Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Les autres bactéries

Fiche mémoire sur Les autres bactéries

Fiche en préparation

Paris le 7.2.20

tenericutes

tener blocs

Lien tableur: tener blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

tener blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	tn001-108					Notes
tn001	tac-16s-atc-235-aac-5s-aac	4	46	19	27			16s23s5s	16-atc-35	16s23s, 5s	avant
	16s-atc-235-11aas						sans	12		5	2	1-3
	16s23s5s-aac						1-3	4			4	2*16s23s5s-aac
	16s23s5s-aac-5s-aac						11aas		4		1	16s23s5s-aac-5s-aac
												16s23s5s-aac-gaa
tn003	tac-16atcgca235-11aas	2	35	15	20	32	total	16	4	5	7
	16s23s5s-aac											avant
												tac-16atcgca235-11aas
tn004	tac-16s-atc-235-gta-aac	2	32	16	16							tac-16s-atc-235-aac-5s-aac
	16s-atc-235-11aas											2*tac-16s-atc-235-gta-aac
												tac-16s-atc-235-aac
tn005	16s23s5s	1	28	0	28							6aas-16s23s5s
												aaa-cta-16s23s5s
tn008	tac-16s-atc-235-aac	2	35	15	20
	16s-atc-235-11aas											5s de trop
												16s23s5s-aac-5s-aac
tn012	6aas-16s23s5s	2	29	6	23							tac-16s-atc-235-aac-5s-aac
	16s23s5s											16s°aac-gaa-5s
												5s
tn014	16s23s5s-aac-gaa	1	40	4	36
	16s°aac-gaa-5s

tn018	16s23s, 5s	1	34	0	34
	5s

tn026	16s23s5s	2	31	2	29
	aaa-cta-16s23s5s

tn030	16s23s, 5s	1	29	0	29

tn038	16s23s5s	2	33	0	33
	16s23s, 5s

tn050	16s23s5s	1	36	0	36

tn066	16s23s, 5s	1	31	0	31
tn075	16s23s, 5s	1	28	0	28
tn078	2*16s23s5s	2	31	0	31

tn086	16s23s5s	1	37	0	37

tn097	tac-16s-atc-235-gta-aac	2	32	16	16
	16s-atc-235-11aas

tn098	16s23s5s	1	31	0	31
tn102	16s23s5s	1	34	0	34
tn108	2*16s23s5s	2	30	0	30
		32
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total clade	Total					Notes
20								16s23s5s	16-atc-35	16s23s, 5s	avant
	Total		662	93	569		sans	12		5	2	1-3
	Moyenne		33	5	28		1-3	4			4	2*16s23s5s-aac
	ecartype		4	7	6		11aas		4		1	16s23s5s-aac-5s-aac
	max		46	19	37							16s23s5s-aac-gaa
	min		28	0	16	32	total	16	4	5	7
												avant
												tac-16atcgca235-11aas
												tac-16s-atc-235-aac-5s-aac
												2*tac-16s-atc-235-gta-aac
	blocs	32										tac-16s-atc-235-aac
	génomes	20										6aas-16s23s5s
	aas longs	6 / 6										aaa-cta-16s23s5s
	1-3 aac	10
	16s23s5s	23										5s de trop
	16-atc-35	8										16s23s5s-aac-5s-aac
	16-atcgca-35	1										tac-16s-atc-235-aac-5s-aac
												16s°aac-gaa-5s
												5s

tener notes

Lien tableur: tener notes
Légende: tn001 génome (voir noms), comp pour complement, intercal pour intercalaire en pbs, et long longueur en pbs.

DUF951		DUF951 domain-containing protein
cobalamin	ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase
DegV		DegV family protein
cobyrinic	cob(I)yrinic acid a,c-diamide adenosyltransferase
N-acetyl	N-acetyltransferase
ABCu		ABC transporter permease subunit
P-ligase	proline--tRNA ligase
DUF2963		DUF2963 domain-containing protein
NADP		NAD(P)-dependent oxidoreductase
THF		methylenetetrahydrofolate dehydrogenase
ABCs		substrate ABC transporter permease

tener Notes
tn001			16s-atc-235-11aas			tn003
tac-16s-atc-235-aac-5s-aac		intercal	long pbs	protéine		tac-16atcgca235-11aas		intercal	long pbs	protéine
	cds	86	174	DUF951		comp	cds	154	852	NADP
	tac	214	85			comp	ttc	7	76
	16s	137	1536			comp	gac	4	76
	atc	88	77			comp	atgf	55	77
	23s	34	2854			comp	tca	22	91
	5s	11	111			comp	atgi	4	77
	aac	149	77			comp	atgj	45	77
	5s	11	111			comp	gca	5	76
	aac	860	77			comp	tta	20	85
	cds	432	105	cobalamin		comp	aaa	6	76
	16s	137	1536			comp	aca	15	76
	atc	88	77			comp	gta	21	76
	23s	34	2854			comp	5s	34	108
	5s	14	111			comp	23s	50	2838
	gta	44	76			comp	gca	6	76
	aca	11	76			comp	atc	110	77
	aaa	7	76			comp	16s	206	1523
	tta	8	87			comp	tac	114	84
	gca	72	76			comp	cds		171	DUF951
	atgj	7	77			tn004
	atgi	44	77			16s-atc-235-11aas		intercal	long pbs	protéine
	tca	8	91				cds	729	582	hp
	atgf	4	77				16s	98	1539
	gac	11	76				atc	54	77
	ttc	137	76				23s	19	2891
	cds		855	DegV			5s	25	109
2*16s23s5s		intercal	long pbs	protéine			gta	53	76
comp	cds	96	312	N-acetyl			aca	7	76
comp	aac	11	77				aaa	61	76
comp	5s	34	111				tta	8	86
comp	23s	158	2854				gca	38	76
comp	16s	432	1535				atgj	1	77
comp	cds	860	105	cobalamin			atgi	6	77
comp	aac	11	77				tca	17	91
comp	5s	149	111				atgf	5	77
comp	aac	11	77				gac	2	76
comp	5s	34	111				ttc	324	76
comp	23s	159	2854			comp	cds		735	ABCu
comp	16s	431	1536			tn012
comp	cds		531	cobyrinic		6aas-16s23s5s		intercal	long pbs	protéine
tn008							cds	148	861	THF
16s-atc-235-11aas		intercal	long pbs	protéine			aac	8	76
comp	cds	1035	2811	hp			gaa	9	76
comp	ttc	0	76				gta	9	76
comp	gac	7	76				aca	116	76
comp	atgf	20	77				aaa	4	76
comp	tca	7	91				cta	264	84
comp	atgi	1	77				16s	207	1528
comp	atgj	22	77				23s	249	2736
comp	gca	6	76				5s	97	103
comp	tta	17	86				cds		1593	ABCs
comp	aaa	2	76			tn014			16s°aac-gaa-5s
comp	aca	50	76			16s23s5s-aac-gaa		intercal	long pbs	protéine
comp	gta	21	76			comp	cds	178	597	hp
comp	5s	26	106			comp	gaa	8	77
comp	23s	55	2866			comp	aac	67	77
comp	atc	61	77			comp	5s	0	91
comp	16s	2069	1537			comp	16s°	745	381
comp	cds		246	DUF2963		comp	gaa	8	77
tn086						comp	aac	67	77
16s23s5s		intercal	long pbs	protéine		comp	5s	33	108
	cds	570	423	hp		comp	23s	143	2861
comp	ncRNA	199	833			comp	16s	478	1544
	16s	-445	1513			comp	cds		1287	P-ligase
comp	ncRNA	221	456
	23s	-262	2905
comp	ncRNA	70	229
	5s	183	108
	cds		765	hp
tn097					cds–11 aas	tn001	tn003	tn004	tn008	tn097
16s-atc-235-11aas		intercal	long pbs	protéine		intercal	intercal	intercal	intercal	intercal
	cds	217	186	hp	cds	137	154	324	1035	217
comp	ttc	2	76		ttc	11	7	2	0	2
comp	gac	5	76		gac	4	4	5	7	5
comp	atgf	17	77		atgf	8	55	17	20	17
comp	tca	7	91		tca	44	22	6	7	7
comp	atgi	1	77		atgi	7	4	1	1	1
comp	atgj	38	77		atgj	72	45	38	22	38
comp	gca	4	76		gca	8	5	8	6	4
comp	tta	66	86		tta	7	20	61	17	66
comp	aaa	7	76		aaa	11	6	7	2	7
comp	aca	52	76		aca	44	15	53	50	52
comp	gta	25	76		gta	14	21	25	21	25
comp	5s	19	109		5s	34	34	19	26	19
comp	23s	54	2890		23s	88	50	54	55	54
comp	atc	102	77		atc	137	-	98	61	102
comp	16s	734	1535		16s	432	-	729	2069	734
comp	cds		582	hp	cds

tener typage

Lien tableur: tener typage

tener type 16-y-235 après 16s

Type

type		tableau	avant 16s	total	%
16s23s5s	16	2		18	56
atc		4	4		8	25
atcgca		1	1		3
16s23s, 5s	5			5	16
total		25	7		32

tener type 16235-z après 5s

Type: Les 5 blocs 11aas sont tous identiques, voir tener notes
gta-aca-aaa-tta-gca-atgj-atgi-tca-atgf-gac-ttc

type		tableau	avant 16s	total	%
aac		2	1		3	23
aac-5s-aac	1	1		2	15
aac-gaa		1			1	8
gta-aac			2		2	15
11aas		4	1		5	38
total		8	5		13	
sans		12	7		19

tRNA

tRNA		total	%
aac		10	67
gaa		1	7
gta		2	13
5s		2	13
total		15

tener type x-16235 avant 16s

Type; Voir tener notes pour le blocs 6aas. Il a une séquence de 3 aas qui se trouve dans les 11aas de 16s23s5s-z, gta-aca-aaa.
aac-gaa-gta-aca-aaa-cta

type		tableau
tac		5
aaa-cta		1
6aas		1

tener noms

Lien tableur: tener noms
Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le 4.9.19 Paris.
Légende:
- notes
- - 31*2, à partir de gtRNAdb et la méthode de construction de la liste des noms, le même noms peut regrouper quelques échantillons ayant le même nombre de tRNAs.
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes tener

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           3579
génomes		ruptures	faits	total
 		58		20	111

F. Noms des tener
ruptures	notes	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1		644	1	tn001	§46	Acholeplasma brassicae O502
1				tn002	§36	Acholeplasma laidlawii PG-8A
1		222	1	tn003	§35	Acholeplasma palmae J233
1		222	1	tn004	§32	Aster yellows witches-broom phytoplasma AYWB
1		111	1	tn005	§28	Candidatus Hepatoplasma crinochetorum Av
1				tn006	§31	Candidatus Mycoplasma girerdii VCU M1
1				tn007	§33	Candidatus Mycoplasma haemolamae str. Purdue
1		222	1	tn008	§35	Candidatus Phytoplasma australiense
1				tn009	§32	Candidatus Phytoplasma mali AT
1				tn010	§8	Candidatus Phytoplasma solani 231/09
1				tn011	§27	Candidatus Phytoplasma solani 284/09
1		222	1	tn012	§29	Mesoplasma florum L1 ATCC 33453
				tn013	29	Mesoplasma florum W37
1		211	1	tn014	§40	Mollicutes bacterium HR1
1				tn015	§34	Mycoplasma agalactiae 5632
				tn016	34	Mycoplasma agalactiae PG2
1				tn017	§33	Mycoplasma arthritidis 158L3-1
1		211	1	tn018	§34	Mycoplasma bovis CQ-W70
				tn019	34	Mycoplasma bovis HB0801
				tn020	34	Mycoplasma bovis Hubei-1
				tn021	34	Mycoplasma bovis PG45
1				tn022	§30	Mycoplasma bovoculi M165/69
1				tn023	§32	Mycoplasma californicum HAZ160 1
				tn024	32	Mycoplasma californicum ST-6
1				tn025	§32	Mycoplasma canadense HAZ360 1
1		222	1	tn026	§31	Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343
				tn027	31	Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae 87001
				tn028	31	Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae F38
				tn029	31	Mycoplasma capricolum subsp. capripneumoniae ILRI181
1		111	1	tn030	§29	Mycoplasma conjunctivae HRC/581T
1				tn031	§34	Mycoplasma crocodyli MP145
1				tn032	§30	Mycoplasma cynos C142
1				tn033	§32	Mycoplasma dispar ATCC 27140
1				tn034	§36	Mycoplasma fermentans JER
				tn035	36	Mycoplasma fermentans M64
				tn036	36	Mycoplasma fermentans PG18
1				tn037	§30	Mycoplasma flocculare ATCC 27399 Ms42
1		222	1	tn038	§33	Mycoplasma gallisepticum CA06 2006.052-5-2P
				tn039	33	Mycoplasma gallisepticum NC06 2006.080-5-2P
				tn040	33	Mycoplasma gallisepticum NC08 2008.031-4-3P
				tn041	33	Mycoplasma gallisepticum NC95 13295-2-2P
				tn042	33	Mycoplasma gallisepticum NC96 1596-4-2P
				tn043	33	Mycoplasma gallisepticum NY01 2001.047-5-1P
				tn044	33	Mycoplasma gallisepticum S6
				tn045	32	Mycoplasma gallisepticum str. F
				tn046	32	Mycoplasma gallisepticum str. Rhigh
				tn047	32	Mycoplasma gallisepticum str. Rlow
				tn048	33	Mycoplasma gallisepticum VA94 7994-1-7P
				tn049	33	Mycoplasma gallisepticum WI01 2001.043-13-2P
1		111	1	tn050	§36	Mycoplasma genitalium G37 G-37
				tn051	36	Mycoplasma genitalium M2288
				tn052	36	Mycoplasma genitalium M2321
				tn053	36	Mycoplasma genitalium M6282
				tn054	36	Mycoplasma genitalium M6320
1				tn055	§32	Mycoplasma haemocanis str. Illinois
1				tn056	§32	Mycoplasma haemofelis Ohio2
				tn057	32	Mycoplasma haemofelis str. Langford 1
1				tn058	§33	Mycoplasma hominis AF1
				tn059	33	Mycoplasma hominis ATCC 23114
				tn060	33	Mycoplasma hominis ATCC 27545 LBD-4
1				tn061	§31	Mycoplasma hyopneumoniae 168
				tn062	31	Mycoplasma hyopneumoniae 168-L
				tn063	31	Mycoplasma hyopneumoniae 232
				tn064	31	Mycoplasma hyopneumoniae 7422
				tn065	31	Mycoplasma hyopneumoniae 7448
		111	1	tn066	31	Mycoplasma hyopneumoniae J
1				tn067	§30	Mycoplasma hyorhinis DBS 1050
				tn068	30	Mycoplasma hyorhinis GDL-1
				tn069	30	Mycoplasma hyorhinis HUB-1
				tn070	30	Mycoplasma hyorhinis MCLD
				tn071	30	Mycoplasma hyorhinis SK76
1				tn072	§31	Mycoplasma leachii 99/014/6
				tn073	31	Mycoplasma leachii PG50
1				tn074	§17	Mycoplasma meleagridis B2096 8B
1		111	1	tn075	§28	Mycoplasma mobile 163K
1				tn076	§31	Mycoplasma mycoides subsp. capri LC str. 95010
	31*2			tn077	62	Mycoplasma mycoides subsp. capri str. GM12
		222	1	tn078	31	Mycoplasma mycoides subsp. mycoides izsam mm5713
				tn079	31	Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. Gladysdale
				tn080	31	Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1
1				tn081	§31	Mycoplasma ovis str. Michigan
1				tn082	§32	Mycoplasma parvum str. Indiana
1				tn083	§30	Mycoplasma penetrans HF-2
1				tn084	§36	Mycoplasma pneumoniae 309
				tn085	36	Mycoplasma pneumoniae FH
		111	1	tn086	37	Mycoplasma pneumoniae M129 ATCC 29342
				tn087	37	Mycoplasma pneumoniae M129-B7
				tn088	37	Mycoplasma pneumoniae M29
1				tn089	§31	Mycoplasma putrefaciens KS1
				tn090	31	Mycoplasma putrefaciens Mput9231
1				tn091	§32	Mycoplasma suis KI3806
				tn092	32	Mycoplasma suis str. Illinois
1				tn093	§34	Mycoplasma synoviae 53
				tn094	34	Mycoplasma synoviae ATCC 25204 WVU1853
1				tn095	§32	Mycoplasma wenyonii str. Massachusetts
1				tn096	§31	Mycoplasma yeatsii GM274B
1		222	1	tn097	§32	Onion yellows phytoplasma OY-M onion yellows
1		111	1	tn098	§31	Spiroplasma apis B31
1				tn099	§33	Spiroplasma chrysopicola DF-1
1				tn100	§30	Spiroplasma culicicola AES-1
1				tn101	§30	Spiroplasma diminutum CUAS-1
1		111	1	tn102	§34	Spiroplasma mirum ATCC 29335
				tn103	34	Spiroplasma mirum ATCC 29335 SMCA
1				tn104	§30	Spiroplasma sabaudiense Ar-1343
1				tn105	§32	Spiroplasma syrphidicola EA-1
1				tn106	§30	Spiroplasma taiwanense CT-1
1				tn107	§22	Ureaplasma diversum ATCC 49782
1		222	1	tn108	§30	Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815
				tn109	30	Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970
				tn110	30	Ureaplasma parvum serovar 3 SV3F4
1				tn111	§30	Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699
58			20

Chlamydiae

chlam blocs

Lien tableur: chlam blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

chlam blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	chl001-124				Notes
chl001	2*16s23s5s	2	35	0	35			16s23s5s	6-gcaatc-35	avant
	16s°-23s°-5s						sans	10	2	5	avant
							1-3				5*cac-16s235
chl002	cac-16s235	1	39	1	38						cac en direct et le reste en comp
chl003	2*16s23s5s	2	37	0	37	17	total	10	2	5	les intercalaires sont très variables
											entre 422-822
chl009	cac-16s235	1	38	1	37
chl012	cac-16s235	1	38	1	37						autres incomplets
chl029	cac-16s235	1	37	1	36						16s°-23s°-5s

chl118	16s23s5s	1	38	0	38						5s de trop
chl120	cac-16s235	1	38	1	37						16s-gcaatc-235-5s
chl121	16s23s5s	1	38	0	38
chl122	2*16s23s5s	3	41	2	39
	16s-gcaatc-235-5s

chl123	16s23s5s	1	35	0	35
chl124	16s23s5s	2	37	2	35
	16s-gcaatc-235
		17
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	chl001-124				Notes
12								16s23s5s	6-gcaatc-35	avant
							sans	10	2	5	avant
	Moyenne		38	1	37		1-3				5*cac-16s235
	ecartype		2	1	1						cac en direct et le reste en comp
	max		41	2	39	17	total	10	2	5	les intercalaires sont très variables
	min		35	0	35						entre 422-822

	blocs	17									autres incomplets
	génomes	12									16s°-23s°-5s
	cds	0
	devant	0									5s de trop
	avant	5									16s-gcaatc-235-5s
	16s23s5s	15

chlam notes

Lien tableur: chlam notes
avant 16s: Sur 17 blocs 16s seulement 5 ont cac en avant avec changement de sens comp/direct. Les intercalaires cac-16s sont très variables

chl012	comp	16s		1023009..1024561	813
		cac		1025375..1025448		

chl029	comp	16s		133365..133438		532
		cac		133971..135520		

chl002	comp	16s		721467..723020		679
		cac		723700..723775		

chl009	comp	16s		962658..964211		422
		cac		964634..964707		

chl120	comp	16s		1023977..1025529	822
		cac		1026352..1026425

autres incomplets: taille des rRNAs modifiés, s° ribosomal RNA rRNA prediction is too short.

autre incomplet		 intercalaire		long pbs	protéines
chl001	
	comp	cds		77		294		hp
	comp	5s		130		115	
	comp	23s°		0		809	
	comp	16s°		619		927	
		cds				837		fasciclin domain-containing protein

chlam typage

Lien tableur: chlam typage
Type 16-y-235 après 16s

type		tableau	avant 16s	total	%
16s23s5s	10	5		15	88
gcaatc		2			2	12
total		12	5		17

Type 16235-z après 5s, un seul 5s.
Type x-16235 avant 16s, 5 cac, tous sur le brin opposé, 5 génomes, voir chlam notes

chlam noms

Lien tableur: chlam noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- notes
- - 37*3, à partir de gtRNAdb et la méthode de construction de la liste des noms, le même noms peut regrouper quelques échantillons ayant le même nombre de tRNAs.
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes chlam

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           4762
génomes		ruptures	faits	total
 		12		12	124

F. Noms des chlam
ruptures	notes	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1		322	1	chl001	35	Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25
1		111	1	chl002	39	Chlamydia avium 10DC88
1		222	1	chl003	37	Chlamydia muridarum MopnTet14
	37*3			chl004	111	Chlamydia muridarum Nigg3
				chl005	37	Chlamydia muridarum str. Nigg
				chl006	37	Chlamydia muridarum str. Nigg 2 MCR
				chl007	37	Chlamydia muridarum str. Nigg CM972
				chl008	37	Chlamydia muridarum str. Nigg3 CMUT3-5
1		111	1	chl009	38	Chlamydia pecorum P787
				chl010	38	Chlamydia pecorum PV3056/3
				chl011	38	Chlamydia pecorum W73
1		111	1	chl012	38	Chlamydia psittaci 01DC11
				chl013	38	Chlamydia psittaci 01DC12
				chl014	38	Chlamydia psittaci 02DC15
				chl015	38	Chlamydia psittaci 08DC60
	2*38			chl016	76	Chlamydia psittaci 6BC
				chl017	38	Chlamydia psittaci 84/55
				chl018	38	Chlamydia psittaci C19/98
				chl019	38	Chlamydia psittaci CP3
				chl020	38	Chlamydia psittaci GR9
				chl021	38	Chlamydia psittaci M56
				chl022	38	Chlamydia psittaci Mat116
				chl023	38	Chlamydia psittaci MN
				chl024	38	Chlamydia psittaci NJ1
				chl025	37	Chlamydia psittaci RD1
				chl026	38	Chlamydia psittaci VS225
				chl027	38	Chlamydia psittaci WC
				chl028	38	Chlamydia psittaci WS/RT/E30
1		111	1	chl029	37	Chlamydia trachomatis 434/Bu
				chl030	37	Chlamydia trachomatis 6276
				chl031	37	Chlamydia trachomatis 6276s
				chl032	37	Chlamydia trachomatis 70
				chl033	37	Chlamydia trachomatis 70s
				chl034	37	Chlamydia trachomatis A/363
				chl035	37	Chlamydia trachomatis A/5291
				chl036	37	Chlamydia trachomatis A/7249
				chl037	37	Chlamydia trachomatis A/HAR-13
	2*37			chl038	74	Chlamydia trachomatis A2497
				chl039	37	Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT
				chl040	37	Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT
				chl041	37	Chlamydia trachomatis C/TW-3
				chl042	37	Chlamydia trachomatis D-EC
				chl043	37	Chlamydia trachomatis D-LC
				chl044	37	Chlamydia trachomatis D/13-96
				chl045	37	Chlamydia trachomatis D/14-96
				chl046	37	Chlamydia trachomatis D/SotonD1
				chl047	37	Chlamydia trachomatis D/SotonD5
				chl048	37	Chlamydia trachomatis D/SotonD6
				chl049	37	Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX
				chl050	37	Chlamydia trachomatis Ds2923
				chl051	37	Chlamydia trachomatis E/11023
				chl052	36	Chlamydia trachomatis E/12-94
				chl053	37	Chlamydia trachomatis E/150
				chl054	37	Chlamydia trachomatis E/Bour
				chl055	37	Chlamydia trachomatis E/C599
				chl056	37	Chlamydia trachomatis E/SotonE4
				chl057	37	Chlamydia trachomatis E/SotonE8
				chl058	37	Chlamydia trachomatis E/SW3
				chl059	37	Chlamydia trachomatis F/1-93
				chl060	37	Chlamydia trachomatis F/11-96
				chl061	37	Chlamydia trachomatis F/2-93
				chl062	37	Chlamydia trachomatis F/6-94
				chl063	37	Chlamydia trachomatis F/SotonF3
				chl064	37	Chlamydia trachomatis F/SW4
				chl065	37	Chlamydia trachomatis F/SW5
				chl066	37	Chlamydia trachomatis F/SWFPminus
				chl067	37	Chlamydia trachomatis G/11074
				chl068	37	Chlamydia trachomatis G/11222
				chl069	37	Chlamydia trachomatis G/9301
				chl070	37	Chlamydia trachomatis G/9768
				chl071	37	Chlamydia trachomatis G/SotonG1
				chl072	37	Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1
				chl073	37	Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3
				chl074	37	Chlamydia trachomatis Ia20-97
				chl075	37	Chlamydia trachomatis IU824
				chl076	37	Chlamydia trachomatis IU888
				chl077	38	Chlamydia trachomatis J/27-97
				chl078	37	Chlamydia trachomatis J/31-98
				chl079	37	Chlamydia trachomatis J/6276tet1
				chl080	37	Chlamydia trachomatis K/SotonK1
				chl081	37	Chlamydia trachomatis L1/115
				chl082	37	Chlamydia trachomatis L1/1322/p2
				chl083	37	Chlamydia trachomatis L1/224
				chl084	37	Chlamydia trachomatis L1/440/LN
				chl085	37	Chlamydia trachomatis L2/25667R
				chl086	37	Chlamydia trachomatis L2/434/Buf
				chl087	37	Chlamydia trachomatis L2/434/Bui
				chl088	37	Chlamydia trachomatis L2b/795
				chl089	37	Chlamydia trachomatis L2b/8200/07
				chl090	37	Chlamydia trachomatis L2b/Ams1
				chl091	37	Chlamydia trachomatis L2b/Ams2
				chl092	37	Chlamydia trachomatis L2b/Ams3
				chl093	37	Chlamydia trachomatis L2b/Ams4
				chl094	37	Chlamydia trachomatis L2b/Ams5
				chl095	37	Chlamydia trachomatis L2b/Canada1
				chl096	37	Chlamydia trachomatis L2b/Canada2
				chl097	37	Chlamydia trachomatis L2b/CS19/08
				chl098	37	Chlamydia trachomatis L2b/CS784/08
				chl099	37	Chlamydia trachomatis L2b/CV204
				chl100	37	Chlamydia trachomatis L2b/LST
				chl101	37	Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis
				chl102	37	Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2
				chl103	37	Chlamydia trachomatis L2c
				chl104	37	Chlamydia trachomatis L2tet1
				chl105	37	Chlamydia trachomatis L3/404/LN
				chl106	37	Chlamydia trachomatis RC-F/69
				chl107	37	Chlamydia trachomatis RC-Fs/342
				chl108	37	Chlamydia trachomatis RC-Fs/852
				chl109	37	Chlamydia trachomatis RC-J/943
				chl110	37	Chlamydia trachomatis RC-J/953
				chl111	37	Chlamydia trachomatis RC-J/966
				chl112	37	Chlamydia trachomatis RC-J/971
				chl113	37	Chlamydia trachomatis RC-Js/122
				chl114	37	Chlamydia trachomatis RC-L2/55
				chl115	37	Chlamydia trachomatis RC-L2s/3
				chl116	37	Chlamydia trachomatis RC-L2s/46
				chl117	37	Chlamydia trachomatis Sweden2
1		111	1	chl118	38	Chlamydophila abortus AB7
				chl119	38	Chlamydophila abortus S26/3
1		111	1	chl120	38	Chlamydophila caviae GPIC
1		111	1	chl121	38	Chlamydophila felis Fe/C-56
1		433	1	chl122	41	Parachlamydia acanthamoebae UV-7
1		111	1	chl123	35	Simkania negevensis Z
1		222	1	chl124	37	Waddlia chondrophila WSU 86-1044
12			12

cyanobacteria

cyano blocs

Lien tableur: cyano blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

cyano blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	cya01-83				Notes
cya01	2*16atcgca235	2	77	4	73			16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35
cya02	2*16atcgca235	4	68	4	64		sans	17	44	13	cds
	2*16s23s5s						cds		1		16atcgca-23s°-cds-23s°-5s
											16atcgca-cds-235
cya05	16atcgca235	2	40	4	36	75	total	17	45	13
	16atcgca23										incomplets
	5s										3*16atcgca23
											16atcgca-23s°-cds-23s°-5s
cya08	2*16atcgca235	3	80	4	76						16s-atcgca –
	16s23s5s										23s°-16s°-atcgca
											16atcgca-23s’
cya09	2*16-atc-235	2	39	2	37						16s
cya10	3*16atcgca235	3	57	6	51
cya11	3*16-atc-235	3	46	3	43						autres incomplets
cya12	4*16s23s5s	4	43	0	43						2*23s5s
cya13	3*16atcgca235	3	44	6	38						16s°-atcgca-23s° –
cya16	2*16atcgca235	2	46	4	42						16s23s5s-16s°-23s° –
cya17	2*16-atc-235	2	44	2	42						23s°-5s

cya23	2*16atcgca235	4	77	4	73						5s de trop
	2*16s23s5s										2*5s

cya24	2*16atcgca235	3	42	4	38
	16s23s5s

cya25	3*16atcgca235	3	50	6	44
cya26	16atcgca235	1	52	2	50
cya28	2*16-atc-235	2	41	2	39
cya29	3*16atcgca235	3	46	6	40
cya30	2*16atcgca235	2	48	4	44
cya31	2*16atcgca235	4	74	4	70
	2*16s23s5s

cya32	2*16-atc-235	2	42	2	40
cya33	16s23s5s	5	48	8	40
	2*23s5s
	16atcgca-23s’
	16s°-atcgca-23s° –
	16s23s5s-16s°-23s° –
	23s°-5s
	16s-atcgca –
	23s°-16s°-atcgca
	16s

cya34	4*16atcgca235	4	90	8	82
cya38	2*16s23s5s	3	72	2	70
	16atcgca235

cya40	2*16-atc-235		42	2	40
	16s23s5s	3

cya41	16atcgca235	1	41	2	39

cya55	2*16atcgca235	2	47	4	43
cya56	3*16atcgca235	3	57	6	51
cya57	16atcgca235	2	45	4	41
	16atcgca-23s°-cds-23s°-5s

cya58	2*16atcgca235	2	46	4	42
cya81	16atcgca-cds-235	1	42	2	40
cya83	2*16atcgca23s	2	38	4	34
	5s	82
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	cya01-83				Notes
31								16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35
	Total		1624	119	1505		sans	17	44	13	cds
	Moyenne		52	4	49		cds		1		16atcgca-23s°-cds-23s°-5s
	Ecartype		14	2	14						16atcgca-cds-235
	Max		90	8	82	75	total	17	45	13
	Min		38	0	34						incomplets
											3*16atcgca23
											16atcgca-23s°-cds-23s°-5s
	blocs	82									16s-atcgca –
	génomes	31									23s°-16s°-atcgca
	avant	0									16atcgca-23s’
	après	0									16s
	cds	2
	atcgca	62%									autres incomplets
	atc	16%									2*23s5s
	16s23s5s	21%									16s°-atcgca-23s° –
											16s23s5s-16s°-23s° –
											23s°-5s

											5s de trop
											2*5s

cyano notes

Lien tableur: cyano notes

cyano Notes
		intercalaire	long pbs	protéines
Notes du cya033
16s23s5s-16s°-23s°-23s°-5s
<	cds	161	144	IS630 family transposase
comp	5s	121	118
comp	23s°	61	1836
comp	23s°	349	1103
comp	16s°	258	223
comp	5s	121	118
comp	23s	349	2834
comp	16s	60	1326
comp	23s°	123	1027
comp	gca	83	73
comp	atc	121	74
comp	16s°	66	975
comp	cds		216	gas vesicle structural protein GvpA

16s
>	cds	129	400	IS630 family transposase
comp	gca	83	73
comp	atc	121	74
comp	16s°	60	152
comp	23s°	314	1446
comp	gca	83	73
comp	atc	121	74
comp	16s	312	1491
dir	cds	867		carboxylating nicotinate-nucleotide diphosphorylase

16s
> comp	cds	205	1206	HNH endonuclease
comp	16s	270	1491
dir	cds		204	hp

Notes du cya057
16atcgca-23s°-cds-23s°-5s
comp	cds	93	1299	dihydroorotase
comp	5s	71	118
comp	23s°	24	1005
comp	cds	92	1176	transposase
comp	23s°	174	1834
comp	gca	83	76
comp	atc	119	77
comp	16s	304	1498
comp	cds	:2	1518	4-alpha-glucanotransferase

Notes du cya057
16atcgca-cds-235
comp	cds	228	243	hp
comp	5s	123	121
comp	23s	150	306
comp	cds	67	528	site-specific DNA endonuclease
comp	23s suite	146	2565
comp	gca	12	73
comp	atc	115	74
comp	16s	294	1491
	cds		297	hp

cyano typage

Lien tableur: cyano typage
Type 16-y-235 après 16s

type		tableau	incomplets	total	%
16s23s5s	17			17	22
atcgca		44	3		47	60
atc		13			13	17
atcgca-cds	1			1	1
total		75	3		78

Type 16235-z après 5s, néant
Type x-16235 avant 16s, néant

cyano noms

Lien tableur: cyano noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes cyano

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           4062
génomes		ruptures	faits	total
 		72		31	83

F. Noms des cyano
ruptures	rRNAs	faits	code	tRNAs	génome
1	222	1	cya01	77	Acaryochloris marina MBIC11017
1	444	1	cya02	68	Anabaena cylindrica PCC 7122
1			cya03	44	Anabaena sp. 90
1			cya04	49	Anabaena variabilis ATCC 29413
1	222	1	cya05	40	Arthrospira platensis NIES-39
1			cya06	42	Arthrospira sp. PCC 8005
1			cya07	44	Calothrix sp. PCC 6303
1	333	1	cya08	80	Calothrix sp. PCC 7507
1	222	1	cya09	39	Candidatus Atelocyanobacterium thalassa isolate ALOHA
1	333	1	cya10	57	Chamaesiphon minutus PCC 6605
1	333	1	cya11	46	Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203
1	444	1	cya12	43	Crinalium epipsammum PCC 9333
1	333	1	cya13	44	Cyanobacterium aponinum PCC 10605
1			cya14	40	cyanobacterium endosymbiont of Epithemia turgida isolate EtSB Lake Yunoko
1			cya15	43	Cyanobacterium stanieri PCC 7202
1	222	1	cya16	46	Cyanobium gracile PCC 6307
1	222	1	cya17	44	Cyanothece sp. ATCC 51142
1			cya18	47	Cyanothece sp. PCC 7424
1			cya19	49	Cyanothece sp. PCC 7425
1			cya20	52	Cyanothece sp. PCC 7822
1			cya21	47	Cyanothece sp. PCC 8801
1			cya22	46	Cyanothece sp. PCC 8802
1	444	1	cya23	77	Cylindrospermum stagnale PCC 7417
1	333	1	cya24	42	Dactylococcopsis salina PCC 8305
1	333	1	cya25	50	Geitlerinema sp. PCC 7407
1	111	1	cya26	52	Gloeobacter kilaueensis JS1
1			cya27	44	Gloeobacter violaceus PCC 7421
1	222	1	cya28	41	Gloeocapsa sp. PCC 7428
1	333	1	cya29	46	Halothece sp. PCC 7418
1	222	1	cya30	48	Leptolyngbya sp. PCC 7376
1	444	1	cya31	74	Microcoleus sp. PCC 7113
1	222	1	cya32	42	Microcystis aeruginosa NIES-843
1	454	1	cya33	48	Nodularia spumigena CCY9414
1	444	1	cya34	90	Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133
1			cya35	82	Nostoc sp. PCC 7107
1			cya36	74	Nostoc sp. PCC 7120
1			cya37	70	Nostoc sp. PCC 7524
1	333	1	cya38	72	Oscillatoria acuminata PCC 6304
1			cya39	78	Oscillatoria nigro-viridis PCC 7112
1	333	1	cya40	42	Pleurocapsa sp. PCC 7327
1	111	1	cya41	41	Prochlorococcus marinus str. AS9601
			cya42	40	Prochlorococcus marinus str. MIT 9211 MIT9211
			cya43	41	Prochlorococcus marinus str. MIT 9215
			cya44	38	Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
			cya45	46	Prochlorococcus marinus str. MIT 9303
			cya46	45	Prochlorococcus marinus str. MIT 9312
			cya47	48	Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 MIT9313
			cya48	38	Prochlorococcus marinus str. MIT 9515
			cya49	39	Prochlorococcus marinus str. NATL1A
			cya50	39	Prochlorococcus marinus str. NATL2A
			cya51	40	Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375 SS120
			cya52	38	Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 MED4
1			cya53	43	Prochlorococcus sp. MIT 0604
1			cya54	41	Prochlorococcus sp. MIT 0801
1	222	1	cya55	47	Pseudanabaena sp. PCC 7367
1	333	1	cya56	57	Rivularia sp. PCC 7116
1	221	1	cya57	45	Stanieria cyanosphaera PCC 7437
1	222	1	cya58	46	Synechococcus elongatus PCC 6301
1			cya59	46	Synechococcus elongatus PCC 7942
1			cya60	44	Synechococcus sp. CC9311
1			cya61	52	Synechococcus sp. CC9605
1			cya62	45	Synechococcus sp. CC9902
1			cya63	45	Synechococcus sp. JA-2-3Ba2-13
1			cya64	47	Synechococcus sp. JA-3-3Ab
1			cya65	43	Synechococcus sp. KORDI-100
1			cya66	45	Synechococcus sp. KORDI-49
1			cya67	48	Synechococcus sp. KORDI-52
1			cya68	42	Synechococcus sp. PCC 6312
1			cya69	45	Synechococcus sp. PCC 7002 ATCC 27264
1			cya70	43	Synechococcus sp. PCC 7502
1			cya71	42	Synechococcus sp. RCC307
1			cya72	45	Synechococcus sp. UTEX 2973
1			cya73	45	Synechococcus sp. WH 7803
1			cya74	44	Synechococcus sp. WH 8109
1			cya75	42	Synechocystis sp. PCC 6714
1			cya76	82	Synechocystis sp. PCC 6803
1			cya77	41	Synechocystis sp. PCC 6803 GT-S
1			cya78	41	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. GT-I
1			cya79	41	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. PCC-N
1			cya80	41	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. PCC-P
1	111	1	cya81	42	Thermosynechococcus elongatus BP-1
1			cya82	42	Thermosynechococcus sp. NK55a
1	122	1	cya83	38	Trichodesmium erythraeum IMS101
72		31

Spirochaetes

spiro blocs

Lien tableur: spiro blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

spiro blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	spi01-70					Notes
spi01	16s-gca, cds,235	2	32	2	30			16-atcgca-35	16-gca-35	16-atc-35	16s, 235s
	16s-atc, cds,235						sans	2	7	5	2	incomplets
							cds		3	2		4*16s
spi07	16s-gca, cds,235	1	32	2	30
	16s°-cds-atc, 235					21	total	2	10	7	2	autres incomplets
												4*23s
spi14	16s-gca, cds,235	2	32	2	30							16s°-cds-atc, 235
	16s-atc, cds,235
												cds création
spi26	16s, 235s	1	34	0	34							3*(16s-gca, cds,235)
spi30	16s, 235s	1	34	0	34							2*(16s-atc, cds,235)
spi33	2*16s	2	35	0	35							16s°-cds-atc, 235
	2*23s
	2*5s											5s de trop
												3*5s
spi37	2*16s	2	37	0	37
	2*23s
	5s

spi41	16-gca-235	2	44	2	42
	16s-atc-235

spi42	2*16-gca-235	3	47	3	44
	16s-atc-235

spi45	2*16-atc-235	3	47	3	44
	16-gca-235

spi49	2*16-gca-235	2	47	2	45
spi53	16-gca-235	2	45	2	43
	16s-atc-235

spi70	2*16atcgca235	2	41	4	37
		25
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	spi01-70					Notes
13								16-atcgca-35	16-gca-35	16-atc-35	16s, 235s
							sans	2	7	5	2	incomplets
	Moyenne		39	2	37		cds		3	2		4*16s
	Ecartype		6	1	6
	Max		47	4	45	21	total	2	10	7	2	autres incomplets
	Min		32	0	30							4*23s
												16s°-cds-atc, 235

	blocs	25										cds création
	génomes	13										3*(16s-gca, cds,235)
	avant	0										2*(16s-atc, cds,235)
	après	0										16s°-cds-atc, 235
	cds	6 / 3
												5s de trop
												3*5s

spiro notes

Lien tableur: spiro notes

spiro Notes
génome	sens	gène	intercal	long pbs	protéines
spi01	16s-gca, 16s-atc, 235-235
	comp	cds	97	4482	transporter substrate-binding domain-containing protein
	comp	5s	20	111
	comp	23s	170	2935
	comp	5s	20	111
	comp	23s	198	2935
	comp	cds	135	843	Cof-type HAD-IIB family hydrolase
	comp	cds	640	558	DNA-3-methyladenine glycosylase
		atc	377	74
	comp	16s	193	1464
	comp	gca	173	74
	comp	16s	209	1543
	comp	cds		549	nucleoside deoxyribosyltransferase

spi07	16s-gca, 16s°-atc, 235-235
	comp	cds	97	4485	response regulator
	comp	5s	21	111
	comp	23s	178	2935
	comp	5s	21	111
	comp	23s	200	2935
	comp	cds	135	840	Cof-type HAD-IIB family hydrolase
	comp	cds	374	561	DNA-3-methyladenine glycosylase
		atc	66	74
	comp	cds	168	204	hp
	comp	16s°	79	122
	comp	gca	168	74
	comp	16s	204	1545
	comp	cds		549	nucleoside deoxyribosyltransferase

spi14	16s-gca, 16s-atc, 235-235
	comp	cds	98	4485	transporter substrate-binding domain-containing protein
	comp	5s	21	111
	comp	23s	177	2935
	comp	5s	21	111
	comp	23s	197	2935
	comp	cds	124	843	Cof-type HAD-IIB family hydrolase
	comp	cds	1030	561	DNA-3-methyladenine glycosylase
		atc	383	74
	comp	16s	147	1087
	comp	gca	166	74
	comp	16s	208	1543
	comp	cds		549	nucleoside deoxyribosyltransferase

spiro typage

Lien tableur: spiro typage
Type 16-y-235 après 16s: Les 5 blocs à cds sont particuliers et appartiennent à 3 génomes. Voir spiro notes

type		tableau	%
16s23s5s	0	0
atcgca		2	10
atc		5	24
gca		7	33
atc, gca, cds	5	24
16s, 235s	2	10
total		21

Type 16235-z après 5s, néant
Type x-16235 avant 16s, néant

spiro noms

Lien tableur: spiro noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes spiro

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           2841
génomes		ruptures	faits	total
 		39		13	70

F. Noms des spiro
ruptures	notes	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1		222	1	spi01	32	Borrelia afzelii HLJ01
				spi02	32	Borrelia afzelii K78
				spi03	33	Borrelia afzelii PKo
				spi04	32	Borrelia afzelii Tom3107
1				spi05	32	Borrelia bissettii DN127
1	32*2			spi06	64	Borrelia burgdorferi B31
		212	1	spi07	32	Borrelia burgdorferi CA382
				spi08	32	Borrelia burgdorferi JD1
				spi09	32	Borrelia burgdorferi N40
				spi10	32	Borrelia burgdorferi ZS7
1				spi11	31	Borrelia chilensis VA1
1				spi12	32	Borrelia crocidurae str. Achema
1				spi13	32	Borrelia duttonii Ly
1		222	1	spi14	32	Borrelia garinii BgVir
				spi15	33	Borrelia garinii NMJW1
				spi16	32	Borrelia garinii PBi
				spi17	33	Borrelia garinii SZ
1				spi18	32	Borrelia hermsii CC1
1				spi19	32	Borrelia miyamotoi CT14D4
				spi20	32	Borrelia miyamotoi LB-2001
1				spi21	32	Borrelia parkeri HR1
1				spi22	32	Borrelia recurrentis A1
1				spi23	32	Borrelia turicatae 91E135
1				spi24	32	Borrelia valaisiana Tom4006
				spi25	33	Borrelia valaisiana VS116
1		111	1	spi26	34	Brachyspira hyodysenteriae WA1 ATCC 49526
1				spi27	34	Brachyspira intermedia PWS/A
1				spi28	35	Brachyspira murdochii DSM 12563
1				spi29	34	Brachyspira pilosicoli 95/1000
		111	1	spi30	34	Brachyspira pilosicoli B2904
				spi31	34	Brachyspira pilosicoli P43/6/78
				spi32	34	Brachyspira pilosicoli WesB
1		222	1	spi33	35	Leptospira biflexa serovar Patoc strain Patoc 1 Ames
				spi34	35	Leptospira biflexa serovar Patoc strain Patoc 1 Paris
1				spi35	37	Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. JB197
				spi36	37	Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. L550
1		122	1	spi37	37	Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130
				spi38	37	Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601
				spi39	37	Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV
				spi40	37	Leptospira interrogans serovar Linhai str. 56609
1		222	1	spi41	44	Salinispira pacifica L21-RPul-D2
1		333	1	spi42	47	Sphaerochaeta coccoides DSM 17374
1				spi43	48	Sphaerochaeta globosa str. Buddy
1				spi44	49	Sphaerochaeta pleomorpha str. Grapes
1		333	1	spi45	47	Spirochaeta africana DSM 8902
1				spi46	50	Spirochaeta smaragdinae DSM 11293
1				spi47	46	Spirochaeta thermophila DSM 6192
				spi48	46	Spirochaeta thermophila DSM 6578
1		222	1	spi49	47	Treponema azotonutricium ZAS-9
1				spi50	47	Treponema brennaborense DSM 12168
1				spi51	48	Treponema caldaria DSM 7334
1				spi52	44	Treponema denticola ATCC 35405
1		222	1	spi53	45	Treponema pallidum str. Fribourg-Blanc
				spi54	45	Treponema pallidum subsp. endemicum str. Bosnia A
				spi55	45	Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1
				spi56	90	Treponema pallidum subsp. pallidum SS14
				spi57	45	Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago
				spi58	45	Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A
				spi59	90	Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols
				spi60	45	Treponema pallidum subsp. pallidum str. Sea 81-4
				spi61	45	Treponema pallidum subsp. pertenue str. CDC2
				spi62	45	Treponema pallidum subsp. pertenue str. Gauthier
				spi63	45	Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD
1				spi64	45	Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A
1				spi65	45	Treponema pedis str. T A4
1				spi66	53	Treponema primitia ZAS-2
1				spi67	45	Treponema putidum OMZ 758
1				spi68	49	Treponema sp. OMZ 838
1				spi69	49	Treponema succinifaciens DSM 2489
1		222	1	spi70	41	Turneriella parva DSM 21527
39			13

Chloroflexi

chlor blocs

Lien tableur: chlor blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

chlor blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	clo01-22						Notes
clo01	16s23s5s	2	54	2	52			16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35	16s, 235s	16-atc,35
	16atcgca235						sans	2	1	2	2	2
							atgf	4	2
clo02	2*16-atc-235	2	48	2	46
clo03	16s23s5s	3	49			15	total	6	3	2	2	2
	2*(16s,235s)

clo06	16s-atc, 235	1	49	1	48

clo17	16s-atc, 235	1	48	1	47

clo19	2*16235-atgf	2	48	2	46

clo21	16235-atgf	2	50	2	48
	16atcgca235-atgf

clo22	16235-atgf	2	49	2	47
	16atcgca235-atgf
		15
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	total						Notes
8								16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35	16s, 235s	16-atc,35
							sans	2	1	2	2	2
	Moyenne		49	2	48		atgf	4	2
	Ecartype		2	0	2
	Max		54	2	52	15	total	6	3	2	2	2
	Min		48	1	46


	blocs	15
	génomes	8
	avant	0
	après atgf	6 / 3
	cds	0
	16s23s5s	8
	16-aas-235	7

chlor notes

Lien tableur: chlor notes

chlor typage

Lien tableur: chlor typage
Type 16-y-235 après 16s

type		tableau	incomplets	total	%
16s23s5s	6	2		8	53
atcgca		3			3	20
atc		2	2		4	27
total		13	2		15

Type 16235-z après 5s, 6 blocs avec atgf en 3 génomes.
Type x-16235 avant 16s, néant

chlor noms

Lien tableur: chlor noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes chlor

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           1076
génomes		ruptures	faits	total
 		12		8	22

F. Noms des chlor
ruptures	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1	222	1	clo01	54	Anaerolinea thermophila UNI-1
1	222	1	clo02	48	Caldilinea aerophila DSM 14535 NBRC 104270
1	333	1	clo03	49	Chloroflexus aggregans DSM 9485
1			clo04	50	Chloroflexus aurantiacus J-10-fl
1			clo05	50	Chloroflexus sp. Y-400-fl
1	111	1	clo06	49	Dehalococcoides mccartyi 195
			clo07	48	Dehalococcoides mccartyi BAV1
			clo08	49	Dehalococcoides mccartyi BTF08
			clo09	47	Dehalococcoides mccartyi CBDB1
			clo10	51	Dehalococcoides mccartyi CG1
			clo11	47	Dehalococcoides mccartyi CG4
			clo12	47	Dehalococcoides mccartyi CG5
			clo13	47	Dehalococcoides mccartyi DCMB5
			clo14	48	Dehalococcoides mccartyi GT
			clo15	47	Dehalococcoides mccartyi GY50
			clo16	47	Dehalococcoides mccartyi VS
1	111	1	clo17	47	Dehalogenimonas lykanthroporepellens BL-DC-9
1			clo18	55	Herpetosiphon aurantiacus DSM 785
1	222	1	clo19	48	Roseiflexus castenholzii DSM 13941
1			clo20	49	Roseiflexus sp. RS-1
1	222	1	clo21	50	Sphaerobacter thermophilus DSM 20745
1	222	1	clo22	49	Thermomicrobium roseum DSM 5159
12		8

Deinococcus-Thermus

deino blocs

Lien tableur: deino blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

deino blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	det01-20			Notes
det01	16s23s5s	4	50	3	47			16s23s5s	16s, 235s
	3*16s, 23s5s-ggc						sans	2	2	incomplets
							ggc		11	2*16s
det09	16s, 23s5s-ggc	3	51	1	50
	2*16s					15	total	2	13	autres incomplets
	235s									235s

det10	2*16s, 23s5s-ggc	2	50	2	48

det12	2*16s, 23s5s	2	48	0	48
det13	2*16s, 23s5s-ggc	2	56	2	54

det16	2*16s, 23s5s-ggc	2	49	2	47

det20	16s23s5s	2	46	1	45
	16s,23s5s-ggc
		17
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	det01-20			Notes
7								16s23s5s	16s, 235s
							sans	2	2	incomplets
	Moyenne		50	2	48		ggc		11	2*16s
	Ecartype		3	1	3
	Max		56	3	54	15	total	2	13	autres incomplets
	Min		46	0	45					235s


	blocs	17
	génomes	7
	avant	0
	après ggc	11 / 6
	cds	0
	16s23s5s	15
	16-aas-235	0

deino notes

Lien tableur: deino notes

deino typage

Lien tableur: deino typage
Type 16-y-235 après 16s

type		tableau	%
16s23s5s	2	13
16s,23s5s	13	87
total		15

Type 16235-z après 5s, 11 blocs avec ggc en 6 génomes.
Type x-16235 avant 16s, néant

deino noms

Lien tableur: deino noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes deino

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           1001
génomes		ruptures	faits	total
 		17		7	20

F. Noms des deino
ruptures	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1	444	1	det01	50	Deinococcus deserti VCD115
1			det02	49	Deinococcus geothermalis DSM 11300
1			det03	49	Deinococcus gobiensis I-0
1			det04	58	Deinococcus maricopensis DSM 21211
1			det05	52	Deinococcus peraridilitoris DSM 19664
1			det06	47	Deinococcus proteolyticus MRP
1			det07	51	Deinococcus radiodurans R1
1			det08	47	Deinococcus swuensis DY59
1	232	1	det09	51	Marinithermus hydrothermalis DSM 14884
1	222	1	det10	50	Meiothermus ruber DSM 1279
1			det11	52	Meiothermus silvanus DSM 9946
1	222	1	det12	48	Oceanithermus profundus DSM 14977
1	222	1	det13	56	Thermus oshimai JL-2
1			det14	50	Thermus scotoductus SA-01
1			det15	48	Thermus sp. CCB US3 UF1
1	222	1	det16	49	Thermus thermophilus HB27
			det17	49	Thermus thermophilus HB8
			det18	50	Thermus thermophilus JL-18
			det19	49	Thermus thermophilus SG0.5JP17-16
1	222	1	det20	46	Truepera radiovictrix DSM 17093
17		7

Thermotogae

toga blocs

Lien tableur: toga blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

toga blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	ter01-16					Notes
ter01	3*16s23s5s	3	48	0	48			16s23s5s	16atcgca235	16-gca-235	16-atc-235
ter02	2*16atcgca235	2	51	4	47		sans	7	8	3	2
						20
ter04	16s23s5s	2	47	2	45
	16atcgca235

ter05	2*16-gca-235	3	52	3	49
	16-atc-235

ter06	16s23s5s	2	46	2	44
	16atcgca235

ter07	16-gca-235	2	49	2	47
	16-atc-235

ter08	16atcgca235	1	47	2	45

ter12	2*16s23s5s	3	49	2	47
	16atcgca235

ter14	16atcgca235	1	47	2	45
ter16	16atcgca235	1	47	2	45
		20
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	ter01-16					Notes
10								16s23s5s	16atcgca235	16-gca-235	16-atc-235
							sans	7	8	3	2
	Moyenne		48	2	46	20
	Ecartype		2	1	2
	Max		52	4	49
	Min		46	0	44


	blocs	20
	génomes	10
	avant	0
	après	0
	cds	0
	16s23s5s	7
	16-aas-235	13

toga notes

Lien tableur: toga notes

toga typage

Lien tableur: toga typage
Type 16-y-235 après 16s

type		tableau	%
16s23s5s	7	35
atcgca		8	40
atc		2	10
gca		3	15
total		20

Type 16235-z après 5s, néant
Type x-16235 avant 16s, néant

toga noms

Lien tableur: toga noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes toga

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           1337
génomes		ruptures	faits	total
 		23		10	25

F. Noms des toga
ruptures	notes	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
1		333	1	ter01	§48	Defluviitoga tunisiensis
1		222	1	ter02	§51	Fervidobacterium nodosum Rt17-B1
1				ter03	§49	Fervidobacterium pennivorans DSM 9078
1		222	1	ter04	§47	Kosmotoga olearia TBF 19.5.1
1		333	1	ter05	§52	Marinitoga piezophila KA3
1		222	1	ter06	§46	Mesotoga prima MesG1.Ag.4.2
1		222	1	ter07	§49	Petrotoga mobilis SJ95
1		111	1	ter08	§47	Pseudothermotoga elfii DSM 9442 NBRC 107921
1				ter09	§47	Pseudothermotoga hypogea DSM 11164 NBRC 106472
1				ter10	§47	Pseudothermotoga lettingae TMO
1				ter11	§47	Pseudothermotoga thermarum DSM 5069
1		333	1	ter12	§49	Thermosipho africanus TCF52B
1				ter13	§51	Thermosipho melanesiensis BI429
1		111	1	ter14	§47	Thermotoga caldifontis AZM44c09
1	4*47			ter15	§188	Thermotoga maritima MSB8
		111	1	ter16	47	Thermotoga maritima Tma100
				ter17	47	Thermotoga maritima Tma200
1				ter18	§47	Thermotoga naphthophila RKU-10
1				ter19	§49	Thermotoga neapolitana DSM 4359
1				ter20	§47	Thermotoga petrophila RKU-1
1				ter21	§47	Thermotoga profunda AZM34c06
1				ter22	§47	Thermotoga sp. 2812B
1				ter23	§47	Thermotoga sp. Cell2
1				ter24	§47	Thermotoga sp. RQ2
1				ter25	§47	Thermotoga sp. RQ7
23			10

Autres

autre blocs

Lien tableur: autre blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

autre blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	ab001-35					Notes
Acidobacteria								16s23s5s	16atcgca235	avant
ab001	16atcgca235	1	48	2	46		sans	3	17	4		1-3
ab002	16atcgca235	1	50	2	48		1-3	1	1			16atcgca235-aga
ab004	16atcgca235	1	48	2	46							16s23s5s-atgi
ab005	16atcgca235	1	55	2	53	26	total	4	18	4
ab007	16atcgca235	2	55	5	50							avant
	aag-16atcgca235											aag-16atcgca235
Aquificae												ggc-16s23s5s
ab011	16atcgca235	2	45	5	40							cca-aga-atgf-16atcgca235
	16atcgca235-aga											ggc-16atcgca235

ab012	16atcgca235	2	44	3	41							incomplet
	ggc-16s23s5s											16s

ab013	16atcgca235	1	90	2	88
ab014	2*16atcgca235	2	46	4	42

ab018	16atcgca235	2	42	7	35
	cca-aga-atgf-16atcgca235

ab019	2*16atcgca235	2	39	4	35
ab021	16atcgca235	1	45	2	43

ab023	16atcgca235	3	47	5	42
	ggc-16atcgca235
	16s23s5s
Armatimonadetes
ab027	16atcgca235	2	47	2	45
	16s
Caldiserica
ab032	16s23s5s	1	47	0	47
Chrysiogenetes
ab035	16s23s5s	3	37	3	34
	16s23s5s-atgi
	16atcgca235	27
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	ab041-82					Notes
Deferribacteres								16s23s5s	16atcgca235	avant
ab041	2*16atcgca235	2	41	4	37		sans	9	17	1		1-3
ab042	16atcgca235	2	44	5	39		1-3	3	5			2*16s23s5s-aac
	16atcgca235-tgc											3*16atcgca235-aac
						35	total	12	22	1		16atcgca235-tgc
ab043	2*16atcgca235	2	43	4	39							16s23s5s-aac-5s
Dictyoglomi												16atcgca235-aac-5s
ab047	16atcgca235	2	47	2	45
	16s23s5s											avant
Elusimicrobia												cca-aga-aag-16s23s5s
ab051	16atcgca235	1	45	2	43
Fibrobacteres												incomplet
ab055	3*16atcgca235	3	58	6	52							16s23s, 5s
Fusobacteria
ab058	3*16s23s5s	5	46	4	42							5s en trop
	16s23s5s-aac											16s23s5s-aac-5s
	16atcgca235-aac											16atcgca235-aac-5s
												16s23s5s-5s
ab063	3*16s23s5s	8	79	10	69
	16atcgca235
	16s23s5s-aac
	16s23s5s-aac-5s
	16atcgca235-aac
	16atcgca235-aac-5s

ab066	16s23s5s	3	36	3	33
	16s23s5s-5s
	16atcgca235-aac
Gemmatimonadetes
ab071	cca-aga-aag-16s23s5s	1	50	3	47
Ignavibacteriae
ab074	16atcgca235	1	45	2	43
Nitrospirae
ab079	2*16atcgca235	2	53	4	49
ab081	3*16atcgca235	3	55	6	49
ab082	16s23s, 5s	1	50	0	50
		36
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	ab085-129					Notes
Planctomycetes								16s23s5s	16atcgca235	16gcaatc235
ab085	3*16s23s5s	3	49	0	49		sans	17	5	8		cds
ab088	16s, 235s	2	48	2	46		cds		2	3		2*16-cds-gca-atc-gta-cds-235
	16s, atcgca235											16-cds-gca-atc-235
						35	total	17	7	11		2*16atcgca23-cds-5s
ab089	2*16s, atcgca235	2	70	4	66
ab090	8*16s23s5s	8	73	0	73							incomplet
Synergistetes												16s, 235s
ab093	2*16s23s5s	3	48	2	46							16s, atcgca235
	16atcgca235											2*16s

ab094	2*16s23s5s	2	50									autres incomplets
ab096	2*16s23s5s	3	51	2	49							atcgca235
	16atcgca235
Thermobaculum
ab100	2*16atcgca235	2	52	4	48
Thermodesulfobacteria
ab103	2*16atcgca23-cds-5s	2	51	4	47
ab104	16atcgca235	1	47	2	45							Notes total
Verrucomicrobia												1-3
ab108	3*16-gca-atc-235	3	53	6	47							2*16s23s5s-aac
ab110	16-cds-gca-atc-235	1	48	2	46							3*16atcgca235-aac
ab113	16-gca-atc-235	1	76	2	74							16atcgca235-tgc
ab115	4*16-gca-atc-235	4	71	8	63							16s23s5s-aac-5s
Candidatus Saccharibacteria												16atcgca235-aac-5s
ab128	16-cds-gca-atc-gta-cds-235	1	44	3	41							16atcgca235-aga
ab129	16-cds-gca-atc-gta-cds-235	1	48	3	45							16s23s5s-atgi
		39
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	total					Notes
								16s23s5s	16atcgca235	16gcaatc235	avant
							sans	29	39	8	5	avant
	Moyenne		51	3	48		1-3	4	6	0	0	cca-aga-aag-16s23s5s
	Ecartype		11	2	11		cds		2	3	0	ggc-16s23s5s
	Max		90	10	88							aag-16atcgca235
	Min		36	0	33	96	total	33	47	11	5	ggc-16atcgca235
												cca-aga-atgf-16atcgca235

												incomplet
												16s, 235s
												16s, atcgca235
												3*16s
												16s23s, 5s
	blocs	102
	génomes	46										autres incomplets
	avant	5										atcgca235
	après 1-3	10
	cds	5 / 4										cds
	16s23s5s	33										2*16-cds-gca-atc-gta-cds-235
	atcgca	47										16-cds-gca-atc-235
	gcaatc	11										2*16atcgca23-cds-5s

												5s en trop
												16s23s5s-aac-5s
												16atcgca235-aac-5s
												16s23s5s-5s

autre notes

Lien tableur: autre notes
Légende:
Les aas en dehors des blocs 16s23s5s
- 11 génomes sur 46 et 15 blocs sur 102 ont des aas.

- 13 blocs n’ont qu’un seul aa en dehors du bloc.

avant	16s			après	5s
aag-16atcgca235			16atcgca235-aga	
ggc-16atcgca235			16s23s5s-atgi	
ggc-16s23s5s			16atcgca235-tgc	
cca-aga-atgf-16atcgca235	3*16atcgca235-aac	
cca-aga-aag-16s23s5s		2*16s23s5s-aac	
				16s23s5s-aac-5s	
				16atcgca235-aac-5s	

cca	2			aac-5s	2
aga	2			aac	5
ggc	2			aga	1
aag	2			atgi	1
atgf	1			tgc	1

Les cds dans ab103 110 128 129
- ab103, comme écrit dans "autre blocs" j'avais 2 blocs avec chacun un cds le 20.8.19 (voir autre noms). A cette date je n'avais pas relevé les adresses par contre j'avais relevé les séquences en aas des cds et elles étaient identiques. Le 10.2.20 j'ai relevé les adresses et le 2ème bloc n'avait plus de cds. La séquence en aas du cds restant est la même que celle du 20.8.19.
- séquence: MLDIPKKYQVKILDALRKLEKGKGDIKKLAPKRYRLRVGCYRILFKEEDDLLVVYKIVHRQGADRYYDNV

- ab110, le relevé des adresses n' a été fait que le 10.2.20. Le 20.8.19 j'avais relevé la séquence en aas, elles sont identiques.
- séquence: MPPIIYLYDYRFFTPFPKHAIVIHSSLPDKVFCCCFLYLPEIPIPGVRDIQQQNHLVKVKMDPLTFYWMLFSAVGFFFKRLWSPVQQN

- ab128 129, j'avais relevé les adresses et les séquences le 20.8.19.
- ab128 cds comp en 2019: MLYQFSFGALFFGILIMTAGGLVVIFHQKLADNLGGGISSYERFKFWGLITCGVGFAIMLSLHTIPLNWLLNSLFGGGL

- ab129 cds comp en 2019: MTYEFSWTWFGIGFLILLAGAALTVWYRQIADNLGSGVSSYERYKLWGLIGCGIGLLTMLNLHTLILNMLIGGLFHR

autres Notes
		intercalaire	long pbs	protéines
ab103
2*16atcgca23-cds-5s
	cds	215	765	ABC transporter ATP-binding protein
comp	5s	172	117
comp	cds	160	213	type II toxin-antitoxin system RelE/ParE family toxin
comp	23s	171	3030
comp	gca	11	76
comp	atc	193	79
comp	16s	410	1570
comp	cds		1014	hp

	cds	149	684	4Fe-4S dicluster domain-containing protein
comp	5s	127	117
comp	23s	171	3030
comp	gca	11	76
comp	atc	193	79
comp	16s	480	1570
	cds		228	hp
ab110
16-cds-gca-atc-235
	cds	258	228	hp
comp	5s	99	116
comp	23s	141	2850
comp	atc	34	74
comp	gca	-8	76
comp	cds	130	267	hp
	16s	333	1534
comp	cds		1749	glycosyltransferase family 39 protein
ab128
16-cds-gca-atc-gta-cds-235
	cds	211	432	divergent PAP2 family protein
	16s	285	1482
comp	cds	63	240	hp
	gca	51	77
	atc	22	77
	gta	61	77
	cds	237	1176	dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
	23s	191	3110
	5s	103	109
	cds		714	DUF3152 domain-containing protein
ab129
16-cds-gca-atc-gta-cds-235
	cds	191	435	divergent PAP2 family protein
	16s	211	1506
comp	cds	67	234	hp
	gca	130	77
	atc	31	77
	gta	282	77
	cds	398	582	hp
	23s	174	3214
	5s	420	110
	cds		672	hp

autre typage

Les 3 types

Lien tableur: autre typage
Légende:
- 8 **, type 16s23s5s-z du clade Fusobacteria: 5 x aac, 2 x aac-5s, 1 x 5s

- cds *,

clade				type		blocs
CandidatusSaccharibacteria	16s-y-23s5s	2 x 16-cds-gca-atc-gta-cds-235
Verrucomicrobia			16s-y-23s5s	1 x 16-cds-gca-atc-235
Thermodesulfobacteria		16s23s5s-z	2 x 16atcgca23-cds-5s

AB1 Typage autres bactéries, 19 clades.
type	16s-y-23s5s				16s23s5s-z	x-16s23s5s
clade	16s23s5s	atcgca	gcaatc	cds *
Acidobacteria		6				aag
Aquificae	2	13			aga	cca-aga-atgf, 2 x gcc
Armatimonadetes		1
Caldiserica	1
Chrysiogenetes	2	1			atgi
Deferribacteres		6			tgc
Dictyoglomi	1	1
Elusimicrobia		1
Fibrobacteres		3
Fusobacteria	11	5			8 **
Gemmatimonadetes	1					cca-aga-aag
Ignavibacteriae		1
Nitrospirae	1	5
Planctomycetes	12	3
Synergistetes	6	2
Thermobaculum		2
Thermodesulfobacteria		3			2 cds *
Verrucomicrobia			8	1
CandidatusSaccharibacteria				2
total	37	53	8	3

total11, type y.

génomes	clade			16s23s5s	atcgca	cds-gca-atc-gta-cds
1	Armatimonadetes				1	
1	Caldiserica			1		
1	Chrysiogenetes			2	1	
1	Dictyoglomi			1	1	
1	Elusimicrobia				1	
1	Fibrobacteres				3	
1	Gemmatimonadetes		1		
1	Ignavibacteriae				1	
1	Thermobaculum				2	
2	Thermodesulfobacteria			3	
2	CandidatusSaccharibacteria			2
13	total11				5	13	2

Pourcentages du type 16s-y-23s5s

16s-y-23s5s	16s23s5s	atcgca	gcaatc	cds	total
total		37		53	8	3	101
%		37		52	8	3

autre noms

Lien tableur: autre noms

Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le

Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes autre

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.
Construction de la liste des noms
Statistiques

tRNAs           total           4081
génomes		ruptures	faits	total
 		78		46	83

F. Noms des autre
ruptures	ordre	rRNAs	faits	code	tRNAs	génomes
	1					Acidobacteria
1	2	111	1	ab001	48	Acidobacterium capsulatum ATCC 51196
1	3	111	1	ab002	50	Candidatus Koribacter versatilis Ellin345
1	4			ab003	56	Candidatus Solibacter usitatus Ellin6076
1	5	111	1	ab004	48	Chloracidobacterium thermophilum B
1	6	111	1	ab005	55	Granulicella mallensis MP5ACTX8
1	7			ab006	48	Granulicella tundricola MP5ACTX9
1	8	222	1	ab007	55	Terriglobus roseus DSM 18391
1	9			ab008	49	Terriglobus saanensis SP1PR4
	10
	11					Aquificae
1	12	222	1	ab011	45	Aquifex aeolicus VF5
1	13	222	1	ab012	44	Desulfurobacterium thermolithotrophum DSM 11699
1	14	111	1	ab013	90	Hydrogenobacter thermophilus TK-6
1	15	222	1	ab014	46	Hydrogenobaculum sp. 3684
1	16			ab015	46	Hydrogenobaculum sp. HO
1	17			ab016	46	Hydrogenobaculum sp. SN
1	18			ab017	46	Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1
1	19	222	1	ab018	42	Persephonella marina EX-H1
1	20	222	1	ab019	39	Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1
1	21			ab020	41	Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1
1	22	111	1	ab021	45	Thermocrinis albus DSM 14484
1	23			ab022	45	Thermocrinis ruber DSM 23557
1	24	333	1	ab023	47	Thermovibrio ammonificans HB-1
	25
	26					Armatimonadetes
1	27	121	1	ab027	47	Chthonomonas calidirosea T49
1	28			ab028	50	Fimbriimonas ginsengisoli Gsoil 348
	29
	30					Caldiserica
1	31	111	1	ab032	47	Caldisericum exile AZM16c01
	32
	33					Chrysiogenetes
1	34	333	1	ab035	37	Desulfurispirillum indicum S5
	35
	36					Cloacimonetes
1	37			ab038	47	Candidatus Cloacimonas acidaminovorans str. Evry
	38
	39					Deferribacteres
1	40	222	1	ab041	41	Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672
1	41	222	1	ab042	44	Deferribacter desulfuricans SSM1
1	42	222	1	ab043	43	Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809
1	43			ab044	45	Flexistipes sinusarabici DSM 4947
	44
	45					Dictyoglomi
1	46	222	1	ab047	47	Dictyoglomus thermophilum H-6-12 ATCC 35947
1	47			ab048	48	Dictyoglomus turgidum DSM 6724
	48
	49					Elusimicrobia
1	50	111	1	ab051	45	Elusimicrobium minutum Pei191
1	51			ab052	45	uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17
	52
	53					Fibrobacteres
1	54	333	1	ab055	58	Fibrobacter succinogenes subsp. succinogenes S85
	55
	56					Fusobacteria
1	57	555	1	ab058	46	Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 4 8
	58			ab059	46	Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 7 1
	59			ab060	48	Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586
	60			ab061	47	Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 3 1 27
	61			ab062	48	Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 3 1 36A2
1	62	10,8,8	1	ab063	79	Ilyobacter polytropus DSM 2926
1	63			ab064	47	Leptotrichia buccalis C-1013-b DSM 1135
1	64			ab065	41	Sebaldella termitidis ATCC 33386
1	65	433	1	ab066	36	Sneathia sp. Sn35 SN35
1	66			ab067	39	Streptobacillus moniliformis DSM 12112
	67
	68					Gemmatimonadetes
1	69			ab070	50	Gemmatimonadetes bacterium KBS708
1	70	111	1	ab071	50	Gemmatimonas aurantiaca T-27
	71
	72					Ignavibacteriae
1	73	111	1	ab074	45	Ignavibacterium album JCM 16511
1	74			ab075	46	Melioribacter roseus P3M-2
	75
	76					Nitrospirae
1	77			ab078	49	Candidatus Nitrospira defluvii
1	78	222	1	ab079	53	Leptospirillum ferriphilum ML-04
	79			ab080	52	Leptospirillum ferriphilum YSK
1	80	333	1	ab081	55	Leptospirillum ferrooxidans C2-3
1	81	111	1	ab082	50	Thermodesulfovibrio yellowstonii DSM 11347
	82
	83					Planctomycetes
1	84	333	1	ab085	49	Isosphaera pallida ATCC 43644
1	85			ab086	46	Phycisphaera mikurensis NBRC 102666
1	86			ab087	50	Pirellula staleyi DSM 6068
1	87	222	1	ab088	48	Planctomyces brasiliensis DSM 5305
1	88	121	1	ab089	70	Planctomyces limnophilus DSM 3776
1	89	888	1	ab090	73	Singulisphaera acidiphila DSM 18658
	90
	91					Synergistetes
1	92	333	1	ab093	48	Aminobacterium colombiense DSM 12261
1	93	222	1	ab094	50	Anaerobaculum mobile DSM 13181
1	94			ab095	42	Fretibacterium fastidiosum SGP1
1	95	333	1	ab096	51	Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589
1	96			ab097	49	Thermovirga lienii DSM 17291
	97
	98					Thermobaculum
1	99	222	1	ab100	52	Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798
	100
	101					Thermodesulfobacteria
1	102	222	1	ab103	51	Thermodesulfatator indicus DSM 15286
1	103	111	1	ab104	47	Thermodesulfobacterium commune DSM 2178
1	104			ab105	47	Thermodesulfobacterium geofontis OPF15
	105
	106					Verrucomicrobia
1	107	333	1	ab108	53	Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835
1	108			ab109	47	Coraliomargarita akajimensis DSM 45221
1	109	111	1	ab110	48	Methylacidiphilum fumariolicum SolV
1	110			ab111	46	Methylacidiphilum infernorum V4
1	111			ab112	49	Opitutaceae bacterium TAV5
1	112	111	1	ab113	76	Opitutus terrae PB90-1
1	113			ab114	49	Verrucomicrobia bacterium IMCC26134
1	114	444	1	ab115	71	Verrucomicrobium spinosum DSM 4136 JCM 18804
	115
	116					candidate divisionNC10
1	117			ab118	48	Candidatus Methylomirabilis oxyfera
	118
	119					candidate divisionSR1
1	120			ab121	37	candidate division SR1 bacterium RAAC1_SR1_1
	121
	122					candidate divisionWWE3
1	123			ab124	46	candidate division WWE3 bacterium RAAC2_WWE3_1
	124
	125					Candidatus Saccharibacteria
1	126			ab127	44	Candidatus Saccharibacteria bacterium RAAC3_TM7_1
1	127	111	1	ab128	44	Candidatus Saccharibacteria oral taxon TM7x
1	128	111	1	ab129	48	Candidatus Saccharimonas aalborgensis
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