816..255351	16s		137				1536
	255489..255565	atc		88
	255654..258507	23s		34				2854
	258542..258652	5s		11				111
	258664..258740	aac		149
	258890..259000	5s		11				111
	259012..259088	aac		860	860
	259949..260053	CDS		432				35
	260486..262021	16s		137				1536
	262159..262235	atc		88
	262324..265177	23s		34				2854
	265212..265322	5s	@1	14				111
	265337..265412	gta		44			44
	265457..265532	aca		11			11
	265544..265619	aaa		7			7
	265627..265713	tta		8			8
	265722..265797	gca		72			72
	265870..265946	atgj		7			7
	265954..266030	atgi		44			44
	266075..266165	tca		8			8
	266174..266250	atgf		4			4
	266255..266330	gac		11			11
	266342..266417	ttc		137	137
	266555..267409	CDS						285

	582446..584125	CDS		49	49			560
	584175..584260	ctc		170	170
	584431..586110	CDS						560

	625631..626317	CDS		84	84			229
comp	626402..626476	ggc		66		66
comp	626543..626619	cca		17		17
comp	626637..626713	cga		13		13
comp	626727..626802	gac		149	149
	626952..627599	CDS						216

	633526..634710	CDS		63	63			395
comp	634774..634847	acc		76	76
	634924..636651	CDS						576

	755442..756548	CDS		64	64			369
comp	756613..756688	aag		130	130
	756819..757373	CDS						185

	807788..808216	CDS		108	108			143
	808325..808401	aga		216	216
	808618..808854	CDS						79

	829563..829871	CDS		155	155			103
	830027..830102	agg		27	27
	830130..831458	CDS						443

comp	1176200..1176799	CDS		398	398			200
comp	1177198..1177291	tcg		8		8
comp	1177300..1177375	gcc		569	569
comp	1177945..1179252	CDS						436

	1187918..1188148	CDS		382	382			77
	1188531..1188621	tcc		66	66
	1188688..1189761	CDS						358

comp	1194077..1194568	CDS		206	206			164
comp	1194775..1194859	ttg		10	10
comp	1194870..1196045	CDS						392

comp	1251487..1252329	CDS		68	68			281
	1252398..1252472	gtc		44	44
comp	1252517..1252873	CDS						119

comp	1416224..1416484	CDS		301	301			87
comp	1416786..1416859	tgc		92	92
comp	1416952..1418427	CDS						492

comp	1427372..1427890	CDS	@2	379	379			173
comp	1428270..1428343	gga		9		9
comp	1428353..1428429	cca		1		1
comp	1428431..1428507	cgt		8		8
comp	1428516..1428591	gaa		73	73
comp	1428665..1429210	CDS						182

comp	1431948..1432259	CDS		96	96			104
comp	1432356..1432432	aac		11
comp	1432444..1432554	5s		34				111
comp	1432589..1435442	23s		158				2854
comp	1435601..1437135	16s		432				1535
comp	1437568..1437672	CDS		860	860			35
comp	1438533..1438609	aac		11
comp	1438621..1438731	5s	@3	149				111
comp	1438881..1438957	aac		11
comp	1438969..1439079	5s		34				111
comp	1439114..1441967	23s		159				2854
comp	1442127..1443662	16s		431	431			1536
comp	1444094..1444624	CDS						177

comp	1532381..1533052	CDS		262	262			224
comp	1533315..1533399	cta		46	46
comp	1533446..1535560	CDS						705

comp	1540295..1540534	CDS		171	171			80
comp	1540706..1540780	tgg		47	47
comp	1540828..1541754	CDS		137	137			309
	1541892..1541967	cac		63		63
	1542031..1542104	caa		37	37
comp	1542142..1542357	CDS						72

comp	1716869..1717186	CDS		854	854			106
comp	1718041..1718116	acg		87	87
comp	1718204..1718947	CDS						248

comp	1742909..1743664	CDS		487	487			252
comp	1744152..1744227	gaa		109	109
comp	1744337..1744720	CDS						128

comp	1747424..1747726	CDS		100	100			101
comp	1747827..1747919	agc		102	102
comp	1748022..1750199	CDS						726

abra cumuls

Lien tableur: abra cumuls

cumuls. abra.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1	1	0	1	0	1		100	8	30	0
	16 23 5s 0	0	20	5	7	50	7	20		200	13	60	3
	16 atc 235 a	2	40	0	0	100	12	40		300	7	90	5
	16 23 5s a	2	60	0	2	150	7	60		400	4	120	5
	max a	12	80	2	1	200	3	80		500	3	150	2
	a doubles	0	100	0	0	250	2	100		600	3	180	3
	autres	0	120	0	0	300	1	120		700	0	210	3
	total aas	19	140	0	0	350	1	140		800	2	240	3
sans	opérons	18	160	0	0	400	3	160		900	0	270	2
	1 aa	14	180	0	0	450	1	180		1000	0	300	2
	max a	4	200	0	0	500	1	200		1100	0	330	0
	a doubles	0		0	0		4				0		12
	total aas	26		8	10		36		0		35		28
total aas		45
remarques		3
avec jaune			moyenne				209				254
			variance				226				187
sans jaune			moyenne	23	22		131				201		148
			variance	26	23		101				127		74

abra blocs

Lien tableur: abra blocs

T1. abra blocs, Acholeplasma brassicae
CDS	86	58
tac	214
16s	137	1536
atc	88
23s	34	2854
5s	11	111
aac	149
5s	11	111
aac	860
CDS	432	35
16s	137	1536
atc	88
23s	34	2854
5s	14	111
gta	44

CDS	96	104
aac	11
5s	34	111
23s	158	2854
16s	432	1535
CDS	860	35
aac	11
5s	149	111
aac	11
5s	34	111
23s	159	2854
16s	431	1536
CDS		177

abra remarques

Lien tableur: abra remarques
Remarques: comme apal sans doubles mais avec 4 blocs à rRNAs au lieu de 2, 2 de type atc et non atcgca et 2 de type 16s23s5s.
1. @ séquence de 11 aas d’un bloc à rRNAs de type atc et 2ème bloc de même type avec aac-5s après 5s et tac avant 16s.
2. @ séquence de 4 aas dans un bloc sans rRNA comme apal, sans doubles. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
3. @ 2 blocs de type 16s23s5s dont un avec aac-5s après le 5s. Avec le aac du 2ème bloc on a 5 aas aac.
Séquences des doubles: aucun double, comme apal. Tous les doubles de ce génomes sont séparés.
Code génétique de abra:
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
- - totaux en en-tête, 45 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 45 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

T1 abra, Acholeplasma brassicae
g1		t1				45	45
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	2	j acc	1	aac	5	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	2	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg

abra distribution

Lien tableur: abra distribution
Légende:
- en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
Notes:
- 12 *, >1aa a un total de 12 dont gac et gaa qui se trouvent dans 2

T1 abra, Acholeplasma brassicae. tenericutes.
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	2	j acc	1	aac	5	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	2	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	1	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
abra	12 *	14		16	1	2	45

abra intercalaires entre cds

Lien NCBI
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

abra les fréquences

Lien tableur: abra intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 13.12.20.

abra Les fréquences des intercalaires entre cds
abra	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5
	négatif	417	24.4	négatif	-10	12	-1 à -73	1,877,792	-1	417
	zéro	13	0.8					intercals	0	13
	1 à 200	1055	61.6	0 à 200	65	57		135,857	5	157
	201 à 370	121	7.1	201 à 370	265	48		7%	10	56
	371 à 600	42	2.5	371 à 600	442	62			15	94
	601 à max	19	1.1	601 à 1230	852	195			20	42
	total 1667	<201	86.7	total 1665	79	132	-73 à 1230		25	40
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	21
1537782	1230	-1	417	-70	3		0	13	35	24
1707618	1229	0	13	-60	9		-1	68	40	27
1578501	1176	1	58	-50	2		-2	0	45	26
1526950	1027	2	41	-40	2		-3	0	50	28
87364	968	3	22	-30	6	min à -1	-4	143	55	29
826414	926	4	29	-20	27	417	-5	2	60	20
171283	878	5	7	-10	83	24.4%	-6	0	65	30
1768322	822	6	6	0	298		-7	1	70	27
819242	821	7	4	10	213		-8	70	75	22
1769594	816	8	15	20	136		-9	1	80	27
158518	793	9	18	30	61		-10	3	85	22
1412625	756	10	13	40	51	1 à 100	-11	34	90	19
968622	741	11	19	50	54	757	-12	1	95	16
1738100	729	12	34	60	49	45%	-13	1	100	17
816181	706	13	13	70	57		-14	25	105	17
1683910	675	14	14	80	49		-15	0	110	26
1186776	646	15	14	90	41		-16	1	115	25
1529536	628	16	7	100	33		-17	17	120	20
133841	619	17	7	110	43		-18	0	125	26
1183129	595	18	11	120	45		-19	1	130	17
1861159	579	19	8	130	43		-20	12	135	18
615740	575	20	9	140	31		-21	0	140	13
1171702	555	21	7	150	40		-22	1	145	21
1525837	555	22	7	160	36		-23	6	150	19
153593	526	23	15	170	15	1 à 200	-24	1	155	20
1714960	500	24	6	180	22	1055	-25	1	160	16
1842150	494	25	5	190	23	62%	-26	5	165	7
1168850	483	26	7	200	13		-27	0	170	8
1834829	483	27	5	210	11		-28	0	175	10
556334	476	28	2	220	16		-29	1	180	12
151602	474	29	3	230	10		-30	0	185	13
493661	465	30	4	240	10	0 à 200	-31	1	190	10
1274718	449	31	4	250	7	1068	-32	1	195	10
1681282	446	32	410	260	11		total	30	200	3
1503782	443	33	4	270	10		reste	20	205	5
178131	441	34	4	280	8			430	210	6
1728410	438	35	4	290	4				215	12
1022865	434	36	9	300	5		intercal	fréquencef	220	4
36959	428	37	6	310	1		600	1648	225	1
		38	6	320	10		620	1	230	9
		39	3	330	4		640	1	235	7
		40	3	340	1	201 à 370	660	1	240	3
		reste	776	350	3	121	680	1	245	2
		total	1667	360	4	7.1%	700		250	5
				370	6		720	1	255	8
adresse	intercaln	décalage	long	380	5		740	1	260	3
1040608	-92	shift2	815	390	4		760	2	265	7
1766313	-86	shift2	1001	400	5		780		270	3
1083669	-73	shift2	816	410	4		800	1	275	7
169623	-67	shift2	654	420	2		820	1	280	1
353304	-67	shift2	864	430	3		840	2	285	1
758070	-67	shift2	864	440	2		860		290	3
891412	-67	shift2	864	450	4		880	1	295	3
1155286	-67	shift2	654	460	0		900		300	2
1646854	-67	shift2	864	470	1		920		305	0
1690631	-67	shift2	654	480	2		940	1	310	1
1714097	-67	shift2	864	490	2		960		315	7
1793555	-67	shift2	654	500	2		980	1	320	3
1485635	-59	shift2	629	510	0		1000		325	1
738923	-50	shift2	293	520	0		1020		330	3
1668172	-49	shift2	315	530	1		1040	1	335	0
1847532	-47	shift2	227	540	0	371 à 600		16	340	1
904492	-38	shift2	962	550	0	42			345	1
1129734	-38	shift2	413	560	2	2.5%			350	2
844539	-35			570	0				355	4
986747	-35			580	2	601 à max			360	0
1114675	-32			590	0	19			365	3
526681	-31			600	1	1.1%			370	3
1072749	-29			reste	19		reste	3	reste	61
251649	-26			total	1667		total	1667	total	1667

abra autres intercalaires

Lien tableur: abra autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

abra Les autres intercalaires.

abra1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	6032	39
	misc_binding	8642	66
fin	CDS	8909
deb	CDS	58474	199
	misc_binding	59219	96
fin	CDS	59565
deb	CDS	175843	64
	regulatory	176513	67
fin	CDS	176678
deb	CDS	226433	115
	regulatory	226962	128
fin	CDS	227191
deb	CDS	241700	14
	ncRNA	242173	222
fin	CDS	242490
deb	CDS	253260	86
	tRNA	253517	215
	rRNA	253817	145
	tRNA	255489	89
	rRNA	255655	35
	rRNA	258542	11
	tRNA	258664	149
	rRNA	258890	11
	tRNA	259012	860
deb	CDS	259949	433
	rRNA	260487	145
	tRNA	262159	89
	rRNA	262325	35
	rRNA	265212	14
	tRNA	265337	44
	tRNA	265457	11
	tRNA	265544	7
	tRNA	265627	8
	tRNA	265722	72
	tRNA	265870	7
	tRNA	265954	44
	tRNA	266075	8
	tRNA	266174	4
	tRNA	266255	11
	tRNA	266342	140
fin	CDS	266558
deb	CDS	296513	98
	misc_binding	297466	30
fin	CDS	297705
deb	CDS	326721	0
	misc_feature	327414	18
fin	CDS	327552
deb	CDS	574175	-5
	misc_binding	574941	43
fin	CDS	575188
deb	CDS	582446	49
	tRNA	584175	170
fin	CDS	584431
deb	CDS	625631	84
	tRNA	626402	66	comp
	tRNA	626543	17	comp
	tRNA	626637	13	comp
	tRNA	626727	149	comp
fin	CDS	626952

abra2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	633550	63
	tRNA	634774	76	comp
fin	CDS	634924
deb	CDS	690994	64
	regulatory	692351	55
fin	CDS	692502
deb	CDS	755442	64
	tRNA	756613	130	comp
fin	CDS	756819
deb	CDS	807788	108
	tRNA	808325	216
fin	CDS	808618
deb	CDS	818257	29	comp
	ncRNA	818478	-2	comp
fin	CDS	818548		comp
deb	CDS	829563	155
	tRNA	830027	27
fin	CDS	830130
deb	CDS	862237	104
	regulatory	863109	46
fin	CDS	863253
deb	CDS	951162	56
	misc_feature	951899	10
fin	CDS	952033
deb	CDS	979156	92
	ncRNA	980211	41	comp
fin	CDS	980585		comp
deb	CDS	1000286	45	comp
	misc_binding	1000883	36	comp
fin	CDS	1001128		comp
deb	CDS	1033802	48	comp
	regulatory	1034516	41	comp
	regulatory	1034632	43	comp
fin	CDS	1034750		comp
deb	CDS	1043459	55	comp
	regulatory	1044225	61	comp
fin	CDS	1044360		comp
deb	CDS	1055719	197	comp
	misc_binding	1056720	146	comp
fin	CDS	1057073
deb	CDS	1125033	53	comp
	misc_binding	1127681	34	comp
fin	CDS	1127899		comp
deb	CDS	1135303	71	comp
	regulatory	1136025	48	comp
fin	CDS	1136190		comp
deb	CDS	1176200	434	comp
	tRNA	1177198	8	comp
	tRNA	1177300	569	comp
fin	CDS	1177945		comp
deb	CDS	1187918	382
	tRNA	1188531	66
fin	CDS	1188688
deb	CDS	1194077	206	comp
	tRNA	1194775	10	comp
fin	CDS	1194870		comp

abra3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	1221355	217	comp
	tmRNA	1222634	262
fin	CDS	1223244
deb	CDS	1251487	68	comp
	tRNA	1252398	44
fin	CDS	1252517		comp
deb	CDS	1416224	301	comp
	tRNA	1416786	92	comp
fin	CDS	1416952		comp
deb	CDS	1427372	415	comp
	tRNA	1428270	9	comp
	tRNA	1428353	1	comp
	tRNA	1428431	8	comp
	tRNA	1428516	73	comp
fin	CDS	1428665		comp
deb	CDS	1431948	96	comp
	tRNA	1432356	11	comp
	rRNA	1432444	35	comp
	rRNA	1432590	167	comp
	rRNA	1435609	433	comp
deb	CDS	1437568	860	comp
	tRNA	1438533	11	comp
	rRNA	1438621	149	comp
	tRNA	1438881	11	comp
	rRNA	1438969	35	comp
	rRNA	1439115	168	comp
	rRNA	1442135	432	comp
fin	CDS	1444094		comp
deb	CDS	1453717	96	comp
	regulatory	1454971	38	comp
fin	CDS	1455181		comp
deb	CDS	1532381	262	comp
	tRNA	1533315	46	comp
fin	CDS	1533446		comp
deb	CDS	1540295	171	comp
	tRNA	1540706	47	comp
deb	CDS	1540828	137	comp
	tRNA	1541892	63
	tRNA	1542031	714
fin	CDS	1542819		comp
deb	CDS	1716869	854	comp
	tRNA	1718041	87	comp
fin	CDS	1718204		comp
deb	CDS	1729328	30	comp
	regulatory	1729649	73	comp
fin	CDS	1729832		comp
deb	CDS	1742909	493	comp
	tRNA	1744152	109	comp
fin	CDS	1744337		comp
deb	CDS	1747424	100	comp
	tRNA	1747827	102	comp
fin	CDS	1748022		comp
deb	CDS	1796937	102	comp
	regulatory	1799337	112	comp
fin	CDS	1799628		comp

abra intercalaires tRNA

Lien tableur: abra intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

 	deb	fin	total
<201	12	16	28
total	20	21	41
%	60	76	68

abra intercalaires tRNA

abra les relevés deb-fin
entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
44 11 7 8 72		86		860
7 44 8 4 11				140
		49		170
66 17 13	comp’	84	comp’	149
	comp’	63	comp’	76
	comp’	64	comp’	130
		108		216
		155		27
8		424		569
		382		66
		206		10
	comp’	68	comp’	44
		301		92
9 1 8		415		73
		96		860
		262		46
		171		47
63	comp’	137	comp’	714
		854		87
		493		109
		100		102

abra intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
49	10	deb
86	27	<201	7
96	46	total	15
100	47	%	47%
108	66
155	73	fin
171	87	<201	12
206	92	total	16
262	102	%	75%
301	109
382	140	total
415	170	<201	19
424	216	total	31
493	569	%	61%
854	860
_	860	comp’	cumuls
63	44	deb	100%
64	76
68	130	fin	80%
84	149
137	714	total	90%

abra intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre abra blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau abra autres intercalaires.
Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 430 pbs pour 3 blocs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 96 (adresse 1431948) et 140 (adresse 266342). Le cas des 2 autres cds est ambigu puisqu'ils sont en continu entre 2 blocs à rRNA, 860 pbs tous les 2 (adresses 259012 et 1437568). Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans abra cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		grand	petit
				
860	86		102	10
170	49		155	27
216	108		170	46
155	27		171	47
569	424		206	49
382	66		216	66
206	10		262	73
301	92		301	86
415	73		382	87
860	96		415	92
262	46		493	96
171	47		569	100
854	87		854	108
493	109		860	109
102	100		860	424

Acholeplasma palmae J233

apal opérons

Lien tableur: apal opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Tenericutes; Mollicutes; Acholeplasmatales; Acholeplasmataceae; Acholeplasma.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

T2. apal opérons, Acholeplasma palmae J233
29%GC	16.8.19 Paris	35	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
	161706..162593	CDS		132	132			296
	162726..162816	agc		9		9
	162826..162901	gaa		126	126
	163028..163522	CDS						165

comp	205002..205226	CDS		72	72			75
comp	205299..205373	tgg		73	73
comp	205447..206382	CDS		133	133			312
	206516..206591	cac		14		14
	206606..206680	caa		34		34
	206715..206797	cta		168	168
	206966..207208	CDS						81

	294770..296290	CDS		347	347			507
	296638..298160	16s		128				1523
	298289..301126	23s		34				2838
	301161..301268	5s		51				108
	301320..301396	aac		118	118
	301515..301835	CDS						107

	303638..304993	CDS		70	70			452
	305064..305139	gaa	@1	9		9
	305149..305225	cgt		71		71
	305297..305373	cca		13		13
	305387..305461	gga		86	86
	305548..308184	CDS						879

	326174..327313	CDS		91	91			380
	327405..327478	tgc		527	527
comp	328006..328539	CDS						178

	435096..436751	CDS		48	48			552
	436800..436885	ctc		214	214
	437100..438890	CDS						597

	441323..442294	CDS		38	38			324
comp	442333..442407	ggc		100	100
	442508..443650	CDS						381

	443640..444197	CDS		93	93			186
comp	444291..444364	acc		133	133
	444498..444695	CDS						66

	644468..646315	CDS		124	124			616
	646440..646516	aga		251	251
	646768..647322	CDS						185

	669786..670511	CDS		45	45			242
	670557..670632	cgg		1
	670634..670722	tcc		133	133
	670856..671359	CDS						168

comp	837575..837796	CDS		157	157			74
comp	837954..838029	aag		214	214
	838244..838888	CDS						215

comp	1172026..1173090	CDS		112	112			355
comp	1173203..1173285	ttg		82	82
comp	1173368..1175038	CDS						557

comp	1456398..1457315	CDS		72	72			306
comp	1457388..1457463	gac		40	40
comp	1457504..1458355	CDS		154	154			284
comp	1458510..1458585	ttc		7			7
comp	1458593..1458668	gac		4			4
comp	1458673..1458749	atgf		55			55
comp	1458805..1458895	tca		22			22
comp	1458918..1458994	atgi		4			4
comp	1458999..1459075	atgj		45			45
comp	1459121..1459196	gca		5			5
comp	1459202..1459286	tta		20			20
comp	1459307..1459382	aaa		6			6
comp	1459389..1459464	aca		15			15
comp	1459480..1459555	gta		21
comp	1459577..1459684	5s	@2	34				108
comp	1459719..1462556	23s		50				2838
comp	1462607..1462682	gca		6			6
comp	1462689..1462765	atc		110
comp	1462876..1464398	16s		206				1523
comp	1464605..1464688	tac		114	114

apal cumuls

Lien tableur: apal cumuls

cumuls. apal.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1	0	0	1	0	1		100	5	30	0
	16 23 5s 0	0	20	4	8	50	4	20		200	6	60	1
	16 atc gca	1	40	1	1	100	9	40		300	4	90	4
	16 23 5s a	1	60	0	2	150	9	60		400	5	120	1
	max a	14	80	1	0	200	3	80		500	1	150	0
	a doubles	0	100	0	0	250	2	100		600	4	180	3
	autres	0	120	0	0	300	1	120		700	1	210	2
	total aas	15	140	0	0	350	1	140		800	0	240	1
sans	opérons	14	160	0	0	400	0	160		900	1	270	1
	1 aa	9	180	0	0	450	0	180		1000	0	300	2
	max a	4	200	0	0	500	0	200		1100	0	330	2
	a doubles	0		0	0		1				0		10
	total aas	20		6	11		29		0		21		17
total aas		35
remarques		2
avec jaune			moyenne				136				307
			variance				100				208
sans jaune			moyenne	25	17		122				218		177
			variance	24	18		68				120		91

apal blocs

Lien tableur: apal blocs

T2. apal blocs, Acholeplasma palmae J233
gta	21		CDS	347
5s	34	108	16s	128	1523
23s	50	2838	23s	34	2838
gca	6		5s	51	108
atc	110		aac	118
16s	206	1523	CDS
tac	114
CDS

apal remarques

Lien tableur: apal remarques
Remarques: un génome avec très peu de tRNAs, 35, mais sont très regroupés, à peine 9 à 1 seul tRNA.
1. @ séquence de 4 aas sans rRNAs et sans doubles
2. @ séquence de 11 aas dans bloc à rRNAs et sans doubles. Les 2 blocs à rRNAs ont un aa avant 16s.
Séquence des doubles: aucun double malgré une séquence de 11 tRNAs.
Code génétique de apal:
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
- - totaux en en-tête, 35 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 35 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

T2 apal, Acholeplasma palmae J233
g1		t1				35	35
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	0	cac	1	cgt	1
h gtc		n gcc	0	gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	2	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag	1	agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg

apal distribution

Lien tableur: apal distribution
Légende:
- en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
Notes:
- 12 *, +5s a un total de 12 dont 1 gca, 3

- 9 *, 1aa a un total de 9 dont 1 gac, 2

T2 apal, Acholeplasma palmae J233. tenericutes.
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc		tac	1	tgc	1
f atc	2	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc		n gcc		gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	3	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag	1	agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
apal	9	9 *		12 *	1	4	35

tenericutes synthèse

Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo

tenericutes distribution par génome

Lien tableur: tenericutes distribution par génome

tenericutes distribution par génome
tener2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
abra	12	14		11	1	2		5	45
apal	9	9		11	1	4		1	35
total	21	23	0	22	2	6	0	6	80

tenericutes distribution du total

Lien tableur: tenericutes distribution du total
Légende:
- Couleurs du 1er tableau: voir bacilli

- Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau

- Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Tenericutes. Distribution du total.

tenericutes. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3.
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac		tgc	2
f atc		j acc	2	aac		agc	2
g ctc	2	f ccc		cac	2	cgc	2
h gtc	1	n gcc	1	gac	4	ggc	2
i tta	2	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	2	aga	2
k cta	2	g cca	3	caa	2	cga	1
l gta	2	o gca	2	gaa	4	gga	2
m ttg	2	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	2	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tener2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type	21	23		22			66

tenericutes. Distribution du total: +16s +5s <4 -16s
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac	2	tgc
f atc	4	j acc		aac	6	agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	2	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tener2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type				6	2	6	14

tenericutes. indices du 10.01.21 112 génomes
g1		t1		112	3536	0.9	0
a atgi	87	a tct		tat		atgf	96
b att	0.9	i act	20	aat		agt
c ctt	13	e cct		cat		cgc	38
d gtt		m gct		gat		ggt	0.9
e ttc	104	b tcc	40	tac	100	tgc	99
f atc	103	j acc	71	aac	104	agc	99
g ctc	32	f ccc		cac	100	cgt	72
h gtc	1.8	n gcc	0.9	gac	102	ggc	56
i tta	98	c tca	100	taa		tga	90
j ata	8.0	k aca	103	aaa	121	aga	103
k cta	100	g cca	99	caa	103	cga	38
l gta	105	o gca	104	gaa	104	gga	102
m ttg	98	d tcg	33	tag		tgg	100
n atgj	94	l acg	25	aag	62	agg	22
o ctg		h ccg		cag		cgg	2.7
p gtg		p gcg		gag		ggg	0.9
	inter		max		min		total

tenericutes distribution par type

Lien tableur: tenericutes distribution par type
Légende: voir bacilli

Tenericutes. Distribution par type.

tenericutes. distribution des solitaires
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	1	tac		tgc	2
f atc		j acc	2	aac		agc	1
g ctc	2	f ccc		cac		cgc
h gtc	1	n gcc		gac	1	ggc	1
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga	2
k cta	1	g cca		caa		cga
l gta		o gca		gaa	1	gga
m ttg	2	d tcg		tag		tgg	2
n atgj		l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tener2	1aa	23

tenericutes. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc		j acc		aac		agc	1
g ctc		f ccc		cac	2	cgc	2
h gtc		n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta	1	g cca	3	caa	2	cga	1
l gta		o gca		gaa	3	gga	2
m ttg		d tcg	1	tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tener2	>1aa	21

tenericutes. distribution du type +5s >3
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc		tac		tgc
f atc		j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac	2	ggc
i tta	2	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	2	aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta	2	o gca	2	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	2	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tener2	+5s	22

tenericutes par rapport au groupe de référence

Lien tableur: tenericutes par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence
	tener2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	7	3					10
16	moyen	13	4		10		6	33
14	fort	3	14		12	6	2	37
		23	21		22	6	8	80
10	g+cga	3	2					5
2	agg+cgg	1						1
4	carre ccc	3	1					4
5	autres
		7	3					10
		total tRNAs ‰
	tener2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	tener ‰	ref.‰
21	faible	88	38					125	26
16	moyen	163	50		125		75	413	324
14	fort	38	175		150	75	25	463	650
		288	263		275	75	100	80	729
10	g+cgg	38	25					63	10
2	agg+cga	13						13
4	carre ccc	38	13					50	16
5	autres
		88	38					125
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	tener2	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	159	68		227	26	30	14
16	moyen	295	91		386	324	57	19
14	fort	68	318		386	650	13	67
		523	477		44	729	23	21
10	g+cgg	68	45		114	10
2	agg+cga	23			23
4	carre ccc	68	23		91	16
5	autres
		159	68		227

tenericutes, estimation des -rRNAs

Lien tableur: tenericutes, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 10.1.21
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

tenericutes, calcul des -rRNAs

Lien tableur: tenericutes, calcul des -rRNAs

ten tenericutes 20 génomes

ten1 cumul des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 20 génomes
g1		t1
a atgi	5	a tct		tat		atgf	5
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	5	b tcc		tac	5	tgc
f atc	10	j acc		aac	11	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt
h gtc		n gcc		gac	5	ggc
i tta	5	c tca	5	taa		tga
j ata		k aca	6	aaa	7	aga
k cta	2	g cca		caa		cga
l gta	8	o gca	7	gaa	2	gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	5	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr20	inter		max		min		total
	39		54		0		93

ten2 indices du clade tenericutes du 10.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1				0.9	0
a atgi	87	a tct		tat		atgf	96
b att	0.9	i act	20	aat		agt
c ctt	13	e cct		cat		cgc	38
d gtt		m gct		gat		ggt	0.9
e ttc	104	b tcc	40	tac	100	tgc	99
f atc	103	j acc	71	aac	104	agc	99
g ctc	32	f ccc		cac	100	cgt	72
h gtc	1.8	n gcc	0.9	gac	102	ggc	56
i tta	98	c tca	100	taa		tga	90
j ata	8	k aca	103	aaa	121	aga	103
k cta	100	g cca	99	caa	103	cga	38
l gta	105	o gca	104	gaa	104	gga	102
m ttg	98	d tcg	33	tag		tgg	100
n atgj	94	l acg	25	aag	62	agg	22
o ctg		h ccg		cag		cgg	2.7
p gtg		p gcg		gag		ggg	0.9
gtRNA	inter		max		min		total
	1396		1371		329		3096

ten3 cumul des -rRNAs de l'annexe tenericutes 2 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	1	tac		tgc	2
f atc		j acc	2	aac		agc	2
g ctc	2	f ccc		cac	2	cgt	2
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	2
i tta	0	c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga	2
k cta	2	g cca	3	caa	2	cga	1
l gta		o gca		gaa	4	gga	2
m ttg	2	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj		l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr2	inter		max		min		total
	17		17		10		44

ten4 indices des +rRNAs de la fiche tenericutes pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	25	a tct		tat		atgf	25
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	25	b tcc		tac	25	tgc
f atc	50	j acc		aac	55	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt
h gtc		n gcc		gac	25	ggc
i tta	25	c tca	25	taa		tga
j ata		k aca	30	aaa	35	aga
k cta	10	g cca		caa		cga
l gta	40	o gca	35	gaa	10	gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	25	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr20	inter		max		min		total
	195		270		0		465

ten5 estimation des -rRNA du clade tenericutes pour 100 génomes
g1		t1				0.9	0
a atgi	62	a tct		tat		atgf	71
b att	0.9	i act	20	aat		agt
c ctt	13	e cct		cat		cgc	38
d gtt		m gct		gat		ggt	0.9
e ttc	79	b tcc	40	tac	75	tgc	99
f atc	53	j acc	71	aac	49	agc	99
g ctc	32	f ccc	0	cac	100	cgt	72
h gtc	1.8	n gcc	0.9	gac	77	ggc	56
i tta	73	c tca	75	taa		tga	90
j ata	8	k aca	73	aaa	86	aga	103
k cta	90	g cca	99	caa	103	cga	38
l gta	65	o gca	69	gaa	94	gga	102
m ttg	98	d tcg	33	tag		tgg	100
n atgj	69	l acg	25	aag	62	agg	22
o ctg	0	h ccg	0	cag	0	cgg	2.7
p gtg	0	p gcg	0	gag	0	ggg	0.9
-rRNA	inter		max		min		total
	1201		1101		349		2651

ten6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc	50	tac		tgc	100
f atc		j acc	100	aac		agc	100
g ctc	100	f ccc		cac	100	cgt	100
h gtc	50	n gcc	50	gac	100	ggc	100
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga	100
k cta	100	g cca	150	caa	100	cga	50
l gta		o gca		gaa	200	gga	100
m ttg	100	d tcg	50	tag		tgg	100
n atgj		l acg	50	aag	100	agg	50
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr2	inter		max		min		total
	850		850		500		2200

tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: tenericutes, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- ten7. diff, somme des couleurs de ten7. La différence entre tRNAs est faite entre ten5 et ten6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- ten8. rap, rapport des sommes couleurs ten5/ten2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de ten5 sur celui de ten2.
Fréquences des différences en % du tableau ten7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	7	9	1	4	3	2	2	1	0	0	19	0	48
tot ≤ 50						19

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 23% en dessous de celle de la fiche des tenericutes.

tRNAs		fiche		annexe
sans		569		44
avec		93		36
genomes		20		2
indice %	28		22

ten tenericutes 20 génomes

ten7 tenericutes, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	100	a tct		tat		atgf	100
b att		i act	100	aat		agt
c ctt	100	e cct		cat		cgc	100
d gtt		m gct		gat		ggt	100
e ttc	100	b tcc	20	tac	100	tgc	1
f atc	100	j acc	29	aac	100	agc	1
g ctc	68	f ccc		cac	0	cgt	28
h gtc	96	n gcc	98	gac	23	ggc	44
i tta	100	c tca	100	taa		tga	100
j ata	100	k aca	100	aaa	100	aga	3
k cta	10	g cca	34	caa	3	cga	24
l gta	100	o gca	100	gaa	53	gga	2
m ttg	2	d tcg	34	tag		tgg	0
n atgj	100	l acg	50	aag	38	agg	56
o ctg		h ccg		cag		cgg	100
p gtg		p gcg		gag		ggg	100
diff	inter		max		min		total
	66		187		441		693

ten8 tenericutes, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi	71	a tct		tat		atgf	74
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	76	b tcc		tac	75	tgc
f atc	51	j acc		aac	47	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt
h gtc		n gcc		gac	75	ggc
i tta	74	c tca	75	taa		tga
j ata		k aca	71	aaa	71	aga
k cta	90	g cca		caa		cga
l gta	62	o gca	66	gaa	90	gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	73	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	86		80		106		86

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