< Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes < Annexe
- Annexe en préparation
Tanger le 21.10.19
Bacillus subtilis
bsu opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
- Lien tableur: bsu
43.6%GC | 7.3.19 Paris | 86 | doubles | intercal |
---|---|---|---|---|
9810..11364 | 16s | @2 | 99 | |
11464..11540 | atc | 11 | ||
11552..11627 | gca | 81 | ||
11709..14636 | 23s | 55 | ||
14692..14810 | 5s | |||
22292..22384 | tca | |||
30279..31832 | 16s | 99 | ||
31932..32008 | atc | 11 | ||
32020..32095 | gca | 81 | ||
32177..35103 | 23s | 133 | ||
35237..35355 | 5s | |||
70181..70257 | atg | 9 | ||
70267..70338 | gaa | |||
90536..92089 | 16s | @1 | 164 | |
92254..95181 | 23s | 55 | ||
95237..95354 | 5s | 20 | ||
95375..95450 | gta | 4 | ||
95455..95530 | aca | 36 | ||
95567..95642 | aaa | 6 | ||
95649..95731 | cta | 40 | ||
95772..95846 | ggc | 14 | ||
95861..95946 | tta | 9 | ||
95956..96032 | cgt | 27 | ||
96060..96136 | cca | 9 | ||
96146..96221 | gca | 170 | ||
96392..97945 | 16s | 164 | ||
98110..101037 | 23s | 55 | ||
101093..101211 | 5s | |||
160893..162445 | 16s | 164 | ||
162610..165535 | 23s | 55 | ||
165591..165707 | 5s | 46 | ||
165754..165825 | aac | 4 | ||
165830..165902 | acc | 56 | ||
165959..166033 | ggc | 30 | ||
166064..166140 | cgt | 27 | ||
166168..166244 | cca | 8 | ||
166253..166328 | gca | 171 | ||
166500..168053 | 16s | 164 | ||
168218..171141 | 23s | 55 | ||
171197..171314 | 5s | 183 | ||
171498..173049 | 16s | 164 | ||
173214..176141 | 23s | 55 | ||
176197..176315 | 5s | |||
194205..194279 | gaa | 3 | ||
194283..194358 | gta | 4 | ||
194363..194435 | aca | 22 | ||
194458..194542 | tac | 4 | ||
194547..194621 | caa | |||
528704..528778 | aac | 4 | ||
528783..528873 | agc | 29 | ||
528903..528974 | gaa | 11 | ||
528986..529060 | caa | 26 | ||
529087..529162 | aaa | 11 | ||
529174..529255 | cta | 80 | ||
529336..529422 | ctc | |||
635110..635186 | cgt | 13 | ||
635200..635273 | gga | 159 | ||
635433..636987 | 16s | 167 | ||
637155..640082 | 23s | 55 | ||
640138..640254 | 5s | 13 | ||
640268..640344 | atgf | 60 | ||
640405..640481 | gac | |||
946696..948250 | 16s | 167 | ||
948418..951345 | 23s | 111 | ||
951457..951572 | 5s | 9 | ||
951582..951656 | aac | 5 | ||
951662..951753 | tcc | 34 | ||
951788..951859 | gaa | 9 | ||
951869..951944 | gta | 9 | ||
951954..952030 | atgf | 11 | ||
952042..952118 | gac | 12 | ||
952131..952206 | ttc | 5 | ||
952212..952284 | aca | 22 | ||
952307..952391 | tac | 5 | ||
952397..952470 | tgg | 24 | ||
952495..952570 | cac | 9 | ||
952580..952651 | caa | 49 | ||
952701..952775 | ggc | 5 | ||
952781..952851 | tgc | 7 | ||
952859..952947 | tta | @3 | 265 | |
953213..953294 | ttg | |||
967065..967138 | gga | |||
1262789..1262861 | gtc | |||
comp | 2003276..2003348 | agg | ||
2563889..2563959 | caa | |||
comp | 2899816..2899889 | aga | ||
comp | 3171879..3171950 | gaa | 25 | |
comp | 3171976..3172066 | agc | 3 | |
comp | 3172070..3172144 | aac | 10 | |
comp | 3172155..3172231 | atc | 15 | |
comp | 3172247..3172320 | gga | 10 | |
comp | 3172331..3172406 | cac | 17 | |
comp | 3172424..3172499 | ttc | 12 | |
comp | 3172512..3172588 | gac | 11 | |
comp | 3172600..3172676 | atgf | 17 | |
comp | 3172694..3172786 | tca | 6 | |
comp | 3172793..3172869 | atgi | 2 | |
comp | 3172872..3172948 | atgj | 19 | |
comp | 3172968..3173040 | gca | 5 | |
comp | 3173046..3173122 | cca | 15 | |
comp | 3173138..3173214 | cgt | 9 | |
comp | 3173224..3173309 | tta | 14 | |
comp | 3173324..3173398 | ggc | 5 | |
comp | 3173404..3173490 | ctg | 10 | |
comp | 3173501..3173576 | aaa | 37 | |
comp | 3173614..3173689 | aca | 32 | |
comp | 3173722..3173797 | gta | 20 | |
comp | 3173818..3173935 | 5s | 55 | |
comp | 3173991..3176918 | 23s | 167 | |
comp | 3177086..3178640 | 16s | ||
comp | 3194455..3194527 | gcc | ||
comp | 3545889..3545964 | cgg | ||
comp | 4154787..4154859 | ttc | 35 | |
comp | 4154895..4154971 | gac | 81 | |
comp | 4155053..4155124 | gaa | 9 | |
comp | 4155134..4155209 | aaa |
bsu cumuls
opérons | Fréquences | Moyenne | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | sans jaune | ||
avec rRNA | opérons | 10 | 1 | 0 | 0 | |
16 23 5s 0 | 3 | 20 | 8 | 37 | ||
16 atc gca | 2 | 40 | 4 | 11 | ||
16 23 5s a | 5 | 60 | 0 | 3 | ||
max a | 21 | 80 | 1 | 0 | ||
a doubles | 0 | 100 | 1 | 0 | ||
spéciaux | 0 | 120 | 0 | 0 | ||
total aas | 60 | 140 | 0 | 0 | ||
sans rRNAs | opérons | 12 | 160 | 0 | 0 | |
1 aa | 8 | 180 | 0 | 0 | ||
max a | 7 | 200 | 0 | 0 | ||
a doubles | 0 | 220 | 0 | 0 | ||
total aas | 26 | total | 14 | 51 | ||
total aas | 86 | moyenne | 23 | 17 | 14 | |
remarques | 3 | variance | 26 | 14 | 11 |
bsu remarques
- Nombre de gènes protéines: 4174 (KEGG)
*Remarques : lmo-bsu (ref. sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en terme d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 8 avec 2 dans l’opéron 9aas et 3 dans 6aas. Soit le double de lmo. - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 164 55 20. - L'opéron 16aas a un intercalaire 23s-5s double des autres blocs, 111 contre 55. - L'opéron 4aas contient 2 aas avant le 16s et 2 après le 5s. L'intercalaire aa-16s est à peu près égale à celui de 16s-23s, 159 contre 167. - Les intercalaires qui séparent les blocs surnuméraires sont aussi du même ordre que celui de 16s-23s, 170 171 183 contre 164 pour le 16s-23s. - Les 5 opérons avec ces blocs ont 4 6 9 16 21 aas. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 et n’ont pas d’autres aas comme l’opéron 16aas de lmo. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 99 11 81, sauf pour celui de 23s-5s, 55 bases pour l’un, comme 7 blocs 16-23-5s, et le double pour l’autre, 113 comme pour l’opéron 16aas. @3 intercalaire élevé pour 2 aas. Est-ce que le dernier aa est solitaire ? Séquences des doubles : aucun double sur 7 opérons à 2 aas et plus. Comme lmo.
bsu distribution
- Lien tableur: bsu distribution
- Notes:
- - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés:atgf gac.
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bsu lmo
- Lien tableur: bsu lmo
- Légende:
- - La couleur cyan pour les différents entre bsu et lmo; bois pour les identiques entre les clusters 21 16 9 aas de bsu d'une part et ceux de lmo. Le gène cac est conservé dans les 3 clusters.
- - Le bleu pour des intercalaires exceptionnels.
- - Les bordures très épaisses noires encadrent 3 gènes pour les distingués entre eux.
- Notes:
- - Les fréquences des différences entre intercalaires (diff) sont reportées dans le dernier tableau B14 et sont établies sur la plage des différences entre intercalaires bsu et lmo du tableau B11 pour des couples identiques (entre génomes), et entre intercalaires bsu-bsu et lmo-lmo (intra génome). Ces résultats sont à mettre en parallèle avec ceux de la comparaison cdc-psor. La faible variabilité des intercalaires cdc-psor par rapport à bsu-lmo est due à leur plus grande filiation, niveau genre contre le niveau famille pour bsu-lmo.
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bsu blocs
- Lien tableur: bsu blocs
Types | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
I | I1 | I2 | I3 | I4 | II | II1 | II2 | II3 | |
16s | 167 | 167 | 164 | 164 | 16s | 164 | 164 | 164 | |
23s | 111 | 55 | 55 | 55 | 23s | 55 | 55 | 55 | |
5s | 9 | 20 | 46 | 20 | 5s | ||||
5 | 32 | 4 | 4 | ||||||
aac | gta | aac | gta | ||||||
**15aas | **20aas | **5aas | ** 8aas | ||||||
III | IV | ||||||||
16s | 99 | 99 | cgt | 13 | |||||
atc | 11 | 11 | gga | 159 | |||||
gca | 81 | 81 | 16s | 167 | |||||
23s | 55 | 133 | 23s | 55 | |||||
5s | 5s | 13 | |||||||
atgf | 60 | ||||||||
gac | |||||||||
groupe1 | groupe2 | ||||||||
16s | 164 | 16s | 164 | ||||||
I3 | 23s | 55 | I4 | 23s | 55 | ||||
5s | 46 | 5s | 20 | ||||||
aac | 4 | gta | 4 | ||||||
**4aas | 8 | ** 7aas | 9 | ||||||
gca | 171 | gca | 170 | ||||||
II1 | 16s | 164 | II3 | 16s | 164 | ||||
23s | 55 | 23s | 55 | ||||||
II2 | 5s | 183 | 5s | ||||||
16s | 164 | ||||||||
23s | 55 | ||||||||
5s |
bsu intercalaires entre cds
- Lien NCBI
- Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.
Fréquences: gammes, moyennes et variances
intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage négatif 609 14 négatif -12 19 -1 à -164 zéro 27 0.4 1 à 200 3043 70 0 à 200 72 56 201 à 370 463 11 201 à 370 262 46 371 à 600 150 3.5 371 à 600 457 65 601 à max 36 0.8 601 à 1306 774 170 Total 4328 Total 4316 99 124 -164 à 1306
bsu les fréquences
- Lien tableur: bsu intercalaires entre cds
- Légende: long, longueur en pbs.
- - 16s, 23s5s, blocs à rRNAs seuls.Voir bsu opérons pour leurs intercalaires
- - agc, aaa-atc, blocs à tRNAs seuls. Voir bsu opérons pour leurs intercalaires
adresse | intercal | inter-gène | long | intercal | fréquence | cumul/% | intercal | fréquence |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
159779 | 16539 | 2x16s | 15423 | -70 | 19 | 0 | 27 | |
88727 | 11222 | 2x16s | 10676 | -60 | 2 | -1 | 72 | |
3169763 | 7659 | 16s 21aas | 6762 | -50 | 5 | -2 | 4 | |
390880 | 7511 | néant | -40 | 19 | -3 | 0 | ||
945520 | 6968 | 16s 16aas | 6599 | -30 | 11 | min à -1 | -4 | 243 |
634651 | 5885 | 16s 4aas | 5372 | -20 | 38 | 609 | -5 | 0 |
29772 | 5495 | néant | -10 | 105 | 14% | -6 | 2 | |
6994 | 5387 | néant | 0 | 437 | -7 | 12 | ||
3671416 | 1306 | néant | 10 | 260 | -8 | 76 | ||
1261426 | 1085 | gtc | 20 | 445 | -9 | 1 | ||
4153696 | 1029 | 4aas | 423 | 30 | 255 | -10 | 6 | |
2221061 | 952 | néant | 40 | 279 | -11 | 44 | ||
2226176 | 950 | 50 | 165 | -12 | 0 | |||
528129 | 923 | 60 | 114 | -13 | 6 | |||
1886057 | 824 | 70 | 140 | -14 | 20 | |||
193570 | 823 | 80 | 154 | -15 | 0 | |||
2895248 | 815 | 90 | 134 | -16 | 6 | |||
2733772 | 809 | 100 | 116 | -17 | 18 | |||
785543 | 783 | 110 | 131 | -18 | 0 | |||
3699446 | 783 | 120 | 126 | -19 | 5 | |||
2060817 | 777 | 130 | 127 | -20 | 12 | |||
1218113 | 743 | 140 | 94 | -21 | 0 | |||
875428 | 731 | 150 | 112 | -22 | 2 | |||
3449732 | 721 | 160 | 100 | -23 | 8 | |||
559264 | 686 | 170 | 92 | 1 à 200 | -24 | 0 | ||
1446317 | 682 | 180 | 84 | 3043 | -25 | 2 | ||
2051329 | 669 | 190 | 60 | 70% | -26 | 8 | ||
1482248 | 645 | 200 | 55 | -27 | 0 | |||
3544642 | 629 | 210 | 61 | -28 | 0 | |||
2054599 | 627 | 220 | 32 | -29 | 6 | |||
873402 | 625 | 230 | 49 | -30 | 0 | |||
1872812 | 623 | 240 | 43 | -31 | 1 | |||
1278565 | 619 | 250 | 37 | -32 | 2 | |||
4004288 | 615 | 260 | 31 | 74 | ||||
3854256 | 609 | 270 | 36 | reste | 53 | |||
1900080 | 602 | 280 | 30 | 636 | ||||
290 | 20 | |||||||
300 | 17 | 600 | 4292 | |||||
310 | 18 | 650 | 9 | |||||
320 | 14 | 700 | 3 | |||||
330 | 21 | 750 | 3 | |||||
340 | 21 | 201 à 370 | 800 | 3 | ||||
350 | 15 | 463 | 850 | 4 | ||||
360 | 10 | 11% | 900 | 0 | ||||
370 | 8 | 950 | 2 | |||||
380 | 13 | 1000 | 1 | |||||
390 | 14 | 1050 | 1 | |||||
400 | 8 | 1100 | 1 | |||||
387744 | -7616 | shift 2 gènes | 3135 | 410 | 14 | 1150 | 0 | |
3717238 | -500 | shift 2 gènes | 88 | 420 | 10 | 1200 | 0 | |
2909520 | -492 | tronq 2 gènes | 0 | 430 | 10 | 1250 | 0 | |
2601528 | -361 | comp | 440 | 5 | 1300 | 0 | ||
1252815 | -164 | shift 2 gènes | 43 | 450 | 10 | 1350 | 1 | |
2466721 | -154 | shift 2 gènes | 1079 | 460 | 1 | 8 | ||
1916663 | -143 | shift 2 gènes | 292 | 470 | 5 | total | 36 | |
3666841 | -127 | comp | 480 | 7 | ||||
2693597 | -119 | shift 2 gènes | 823 | 490 | 8 | |||
538322 | -113 | shift 2 gènes | 412 | 500 | 4 | |||
1322014 | -101 | shift 2 gènes | 736 | 510 | 6 | |||
238164 | -95 | 520 | 4 | |||||
1526859 | -94 | 530 | 4 | |||||
2652993 | -93 | 540 | 3 | 371 à 600 | ||||
2758043 | -92 | 550 | 5 | 150 | ||||
3755967 | -91 | 560 | 5 | 3.5% | ||||
2154781 | -86 | 570 | 3 | |||||
2705398 | -82 | 580 | 4 | 601 à max | ||||
2154705 | -71 | 590 | 5 | 36 | ||||
989712 | -69 | 600 | 2 | 0.8% |
Listeria monocytogenes
lmo opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI
- Lien tableur: lmo
37.9%GC | 7.3.19 Paris | 67 | doubles | intercal |
---|---|---|---|---|
82705..82777 | aag | |||
237466..239020 | 16s | @1 | 244 | |
239265..242195 | 23s | 80 | ||
242276..242385 | 5s | 13 | ||
242399..242471 | gta | 8 | ||
242480..242555 | aca | 41 | ||
242597..242669 | aaa | 5 | ||
242675..242756 | cta | 14 | ||
242771..242842 | ggc | 21 | ||
242864..242949 | tta | 12 | ||
242962..243035 | cgt | 10 | ||
243046..243119 | cca | 19 | ||
243139..243214 | gca | 341 | ||
243556..245041 | 16s | 244 | ||
245286..248216 | 23s | 80 | ||
248297..248406 | 5s | |||
677464..677553 | tcg | |||
936656..936728 | aac | 3 | ||
936732..936819 | agc | |||
940017..940088 | gaa | 27 | ||
940116..940188 | gac | |||
970867..970937 | gga | |||
1266675..1266748 | aga | |||
comp | 1740916..1740987 | gaa | 5 | |
comp | 1740993..1741083 | agc | 34 | |
comp | 1741118..1741190 | aac | 6 | |
comp | 1741197..1741270 | atc | 25 | |
comp | 1741296..1741366 | gga | 23 | |
comp | 1741390..1741462 | cac | 28 | |
comp | 1741491..1741563 | ttc | 4 | |
comp | 1741568..1741643 | gac | 4 | |
comp | 1741648..1741721 | atgf | 42 | |
comp | 1741764..1741853 | tca | 22 | |
comp | 1741876..1741949 | atgi | 11 | |
comp | 1741961..1742034 | atgj | 42 | |
comp | 1742077..1742149 | gca | 22 | |
comp | 1742172..1742245 | cca | 10 | |
comp | 1742256..1742329 | cgt | 9 | |
comp | 1742339..1742424 | tta | 14 | |
comp | 1742439..1742513 | ggc | 15 | |
comp | 1742529..1742610 | cta | 5 | |
comp | 1742616..1742688 | aaa | 41 | |
comp | 1742730..1742805 | aca | 8 | |
comp | 1742814..1742886 | gta | 13 | |
comp | 1742900..1743009 | 5s | 81 | |
comp | 1743091..1746021 | 23s | 244 | |
comp | 1746266..1747811 | 16s | ||
1776112..1776183 | cgt | |||
comp | 1848821..1848930 | 5s | 81 | |
comp | 1849012..1851942 | 23s | 244 | |
comp | 1852187..1853732 | 16s | ||
2162187..2162273 | ctc | |||
2215375..2215446 | gaa | 157 | ||
2215604..2215677 | acg | 9 | ||
2215687..2215770 | tac | 11 | ||
2215782..2215856 | caa | 6 | ||
2215863..2215935 | aaa | |||
comp | 2436493..2436576 | ttg | 45 | |
comp | 2436622..2436695 | tgc | 19 | |
comp | 2436715..2436786 | ggc | 5 | |
comp | 2436792..2436863 | caa | 29 | |
comp | 2436893..2436965 | cac | 15 | |
comp | 2436981..2437054 | tgg | 7 | |
comp | 2437062..2437145 | tac | 20 | |
comp | 2437166..2437238 | ttc | 4 | |
comp | 2437243..2437318 | gac | 6 | |
comp | 2437325..2437398 | atgf | 21 | |
comp | 2437420..2437495 | gta | 56 | |
comp | 2437552..2437623 | gaa | 33 | |
comp | 2437657..2437745 | tcc | 6 | |
comp | 2437752..2437827 | aac | 14 | |
comp | 2437842..2437951 | 5s | 80 | |
comp | 2438032..2440962 | 23s | 172 | |
comp | 2441135..2441210 | gca | 46 | |
comp | 2441257..2441330 | atc | 127 | |
comp | 2441458..2443003 | 16s | @2 | |
comp | 2540230..2540301 | cgg | ||
comp | 2672664..2672736 | acc | 24 | |
comp | 2672761..2672836 | aac | 14 | |
comp | 2672851..2672960 | 5s | 80 | |
comp | 2673041..2675971 | 23s | 172 | |
comp | 2676144..2676219 | gca | 46 | |
comp | 2676266..2676339 | atc | 127 | |
comp | 2676467..2678012 | 16s | ||
2930362..2930434 | gtc |
lmo cumuls
opérons | Fréquences | Moyenne | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | sans jaune | ||
avec rRNA | opérons | 6 | 1 | 0 | 0 | |
16 23 5s 0 | 2 | 20 | 4 | 25 | ||
16 atc gca | 2 | 40 | 1 | 11 | ||
16 23 5s a | 2 | 60 | 0 | 8 | ||
max a | 21 | 80 | 0 | 0 | ||
a doubles | 0 | 100 | 0 | 0 | ||
spéciaux | 0 | 120 | 0 | 0 | ||
total aas | 50 | 140 | 0 | 0 | ||
sans | opérons | 11 | 160 | 1 | 0 | |
1 aa | 8 | 180 | 0 | 0 | ||
max a | 5 | 200 | 0 | 0 | ||
a doubles | 0 | 220 | 0 | 0 | ||
total aas | 17 | 6 | 44 | |||
total aas | 67 | moyenne | 36 | 20 | 11 | |
remarques | 2 | variance | 36 | 12 | 9 |
lmo blocs
- Lien tableur: lmo blocs
Types | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
I | I1 | I2 | I3 | I4 | II | II1 | II2 | |
16s | 244 | 244 | 16s | 244 | 244 | |||
23s | 81 | 80 | 23s | 80 | 81 | |||
5s | 13 | 13 | 5s | |||||
8 | 8 | |||||||
gta | gta | |||||||
**20aas | **8aas | |||||||
III | IV | |||||||
16s | 127 | 127 | ||||||
atc | 46 | 46 | ||||||
gca | 172 | 172 | ||||||
23s | 80 | 80 | ||||||
5s | 14 | 14 | ||||||
6 | 24 | |||||||
aac | aac | |||||||
**13aas | acc | |||||||
Groupes | ||||||||
16s | 244 | |||||||
I4 | 23s | 80 | ||||||
5s | 13 | |||||||
gta | 8 | |||||||
**7aas | 19 | |||||||
gca | 341 | |||||||
16s | 244 | |||||||
II1 | 23s | 80 | ||||||
5s |
lmo remarques
- Nombre de gènes protéines: 2867 (KEGG)
*Remarques : lmo-bsu (ref. sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en terme d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 4 dont 1 sans aas et 2 réunis dans un seul opéron. - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 244 80 13. - L'opéron à 2 blocs: le 2ème n'ayant pas d'aa à la suite de 5s et ayant une intercalaire du côté de 16s, très élevée, 341 bases, pourrait être un solitaire. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 dont un le fameux 16aas et l’autre avec 4 aas. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 127 46 172 80 14. - Ils partagent les mêmes intercalaires 5s-aa avec les blocs 16-23-5s-aa, 80 13. Séquences des doubles : aucun double sur 7 opérons à 2 aas et plus. Comme bsu.
lmo distribution
- Lien tableur: lmo distribution
- Notes:
- - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés:aac acc.
|
|
Lactobacillus amylovorus strain 30SC
lam opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI
- Lien tableur: lam
- Légende:
- -cds1, hp 186: hypothetical protein, 186 pb, MESRNTKRSIQSKRKHTEKLCLVLRVVPQGVSTLKTEYNPSKKPRQSKRTDCRATEKRILE
- -cds2, hp 186: hypothetical protein, 186 pb, MESRNTKRSIQSKRKHTEKLCLVLRVVPQRVSTLKTEYNPSKKPRQSKRTDCRATEKRILE
38%GC | 30.6.19 Paris | 63 | doubles | intercal |
---|---|---|---|---|
447399..448972 | 16s | @1 | 125 | |
449098..449172 | atc | 52 | ||
449225..449297 | gca | 115 | ||
449413..452324 | 23s | 68 | ||
452393..452509 | 5s | 4 | ||
452514..452586 | gta | 2 | ||
452589..452661 | aaa | 13 | ||
452675..452756 | cta | 23 | ||
452780..452852 | aca | 10 | ||
452863..452934 | ggc | 11 | ||
452946..453031 | tta | 8 | ||
453040..453113 | cgt | 5 | ||
453119..453192 | cca | 29 | ||
453222..453295 | atg | 12 | ||
453308..453381 | atgi | 27 | ||
453409..453482 | atgf | 3 | ||
453486..453559 | gac | 6 | ||
453566..453638 | ttc | 19 | ||
453658..453728 | gga | 5 | ||
453734..453808 | atc | 2 | ||
453811..453900 | agc | |||
57091..58664 | 16s | 125 | ||
58790..58864 | atc | 52 | ||
58917..58989 | gca | 115 | ||
59105..62016 | 23s | 68 | ||
62085..62201 | 5s | 13 | ||
62215..62287 | aac | |||
469566..471139 | 16s | @2 | 9 | |
471149..471334 | cds1 | hp 186 | -3 | |
471332..474243 | 23s | 68 | ||
474312..474428 | 5s | 13 | ||
474442..474514 | aac | |||
comp | 1709284..1709374 | tcc | 10 | |
comp | 1709385..1709457 | aac | 13 | |
comp | 1709471..1709587 | 5s | 68 | |
comp | 1709656..1712567 | 23s | -3 | |
comp | 1712565..1712750 | cds2 | hp 186 | 9 |
comp | 1712760..1714333 | 16s | ||
comp | 79386..79458 | aag | ||
comp | 79913..79985 | aag | ||
193922..193994 | acc | |||
comp | 210866..210939 | ggg | ||
287678..287752 | ggc | + | 111 | |
287864..287938 | ggc | 3 ggc | 109 | |
288048..288122 | ggc | 35 | ||
288158..288231 | ccg | |||
457611..457682 | gaa | 35 | ||
457718..457804 | tca | 9 | ||
457814..457887 | atgf | 3 | ||
457891..457964 | gac | 6 | ||
457971..458046 | ttc | 4 | ||
458051..458132 | tac | 4 | ||
458137..458207 | tgg | 12 | ||
458220..458295 | cac | 4 | ||
458300..458371 | caa | 23 | ||
458395..458465 | tgc | 40 | ||
458506..458590 | ttg | |||
474442..474514 | aac | |||
507688..507760 | acg | |||
526886..526957 | caa | |||
551550..551631 | tac | 34 | ||
551666..551737 | caa | |||
567329..567416 | ctt | |||
583327..583413 | tca | 6 | ||
583420..583493 | gac | 7 | ||
583501..583576 | cac | 4 | ||
583581..583653 | gta | |||
642034..642106 | agg | |||
comp | 729370..729441 | cgg | ||
784793..784864 | gag | |||
917887..917975 | tcg | |||
1456724..1456800 | aga | |||
1681218..1681301 | ctg | |||
comp | 1707998..1708070 | gta | 5 | |
comp | 1708076..1708147 | gaa | ||
1987190..1987263 | cgt | 8 | ||
1987272..1987345 | cca |
lam cumuls
opérons | Fréquences | Moyenne | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | sans jaune | ||
avec rRNA | total | 4 | 1 | 0 | 0 | |
16 23 5s 0 | 0 | 20 | 12 | 12 | ||
16 atc gca | 2 | 40 | 5 | 3 | ||
16 23 5s a | 0 | 60 | 0 | 0 | ||
max a | 18 | 80 | 0 | 0 | ||
a doubles | 0 | 100 | 0 | 0 | ||
spéciaux | 2 | 120 | 2 | 0 | ||
total aas | 24 | 140 | 0 | 0 | ||
sans | total | 20 | 160 | 0 | 0 | |
1 aa | 14 | 180 | 0 | 0 | ||
max a | 11 | 200 | 0 | 0 | ||
a doubles | 1 | 220 | 0 | 0 | ||
total aas | 39 | 19 | 15 | |||
total aas | 63 | moyenne | 24 | 12 | 14 | |
remarques | 2 | variance | 33 | 9 | 13 |
lam blocs
- Lien tableur: lam blocs
16s | 125 | 1574 | 16s | 9 | 1574 |
atc | 52 | cds1 | -3 | 62 | |
gca | 115 | 23s | 68 | 2912 | |
23s | 68 | 2912 | 5s | 13 | 117 |
5s | 4 | 117 | aac | ||
gta | |||||
16s | 125 | 1574 | 16s | 9 | 1574 |
atc | 52 | cds2 | -3 | 62 | |
gca | 115 | 23s | 68 | 2912 | |
23s | 68 | 2912 | 5s | 13 | 117 |
5s | 13 | 117 | aac | ||
aac |
lam remarques
*Remarques : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11. - Que des blocs de type 16-atcgca, il y en a 4. @1 Les 2 blocs 16-atcgca sont standard comme dans bsu et lmo (ref.. - Ils ont les mêmes intercalaires du début, 125 52 115 68 13. - un opéron avec 1 aa en plus, aac comme dans bsu-lmo. - un opéron à 18 aas plus grand que celui de lmo avec 16. @2 Les 2 blocs 16s-protéine-23s-5s. Ressemblance avec EFTU. - très petite protéine, 62 aas. - Dans les 2 cas les intercalaires sont les mêmes, 9 -3 68 13 - Notez le -3 pour le stop. - les intercalaires 25s-5s-aac sont à peu près les mêmes que les Blocs 16 atc gca 23-5s-aa, 68 13. contrôle du 3.10.20: les 2 cds ont disparus dans NCBI du 31.7.2020. Séquences des doubles : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11 opérons à plus de 2 aas.
lam distribution
- Lien tableur: lam distribution
- Notes:
- - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés: 3 aac et tcc.
- - duplicata: ggc3
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Paenibacillus polymyxa SC2
ppm opérons
ppm opérons chromosome
- Liens: gtRNAdb , NCBI
- Lien tableur: ppm
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
45.5%GC | 26.7.19 Paris | 110 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10545..11633 | CDS | 327 | 327 | 363 | |||||
11961..13519 | 16s | 280 | |||||||
13800..16728 | 23s | 143 | |||||||
16872..16988 | 5s | 232 | 232 | 232 | |||||
17221..17640 | CDS | 93 855 | 140 | ||||||
comp | 111496..112530 | CDS | 616 | 345 | |||||
113147..114705 | 16s | 207 | |||||||
114913..117843 | 23s | 76 | |||||||
117920..118036 | 5s | 343 | 343 | ||||||
118380..119837 | CDS | 3 348 | 486 | ||||||
123186..124469 | CDS | 90 | 90 | 428 | 90 | ||||
124560..124648 | tca | 145 | 145 | ||||||
124794..125135 | CDS | 55 592 | 114 | ||||||
180728..181003 | CDS | 412 | 92 | ||||||
181416..182974 | 16s | 108 | |||||||
183083..183199 | 5s | @1 | 39 | ||||||
183239..183315 | atc | 20 | 20 | ||||||
183336..183411 | gca | 128 | |||||||
183540..186468 | 23s | 130 | |||||||
186599..186690 | agc | 28 | 28 | ||||||
186719..186795 | atgj | 10 | 10 | ||||||
186806..186881 | gta | 4 | 4 | ||||||
186886..186961 | aca | 19 | 19 | ||||||
186981..187057 | gac | 77 | 77 | ||||||
187135..187210 | ttc | 6 | 6 | ||||||
187217..187302 | tac | 7 | 7 | ||||||
187310..187385 | aaa | 154 | 154 | 154 | |||||
187540..188682 | CDS | 24 062 | 381 | ||||||
comp | 212745..213341 | CDS | 211 | 211 | 199 | 211 | |||
comp | 213553..213624 | cgg | 259 | 259 | |||||
213884..214921 | CDS | 238 832 | 346 | ||||||
453754..455364 | CDS | 392 | 537 | ||||||
455757..457315 | 16s | 207 | |||||||
457523..460453 | 23s | 76 | |||||||
460530..460646 | 5s | 34 | |||||||
460681..460757 | atc | 22 | 22 | ||||||
460780..460855 | gca | 4 | 4 | ||||||
460860..460935 | aac | 34 | 34 | ||||||
460970..461043 | atgj | 3 | 3 | ||||||
461047..461138 | agc | 31 | 31 | ||||||
461170..461241 | gaa | 6 | 6 | ||||||
461248..461323 | gta | 10 | 10 | ||||||
461334..461407 | atgf | 25 | 25 | ||||||
461433..461509 | gac | 50 | 50 | ||||||
461560..461635 | ttc | 22 | 22 | ||||||
461658..461733 | aca | 5 | 5 | ||||||
461739..461824 | tac | 16 | 16 | ||||||
461841..461913 | cac | 18 | 18 | ||||||
461932..462006 | caa | 4 | 4 | ||||||
462011..462086 | aaa | 15 | 15 | ||||||
462102..462189 | ctg | 6 | 6 | ||||||
462196..462270 | ggc | 10 | 10 | ||||||
462281..462351 | tgc | 26 | 26 | ||||||
462378..462454 | cgt | 22 | 22 | ||||||
462477..462550 | cca | 9 | 9 | ||||||
462560..462630 | gga | 204 | 204 | 204 | |||||
comp | 462835..463938 | CDS | 1 537 | 368 | |||||
465476..466216 | CDS | 524 | 247 | ||||||
466741..468299 | 16s | 207 | |||||||
468507..471434 | 23s | 76 | |||||||
471511..471627 | 5s | 629 | |||||||
472257..473588 | CDS | 103 459 | 444 | ||||||
577048..577794 | CDS | 1 116 | 249 | ||||||
578911..580469 | 16s | 207 | |||||||
580677..583607 | 23s | 76 | |||||||
583684..583800 | 5s | 82 | |||||||
583883..583958 | gca | 4 | 4 | ||||||
583963..584038 | aac | 3 | 3 | ||||||
584042..584133 | tcc | 19 | 19 | ||||||
584153..584224 | gaa | 9 | 9 | ||||||
584234..584309 | gta | 29 | 29 | ||||||
584339..584412 | atgf | 25 | 25 | ||||||
584438..584514 | gac | 13 | 13 | ||||||
584528..584603 | aca | 4 | 4 | ||||||
584608..584693 | tac | 102 | 102 | ||||||
584796..584870 | caa | 4 | 4 | ||||||
584875..584950 | aaa | 12 | 12 | ||||||
584963..585043 | cta | 10 | 10 | ||||||
585054..585128 | ggc | 5 | 5 | ||||||
585134..585210 | cgt | 12 | 12 | ||||||
585223..585302 | ttg | 7 | 7 | ||||||
585310..585386 | cca | 7 | 7 | ||||||
585394..585464 | gga | 1 133 | |||||||
586598..587560 | CDS | 22 016 | 321 | ||||||
609577..609924 | CDS | 73 | 73 | 116 | 73 | ||||
609998..610069 | acg | 1 613 | |||||||
comp | 611683..612030 | CDS | 140 810 | 116 | |||||
752841..754124 | CDS | 611 | 428 | ||||||
754736..756294 | 16s | 208 | |||||||
756503..759431 | 23s | 75 | |||||||
759507..759623 | 5s | 183 | 183 | 183 | |||||
comp | 759807..760232 | CDS | 173 078 | 142 | |||||
933311..934681 | CDS | 449 | 457 | ||||||
935131..936689 | 16s | 221 | |||||||
936911..939839 | 23s | 76 | |||||||
939916..940032 | 5s | 216 | 216 | 216 | |||||
940249..941241 | CDS | 521 183 | 331 | ||||||
1462425..1462937 | CDS | 44 | 44 | 171 | 44 | ||||
1462982..1463057 | aac | 1 | 1 | ||||||
1463059..1463147 | agc | 122 | 122 | ||||||
comp | 1463270..1464145 | CDS | 74 | 292 | |||||
comp | 1464220..1464981 | CDS | 246 | 246 | 254 | ||||
1465228..1465299 | gaa | 86 | 86 | ||||||
1465386..1465461 | aaa | 15 | 15 | ||||||
1465477..1465562 | ctc | 162 | 162 | 162 | |||||
1465725..1466180 | CDS | 1 667 | 152 | ||||||
comp | 1467848..1468585 | CDS | 262 | 262 | 246 | ||||
1468848..1468930 | ctc | 148 | 148 | 148 | |||||
comp | 1469079..1469564 | CDS | 112 990 | 162 | |||||
1582555..1583361 | CDS | 490 | 269 | ||||||
1583852..1583925 | ccc | 244 | 244 | ||||||
comp | 1584170..1585441 | CDS | 32 099 | 424 | |||||
1617541..1619682 | CDS | 107 | 107 | 714 | 107 | ||||
1619790..1619860 | gga | 265 | 265 | ||||||
1620126..1621163 | CDS | 254 529 | 346 | ||||||
1875693..1876160 | CDS | 129 | 129 | 156 | 129 | ||||
1876290..1876365 | gcc | 11 | 11 | ||||||
1876377..1876449 | aag | 520 | |||||||
comp | 1876970..1877974 | CDS | 55 215 | 335 | |||||
comp | 1933190..1933630 | CDS | 381 | 147 | |||||
1934012..1934096 | ctg | 91 | 91 | 91 | |||||
comp | 1934188..1934718 | CDS | 74 847 | 177 | |||||
comp | 2009566..2010102 | CDS | 222 | 222 | 179 | ||||
2010325..2010409 | ctg | 213 | 213 | ||||||
2010623..2011135 | CDS | 432 608 | 171 | ||||||
2443744..2448333 | CDS | 540 | 1530 | ||||||
2448874..2450432 | 16s | 400 | |||||||
2450833..2453761 | 23s | 143 | |||||||
2453905..2454021 | 5s | 236 | 236 | 236 | |||||
comp | 2454258..2455367 | CDS | 186 804 | 370 | |||||
2642172..2643329 | CDS | 426 | 386 | ||||||
2643756..2645314 | 16s | 343 | |||||||
2645658..2648586 | 23s | 144 | |||||||
2648731..2648847 | 5s | 156 | 156 | 156 | |||||
2649004..2649228 | CDS | 884 577 | 75 | ||||||
comp | 3533806..3534249 | CDS | 139 | 139 | 148 | 139 | |||
3534389..3534460 | gtc | 279 | 279 | ||||||
comp | 3534740..3535069 | CDS | 103 837 | 110 | |||||
3638907..3639338 | CDS | 728 | 144 | ||||||
comp | 3640067..3640152 | tta | 249 | 249 | 249 | ||||
3640402..3640560 | CDS | 28 092 | 53 | ||||||
3668653..3669450 | CDS | 247 | 247 | 266 | |||||
comp | 3669698..3669766 | atg | 267 | 267 | |||||
comp | 3670034..3670234 | CDS | 54 456 | 67 | |||||
3724691..3725086 | CDS | 122 | 122 | 132 | 122 | ||||
comp | 3725209..3725282 | atgi | 435 | ||||||
comp | 3725718..3726359 | CDS | 612 148 | 214 | |||||
comp | 4338508..4339209 | CDS | 107 | 107 | 234 | 107 | |||
comp | 4339317..4339390 | cca | 7 | 7 | |||||
comp | 4339398..4339477 | ttg | 12 | 12 | |||||
comp | 4339490..4339566 | cgt | 5 | 5 | |||||
comp | 4339572..4339646 | ggc | 35 | 35 | |||||
comp | 4339682..4339757 | aaa | 28 | 28 | |||||
comp | 4339786..4339862 | gac | 26 | 26 | |||||
comp | 4339889..4339965 | atgf | 30 | 30 | |||||
comp | 4339996..4340071 | gta | 9 | 9 | |||||
comp | 4340081..4340152 | gaa | 17 | 17 | |||||
comp | 4340170..4340261 | tcc | 3 | 3 | |||||
comp | 4340265..4340340 | aac | 18 | ||||||
comp | 4340359..4340475 | 5s | 76 | ||||||
comp | 4340552..4343482 | 23s | 400 | ||||||
comp | 4343883..4345441 | 16s | 493 | ||||||
comp | 4345935..4347563 | CDS | 46 596 | 543 | |||||
comp | 4394160..4395092 | CDS | 238 | 238 | 311 | ||||
4395331..4395404 | aga | 214 | 214 | ||||||
4395619..4396383 | CDS | 49 894 | 255 | ||||||
4446278..4447621 | CDS | 207 | 207 | 448 | |||||
comp | 4447829..4447902 | aga | 174 | 174 | |||||
4448077..4448370 | CDS | 256 556 | 98 | ||||||
4704927..4705187 | CDS | 361 | 87 | ||||||
comp | 4705549..4705627 | ttg | 11 | 11 | |||||
comp | 4705639..4705713 | tgc | 11 | 11 | |||||
comp | 4705725..4705796 | ggc | 6 | 6 | |||||
comp | 4705803..4705877 | caa | 9 | 9 | |||||
comp | 4705887..4705959 | cac | 17 | 17 | |||||
comp | 4705977..4706050 | tgg | 7 | 7 | |||||
comp | 4706058..4706143 | tac | 4 | 4 | |||||
comp | 4706148..4706223 | aca | 22 | 22 | |||||
comp | 4706246..4706318 | ttc | 35 | 35 | |||||
comp | 4706354..4706430 | gac | 15 | 15 | |||||
comp | 4706446..4706522 | atgf | 25 | 25 | |||||
comp | 4706548..4706623 | gta | 58 | 58 | |||||
comp | 4706682..4706753 | gaa | 17 | 17 | |||||
comp | 4706771..4706862 | tcc | 3 | 3 | |||||
comp | 4706866..4706941 | aac | 326 | 326 | |||||
comp | 4707268..4707597 | CDS | 279 544 | 110 | |||||
comp | 4987142..4989934 | CDS | 726 | 931 | |||||
comp | 4990661..4990731 | gga | 9 | 9 | |||||
comp | 4990741..4990814 | cca | 22 | 22 | |||||
comp | 4990837..4990913 | cgt | 5 | 5 | |||||
comp | 4990919..4990993 | ggc | 10 | 10 | |||||
comp | 4991004..4991084 | cta | 11 | 11 | |||||
comp | 4991096..4991171 | aaa | 4 | 4 | |||||
comp | 4991176..4991250 | caa | 55 | 55 | |||||
comp | 4991306..4991381 | gta | 11 | 11 | |||||
comp | 4991393..4991464 | gaa | 11 | 11 | |||||
comp | 4991476..4991548 | acc | 3 | 3 | |||||
comp | 4991552..4991627 | aac | 18 | ||||||
comp | 4991646..4991762 | 5s | 76 | ||||||
comp | 4991839..4994768 | 23s | 129 | ||||||
comp | 4994898..4994973 | gca | 20 | 20 | |||||
comp | 4994994..4995070 | atc | 38 | ||||||
comp | 4995109..4995225 | 5s | 93 | ||||||
comp | 4995319..4996877 | 16s | 367 | ||||||
comp | 4997245..4997475 | CDS | 60 140 | 77 | |||||
comp | 5057616..5058803 | CDS | 163 | 163 | 396 | 163 | |||
comp | 5058967..5059083 | 5s | 76 | ||||||
comp | 5059160..5062089 | 23s | 185 | ||||||
comp | 5062275..5062350 | gca | 89 | ||||||
comp | 5062440..5063998 | 16s | 380 | ||||||
comp | 5064379..5066394 | CDS | 647 899 | 672 | |||||
5714294..5714611 | CDS | 206 | 206 | 106 | |||||
comp | 5714818..5714908 | tcg | 77 | 77 | 77 | ||||
comp | 5714986..5715210 | CDS | 75 |
ppm opérons plasmide
- Liens: gtRNAdb , NCBI
- Lien tableur: ppm
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
|
|
ppm cumuls
- Lien tableur: ppm cumuls
Chromosome
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
Opérons | Fréquences intercalaires | Fréquences aas cds | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsa | cdsj | gammes | cdsd | ||
avec rRNA | opérons | 13 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 100 | 8 | 5 | 40 | 0 |
16 23 5s 0 | 7 | 20 | 12 | 46 | 50 | 1 | 200 | 20 | 17 | 60 | 1 | |
16 5 atc gca | 2 | 40 | 3 | 15 | 100 | 4 | 300 | 10 | 6 | 80 | 2 | |
16 23 5s a | 3 | 60 | 1 | 2 | 150 | 8 | 400 | 13 | 9 | 100 | 2 | |
max a | 21 | 80 | 0 | 1 | 200 | 6 | 500 | 7 | 4 | 120 | 2 | |
a doubles | 0 | 100 | 1 | 0 | 250 | 15 | 600 | 2 | 0 | 140 | 3 | |
16 gca 23 5s | 1 | 120 | 0 | 1 | 300 | 5 | 700 | 1 | 0 | 160 | 3 | |
total aas | 73 | 140 | 0 | 0 | 350 | 3 | 800 | 1 | 1 | 180 | 2 | |
sans | opérons | 19 | 160 | 0 | 0 | 400 | 5 | 900 | 0 | 0 | 200 | 1 |
1 aa | 15 | 180 | 0 | 0 | 450 | 4 | 1000 | 1 | 0 | 220 | 3 | |
max a | 15 | 200 | 0 | 0 | 500 | 2 | 1100 | 0 | 0 | 240 | 2 | |
a doubles | 0 | 0 | 0 | 11 | 1 | 0 | 1 | |||||
total aas | 37 | 18 | 65 | 64 | 64 | 42 | 22 | |||||
total aas | 110 | moyenne | 20 | 17 | 193 | 292 | 229 | 150 | ||||
remarques | 1 | variance | 21 | 17 | 73 | 234 | 123 | 58 | ||||
jaune | sans | sans |
Plasmide
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
Opérons | Fréquences intercalaires | Fréquences aas cds | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectifs | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsa | cdsj | gammes | cdsd | ||
avec rRNA | opérons | 0 | 1 | 0 | 1 | 1 | 60 | 0 | 40 | 4 | ||
16 23 5s 0 | 20 | 33 | 50 | 4 | 80 | 4 | 60 | 0 | ||||
16 5 atc gca | 40 | 1 | 100 | 4 | 100 | 5 | 80 | 1 | ||||
16 23 5s a | 60 | 1 | 150 | 3 | 120 | 2 | 100 | 1 | ||||
max a | 80 | 1 | 200 | 1 | 140 | 1 | 120 | 1 | ||||
a doubles | 100 | 1 | 250 | 2 | 160 | 2 | 140 | 0 | ||||
16 gca 23 5s | 120 | 2 | 300 | 2 | 180 | 1 | 160 | 0 | ||||
total aas | 140 | 2 | 350 | 0 | 200 | 0 | 180 | 1 | ||||
sans | opérons | 10 | 160 | 0 | 400 | 0 | 220 | 1 | 200 | 0 | ||
1 aa | 6 | 180 | 0 | 450 | 1 | 240 | 0 | 220 | 0 | |||
max a | 32 | 200 | 0 | 500 | 0 | 260 | 0 | 240 | 0 | |||
a doubles | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 | |||||||
total aas | 51 | 41 | 20 | 17 | 9 | |||||||
total aas | 51 | moyenne | 6 | 126 | 102 | 89 | ||||||
remarques | 3 | variance | 3 | 92 | 32 | 77 | ||||||
jaune | sans | sans | sans |
ppm blocs
- Lien tableur: ppm blocs
tRNAs | 21 | 17 | 11 | ||||
16s | 207 | 207 | 400 | ||||
23s | 76 | 76 | 76 | ||||
5s | 34 | 82 | 18 | ||||
tRNAs | 13 | _ | _ | 10 | |||
16s | 93 | _ | 16s | 108 | 16s | 89 | |
5s | 38 | 5s | 39 | gca | 185 | ||
atc | 20 | atc | 20 | 23s | 76 | ||
gca | 129 | gca | 128 | 5s | |||
23s | 76 | 23s | 130 | ||||
5s | 18 | ||||||
16s | 280 | 207 | 207 | 208 | 221 | 400 | 343 |
23s | 143 | 76 | 76 | 75 | 76 | 143 | 144 |
5s | |||||||
5s | constant | 39 aas | 117 pbs |
ppm remarques
ppm chromosome
tRNAs 21 17 11 16s 207 207 400 23s 76 76 76 5s 34 82 18 tRNAs 13 - - 10 16s 93 16s 108 16s 89 5s 38 5s 39 gca 185 atc 20 atc 20 23s 76 gca 129 gca 128 5s 23s 76 23s 130 5s 18 16s 280 207 207 208 221 400 343 23s 143 76 76 75 76 143 144 5s 5s constant 39 aas 117 pb *Remarques :Il n’y a pas de doublons dans les 13 blocs à rRNA, ni dans les blocs sans rRNA. - La majorité des tRNAs se trouvent dans les clusters à rRNA 73 contre 37. - Les blocs 16s23s5s sont majoritaires , 10 sur 13, dont 7 ne portent pas de tRNAs. - Les intercalaires 16s-23s sont quasiment identiques pour 7 blocs/10 les 3 autres sont doubles. - Les intercalaires 23s-5s sont aussi quasiment identiques pour 10/12 les autres sont doubles. - Les 2 intercalaires 16s-5s sont moitié de ceux de23s-5s. - Voir la liste ci-dessus pour les intercalaires et le nombre de tRNAs. @1 - Le bloc 16s5s-atcgca-23s-10aas a son 5s anormalement positionné, pas après 23s mais après 16s. Certains génomes (ref.) n’ont que que ce type. -Le bloc 16s5s-atcgca-23s5s-13aas porte les 2 types de position alors que en général un bloc à 2 5s est du type 16s23s5s5s, avec les 2 5s du même côté du 23s. Séquences des doubles : Il n’y a pas de doublons dans les 13 blocs à rRNA, ni dans les blocs sans rRNA.
ppm plasmide
Plasmide 24.10.19 Tanger *Remarques : - Il n'y a pas de cluster avec des gènes rRNAs, mais il existe au moins un plasmide avec ce type de cluster (ref.) chez les bactéries. - 46 gènes de tRNA sur 49 sont regroupés en 11 152 pb pour une longueur de plasmide de 510 118. Soit 2 % seulement de la taille du plasmide. - Ces 46 gènes sont répartis en 4 clusters dont le principal avec 39 gènes contient 2 cds entourés chacun par 2 tRNAs. Les 3 autres ne contiennent pas de cds à l’intérieur . Les 3 1ers clusters sont contigus et entre le 3ème et le 4ème existe un seul cds particulier de 83 aas, trans-rg, transcription regulator. Il est précédé d’une transcriptase reverse, rev-trans, de154 aas. - Particularité du cluster principal: régularité qui n'existe pas chez les clusters du chromosome. + dans le chromosome les intercalaires des clusters avec ou sans rRNA, moyenne et variance sont égales et du même ordre que la moyenne du cluster principal, à peu près 20, alors que sa variance est quasiment double, 36 pb. + 33 des intercalaires faibles du plasmide ont 6 et 3 pour respectivement moyenne et variance + Les intercalaires élevés sont répartis régulièrement et sont du même ordre que ceux entre tRNA-cds. Voir la liste ci-dessous où les intercalaires avec cds sont signalés en gras. - Les intercalaires entre les cds d'encadrement des 4 clusters sont aussi du même ordre que ceux à l'intérieur du cluster principal. Cette similitude et la contiguité entre les cds militent pour le regroupent de ces 4 clusters. - Les 3 derniers tRNAs du plasmide, aux adresses élevées, ne semblent pas former un groupe de clusters : Chaque tRNA est, à peu près, aussi proche d’un cds d’encadrement que dans le cluster principal (248 24 161), mais il est très éloigné de l’autre cds d’encadrement (444 783 977). De même la distance entre les cds est très élevées, 1401. - Si l'on considère le groupe des 4 clusters à 46 gènes de tRNA comme encadré par 2 cds, les intercalaires proches et éloignés équivalents respectivement à ceux des 3 tRNA à adresses élevées, sont du même ordre, 109 et 536. Et dans ce groupe la distance entre 2 cds contigus reste largement inférieure aux 1401 des gènes à adresses élevées, 442 qui est une exception par la fonction régulatrice d’un des 2 cds de l’intercalaire, « cds trans-rg », alors que les autres intercalaires sont inférieurs à 216. - Dans la série de 31 gènes il y a très peu de doublons comme le chromosome: Ils sont signalés par le signe +. Mais ils ne présentent pas de séries de gènes identiques ou de répétitions de séquences comme dans d’autres génomes, (ref.) à part la séquence cca-tgg répétée 2 fois. Sinon les doublons sont séparés par de nombreux autres gènes. Si l’on compare par rapport aux séries longues des clusters avec rRNA du chromosome, 21 aas, ou sans rRNA, 15 aas, les 31 aas de la série du plasmide, de part sa longueur et le nombre limité de type de gènes (ceux se terminant par a et c) candidats à la création dans le cluster, il est normal qu’il y ait des doublons. D’autant plus que la série fait appel à des gènes rares, ctt ata tat. Donc le plasmide ne déroge pas à l’absence des doublons du génome en entier. - @1,2 aas rares, acg et ctt, ou très rares, tat et ata. - @3 regroupement de 5 gènes de tRNA longs dont 4 Ser, 3 rares et un doublets de rares. Alors qu’aucun gène de ser n’est présent dans la série de 31 gènes. - @4 l’intercalaire négatif élevé entre le cds (124aas) et le gène de gac illustre bien l’intégration des cds du groupe des 4 clusters au processus de création de gènes. entre aas et cds du cluster principal 1-2 cds 536 2-3 tgc 63 5-6 cca 101 10-11 gac 125 18-19 tgg 131 20-21 ggc 55 21-22 ttc 22 27-28 gca 109 31-32 tgg 33 33-34 cds -24 35-36 tac 86 39-40 acg 100 40-41 cds 89 42-43 aca 35 entre cds de clusters cl1-cl2 150 cl2-cl3 216 cl3-trans rg 195 trans rg-cl4 442
ppm distribution
- Lien tableur: ppm distribution
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Paenibacillus mucilaginosus 3016
pmq opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
- Lien tableur: pmq opérons
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
58.3%GC | 24.7.19 Paris | 110 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9206..10276 | CDS | 322 | 322 | 357 | |||||
10599..12139 | 16s | 269 | |||||||
12409..15343 | 23s | 95 | |||||||
15439..15555 | 5s | 178 | 178 | 178 | |||||
15734..17190 | CDS | 3061 | 486 | ||||||
20252..21532 | CDS | 47 | 47 | 427 | 47 | ||||
21580..21666 | tca | 140 | 140 | ||||||
21807..22157 | CDS hp | @1 | 17 | 117 | |||||
22175..22357 | CDS hp | 23 | *61 | ||||||
22381..22524 | CDS hp | 86 | *48 | ||||||
comp | 22611..22796 | CDS hp | 138 | *62 | |||||
comp | 22935..25265 | replicase | 156 | *777 | |||||
25422..26165 | CDS | 220 | 220 | 248 | |||||
comp | 26386..26460 | cgg | 183 | 183 | 183 | ||||
26644..27168 | CDS | 151287 | 175 | ||||||
178456..179454 | CDS | 298 | 298 | 333 | |||||
179753..181299 | 16s | 254 | |||||||
181554..184488 | 23s | 168 | |||||||
184657..184773 | 5s | 15 | |||||||
184789..184876 | agc | 29 | 29 | ||||||
184906..184982 | atgj | 39 | 39 | ||||||
185022..185097 | gta | 15 | 15 | ||||||
185113..185189 | atgf | 14 | 14 | ||||||
185204..185280 | gac | 48 | 48 | ||||||
185329..185404 | ttc | 5 | 5 | ||||||
185410..185485 | aca | 9 | 9 | ||||||
185495..185579 | tac | 15 | 15 | ||||||
185595..185670 | aaa | 183 | 183 | 183 | |||||
comp | 185854..187104 | CDS | 30460 | 417 | |||||
comp | 217565..218146 | CDS | 129 | 129 | 194 | 129 | |||
comp | 218276..218350 | cgg | 261 | 261 | |||||
218612..219643 | CDS | 34238 | 344 | ||||||
253882..254526 | CDS | 677 | *677 | 215 | |||||
255204..256745 | 16s | 268 | |||||||
257014..259948 | 23s | 95 | |||||||
260044..260160 | 5s | 55 | |||||||
260216..260292 | atc | 19 | 19 | ||||||
260312..260387 | gca | + | 16 | 16 | |||||
260404..260475 | gaa | 2 gca | 9 | 9 | |||||
260485..260569 | tac | 20 | 20 | ||||||
260590..260665 | aac | 3 | 3 | ||||||
260669..260744 | gta | 19 | 19 | ||||||
260764..260840 | gac | 20 | 20 | ||||||
260861..260933 | ttc | 15 | 15 | ||||||
260949..261021 | aaa | 10 | 10 | ||||||
261032..261118 | ctg | 3 | 3 | ||||||
261122..261196 | ggc | 12 | 12 | ||||||
261209..261280 | tgc | 15 | 15 | ||||||
261296..261369 | cgt | 5 | 5 | ||||||
261375..261448 | cca | 158 | *158 | ||||||
261607..261682 | gca | 4 | 4 | ||||||
261687..261759 | acc | 5 | 5 | ||||||
261765..261854 | tcg | 19 | 19 | ||||||
261874..261961 | agc | 17 | 17 | ||||||
261979..262054 | gtc | 5 | 5 | ||||||
262060..262134 | acg | 39 | 39 | ||||||
262174..262262 | tcc | 41 | 41 | ||||||
262304..262386 | ctc | 283 | 283 | *283 | |||||
262670..263515 | CDS | 314679 | 282 | ||||||
578195..579055 | CDS | 324 | 324 | 287 | |||||
579380..580921 | 16s | 258 | |||||||
581180..584114 | 23s | 166 | |||||||
584281..584397 | 5s | 31 | |||||||
584429..584505 | aac | 6 | 6 | ||||||
584512..584600 | tcc | 38 | 38 | ||||||
584639..584710 | gaa | 11 | 11 | ||||||
584722..584797 | gta | 17 | 17 | ||||||
584815..584891 | atgf | 15 | 15 | ||||||
584907..584983 | gac | 67 | 67 | ||||||
585051..585125 | acg | 11 | 11 | ||||||
585137..585212 | cac | 10 | 10 | ||||||
585223..585297 | caa | 5 | 5 | ||||||
585303..585378 | aaa | 17 | 17 | ||||||
585396..585470 | ggc | + | 40 | 40 | |||||
585511..585585 | ggc | 2 ggc | 24 | 24 | |||||
585610..585692 | ttg | 5 | 5 | ||||||
585698..585774 | cca | 19 | 19 | ||||||
585794..585867 | gga | 1 | 1 | ||||||
585869..585942 | aga | 187 | 187 | 187 | |||||
586130..586885 | CDS | 85587 | 252 | ||||||
672473..672949 | CDS | 18 | 18 | 159 | 18 | ||||
672968..673043 | aac | 7 | 7 | ||||||
673051..673138 | agc | @2 | 297 | 297 | |||||
673436..673507 | gaa | 9 | 9 | ||||||
673517..673599 | ctc | 180 | 180 | ||||||
673780..674199 | CDS | 182 | 140 | ||||||
674382..675278 | CDS | 159 | 159 | 299 | |||||
675438..675520 | ctc | 64 | 64 | 64 | |||||
675585..675833 | CDS | 18450 | 83 | ||||||
694284..695636 | CDS | 797 | *797 | 451 | |||||
696434..697974 | 16s | 261 | |||||||
698236..701170 | 23s | 94 | |||||||
701265..701381 | 5s | 43 | |||||||
701425..701498 | atc | 11 | 11 | ||||||
701510..701584 | gaa | 5 | 5 | ||||||
701590..701665 | gtc | 5 | 5 | ||||||
701671..701747 | atgf | 4 | 4 | ||||||
701752..701825 | tgg | 9 | 9 | ||||||
701835..701909 | caa | 8 | 8 | ||||||
701918..701990 | aaa | 18 | 18 | ||||||
702009..702095 | ctg | 4 | 4 | ||||||
702100..702174 | ggc | 11 | 11 | ||||||
702186..702259 | cgt | 12 | 12 | ||||||
702272..702348 | cca | 577 | *577 | *577 | |||||
702926..703120 | CDS | 370320 | 65 | ||||||
1073441..1074214 | CDS | 373 | 373 | 258 | |||||
1074588..1076136 | 16s | 260 | |||||||
1076397..1079331 | 23s | 168 | |||||||
1079500..1079616 | 5s | 9 | |||||||
1079626..1079701 | aac | 6 | 6 | ||||||
1079708..1079796 | tcc | 38 | 38 | ||||||
1079835..1079906 | gaa | 11 | 11 | ||||||
1079918..1079993 | gta | 17 | 17 | ||||||
1080011..1080087 | atgf | 13 | 13 | ||||||
1080101..1080177 | gac | 49 | 49 | ||||||
1080227..1080302 | ttc | 4 | 4 | ||||||
1080307..1080382 | aca | 13 | 13 | ||||||
1080396..1080481 | tac | 8 | 8 | ||||||
1080490..1080560 | tgg | 13 | 13 | ||||||
1080574..1080649 | cac | 26 | 26 | ||||||
1080676..1080747 | caa | 9 | 9 | ||||||
1080757..1080831 | ggc | 12 | 12 | ||||||
1080844..1080917 | tgc | 10 | 10 | ||||||
1080928..1081016 | tta | 20 | 20 | ||||||
1081037..1081113 | cgt | 3 | 3 | ||||||
1081117..1081199 | ttg | 147 | 147 | 147 | |||||
1081347..1081973 | CDS | 128630 | 209 | ||||||
1210604..1213519 | CDS | 354 | 354 | 972 | |||||
1213874..1213949 | gca | 16 | 16 | ||||||
1213966..1214037 | gaa | 12 | 12 | ||||||
1214050..1214125 | gta | 16 | 16 | ||||||
1214142..1214218 | gac | 17 | 17 | ||||||
1214236..1214311 | cac | 9 | 9 | ||||||
1214321..1214395 | caa | 9 | 9 | ||||||
1214405..1214477 | aaa | 8 | 8 | ||||||
1214486..1214572 | ctg | 3 | 3 | ||||||
1214576..1214647 | ggc | 169 | 169 | 169 | |||||
comp | 1214817..1215602 | CDS | 378784 | 262 | |||||
1594387..1594665 | CDS | 537 | *537 | 93 | |||||
1595203..1596743 | 16s | 252 | |||||||
1596996..1599930 | 23s | 94 | |||||||
1600025..1600141 | 5s | 43 | |||||||
1600185..1600261 | atc | 19 | 19 | ||||||
1600281..1600356 | gca | 17 | 17 | ||||||
1600374..1600445 | gaa | 8 | 8 | ||||||
1600454..1600529 | gta | + | 5 | 5 | |||||
1600535..1600610 | aca | 2 gta | 10 | 10 | |||||
1600621..1600705 | tac | 18 | 18 | ||||||
1600724..1600799 | aac | 4 | 4 | ||||||
1600804..1600879 | gta | 21 | 21 | ||||||
1600901..1600977 | atgf | 12 | 12 | ||||||
1600990..1601066 | gac | 34 | 34 | ||||||
1601101..1601176 | cac | 13 | 13 | ||||||
1601190..1601264 | caa | 8 | 8 | ||||||
1601273..1601345 | aaa | 17 | 17 | ||||||
1601363..1601448 | ctc | 13 | 13 | ||||||
1601462..1601548 | ctg | 5 | 5 | ||||||
1601554..1601628 | ggc | 14 | 14 | ||||||
1601643..1601713 | tgc | 10 | 10 | ||||||
1601724..1601797 | cgt | 5 | 5 | ||||||
1601803..1601876 | cca | 105 | 105 | 105 | |||||
1601982..1602245 | CDS | 232535 | 88 | ||||||
1834781..1835260 | CDS | 106 | 106 | 160 | 106 | ||||
1835367..1835439 | gcc | 137 | 137 | ||||||
comp | 1835577..1835978 | CDS | 371114 | 134 | |||||
comp | 2207093..2208091 | CDS | 192 | 192 | 333 | 192 | |||
2208284..2208367 | ctg | + | 49 | 49 | |||||
2208417..2208500 | ctg | 2 ctg | 315 | 315 | |||||
2208816..2209952 | CDS | 1246561 | 379 | ||||||
3456514..3456786 | CDS | 256 | 256 | 91 | |||||
3457043..3457119 | ccc | 142 | 142 | 142 | |||||
3457262..3457483 | CDS | 1547757 | 74 | ||||||
comp | 5005241..5005426 | CDS | 127 | 127 | 62 | 127 | |||
comp | 5005554..5005636 | ctc | 40 | 40 | |||||
comp | 5005677..5005765 | tcc | 13 | 13 | |||||
comp | 5005779..5005852 | atg | 19 | 19 | |||||
comp | 5005872..5005958 | tcg | 167 | 167 | |||||
5006126..5006220 | ncRNA | 1377035 | 32 | ||||||
comp | 6383256..6384173 | CDS | 228 | 228 | 306 | ||||
6384402..6384477 | gtc | 69 | 69 | 69 | |||||
comp | 6384547..6385458 | CDS | 5453 | 304 | |||||
comp | 6390912..6391130 | CDS | 142 | 142 | 73 | 142 | |||
comp | 6391273..6391358 | tta | 7 | 7 | |||||
comp | 6391366..6391442 | atgi | 19 | 19 | |||||
comp | 6391462..6391538 | atgf | 370 | 370 | |||||
comp | 6391909..6392460 | CDS | 962046 | 184 | |||||
7354507..7354737 | CDS | 342 | 342 | 77 | *342 | ||||
comp | 7355080..7355162 | ctc | 28 | 28 | |||||
comp | 7355191..7355279 | tcc | 12 | 12 | |||||
comp | 7355292..7355368 | atgf | 14 | 14 | |||||
comp | 7355383..7355459 | atgj | 14 | 14 | |||||
comp | 7355474..7355561 | agc | 8 | 8 | |||||
comp | 7355570..7355659 | tcg | 4 | 4 | |||||
comp | 7355664..7355736 | acc | 4 | 4 | |||||
comp | 7355741..7355816 | gca | 119 | ||||||
7355936..7356030 | ncRNA | @3 | 36 | ||||||
comp | 7356067..7356140 | cca | 6 | 6 | |||||
comp | 7356147..7356220 | cgt | 104 | *104 | |||||
comp | 7356325..7356396 | ggc | 7 | 7 | |||||
comp | 7356404..7356490 | ctg | 9 | 9 | |||||
comp | 7356500..7356572 | aaa | 9 | 9 | |||||
comp | 7356582..7356656 | caa | 9 | 9 | |||||
comp | 7356666..7356741 | cac | 17 | 17 | |||||
comp | 7356759..7356835 | gac | 12 | 12 | |||||
comp | 7356848..7356923 | gta | 4 | 4 | |||||
comp | 7356928..7357003 | aac | 15 | 15 | |||||
comp | 7357019..7357103 | tac | 8 | 8 | |||||
comp | 7357112..7357187 | aca | 5 | 5 | |||||
comp | 7357193..7357264 | gaa | 15 | 15 | |||||
comp | 7357280..7357355 | gcc | 9 | 9 | |||||
comp | 7357365..7357438 | atc | 54 | ||||||
comp | 7357493..7357609 | 5s | 112 | ||||||
comp | 7357722..7360655 | 23s | 258 | ||||||
comp | 7360914..7362454 | 16s | 403 | *403 | |||||
7362858..7363397 | CDS | 254752 | 180 | ||||||
7618150..7618842 | CDS | 280 | 280 | 231 | *280 | ||||
comp | 7619123..7619193 | ggg | 335 | 335 | |||||
7619529..7620461 | CDS | 46171 | 311 | ||||||
comp | 7666633..7668069 | CDS | 104 | 104 | 479 | 104 | |||
comp | 7668174..7668244 | ggg | 5 | 5 | |||||
comp | 7668250..7668326 | cca | 106 | *106 | |||||
comp | 7668433..7668506 | cgt | 11 | 11 | |||||
comp | 7668518..7668592 | ggc | 5 | 5 | |||||
comp | 7668598..7668684 | ctg | 13 | 13 | |||||
comp | 7668698..7668783 | ctc | 16 | 16 | |||||
comp | 7668800..7668872 | aaa | 10 | 10 | |||||
comp | 7668883..7668967 | tac | 28 | 28 | |||||
comp | 7668996..7669071 | ttc | 12 | ||||||
comp | 7669084..7669200 | 5s | 159 | ||||||
comp | 7669360..7672297 | 23s | 256 | ||||||
comp | 7672554..7674095 | 16s | 537 | *537 | |||||
7674633..7675382 | CDS | 177794 | 250 | ||||||
comp | 7853177..7853761 | CDS | 57 | 57 | 195 | 57 | |||
comp | 7853819..7853892 | cac | 230 | 230 | |||||
comp | 7854123..7854196 | cac | 404 | *404 | |||||
comp | 7854601..7854801 | CDS | 245639 | 67 | |||||
comp | 8100441..8100854 | CDS | 123 | 123 | 138 | 123 | |||
comp | 8100978..8101094 | 5s | 167 | ||||||
comp | 8101262..8104180 | 23s | 248 | ||||||
comp | 8104429..8105969 | 16s | 325 | 325 | |||||
comp | 8106295..8106636 | CDS | 45281 | 114 | |||||
comp | 8151918..8152448 | CDS | 460 | *460 | 177 | *460 | |||
comp | 8152909..8153031 | 5s | 94 | ||||||
comp | 8153126..8156060 | 23s | 258 | ||||||
comp | 8156319..8157859 | 16s | 456 | *456 | |||||
8158316..8158642 | CDS | 98285 | 109 | ||||||
8256928..8257746 | CDS | 83 | 83 | 273 | 83 | ||||
comp | 8257830..8257903 | gga | 5 | 5 | |||||
comp | 8257909..8257985 | cca | 16 | 16 | |||||
comp | 8258002..8258078 | cgt | 4 | 4 | |||||
comp | 8258083..8258157 | ggc | 8 | 8 | |||||
comp | 8258166..8258248 | cta | 42 | 42 | |||||
comp | 8258291..8258366 | aaa | 8 | 8 | |||||
comp | 8258375..8258449 | caa | 9 | 9 | |||||
comp | 8258459..8258532 | tgg | 4 | 4 | |||||
comp | 8258537..8258613 | atgf | 5 | 5 | |||||
comp | 8258619..8258694 | gtc | 5 | 5 | |||||
comp | 8258700..8258774 | gaa | 11 | 11 | |||||
comp | 8258786..8258859 | atc | 43 | ||||||
comp | 8258903..8259019 | 5s | 94 | ||||||
comp | 8259114..8262048 | 23s | 255 | ||||||
comp | 8262304..8263845 | 16s | 306 | 306 | |||||
comp | 8264152..8264370 | CDS | 58373 | 73 | |||||
comp | 8322744..8323205 | CDS | 393 | 393 | 154 | *393 | |||
comp | 8323599..8323715 | 5s | 94 | ||||||
comp | 8323810..8326748 | 23s | 258 | ||||||
comp | 8327007..8328547 | 16s | 369 | 369 | |||||
comp | 8328917..8330413 | CDS | 21505 | 499 | |||||
comp | 8351919..8354414 | CDS | 396 | 396 | 832 | ||||
comp | 8354811..8354884 | atg | 149 | 149 | 149 | ||||
comp | 8355034..8355537 | CDS | 34450 | 168 | |||||
8389988..8390512 | CDS | 296 | 296 | 175 | *296 | ||||
comp | 8390809..8390925 | 5s | 94 | ||||||
comp | 8391020..8393954 | 23s | 259 | ||||||
comp | 8394214..8395754 | 16s | 234 | 234 | |||||
comp | 8395989..8396255 | CDS | 220222 | 89 | |||||
comp | 8616478..8616924 | CDS | 417 | *417 | 149 | ||||
8617342..8617418 | gac | 157 | 157 | 157 | |||||
8617576..8618541 | CDS | 105821 | 322 | ||||||
8724363..8724614 | CDS | 455 | *455 | 84 | |||||
comp | 8725070..8725160 | tcg | 165 | 165 | 165 | ||||
comp | 8725326..8725559 | CDS | 9205 | 78 | |||||
opéron | doubles | intercalaires | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd |
pmq cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cds dirigé | gammes | cdsa | cdsd | ||
avec rRNA | opérons | 14 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 | 0 | 100 | 15 | 8 |
16 23 5s 0 | 5 | 20 | 14 | 107 | 50 | 3 | 20 | 1 | 200 | 18 | 10 | |
16 atc gca | 0 | 40 | 1 | 12 | 100 | 4 | 40 | 0 | 300 | 12 | 6 | |
16 23 5s a | 9 | 60 | 1 | 4 | 150 | 11 | 60 | 2 | 400 | 9 | 3 | |
max a | 23 | 80 | 0 | 1 | 200 | 11 | 80 | 2 | 500 | 6 | 4 | |
a doubles | 3 | 100 | 0 | 0 | 250 | 3 | 100 | 1 | 600 | 0 | 0 | |
spéciaux | 0 | 120 | 0 | 2 | 300 | 6 | 120 | 3 | 700 | 0 | 0 | |
total aas | 138 | 140 | 0 | 0 | 350 | 7 | 140 | 3 | 800 | 0 | 0 | |
sans | opérons | 17 | 160 | 0 | 1 | 400 | 6 | 160 | 5 | 900 | 1 | 0 |
1 aa | 11 | 180 | 0 | 0 | 450 | 3 | 180 | 3 | 1000 | 1 | 0 | |
max a | 9 | 200 | 0 | 0 | 500 | 3 | 200 | 4 | 1100 | 0 | 0 | |
a doubles | 1 | 2 | 0 | 5 | 7 | 0 | 0 | |||||
total aas | 35 | 18 | 128 | 62 | 31 | 62 | 31 | |||||
total aas | 173 | |||||||||||
remarques | 3 | |||||||||||
avec jaune | moyenne | 16 | 235 | 213 | ||||||||
variance | 20 | 184 | 122 | |||||||||
sans jaune | moyenne | 16 | 14 | 207 | 126 | |||||||
variance | 12 | 11 | 106 | 49 |
pmq blocs
- Lien tableur: pmq blocs
CDS | 298 | 324 | 373 | 12 | |
16s | 254 | 258 | 260 | 159 | |
23s | 168 | 166 | 168 | 256 | |
5s | 15 | 31 | 9 | 537 | |
1er aa | agc | aac | aac | ttc | |
aas | 9 | 16 | 17 | 9 | |
CDS | 183 | 187 | 147 | 104 | |
CDS | 677 | 797 | 537 | 54 | 43 |
16s | 268 | 261 | 252 | 112 | 94 |
23s | 95 | 94 | 94 | 258 | 255 |
5s | 55 | 43 | 43 | 403 | 306 |
atc / aas | 22 | 11 | 19 | 23 | 12 |
CDS | 283 | 577 | 105 | 342 | 83 |
CDS | 322 | 123 | 460 | 393 | 296 |
16s | 269 | 167 | 94 | 94 | 94 |
23s | 95 | 248 | 258 | 258 | 259 |
5s | 178 | 325 | 456 | 369 | 234 |
pmq remarques
*Remarques : Que des blocs 16-23-5s, 14. Très peu d’opérons sans rRNA, 35 aas pour 17 opérons. Très peu de doubles, 4 doublets. #@1 Suite aux gènes de protéines cotranscrits avec les gènes de tRNA, voir eco, j’ai entouré les opérons tRNA, dans les 7 génomes suivants, Par 2 CDS, un avant et un après. Dans cette remarque j’ai voulu montré les intercalalires et les tailles des CDS qui suivent l’opéron. Ce sont pour la plupart de petites protéines hypothétiques, largement plus petites que FT-U mais plus grandes que tpr (voir eco). #@2 L’intercalaire maximum qui laisserait penser qu’on a affaire à 2 opérons différents. Une recherche simple des promoteurs me paraît difficile dans les bases de données , sauf dans BioCyc qui est payant, aussi je me base sur le regroupement des gènes pour décider que je suis en présence d’un opéron ou non. Mais arrivé à ce stade de ma réflexion, comme je l’expiciterai plus tard, je ne m’interesse plus à l’existence de l’opéron mais seulement au regroupement CDS-séquence à t-rRNAs-CDS qu’il soit sur 1 ou 2 brins. Ce sont seulement les statistiques des intercalaires et, surtout, le sens 16s-23s qui paraît prévilégier les intercalaires courts, qui m’ontpoussé à changer cette limite vers 400 pb au lieu de 210, limite basée sur l’intercalaire max de 264 entre les 2 derniers tRNAs du 21aas de bsu qui est bien un opéron dans BioCyc. #@3 Voici une séquence qui n’est pas un CDS et pas sur le même brin que le reste du groupe, mais qui répond aux niveaux critères de la remarque @2 précédente. L’intercalaire entre les 2 tRNAs du même brin qui enjambent cette séquence est de 250 pb. #Séquence des doubles : Très peu de doubles. 3 doublets se trouvent avec les rRNAs dont 1 est successif, un 4ème doublet successif se trouve dans un opéron sans rRNAs. Les doublets dans ce génome sont rares mais se répartissent proportionnellement sur les 2 types d’opérons. #Les intercalaires dans les blocs : rappel des opérons à bloc chez eco voir sigma FIS 362 162 Terminateur #: - CDS-16s 234, 298-537, 677 797 voir ici sigma FIS 442 322 rien #: - 16s-23s 258 néant sigma FIS 473 228 Terminateur #: - 23s-5s 168*4, 112, 94*9 93*7 sigma FIS 480 95 Terminateur #: - 5s-tRNA 9-15*3 31-54*6 8-12*2, 52 Sigma Lrp-leu 377 228 rien #: - L’orientation CDS-16s, CDS de fin de bloc. 83-105*3 Sigma Lrp-leu 373 300 Terminateur 123-187*5 sigma FIS 614 74 Terminateur 283-577*6 #Les intercalaires entre tRNAs #: - Dans les opérons sans rRNAs inf à 20 14/18 16±12 #: - Dans les opérons à rRNAs inf à 20 107/128 16±20 #Les intercalaires avec les CDS des bordures #: - tous les CDS #: - Les CDS orientés #Taille des CDS de bordure en aas #: - tous les CDS #: - Les CDS orientés Notes : l’opéron de BioCyc et la direction 16s-23s dans les statistiques des intercalaires des CDS. Promoteur et terminateur. Les cds Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Paenibacillaceae;Paenibacillus. bloc protein interc aas 268 262304..262386 ctc 283 - 95 262670..263515 PRD domain 267 282 55 263783..265834 GlcT 179 684 atc 266014..266286 Hpr -8 91 22 266279..268003 PeP 575 258 585869..585942 aga 187 - 166 586130..586885 biotine Stase 40 252 31 586926..587918 BioB 8 331 aac 587927..589093 nanoate 176 389 16 589270..589914 hydrolase 215 20252..21532 Ser ligase 47 427 21580..21666 tca 140 21807..22157 CDS hp 17 117 22175..22357 CDS hp 23 61 22381..22524 CDS hp 86 48 22611..22796 CDS hp 138 62 22935..25265 Replicase 156 777 25422..26165 Peptidase 220 248 comp 26386..26460 cgg 183 26644..27168 sigma factor 151287 175 Les blocs à rRNAs CDS 298 324 373 12 16s 254 258 260 159 23s 168 166 168 256 5s 15 31 9 537 1er aa agc aac aac ttc aas 9 16 17 9 CDS 183 187 147 104 CDS 677 797 537 54 43 16s 268 261 252 112 94 23s 95 94 94 258 255 5s 55 43 43 403 306 atc/aas 22 11 19 23 12 CDS 283 577 105 342 83 CDS 322 123 460 393 296 16s 269 167 94 94 94 23s 95 248 258 258 259 5s 178 325 456 369 234
pmq distribution
- Lien tableur: pmq distribution
- Notes:
- - duplicata: ggc2 ctg2
|
|
pmq intercalaires entre cds
- Lien NCBI
- Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.
Fréquences: gammes, moyennes et variances
intercalaires total % intercalaires moyenne ecartype plage négatif 487 11 négatif -12 17 -1 à -119 zéro 22 0.5 1 à 200 2560 57 0 à 200 87 59 201 à 370 920 21 201 à 370 266 47 371 à 600 315 7.1 371 à 600 463 66 601 à max 157 3.5 601 à 1613 868 250 Total 4461 Total 4454 166 192 -119 à 1613
pmq les fréquences
- Lien tableur: pmq intercalaires entre cds
- Légende: long, longueur en pbs.
- - 16s, 23s5s, blocs à rRNAs seuls.Voir lmo opérons pour leurs intercalaires
- - agc, aaa-atc, blocs à tRNAs seuls. Voir pmq opérons pour leurs intercalaires
adresse | intercal | inter-gène | long | intercal | fréquence | cumul/% | intercal | fréquence |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
253921 | 8143 | 16s 22aas | 7187 | -70 | 11 | 0 | 22 | |
1594387 | 7316 | 16s 19aas | 6678 | -60 | 2 | -1 | 41 | |
694284 | 7289 | 16s 11aas | 5918 | -50 | 3 | -2 | 3 | |
1073441 | 7132 | 16s 17aas | 6605 | -40 | 9 | -3 | 1 | |
578195 | 7074 | 16s 16aas | 6567 | -30 | 18 | min à -1 | -4 | 241 |
178456 | 6399 | 16s 9aas | 5917 | -20 | 43 | 487 | -5 | 0 |
9206 | 5457 | néant | -10 | 61 | 11% | -6 | 4 | |
4375163 | 1613 | néant | 0 | 362 | -7 | 2 | ||
3234976 | 1576 | néant | 10 | 185 | -8 | 47 | ||
1433663 | 1551 | néant | 20 | 221 | -9 | 1 | ||
1961332 | 1546 | néant | 30 | 193 | -10 | 6 | ||
1948392 | 1534 | néant | 40 | 172 | -11 | 22 | ||
4064508 | 1497 | néant | 50 | 126 | -12 | 0 | ||
1735863 | 1485 | néant | 60 | 107 | -13 | 3 | ||
4067449 | 1378 | néant | 70 | 107 | -14 | 17 | ||
2875626 | 1352 | néant | 80 | 148 | -15 | 0 | ||
896926 | 1351 | néant | 90 | 130 | -16 | 3 | ||
1210625 | 1297 | 100 | 122 | -17 | 10 | |||
2069562 | 1279 | 110 | 115 | -18 | 0 | |||
1529184 | 1277 | 120 | 110 | -19 | 0 | |||
1897252 | 1277 | 130 | 128 | -20 | 8 | |||
2910237 | 1276 | 140 | 100 | -21 | 0 | |||
3749065 | 1276 | 150 | 111 | -22 | 3 | |||
4906359 | 1270 | 160 | 89 | -23 | 10 | |||
1921516 | 1263 | 170 | 103 | 1 à 200 | -24 | 0 | ||
880003 | 1252 | 180 | 99 | 2560 | -25 | 3 | ||
5004536 | 1193 | 190 | 95 | 57% | -26 | 13 | ||
359256 | 1184 | 200 | 99 | -27 | 0 | |||
1773925 | 1157 | 210 | 97 | -28 | 0 | |||
3687367 | 1141 | 220 | 89 | -29 | 6 | |||
1886363 | 1109 | 230 | 83 | -30 | 0 | |||
5259590 | 1088 | 240 | 86 | -31 | 1 | |||
3089348 | 1087 | 250 | 71 | -32 | 6 | |||
3287601 | 1084 | 260 | 56 | 52 | ||||
933373 | 1077 | 270 | 65 | reste | 14 | |||
1233491 | 1054 | 280 | 54 | 487 | ||||
1379835 | 1052 | 290 | 36 | |||||
1438197 | 1052 | 300 | 37 | 600 | 4304 | |||
2970387 | 1045 | 310 | 44 | 650 | 31 | |||
247705 | 1038 | 320 | 42 | 700 | 18 | |||
1687282 | 1027 | 330 | 41 | 750 | 11 | |||
2362680 | 1013 | 340 | 32 | 201 à 370 | 800 | 17 | ||
350 | 33 | 920 | 850 | 9 | ||||
4544722 | -119 | shift 2gènes | 16105 | 360 | 30 | 21% | 900 | 12 |
5318942 | -119 | shift 2gènes | 18655 | 370 | 24 | 950 | 11 | |
1976860 | -116 | shift 2gènes | 1615 | 380 | 30 | 1000 | 6 | |
5337597 | -115 | shift 2gènes | 1973 | 390 | 22 | 1050 | 4 | |
3673911 | -113 | shift 2gènes | 419 | 400 | 20 | 1100 | 7 | |
5433750 | -101 | shift 2gènes | 5002 | 410 | 16 | 1150 | 2 | |
2131496 | -95 | shift 2gènes | 1189 | 420 | 15 | 1200 | 3 | |
4669248 | -95 | 430 | 18 | 1250 | 0 | |||
2553569 | -89 | 440 | 20 | 1300 | 9 | |||
2198194 | -75 | 450 | 12 | 1350 | 0 | |||
1029214 | -74 | 460 | 12 | 1400 | 3 | |||
1297148 | -65 | 470 | 13 | 1450 | 0 | |||
3921139 | -65 | 480 | 15 | 1500 | 2 | |||
4451392 | -56 | 490 | 11 | 1550 | 2 | |||
4115825 | -53 | 500 | 17 | 1600 | 2 | |||
4456706 | -51 | 510 | 8 | 1650 | 1 | |||
2961518 | -49 | 520 | 12 | 150 | ||||
5210453 | -49 | 530 | 9 | |||||
1644157 | -47 | 540 | 14 | 371 à 600 | ||||
2542276 | -46 | 550 | 12 | 315 | ||||
1663382 | -44 | 560 | 9 | 7.1% | ||||
3095318 | -44 | 570 | 11 | |||||
4122676 | -41 | 580 | 4 | 601 à max | ||||
4613340 | -41 | 590 | 9 | 157 | ||||
4039349 | -40 | 600 | 6 | 3.5% |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365
lbu opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI
- Lien tableur: lbu opérons
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
49.8%GC | 29.7.19 Paris | 110 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
comp | 18533..19237 | CDS | 128 | 128 | 235 | 128 | |||
19366..19438 | act | @1 | 195 | 195 | |||||
19634..20371 | CDS | 6912 | 246 | ||||||
27284..29785 | CDS | 276 | 276 | *834 | |||||
30062..30134 | act | 134 | 134 | 134 | |||||
30269..30907 | CDS | 11768 | 213 | ||||||
42676..43248 | cds hp | 451 | *451 | *191 | |||||
43700..45271 | 16s | 209 | |||||||
45481..48391 | 23s | 69 | |||||||
48461..48577 | 5s | 275 | 275 | 275 | |||||
48853..49091 | cds hp | 56679 | 80 | ||||||
comp | 105771..106547 | CDS | 56 | 56 | 259 | 56 | |||
comp | 106604..106679 | aag | 125 | 125 | |||||
106805..107533 | CDS | 103754 | 243 | ||||||
211288..212553 | CDS | 94 | 94 | 422 | |||||
212648..212720 | acc | 23 | 23 | 23 | |||||
comp< | 212744..213262 | CDS | 64997 | 173 | |||||
278260..278928 | CDS | 69 | 69 | 223 | 69 | ||||
comp | 278998..279068 | ggg | 181 | 181 | |||||
279250..280275 | CDS | 44047 | 342 | ||||||
comp | 324323..324949 | CDS | 117 | 117 | 209 | 117 | |||
325067..325138 | ggc | + | 4 | 4 | |||||
325143..325216 | ccg | 2 ggc | 108 | ||||||
325325..325399 | ggc | 155 | 155 | ||||||
325555..326016 | CDS | 37886 | 154 | ||||||
363903..364394 | CDS | 98 | 98 | 164 | 98 | ||||
364493..364564 | caa | 614 | *614 | ||||||
365179..366360 | CDS | -14 | *394 | ||||||
366347..367402 | CDS | 75 | 75 | 352 | |||||
367478..367559 | tac | 5 | 5 | ||||||
367565..367636 | caa | 62 | 62 | 62 | |||||
< | 367699..368318 | CDS | 14127 | 207 | |||||
382446..382907 | CDS | 30 | 30 | 154 | 30 | ||||
382938..383026 | ctt | 118 | 118 | ||||||
383145..383768 | CDS | 70441 | 208 | ||||||
454210..455529 | CDS | 61 | 61 | 440 | 61 | ||||
455591..455665 | agg | 341 | 341 | ||||||
456007..457035 | CDS | 75557 | 343 | ||||||
532593..533285 | CDS | 82 | 82 | 231 | 82 | ||||
comp | 533368..533442 | cgg | 296 | 296 | |||||
533739..534782 | CDS | 48963 | 348 | ||||||
583746..584728 | CDS | 57 | 57 | 328 | 57 | ||||
comp | 584786..584858 | cag | 5 | 5 | |||||
comp | 584864..584935 | gag | 170 | 170 | |||||
585106..586110 | CDS | 94988 | 335 | ||||||
681099..682741 | CDS | 518 | *518 | *548 | |||||
683260..684831 | 16s | 106 | |||||||
684938..685011 | atc | 69 | 69 | ||||||
685081..685153 | gca | 127 | |||||||
685281..688191 | 23s | 68 | |||||||
688260..688376 | 5s | 208 | 208 | 208 | |||||
comp | 688585..689801 | CDS | 55794 | 406 | |||||
comp | 745596..745821 | CDS | 134 | 134 | 75 | 134 | |||
comp | 745956..746044 | tcg | 787 | *787 | |||||
746832..749597 | CDS | 36741 | *922 | ||||||
786339..787004 | CDS | 54 | 54 | 222 | 54 | ||||
787059..787142 | ctg | 109 | 109 | ||||||
comp | 787252..787872 | CDS | 2072 | 207 | |||||
comp | 789945..791867 | CDS | 613 | *613 | *641 | ||||
792481..794052 | 16s | 105 | |||||||
794158..794231 | atc | 69 | 69 | ||||||
794301..794373 | gca | 126 | |||||||
794500..797410 | 23s | 69 | |||||||
797480..797596 | 5s | 87 | 87 | 87 | |||||
797684..798559 | CDS | 36 | 292 | ||||||
comp | 798596..800178 | CDS | 530 | *530 | *528 | ||||
800709..800781 | aac | @2 | 3 | 3 | |||||
800785..800858 | cca | 24 | 24 | ||||||
800883..800954 | ggc | 30 | 30 | ||||||
800985..801058 | cgt | 2 | 2 | ||||||
801061..801133 | gta | 3 | 3 | ||||||
801137..801208 | gaa | 42 | 42 | ||||||
801251..801338 | tca | 9 | 9 | ||||||
801348..801421 | atgf | 3 | 3 | ||||||
801425..801498 | gac | 6 | 6 | ||||||
801505..801577 | ttc | 8 | 8 | ||||||
801586..801667 | tac | 4 | 4 | ||||||
801672..801742 | tgg | 13 | 13 | ||||||
801756..801831 | cac | 26 | 26 | ||||||
801858..801928 | tgc | 28 | 28 | ||||||
801957..802041 | ttg | 356 | 356 | 356 | |||||
802398..802961 | CDS | 284259 | 188 | ||||||
comp | 1087221..1088531 | CDS | 157 | 157 | 437 | 157 | |||
comp | 1088689..1088760 | caa | 656 | *656 | |||||
comp | 1089417..1090313 | CDS | 173317 | *299 | |||||
comp | 1263631..1265769 | CDS | 188 | 188 | *713 | 188 | |||
comp | 1265958..1266031 | aga | 222 | 222 | |||||
1266254..1268632 | CDS | 84103 | *793 | ||||||
comp | 1352736..1354022 | CDS | 98 | 98 | 429 | 98 | |||
1354121..1354204 | ctg | 204 | 204 | ||||||
comp | 1354409..1354928 | CDS | 13182 | 173 | |||||
comp | 1368111..1369307 | CDS | 161 | 161 | 399 | 161 | |||
comp | 1369469..1369541 | gta | 3 | 3 | |||||
comp | 1369545..1369616 | gaa | 138 | *138 | |||||
comp | 1369755..1369828 | atgj | 6 | 6 | |||||
comp | 1369835..1369925 | tcc | 8 | 8 | |||||
comp | 1369934..1370006 | aac | 7 | ||||||
comp | 1370014..1370130 | 5s | 69 | ||||||
comp | 1370200..1373111 | 23s | 126 | ||||||
comp | 1373238..1373310 | gca | 69 | 69 | |||||
comp | 1373380..1373453 | atc | 105 | ||||||
comp | 1373559..1375130 | 16s | 547 | *547 | |||||
1375678..1376604 | CDS | 102845 | *309 | ||||||
comp | 1479450..1479824 | CDS | 200 | 200 | 125 | ||||
comp | 1480025..1480101 | gac | 26 | 26 | |||||
comp | 1480128..1480199 | gaa | 3 | 3 | |||||
comp | 1480203..1480275 | gta | 2 | 2 | |||||
comp | 1480278..1480351 | cgt | 35 | 35 | |||||
comp | 1480387..1480458 | ggc | 36 | ||||||
comp | 1480495..1480611 | 5s | 68 | ||||||
comp | 1480680..1483590 | 23s | 208 | ||||||
comp | 1483799..1485370 | 16s | 153 | 153 | 153 | ||||
comp | 1485524..1485716 | CDS | 20944 | 64 | |||||
comp | 1506661..1507464 | CDS | 270 | 270 | 268 | ||||
comp | 1507735..1507807 | aag | + | 34 | 34 | ||||
comp | 1507842..1507914 | aag | 5 aag | 33 | 33 | ||||
comp | 1507948..1508020 | aag | 33 | 33 | |||||
comp | 1508054..1508126 | aag | @3 | 33 | 33 | ||||
comp | 1508160..1508232 | aag | 130 | 130 | 130 | ||||
comp | 1508363..1509226 | CDS | 167 | 288 | |||||
1509394..1510872 | CDS | 106 | 106 | 493 | 106 | ||||
comp | 1510979..1511051 | gta | 3 | 3 | |||||
comp | 1511055..1511126 | gaa | 151 | *151 | |||||
1511278..1511366 | ctt | 113 | 113 | ||||||
1511480..1512010 | CDS | 21195 | 177 | ||||||
comp | 1533206..1534129 | CDS | 355 | 355 | 308 | ||||
comp | 1534485..1534557 | acg | 154 | 154 | 154 | ||||
comp | 1534712..1535950 | CDS | 18502 | 413 | |||||
1554453..1554638 | CDS | 303 | 303 | 62 | 303 | ||||
comp | 1554942..1555029 | agc | 673 | *673 | |||||
comp | 1555703..1556203 | CDS | 595 | *167 | |||||
1556799..1558178 | CDS | 277 | 277 | 460 | |||||
comp | 1558456..1558572 | 5s | 68 | ||||||
comp | 1558641..1561551 | 23s | 126 | ||||||
comp | 1561678..1561750 | gca | 69 | 69 | |||||
comp | 1561820..1561893 | atc | 105 | ||||||
comp | 1561999..1563570 | 16s | 189 | 189 | 189 | ||||
1563760..1563948 | CDS | 19274 | 63 | ||||||
comp | 1583223..1584392 | CDS | 151 | 151 | 390 | 151 | |||
comp | 1584544..1584628 | ttg | + | 17 | 17 | ||||
comp | 1584646..1584730 | ttg | 2 ttg | 28 | 28 | ||||
comp | 1584759..1584829 | tgc | 2 ttc | 26 | 26 | ||||
comp | 1584856..1584931 | cac | 2 atgf | 13 | 13 | ||||
comp | 1584945..1585015 | tgg | 4 | 4 | |||||
comp | 1585020..1585101 | tac | 8 | 8 | |||||
comp | 1585110..1585182 | ttc | 6 | 6 | |||||
comp | 1585189..1585262 | gac | 3 | 3 | |||||
comp | 1585266..1585339 | atgf | 9 | 9 | |||||
comp | 1585349..1585436 | tca | 42 | 42 | |||||
comp | 1585479..1585550 | gaa | 258 | *258 | |||||
comp | 1585809..1585899 | agc | 2 | 2 | |||||
comp | 1585902..1585975 | atc | 3 | 3 | |||||
comp | 1585979..1586049 | gga | 14 | 14 | |||||
comp | 1586064..1586136 | ttc | 17 | 17 | |||||
comp | 1586154..1586227 | atgf | 11 | 11 | |||||
comp | 1586239..1586312 | atgi | 12 | 12 | |||||
comp | 1586325..1586398 | atg | 36 | 36 | |||||
comp | 1586435..1586508 | cca | 6 | 6 | |||||
comp | 1586515..1586588 | cgt | 5 | 5 | |||||
comp | 1586594..1586679 | tta | 15 | 15 | |||||
comp | 1586695..1586766 | ggc | 4 | 4 | |||||
comp | 1586771..1586843 | aca | 11 | 11 | |||||
comp | 1586855..1586936 | cta | 12 | 12 | |||||
comp | 1586949..1587021 | aaa | 2 | 2 | |||||
comp | 1587024..1587096 | gta | 157 | 157 | |||||
comp | 1587254..1588681 | CDS | 539 | 476 | |||||
comp | 1589221..1590557 | CDS | 156 | 156 | 446 | 156 | |||
comp | 1590714..1590830 | 5s | 68 | ||||||
comp | 1590899..1593809 | 23s | 126 | ||||||
comp | 1593936..1594008 | gca | 69 | 69 | |||||
comp | 1594078..1594151 | atc | 105 | ||||||
comp | 1594257..1595828 | 16s | 581 | *581 | |||||
comp | 1596410..1597276 | CDS | 189853 | *289 | |||||
comp | 1787130..1788440 | CDS | 298 | 298 | 437 | 298 | |||
comp | 1788739..1788855 | 5s | 68 | ||||||
comp | 1788924..1791834 | 23s | @4 | 208 | |||||
comp | 1792043..1793614 | 16s | 436 | *436 | |||||
comp | 1794051..1794596 | CDS | -8 | *182 | |||||
comp | 1794589..1795436 | CDS | 138 | 138 | 283 | 138 | |||
comp | 1795575..1795648 | gac | 3 | 3 | |||||
comp | 1795652..1795724 | gta | 2 | 2 | |||||
comp | 1795727..1795800 | cgt | 35 | 35 | |||||
comp | 1795836..1795907 | ggc | 19 | 19 | |||||
comp | 1795927..1796000 | cca | 3 | 3 | |||||
comp | 1796004..1796076 | aac | 7 | ||||||
comp | 1796084..1796200 | 5s | 68 | ||||||
comp | 1796269..1799179 | 23s | 208 | ||||||
comp | 1799388..1800959 | 16s | 501 | *501 | |||||
comp | 1801461..1802087 | CDS | *209 |
lbu cumuls
- Lien tableur: lbu cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | ||
avec rRNA | opérons | 9 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 100 | 5 |
16 23 5s 0 | 2 | 20 | 33 | 9 | 50 | 2 | 20 | 0 | 200 | 11 | |
16 atc gca | 5 | 40 | 11 | 3 | 100 | 12 | 40 | 2 | 300 | 19 | |
16 23 5s a | 2 | 60 | 2 | 0 | 150 | 11 | 60 | 3 | 400 | 11 | |
max a | 7 | 80 | 0 | 5 | 200 | 14 | 80 | 3 | 500 | 11 | |
a doubles | 0 | 100 | 0 | 0 | 250 | 3 | 100 | 4 | 600 | 2 | |
autres | 0 | 120 | 0 | 0 | 300 | 6 | 120 | 2 | 700 | 1 | |
total aas | 26 | 140 | 0 | 1 | 350 | 2 | 140 | 5 | 800 | 2 | |
sans | opérons | 23 | 160 | 1 | 0 | 400 | 2 | 160 | 5 | 900 | 1 |
1 aa | 16 | 180 | 0 | 0 | 450 | 1 | 180 | 1 | 1000 | 1 | |
max a | 26 | 200 | 0 | 0 | 500 | 1 | 200 | 2 | 1100 | 0 | |
a doubles | 3 | 1 | 0 | 10 | 5 | 0 | |||||
total aas | 72 | 48 | 18 | 64 | 32 | 64 | |||||
total aas | 98 | ||||||||||
remarques | |||||||||||
avec jaune | moyenne | 138 | 320 | ||||||||
variance | 81 | 182 | |||||||||
sans jaune | moyenne | 14 | 29 | 159 | 114 | 275 | |||||
variance | 12 | 29 | 85 | 50 | 122 |
lbu blocs
- Lien tableur: lbu blocs
5s | 68 | 5s | 68 | ||||
23s | 126 | 23s | 126 | ||||
gca | 69 | gca | 69 | ||||
atc | 105 | atc | 105 | ||||
16s | 16s | ||||||
aac | 7 | ||||||
16s | 106 | 16s | 105 | 5s | 69 | ||
atc | 69 | atc | 69 | 23s | 126 | ||
gca | 127 | gca | 126 | gca | 69 | ||
23s | 68 | 23s | 69 | atc | 105 | ||
5s | 5s | 16s | |||||
ggc | 36 | aac | 7 | ||||
5s | 68 | 5s | 68 | 5s | 68 | 16s | 209 |
23s | 208 | 23s | 208 | 23s | 208 | 23s | 69 |
16s | 16s | 16s | 5s |
lbu remarques
- Les indices des bacilli
*Remarques : Ce génome se distingue par un indice 4 fois supérieur des gènes de tRNAs par rapport à ceux du total des bacilli. @1 Les gènes de tRNA se terminant par g et t sont rares chez les et ont un indice total de 5 par génome. Ce génome en a 20. La plus part sont isolés, seuls ou dans de petits clusters sans rRNA. aag se distingue par sa fréquence élevée, 6, et surtout par sa répétition de 5 dans un seul cluster. Cependant chez les bacilli les gènes présents ont un indice plus élevés que les très rares. J’ai repéré 4 groupes : indice présents absents rares moyens 99>ind>43 aag6 cgg agg ctt2 ctg2 (ctc gtc) tcg acg (acc tcc) rares 26>ind>11 ggg ccg cag gag act2 (gcc) très rares 7,9>ind>0,6 gtg gcg ttt cct (ccc ata) nuls 0,6>ind autres xxt, tous absents @2 Les clusters sans rRNAs sont beaucoup plus longs que ceux avec rRNA, 26 15 5, contre 6 5 5. Les petits clusters sont en grande partie ceux de @1. Les clusters 26 et 15 n’ont pas de doublons ou très peu et se comportent comme les clusters avec rRNAs longs des bacilli (ppm bsu lmo lma* pmq ban*) : pas de répétition, pas de séquence et doublons séparés. @3 répétition de 5 de aag, voir @1 ci-dessus. @4 5 blocs 635 et 4 blocs 6-atcgca-35 avec des intercalaires identiques. Très peu de gènes tRNA à la suite de ces blocs (6 5 5 ) contrairement aux autres bacilli étudiés qui dépassent les 21 aas : ppm bsu lmo lma* pmq ban*. Séquences des doubles (indiqués par le signe + dans le tableau): Les doubles, peu nombreux, se trouvent dans les clusters sans rRNAs. pas de séquences mais une répétition de 5 chez les gènes rares. Voir ci-dessus @2.
lbu distribution
- Lien tableur: lbu distribution
- Notes:
- - duplicata: ttg2 aag5
|
|
ban* Bacillus anthracis strain 2002013094
- Attention: la notation KEGG pour ce génome n'existe pas. Elle est remplacée par ban*. Mais par commodité j'ai mis ban pour la suite. Ce n'est pas le génome ban de KEGG Bacillus anthracis Ames
ban opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
- Lien tableur: ban opérons
- Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé
35.1%GC | 15.8.19 Paris | 112 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
618142..618366 | CDS | 188 | 188 | 75 | 188 | ||||
618555..618627 | gtc | 419 | *419 | ||||||
comp | 619047..619235 | CDS | 63 | ||||||
comp | 1102183..1102602 | CDS | 130 | 130 | 140 | 130 | |||
comp | 1102733..1102804 | gaa | + | 1 | 1 | ||||
comp | 1102806..1102880 | aac | 2 aca | 8 | 8 | ||||
comp | 1102889..1102965 | atc | 2 tca | 11 | 11 | ||||
comp | 1102977..1103047 | tgg | 6 | 6 | |||||
comp | 1103054..1103126 | aca | 9 | 9 | |||||
comp | 1103136..1103211 | ttc | 9 | 9 | |||||
comp | 1103221..1103296 | gac | 4 | 4 | |||||
comp | 1103301..1103377 | atgf | 20 | 20 | |||||
comp | 1103398..1103490 | tca | 54 | 54 | |||||
comp | 1103545..1103637 | tca | 20 | 20 | |||||
comp | 1103658..1103730 | gca | 16 | 16 | |||||
comp | 1103747..1103820 | cca | 10 | 10 | |||||
comp | 1103831..1103904 | cgt | 3 | 3 | |||||
comp | 1103908..1103996 | tta | 16 | 16 | |||||
comp | 1104013..1104087 | ggc | 29 | 29 | |||||
comp | 1104117..1104197 | cta | 22 | 22 | |||||
comp | 1104220..1104295 | cac | 9 | 9 | |||||
comp | 1104305..1104380 | aca | 4 | 4 | |||||
comp | 1104385..1104460 | gta | 4 | ||||||
comp | 1104465..1104580 | 5s | 97 | ||||||
comp | 1104678..1107604 | 23s | 141 | ||||||
comp | 1107746..1109299 | 16s | 694 | *694 | |||||
1109994..1113038 | CDS | *1015 | |||||||
comp | 1306706..1307848 | CDS | 198 | 198 | 381 | ||||
comp | 1308047..1308120 | gga | 115 | 115 | 115 | ||||
comp | 1308236..1308889 | CDS | 218 | ||||||
1312025..1312345 | CDS | 207 | 207 | 107 | 207 | ||||
comp | 1312553..1312637 | ttg | 10 | 10 | |||||
comp | 1312648..1312718 | tgc | 14 | 14 | |||||
comp | 1312733..1312807 | ggc | 5 | 5 | |||||
comp | 1312813..1312887 | caa | 63 | 63 | |||||
comp | 1312951..1313026 | cac | 19 | 19 | |||||
comp | 1313046..1313119 | tgg | 7 | 7 | |||||
comp | 1313127..1313210 | tac | 17 | 17 | |||||
comp | 1313228..1313303 | gta | 5 | 5 | |||||
comp | 1313309..1313383 | gaa | 24 | 24 | |||||
comp | 1313408..1313480 | acc | 4 | 4 | |||||
comp | 1313485..1313559 | aac | 9 | ||||||
comp | 1313569..1313684 | 5s | 96 | ||||||
comp | 1313781..1316709 | 23s | 141 | ||||||
comp | 1316851..1318405 | 16s | 386 | *386 | |||||
1318792..1319148 | CDS | 119 | |||||||
1556278..1556507 | CDS | 57 | 57 | 77 | 57 | ||||
comp | 1556565..1556680 | 5s | 49 | ||||||
comp | 1556730..1560126 | 23s | 173 | ||||||
comp | 1560300..1562132 | 16s | 476 | *476 | |||||
1562609..1563322 | CDS | 238 | |||||||
> | 1566949..1567219 | CDS | 99 | 99 | 90 | 99 | |||
comp | 1567319..1567434 | 5s | 46 | ||||||
comp | 1567481..1570409 | 23s | 142 | ||||||
comp | 1570552..1572115 | 16s | 451 | *451 | |||||
1572567..1574498 | CDS | *644 | |||||||
1579539..1580615 | CDS | 14 | 14 | 359 | 14 | ||||
comp | 1580630..1580745 | 5s | 45 | ||||||
comp | 1580791..1583912 | 23s | 153 | ||||||
comp | 1584066..1585720 | 16s | 294 | 294 | |||||
comp | 1586015..1587520 | CDS | *502 | ||||||
comp | 1600693..1601166 | CDS | 174 | 174 | 158 | ||||
comp | 1601341..1601416 | gac | 3 | 3 | |||||
comp | 1601420..1601496 | atgf | 12 | ||||||
comp | 1601509..1601624 | 5s | @1 | 46 | |||||
comp | 1601671..1604598 | 23s | 141 | ||||||
comp | 1604740..1606294 | 16s | 75 | ||||||
comp | 1606370..1606440 | gga | 1 | 1 | |||||
comp | 1606442..1606518 | cca | + | 4 | 4 | ||||
comp | 1606523..1606599 | cgt | Séquence 10 | 3 | 3 | ||||
comp | 1606603..1606691 | tta | 16 | 16 | |||||
comp | 1606708..1606782 | ggc | 29 | 29 | |||||
comp | 1606812..1606892 | cta | 14 | 14 | |||||
comp | 1606907..1606982 | aaa | 5 | 5 | |||||
comp | 1606988..1607062 | caa | 87 | *87 | |||||
comp | 1607150..1607225 | gac | 46 | 46 | |||||
comp | 1607272..1607347 | gta | 4 | 4 | |||||
comp | 1607352..1607426 | gaa | 1 | 1 | |||||
comp | 1607428..1607502 | aac | 2 aac | 8 | 8 | ||||
comp | 1607511..1607587 | atc | 11 | 11 | |||||
comp | 1607599..1607669 | tgg | 6 | 6 | |||||
comp | 1607676..1607748 | aca | 9 | 9 | |||||
comp | 1607758..1607833 | ttc | 8 | 8 | |||||
comp | 1607842..1607917 | gac | 4 | 4 | |||||
comp | 1607922..1607998 | atgf | 20 | 20 | |||||
comp | 1608019..1608111 | tca | 2 tca | 54 | 54 | ||||
comp | 1608166..1608258 | tca | 20 | 20 | |||||
comp | 1608279..1608351 | gca | 16 | 16 | |||||
comp | 1608368..1608441 | cca | 10 | 10 | |||||
comp | 1608452..1608525 | cgt | 3 | 3 | |||||
comp | 1608529..1608617 | tta | 16 | 16 | |||||
comp | 1608634..1608708 | ggc | 29 | 29 | |||||
comp | 1608738..1608818 | cta | 13 | 13 | |||||
comp | 1608832..1608907 | aaa | 5 | 5 | |||||
comp | 1608913..1608987 | caa | 87 | *87 | |||||
comp | 1609075..1609150 | gac | 46 | 46 | |||||
comp | 1609197..1609272 | gta | 4 | 4 | |||||
comp | 1609277..1609351 | gaa | 8 | 8 | |||||
comp | 1609360..1609450 | agc | 3 | 3 | |||||
comp | 1609454..1609528 | aac | 114 | 114 | 114 | ||||
comp | 1609643..1610101 | CDS | 153 | ||||||
comp | 1702642..1703788 | CDS | 114 | 114 | 382 | 114 | |||
comp | 1703903..1703975 | gca | 10 | 10 | |||||
comp | 1703986..1704057 | ggc | 5 | 5 | |||||
comp | 1704063..1704138 | aaa | 5 | 5 | |||||
comp | 1704144..1704218 | caa | 65 | 65 | |||||
comp | 1704284..1704366 | tac | 17 | 17 | |||||
comp | 1704384..1704459 | gta | 5 | 5 | |||||
comp | 1704465..1704539 | gaa | 24 | 24 | |||||
comp | 1704564..1704636 | acc | 4 | 4 | |||||
comp | 1704641..1704715 | aac | 9 | ||||||
comp | 1704725..1704840 | 5s | 82 | ||||||
comp | 1704923..1707851 | 23s | 141 | ||||||
comp | 1707993..1709545 | 16s | 223 | 223 | |||||
comp | 1709769..1709987 | CDS | 73 | ||||||
comp | 1767157..1767618 | CDS | 206 | 206 | 154 | 206 | |||
comp | 1767825..1767940 | 5s | 45 | ||||||
comp | 1767986..1770913 | 23s | 141 | ||||||
comp | 1771055..1772608 | 16s | 372 | *372 | |||||
comp | 1772981..1774480 | CDS | *500 | ||||||
comp | 1787717..1790188 | CDS | 259 | 259 | *824 | ||||
comp | 1790448..1790519 | gaa | 13 | 13 | |||||
comp | 1790533..1790606 | atgj | @2 | 160 | 160 | 160 | |||
comp | 1790767..1791249 | CDS | 161 | ||||||
comp | 1820538..1820717 | CDS | 190 | 190 | 60 | 190 | |||
comp | 1820908..1821023 | 5s | 44 | ||||||
comp | 1821068..1823996 | 23s | 77 | ||||||
comp | 1824074..1824149 | gca | 8 | 8 | |||||
comp | 1824158..1824234 | atc | 130 | ||||||
comp | 1824365..1825919 | 16s | 217 | 217 | |||||
comp | 1826137..1826406 | CDS | 90 | ||||||
comp | 1832600..1832992 | CDS | 166 | 166 | 131 | ||||
comp | 1833159..1833251 | tca | 156 | 156 | 156 | ||||
comp | 1833408..1834682 | CDS | 425 | ||||||
1839668..1840669 | CDS | 34 | 34 | 334 | 34 | ||||
comp | 1840704..1840819 | 5s | 44 | ||||||
comp | 1840864..1843791 | 23s | 76 | ||||||
comp | 1843868..1843943 | gca | 8 | 8 | |||||
comp | 1843952..1844028 | atc | 130 | ||||||
comp | 1844159..1845713 | 16s | 240 | 240 | |||||
comp | 1845954..1848425 | CDS | *824 | ||||||
1873838..1875127 | CDS | 139 | 139 | 430 | 139 | ||||
1875267..1875342 | aaa | 13 | 13 | ||||||
1875356..1875427 | gaa | 21 | 21 | ||||||
1875449..1875524 | gac | 41 | 41 | ||||||
1875566..1875638 | ttc | 403 | *403 | ||||||
1876042..1876749 | CDS | 236 | |||||||
comp | 2217640..2217846 | CDS | 205 | 205 | 69 | 205 | |||
2218052..2218130 | cgg | 255 | 255 | ||||||
2218386..2219693 | CDS | 436 | |||||||
comp | 2428815..2429495 | CDS | 404 | *404 | 227 | ||||
2429900..2431456 | 16s | 139 | |||||||
2431596..2434524 | 23s | 97 | |||||||
2434622..2434737 | 5s | 4 | |||||||
2434742..2434817 | gta | + | 4 | 4 | |||||
2434822..2434897 | aca | 2 cta | 9 | 9 | |||||
2434907..2434982 | cac | 2 aca | 22 | 22 | |||||
2435005..2435085 | cta | 29 | 29 | ||||||
2435115..2435189 | ggc | 16 | 16 | ||||||
2435206..2435294 | tta | 3 | 3 | ||||||
2435298..2435371 | cgt | 10 | 10 | ||||||
2435382..2435455 | cca | 16 | 16 | ||||||
2435472..2435544 | gca | 20 | 20 | ||||||
2435565..2435657 | tca | 54 | 54 | ||||||
2435712..2435805 | cta | 20 | 20 | ||||||
2435826..2435902 | atgf | 1 | 1 | ||||||
2435904..2435979 | gac | 12 | 12 | ||||||
2435992..2436067 | ttc | 14 | 14 | ||||||
2436082..2436157 | aca | 10 | 10 | ||||||
2436168..2436243 | aaa | 13 | 13 | ||||||
2436257..2436327 | gga | 10 | 10 | ||||||
2436338..2436414 | atc | 7 | 7 | ||||||
2436422..2436496 | aac | 7 | 7 | ||||||
2436504..2436594 | agc | 6 | 6 | ||||||
2436601..2436672 | gaa | 59 | 59 | 59 | |||||
2436732..2436842 | CDS | 37 | |||||||
2798971..2799474 | CDS | 109 | 109 | 168 | 109 | ||||
2799584..2799657 | gga | 1 | 1 | ||||||
2799659..2799735 | aga | 407 | *407 | ||||||
2800143..2800343 | CDS | 67 | |||||||
comp | 2991608..2992366 | CDS | 242 | 242 | 253 | ||||
2992609..2992682 | atgi | 221 | 221 | 221 | |||||
2992904..2993515 | CDS | 204 |
ban cumuls
- Lien tableur: ban cumuls
- Note du 16.11.20: attention le @1 doit être intégré dans les rRNA et non dans les sans. Refaire les calculs.
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | ||
avec rRNA | opérons | 11 | 1 | 3 | 2 | 1 | 0 | 1 | 0 | 100 | 10 |
16 23 5s 0 | 4 | 20 | 25 | 47 | 50 | 2 | 20 | 1 | 200 | 9 | |
16 atc gca | 2 | 40 | 3 | 6 | 100 | 3 | 40 | 1 | 300 | 6 | |
16 23 5s a | 5 | 60 | 4 | 2 | 150 | 6 | 60 | 2 | 400 | 4 | |
max a | 21 | 80 | 0 | 2 | 200 | 7 | 80 | 0 | 500 | 4 | |
a doubles | 2 | 100 | 2 | 0 | 250 | 8 | 100 | 1 | 600 | 1 | |
autres | 0 | 120 | 0 | 0 | 300 | 3 | 120 | 4 | 700 | 1 | |
total aas | 66 | 140 | 0 | 0 | 350 | 0 | 140 | 2 | 800 | 0 | |
sans | opérons | 9 | 160 | 0 | 0 | 400 | 2 | 160 | 2 | 900 | 2 |
1 aa | 5 | 180 | 0 | 0 | 450 | 3 | 180 | 0 | 1000 | 0 | |
max a | 33 | 200 | 0 | 0 | 500 | 0 | 200 | 2 | 1100 | 1 | |
a doubles | 1 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | |||||
total aas | 46 | 37 | 59 | 34 | 19 | 38 | |||||
total aas | 112 | ||||||||||
remarques | 2 | ||||||||||
avec jaune | moyenne | 18 | 15 | 232 | 132 | 274 | |||||
variance | 21 | 14 | 143 | 62 | 238 | ||||||
sans jaune | moyenne | 14 | 165 | 191 | |||||||
variance | 14 | 71 | 124 |
ban blocs
- Lien tableur: ban blocs
aa | gta | aac | atgf | aac | CDS |
inter aa | 4 | 9 | 12 | 9 | 404 |
5s | 97 | 96 | 46 | 82 | 139 |
23s | 141 | 141 | 141 | 141 | 97 |
16s | 694 | 386 | 75 | 223 | 4 |
CDS | CDS | CDS | gga | CDS | gta |
CDS | 57 | 99 | 14 | 206 | |
5s | 49 | 46 | 45 | 45 | |
23s | 173 | 142 | 153 | 141 | |
16s | 476 | 451 | 294 | 372 | |
CDS | 190 | 34 | |||
5s | 44 | 44 | |||
23s | 77 | 76 | |||
gca | 8 | 8 | |||
atc | 130 | 130 | |||
16s | 217 | 240 | |||
CDS |
ban séquences
- Lien au tableau ban opérons
- Lien tableur: ban séquences
- Lien bsu-lmo
- Légende: 33 aas, cluster à 33 gènes de tRNA
- - répétitions de séquence intra bloc: Dans le bloc 33aas uniquement, il y a une séquence de 10aas répétée. Elle est divisée de 2 séquences de 5 chacune, cyan et bleu.
- - répétitions de séquence entre blocs
- - entre les clusters 11aas et 9aas: une séquence de 5 se répète, le jaune.
- - entre les clusters 33aas 21aas et 19aas je repère 3 grandes séquences qui se répètent, contenant des sous séquences qui se répètent aussi: séquence de 16 (cadre solide) commune à 33aas et 19aas, séquence de 15 (cadre en tirets) commune à 21aas et 19aas et une séquence de 12 commune aux 3 clusters et composée de la séquence 5 cyan et d'une séquence de 7aas (rouge) contenant atgf et un doublet tca. Il faut noter ici que tca est modifié en cta alors que les intercalaires atgf-cta-tca et atgf-tca-tca ne changement pas, 20-54. C'est que cta et tca sont des tRNAs de même longueur, seule une mutation ponctuelle est en cause.
- - entre le cluster 33aas et 21aas existe un bloc commun de 3 gènes gaa-agc-acc qu'on ne peut mettre en parallèle. A-t-il un rôle important dans les recombinaisons?
- - Les intercalaires qui changent: la plus part des intercalaires se répètent comme les gènes sauf les intercalaires de aca-ttc-gac-atgf qui sont constants dans les clusters 33aas et 19aas et diffèrent dans le 21aas. De même pour cca-cgt (cyan) qui diffèrent dans 33as mais restent constants entre les 3 clusters. Ce qui différencie les 2 séquences cyan de 33aas. En fin de 33aas le triplet gaa-agc-aac se répète au début de 21aas mais avec des intercalaires changeant, 8-3 contre 6-7. Ces changements dans les intercalaires laissent penser qu'ils se produisent lors des recombinaisons des blocs intra cluster (cyan 1 et 2 de 33aas) ou entre clusters.
33 aas | inter | 21 aas | inter | 19 aas | inter | 11 aas | inter |
---|---|---|---|---|---|---|---|
gga | 1 | ttg | 10 | ||||
cca | 4 | tgc | 14 | ||||
cgt | 3 | ggc | 5 | ||||
tta | 16 | caa | 63 | ||||
ggc | 29 | cac | 19 | ||||
cta | 14 | tgg | 7 | ||||
aaa | 5 | tac | 17 | ||||
caa | 87 | gta | 5 | ||||
gac | 46 | gaa | 6 | gaa | 24 | ||
gta | 4 | agc | 7 | acc | 4 | ||
gaa | 1 | aac | 7 | gaa | 1 | aac | |
aac | 8 | atc | 10 | aac | 8 | ||
atc | 11 | gga | 13 | atc | 11 | ||
tgg | 6 | aaa | 10 | tgg | 6 | ||
aca | 9 | aca | 14 | aca | 9 | ||
ttc | 8 | ttc | 12 | ttc | 9 | ||
gac | 4 | gac | 1 | gac | 4 | ||
atgf | 20 | atgf | 20 | atgf | 20 | ||
tca | 54 | cta | 54 | tca | 54 | 9 aas | inter |
tca | 20 | tca | 20 | tca | 20 | ||
gca | 16 | gca | 16 | gca | 16 | gca | 10 |
cca | 10 | cca | 10 | cca | 10 | ggc | 5 |
cgt | 3 | cgt | 3 | cgt | 3 | aaa | 5 |
tta | 16 | tta | 16 | tta | 16 | caa | 65 |
ggc | 29 | ggc | 29 | ggc | 29 | tac | 17 |
cta | 13 | cta | 22 | cta | 22 | gta | 5 |
aaa | 5 | cac | 9 | cac | 9 | gaa | 24 |
caa | 87 | aca | 4 | aca | 4 | acc | 4 |
gac | 46 | gta | gta | aac | |||
gta | 4 | ||||||
gaa | 8 | ||||||
agc | 3 | ||||||
aac |
ban occurrences
- Légende: atgi pour Ile2, atgf pour fMet et atgj pour Met
ttt | tct | tat | tgt | ||||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgc | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 4 | tcc | tac | 2 | tgc | 1 | |
atc | 5 | acc | 2 | aac | 6 | agc | 2 |
ctc | ccc | cac | 3 | cgt | 4 | ||
gtc | 1 | gcc | gac | 7 | ggc | 6 | |
tta | 4 | tca | 6 | taa | tga | ||
atgi | 1 | aca | 5 | aaa | 5 | aga | 1 |
cta | 5 | cca | 4 | caa | 4 | cga | |
gta | 6 | gca | 6 | gaa | 8 | gga | 4 |
ttg | 1 | tcg | tag | tgg | 3 | ||
atgf/j | 4/1 | acg | aag | agg | |||
ctg | ccg | cag | cgg | 1 | |||
gtg | gcg | gag | ggg |
ban intercalaires
- Légende: aa pour gène tRNA, inter aa pour intercalaire rRNA-aa
aa | gta | aac | atgf | aac | CDS |
inter aa | 4 | 9 | 12 | 9 | 404 |
5s | 97 | 96 | 46 | 82 | 139 |
23s | 141 | 141 | 141 | 141 | 97 |
16s | 694 | 386 | 75 | 223 | 4 |
CDS | CDS | CDS | gga | CDS | gta |
CDS | 57 | 99 | 14 | 206 | |
5s | 49 | 46 | 45 | 45 | |
23s | 173 | 142 | 153 | 141 | |
16s | 476 | 451 | 294 | 372 | |
CDS | |||||
CDS | 190 | 34 | |||
5s | 44 | 44 | |||
23s | 77 | 76 | |||
gca | 8 | 8 | |||
atc | 130 | 130 | |||
16s | 217 | 240 | |||
CDS |
ban remarques
- Liens: ban séquences, ban intercalaires, ban occurrences, indices bacilli
- Note du 16.11.20: attention le @1 doit être intégré dans les rRNA et non dans les sans. Refaire les calculs.
- Remarques:
- @1 Existence des blocs à rRNA inversés
- - Ce sont des blocs dont les gènes tRNAs se trouvent juste après le rRNA 16s au lieu d’être après le 5s ou parfois le 23s dans le sens 16s23s5s. J’en ai rencontré beaucoup dans les génomes détaillés dans ces annexes. Mais leurs présences systématiques dans les études exhaustives des fiches me laissaient penser à croire en leur existence.
- - En effet, le comportement des blocs normaux laissait penser que la juxtaposition des gènes tRNAs et du 16s était fortuite, le bloc 16s serait mobile et s’introduirait au hasard à côté d’une séquence de gènes tRNA. Dans l’étude des intercalaires entre gènes de tRNA, je voulais savoir s’il y avait une différence entre les blocs à rRNA et les blocs sans. Tout au début, je considérais les gènes de tRNA des blocs inversés comme appartenant aux blocs sans rRNA. Cependant l’intercalaire entre le 16s et le 1er aa était si faible quelquefois que cela me gênait de l’en séparer. Dans les cumuls de ce génome ban*, j’ai considéré la séquence de 33aas comme n’appartenant pas au bloc 16s adjacent. Cependant la moyenne et la variance des intercalaires sont les mêmes que celles des blocs 16s normaux.
- -Avec le génome ban* j’ai pu comparer les séquences des gènes tRNA ici et il est évident qu’avec la disposition des sous séquences et leurs intercalaires tout se passe comme si les réarrangements étaient dus à l’existence des blocs 16s. Et donc que la séquence des 33aas devait se trouver à la suite du 5s et a été déplacée par retournement, ce qui a facilité l’homogénéisation des séquences 12aas (cadres en tirets) par conversion dans les 3 blocs. Ensuite une conversion entre blocs 2 à 2 s’est faite séparément. Donc avant les conversions, il y a eu le retournement de 33aas et avant d’être 33aas, il y a eu duplication du bloc cyan+bleu.
- - Donc après cette analyse des séquences, je considérerai tous les blocs inversés comme appartenant au bloc 16s quelle que soit la distance de juxtaposition. Il reste cependant une inconnue : est-ce que l’espace entre 16s et le 1er aa est dû à notre incapacité à reconnaître une séquence fonctionnelle, ou bien effectivement dans certains rares cas li y a eu juxtaposition au hasard.
- @2 Il n’y a que 13 tRNAs sans rRNA. Tous les atgf se trouvent avec rRNA alors qu’il n’y a qu’un seul exemplaire de atgi et atgj. Voir le tableau des occurrences totales de ban* et le tableau ci-dessous pour les gènes rares.
- - Ils se répartissent en 8 clusters dont 5 ne contiennent qu’un seul gène. Trois gènes rares chez les bacilli s’y trouvent, gtc cgg aga.
- - Par comparaison les clusters à rRNAs ne contiennent que 3 gènes rares sur 99, 2 acc et tgc.
- - Le plus grand cluster à 4 gènes ressemble beaucoup au au bloc bleu du cluster 33aas, aaa gaa gac ttc contre aaa caa gac gta gaa pour le bloc bleu.
- - Au tableau des indices bacilliles 3527 gènes atg ne sont pas différenciés pour 672 génomes. Le décompte suivant montre que atgi et agj ont un indice moyen, un gène par génome, donc c’est un gène obligatoire comme l’est tgc.
- @1 Existence des blocs à rRNA inversés
Les gènes rares chez les bacilli Clusters sans rRNAs de ban* indice pour 100 génomes occurrence chez ban* tcc 108 0 aaa gaa gac ttc acc 83 2 gtc ccc 5,7 0 gga gcc 26 0 gaa atgj tgc 106 1 tca aga 108 1 cgg cga 5,4 0 gga aga agg 66 0 atgi cgg 99 1 ctc 67 0 gtc 47 1 Décompte des atg pour 678 génomes, 30.10.19 Tanger . atg indice décompte fMet 260 1762 Ile2 133 901 Met 139 941 total 3604
- Les intercalaires des clusters à rRNAs. Dans le tableau ban intercalaires, je ne mets en valeur que les intercalaires faisant intervenir les rRNAs.
- - les intercalaires 5s-23s: 4 blocs avec des gènes tRNA ont un intercalaire double des 7 autres et le bloc inversé se comporte comme les autres: 97-82 contre 49-44.
- - L'intercalaire 23s-16s: il est constant pour 7 blocs, 142-139 les 2 autres ont 10% (153) et 20% (173) de plus.
- - L'intercalaire aa-5s: il est très faible, 4-12. L’intercalaire aa-16s du bloc inversé est du même ordre que le 5s-23s et cela est du au retournement de la séquence des 33aas.
- - L'intercalaire cds-5s : sur les 6 blocs qui le portent 3 sont très faibles, 57 34 14 et les 3 autres sont moyens relativement aux cds-16s, 99 190 206, et restent orientés cds-16s-5s-cds.
- - L'intercalaire cds-16s: ils sont très élevés mais peu variables. 5 blocs ne contenant pas d'aas tournent autour de 420, 476-372, un sixième a 50% de plus, 694. Les 4 restants ont un intercalaire faible et se répartissent en 2 avec aas, 217 240, et 2 sans aas, 223 294.
- - L'homogénéité de ces blocs est comparable avec celle de bsu.
- Séquence des doubles : Très peu de doubles, si l’on ne tient pas compte de la duplication des blocs cyan et bleu de 10 aas dans le cluster à 33aas. Dans celui-ci il y a 2 doubles gac aac et une répétition tca-tca. Si l’on tient compte des aas proche du 5s, il faut ajouter atgf (double) et gac (triple). Pour le cluster 21aas aca et cta sont doubles, et pour le 19aas aca est double et tca répété. Les clusters 11aas et 9aas n’ont pas de doubles.
ban distribution
- Lien tableur: ban distribution
- Notes:
- - Les avant 16s, -16s, sont comptés comme les après 5s, +5s. Ils sont au nombre de 33 et ne sont pas soulignés.
- - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés: atgf gac
- - duplicata: tca2
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bacilli synthèse
- notes: 30 blocs longs +5s
- Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
- Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo
bacilli distribution par génome
- Lien tableur: bacilli distribution par génome
baci | >1aa | 1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | duplica | 1-3aas | total |
bsu | 18 | 8 | 52 | 2 | 4 | 2 | 86 | ||
lmo | 9 | 8 | 44 | 4 | 2 | 67 | |||
lam | 22 | 14 | 16 | 4 | 3 | 4 | 63 | ||
ppm | 67 | 21 | 68 | 5 | 161 | ||||
pmq | 22 | 11 | 138 | 0 | 2 | 173 | |||
lbu | 49 | 16 | 16 | 10 | 7 | 98 | |||
ban | 8 | 5 | 60 | 33 | 4 | 2 | 112 | ||
total | 195 | 83 | 0 | 394 | 35 | 31 | 12 | 10 | 760 |
bacilli distribution du total
- Lien tableur: bacilli distribution du total
- Légende:
- Tableau de gauche
- - Les couleurs cyan et jaune sont les emplacements des >3 des +5s de bacilli + clostridia
- Cyan pour les valeurs faibles, total 82.
- Jaune pour les valeurs fortes et en gras les plus fortes, total 410.
- blanc pour les valeurs intermédiaires, gca et atc le sont aussi, total 225.
- - Le rouge pour l'emplacement des +16s occupés, gca et atc.
- - Les encadrés sont les emplacements des 1-3aas des +5s de alpha + gamma.
- - Le -16s de 33 aas est compté ici comme un +5s long (inversion).
- - Les couleurs cyan et jaune sont les emplacements des >3 des +5s de bacilli + clostridia
- Tableau de droite: Les duplicata ne sont pas comptés dans le total de 43 mais dans le total des >1aa du tableau de gauche.
- Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
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bacilli distribution par type
- Lien tableur: bacilli distribution par type
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bacilli par rapport au groupe de référence
- Lien tableur: bacilli par rapport au groupe de référence
- Le groupe de référence: voir la référence
- Légende:
- - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc
- - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)
tRNAs | blocs tRNAs | blocs rRNAs | |||||||
baci8 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | total | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
21 | faible | 43 | 21 | 5 | 13 | 82 | |||
16 | moyen | 27 | 59 | 4 | 135 | 2 | 31 | 227 | |
14 | fort | 13 | 115 | 3 | 279 | 8 | 2 | 418 | |
83 | 195 | 12 | 427 | 10 | 33 | 760 | |||
10 | g+cga | 16 | 12 | 5 | 5 | 38 | |||
2 | agg+cgg | 11 | 0 | 11 | |||||
4 | carre ccc | 12 | 5 | 8 | 25 | ||||
5 | autres | 4 | 4 | 8 | |||||
43 | 21 | 5 | 13 | 82 | |||||
total tRNAs ‰ | |||||||||
baci8 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | baci ‰ | ref.‰ | |
21 | faible | 57 | 28 | 7 | 17 | 108 | 26 | ||
16 | moyen | 36 | 78 | 5 | 178 | 3 | 41 | 299 | 324 |
14 | fort | 17 | 151 | 4 | 367 | 11 | 3 | 550 | 650 |
109 | 257 | 16 | 562 | 13 | 43 | 760 | 729 | ||
10 | g+cga | 21 | 16 | 7 | 7 | 50 | 10 | ||
2 | agg+cgg | 14 | 14 | ||||||
4 | carre ccc | 16 | 7 | 11 | 33 | 16 | |||
5 | autres | 5 | 5 | 11 | |||||
57 | 28 | 7 | 17 | 108 | |||||
blocs tRNAs ‰ | total colonne % | ||||||||
baci8 | 1aa | >1aa | dup | total | ref.‰ | 1aa | >1aa | dup | |
21 | faible | 148 | 72 | 17 | 238 | 26 | 52 | 11 | |
16 | moyen | 93 | 203 | 14 | 310 | 324 | 33 | 30 | |
14 | fort | 45 | 397 | 10 | 452 | 650 | 16 | 59 | |
286 | 672 | 41 | 290 | 729 | 83 | 195 | |||
10 | g+cga | 55 | 41 | 17 | 114 | 10 | 37 | ||
2 | agg+cgg | 38 | 38 | 26 | |||||
4 | carre ccc | 41 | 17 | 59 | 16 | 28 | |||
5 | autres | 14 | 14 | 28 | 9 | ||||
148 | 72 | 17 | 238 | 43 |
bacilli, estimation des -rRNAs
- Lien tableur: bacilli, estimation des -rRNAs
- Liens fiche: typage
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 29.5.20
- - ttt et tgt sont nuls partout
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.
- - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs
bacilli, calcul des -rRNAs
- Lien tableur: bacilli, calcul des -rRNAs
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bacilli, comparaison clade-annexe des -rRNAs
- Lien tableur: bacilli, comparaison clade-annexe des -rRNAs
- Légende
- - bac7. diff, somme des couleurs de bac7. La différence entre tRNAs est faite entre bac5 et bac6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
- - bac8. rap, rapport des sommes couleurs bac5/bac2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bac5 sur celui de bac2.
- Fréquences des différences en % du tableau bac7
gamme 0/0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 total fréquence 0 2 3 1 9 6 5 9 5 3 6 1 50 tot ≤ 50 21
- Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 43% au dessus de celle de la fiche des bacilli.
tRNAs fiche annexe
sans 925 290
avec 1902 470
genomes 32 7
indice % 29 41
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bacilli discussion
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