Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/gamma

Shewanella

spl opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome []
Lien tableur: spl opérons

S1. Shewanella pealeana
39.1%GC	30.6.19 Paris	147	doubles	interca
	45136..46685	16s	@1	339
	47025..49946	23s		112
	50059..50174	5s

	51490..53039	16s		339
	53379..56298	23s		114
	56413..56528	5s

	182271..183820	16s	@2	71
	183892..183968	atc		65
	184034..184109	gca		364
	184474..187395	23s		112
	187508..187623	5s		100
	187724..187800	gac

	191614..191689	aca		8
	191698..191782	tac		35
	191818..191891	gga

	235182..236731	16s		374
	237106..240025	23s		114
	240140..240255	5s

	243631..245180	16s		338
	245519..248440	23s		113
	248554..248669	5s		68
	248738..248813	acc		17
	248831..248946	5s

	416766..416842	cgg		39
	416882..416957	cac		41
	416999..417075	cca	+	58
	417134..417210	cca	2 cca

	493711..495260	16s		339
	495600..498519	23s		114
	498634..498749	5s

	641376..641466	tca	@3	1172
	642639..642729	tca

	645847..647396	16s		71
	647468..647544	atc		65
	647610..647685	gca		329
	648015..650937	23s		156
	651094..651209	5s

	728115..728199	ttg

comp	1168942..1169018	atgi

comp	1339706..1339781	aca	+	52
comp	1339834..1339909	ttc	2 ttc	539
comp	1340449..1340524	aca	2 aca	52
comp	1340577..1340652	ttc

comp	1342467..1342542	aca		52
comp	1342595..1342670	ttc

	1456724..1456815	agc		21
	1456837..1456913	cgt	+	30
	1456944..1457020	cgt	7 cgt	32
	1457053..1457129	cgt	3 agc	30
	1457160..1457236	cgt		33
	1457270..1457346	cgt		9
	1457356..1457447	agc		76
	1457524..1457600	cgt		35
	1457636..1457712	cgt		9
	1457722..1457813	agc

comp	1627363..1627438	agg

comp	1770483..1770558	gta	+	37
comp	1770596..1770671	gta	11 gta	37
comp	1770709..1770784	gta		37
comp	1770822..1770897	gta		37
comp	1770935..1771010	gta		37
comp	1771048..1771123	gta		37
comp	1771161..1771236	gta		37
comp	1771274..1771349	gta		37
comp	1771387..1771462	gta		37
comp	1771500..1771575	gta		39
comp	1771615..1771690	gta

	1773910..1773985	gcc	+	80
	1774066..1774141	gaa	13 gaa	102
	1774244..1774319	gaa	2 gcc	102
	1774422..1774497	gaa		102
	1774600..1774675	gaa		102
	1774778..1774853	gaa		102
	1774956..1775031	gaa		102
	1775134..1775209	gaa		102
	1775312..1775387	gaa		253
	1775641..1775716	gaa		102
	1775819..1775894	gaa		102
	1775997..1776072	gaa		102
	1776175..1776250	gaa		102
	1776353..1776428	gaa		47
	1776476..1776551	gcc

	2081297..2082846	16s		338
	2083185..2086104	23s		114
	2086219..2086334	5s

comp	2143274..2143350	ccc

comp	2366164..2366240	atgf	+	40
comp	2366281..2366357	atgf	4 atgf	40
comp	2366398..2366474	atgf		40
comp	2366515..2366591	atgf

	2376218..2376308	tca

	2379767..2379842	ggc		13
	2379856..2379929	tgc		85
	2380015..2380100	tta

	2550857..2550932	ggc		13
	2550946..2551019	tgc	+	95
	2551115..2551200	tta	3 tgc	634
	2551835..2551908	tgc	3 tta	95
	2552004..2552089	tta		479
	2552569..2552642	tgc		132
	2552775..2552860	tta

	2558019..2558109	tca

comp	2717566..2717655	tcc

comp	2759730..2759806	atgf	+	189
comp	2759996..2760072	atgf	4 atgf	45
comp	2760118..2760194	gtc	2 gtc	2
comp	2760197..2760273	atgf		35
comp	2760309..2760385	gtc		13
comp	2760399..2760475	atgf

	2858823..2858907	tac	+	30
	2858938..2859022	tac	5 tac	85
	2859108..2859192	tac		107
	2859300..2859384	tac		107
	2859492..2859576	tac

	2866268..2866343	aac	+	45
	2866389..2866464	aac	7aac	41
	2866506..2866581	aac		26
	2866608..2866683	aac		32
	2866716..2866791	aac		33
	2866825..2866900	aac		40
	2866941..2867016	aac

comp	2929429..2929505	gac	+	97
comp	2929603..2929679	gac	4 gac	97
comp	2929777..2929853	gac		83
comp	2929937..2930013	gac

comp	3120289..3120364	aaa	+	58
comp	3120423..3120498	aaa	12 aaa	58
comp	3120557..3120632	aaa		58
comp	3120691..3120766	aaa		59
comp	3120826..3120901	aaa		57
comp	3120959..3121034	aaa		58
comp	3121093..3121168	aaa		58
comp	3121227..3121302	aaa		59
comp	3121362..3121437	aaa		58
comp	3121496..3121571	aaa		59
comp	3121631..3121706	aaa		59
comp	3121766..3121841	aaa

comp	3269860..3269935	cac		8
comp	3269944..3270020	aga		63
comp	3270084..3270160	cca

comp	3757983..3758059	atgf
comp	3758163..3758249	ctc

comp	3835257..3835331	caa	+	51
comp	3835383..3835467	cta	5 caa	131
comp	3835599..3835673	caa	5 cta	20
comp	3835694..3835778	cta	3 atg	96
comp	3835875..3835949	caa		49
comp	3835999..3836083	cta		211
comp	3836295..3836371	atg		5
comp	3836377..3836451	caa		47
comp	3836499..3836583	cta		55
comp	3836639..3836715	atg		5
comp	3836721..3836795	caa		47
comp	3836843..3836927	cta		55
comp	3836983..3837059	atg

comp	3862885..3862961	tgg	+	167
comp	3863129..3863205	tgg	2 tgg

comp	3867049..3867164	5s		114
comp	3867279..3870198	23s		338
comp	3870537..3872086	16s

	3882154..3882229	ttc

comp	4331488..4331563	ggc	+	130
comp	4331694..4331769	ggc	6 ggc	47
comp	4331817..4331892	ggc		162
comp	4332055..4332130	ggc		16
comp	4332147..4332222	ggc		48
comp	4332271..4332346	ggc

comp	4616881..4616996	5s		112
comp	4617109..4620030	23s		364
comp	4620395..4620470	gca		65
comp	4620536..4620612	atc		71
comp	4620684..4622233	16s

comp	5129770..5129846	gac		100
comp	5129947..5130062	5s		115
comp	5130178..5133097	23s		339
comp	5133437..5134986	16s

spl cumuls

Lien tableur: spl cumuls
Note:
- Moyenne et variance pour les intercalaires entre aas sans rRNAs inférieurs à 81, respectivement 39 et 14.

cumuls. Shewanella pealeana
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	11	1	0		1		1		100
	16 23 5s 0	6	20	12		50		20		200
	16 atc gca	3	40	27		100		40		300
	16 23 5s a	2	60	28		150		60		400
	max a	3	80	3		200		80		500
	a doubles	0	100	8		250		100		600
	spéciaux	0	120	13		300		120		700
	total aas	9	140	3		350		140		800
sans	opérons	29	160	0		400		160		900
	1 aa	8	180	2		450		180		1000
	max a	15	200	1		500		200		1100
	a doubles	15		6
	total aas	133		103	0		0		0		0
total aas		142
remarques		3
avec jaune			moyenne	88
			variance	143
sans jaune			moyenne	58
			variance	35

spl blocs

Lien tableur: spl blocs

S1. Shewanella pealeana, blocs à rRNA.
16s	339	339	374	339	338	338
23s	112	114	114	114	114	114
5s

16s	71	71	71	16s	338	16s	339
atc	65	65	65	23s	113	23s	115
gca	364	329	364	5s	68	5s	100
23s	112	156	112	acc	17	gac
5s	100			5s
gac

spl remarques

Remarques :
1. @1 8 blocs 16-23-5s. Ils ont tous les mêmes intercalaires, 338 113 68.
  - 6 blocs sont solo avec un dont l'intercalaire 16s-23s fait 11% de plus que le reste, 36/338.
  
  - 2 blocs avec 1 aa dont un possède en plus un 5s, gac et acc-5s.
2. @2 Les 2 blocs 16-atc-gca ont les mêmes intercalaires, 71 65 364 112. L’intercalaire 23s-5s est le même que les 6 autres blocs.
  - Les 2 blocs n'ont que 5 aas, soit pour les 8 opérons à rRNA 7 aas au total. Ce qui est quasiment nul.
3. @3 Les intercalaires élevés ne touchent que 3 opérons sans rRNAs

				
	-		anciens	-		nouveaux	-
	intercalires	n aas	doubles		nv doubles	nv opérons
	1172		2	2			0	2
	539		4	2,2			0	2
	634, 479	6	3,3			0	3
					
	résultats	ancien 	nouveau		
	total opérons	29	33		
	1 aa		8	10		
	max aa		15	15		
	doubles		15	12

Séquences des doubles : Les intercalaires excessives ne changent pas fondamentalement le spectre des doubles et leurs séquences. Ainsi les répétitions suivantes sont caractéristiques de ce génome.
- opéron à 13 gaa avec 11 intercalalires identiques de 102 bases, soit 11 répétitions d’une séquence de 180 bases environ, longueur de gaa+102.

- Les répétitions de séquences sont nombreuses. La plus longue est celle de l’opéron à 5 cta 5 caa 3 atg. Ce sont 5 séquences caa-cta avec un intercalaire de 50 interrompues par 2 atg et 2 intercalaires de 100 bases environ.

- Les 2 autres opérons à séquences répétées sont, 4atgf 2gtc (2*(2atgf-gtc)) et 6 ggc (avec 2 ggc-ggc séparées par des intercalaires longs).

- Répétitions du même codon avec son intercalaire comme pour le cas de l'opéron à 15 codons,

				
	codon	répétition	intercalaire		
	gaa	13		102		
	gta	11		37		
	tac	5		100		
	aac	7		35		
	gac	4		97		
	aaa	12		58		
	atgf	4		40

spl distribution

Lien tableur: spl distribution
Notes:
- gta11 tca2 cca2 tac5 aac7 gac4 aaa12 gaa13 atgf4+2 cgt5+2 ggc8 tgg2

- tca: tca2, 2 1aa

- gac: 2 5s, gac4

- Séquences:
(aca ttc)2

(tgc tta)3

(atf gtc)2

(caa cta atgj)3 ou (caa cta)5

Gm1 spl, Shewanella pealeana. gama
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	9
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	6	tgc	4
f atc	3	j acc	1	aac	7	agc	3
g ctc	1	f ccc	1	cac	2	cgt	7
h gtc	2	n gcc	2	gac	6	ggc	8
i tta	4	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	4	aaa	12	aga	1
k cta	5	g cca	3	caa	5	cga
l gta	11	o gca	3	gaa	13	gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	2
n atgj	3	l acg		aag		agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
spl	125	8		3		6	140

spl intercalaires entre cds

Lien NCBI
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

spl les fréquences

Lien tableur: spl intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 24.9.20.

spl Les fréquences des intercalaires entre cds
spl	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5	intercal	fréquencez
	négatif	426	10.1	négatif	-7	10	-1 à -98	5 174 581	-1	426	610	5
	zéro	18	0.4					intercals	0	18	620	10
	1 à 200	2448	58.1	0 à 200	82	58		730 981	5	168	630	7
	201 à 370	776	18.4	201 à 370	274	48		14.1%	10	124	640	6
	371 à 600	378	9.0	371 à 600	462	62			15	138	650	6
	601 à max	167	4.0	601 à 1028	849	331			20	74	660	6
	total 4213	<201	68.6	total 4213	173	207	-98 à 3180		25	69	670	7
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	64	680	6
3787762	3180	-1	426	-70	2		0	18	35	68	690	3
2676990	2727	0	18	-60	0		-1	126	40	47	700	5
4795292	1942	1	46	-50	4		-2	2	45	49	710	6
3628609	1722	2	53	-40	2		-3	0	50	42	720	6
1384243	1674	3	30	-30	5	min à -1	-4	141	55	52	730	2
5168395	1593	4	22	-20	16	426	-5	0	60	67	740	7
1692692	1489	5	17	-10	70	10.1%	-6	0	65	56	750	4
4989087	1401	6	15	0	345		-7	10	70	66	760	1
5017524	1331	7	16	10	292		-8	48	75	77	770	3
1530827	1329	8	30	20	212		-9	0	80	91	780	3
4000859	1318	9	30	30	133		-10	8	85	67	790	4
1999942	1254	10	33	40	115	1 à 100	-11	28	90	78	800	4
1605218	1225	11	29	50	91	1561	-12	0	95	65	810	2
897237	1221	12	36	60	119	37.1%	-13	5	100	81	820	3
1570703	1178	13	23	70	122		-14	15	105	41	830	1
4927424	1166	14	30	80	168		-15	1	110	61	840	3
1817514	1161	15	20	90	145		-16	3	115	52	850	2
3532660	1157	16	10	100	146		-17	9	120	75	860	1
1716642	1154	17	16	110	102		-18	0	125	64	870	4
1413389	1150	18	22	120	127		-19	1	130	64	880	2
2276940	1141	19	15	130	128		-20	7	135	37	890	3
600202	1140	20	11	140	82		-21	0	140	45	900	1
1996502	1103	21	14	150	78		-22	0	145	45	910	2
3325479	1046	22	13	160	82		-23	4	150	33	920	2
223647	1016	23	13	170	80	1 à 200	-24	0	155	43	930	1
3589524	1016	24	23	180	89	2448	-25	0	160	39	940	3
967539	1009	25	6	190	67	58.1%	-26	2	165	42	950	3
4112640	1007	26	9	200	70		-27	0	170	38	960	3
4903734	975	27	23	210	61		-28	1	175	45	970	1
3472661	968	28	9	220	64		-29	2	180	44	980	1
750412	959	29	12	230	58		-30	0	185	34	990	0
2804938	959	30	11	240	59		-31	0	190	33	1000	0
2670476	957	31	20	250	48		-32	3	195	35	1010	2
2620635	946	32	13	260	52			434	200	35	1020	2
2967190	944	33	11	270	54		reste	10	205	33	1030	0
4243039	944	34	14	280	47	0 à 200	total	444	210	28	1040	0
2002234	937	35	10	290	56	2466			215	23	1050	1
3578230	936	36	7	300	44		intercal	frequencef	220	41	1060	0
4121391	933	37	10	310	36		600	4046	225	35	1070	0
1500535	926	38	15	320	35		650	34	230	23	1080	0
4952031	915	39	8	330	29		700	27	235	32	1090	0
2490814	912	40	7	340	36	201 à 370	750	25	240	27	1100	0
2028503	909	reste	3017	350	30	776	800	15	245	25	1110	1
4150415	904	total	4213	360	30	18.4%	850	11	250	23	1120	0
2127775	897			370	37		900	11	255	26	1130	0
1003095	887			380	19		950	11	260	26	1140	1
2921392	885			390	24		1000	5	265	31	1150	2
2262088	884			400	19		1050	5	270	23	1160	2
2877064	877			410	32		1100	0	275	24	1170	2
4984821	874			420	31		1150	4	280	23	1180	1
4474909	866			430	24		1200	5	285	30	1190	0
1417740	865			440	20		1250	2	290	26	1200	0
4759907	862			450	20		1300	1	295	19	reste	14
3297697	861			460	20		1350	3	300	25	total	167
				470	19		1400	0	305	20
				480	12		1450	1	310	16
adresse	intercaln	décalage	long	490	12		1500	1	315	20
4734113	-98	shift2	629	500	19		1550	0	320	15
4557422	-77	shift2	764	510	13		1600	1	325	15
2893452	-56	shift2	1688	520	14		1650	0	330	14
4567483	-53	shift2	4142	530	12		1700	1	335	17
5067715	-53	shift2	2369	540	12	371 à 600	1750	1	340	19
4015714	-52	comp		550	9	378	1800	0	345	15
1735201	-43			560	11	9.0%	1850	0	350	15
1578876	-41			570	15		1900	0	355	15
164778	-38			580	7	601 à max	1950	1	360	15
5173629	-34			590	7	167		165	365	19
73781	-32			600	7	4.0%			370	18
2497076	-32			reste	167		reste	2	reste	545
2892533	-32			total	4213		total	4213	total	4213

Vibrio parahaemolyticus

vpb opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI chr1 , NCBI chr2 , génome []
Lien tableur: vpb opérons
Légende:
- cds1 198 MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF

- cds2 198 MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF

- cds3 180 MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS

vpb1. Vibrio parahaemolyticus BB22OP
45.3%GC	6.7.19 Paris	126	doubles	interca
		chr1
	33614..35175	16s	@4	80
	35256..35331	gaa		2
	35334..35409	aaa		30
	35440..35515	gta		55
comp	35571..35768	cds1		59
	35828..38743	23s		73
	38817..38932	5s

	49997..50073	cgg		32
	50106..50181	cac	+	72
	50254..50330	cca	2 cac	49
	50380..50455	cac	2 cca	24
	50480..50556	cca

comp	400045..400120	atgi

	577971..579532	16s		88
	579621..579696	gcc		12
	579709..579784	gaa		258
	580043..582958	23s		73
	583032..583147	5s		30
	583178..583254	gac		35
	583290..583366	tgg

comp	769649..769733	cta	+	29
comp	769763..769847	cta	10 cta	47
comp	769895..769971	atg	4 atg	24
comp	769996..770080	cta	5 caa	52
comp	770133..770207	caa		29
comp	770237..770321	cta		53
comp	770375..770451	atg		24
comp	770476..770560	cta		52
comp	770613..770687	caa		29
comp	770717..770801	cta		54
comp	770856..770930	caa		29
comp	770960..771044	cta		35
comp	771080..771154	caa		48
comp	771203..771287	cta		31
comp	771319..771403	cta		77
comp	771481..771557	atg		77
comp	771635..771709	caa		31
comp	771741..771825	cta		40
comp	771866..771942	atg

	786939..787015	cca

comp	802315..802391	agg

	910219..910295	aga

comp	982089..982173	tac	+	81
comp	982255..982339	tac	4 tac	81
comp	982421..982505	tac		81
comp	982587..982671	tac

	1124715..1124802	tcc

	1418321..1418397	gtc	+	32
	1418430..1418506	gtc	2gtc

comp	1988127..1988202	ggc	+	10
comp	1988213..1988299	tta	2 ggc	76
comp	1988376..1988451	ggc		20
comp	1988472..1988545	tgc

	2164082..2164157	aac

	2193593..2193683	tca

comp	2547884..2547960	atgf		56
comp	2548017..2548100	ctc

	2652092..2652168	cgt	+	56
comp	2652225..2652301	cgt	9 cgt	57
comp	2652359..2652435	cgt	2 agc	57
comp	2652493..2652569	cgt		57
comp	2652627..2652703	cgt		57
comp	2652761..2652837	cgt		56
comp	2652894..2652970	cgt		210
comp	2653181..2653257	cgt		31
comp	2653289..2653380	agc	@5	320
comp	2653701..2653777	cgt		31
comp	2653809..2653900	agc

	2735697..2735772	ttc	+	64
	2735837..2735912	aca	3 ttc	7
	2735920..2735995	ttc	2 aca	70
	2736066..2736141	aac	2 aac	71
	2736213..2736288	aca		7
	2736296..2736371	ttc		43
	2736415..2736490	aac

	2738623..2738698	ttc		51
	2738750..2738825	aca	+	21
	2738847..2738922	aac	2 aca	39
	2738962..2739037	aca	2 aac	15
	2739053..2739128	aac

comp	2741263..2741339	gac		31
comp	2741371..2741487	5s		57
comp	2741545..2741620	acc		100
comp	2741721..2741836	5s		73
comp	2741910..2744825	23s		257
comp	2745083..2745158	gca		41
comp	2745200..2745276	atc		56
comp	2745333..2746894	16s

comp	2755928..2756012	ttg

comp	2847646..2847722	tgg		68
comp	2847791..2847867	gac		30
comp	2847898..2848013	5s		73
comp	2848087..2851002	23s		258
comp	2851261..2851336	gaa		80
comp	2851417..2852978	16s

comp	2987485..2987561	atgf	+	56
comp	2987618..2987693	ggc	5 atgf	18
comp	2987712..2987788	atgf	8 ggc	35
comp	2987824..2987899	ggc		50
comp	2987950..2988025	ggc		49
comp	2988075..2988150	ggc		49
comp	2988200..2988275	ggc		30
comp	2988306..2988382	atgf		55
comp	2988438..2988513	ggc		30
comp	2988544..2988620	atgf		39
comp	2988660..2988735	ggc		19
comp	2988755..2988831	atgf		35
comp	2988867..2988942	ggc

comp	3060924..3061000	tgg		68
comp	3061069..3061145	gac		30
comp	3061176..3061291	5s		73
comp	3061365..3064280	23s		257
comp	3064538..3064613	gta		14
comp	3064628..3064703	gca		32
comp	3064736..3064811	aaa		2
comp	3064814..3064889	gaa		80
comp	3064970..3066531	16s	@3	319
comp	3066851..3066966	5s		73
comp	3067040..3069955	23s		261
comp	3070217..3071778	16s

comp	3105094..3105169	acc		13
comp	3105183..3105257	gga		35
comp	3105293..3105377	tac		36
comp	3105414..3105489	aca

comp	3111073..3111149	gac		30
comp	3111180..3111295	5s		73
comp	3111369..3114284	23s		261
comp	3114546..3116107	16s	@1	317
comp	3116425..3116540	5s		73
comp	3116614..3119529	23s		261
comp	3119791..3121352	16s

comp	3175944..3176034	tca		69
comp	3176104..3176219	5s		73
comp	3176293..3179211	23s		257
comp	3179469..3179544	gca		41
comp	3179586..3179662	atc		56
comp	3179719..3181280	16s	@2

comp	3217187..3217263	gac		30
comp	3217294..3217409	5s		73
comp	3217483..3220398	23s		59
	3220458..3220655	cds2		55
comp	3220711..3220786	gta		30
comp	3220817..3220892	aaa		2
comp	3220895..3220970	gaa		80
comp	3221051..3222612	16s
		chr2
	132908..134469	16s		80
	134550..134625	gaa		2
	134628..134703	aaa		16
	134720..134795	gca		14
	134810..134885	gta		54
comp	134940..135122	cds3		19
	135142..138059	23s		73
	138133..138248	5s		69
	138318..138408	tca

comp	192886..192969	ctc

comp	591931..592021	tca

comp	1009457..1009530	tgc		73
comp	1009604..1009690	tta

comp	1021568..1021641	tgc		73
comp	1021715..1021801	tta

comp	1029973..1030048	ggc		3
comp	1030052..1030125	tgc

	1125193..1125267	gga

vpb cumuls

Lien tableur: vpb cumuls

cumuls. Vibrio parahaemolyticus BB22OP
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	9	1	0	0	1		1		100
	16 23 5s 0	0	20	9	8	50		20		200
	16 atc gca	2	40	24	4	100		40		300
	16 23 5s a	1	60	21	2	150		60		400
	max a	6	80	9	2	200		80		500
	a doubles	0	100	3	0	250		100		600
	spéciaux	6	120	0	0	300		120		700
	total aas	33	140	0	0	350		140		800
sans	opérons	25	160	0	0	400		160		900
	1 aa	11	180	0	0	450		180		1000
	max a	19	200	0	0	500		200		1100
	a doubles	8		1	0
	total aas	93		67	16		0		0		0
total aas		126
remarques		5
avec jaune			moyenne	46	26
			variance	29	22
sans jaune			moyenne	43
			variance	17

vpb blocs

Lien tableur: vpb blocs

vpb1. Vibrio parahaemolyticus BB22OP, blocs à rRNA.
16s	80	16s	80	16s	80
gaa	2	gaa	2	gaa	2
aaa	30	aaa	30	aaa	16
gta	55	gta	55	gca	14
cds 198	59	cds 198	59	gta	54
23s	73	23s	73	cds 180	19
5s		5s	30	23s	73
		gac		5s	69
				tca

16s	56	16s	56	16s	88	16s	80
atc	41	atc	41	gcc	12	gaa	258
gca	257	gca	257	gaa	258	23s	73
23s	73	23s	73	23s	73	5s	30
5s	100	5s	69	5s	30	gac
acc	57	tca		gac
5s	31
gac

16s	261	16s	261
23s	73	23s	73
5s	319	5s	317
16s	80	16s	261
gaa	2	23s	73
aaa	32	5s	30
gca	14	gac
gta	257
23s	73
5s	30
gac

vpb remarques

Remarques : 2 chromosomes circulaires. EFTU et beaucoup de doubles.
1. @1 Blocs 16-23-5s, il y en a 3 dont 2 sont sur un opéron avec 1 aa. Le 4ème appartient à un opéron spécial.
  - Les 3 ont les mêmes Intercalaires, 73 261. L’intercalaire 23-5s se retrouve dans tout les autres opérons.
  
  - Les 2 blocs accolés sont séparés du reste par de grands intercalaires, 320 bases.
2. @2 Les opérons 16-atc-gca sont au nombre de 2 avec 3 aas en plus.
  - 4 de leurs intercalaires, 73 257 41 56, sont identiques et le 5ème est du même ordre de grandeur, 100 69.
  
  - Un opéron est clasisque et a un aa en plus, le 2ème a la séquence 5s-aa-5s-aa donc 2 aa en +.
3. @3 Les opérons analogues aux 16-atc-gca sont au nombre de 3 et ont 2 intercalaires en commun avec eux, 257 73 correspondant à aa-23s-5s.
  - Un opéron 16-gcc-gaa-23s-5s avec 2 aas entre les 2 rRNAs. Il a 4 aas.
  
  - Un opéron 16-gaa-23s-5s avec 1 aa entre les 2 rRNAs. Il a 3 aas.
  
  - Un opéron 16-gaa-3aas-23s-5s avec 4 aas entre les 2 rRNAs. Il a 6 aas.
4. @4 Les opérons analogues aux 16-atc-gca avec une protéine sont au nombre de 3 et ont l’intercalaire 73 du 23s-5s comme tous les autres opérons.
  - Différence importante avec lam qui a des opérons analogues, la protéine est dans le brin complémentaire du brin des RNAs. Alors que dans lam protéine et RNAs sont sur le même brin.
  
  - La séquence est 16s-gaa-aaa-xxx-gta-protéine-23s-5s et les 3 opérons ont en commun les 4 mêmes intercalaires, 16s-80-aaa-2-xxx-gta-55-protéine-23s-73-5s.
  
  - Deux opérons, sans xxx, sont identiques en aas, intercalaires et protéines mais un a un aa en plus après 5s. Ils ont respectivement 3 et 4 aas.
  
  - Un opéron a une protéine plus petite, 180 aas au lieu de 198, avec xxx=gca entre les rRNAs plus 1 au-delà du 5s, soit 5 aas au total.
  
  - Note du 4.10.20: contrôle des cds au 10.2.20 du NCBI, 0 cds.
5. @5 L’opéron 9cgt 2agc a une intercalaire élevée, 320 bases.
Séquences des doubles : beaucoup de doubles et de séquences répétées comme cbn.
- 8 opérons sur 14 à 2aas et plus sont remarquables :

	opéron			n*séquence
	cgg+4			2*2
	10 cta 5caa 4atg	3*4
	4 tac			4*1
	2 gtc			2*1
	9 cgt 2agc		8*1
	ttc+6			2*3
	ttc+4			2*2
	8 ggc 5atgf		5*2

vpb distribution

Lien tableur: vpb distribution
Notes:
- gtc2 cta2+2 tac4 cgt8 ggc4

- acc: 5s + >1aa

- tca: 2 5s + 2 1aa

- Séquences:
(cac cca)2

(cgt agc)2

ttc (aca aac)2

ttc (aca ttc aac)2

cta (cta atgj cta caa)2 (cta caa)2 cta (cta atgj) caa (cta atgj)

(atgf ggc)2 ggc3 (atgf ggc)3

Gm2 vpb, Vibrio parahaemolyticus BB22OP. gama
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	6
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	5	tgc	4
f atc	2	j acc	2	aac	5	agc	2
g ctc	2	f ccc		cac	2	cgt	9
h gtc	2	n gcc	1	gac	6	ggc	11
i tta	3	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	5	aaa	4	aga	1
k cta	10	g cca	3	caa	5	cga
l gta	4	o gca	4	gaa	6	gga	2
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	3
n atgj	4	l acg		aag		agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
vpb	82	11		12		21	126

Escherichia albertii

eal opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Lien tableur: eal opérons

eal1. Escherichia albertii
49.6%GC	10.3.19 Paris	89	doubles	interca
	219063..219144	tac	+	212
	219357..219438	tac	2 tac

	413135..413219	tcc

	462888..462972	tca

comp	489120..489191	gga		6
comp	489198..489270	aca

	615149..615233	tcc

comp	756823..756895	aaa	+	5
comp	756901..756973	gta	3 aaa	48
comp	757022..757094	aaa	2 gta	5
comp	757100..757172	gta		48
comp	757221..757293	aaa

	834529..834602	atgj	+	10
	834613..834694	cta	2atgj	26
	834721..834792	caa	2caa	37
	834830..834901	caa	2 cag	18
	834920..834993	atgj		51
	835045..835116	cag		35
	835152..835223	cag

comp	968958..969031	aga

comp	1192416..1192488	acg

comp	1269526..1269599	gac

comp	1277040..1277113	gac		52
comp	1277166..1277285	5s	@1	169
comp	1277455..1280377	23s		186
comp	1280564..1280636	gca		45
comp	1280682..1280755	atc		70
comp	1280826..1282367	16s

	1567231..1567314	ctg	+	31
	1567346..1567429	ctg	3 ctg	35
	1567465..1567548	ctg

comp	1657309..1657390	ttg

comp	1765401..1765473	ggc	+	159
comp	1765633..1765705	ggc	2 ggc

	1795516..1795588	ttc

comp	2006002..2006121	5s		169
comp	2006291..2009214	23s		186
comp	2009401..2009473	gca		45
comp	2009519..2009592	atc		70
comp	2009663..2011202	16s

comp	2042057..2043241	tuf1	CDS 1185pb	117
comp	2043359..2043431	acc		9
comp	2043441..2043512	gga		119
comp	2043632..2043713	tac		11
comp	2043725..2043797	aca	@3

comp	2047429..2047548	5s		169
comp	2047718..2050648	23s		186
comp	2050835..2050907	gca		45
comp	2050953..2051026	atc		68
comp	2051095..2052636	16s

comp	2208305..2208424	5s	@2	169
comp	2208594..2211517	23s		198
comp	2211716..2211788	gaa		85
comp	2211874..2213418	16s

comp	2267554..2267627	cca		43
comp	2267671..2267754	ctg		23
comp	2267778..2267850	cac		61
comp	2267912..2267985	cgg

comp	2305358..2305430	tgg		11
comp	2305442..2305515	gac		52
comp	2305568..2305687	5s		169
comp	2305857..2308779	23s		198
comp	2308978..2309050	gaa		85
comp	2309136..2310676	16s

comp	2426158..2426248	tga

	2556305..2556378	ccg

	2810766..2812307	16s		85
	2812393..2812465	gaa		198
	2812664..2815586	23s		169
	2815756..2815875	5s		151
	2816027..2816099	acc		40
	2816140..2816259	5s

	2911129..2911212	ctc

	2913088..2913161	atgf

comp	3010332..3010404	atgi

comp	3177717..3177789	ttc

	3301617..3301687	ggg

comp	3366868..3366941	atgf	+	37
comp	3366979..3367052	atgf	3 atgf	37
comp	3367090..3367163	atgf

	3469914..3470003	agc		6
	3470010..3470083	cgt	+	201
	3470285..3470358	cgt	3 cgt	200
	3470559..3470632	cgt

	3505321..3505393	atgi

	3563056..3564598	16s		85
	3564684..3564756	gaa		198
	3564955..3567876	23s		169
	3568046..3568165	5s

comp	3779750..3779822	aaa		7
comp	3779830..3779902	gta	+	47
comp	3779950..3780022	gta	2 gta

	3782718..3782790	gcc	+	42
	3782833..3782905	gcc	2 gcc

comp	3810369..3810440	agg

comp	3993500..3993573	ccc

comp	4232176..4232248	aac

	4233996..4234068	aac

comp	4242952..4243024	aac

comp	4248342..4248414	aac

	4249406..4249492	tcg

	4256696..4256768	atgi		100
	4256869..4256942	aga

	4317980..4318052	ggc		56
	4318109..4318179	tgc		14
	4318194..4318277	tta

comp	4556753..4556826	gtc	+	7
comp	4556834..4556907	gtc	2 gtc

eal cumuls

Lien tableur: eal cumuls

cumuls. Escherichia albertii
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	7	1	0	-	1		1		100
	16 23 5s 0	0	20	11		50		20		200
	16 atc gca	3	40	8		100		40		300
	16 23 5s a	0	60	7		150		60		400
	max a	3	80	1		200		80		500
	a doubles	0	100	1		250		100		600
	spéciaux	4	120	1		300		120		700
	total aas	13	140	0		350		140		800
sans	opérons	38	160	1		400		160		900
	1 aa	23	180	0		450		180		1000
	max a	7	200	1		500		200		1100
	a doubles	10		2
	total aas	71		33	0		0		0		0
total aas		84
remarques		3
avec jaune			moyenne	53
			variance	59
sans jaune			moyenne
			variance

eal blocs

Lien tableur: eal blocs

eal1. Escherichia albertii, blocs à rRNA.
16s	70	70	68
atc	45	45	45
gca	186	186	186
23s	169	169	169
5s	52
gac

16s	85	85	85
gaa	198	198	198
23s	169	169	169
5s	52
gac

16s	85
gaa	198
23s	169
5s	151
acc	40
5s

eal remarques

Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, un nouveau bloc 16-gaa-23-5s, beaucoup de doubles.

@1 Les blocs 16-atc gca-23-5s sont au nombre de 3 avec 1 seul aa en plus.
- Les intercalaires sont les mêmes pour les 3 opérons, 70 45 186 169.

- Un seul opéron a un aa en plus.
@2 4 nouveaux blocs analogues aux précédents, 16-gaa-23-5s.
- Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 opérons, 85 198 169.

- Elles sont, dans le même ordre, analogue à celles des blocs 16-atc gca-23-5s.

- Les aas suplémentaires sont absents pour 2 opérons et sont 2 pour un autre.

- Le 4ème opéron a 1 aa et 1 5s en supplément.
@3 2 opérons tRNAs+protéine : tactac-tpr et acatacggaacc-tufB

Séquences des doubles : beaucoup de doubles mais peu de séquences répétées.
- 5 opérons à 2 aas répétés

- 3 opérons à 3 aas répétés

- L'opéron au maximum de 7 aas a 2 répétitions de 2 aas en séquence et la 3ème a ses 2 aas séparés : atg cta 2caa atg 2cag.

- Un opéron à 5 aas a une séquence répétée, aaa + 2*2.

- 5 opérons sans répétitions

		
		eco			eal
		Opérons sans rRNAs avec doubles		
		2tac			2tac
		2gtc			2gtc
		2gcc			2gcc
		3ctg			3ctg
		3atgf			3atgf
		atg cta 2caa atg 2cag	atg cta 2caa atg 2cag
		Remaniements des répétitions		
		3ggc			2ggc
		aaa 3gta		aaa 2gta
		agc 4cgt		agc 3cgt
		5aaa 2gta		3aaa 2gta
		Opérons sans rRNAs sans doubles		
		tta tgc ggc		tta tgc ggc
		cgg cac ctg cca		cgg cac ctg cca
		aca tac gga acc		aca tac gga acc
		Disparition de 2 opérons chez eco		
		-			atgi aga
		-			gga aca

Notes :

eal distribution

Lien tableur: eal distribution
Notes:
- gtc2 gta2 ctg3 gcc2 tac2 caa2 cag2 atgf3 cgt3 ggc2

- atgi: 2 1aa + 1 >1aa

- gac: 1aa + 2 5s

- Séquences:
aaa (gta aaa)2

Gm3 eal, Escherichia albertii. gama
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	3	tgc	1
f atc	3	j acc	2	aac	4	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	3
h gtc	2	n gcc	2	gac	3	ggc	3
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	2	aaa	4	aga	2
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga
l gta	4	o gca	3	gaa	4	gga	2
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag		agg	1
o ctg	4	h ccg	1	cag	2	cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg	1
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
eal	48	23		4		10	85

Escherichia coli

eco opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Lien tableur: eco opérons

eco1. Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
50.6%GC	10.3.19 Paris	89	doubles	interca	EcoCyc
	223771..225312	16s		68	opéron
	225381..225457	atc		42	ileV
	225500..225575	gca		183	«
	225759..228662	23s		93	«
	228756..228875	5s	@1	52	«
	228928..229004	gac			aspU

	236931..237007	gac

	262871..262946	acg

	564723..564799	aga

comp	696430..696504	cag	+	37	opéron
comp	696542..696616	cag	2 cag	47	glnT
comp	696664..696740	atg	2 atg	15	«
comp	696756..696830	caa	2 caa	34	«
comp	696865..696939	caa		23	«
comp	696963..697047	cta		9	«
comp	697057..697133	atg

	780554..780629	aaa	+	135	lysT
	780765..780840	gta	5 aaa	2	opéron
	780843..780918	aaa	2 gta	149	«
	781068..781143	gta		3	valZ
	781147..781222	aaa		146	opéron
	781369..781444	aaa		132	lysZ
	781577..781652	aaa			lysQ
					EcoCyc
comp	925884..925971	tcc			InfA-serW

comp	1031625..1031712	tca

comp	1097565..1097652	tcc

comp	1287087..1287176	tpr	cds 90pb	67	tpr
comp	1287244..1287328	tac	+	209	opéron
comp	1287538..1287622	tac	2 tac		tyrT

	1746435..1746511	gtc	+	4	valV
	1746516..1746592	gtc	2 gtc		opéron
					«RNA 67pb
comp	1991815..1991901	tta		12	leuZ
comp	1991914..1991987	tgc		54	«
comp	1992042..1992117	ggc			opéron

comp	2043468..2043557	tcg

	2044549..2044624	aac

comp	2058027..2058102	aac

	2059851..2059926	aac

	2062260..2062335	aac

	2286211..2286287	ccc

	2466309..2466383	agg

comp	2518041..2518116	gcc	+	39	alaX
comp	2518156..2518231	gcc	2 gcc		opéron

	2520931..2521006	gta	+	44	valU
	2521051..2521126	gta	3gta	46	opéron
	2521173..2521248	gta		4	«
	2521253..2521328	aaa			«

comp	2726069..2726188	5s	@2	92	opéron
comp	2726281..2729184	23s		184
comp	2729369..2729444	gaa		171
comp	2729616..2731157	16s

comp	2785762..2785837	atgi

comp	2817784..2817860	cgt	+	198	«
comp	2818059..2818135	cgt	4 cgt	62	«
comp	2818198..2818274	cgt		198	«
comp	2818473..2818549	cgt		3	opéron
comp	2818553..2818645	agc			serV

	2947387..2947463	atgf	+	33	opéron
	2947497..2947573	atgf	3 atgf	33	metW
	2947607..2947683	atgf			«

comp	2998984..2999057	ggg

	3110366..3110441	ttc

	3215598..3215673	atgi

comp	3318213..3318289	atgf

comp	3322072..3322158	ctc

comp	3423423..3423542	5s		37	«
comp	3423580..3423655	acc		12	«
comp	3423668..3423787	5s		92	«
comp	3423880..3426783	23s		174	«
comp	3426958..3427033	gca		42	«
comp	3427076..3427152	atc		68	ileU
comp	3427221..3428762	16s			opéron

comp	3708616..3708692	ccg

	3836222..3836316	tga
					ecoliwiki
	3941808..3943349	16s		85	gltU
	3943435..3943510	gaa		193	opéron
	3943704..3946607	23s		92	«
	3946700..3946819	5s		52	«
	3946872..3946948	gac		8	aspT
	3946957..3947032	tgg			trpT

	3982375..3982451	cgg		57	argX
	3982509..3982585	cac		20	opéron
	3982606..3982692	ctg		42	«
	3982735..3982811	cca			«

	4035531..4037072	16s		68	opéron
	4037141..4037217	atc		42	ileT
	4037260..4037335	gca		183	«
	4037519..4040423	23s		93	«
	4040517..4040636	5s			«

	4166659..4168200	16s		171	opéron
	4168372..4168447	gaa		193
	4168641..4171544	23s		92
	4171637..4171756	5s

	4175388..4175463	aca	@3	8	thrU
	4175472..4175556	tac		116	opéron
	4175673..4175747	gga		6	«
	4175754..4175829	acc		114	«
	4175944..4177128	tufb	cds 1185 pb		«

	4208147..4209688	16s		85	opéron
	4209774..4209849	gaa		193
	4210043..4212946	23s		93
	4213040..4213159	5s

comp	4362551..4362626	ttc

	4392360..4392435	ggc	+	36	opéron
	4392472..4392547	ggc	3 ggc	35	glyX
	4392583..4392658	ggc			«

	4496405..4496489	ttg

comp	4606079..4606165	ctg	+	34	opéron
comp	4606200..4606286	ctg	3 ctg	28	leuV
comp	4606315..4606401	ctg			«

eco cds

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Lien tableur: eco cds
Légende
- protéines1: metY-yhbC-nusA-infB-rbfA-truB-rpsO-pnp

- protéine2: secG

- évidence faible1, avec un pseudo.

eco2. les CDS eco pour opérons
cluster	6.8.19 Paris		interca	cdsa	promoteur	terminateur	notes
	222833..223408	cds	362	192	sigma FIS
	223771..225312	16s	68
	225381..225457	atc	42
	225500..225575	gca	183
	225759..228662	23s	93
	228756..228875	5s	52
	228928..229004	gac	162		Terminateur	+ sigma
	229167..229970	cds		268

comp	2724448..2725746	cds	322	433	rien	début opéron	rien
comp	2726069..2726188	5s	92
comp	2726281..2729184	23s	184
comp	2729369..2729444	gaa	171
comp	2729616..2731157	16s	442		sigma FIS
comp	2731600..2734173	cds		858

	3422436..3423194	cds	228	253	Terminateur	fin opéron	rien
comp	3423423..3423542	5s	37
comp	3423580..3423655	acc	12
comp	3423668..3423787	5s	92
comp	3423880..3426783	23s	174
comp	3426958..3427033	gca	42
comp	3427076..3427152	atc	68
comp	3427221..3428762	16s	473		sigma FIS
	3429236..3429790	cds		185

comp	3940635..3941327	cds	480	231	sigma FIS
	3941808..3943349	16s	85
	3943435..3943510	gaa	193
	3943704..3946607	23s	92
	3946700..3946819	5s	52
	3946872..3946948	gac	8
	3946957..3947032	tgg	95		Terminateur	fin opéron	rien
comp	3947128..3947967	cds		280

	4034608..4035153	cds	377	182	Sigma Lrp-leu
	4035531..4037072	16s	68
	4037141..4037217	atc	42
	4037260..4037335	gca	183
	4037519..4040423	23s	93
	4040517..4040636	5s	228
	4040865..4040900	rprg	5		pas de Term	fin opéron	rien
comp	4040906..4041433	cds		176

	4165428..4166285	cds	373	286	Sigma Lrp-leu
	4166659..4168200	16s	171
	4168372..4168447	gaa	193
	4168641..4171544	23s	92
	4171637..4171756	5s	300		Terminateur	début opéron	rien
	4172057..4173085	cds		343

comp	4205943..4207532	cds	614	530	sigma FIS
	4208147..4209688	16s	85
	4209774..4209849	gaa	193
	4210043..4212946	23s	93
	4213040..4213159	5s	74		Terminateur	début opéron	rien
	4213234..4213617	cds		128

	695101..696276	cds	31	392
comp	696308..696378	rprg	51		Terminateur	fin opéron	rien
comp	696430..696504	cag	37
comp	696542..696616	cag	47
comp	696664..696740	atg	15
comp	696756..696830	caa	34
comp	696865..696939	caa	23
comp	696963..697047	cta	9
comp	697057..697133	atg	379		sigma FIS	fin opéron	rien
comp	697513..699177	cds		555

	779598..780389	cds	164	264	sigma FIS	fin opéron	rien
	780554..780629	aaa	135
	780765..780840	gta	2
	780843..780918	aaa	149
	781068..781143	gta	3
	781147..781222	aaa	146
	781369..781444	aaa	132
	781577..781652	aaa	432		Terminateur	début opéron	NadR pas sigma
	782085..783128	cds		348

	1286709..1286984	cds	81	92	Terminateur
comp	1287066..1287236	ncRNA	-150
comp	1287087..1287176	tpr	67	30
comp	1287244..1287328	tac	209
comp	1287538..1287622	tac	159		sigma FIS
comp	1287782..1288624	cds		281

solitaire			promoteur	terminateur	interc avant	interc après	protéines	lien
	236931..237007	gac	sigma FIS	Term 1	133	328
	262871..262946	acg	sigma FIS	rien	115	204
	564723..564799	aga	sigma FIS	rien	243	16
comp	925884..925971	InfA-tcc	sigma FIS	Term 1	344	254
comp	1031625..1031712	tca	sigma FIS	Term 2	207	427
comp	1097565..1097652	tcc	sigma FIS	Term 4	736	234
comp	2043468..2043557	tcg	sigma -	Term 1	570	94
	2044549..2044624	aac	sigma -	Term 1	101	314
comp	2058027..2058102	aac	sigma -	Term 1	453	101
	2059851..2059926	aac	sigma -	Term 1	5	38
	2062260..2062335	aac	sigma NtrC	rien	327	56
	2286211..2286287	ccc	sigma FIS	Term 1	75	103
	2466309..2466383	agg	sigma -	Term 1	76	162
comp	2785762..2785837	atgi	rien	rien	410	-37	évidence faible1
comp	2998984..2999057	ggg	sigma FIS	rien	156	79	évidence faible
	3110366..3110441	ttc	sigma FIS	Term 1	106	149
	3215598..3215673	atgi	sigma -	Term 1	125	54
comp	3318213..3318289	atgf	sigma FIS	Term 2	207	348	protéines1
comp	3322072..3322158	ctc	sigma -	Term 1	459	15	protéine2
comp	3708616..3708692	ccg	sigma FIS	Term 2	911	92
	3836222..3836316	tga	sigma -	rien	293	109
comp	4362551..4362626	ttc	sigma FIS	Term 1	198	107
	4496405..4496489	ttg	sigma FIS	Term 1	196	261

eco cumuls

Lien tableur: eco cumuls

cumuls. Escherichia coli
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	7	1	0	-	1		1		100
	16 23 5s 0	0	20	11		50		20		200
	16 atc gca	3	40	10		100		40		300
	16 23 5s a	0	60	6		150		60		400
	max a	3	80	1		200		80		500
	a doubles	0	100	0		250		100		600
	spéciaux	4	120	1		300		120		700
	total aas	14	140	2		350		140		800
sans	opérons	36	160	2		400		160		900
	1 aa	23	180	0		450		180		1000
	max a	7	200	2		500		200		1100
	a doubles	10		1
	total aas	72		36	0		0		0		0
total aas		86
remarques		3
avec jaune			moyenne	57
			variance	60
sans jaune			moyenne
			variance

eco blocs

Lien tableur: eco blocs

eco1. Escherichia coli, blocs à rRNA.
16s	68	16s	68	68
atc	42	atc	42	42
gca	174	gca	183	183
23s	92	23s	93	93
5s	12	5s	52
acc	37	gac
5s

16s	85	171	171	85
gaa	193	184	193	193
23s	92	92	92	93
5s	52
gac

eco remarques

Remarques : Pas de blocs 16-23-5s, un nouveau bloc 16-gaa-23-5s, beaucoup de doubles. Comme eal.
1. @1 Les blocs 16-atc gca-23-5s sont au nombre de 3 avec 1 seul aa en plus.
  - Les intercalaires sont les mêmes pour les 3 opérons, 68 42 183 93.
  
  - Cependant les 3 1ers intercalaires diminuent de 3 bases chacun et le 4ème est divisé par 2.
  
  - Par rapport à eal un opéron sans aa de plus, s'est transformé avec 1 aa et 1 5s en plus. Son intercalaire gca-23s a diminué de 5 % par rapport aux 2 autres, 9/183.
2. @2 4 nouveaux blocs analogues aux précédents, 16-gaa-23-5s, comme eal.
  - Les intercalaires sont les mêmes pour 2 opérons sans aa supplémentaire, 171 193 92.
  
  - Pour les 2 autres opérons le 1er intrcalaire est divisé par 2, 85 193 92.
  
  - Elles sont, dans le même ordre, analogue à celles des blocs 16-atc gca-23-5s.
  
  - Par rapport à eal, l'opéron avec 1 aa et 1 5s a perdu ces suppléments. Et l’on a 3 opérons sans et 1 opéron avec 2 aas en supplément.
3. @3 2 opérons tRNAs+protéine : tactac-tpr et acatacggaacc-tufB
Séquences des doubles : beaucoup de doubles mais peu de séquences répétées.
- Il y a 4 remaniements qui consistent tous en une ou 2 répétions de plus des répétitions déjà existantes

- 2 opérons sans rRNAs et sans doubles ont été perdus de eal à eco.

- Pour eco il y a toujours 10 opérons avec répétition et 3 sans répétitions:

- 3 opérons à 2 aas répétés

- 4 opérons à 3 aas répétés

- 1 opéron à 4 aas répétés.

- L'opéron au maximum de 7 aas a 2 répétitions de 2 aas en séquence et la 3ème a ses 2 aas séparés : atg cta 2caa atg 2cag.

- Un opéron à 7 aas a une séquence répétée, 3aaa + 2*2.

		
		eco			eal
		Opérons sans rRNAs avec doubles		
		2tac			2tac
		2gtc			2gtc
		2gcc			2gcc
		3ctg			3ctg
		3atgf			3atgf
		atg cta 2caa atg 2cag	atg cta 2caa atg 2cag
		Remaniements des répétitions		
		3ggc			2ggc
		aaa 3gta		aaa 2gta
		agc 4cgt		agc 3cgt
		5aaa 2gta		3aaa 2gta
		Opérons sans rRNAs sans doubles		
		tta tgc ggc		tta tgc ggc
		cgg cac ctg cca		cgg cac ctg cca
		aca tac gga acc		aca tac gga acc
		Disparition de 2 opérons chez eco		
		-			atgi aga
		-			gga aca

Notes :

eco distribution

Lien tableur: eco distribution
Notes:
- gtc2 gta3 ctg3 gcc2 tac2 aaa3 caa2 cag2 atgf3 cgt4 ggc3

- gac: 1aa + 2 5s

- Séquences:
(aaa gta)2 aaa3

Gm4 eco, Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655. gama
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	3	tgc	1
f atc	3	j acc	2	aac	4	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	4
h gtc	2	n gcc	2	gac	3	ggc	4
i tta	1	c tca	1	taa		tga	1
j ata		k aca	1	aaa	6	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga
l gta	5	o gca	3	gaa	4	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag		agg	1
o ctg	4	h ccg	1	cag	2	cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg	1
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
eco	49	23		4		10	86

eco intercalaires entre cds

Lien NCBI daté du 23-9-2020 pour ces prélèvements.
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

Fréquences: gammes, moyennes et variances

intercalaires	total		%		intercalaires		moyenne			ecartype	plage
négatif		750		17		négatif 		-10			18		-1 à -199
zéro		29		0.7				
1 à 200		2596		60		0 à 200			73			58	
201 à 370	616		14		201 à 370		266			48	
371 à 600	194		4.5		371 à 600		454			68	
601 à max	138		3.2		601 à 3103		1112			626	
Total 4324					Total 4310		133			237		-729 à 3103

eco les fréquences

Lien tableur: eco intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs.
- 16s, 23s5s, blocs à rRNAs seuls.Voir eco opérons

- mbel, mobil element. jo, join. misc, misceleanous feature. comp, quand les 2 cds se trouvent séparément sur les 2 brins.
Les join: pour les 2 * des adresses du tableau, il correspondent à cds10 puis cds16 de la liste ci-dessous

cds1	2101396..2101744			cds1	2102944..2103389			
cds2	2169693..2170167			cds2	2171429..2171727			
cds3	2286390..2288914			cds3	2290114..2290180			
cds4	3035184..3036206			cds4	3036208..3036282			
cds5	380844..381260				cds5	382591..382872			
cds6	511168..511176				cds6	511176..511379			
cds7	574529..574586				cds7	575786..576825			
cds8	1427389..1427598			cds8	1428796..1428984			
cds9	2068635..2068940			cds9	2070277..2070474			
cds10	257829..257899				cds10	258676..259006			
cds11	270278..270540				cds11	271764..272190			
cds12	3186025..3186095			cds12	3187432..3189865			
cds13	3365185..3365555			cds13	3366755..3366929			
cds14	3583038..3583427			cds14	3584205..3584309			
cds15	3651291..3652036			cds15	3653236..3653713			
cds16	390251..391708				cds16	392970..394418			
cds17	492092..493375				cds17	493375..493386			
cds18	566684..566776				cds18	568035..568247			
cds19	1465392..1467909			cds19	1469246..1469295		cds19	1470519..1474013
cds20	4507197..4507451			cds20	4509479..4509793		cds20	4509009..4509479

eco Les fréquences des intercalaires entre cds
adresse	intercal	inter-gène	long	intercal	fréquence	cumul/%	intercal	fréquence
1592176	6174	pseudo	5422	-70	33		0	29
3422436	6041	16s	5340	-60	2		-1	166
3940635	5800	16s	5224	-50	2		-2	3
4165428	5771	16s		-40	12		-3	0
222833	5758	16s		-30	18	-69 à -1	-4	307
4034608	5752	16s		-20	45	717	-5	0
4205943	5701	16s		-10	84	17%	-6	0
2725925	5612	16s		0	583		-7	15
2328148	4538	pseudo	4604	10	384		-8	61
2784529	3973	pseudo	2252	20	282		-9	2
1218983	3103	néant		30	156		-10	6
2196474	2980	pseudo	2859	40	145		-11	34
4572414	2980	pseudo		50	152		-12	1
1526940	2769	pseudo	voir eco	60	158		-13	3
247637	2763	2 pseudo	opérons	70	137		-14	20
2451584	2746	pseudo		80	113		-15	0
1649794	2742	mbel 2pseudo		90	108		-16	3
1800642	2594	pseudo		100	120		-17	10
4533796	2543	2 pseudo		110	125		-18	2
2993638	2515	mbel 5pseudo		120	93		-19	5
2033119	2350	pseudo		130	90		-20	9
3630968	2250	pseudo		140	90		-21	2
4495190	2062	misc		150	87		-22	3
313141	2048	mbel 2pseudo		160	82		-23	7
4249554	2031	pseudo		170	76	1 à 200	-24	2
4498595	1759	pseudo		180	65	2596	-25	4
2226509	1711	pseudo		190	71	60%	-26	8
527581	1695	3 pseudo		200	62		-27	1
779598	1695	8 aas		210	74		-28	4
3950507	1643	pseudo		220	67		-29	5
4567287	1642	pseudo		230	43		-30	1
2044938	1628	pseudo		240	43		-31	1
2010600	1620	misc 2 pseudo		250	45		-32	7
733776	1547			260	49			721
3418390	1522			270	28		reste	58
				280	42			779
164730	-2400	135	2 cds	290	38
2731600	-2130	0	2 cds	300	30		600	4185
492092	-1932	0	Jo 2 cds	310	24		700	39
4577958	-897	0	1 et 2cds	320	33		800	22
1179520	-729	111	2 cds	330	21		900	9
3111128	-723	138	comp	340	22	201 à 370	1000	9
3838248	-530	394	comp	350	13	616	1100	8
10643	-527	187	comp	360	21	14%	1200	2
1639030	-448	50	2 gènes	370	23		1300	4
3796948	-436	824	comp	380	26		1400	5
578107	-242	220	2 gènes	390	10		1500	5
508875	-212	2293	Jo 2 cds	400	20		1600	2
3993739	-210	111	comp	410	13		1700	6
16751	-153	0	2 gènes	420	8		1800	2
*382591	-134	149	jo misc	430	17		1900	0
1240260	-129	75	comp	440	11		2000	0
*390251	-117	1341	jo comp misc	450	4		2100	3
4011076	-113	787	comp	460	10		2200	0
1491922	-110	40	2 gènes	470	6		2300	1
3086145	-102	42	comp	480	7		2400	1
1426454	-94	935	jo 2 gènes	490	5		2500	0
3519465	-89	1150	2 gènes	500	6		2600	3
1529922	-86	397	comp	510	2		2700	0
2475873	-85	221	2 gènes	520	6		2800	4
19811	-82	422	2 gènes	530	5		2900	0
257923	-82	422	2 gènes	540	6	371 à 600	3000	2
279178	-82	422	2 gènes	550	6	194	3500	1
290649	-82	422	2 gènes	560	5	4.5%	4000	1
1049833	-82	194	2 gènes	570	5		5000	1
1978518	-82	422	2 gènes	580	7	601 à max	6000	6
3583483	-82	194	2 gènes	590	5	138	7000	2
4536597	-82	17	comp	600	4	3.2%	total	138

Escherichia coli Nissle 1917

ecoN opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Lien tableur: ecoN opérons
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

G7. Escherichia coli Nissle 1917
50%GC	21.8.19 Paris	123	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
	231864..232436	CDS		365	365			191		D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase
	232802..234321	16s		73				1520
	234395..234471	gaa		12			12
	234484..234557	gca		174
	234732..237319	23s		83				2588
	237403..237518	5s		54				116
	237573..237649	gac		162	162				162
	237812..238615	CDS						268		2,5-didehydrogluconate reductase DkgB

	244934..245665	CDS		132	132			244		DNA polymerase III subunit epsilon
	245798..245874	gac		120	120				120
comp	245995..246852	CDS						286		DUF4942 domain-containing protein

	367329..368582	CDS		114	114			418	114	glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
	368697..368772	acg		154	154
	368927..369265	CDS						113		DUF4102 domain-containing protein

comp	631149..632015	CDS		270	270			289		bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD
	632286..632362	aga		15	15				15
comp	632378..632997	CDS						207		tyrosine-type recombinase/integrase

	733188..734363	CDS		153	153			392	153	2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase
comp	734517..734591	cag	+	37		37
comp	734629..734703	cag	2 cag	48		48
comp	734752..734828	atgj	2 atgj	15		15
comp	734844..734918	caa	2 caa	34		34
comp	734953..735027	caa		23		23
comp	735051..735135	cta		10		10
comp	735146..735222	atgj		380	380
comp	735603..737267	CDS						555		asparagine synthase B

	807377..808169	CDS		164	164			264	164	Pseudo, cell division protein CpoB
	808334..808409	aaa	+	35		35
	808445..808520	gta	5 aaa	2		2
	808523..808598	aaa	2 gta	51		51
	808650..808725	gta		3		3
	808729..808804	aaa		48		48
	808853..808928	aaa		33		33
	808962..809037	aaa		277	277
	809315..810358	CDS						348		quinolinate synthase NadA

	950069..952345	CDS		343	343			759	343	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA
comp	952689..952776	tcc		253	253
comp	953030..953248	CDS						73		translation initiation factor IF-1

comp	1047224..1047883	CDS		206	206			220	206	FtsH protease modulator YccA
comp	1048090..1048177	tca		426	426
	1048604..1049722	CDS						373		hydrogenase 1 small subunit

	1183656..1184018	CDS		463	463			121		hp
	1184482..1184558	aga		278	278				278
> comp	1184837..1185786	CDS						317		Pseudo, IS4 family transposase

	1213982..1214809	CDS		165	165			276	165	DUF4942 domain-containing protein
comp	1214975..1215062	tcc		233	233
	1215296..1216234	CDS						313		glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA

	1216817..1217098	CDS		165	165			94	165	DUF4942 domain-containing protein
comp	1217264..1217351	tcc		234	234
	1217586..1218524	CDS						313		glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA

	1457038..1458129	CDS		16	16			364	16	acyl-CoA desaturase
comp	1458146..1458277	ncRNA		46				44		RtT sRNA
comp	1458324..1458408	tac	+	33		33
comp	1458442..1458526	tac	2 tac	159	159
comp	1458686..1459528	CDS						281		formyltetrahydrofolate deformylase

comp	1829066..1830322	CDS		307	307			419		hp
	1830630..1830706	gtc	+	4		4
	1830711..1830787	gtc	2 gtc	6	6				6
<	1830794..1831177	CDS	@4					128		Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK

comp	1831218..1832474	CDS		307	307			419		hp
	1832782..1832858	gtc	+	4		4
	1832863..1832939	gtc	2 gtc	8	8				8
<	1832948..1833280	CDS						111		Pseudo, MATE family efflux transporter

comp	1833321..1834577	CDS		307	307			419		hp
	1834885..1834961	gtc	+	4		4
	1834966..1835042	gtc	2 gtc	108	108				108
	1835151..1835456	CDS						102		monooxygenase

comp	2115794..2116459	CDS		195	195			222		UPF0149 family protein YecA
comp	2116655..2116741	tta		12		12
comp	2116754..2116827	tgc		53		53
comp	2116881..2116956	ggc		151	151				151
comp	2117108..2117656	CDS						183		CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase

comp	2191451..2192287	CDS		278	278			279		hp
comp	2192566..2192655	tcg		93	93				93
	2192749..2193546	CDS		100	100			266	100	DgsA anti-repressor MtfA
	2193647..2193722	aac		161	161
	2193884..2195146	CDS						421		tyrosine-type recombinase/integrase

	2232607..2233323	CDS		453	453			239		YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator
comp	2233777..2233852	acc		326	326				326
	2234179..2235096	CDS						306		nitrogen assimilation transcriptional regulator

	2235198..2236148	CDS		37	37			317		HTH-type transcriptional regulator Cbl
comp	2236186..2236261	aac		4	4				4
	2236266..2237909	CDS		100	100			548	100	toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO
	2238010..2238085	aac		161	161
	2238247..2239518	CDS						424		tyrosine-type recombinase/integrase

	2546968..2548728	CDS		74	74			587	74	cardiolipin transport protein PbgA
	2548803..2548879	ccc		101	101
comp	2548981..2549136	CDS						52		autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein

	2717780..2718712	CDS		75	75			311	75	formate/nitrite transporter family protein
	2718788..2718862	agg		437	437
comp	2719300..2719830	CDS						177		OmpH family outer membrane protein

comp	2768744..2770933	CDS		206	206			730	206	sensor domain-containing phosphodiesterase
comp	2771140..2771215	gcc	+	39		39
comp	2771255..2771330	gcc	2 gcc	220	220
	2771551..2771910	CDS						120		putative DNA-binding transcriptional regulator

comp	2772355..2773770	CDS		258	258			472		glutamate--tRNA ligase
	2774029..2774104	gta	+	43		43
	2774148..2774223	gta	3 gta	46		46
	2774270..2774345	gta		4		4
	2774350..2774425	aaa		110	110				110
comp	2774536..2775420	CDS						295		LysR family transcriptional regulator

comp	2959205..2960503	CDS		323	323			433	323	alpha-ketoglutarate permease
comp	2960827..2960942	5s		83				116
comp	2961026..2965477	23s		184				4452
comp	2965662..2965737	gaa		431
comp	2966169..2967720	16s		441	441			1552
comp	2968162..2970735	CDS						858		ATP-dependent chaperone ClpB

comp	3027207..3027773	CDS		280	280			189	280	fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase
comp	3028054..3028130	cgt	+	63		63
comp	3028194..3028270	cgt	5 cgt	62		62
comp	3028333..3028409	cgt		62		62
comp	3028472..3028548	cgt		64		64
comp	3028613..3028689	cgt		3		3
comp	3028693..3028785	agc		315	315
comp	3029101..3029286	CDS						62		carbon storage regulator CsrA

comp	3157337..3158434	CDS		208	208			366	208	murein transglycosylase A
	3158643..3158719	atgf	+	33		33
	3158753..3158829	atgf	3 atgf	33		33
	3158863..3158939	atgf		635	635
	3159575..3160075	CDS						167		type VI secretion system contractile sheath small subunit

	3230172..3231401	CDS		316	316			410		HAAAP family serine/threonine permease
comp	3231718..3231791	ggg		78	78				78
comp	3231870..3232625	CDS						252		peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein

	3341048..3341755	CDS		105	105			236	105	DUF554 domain-containing protein
	3341861..3341936	ttc		197	197
	3342134..3343399	CDS						422		integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein

comp	3569308..3569814	CDS		124	124			169		G/U mismatch-specific DNA glycosylase
	3569939..3570014	atgi		53	53				53
comp	3570068..3570832	CDS						255		NADPH-dependent ferric chelate reductase

comp	3670227..3670679	CDS		206	206			151	206	ribosome maturation factor RimP
comp	3670886..3670962	atgf		347	347
>	3671310..3672155	CDS						282		Pseudo, argininosuccinate synthase

comp	3673935..3674387	CDS		206	206			151	206	ribosome maturation factor RimP
comp	3674594..3674670	atgf		347	347
>	3675018..3675869	CDS						284		Pseudo, argininosuccinate synthase

comp	3677794..3678246	CDS		206	206			151	206	ribosome maturation factor RimP
comp	3678453..3678529	atgf		347	347
>	3678877..3679722	CDS						282		Pseudo, argininosuccinate synthase

comp	3681532..3681984	CDS		206	206			151	206	ribosome maturation factor RimP
comp	3682191..3682267	atgf		347	347
	3682615..3683958	CDS						448		argininosuccinate synthase

comp	3683966..3685591	CDS		456	456			542		phosphoethanolamine transferase
comp	3686048..3686134	ctc		14	14				14
comp	3686149..3686481	CDS						111		preprotein translocase subunit SecG

	3784553..3785311	CDS		62	62			253	62	amino acid ABC transporter ATP-binding protein
comp	3785374..3785489	5s	@3	39				116
comp	3785529..3785605	acc		14
comp	3785620..3785735	5s		777				116
comp	3786513..3786588	acc		14
comp	3786603..3786718	5s		1834				116
comp	3788553..3788628	gaa		1360	1360
	3789989..3790543	CDS						185		gamma carbonic anhydrase family protein

comp	4078635..4080242	CDS		743	743			536		dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA
comp	4080986..4081062	ccg		91	91				91
comp	4081154..4082845	CDS						564		kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7-transferase

comp	4205966..4207348	CDS		292	292			461	292	glycoside-pentoside-hexuronide family transporter
	4207641..4207735	tga		300	300
>	4208036..4208857	CDS						274		Pseudo, DUF4102 domain-containing protein

comp	4338643..4339335	CDS		479	479			231		FadR family transcriptional regulator
	4339815..4341342	16s		73				1528
	4341416..4341491	gaa		184
	4341676..4344286	23s		83				2611
	4344370..4344485	5s		53				116
	4344539..4344615	gac		8
	4344624..4344699	tgg		95	95				95
comp	4344795..4345634	CDS						280		HTH-type transcriptional regulator HdfR

	4377681..4379066	CDS		102	102			462	102	amino acid permease
	4379169..4379245	cgg		58		58
	4379304..4379379	cac		20		20
	4379400..4379486	ctg		42		42
	4379529..4379605	cca		146	146
	4379752..4380987	CDS						412		anaerobic sulfatase maturase

	4460971..4461516	CDS		377	377			182		menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase
	4461894..4463631	16s		56				1738
	4463688..4463764	atc		42			42
	4463807..4463882	gca		165
	4464048..4467338	23s		83				3291
	4467422..4467537	5s		104	104			116	104
comp	4467642..4468169	CDS						176		molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B

	4605577..4606434	CDS		374	374			286		glutamate racemase
	4606809..4608362	16s		363				1554
	4608726..4608801	gaa		1112
	4609914..4610029	5s		136	136			116	136
	4610166..4611194	CDS						343		UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase

comp	4612185..4613135	CDS		361	361			317		type I pantothenate kinase
	4613497..4613572	aca		8		8
	4613581..4613665	tac		116		116
	4613782..4613856	gga		6		6
	4613863..4613938	acc		114	114				114
	4614053..4615237	CDS						395		elongation factor Tu

comp	4642984..4644573	CDS		616	616			530		bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase
	4645190..4646378	16s’	@1	83	83			1189	83
	4646462..4648150	CDS		436	436			563		bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
	4648587..4648662	gaa		185
	4648848..4651319	23s		83				2472
	4651403..4651518	5s		76	76			116	76
	4651595..4651978	CDS						128		hypothetical protein

< comp	4834504..4834961	CDS		197	197			153		pseudo, integrase
comp	4835159..4835234	ttc		106	106				106
comp	4835341..4835916	CDS						192		transcriptional regulator

	4864628..4865173	CDS		210	210			182	210	oligoribonuclease
	4865384..4865459	ggc	+	36		36
	4865496..4865571	ggc	3 ggc	35		35
	4865607..4865682	ggc		233	233
	4865916..4865969	CDS						18		hp

comp	4974178..4975197	CDS		195	195			340		NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr
	4975393..4975477	ttg		39	39				39
<> comp	4975517..4976055	CDS						180		pseudo, IS630 family transposase

	5042527..5042763	CDS		38	38			79	38	DUF1435 domain-containing protein
comp	5042802..5042888	ctg	+	34		34
comp	5042923..5043009	ctg	3 ctg	28		28
comp	5043038..5043124	ctg		290	290
comp	5043415..5044446	CDS						344		16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC

comp	5079375..5079581	CDS		117	117			69	117	AlpA family transcriptional regulator
	5079699..5081218	16s		73				1520
	5081292..5081368	gaa		12			12
	5081381..5081454	gca		366	366
	5081821..5082018	CDS		524	524			66		hypothetical protein
comp	5082543..5082754	CDS						71		hypothetical protein

comp	5090325..5090876	CDS		1808	1808			184		MarR family transcriptional regulator
comp	5092685..5092760	gaa		588	588				588
< comp	5093349..5093474	CDS		592	592			42		sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB
	5094067..5094142	gaa	+	1472			1472
	5095615..5095691	atc	3 gaa	42			42
	5095734..5095809	atc	2 atc	1130			1130
	5096940..5097015	gaa		1145			1145
	5098161..5098236	gaa		185
	5098422..5100893	23s		83				2472
	5100977..5101092	5s		76	76			116	76
	5101169..5101552	CDS		63	63			128		hypothetical protein
comp	5101616..5102059	CDS						148		acetyltransferase

	5124754..5125197	CDS		63	63			148		acetyltransferase
comp	5125261..5125644	CDS		76	76			128		hypothetical protein
comp	5125721..5125836	5s		83				116
comp	5125920..5128366	23s’	@2	-10	-10			2447	-10
<	5128357..5128479	CDS						41		pilus assembly protein

comp	5252659..5253870	CDS		300	300			404		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	5254171..5254249	tga		292	292				292
>	5254542..5255171	CDS						210		pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter

> comp	5305902..5306228	CDS		0	0			109	0	pseudo, hp
comp	5306229..5306302	atc		1096	1096
	5307399..5308450	CDS						351		pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada

comp	5321144..5321869	CDS		206	206			242	206	pseudo, histidine kinase
comp	5322076..5322151	gcc	+	39		39
comp	5322191..5322266	gcc	3 gcc	39		39
comp	5322306..5322381	gcc		220	220
	5322602..5322961	CDS						120		putative DNA-binding transcriptional regulator

comp	5323406..5324821	CDS		258	258			472		glutamate--tRNA ligase
	5325080..5325155	gta	+	44		44
	5325200..5325275	gta	2 gta	0	0				0
<	5325276..5325389	CDS						38		pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator

>	5375524..5376270	CDS		891	891			249	891	pseudo, AI-2E family transporter
	5377162..5377237	gaa		1047	1047
comp	5378285..5379589	CDS						435		isocitrate lyase

comp >	5341397..5341492	CDS		-2	-2			32	-2	ABC transporter ATP-binding protein
comp	5341491..5344303	23s		174				2813
comp	5344478..5344553	gca		42			42
comp	5344596..5344672	atc		56
comp	5344729..5346282	16s		1063				1554
comp	5347346..5347421	gca		42			42
comp	5347464..5347540	atc		56
comp	5347597..5349150	16s		365	365			1554
comp	5349516..5350088	CDS		187	187			191		D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase
>	5350276..5350914	CDS						213		methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN

> comp	5359583..5360512	CDS		120	120			310		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	5360633..5360708	gca		42
comp	5360751..5360827	atc		56
comp	5360884..5362138	16s’		1	1			1255	1
< comp	5362140..5363543	CDS						468		IS66 family transposase

	5425965..5426201	CDS		38	38			79	38	DUF1435 domain-containing protein
comp	5426240..5426325	ctg	+	26		26				a disparu le 20.12.19
comp	5426352..5426438	ctg	3 ctg	28		28
comp	5426467..5426553	ctg		63	63
< comp	5426617..5427150	CDS						178		pseudo, IS630-like element IS630 family transposase

>	5433568..5433687	CDS		39	39			40	39	pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase
comp	5433727..5433814	tcc		253	253
comp	5434068..5434286	CDS						73		translation initiation factor IF-1

ecoN cumuls

Lien tableur: ecoN cumuls

cumuls. Escherichia coli Nissle 1917
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	12	1	0		1	5	1	5	100	16	1	0
	16 23 5s	0	20	13	2	50	11	40	10	200	34	30	1
	16 atc gca	2	40	17		100	17	80	7	300	29	60	6
	16 gaa 235	2	60	9	4	150	16	120	16	400	18	90	8
	max a	5	80	4		200	15	160	3	500	18	120	8
	a doubles	1	100	0		250	14	200	4	600	8	150	7
	spéciaux	8	120	1		300	14	240	9	700	0	180	11
	total aas	27	140	0		350	12	280	2	800	2	210	11
sans	opérons	50	160	0		400	7	320	2	900	1	240	6
	1 aa	32	180	0		450	4	360	3	1000	0	270	9
	max a	7	200	0		500	4	400	0	1100	0	300	12
	a doubles	15		0			11		2		0		0
	total aas	94		44	6		130		63		126		79
total aas		121
remarques		4
avec jaune			moyenne	33	32		253		142		272		172
			variance	23	15		258		145		162		79
sans jaune			moyenne	31			178		127		260
			variance	19			109		91		142

ecoN blocs

Lien tableur: ecoN blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- Protéines en vert, sont hypothétiques ou typées, gc anhydrase. Voir les noms longs.

ecoNb Escherichia coli Nissle 1917, ecoN blocs

ecoNb1 Escherichia coli Nissle 1917, ecoN blocs
gène	interca	pbs	cdsa	protéine
cds	365		191	D-glycero
16s	73	1520
gaa	12
gca	174
23s	83	2588
5s	54	116
gac	162
cds			268	gluDkgB
cds	323		433	glutarate pm
5s	83	116
23s	184	4452
gaa	431
16s	441	1552
cds			858	ClpB dep
cds	616		530	AICAR2
16s’	83	1189
cds	436		563	kinase isocit
gaa	185
23s	83	2472
5s	76	116
cds			128	hp-128
cds	62		253	pu-ABC
5s	39	116
acc	14
5s	777	116
acc	14
5s	1834	116
gaa	1360
cds			185	gc anhydrase
cds	377		182	porphyrine M
16s	56	1738
atc	42
gca	165
23s	83	3291
5s	104	116
cds			176	Mlb pB
cds	479		231	FadR tr
16s	73	1528
gaa	184
23s	83	2611
5s	53	116
gac	8
tgg	95
cds			280	HdfR HTH

ecoNb2 Escherichia coli Nissle 1917, ecoN blocs
gène	interca	pbs	cdsa	protéine
cds	374		286	Glu race
16s	363	1554
gaa	1112
5s	136	116
cds			343	UDP-N
cds	117		69	tr AlpA
16s	73	1520
gaa	12
gca	366
cds	524		66	hp-66
cds			71	hp-71
cds	-2		32	ABC 32
23s	174	2813
gca	42
atc	56
16s	1063	1554
gca	42
atc	56
16s	365	1554
cds	187		191	D-glycero
cds			213	ABC MetN
cds	120		310	Tyr recb 310
gca	42
atc	56
16s’	1	1255
cds			468	IS66
cds	63		148	transferase
cds	76		128	hp-128
5s	83	116
23s’	-10	2447
cds			41	pilus
cds	1808		184	MarR
gaa	588
cds	592		42	sn-glycerol
gaa	1472
atc	42
atc	1130
gaa	1145
gaa	185
23s	83	2472
5s	76	116
cds	63		128	hp-128
cds			148	transferase

ecoNb3 ecoN rRNAs
rRNAs pbs
16s
1189
1255
1520
1520
1528
1552
1554
1554
1554
1738

23s
2447
2472
2472
2588
2611
2813
3291
4452

5s
116 x 11

ecoN remarques

Remarques: ecoN opérons
Beaucoup de blocs à rRNAs incomplets, 7 sur 12. Parmi les 5 complets 1 est semi-complet puisqu’il manque le 5s peu important. Les 5 blocs complets sont conformes au typage des gamma, avec y atcgca gaagca gaa et avec z sans gactgg gac.
1. @1
  - Deux 16s aux extrémités non conformes, 16s’, adresses 4645190..4646378 et 5360884..5362138 .
  
  - Il n’y a pas de 16s° ou de 23s° courts, apparemment ils n’ont pas laissé de traces.
  
  - C’est ce qui expliquerait les 7 blocs incomplets et le nombre élevé de 32 des clusters sans rRNAs et à 1 seul tRNA.
2. @2
  - Un 23s aux extrémités non comforme, 23s’, adresse 5125920..5128366 .
  
  - Même remarque que pour les 16s’, mais en plus je peux attribuer le grand nombre de petits cds aux remaniements qu’ont du subir ces blocs incomplets, voir ecoN blocs.
  5128357..5128479 -10 cp 23s'
  
  5341397..5341492 atcgca -2
  
  5360884..5362138 16s’ 1
3. @3
  - Les 5s se comportent en typage gamma même pour ceux qui sont dans un bloc incomplet. Parmi ces derniers la plupart n’ont pas de z mais dans le cluster comportant 3 5s, adresse 3785374..3785489 , on peut distinguer avec des intercalaires faibles un 5s-acc-5s et un 5s-acc, où les 5s du début appartiendraient à un bloc complet.
4. @4
  - Parmi les 6 clusters sans rRNA et à 2 tRNAs tous sont doubles et 3 sont identiques même en intercalaires, les 3 gtc. Les 3 autres sont gta tac et gcc.
  
  - Parmi les 6 clusters sans rRNA et à 3 tRNAs 5 sont des triples dont 2 à cgt ont même 2 intercalaires identiques, adresses. Les tRNAs de ces triplets sont atgf ggc gcc et 2 fois cgt. Le 6ème cluster à 3 tRNAs n’ a pas de doubles.
Séquences des doubles:

aas	clusters	doubles	séquences					
1	32		-					
2	6		6	2 tac	2 gtc*3  2 gcc	2 gta	
3	6		5	3 atgf	3 ctg*2  3 ggc	3 gcc	
4	3		1	3 gta				
5	0						
6	1		1	5 cgt				
7	2		2	5 aaa 2 gta    2 cag 2 atgj 2 caa

ecoN distribution

Lien tableur: ecoN distribution
Notes:
- 3gtc2 gta2+3 2ctg3 gcc2+3 tac2 aaa3 atgf3 ggc3

- atc: 4 16s, atc2, 1aa

- gaa: 7 16s, 5s, 4 1aa

- acc: 2 5s, >1aa, 1aa

- gac: 2 5s, 1aa

- Séquences: (aaa gta)2 aaa3

- Adresse 5098422: ce bloc est compté dans « avec rRNA » dans cumuls. Mais ici je compte
1 gaa avec rRNA

2 gaa 1aa

2 atc >1aa

Gm5 ecoN, Escherichia coli Nissle 1917. gama
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	7
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc		tac	3	tgc	1
f atc	7	j acc	4	aac	3	agc	1
g ctc	1	f ccc	4	cac	1	cgt	5
h gtc	6	n gcc	1	gac	3	ggc	4
i tta	1	c tca	5	taa		tga	2
j ata		k aca	1	aaa	6	aga	2
k cta	1	g cca	1	caa	2	cga
l gta	7	o gca	1	gaa	12	gga	1
m ttg	1	d tcg	6	tag		tgg	1
n atgj	2	l acg	1	aag		agg	1
o ctg	7	h ccg	1	cag	2	cgg	1
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
ecoN	64	34		6		17	121

ecoN eco

ecoN eco tableaux

Lien tableur: ecoN eco tableaux
Légende: eco 435, la recherche de isocitrate, voir noms longs, se trouve à l'adresse 4217109..4218413 chez eco.
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- Colonne cdsa
. en clair la longueur de la protéine en aas

. en orange 1542, longueur des rRNAs en pbs.

- Colonne cds, les noms courts des cds
. en clair

. en vert D glycero, protéine identique entre eco et ecoN, à peu près en longueur et par le nom.

. en bleu YdiA, protéine complètement différente en nom et/ou en longueur, entre ecoN et eco

. en turquoise hp-419, protéine identique par la longueur mais différente par le nom, entre ecoN et eco

. en gris clair D glycero, dans le tableau E13, protéine transposée par complement (colonne sens) entre ecoN et eco alors qu'il y a transposition des intercalaires (colonne interca), 365.

. en gris foncé ABC 32, dans le tableau E13, protéine non transposée par complement (colonne sens) entre ecoN et eco alors qu'il n'y a pas transposition des intercalaires (colonne interca), 174.

. en vert très foncé, dans le tableau E13, Tyr recb 404,protéine existant dans ecoN mais non trouvée dans eco.
Notes: Les dates de prélèvements des blocs de eco sont ceux de eco opérons du 10.3.19 alors que les cds de eco ont été prélevés le 19.12.19, qu'on voit dans le tableur ecoN eco tableaux. Pour ecoN la date de prélèvement est celle de ecoN opérons.

E1. Comparaison eco ecoN

E11. Clusters eco
cluster	sens		gènes	interca	cdsa	cds
eco1		222833..223408	cds	362	192	D-glycero
		223771..225312	16s	68	1542
		225381..225457	atc	42
		225500..225575	gca	183
		225759..228662	23s	93	2904
		228756..228875	5s	52	120
		228928..229004	gac	162
		229167..229970	cds		268	metDkgB

eco2		236067..236798	cds	132	244	DNAIIIe
		236931..237007	gac	327
		237335..238120	cds		262	lipo YafT

eco3		261503..262756	cds	114	418	glu5dH
		262871..262946	acg	203
	comp	263150..263212	cds		21	YdiA
		262898..297205	phage		11436	pp CP4-6

eco4	comp	563848..564480	cds	242	211	put FimZ
		564723..564799	aga	15
	comp	564815..565978	cds		388	put DLP12
		564755..586056	phage		7101	pp DLP12

eco5		695101..696276	cds	31	392	octaprenyl
	comp	696308..696378	rpr	51	71	rpt71
	comp	696430..696504	cag	37
	comp	696542..696616	cag	47
	comp	696664..696740	atg	15
	comp	696756..696830	caa	34
	comp	696865..696939	caa	23
	comp	696963..697047	cta	9
	comp	697057..697133	atg	379
	comp	697513..699177	cds		555	Asn B

eco6		779598..780389	cds	164	264	cell CpoB
		780554..780629	aaa	135
		780765..780840	gta	2
		780843..780918	aaa	149
		781068..781143	gta	3
		781147..781222	aaa	146
		781369..781444	aaa	132
		781577..781652	aaa	432
		782085..783128	cds		348	quino

eco7		923264..925540	cds	343	759	ATP ClpA
	comp	925884..925971	tcc	253
	comp	926225..926443	cds		73	tif IF-1

eco8	comp	1030759..1031418	cds	206	220	FtsH
	comp	1031625..1031712	tca	426
		1032139..1033257	cds		373	Hnase1

eco9
			***aga***


eco10		1095843..1096829	cds	735	329	un-YcdU
	comp	1097565..1097652	tcc	233
		1097886..1098824	cds		313	glyoxylate A

eco11
			***tcc***


eco12		1286709..1286984	cds	81	92	p-un-YchS
	comp	1287066..1287236	ncRNA	-150	171	RttR sRNA
	comp	1287087..1287176	cds	67	30	tpr
	comp	1287244..1287328	tac	209
	comp	1287538..1287622	tac	159
	comp	1287782..1288624	cds		281	fTHF

eco13
		*****	gtc	*****
			gtc


eco14		*****	gtc	*****
			gtc


eco15	comp	1744871..1746127	cds	307	419	adhes YdhQ
		1746435..1746511	gtc	4
		1746516..1746592	gtc	107
		1746700..1747005	cds		102	pu-YdhR

eco16	comp	1990954..1991619	cds	195	222	UPF0149 YecA
	comp	1991815..1991901	tta	12
	comp	1991914..1991987	tgc	54
	comp	1992042..1992117	ggc	151
	comp	1992269..1992817	cds		183	glycerolP

eco17		2042368..2042898	cds	569	177	pu-cytochrom
	comp	2043468..2043557	tcg	93
		2043651..2044448	cds	100	266	Mtf
		2044549..2044624	aac	313
		2044938..2052014	cds		2359	Inv-adhesin

eco18		2056858..2057574	cds	452	239	pu-tr-YeeN
	comp	2058027..2058102	aac	100
	comp	2058203..2059846	cds	4	548	exporter
		2059851..2059926	aac	37
	comp	2059964..2060914	cds	101	317	tact Cbl
	comp	2061016..2061933	cds	326	306	tr-Nac
		2062260..2062335	aac	55
	comp	2062391..2063323	cds		311	ErfK

eco19		2284376..2286136	cds	74	587	pu-cardiolip
		2286211..2286287	ccc	102
	comp	2286390..2288914	cds		842	adhes YejO

eco20		2465301..2466233	cds	75	311	YfdC
		2466309..2466383	agg	161
		2466545..2467702	cds		386	KpLE1
		2466369..2476583	phage		3405	pp CPS-53

eco21	comp	2515643..2517832	cds	208	730	pu-sensor
	comp	2518041..2518116	gcc	39
	comp	2518156..2518231	gcc	235
		2518467..2518811	cds		115	pu- YfeC

eco22	comp	2519257..2520672	cds	258	472	Glu ligase
		2520931..2521006	gta	44
		2521051..2521126	gta	46
		2521173..2521248	gta	4
		2521253..2521328	aaa	210
		2521539..2521567	rpr	25	29	rpt-29
	comp	2521593..2522477	cds		295	XapR

eco23	comp	2724448..2725746	cds	322	433	glutarate sm
	comp	2726069..2726188	5s	92	120
	comp	2726281..2729184	23s	184	2904
	comp	2729369..2729444	gaa	171
	comp	2729616..2731157	16s	442	1542
	comp	2731600..2734173	cds		858	ClpB

eco24	comp	2784529..2785011	cds	750	161	DUF5507
	comp	2785762..2785837	atgi	559
		2786397..2788649	cds		751	pu-unYgaQ

eco25	comp	2816937..2817503	cds	280	189	fructose
	comp	2817784..2817860	cgt	198
	comp	2818059..2818135	cgt	62
	comp	2818198..2818274	cgt	198
	comp	2818473..2818549	cgt	3
	comp	2818553..2818645	agc	315
	comp	2818961..2819146	cds		62	Csr

eco26	comp	2946081..2947178	cds	208	366	murein lytic
		2947387..2947463	atgf	33
		2947497..2947573	atgf	33
		2947607..2947683	atgf	73
	comp	2947757..2949010	cds		418	Ala C

eco27	comp	2998034..2998828	cds	155	265	YgeQ
	comp	2998984..2999057	ggg	78
	comp	2999136..2999891	cds		252	pu-LysM

eco28		3109553..3110260	cds	105	236	DUF554
		3110366..3110441	ttc	148
	comp	3110590..3111126	cds		179	pu-ssM

eco29	comp	3214967..3215473	cds	124	169	G/U station
		3215598..3215673	atgi	53
	comp	3215727..3216491	cds		255	ferric

eco30



eco31



eco32



eco33	comp	3317554..3318006	cds	206	151	RimP
	comp	3318213..3318289	atgf	347
		3318637..3319980	cds		448	Arg-suc

eco34	comp	3319988..3321613	cds	458	542	pu-hydrolase
	comp	3322072..3322158	ctc	14
	comp	322173..3322505	cds		111	SecG-t

eco35		3422436..3423194	cds	228	253	pu-YhdZ
	comp	3423423..3423542	5s	37	120
	comp	3423580..3423655	acc	12
	comp	3423668..3423787	5s	92	120
	comp	3423880..3426783	23s	174	2904
	comp	3426958..3427033	gca	42
	comp	3427076..3427152	atc	68
	comp	3427221..3428762	16s	473	1542
		3429236..3429790	cds		185	protein YrdA

eco36	comp	3706098..3707705	cds	567	536	dip ABC
	comp	3708273..3708306	rpr	16	34	rpt-34
		3708323..3708358	rpr	257	36	rpt-36
	comp	3708616..3708692	ccg	91
	comp	3708784..3710475	cds		564	kdo2

eco37	comp	3834547..3835929	cds	292	461	pu-YicJ
		3836222..3836316	tga	108
		3836425..3836556	pseudo	396	132	p-yicT
		3836953..3838137	cds		395	pu-arabi

eco38	comp	3940635..3941327	cds	480	231	pu-tr YieP
		3941808..3943349	16s	85	1542
		3943435..3943510	gaa	193
		3943704..3946607	23s	92	2904
		3946700..3946819	5s	52	120
		3946872..3946948	gac	8
		3946957..3947032	tgg	95
	comp	3947128..3947967	cds		280	HdfR

eco39		3980887..3982272	cds	102	462	pu-YifK
		3982375..3982451	cgg	57
		3982509..3982585	cac	20
		3982606..3982692	ctg	42
		3982735..3982811	cca	146
		3982958..3984193	cds		412	pu-AslB

eco40		4034608..4035153	cds	377	182	porphyrine O
		4035531..4037072	16s	68	1542
		4037141..4037217	atc	42
		4037260..4037335	gca	183
		4037519..4040423	23s	93	2905
		4040517..4040636	5s	228	120
		4040865..4040900	rpr	5	36	rpt-36
	comp	4040906..4041433	cds		176	Mlb adapt

eco41		4165428..4166285	cds	373	286	Glu race
		4166659..4168200	16s	171	1542
		4168372..4168447	gaa	193
		4168641..4171544	23s	92	2904
		4171637..4171756	5s	300	120
		4172057..4173085	cds		343	UDP-N

eco42	comp	4174076..4175026	cds	361	317	B5 kinase
		4175388..4175463	aca	8
		4175472..4175556	tac	116
		4175673..4175747	gga	6
		4175754..4175829	acc	114
		4175944..4177128	cds	229	395	tufb
		4177358..4177741	cds		128	SecE

eco43	comp	4205943..4207532	cds	614	530	AICAR1
		4208147..4209688	16s	85	1542
		4209774..4209849	gaa	193
		4210043..4212946	23s	93	2904
		4213040..4213159	5s	74	120
		4213234..4213617	cds		128	stress

eco44	comp	4360396..4361934	cds	256	513	CadC
	comp	4362191..4362353	pseudo	197	163	yjdQ
	comp	4362551..4362626	ttc	106
	comp	4362733..4363308	cds		192	pu-tr YjdC

eco45		4391604..4392149	cds	210	182	oligo-rnase
		4392360..4392435	ggc	36
		4392472..4392547	ggc	35
		4392583..4392658	ggc	233
		4392892..4392945	cds		18	un-YjeV

eco46	comp	4495190..4496209	cds	195	340	NADPH- Ah
		4496405..4496489	ttg	260
		4496750..4497940	cds		397	pu-KpLE2
		4496675..4497940	phage		422	pp PR-Y

eco47		4605804..4606040	cds	38	79	protein YjjZ
	comp	4606079..4606165	ctg	34
	comp	4606200..4606286	ctg	28
	comp	4606315..4606401	ctg	157
		4606559..4606594	rpr	22	36	rpt 36
	comp	4606617..4606650	rpr	18	34	rpt 34
	comp	4606669..4607700	cds		344	G1207

E12. Clusters ecoN alignés sur les clusters de eco
cluster	sens		gènes	interca	cdsa	cds
ecoN1		231864..232436	CDS	365	191	D-glycero
		232802..234321	16s	73	1520
		234395..234471	gaa	12
		234484..234557	gca	174
		234732..237319	23s	83	2588
		237403..237518	5s	54	116
		237573..237649	gac	162
		237812..238615	CDS		268	gluDkgB

ecoN2		244934..245665	CDS	132	244	DNAIIIe
		245798..245874	gac	120
	comp	245995..246852	CDS		286	DUF4942

ecoN3		367329..368582	CDS	114	418	glu5dH
		368697..368772	acg	154
		368927..369265	CDS		113	DUF4102


ecoN4	comp	631149..632015	CDS	270	289	cyclo FolD
		632286..632362	aga	15
	comp	632378..632997	CDS		207	Tyr recb 207


ecoN5		733188..734363	CDS	153	392	octaprenyl
	comp	734517..734591	cag	37
	comp	734629..734703	cag	48
	comp	734752..734828	atgj	15
	comp	734844..734918	caa	34
	comp	734953..735027	caa	23
	comp	735051..735135	cta	10
	comp	735146..735222	atgj	380
	comp	735603..737267	CDS		555	Asn B


ecoN6		807377..808169	CDS	164	264	p-cell CpoB
		808334..808409	aaa	35
		808445..808520	gta	2
		808523..808598	aaa	51
		808650..808725	gta	3
		808729..808804	aaa	48
		808853..808928	aaa	33
		808962..809037	aaa	277
		809315..810358	CDS		348	quino NadA

ecoN7		950069..952345	CDS	343	759	ATP ClpA
	comp	952689..952776	tcc	253
	comp	953030..953248	CDS		73	tif IF-1

ecoN8	comp	1047224..1047883	CDS	206	220	FtsH YccA
	comp	1048090..1048177	tca	426
		1048604..1049722	CDS		373	Hnase1

ecoN9		1183656..1184018	CDS	463	121	hp-121
		1184482..1184558	aga	278
	> comp	1184837..1185786	CDS		317	p-IS4

ecoN10		1213982..1214809	CDS	165	276	DUF4942
	comp	1214975..1215062	tcc	233
		1215296..1216234	CDS		313	glyoxyl GhrA

ecoN11		1216817..1217098	CDS	165	94	DUF4942
	comp	1217264..1217351	tcc	234
		1217586..1218524	CDS		313	glyoxyl GhrA

ecoN12		1457038..1458129	CDS	16	364	acyl-CoA
	comp	1458146..1458277	ncRNA	46	44	RtT sRNA
	comp	1458324..1458408	tac	33
	comp	1458442..1458526	tac	159
	comp	1458686..1459528	CDS		281	fTHF

ecoN13	comp	1829066..1830322	CDS	307	419	hp-419
		1830630..1830706	gtc	4
		1830711..1830787	gtc	6
	<	1830794..1831177	CDS		128	p-MdtK

ecoN14	comp	1831218..1832474	CDS	307	419	hp-419
		1832782..1832858	gtc	4
		1832863..1832939	gtc	8
	<	1832948..1833280	CDS		111	p-MATE

ecoN15	comp	1833321..1834577	CDS	307	419	hp-419
		1834885..1834961	gtc	4
		1834966..1835042	gtc	108
		1835151..1835456	CDS		102	mono-O2

ecoN16	comp	2115794..2116459	CDS	195	222	UPF0149 YecA
	comp	2116655..2116741	tta	12
	comp	2116754..2116827	tgc	53
	comp	2116881..2116956	ggc	151
	comp	2117108..2117656	CDS		183	CDP-diacyl

ecoN17	comp	2191451..2192287	CDS	278	279	hp-279
	comp	2192566..2192655	tcg	93
		2192749..2193546	CDS	100	266	MtfA
		2193647..2193722	aac	161
		2193884..2195146	CDS		421	Tyr recb-421

ecoN18		2232607..2233323	CDS	453	239	tr-YebC
	comp	2233777..2233852	acc	326
		2234179..2235096	CDS	101	306	tr-nitrogen
		2235198..2236148	CDS	37	317	tr-Cbl
	comp	2236186..2236261	aac	4
		2236266..2237909	CDS	100	548	trp-YeeO
		2238010..2238085	aac	161
		2238247..2239518	CDS		424	Tyr recb 424

ecoN19		2546968..2548728	CDS	74	587	cardiolipine
		2548803..2548879	ccc	101
	comp	2548981..2549136	CDS		52	barrel

ecoN20		2717780..2718712	CDS	75	311	nitrite
		2718788..2718862	agg	437
	comp	2719300..2719830	CDS		177	OmpH

ecoN21	comp	2768744..2770933	CDS	206	730	sensor
	comp	2771140..2771215	gcc	39
	comp	2771255..2771330	gcc	220
		2771551..2771910	CDS		120	pu-tr 120


ecoN22	comp	2772355..2773770	CDS	258	472	Glu ligase
		2774029..2774104	gta	43
		2774148..2774223	gta	46
		2774270..2774345	gta	4
		2774350..2774425	aaa	110
	comp	2774536..2775420	CDS		295	LysR


ecoN23	comp	2959205..2960503	CDS	323	433	glutarate pm
	comp	2960827..2960942	5s	83	116
	comp	2961026..2965477	23s	184	4452
	comp	2965662..2965737	gaa	431
	comp	2966169..2967720	16s	441	1552
	comp	2968162..2970735	CDS		858	ClpB dep

ecoN24
			**atgi***
ecoN25
	comp	3027207..3027773	CDS	280	189	fructose 6
	comp	3028054..3028130	cgt	63
	comp	3028194..3028270	cgt	62
	comp	3028333..3028409	cgt	62
	comp	3028472..3028548	cgt	64
	comp	3028613..3028689	cgt	3
	comp	3028693..3028785	agc	315
	comp	3029101..3029286	CDS		62	CsrA

ecoN26	comp	3157337..3158434	CDS	208	366	murein
		3158643..3158719	atgf	33
		3158753..3158829	atgf	33
		3158863..3158939	atgf	635
		3159575..3160075	CDS		167	sscs VI

ecoN27		3230172..3231401	CDS	316	410	HAAAP
	comp	3231718..3231791	ggg	78
	comp	3231870..3232625	CDS		252	glycan DD

ecoN28		3341048..3341755	CDS	105	236	DUF554
		3341861..3341936	ttc	197
		3342134..3343399	CDS		422	arm-type

ecoN29	comp	3569308..3569814	CDS	124	169	G/U
		3569939..3570014	atgi	53
	comp	3570068..3570832	CDS		255	ferric

ecoN30	comp	3670227..3670679	CDS	206	151	RimP
	comp	3670886..3670962	atgf	347
	>	3671310..3672155	CDS		282	p-Arg-sc 282

ecoN31	comp	3673935..3674387	CDS	206	151	RimP
	comp	3674594..3674670	atgf	347
	>	3675018..3675869	CDS		284	p-Arg-sc 284

ecoN32	comp	3677794..3678246	CDS	206	151	RimP
	comp	3678453..3678529	atgf	347
	>	3678877..3679722	CDS		282	p-Arg-sc 282

ecoN33	comp	3681532..3681984	CDS	206	151	RimP
	comp	3682191..3682267	atgf	347
		3682615..3683958	CDS		448	Arg-suc

ecoN34	comp	3683966..3685591	CDS	456	542	Pet
	comp	3686048..3686134	ctc	14
	comp	3686149..3686481	CDS		111	SecG-p

ecoN35		3784553..3785311	CDS	62	253	pu-ABC
	comp	3785374..3785489	5s	39	116
	comp	3785529..3785605	acc	14
	comp	3785620..3785735	5s	777	116
	comp	3786513..3786588	acc	14
	comp	3786603..3786718	5s	1834	116
	comp	3788553..3788628	gaa	1360
		3789989..3790543	CDS		185	gc anhydrase




ecoN36	comp	4078635..4080242	CDS	743	536	DppA
	comp	4080986..4081062	ccg	91
	comp	4081154..4082845	CDS		564	kdo2


ecoN37	comp	4205966..4207348	CDS	292	461	glycoside-p5
		4207641..4207735	tga	300
	>	4208036..4208857	CDS		274	p-DUF4102

ecoN38	comp	4338643..4339335	CDS	479	231	FadR tr
		4339815..4341342	16s	73	1528
		4341416..4341491	gaa	184
		4341676..4344286	23s	83	2611
		4344370..4344485	5s	53	116
		4344539..4344615	gac	8
		4344624..4344699	tgg	95
	comp	4344795..4345634	CDS		280	HdfR HTH

ecoN39		4377681..4379066	CDS	102	462	aa permease
		4379169..4379245	cgg	58
		4379304..4379379	cac	20
		4379400..4379486	ctg	42
		4379529..4379605	cca	146
		4379752..4380987	CDS		412	ans maturase

ecoN40		4460971..4461516	CDS	377	182	porphyrine M
		4461894..4463631	16s	56	1738
		4463688..4463764	atc	42
		4463807..4463882	gca	165
		4464048..4467338	23s	83	3291
		4467422..4467537	5s	104	116
	comp	4467642..4468169	CDS		176	Mlb pB


ecoN41		4605577..4606434	CDS	374	286	Glu race
		4606809..4608362	16s	363	1554
		4608726..4608801	gaa	1112
		4609914..4610029	5s	136	116
		4610166..4611194	CDS		343	UDP-N

ecoN42	comp	4612185..4613135	CDS	361	317	B5 kinase I
		4613497..4613572	aca	8
		4613581..4613665	tac	116
		4613782..4613856	gga	6
		4613863..4613938	acc	114
		4614053..4615237	CDS		395	tuf

ecoN43	comp	4642984..4644573	CDS	616	530	AICAR2
		4645190..4646378	16s’	83	1189
		4646462..4648150	CDS	436	563	kinase isocit
		4648587..4648662	gaa	185
		4648848..4651319	23s	83	2472
		4651403..4651518	5s	76	116
		4651595..4651978	CDS		128	hp-128

ecoN44
	< comp	4834504..4834961	CDS	197	153	pu-integrase
	comp	4835159..4835234	ttc	106
	comp	4835341..4835916	CDS		192	tr 192


ecoN45		4864628..4865173	CDS	210	182	oligo-rnase
		4865384..4865459	ggc	36
		4865496..4865571	ggc	35
		4865607..4865682	ggc	233
		4865916..4865969	CDS		18	hp-18

ecoN46	comp	4974178..4975197	CDS	195	340	NADPH- Ahr
		4975393..4975477	ttg	39
	<> comp	4975517..4976055	CDS		180	p-IS630




ecoN47		5042527..5042763	CDS	38	79	DUF1435
	comp	5042802..5042888	ctg	34
	comp	5042923..5043009	ctg	28
	comp	5043038..5043124	ctg	290
	comp	5043415..5044446	CDS		344	G1207 RsmC

E13. Clusters ecoN au-delà de eco
ecoN suite	sens		gènes	interca	cdsa	cds
EcoN 48	comp	5079375..5079581	CDS	117	69	tr AlpA
ok		5079699..5081218	16s	73	1520
		5081292..5081368	gaa	12
		5081381..5081454	gca	366
		5081821..5082018	CDS	524	66	hp-66
	comp	5082543..5082754	CDS		71	hp-71

eco1		222833..223408	cds	362	192	D-glycero
		223771..225312	16s	68	1542
		225381..225457	atc	42
		225500..225575	gca	183
		225759..228662	23s	93	2904
		228756..228875	5s	52	120
		228928..229004	gac	162
		229167..229970	cds		268	metDkgB
EcoN 56	comp >	5341397..5341492	CDS	-2	32	ABC 32
ok	comp	5341491..5344303	23s	174	2813
	comp	5344478..5344553	gca	42
	comp	5344596..5344672	atc	56
	comp	5344729..5346282	16s	1063	1554
	comp	5347346..5347421	gca	42
	comp	5347464..5347540	atc	56
	comp	5347597..5349150	16s	365	1554
	comp	5349516..5350088	CDS	187	191	D-glycero
	>	5350276..5350914	CDS		213	ABC MetN
eco35	eco	3422436..3423194	cds	228	253	pu-YhdZ
	comp	3423423..3423542	5s	37	120
	comp	3423580..3423655	acc	12
	comp	3423668..3423787	5s	92	120
	comp	3423880..3426783	23s	174	2904
	comp	3426958..3427033	gca	42
	comp	3427076..3427152	atc	68
	comp	3427221..3428762	16s	473	1542
		3429236..3429790	cds		185	protein YrdA
ecoN35		3784553..3785311	CDS	62	253	pu-ABC
	comp	3785374..3785489	5s	39	116
	comp	3785529..3785605	acc	14
	comp	3785620..3785735	5s	777	116
	comp	3786513..3786588	acc	14
	comp	3786603..3786718	5s	1834	116
	comp	3788553..3788628	gaa	1360
		3789989..3790543	CDS		185	gc anhydrase


EcoN 59	>	5433568..5433687	CDS	39	40	p-Nam
ok	comp	5433727..5433814	tcc	253
	comp	5434068..5434286	CDS		73	tif IF-1

































































	ecoN
EcoN 53	comp	5321144..5321869	CDS	206	242	p-His kinase
ok	comp	5322076..5322151	gcc	39
	comp	5322191..5322266	gcc	39
	comp	5322306..5322381	gcc	220
		5322602..5322961	CDS		120	pu-tr 120


	ecoN
EcoN 54	comp	5323406..5324821	CDS	258	472	Glu ligase
ok		5325080..5325155	gta	44
		5325200..5325275	gta	0
	<	5325276..5325389	CDS		38	p-pu-tr 38













































































EcoN 51	comp	5252659..5253870	CDS	300	404	Tyr recb 404
ok	comp	5254171..5254249	tga	292
	>	5254542..5255171	CDS		210	p-glycoside









EcoN 52	> comp	5305902..5306228	CDS	0	109	p-hp
	comp	5306229..5306302	atc	1096
ecoN ?		5307399..5308450	CDS		351	p-Ada

EcoN 57	> comp	5359583..5360512	CDS	120	310	Tyr recb 310
	comp	5360633..5360708	gca	42
ecoN40	comp	5360751..5360827	atc	56
	comp	5360884..5362138	16s’	1	1255
	< comp	5362140..5363543	CDS		468	IS66

EcoN 55	>	5375524..5376270	CDS	891	249	p-AI-2E
		5377162..5377237	gaa	1047		eco 435
ecoN ?	comp	5378285..5379589	CDS		435	isocitrate

EcoN 49	comp	5090325..5090876	CDS	1808	184	MarR
	comp	5092685..5092760	gaa	588
ecoN ?	< comp	5093349..5093474	CDS	592	42	sn-glycerol
		5094067..5094142	gaa	1472
		5095615..5095691	atc	42
		5095734..5095809	atc	1130
		5096940..5097015	gaa	1145
ok ecoN43		5098161..5098236	gaa	185
		5098422..5100893	23s	83	2472
		5100977..5101092	5s	76	116
		5101169..5101552	CDS	63	128	hp-128
	comp	5101616..5102059	CDS		148	transferase

EcoN 50		5124754..5125197	CDS	63	148	transferase
	comp	5125261..5125644	CDS	76	128	hp-128
ecoN40	comp	5125721..5125836	5s	83	116
	comp	5125920..5128366	23s’	-10	2447
	<	5128357..5128479	CDS		41	pilus

























EcoN 58		5425965..5426201	CDS	38	79	DUF1435
ok	comp	5426240..5426325	ctg	26
	comp	5426352..5426438	ctg	28
	comp	5426467..5426553	ctg	63
	< comp	5426617..5427150	CDS		178	p-IS630

ecoN eco noms cds

Lien tableur: ecoN eco noms cds
Légende

ecoN eco. Liste des noms longs et courts, et des fonctions
fonction	Noms courts	Noms longs
tr-regulator	XapR	DNA-binding transcriptional activator XapR
permease	aa permease	amino acid permease
ABC bind	ABC 32	ABC transporter ATP-binding protein
ABC bind	ABC MetN	methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN
desaturase	acyl-CoA	acyl-CoA desaturase
adhesin	adhes YdhQ	adhesin-like autotransporter YdhQ
adhesin	adhes YejO	adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature
hydrolase	AICAR1	bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase
hydrolase	AICAR2	bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase
amidase	Ala C	N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C
maturase	ans maturase	anaerobic sulfatase maturase
synthetase	Arg-suc	argininosuccinate synthetase
integrase	arm-type	integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein
synthetase	Asn B	asparagine synthetase B
protease b	ATP ClpA	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA
kinase	B5 kinase	pantothenate kinase
kinase	B5 kinase I	type I pantothenate kinase
transporter	barrel	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
tr-regulator	CadC	DNA-binding transcriptional activator CadC
cardiolipin	cardiolipine	cardiolipin transport protein PbgA
transferase	CDP-diacyl	CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase
division	cell CpoB	cell division coordinator CpoB
chaperone	ClpB	ClpB chaperone
chaperone	ClpB dep	ATP-dependent chaperone ClpB
storage	Csr	carbon storage regulator
storage	CsrA	carbon storage regulator CsrA
hydrolase	cyclo FolD	bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD
phosphatase	D-glycero	D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase
ABC bind	dip ABC	dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein
polymerase	DNAIIIe	DNA polymerase III subunit epsilon
ABC bind	DppA	dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA
DUF	DUF1435	DUF1435 domain-containing protein
DUF	DUF4102	DUF4102 domain-containing protein
DUF	DUF4942	DUF4942 domain-containing protein
DUF	DUF5507	DUF5507 domain-containing protein YpjC
DUF	DUF554	DUF554 domain-containing protein
DUF	DUF554 Yqg	DUF554 domain-containing protein YqgA
peptidase	ErfK	L,D-transpeptidase ErfK
exporter	exporter	FMN/FAD exporter
tr-regulator	FadR tr	FadR family transcriptional regulator
reductase	ferric	NADPH-dependent ferric chelate reductase
phosphatase	fructose	fructose-1-phosphatase
phosphatase	fructose 6	fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase
deformylase	fTHF	formyltetrahydrofolate deformylase
protase	FtsH	modulator of FtsH protease
protease	FtsH YccA	FtsH protease modulator YccA
glycosylase	G/U	G/U mismatch-specific DNA glycosylase
glycosylase	G/U station	stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase
transferase	G1207	16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase
transferase	G1207 RsmC	16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC
anhydrase	gc anhydrase	gamma carbonic anhydrase family protein
ligase	Glu ligase	glutamate--tRNA ligase
racemase	Glu race	glutamate racemase
dehydrogenase	glu5dH	glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase
reductase	gluDkgB	2,5-didehydrogluconate reductase DkgB
permease	glutarate pm	alpha-ketoglutarate permease
symporter	glutarate sm	alpha-ketoglutarate:H(+) symporter
peptidase	glycan DD	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
synthetase	glycerolP	phosphatidylglycerophosphate synthase
transporter	glycoside-p5	glycoside-pentoside-hexuronide family transporter
reductase	glyoxyl A	glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A
reductase	glyoxyl GhrA	glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA
permease	HAAAP	HAAAP family serine/threonine permease
tr-regulator	HdfR	DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR
tr-regulator	HdfR HTH	HTH-type transcriptional regulator HdfR
hydrogenase	Hnase1	hydrogenase 1 small subunit
hp	hp-121	hp-121
hp	hp-128	hypothetical protein
hp	hp-18	hp-18
adhesin	Inv-adhesin	inverse autotransporter adhesin
transposase	IS66	IS66 family transposase
lyase	isocitrate	isocitrate lyase
transferase	kdo2	kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7-transferase
kinase/Pase	kinase isocit	bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
prophage	KpLE1	CPS-53 (KpLE1) prophage; prophage CPS-53 integrase
lipoprotein	lipo YafT	lipoprotein YafT
tr-regulator	LysR	LysR family transcriptional regulator
tr-regulator	MarR	MarR family transcriptional regulator
reductase	metDkgB	methylglyoxal reductase DkgB
GDP	Mlb adapt	molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein
GDP	Mlb pB	molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
oxygenase	mono-O2	monooxygenase
titration	Mtf	Mlc titration factor
tr-regulator	MtfA	DgsA anti-repressor MtfA
glycosylase	murein	murein transglycosylase A
glycosylase	murein lytic	membrane-bound lytic murein transglycosylase A
reductase	NADPH- Ah	aldehyde reductase, NADPH-dependent
reductase	NADPH- Ahr	NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr
transporter	nitrite	formate/nitrite transporter family protein
hydroxylase	octaprenyl	2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase
rnase	oligo-rnase	oligoribonuclease
protein	OmpH	OmpH family outer membrane protein
transferase	p-Ada	pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada
transporter	p-AI-2E	pseudo, AI-2E family transporter
synthetase	p-Arg-sc 282	Pseudo, argininosuccinate synthase
synthetase	p-Arg-sc 284	Pseudo, argininosuccinate synthase
division	p-cell CpoB	Pseudo, cell division protein CpoB
DUF	p-DUF4102	Pseudo, DUF4102 domain-containing protein
transporter	p-glycoside	pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter
kinase	p-His kinase	pseudo, histidine kinase
hp	p-hp	pseudo, hp 109
integrase	p-integrase	pseudo, integrase
transposase	p-IS4	Pseudo, IS4 family transposase
transposase	p-IS630	pseudo, IS630 family transposase
transporter	p-MATE	Pseudo, MATE family efflux transporter
transporter	p-MdtK	Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK
amidase	p-Nam	pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase
tr-regulator	p-pu-tr 38	pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator
protein	p-un-YchS	putative uncharacterized protein YchS
gene	p-yicT	p-yicT
transferase	Pet	phosphoethanolamine transferase
protein	pilus	pilus assembly protein
dehydrogenase	porphyrine M	menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase
oxidase	porphyrine O	protoporphyrinogen oxidase
prophage	pp CP4-6	note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature
prophage	pp CPS-53	cryptic prophage CPS-53, misc_feature
prophage	pp DLP12	note="cryptic prophage DLP12" misc_feature
prophage	pp PR-Y	cryptic prophage PR-Y
protein	protein YjjZ	protein YjjZ
protein	protein YrdA	protein YrdA
tr-regulator	pu- YfeC	putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC
ABC bind	pu-ABC	amino acid ABC transporter ATP-binding protein
exporter	pu-arabi	putative arabinose exporter
sulfatase	pu-AslB	putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB
cardiolipin	pu-cardiolip	putative cardiolipin transport protein
cytochrome	pu-cytochrom	putative cytochrome
hydrolase	pu-hydrolase	putative hydrolase, inner membrane
integrase	pu-KpLE2	KpLE2 phage-like element; putative integrase
peptidase	pu-LysM	LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR
GMP	pu-sensor	putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA
protein	Pu-ssM	putative type II secretion system M-type protein
tr-regulator	pu-tr 120	putative DNA-binding transcriptional regulator
tr-regulator	pu-tr YieP	putative transcriptional regulator YieP
tr-regulator	pu-tr YjdC	putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC
tr-regulator	pu-tr-YeeN	putative transcriptional regulator YeeN
protein	pu-unYgaQ	putative uncharacterized protein YgaQ
oxygenase	pu-YdhR	putative monooxygenase YdhR
ABC bind	pu-YhdZ	putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ
transporter	pu-YicJ	putative xyloside transporter YicJ
transporter	pu-YifK	putative transporter YifK
prophage	put DLP12	DLP12 prophage; putative integrase
tr-regulator	put FimZ	putative LuxR family transcriptional regulator FimZ
synthetase	quino	quinolinate synthase
synthetase	quino NadA	quinolinate synthase NadA
ribosome	RimP	ribosome maturation factor RimP
rpt	rpt-29	rpt-29
rpt	rpt-34	rpt_type=other
rpt	rpt-36	rpt_type=other
rpt	rpt71	rpt_type=other 71
sRNA	RttR sRNA	small RNA RttR
translocase	SecE	Sec translocon subunit SecE
translocase	SecG-p	preprotein translocase subunit SecG
translocase	SecG-t	Sec translocon subunit SecG
esterase	sensor	sensor domain-containing phosphodiesterase
ABC bind	sn-glycerol	sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB
protein	sscs VI	type VI secretion system contractile sheath small subunit
protein	stress	stress response protein
tr-regulator	tact Cbl	DNA-binding transcriptional activator Cbl
translation	tif IF-1	translation initiation factor IF-1
protein	tpr	protamine-like protein
tr-regulator	tr 192	transcriptional regulator
tr-regulator	tr AlpA	AlpA family transcriptional regulator
tr-regulator	tr-Cbl	HTH-type transcriptional regulator Cbl
tr-regulator	tr-Nac	DNA-binding transcriptional dual regulator Nac
tr-regulator	tr-nitrogen	nitrogen assimilation transcriptional regulator
tr-regulator	tr-YebC	YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator
transferase	transferase	acetyltransferase
transporter	trp-YeeO	toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO
translation	tuf	elongation factor Tu
translation	tufb	tufb, translation elongation factor Tu 2
integrase	Tyr recb 207	tyrosine-type recombinase/integrase
integrase	Tyr recb 404	tyrosine-type recombinase/integrase
integrase	Tyr recb 421	tyrosine-type recombinase/integrase
integrase	Tyr recb 424	tyrosine-type recombinase/integrase
reductase	UDP-N	UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
protein	un-YcdU	uncharacterized protein YcdU
protein	un-YjeV	uncharacterized protein YjeV
protein	UPF0149 YecA	UPF0149 family protein YecA
protein	YdiA	YdiA family protein
protein	YfdC	inner membrane protein YfdC
protein	YgeQ	protein YgeQ
gene	yjdQ	gene="yjdQ"
DUF	DUF1435	DUF1435 domain-containing protein
transposase	p-IS630	pseudo, IS630-like element IS630 family transposase

Vibrio campbellii

vha opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI chr1 , NCBI chr2 , génome
Lien tableur: vha opérons

vha1. Vibrio campbellii ATCC BAA-1116
45.4%GC	26.7.19 Paris	121	doubles	interca	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd
Chromosome I
comp	1..1384	16s	@1	103	103
comp	1488..1604	cds		102507				39

	104112..105239	cds		529	529			376	529
comp	105769..105845	atgf	+	158		158
comp	106004..106079	ggc	7 ggc	35		35
comp	106115..106190	ggc	5 atgf	35		35
comp	106226..106301	ggc		18		18
comp	106320..106396	atgf		39		39
comp	106436..106511	ggc		90		90
comp	106602..106678	atgf		39		39
comp	106718..106793	ggc		18		18
comp	106812..106888	atgf		39		39
comp	106928..107003	ggc		18		18
comp	107022..107098	atgf		39		39
comp	107138..107213	ggc		156	156				156
comp	107370..107915	cds		81764				182

	189680..190715	cds		101	101			345	101
comp	190817..190933	5s		107
comp	191041..193955	23s		290
comp	194246..194321	gca		43			43
comp	194365..194441	atc		97
comp	194539..196096	16s	@2	371
comp	196468..196584	5s		77
comp	196662..199576	23s		290
comp	199867..199942	gca		43			43
comp	199986..200062	atc		97
comp	200160..201717	16s		853	853				853
comp	202571..204706	cds		29595				712

comp	234302..235486	cds		101	101			395	101
comp	235588..235663	acc		13		13
comp	235677..235751	gga		35		35
comp	235787..235871	tac		52		52
comp	235924..235999	aca		206	206
	236206..237129	cds		4144				308

comp	241274..242467	cds		546	546			398	546
comp	243014..243090	tgg		68			68
comp	243159..243235	gac		32
comp	243268..243384	5s		117
comp	243502..246404	23s		310
comp	246715..246790	gta		30			30
comp	246821..246896	aaa		2			2
comp	246899..246974	gaa		122
comp	247097..248654	16s		554	554				554
	249209..249664	cds		60596				152

	310261..311296	cds		121	121			345	121
comp	311418..311508	tca		91
comp	311600..311716	5s		108
comp	311825..314739	23s		289
comp	315029..315104	gca		43			43
comp	315148..315224	atc		56
comp	315281..316842	16s		471	471				471
comp	317314..318027	cds		40242				238

	358270..359305	cds		147	147			345
comp	359453..359529	gac		31
comp	359561..359677	5s		108
comp	359786..362700	23s		310
comp	363011..363086	gta		30			30
comp	363117..363192	aaa		2			2
comp	363195..363270	gaa		82
comp	363353..364914	16s		83	83				83
comp	364998..365133	cds		84252				45

	449386..449521	cds		83	83			45	83
	449605..451162	16s		122
	451285..451360	gaa		2			2
	451363..451438	aaa		9			9
	451448..451523	gca		37			37
	451561..451636	gta		51	51				51
comp	451688..451873	cds		16	16			62	16
	451890..454804	23s		77
	454882..454998	5s		32
	455031..455107	gac		162	162
comp	455270..455533	cds		11718				88

comp	467252..467665	cds		361	361			138
	468027..468103	cgg		35		35
	468139..468214	cac		76		76
	468291..468367	cca		46		46
	468414..468489	cac		64		64
	468554..468630	cca		194	194				194
comp	468825..469550	cds		365688				242

comp	835239..835550	cds		138	138			104	138
comp	835689..835764	atgi		145	145
comp	835910..837772	cds		182191				621

	1019964..1020128	cds		119	119			55
	1020248..1021805	16s		129
	1021935..1022010	gcc		41			41
	1022052..1022127	gaa		55	55				55
comp	1022183..1022368	cds		16	16			62	16
	1022385..1025299	23s		111
	1025411..1025527	5s		31
	1025559..1025635	gac		35			35
	1025671..1025747	tgg		3	3				3
comp	1025751..1025933	cds		225465				61

	1251399..1252574	cds		158	158			392
comp	1252733..1252817	cta	+	54		54
comp	1252872..1252946	caa	5 cta	46		46
comp	1252993..1253077	cta	3 atgj	21		21
comp	1253099..1253183	cta	2 caa	18		18
comp	1253202..1253278	atgj		23		23
comp	1253302..1253386	cta		70		70
comp	1253457..1253533	atgj		79		79
comp	1253613..1253687	caa		31		31
comp	1253719..1253803	cta		39		39
comp	1253843..1253919	atgj		26	26				26
comp	1253946..1254157	cds		14564				71

comp	1268722..1268862	cds		260	260			47
	1269123..1269199	cca		243	243				243
comp	1269443..1269628	cds		16361				62

	1285990..1286571	cds		88	88			194
comp	1286660..1286736	agg		68	68				68
comp	1286805..1287938	cds		116753				378

comp	1404692..1405552	cds		204	204			287	204
	1405757..1405833	aga		244	244
	1406078..1407685	cds		49950				536

	1457636..1458508	cds		407	407			291
comp	1458916..1459000	tac	+	100		100
comp	1459101..1459185	tac	4 tac	100		100
comp	1459286..1459370	tac	@7	100		100
comp	1459471..1459555	tac		282	282				282
	1459838..1460935	cds		170368				366

	1631304..1631753	cds		144	144			150	144
	1631898..1631985	tcc		312	312
	1632298..1632684	cds		550413				129

	2183098..2183436	cds		179	179			113
	2183616..2183692	gtc	+	46		46
	2183739..2183815	gtc	2 gtc	149	149				149
	2183965..2185344	cds		578546				460

comp	2763891..2766782	cds		763	763			964	763
comp	2767546..2767621	ggc	+	11		11
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comp	2767798..2767873	ggc		37		37
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	2851424..2851855	cds		62	62			144	62
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	2986404..2986479	aac		372	372
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	3050023..3051831	cds		139	139			603	139
	3051971..3052061	tca		321	321
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comp	3554895..3554971	cgt		57		57
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	3639165..3640295	cds		108	108			377	108
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	3641082..3641158	aac		292	292
	3641451..3643076	cds		233	233			542
	3643310..3643385	ttc		51		51
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	3643649..3643724	aca	2 aac	15		15
	3643740..3643815	aac		156	156				156
comp	3643972..3645405	cds		561	561			478	561
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	3758223..3759258	cds		578	578			345	578
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comp	3763415..3763490	gca		43			43
comp	3763534..3763610	atc		97
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comp	3765351	16s	début
Chromosome II
comp	673782..674186	cds		358	358			135
comp	674545..674635	tca		329	329				329
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	887160..887233	tgc		317	317
	887551..889074	cds		465				508

comp	889540..890328	cds		386	386			263
	890715..890801	tta	+	53		53
	890855..890928	tgc	2 tgc	181		181
	891110..891183	tgc		366	366				366
	891550..891891	cds		443950				114

	1335842..1336042	cds		17	17				17
	1336060..1336134	gga		272	272
comp	1336407..1337222	cds		505333				272

	1842556..1842741	cds		-36	-36			62	-36
	1842706..1842789	ctc		29	29				29
	1842819..1843430	cds		77699				204

	1921130..1921561	cds		62	62			144	62
	1921624..1921698	gga		337	337
comp	1922036..1922209	cds		15660				58

comp	1937870..1939129	cds		84	84			420
comp	1939214..1939304	tca		90
comp	1939395..1939511	5s		77
comp	1939589..1942503	23s		306
comp	1942810..1942885	gta		35			35
comp	1942921..1942996	gca		24			24
comp	1943021..1943096	aaa		2			2
comp	1943099..1943174	gaa		114
comp	1943289..1944850	16s		83	83				83
comp	1944934..1945071	cds						46

vha cumuls

Lien tableur: vha cumuls

cumuls. Vibrio campbellii ATCC BAA-1116
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	11	1	0	0	1	3	1	1	100	17
	16 aas 23 5s	3	20	10	5	50	8	20	5	200	17
	16 atc gca	4	40	17	6	100	10	40	3	300	10
	16 cds 23 5s	3	60	16	6	150	12	60	2	400	13
	max a	5	80	6	1	200	9	80	3	500	6
	a doubles	0	100	6	0	250	9	100	3	600	4
	spéciaux	1	120	0	0	300	4	120	3	700	2
	total aas	37	140	0	0	350	7	140	3	800	2
sans	opérons	27	160	1	0	400	6	160	4	900	0
	1 aa	14	180	0	0	450	1	180	1	1000	1
	max a	12	200	1	0	500	1	200	2	1100	0
	a doubles	10		0	0		8		8		0
	total aas	84		57	18		78		38		72
total aas		121
remarques		3
avec jaune			moyenne		30						266
			variance		19						199
sans jaune			moyenne	46			183		86		240
			variance	25			114		59		178

vha blocs

Lien tableur: vha blocs

vha1. Vibrio campbellii ATCC BAA-1116, blocs à rRNA.
				cds	103
cds	853	cds	471	16s	86
16s	97	16s	56	16s	97
atc	43	atc	43	atc	43
gca	290	gca	289	gca	290
23s	77	23s	108	23s	111
5s	371	5s	91	5s	68
16s	97	tca		gac
atc	43
gca	290
23s	107
5s	101
cds

cds	554	cds	83	cds	119	cds	557
16s	122	16s	82	16s	129	16s	97
gaa	2	gaa	2	gcc	41	atc	43
aaa	30	aaa	30	gaa	55	gca	35
gta	310	gta	310	cds	16	cds	-13
23s	117	23s	108	23s	111	23s	111
5s	32	5s	31	5s	31	5s	100
gac		gac		gac		acc	57
						5s	31
						gac

cds	83	cds	83
16s	114	16s	122
gaa	2	gaa	2
aaa	24	aaa	9
gca	35	gca	37
gta	306	gta	51
23s	77	cds	16
5s	90	23s	77
tca		5s	32
		gac

vha remarques

A faire, en comparaison avec vpb
Note du 4.10.20: contrôle des cds, 0/3 cds dans NCBI du 1.8.20

vha distribution

Lien tableur: vha distribution
Notes:
- gtc2 cta2 tac4 tgc2 cgt6 ggc3

- acc: 5s + >1aa

- tca: 2 5s+ 2 1aa

- gga: 1>a + 3 1aa

- Séquences:
(cac cca)2

cgt5 (cgt agc)2

ttc (aca aac)2

(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4

ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac)

Gm6 vha, Vibrio campbellii ATCC BAA-1116. gama
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	8
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	5	tgc	5
f atc	5	j acc	2	aac	5	agc	2
g ctc	2	f ccc		cac	2	cgt	7
h gtc	2	n gcc	1	gac	6	ggc	8
i tta	3	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	5	aaa	4	aga	1
k cta	5	g cca	3	caa	2	cga
l gta	4	o gca	7	gaa	5	gga	4
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	2
n atgj	3	l acg		aag		agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
vha	70	14		11		26	121

Aeromonas media WS

amed opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Lien tableur: amed opérons

amed1. Aeromonas media WS
61.2%GC	25.7.19 Paris	126	doubles	interca	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd
	6590..7159	cds		3				190

comp	7163..8359	cds		512	512			399
	8872..10421	16s		66
	10488..10564	atc		10			10
	10575..10650	gca		231
	10882..13800	23s		98
	13899..14013	5s		386	386				386
	14400..14717	cds		102422				106

	117140..117850	cds		47	47			237	47
	117898..117973	ttc		52		52
	118026..118101	aca		3		3
	118105..118180	ttc		45		45
	118226..118301	aac		252	252
	118554..119573	cds		50489				340

comp	170063..170329	cds		103	103			89	103
comp	170433..170518	ctg	+	71		71
comp	170590..170675	ctg	5 ctg	46		46
comp	170722..170807	ctg		46		46
comp	170854..170939	ctg		51		51
comp	170991..171076	ctg		116	116
comp	171193..172653	cds		146173				487

	318827..320692	cds		190	190			622	190
	320883..320959	atgi		244	244
comp	321204..323780	cds		62601				859

	386382..386732	cds		514	514			117
	387247..388802	16s		268
	389071..389146	gaa		245
	389392..392312	23s		104
	392417..392531	5s		268	268				268
comp	392800..394413	cds		81847				538

	476261..476482	cds		64	64			74	64
comp	476547..476622	aac		5		5
comp	476628..476703	ttc		622	622
	477326..477547	cds		22721				74

	500269..500814	cds		177	177			182	177
	500992..501067	ggc	+	24		24
	501092..501167	ggc	6 ggc	29		29
	501197..501272	ggc		38		38
	501311..501386	ggc		25		25
	501412..501487	ggc		23		23
	501511..501586	ggc		363	363
comp	501950..502159	cds		4810				70

	506970..507110	cds		236	236			47	236
	507347..507422	gcc	+	28		28
	507451..507526	gcc	5 gcc	66		66
	507593..507668	gcc		58		58
	507727..507802	gcc		40		40
	507843..507918	gcc		471	471
	508390..508473	riboswitch	@1	134002				28

	642476..642802	cds		9	9			109	9
	642812..642896	ctc		91		91
	642988..643064	atgf		166	166
	643231..643689	cds		128528				153

	772218..774050	cds		195	195			611	195
comp	774246..774329	cta	+	8		8
comp	774338..774414	atg	3 atg	38		38
comp	774453..774527	caa	4 caa	47		47
comp	774575..774649	caa		17		17
comp	774667..774743	atg		35		35
comp	774779..774853	caa		47		47
comp	774901..774975	caa		13		13
comp	774989..775065	atg		235	235
comp	775301..776392	cds		3148				364

comp	779541..780557	cds		104	104			339	104
comp	780662..780736	caa		-21	-21				-21
comp	780716..781612	cds		373301				299

comp	1154914..1155384	cds		131	131			157	131
comp	1155516..1155592	ccc		226	226
comp	1155819..1157162	cds		67691				448

comp	1224854..1226290	cds		301	301			479
comp	1226592..1226667	aac		2		2
comp	1226670..1226744	gga		164	164				164
comp	1226909..1227181	cds		13604				91

comp	1240786..1241733	cds		350	350			316
comp	1242084..1242156	aac	+	2		2
comp	1242159..1242234	aac	2 aac	49	49				49
	1242284..1242496	cds		294				71

	1242791..1244527	cds		181	181			579	181
	1244709..1244796	tcc		407	407
	1245204..1246064	cds		161293				287

comp	1407358..1408338	cds		410	410			327
comp	1408749..1408836	tcc		177	177				177
comp	1409014..1409631	cds		34595				206

	1444227..1444688	cds		146	146			154
	1444835..1444922	tcc		127	127				127
	1445050..1446834	cds		14349				595

comp	1461184..1462401	cds		163	163			406	163
comp	1462565..1462640	cac		124		124
comp	1462765..1462838	aga		240	240
comp	1463079..1464389	cds		61984				437

comp	1526374..1527606	cds		151	151			411	151
comp	1527758..1527833	cac		123		123
comp	1527957..1528033	aga		36		36
comp	1528070..1528146	cca		203	203
	1528350..1529207	cds		60230				286

	1589438..1589644	cds		138	138			69
comp	1589783..1589858	aac		132	132				132
	1589991..1592003	cds		57434				671

	1649438..1651867	cds		104	104			810	104
comp	1651972..1652048	gtc	+	36		36
comp	1652085..1652161	gtc	5 gtc	26		26
comp	1652188..1652264	gtc		15		15
comp	1652280..1652356	gtc		11		11
comp	1652368..1652444	gtc		170	170
comp	1652615..1653994	cds		277443				460

comp	1931438..1932934	cds		145	145			499	145
comp	1933080..1933156	atgf	+	110		110
comp	1933267..1933343	atgf	9 atgf	102		102
comp	1933446..1933522	atgf	@2	101		101
comp	1933624..1933700	atgf		101		101
comp	1933802..1933877	atgf		103		103
comp	1933981..1934057	atgf		102		102
comp	1934160..1934236	atgf		102		102
comp	1934339..1934415	atgf		92		92
comp	1934508..1934584	atgf		268	268
comp	1934853..1935572	cds		490897				240

comp	2426470..2427675	cds		350	350			402
comp	2428026..2428112	tta		40		40
comp	2428153..2428226	tgc		35		35
comp	2428262..2428337	ggc		181	181				181
comp	2428519..2429073	cds		117921				185

comp	2546995..2547534	cds		271	271			180	271
	2547806..2547882	ccc		1103	1103
	2548986..2550593	cds		107760				536

	2658354..2659094	cds		87	87			247	87
	2659182..2659257	acg		108	108
< comp	2659366..2659705	cds		198821				113

comp	2858527..2859036	cds		126	126			170
	2859163..2859247	tac	+	30		30
	2859278..2859362	tac	2 tac	121	121				121
comp	2859484..2863335	cds		115303				1284

	2978639..2979358	cds		119	119			240	119
comp	2979478..2979552	gga		104		104
comp	2979657..2979730	ggg		201	201
	2979932..2981701	cds		41492				590

	3023194..3023487	cds		75	75			98	75
comp	3023563..3023636	tgc		57		57
comp	3023694..3023769	ggc		248	248
	3024018..3027455	cds		17375				1146

	3044831..3045361	cds		133	133			177	133
comp	3045495..3045584	tcg		380	380
	3045965..3046882	cds		221147				306

comp	3268030..3268398	cds		318	318			123
comp	3268717..3268804	tca		198	198				198
	3269003..3269752	cds		20717				250

	3290470..3291624	cds		50	50			385	50
	3291675..3291751	agg		126	126
comp	3291878..3292804	cds		41865				309

	3334670..3335758	cds		230	230			363
	3335989..3336073	tac	+	32		32
	3336106..3336190	tac	3 tac	45		45
	3336236..3336320	tac		135	135				135
	3336456..3336731	cds		169091				92

comp	3505823..3506272	cds		275	275			150	275
comp	3506548..3506662	5s		101
comp	3506764..3509682	23s		229
comp	3509912..3509987	gaa		218
comp	3510206..3511760	16s		592	592
	3512353..3515220	cds		161083				956

comp	3676304..3677323	cds		113	113			340
comp	3677437..3677521	ttg		49	49				49
	3677571..3678182	cds		9862				204

	3688045..3688872	cds		369	369			276
comp	3689242..3689318	cgt	+	25		25
comp	3689344..3689420	cgt	5 cgt	25		25
comp	3689446..3689522	cgt		26		26
comp	3689549..3689625	cgt		98		98
comp	3689724..3689800	cgt		4		4
comp	3689805..3689897	agc		213	213				213
comp	3690111..3690299	cds		196546				63

	3886846..3887601	cds		302	302			252	302
comp	3887904..3887980	gac		98
comp	3888079..3888193	5s		105
comp	3888299..3891217	23s		231
comp	3891449..3891524	gca		10			10
comp	3891535..3891611	atc		66
comp	3891678..3893232	16s		420	420
comp	3893653..3894195	cds		18750				181

comp	3912946..3913317	cds		60	60			124
comp	3913378..3913454	tgg		52	52				52
comp	3913507..3914691	cds	@3	171	171			395	171
comp	3914863..3914937	gga		38		38
comp	3914976..3915060	tac		263	263
	3915324..3916262	cds		45900				313

comp	3962163..3963533	cds		306	306			457
comp	3963840..3963916	tgg		202	202				202
	3964119..3964703	cds		59641				195

comp	4024345..4026816	cds		658	658			824
comp	4027475..4027551	ccg		140	140				140
comp	4027692..4028417	cds		80995				242

	4109413..4111986	cds		99	99			858
comp	4112086..4112200	5s		101
comp	4112302..4115220	23s		231
comp	4115452..4115527	gaa		192
comp	4115720..4117273	16s		94	94				94
comp	4117368..4117547	cds		32227				60

comp	4149775..4150248	cds		204	204			158	204
comp	4150453..4150529	cca		58		58
comp	4150588..4150673	ctg		20		20
comp	4150694..4150769	cac		49		49
comp	4150819..4150895	cgg		258	258
	4151154..4151744	cds		74862				197

	4226607..4227725	cds		428	428			373
	4228154..4229708	16s		192
	4229901..4229976	gaa		229
	4230206..4233124	23s		104
	4233229..4233343	5s		106
	4233450..4233525	acc		23
	4233549..4233663	5s		164	164				164
	4233828..4234793	cds		119351				322

comp	4354145..4355686	cds		622	622			514
	4356309..4357863	16s		268
	4358132..4358207	gaa		230
	4358438..4361364	23s		102
	4361467..4361581	5s		106
	4361688..4361763	acc		233	233				233
	4361997..4363241	cds		71363				415

	4434605..4435198	cds		465	465			198
	4435664..4437217	16s		219
	4437437..4437512	gaa		229
	4437742..4440657	23s		103
	4440761..4440875	5s		98
	4440974..4441050	gac		167	167				167
	4441218..4442054	cds		39919				279

comp	4481974..4482513	cds		477	477			180
	4482991..4484545	16s		513
	4485059..4485549	23s°		37
comp	4485587..4486115	23s°		229
comp	4486345..4486419	gaa		218
comp	4486638..4488193	16s		94	94				94
comp	4488288..4488509	cds		72132				74

comp	4560642..4561676	cds		192	192			345
comp	4561869..4561944	gta	+	18		18
comp	4561963..4562038	aaa	7 gta	34		34
comp	4562073..4562148	gta	5 aaa	18		18
comp	4562167..4562242	aaa	2 aag	23		23
comp	4562266..4562341	gta		18		18
comp	4562360..4562435	aaa		23		23
comp	4562459..4562534	gta		18		18
comp	4562553..4562628	aaa		34		34
comp	4562663..4562738	gta		22		22
comp	4562761..4562836	aag		46		46
comp	4562883..4562958	gta		22		22
comp	4562981..4563056	aag		46		46
comp	4563103..4563178	gta		32		32
comp	4563211..4563286	aaa		174	174				174
comp	4563461..4564276	cds		70895				272

comp	4635172..4636173	cds		275	275			334	275
comp	4636449..4636525	gac		95
comp	4636621..4636735	5s		101
comp	4636837..4639756	23s		231
comp	4639988..4640063	gca		10			10
comp	4640074..4640150	atc		66
comp	4640217..4641771	16s		512	512
	4642284..4643480	cds		3				399

comp	4643484..4644053	cds						190

amed cumuls

Lien tableur: amed cumuls

cumuls. Aeromonas media WS
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa
avec rRNA	opérons	10	1	0	-	1	1	40	1	100	14
	16 gaa 23 5s	6	20	15		50	5	60	5	200	21
	16 atc gca	3	40	27		100	8	80	2	300	15
	16 23 5s	0	60	14		150	19	100	3	400	18
	max a	3	80	2		200	17	120	4	500	11
	a doubles	0	100	3		250	13	140	7	600	6
	spéciaux	1	120	8		300	8	160	2	700	3
	total aas	18	140	2		350	6	180	8	800	0
sans	opérons	38	160	0		400	4	200	5	900	4
	1 aa	16	180	0		450	4	220	3	1000	1
	max a	14	200	0		500	3	240	2	1100	0
	a doubles	12		0			8		6		2
	total aas	109		71	0		96		48		95
total aas		127
remarques		3
avec jaune			moyenne	49					156
			variance	34					77
sans jaune			moyenne				214				274
			variance				122				157

amed blocs

Lien tableur: amed blocs

A1. Aeromonas media WS, blocs à rRNA.
cds	512	cds	302	cds	275
16s	66	gac	98	gac	95
atc	10	5s	105	5s	101
gca	231	23s	231	23s	231
23s	98	gca	10	gca	10
5s	386	atc	66	atc	66
		16s	420	16s	512

cds	514	275	99
16s	268	101	101
gaa	245	229	231
23s	104	218	192
5s	268	592	94

cds	428	cds	622	cds	465
16s	192	16s	268	16s	219
gaa	229	gaa	230	gaa	229
23s	104	23s	102	23s	103
5s	106	5s	106	5s	98
acc	23	acc	233	gac	167
5s	164

amed remarques

A faire

amed distribution

Lien tableur: amed distribution
Notes:
- gtc5 ctg5 gcc5 tac3+2 aac2 caa2+2 atgf9 cgt5 ggc6

- Séquences
(atgj caa2)2

(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa

Gm7 amed, Aeromonas media WS. gama
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	10
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc	3	tac	6	tgc	2
f atc	3	j acc	2	aac	6	agc	1
g ctc	1	f ccc	2	cac	3	cgt	5
h gtc	5	n gcc	5	gac	3	ggc	8
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	5	aga	2
k cta	1	g cca	2	caa	5	cga
l gta	7	o gca	3	gaa	7	gga	3
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	3	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	6	h ccg	1	cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg	1
gama	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
amed	93	16		5		13	127

gamma synthèse

Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo

gamma distribution par génome

Lien tableur: gamma distribution par génome

gamma. distribution par génome
gama	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
spl	46	8				6	79	3	142
vpb	60	11				21	22	12	126
vha	51	14				26	19	11	121
amed	47	16				13	46	5	127
eal	25	23				10	23	4	85
eco	20	23				10	29	4	86
ecoN	20	34				17	44	6	121
total	269	129	0	0	0	103	262	45	808

gamma distribution du total

Lien tableur: gamma distribution du total
Notes: dans le tableau de droite gaa comprend 33 +16s et 1 +5s.
Légende:
- Couleurs du 1er tableau: voir bacilli

- Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau

- Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Gamma. Distribution du total.

gamma. Distribution du total sans +16s +5s
g1		t1
a atgi	11	a tct		tat		atgf	48
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	21	b tcc	14	tac	30	tgc	18
f atc	3	j acc	6	aac	34	agc	11
g ctc	9	f ccc	6	cac	12	cgc	40
h gtc	21	n gcc	16	gac	7	ggc	46
i tta	14	c tca	12	taa		tga	4
j ata		k aca	19	aaa	33	aga	10
k cta	24	g cca	14	caa	23	cga
l gta	34	o gca		gaa	17	gga	14
m ttg	7	d tcg	4	tag		tgg	4
n atgj	19	l acg	4	aag	2	agg	7
o ctg	21	h ccg	4	cag	6	cgg	7
p gtg		p gcg		gag		ggg	4
gama7	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type	531	129	0	0	0	0	660

gamma. Distribution du total. +16s +5s (1-3aas)
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	0
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	23	j acc	9	aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc	2	gac	23	ggc
i tta		c tca	4	taa		tga
j ata		k aca		aaa	8	aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta	8	o gca	29	gaa	34	gga
m ttg		d tcg		tag		tgg	8
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama7	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type				45		103	148

gamma. indices du 27.5.20 1183 génomes
g1		t1		1183	86713	1,5	0
a atgi	130	a tct	1,7	tat	1,3	atgf	292
b att	0,1	i act	0,5	aat	0,2	agt
c ctt	0,9	e cct		cat		cgc
d gtt	0,5	m gct		gat		ggt	0,5
e ttc	175	b tcc	152	tac	227	tgc	114
f atc	285	j acc	155	aac	311	agc	106
g ctc	102	f ccc	86	cac	115	cgt	298
h gtc	173	n gcc	167	gac	289	ggc	351
i tta	120	c tca	140	taa	1,0	tga	64
j ata	0,8	k aca	141	aaa	377	aga	151
k cta	128	g cca	141	caa	189	cga	13
l gta	321	o gca	283	gaa	324	gga	114
m ttg	103	d tcg	83	tag	2,7	tgg	113
n atgj	170	l acg	71	aag	24	agg	110
o ctg	252	h ccg	62	cag	102	cgg	100
p gtg	8,3	p gcg	6,9	gag	7,6	ggg	72
	inter		max		min		total

gamma distribution par type

Lien tableur: gamma distribution par type
Légende: voir bacilli

Gamma. Distribution par type.

gamma. distribution des solitaires
g1		t1
a atgi	9	a tct		tat		atgf	6
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	7	b tcc	14	tac		tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	14	agc
g ctc	5	f ccc	6	cac		cgt
h gtc		n gcc		gac	3	ggc
i tta		c tca	10	taa		tga	4
j ata		k aca		aaa		aga	6
k cta		g cca	2	caa	1	cga
l gta		o gca		gaa	4	gga	4
m ttg	7	d tcg	4	tag		tgg	2
n atgj		l acg	4	aag		agg	7
o ctg		h ccg	4	cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg	3
gama7	1aa	129

gamma. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	18
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	14	b tcc		tac	6	tgc	15
f atc		j acc	5	aac	11	agc	11
g ctc	4	f ccc		cac	12	cgt	2
h gtc	2	n gcc	2	gac		ggc	17
i tta	14	c tca		taa		tga
j ata		k aca	19	aaa	15	aga	4
k cta	18	g cca	10	caa	12	cga
l gta	13	o gca		gaa		gga	10
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	19	l acg		aag	2	agg
o ctg	4	h ccg		cag		cgg	7
p gtg		p gcg		gag		ggg	1
gama7	>1aa	269

gamma. distribution du type duplicata
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	24
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac	24	tgc	2
f atc	2	j acc		aac	9	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt	38
h gtc	19	n gcc	14	gac	4	ggc	29
i tta		c tca	2	taa		tga
j ata		k aca		aaa	18	aga
k cta	6	g cca	2	caa	10	cga
l gta	21	o gca		gaa	13	gga
m ttg		d tcg		tag		tgg	2
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg	17	h ccg		cag	6	cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama7	dupli	262

gamma par rapport au groupe de référence

Lien tableur: gamma par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence
	gama7	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	37	18	39			2	96
16	moyen	51	104	31		21	52	259
14	fort	41	147	192		24	49	453
		129	269	262		45	103	808
10	g+cga	15	3	6				24
2	agg+cgg	7	7					14
4	carre ccc	11	8	33			2	54
5	autres	4						4
		37	18	39			2	96
		total tRNAs ‰
	gama7	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	gama ‰	ref.‰
21	faible	46	22	48			2	119	26
16	moyen	63	129	38		26	64	321	324
14	fort	51	182	238		30	61	561	650
		160	333	324		56	127	808	729
10	g+cga	19	4	7				30	10
2	agg+cgg	9	9					17
4	carre ccc	14	10	41			2	67	16
5	autres	5						5
		46	22	48			2	119
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	gama7	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	56	27	59	142	26	29	7	15
16	moyen	77	158	47	282	324	40	39	12
14	fort	62	223	291	576	650	32	55	73
		195	408	397	660	729	129	269	262
10	g+cga	23	5	9	36	10	41		15
2	agg+cgg	11	11		21		19
4	carre ccc	17	12	50	79	16	30		85
5	autres	6			6		11
		56	27	59	142		37		39

gamma, estimation des -rRNAs

Lien tableur: gamma, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 22.1.21
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

gamma, calcul des -rRNAs

Lien tableur: gamma, calcul des -rRNAs

gam gamma 144 génomes

gam1 cumul des +rRNAs de la fiche gamma pour 144 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc		tac	1	tgc
f atc	373	j acc	57	aac		agc	3
g ctc		f ccc		cac	10	cgt
h gtc		n gcc	3	gac	151	ggc
i tta	1	c tca	3	taa		tga
j ata		k aca		aaa	13	aga
k cta		g cca	14	caa		cga
l gta	14	o gca	378	gaa	423	gga
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	73
n atgj	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	11
p gtg		p gcg		gag		ggg
gama144	inter		max		min		total
	900		622		14		1536

gam2 indices du clade gamma du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1			1183	1.5	0
a atgi	130	a tct	1.7	tat	1.3	atgf	292
b att	0.1	i act	0.5	aat	0.2	agt
c ctt	0.9	e cct		cat		cgc
d gtt	0.5	m gct		gat		ggt	0.5
e ttc	175	b tcc	152	tac	227	tgc	114
f atc	285	j acc	155	aac	311	agc	106
g ctc	102	f ccc	86	cac	115	cgt	298
h gtc	173	n gcc	167	gac	289	ggc	351
i tta	120	c tca	140	taa	1.0	tga	64
j ata	0.8	k aca	141	aaa	377	aga	151
k cta	128	g cca	141	caa	189	cga	13
l gta	321	o gca	283	gaa	324	gga	114
m ttg	103	d tcg	83	tag	2.7	tgg	113
n atgj	170	l acg	71	aag	24	agg	110
o ctg	252	h ccg	62	cag	102	cgg	100
p gtg	8.3	p gcg	6.9	gag	7.6	ggg	72
gtRNA	inter		max		min		total
	2517		3550		1254		7321

gam3 cumul des -rRNAs de l'annexe gamma 7 génomes
g1		t1
a atgi	11	a tct		tat		atgf	48
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	21	b tcc	14	tac	30	tgc	18
f atc	3	j acc	6	aac	34	agc	11
g ctc	9	f ccc	6	cac	12	cgt	40
h gtc	21	n gcc	16	gac	7	ggc	46
i tta	14	c tca	12	taa		tga	4
j ata		k aca	19	aaa	33	aga	10
k cta	24	g cca	14	caa	23	cga
l gta	34	o gca		gaa	17	gga	14
m ttg	7	d tcg	4	tag		tgg	4
n atgj	19	l acg	4	aag	2	agg	7
o ctg	21	h ccg	4	cag	6	cgg	7
p gtg		p gcg		gag		ggg	4
gama7	inter		max		min		total
	186		380		94		660

gam4 indices des +rRNAs de la fiche gamma pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc		tac	1	tgc	18
f atc	259	j acc	40	aac		agc	2
g ctc		f ccc		cac	7	cgt	40
h gtc		n gcc	2	gac	105	ggc	46
i tta	1	c tca	2	taa		tga	4
j ata		k aca		aaa	9	aga	10
k cta		g cca	10	caa		cga
l gta	10	o gca	263	gaa	294	gga	14
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	51
n atgj	1	l acg		aag		agg	7
o ctg		h ccg		cag		cgg	8
p gtg		p gcg		gag		ggg	4
gama144	inter		max		min		total
	625		432		10		1067

gam5 estimation des -rRNA du clade gamma pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	130	a tct	1.7	tat	1.3	atgf	290
b att	0.1	i act	0.5	aat	0.2	agt
c ctt	0.9	e cct		cat		cgc
d gtt	0.5	m gct		gat		ggt	0.5
e ttc	173	b tcc	152	tac	226	tgc	114
f atc	26	j acc	115	aac	311	agc	104
g ctc	102	f ccc	86	cac	108	cgt	298
h gtc	173	n gcc	165	gac	184	ggc	351
i tta	119	c tca	138	taa		tga	64
j ata	0.8	k aca	141	aaa	368	aga	151
k cta	128	g cca	131	caa	189	cga	13
l gta	311	o gca	21	gaa	30	gga	114
m ttg	102	d tcg	83	tag		tgg	62
n atgj	169	l acg	71	aag	24	agg	110
o ctg	252	h ccg	62	cag	102	cgg	92
p gtg	8.3	p gcg	6.9	gag	7.6	ggg	72
-rRNA	inter		max		min		total
	1892		3118		1244		6254

gam6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	157	a tct		tat		atgf	686
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt	0.5
e ttc	300	b tcc	200	tac	429	tgc	257
f atc	43	j acc	86	aac	486	agc	157
g ctc	129	f ccc	86	cac	171	cgt	571
h gtc	300	n gcc	229	gac	100	ggc	657
i tta	200	c tca	171	taa		tga	57
j ata		k aca	271	aaa	471	aga	143
k cta	343	g cca	200	caa	329	cga	13
l gta	486	o gca		gaa	243	gga	200
m ttg	100	d tcg	57	tag		tgg	57
n atgj	271	l acg	57	aag	29	agg	100
o ctg	300	h ccg	57	cag	86	cgg	100
p gtg		p gcg		gag		ggg	57
gama7	inter		max		min		total
	2657		5429		1343		9429

gamma, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: gamma, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- gam7. diff, somme des couleurs de gam7. La différence entre tRNAs est faite entre gam5 et gam6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- gam8. rap, rapport des sommes couleurs gam5/gam2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de gam5 sur celui de gam2.
Fréquences des différences en % du tableau gam7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	7	7	6	8	10	2	1	0	1	6	0	48
tot ≤ 50						38

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 62% au dessus de celle de la fiche des gamma.

tRNAs		fiche		annexe
sans		8335		660
avec		1401		148
genomes		144		7
indice %	58		94

gam gamma 63 génomes

gam7 gamma, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	17	a tct	100	tat	100	atgf	58
b att	100	i act	100	aat	100	agt
c ctt	100	e cct		cat		cgc
d gtt	100	m gct		gat		ggt	100
e ttc	42	b tcc	24	tac	47	tgc	56
f atc	39	j acc	26	aac	36	agc	34
g ctc	21	f ccc	0	cac	37	cgt	48
h gtc	42	n gcc	28	gac	46	ggc	47
i tta	40	c tca	20	taa		tga	11
j ata	100	k aca	48	aaa	22	aga	5
k cta	63	g cca	34	caa	42	cga	100
l gta	36	o gca	100	gaa	88	gga	43
m ttg	2	d tcg	31	tag		tgg	8
n atgj	38	l acg	20	aag	16	agg	9
o ctg	16	h ccg	8	cag	16	cgg	8
p gtg	100	p gcg	100	gag	100	ggg	21
diff	inter		max		min		total
	425		656		229		1310

gam8 gamma, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	99
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	99	b tcc		tac		tgc
f atc	9	j acc	74	aac		agc	98
g ctc		f ccc		cac	94	cgt
h gtc		n gcc	99	gac	64	ggc
i tta	99	c tca	99	taa		tga
j ata		k aca		aaa	98	aga
k cta		g cca	93	caa		cga
l gta	97	o gca	7	gaa	9	gga
m ttg	99	d tcg		tag		tgg	55
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg	92
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	75		88		99		85

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