Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Fiche/Bacteroidetes

Fiche mémoire sur Bacteroidetes

Bacteroidetes

bactero blocs

Lien tableur: bactero blocs
Légende:
- 23s': possible 23S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 23s°: 23S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

- 16s': possible 16S ribosomal RNA but does not have good blast hits on one or both of the ends.

- 16s°: 16S ribosomal RNA rRNA prediction is too short

bactero blocs
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	bac001-46					Notes
bac001	2*16atcgca235	2	38	4	34			16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35	avant
bac002	2*16s23s5s	3	41	2	39		sans	16	32	0	1	1-3
	16atcgca235						1-3		1			16atcgca235-tca

bac003	16s23s5s	2	53	2	51	50	total	16	33	0	1	avant
	16atcgca235											cgt-16s23s5s

bac005	2*16s23s5s	3	38	2	36							incomplets
	16atcgca											2*16atcgca
	23s5s											16s-atc-gaa-cds-agg
												16s-gca
bac007	6*16atcgca235	6	73	12	61
bac011	5*16atcgca235	5	68	10	58							autres incomplets
bac014	6*16atcgca235	7	85	14	71							3*23s5s
	16atcgca235-5s
												5s de trop
bac016	4*16atcgca235	5	62	11	51							16atcgca235-5s
	16atcgca235-tca

bac017	2*16s23s5s	4	40	3	37
	cgt-16s23s5s
	16atcgca235

bac018	16atcgca235	1	33	2	31

bac027	16atcgca	2	38	5	33
	23s5s
	16s-atc-gaa-cds-agg

bac038	3*16atcgca235	3	46	6	40
bac041	5*16s23s5s	5	45	0	45
bac046	4*16s23s5s	6	79	3	76
	16atcgca235
	16s-gca
	23s5s	54
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	bac047-138					Notes
bac047	6*16atcgca235	6	86	12	74			16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35	avant
		3					sans	1	67	2	1	1-3
bac060	2*16atcgca235		74	4	70		1-3		1			16atcgca235-cca
	16s23s5s
						72	total	1	68	2	1	avant
bac063	5*16atcgca235	5	75	10	65							aac-16atcgca235
bac066	6*16atcgca235	6	49	12	37
												5s de trop
bac095	4*16atcgca235	5	104	11	93							16atcgca235-5s
	aac-16atcgca235

bac096	8*16atcgca235	8	107	16	91
bac105	3*16atcgca235	3	53	6	47
bac106	7*16atcgca235	7	83	14	69
bac113	4*16atcgca235	4	53	8	45
bac117	5*16atcgca235	5	61	10	51
bac124	16atcgca235	1	46	2	44
bac127	3*16atcgca235	3	41	6	35

bac137	4*16atcgca235	4	62	8	54
bac138	2*16atcgca235	4	56	6	50
	2*16-atc-235

bac139	6*16atcgca235	8	88	17	71
	16atcgca235-cca
	16atcgca235-5s





		72
lien	blocs	16s	total aas	avec	sans	total page	Total					Notes
29								16s23s5s	16-atcgca-35	16-atc-35	avant
							sans	17	99	2	2	1-3
	Moyenne		61	8	54		1-3	0	2	0	0	16atcgca235-tca
	ecartype		21	5	17							16atcgca235-cca
	max		107	17	93	122	total	17	101	2	2
	min		33	0	31							avant
												cgt-16s23s5s
												aac-16atcgca235

												incomplets
												2*16atcgca
	blocs	126										16s-atc-gaa-cds-agg
	génomes	29										16s-gca
	cds incomplet	1
	16s23s5s	15%										autres incomplets
	16atcgca235	84%										3*23s5s

												5s de trop
												2*16atcgca235-5s

bactero notes

Lien tableur: bactero notes
Les aas en dehors des blocs: Il y a très peu de tRNAs avant ou après les blocs, tca cca après et cgt aac avant.
Sur 126 blocs il y a à peine un cds incomplet 16s-atc-gaa-cds-agg.

bactero typage

Lien tableur: bactero typage
Les bacteroidites ont des blocs solides et quasiment uniformes sur un total de 126:
- 16atcgca235 81%

- 16s23s5s 14%

- incomplets 3%

bactero type 16-y-235 après 16s

Typpe

type		tableau	avant 16s	total	%
16s23s5s	17	1		18	15
atcgca		101	1		102	84
atc		2			2	2
total		120	2		122

bactero type 16235-z après 5s

Type

type	tableau		%
sans	120		98
cca	1		1
tca	1		1
total	122

bactero type x-16235 avant 16s

Type

type	tableau
cgt	1
aac	1

Tableau des noms bactero

Lien tableur: bactero noms
Prélèvement: fait vers le 20.8.19 et mise en forme le 4.9.19 Paris.
Légende:
- rRNAs, 666 ou "10,10,10", sous la forme indiquée par NCBI, (5S, 16S, 23S).

- rupture, sélection des génomes sur les 2 premiers attributs

- fait, dans génomes bactero

- code, utilisé dans les génomes "fait"

- tRNAs, nombre de tRNAs tel qu'il est déduit de la de la construction des noms.

- notes
- 80+84, à partir de gtRNAdb et la méthode de construction de la liste des noms, le même noms peut regrouper quelques échantillons ayant le même nombre de tRNAs.

tRNAs           total           7181
génomes		ruptures	faits	total
 		82		29	146

Construction de la liste des noms

F. Noms des bactero
ruptures	notes	rRNAs	fait	code	tRNAs	génomes
1		222	1	bac001	38	Aequorivita sublithincola DSM 14238
1		333	1	bac002	41	Algoriphagus machipongonensis PR1
1		222	1	bac003	53	Alistipes finegoldii DSM 17242
				bac004	45	Alistipes shahii WAL 8301
1		333	1	bac005	38	Bacteroidales bacterium CF
1	80+84			bac006	164	Bacteroides dorei
1		666	1	bac007	73	Bacteroides fragilis 638R
				bac008	71	Bacteroides fragilis BOB25
				bac009	73	Bacteroides fragilis NCTC 9343
				bac010	74	Bacteroides fragilis YCH46
1		555	1	bac011	68	Bacteroides helcogenes P 36-108
1				bac012	82	Bacteroides salanitronis DSM 18170
1				bac013	71	Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
1		877	1	bac014	85	Bacteroides vulgatus ATCC 8482
1				bac015	59	Bacteroides xylanisolvens XB1A
1		555	1	bac016	62	Barnesiella viscericola DSM 18177 C46 DSM 18177
1		444	1	bac017	40	Belliella baltica DSM 15883
1		111	1	bac018	33	Blattabacterium sp. Blaberus giganteus BGIGA
				bac019	34	Blattabacterium sp. Blatta orientalis str. Tarazona
				bac020	34	Blattabacterium sp. Blattella germanica str. Bge
				bac021	32	Blattabacterium sp. Cryptocercus punctulatus str. Cpu
				bac022	34	Blattabacterium sp. Mastotermes darwiniensis str. MADAR
				bac023	34	Blattabacterium sp. Nauphoeta cinerea
				bac024	34	Blattabacterium sp. Panesthia angustipennis spadica str. BPAA
				bac025	34	Blattabacterium sp. Periplaneta americana str. BPLAN
1				bac026	35	Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2
1		121	1	bac027	38	Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2
1				bac028	31	Candidatus Sulcia muelleri BGSS
				bac029	30	Candidatus Sulcia muelleri CARI
				bac030	31	Candidatus Sulcia muelleri DMIN
				bac031	31	Candidatus Sulcia muelleri GWSS
				bac032	30	Candidatus Sulcia muelleri ML
				bac033	30	Candidatus Sulcia muelleri PSPU
				bac034	28	Candidatus Sulcia muelleri SMDSEM
				bac035	30	Candidatus Sulcia muelleri str. Sulcia-ALF
				bac036	30	Candidatus Sulcia muelleri TETUND
1				bac037	32	Candidatus Uzinura diaspidicola str. ASNER
1		333	1	bac038	46	Capnocytophaga canimorsus Cc5
				bac039	47	Capnocytophaga ochracea DSM 7271
1				bac040	37	Cardinium endosymbiont cEper1 of Encarsia pergandiella
1		555	1	bac041	45	Cellulophaga algicola DSM 14237
				bac042	43	Cellulophaga baltica 18
				bac043	44	Cellulophaga baltica NN016038
				bac044	40	Cellulophaga lytica DSM 7489
				bac045	40	Cellulophaga lytica HI1
1		666	1	bac046	79	Chitinophaga pinensis DSM 2588
1		666	1	bac047	86	Chryseobacterium sp. StRB126
1				bac048	37	Croceibacter atlanticus HTCC2559
1				bac049	46	Cyclobacterium marinum DSM 745
1				bac050	41	Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406
1				bac051	43	Dokdonia sp. 4H-3-7-5
				bac052	42	Dokdonia sp. MED134
1				bac053	46	Draconibacterium orientale FH5T
1				bac054	39	Dyadobacter fermentans DSM 18053
1				bac055	49	Echinicola vietnamensis DSM 17526
1				bac056	52	Elizabethkingia anophelis NUHP1
				bac057	58	Elizabethkingia sp. BM10
1				bac058	42	Emticicia oligotrophica DSM 17448
1				bac059	35	endosymbiont of Llaveia axin axin
1		333	1	bac060	74	Fibrella aestuarina BUZ 2
1				bac061	42	Flavobacteriaceae bacterium 3519-10
				bac062	44	Flavobacterium branchiophilum FL-15
		555	1	bac063	75	Flavobacterium columnare ATCC 49512
				bac064	63	Flavobacterium indicum GPTSA100-9 DSM 17447
				bac065	62	Flavobacterium johnsoniae UW101 ATCC 17061
1		666	1	bac066	49	Flavobacterium psychrophilum 3
				bac067	37	Flavobacterium psychrophilum 4
				bac068	49	Flavobacterium psychrophilum 5
				bac069	38	Flavobacterium psychrophilum 950106-1/1
				bac070	50	Flavobacterium psychrophilum CSF259-93
				bac071	50	Flavobacterium psychrophilum FPG101
				bac072	49	Flavobacterium psychrophilum FPG3
				bac073	49	Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
				bac074	49	Flavobacterium psychrophilum MH1
				bac075	49	Flavobacterium psychrophilum PG2
				bac076	39	Flavobacterium psychrophilum V3-5
				bac077	38	Flavobacterium psychrophilum V4-24
				bac078	39	Flavobacterium psychrophilum v4-33
				bac079	49	Flavobacterium psychrophilum VQ50
1				bac080	50	Flexibacter litoralis DSM 6794
1				bac081	45	Fluviicola taffensis DSM 16823
1				bac082	45	Formosa agariphila KMM 3901
1				bac083	45	Gramella forsetii KT0803
1				bac084	53	Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100
1				bac085	47	Hymenobacter sp. APR13
				bac086	44	Hymenobacter sp. DG25B
				bac087	48	Hymenobacter swuensis DY53
1				bac088	36	Lacinutrix sp. 5H-3-7-4
1				bac089	42	Leadbetterella byssophila DSM 17132
1				bac090	40	Maribacter sp. HTCC2170
1				bac091	41	Marivirga tractuosa DSM 4126
1				bac092	39	Mucinivorans hirudinis
1				bac093	40	Muricauda lutaonensis CC-HSB-11
				bac094	38	Muricauda ruestringensis DSM 13258
1		555	1	bac095	104	Myroides profundi D25
1		888	1	bac096	107	Myroides sp. A21
1				bac097	41	Niabella soli DSM 19437 JS13-8
1				bac098	67	Niastella koreensis GR20-10
1				bac099	42	Nonlabens dokdonensis DSW-6
				bac100	37	Nonlabens marinus S1-08
1				bac101	61	Odoribacter splanchnicus DSM 20712 DSM 220712
1				bac102	43	Ornithobacterium rhinotracheale DSM 15997
				bac103	43	Ornithobacterium rhinotracheale ORT-UMN 88
1				bac104	38	Owenweeksia hongkongensis DSM 17368
1		333	1	bac105	53	Paludibacter propionicigenes WB4
1		777	1	bac106	83	Parabacteroides distasonis ATCC 8503
1				bac107	47	Pedobacter heparinus DSM 2366
				bac108	55	Pedobacter saltans DSM 12145
1				bac109	35	Polaribacter sp. MED152
1				bac110	49	Pontibacter korlensis X14-1T
1				bac111	46	Porphyromonadaceae bacterium ING2-E5B
1				bac112	47	Porphyromonas asaccharolytica DSM 20707
		444	1	bac113	53	Porphyromonas gingivalis ATCC 33277
				bac114	53	Porphyromonas gingivalis HG66
				bac115	53	Porphyromonas gingivalis TDC60
				bac116	53	Porphyromonas gingivalis W83
1		555	1	bac117	61	Prevotella dentalis DSM 3688
				bac118	50	Prevotella denticola F0289
				bac119	50	Prevotella intermedia 17
				bac120	49	Prevotella melaninogenica ATCC 25845
				bac121	54	Prevotella ruminicola 23 Bryant 23
				bac122	49	Prevotella sp. oral taxon 299 str. F0039
1				bac123	38	Psychroflexus torquis ATCC 700755
1		111	1	bac124	46	Rhodothermus marinus DSM 4252
				bac125	47	Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172
1				bac126	77	Riemerella anatipestifer ATCC 11845 DSM 15868
1		333	1	bac127	41	Riemerella anatipestifer CH3
				bac128	41	Riemerella anatipestifer RA-CH-1
				bac129	41	Riemerella anatipestifer RA-CH-2
				bac130	40	Riemerella anatipestifer RA-GD
1				bac131	41	Robiginitalea biformata HTCC2501
1				bac132	44	Runella slithyformis DSM 19594
1				bac133	46	Salinibacter ruber DSM 13855 M31
				bac134	47	Salinibacter ruber M8
1				bac135	48	Saprospira grandis str. Lewin
1				bac136	44	Siansivirga zeaxanthinifaciens CC-SAMT-1
1		444	1	bac137	62	Solitalea canadensis DSM 3403
1		444	1	bac138	56	Sphingobacterium sp. 21
1		988	1	bac139	88	Sphingobacterium sp. ML3W
1				bac140	52	Spirosoma linguale DSM 74
				bac141	42	Spirosoma radiotolerans DG5A
1				bac142	46	Tannerella forsythia 92A2
1				bac143	59	Weeksella virosa DSM 16922
1				bac144	57	Winogradskyella sp. PG-2
1				bac145	40	Zobellia galactanivorans DsiJT
1				bac146	49	Zunongwangia profunda SM-A87 SMA-87
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