Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/alpha

Rickettsia typhi str. B9991CWPP

rtb opérons

Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Lien tableur: rtb opérons
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A8. Rickettsia typhi str. B9991CWPP
29%GC	31.12.19 Paris	33	doubles	intercal	cds	aa	cdsa	protéines
comp	7429..8469	cds		381	381		347	UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
comp	8851..8926	ttc		368	368
	9295..10278	cds					328	tRNA dihydrouridine synthase DusB

	14663..18055	cds		108	108		1131	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein
	18164..18238	gaa		1394	1394
comp	19633..20106	cds					158	crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC

comp	48065..48709	cds		278	278		215	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp	48988..49064	atgf		110	110
comp	49175..49411	cds					79	50S ribosomal protein L31

comp	73627..73929	cds		17	17		101	preprotein translocase subunit SecG
comp	73947..74021	acc		139	139
comp	74161..75417	cds					419	MFS transporter

	155064..157163	cds		143	143		700	elongation factor G
	157307..157382	tgg		167	167
	157550..157750	cds					67	preprotein translocase subunit SecE

	189197..189400	cds		889	889		68	DUF2674 domain-containing protein
comp	190290..190365	acg		142	142
comp	190508..192814	cds					769	outer membrane protein assembly factor BamA

	255010..255921	cds		732	732		304	methionyl-tRNA formyltransferase
	256654..259439	23s		206			2786
	259646..259760	5s		173	173		115
comp	259934..261007	cds					358	cell division protein ZapE

	291358..291843	cds		35	35		162	30S ribosomal protein S9
	291879..291955	atgj		1364	1364
comp	293320..293805	cds					162	RNA pyrophosphohydrolase

	335194..336996	cds		402	402		601	elongation factor 4
	337399..337473	aac		633	633
comp	338107..338793	cds					229	hp

comp	440466..440933	cds		496	496		156	DUF2155 domain-containing protein
	441430..441504	tgc		31	31
	441536..442456	cds					307	site-specific tyrosine recombinase XerD

comp	469056..469781	cds		218	218		242	3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
	470000..470075	aaa		15		15
	470091..470167	atc		1922	1922
	472090..472662	cds					191	GTP cyclohydrolase I FolE

comp	564534..565562	cds		1530	1530		343	type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
comp	567093..567180	tcc		218	218
comp	567399..568145	cds					249	NTP transferase domain-containing protein

	583250..584149	cds		1278	1278		300	hydroxymethylbilane synthase
comp	585428..585518	tca		58	58
comp	585577..586569	cds					331	tryptophan--tRNA ligase

	598723..599706	cds		26	26		328	polyprenyl synthetase family protein
	599733..599809	cgg		60		60
comp	599870..599944	caa		62	62
comp	600007..601779	cds					591	aminopeptidase P family protein

comp	644357..644745	cds		499	499		130	p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA
	645245..645321	gac	@1	1051		1051
comp	646373..646448	gcc		222	222
comp	646671..647276	cds					202	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP

comp	649389..650048	cds		452	452		220	(d)CMP kinase
	650501..650577	gtc		1274	1274
comp	651852..652094	cds					81	HU family DNA-binding protein

comp	696163..697398	cds		1535	1535		412	tyrosine--tRNA ligase
	698934..699010	cgt		1028	1028
	700039..705720	cds					1894	alpha-2-macroglobulin family protein

comp	727560..728087	cds		1164	1164		176	copper chaperone Pcu(A)C
comp	729252..729326	gca		32	32
comp	729359..729574	cds					72	hp

	739215..740075	cds		181	181		287	TIGR01459 family HAD-type hydrolase
	740257..740343	ctc		246	246
	740590..741960	cds		1199	1199		457	magnesium transporter
	743160..743234	ggc		1090	1090
	744325..744753	cds					143	preprotein translocase subunit YajC

comp	775944..777866	cds		2465	2465		641	hp
comp	780332..781831	16s		1854	1854		1500
comp	783686..785485	cds					600	PAS domain-containing sensor histidine kinase

comp	814590..814823	cds		349	349		78	hp
comp	815173..815248	gta		68	68
comp	815317..815589	cds					91	30S ribosomal protein S20

comp	829300..830484	cds		82	82		395	elongation factor Tu
comp	830567..830640	gga		95		95
comp	830736..830821	tac		183	183
	831005..831733	cds					243	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB

	839841..839969	cds		145	145		43	dimethyladenosine transferase
	840115..840200	tta		2009	2009
	842210..842446	cds					79	hp

comp	876906..877589	cds		401	401		228	7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC
	877991..878067	cac		145	145
	878213..879943	cds					577	ATP-binding cassette domain-containing protein

	918938..919882	cds		951	951		315	ACP S-malonyltransferase
	920834..920925	agc		1945	1945
comp	922871..924049	cds					393	acetyl-CoA C-acetyltransferase

comp	961209..962297	cds		41	41		363	YjgP/YjgQ family permease
comp	962339..962415	atgi		390	390
comp	962806..963273	cds					156	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal

	1023375..1023626	cds		1585	1585		84	BolA family transcriptional regulator
	1025212..1025288	cca		17	17
	1025306..1025521	cds					72	translation initiation factor IF-1

	1053321..1054139	cds		2191	2191		273	alpha/beta hydrolase
comp	1056331..1056407	aga		98	98
	1056506..1056823	cds					106	DUF167 domain-containing protein

comp	1098776..1099240	cds		40	40		155	DNA polymerase III subunit chi
comp	1099281..1099365	cta		145	145
comp	1099511..1100662	cds					384	succinyl-diaminopimelate desuccinylase

comp	1102351..1102980	cds		475	475		210	lipoyl(octanoyl) transferase LipB
comp	1103456..1103530	aca		130	130
comp	1103661..1103996	cds					112	30S ribosomal protein S16

rtb cumuls

Lien tableur: rtb cumuls
Légende
Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1430 et 491

cumuls. rtb.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1		-	1	0	1		100	11	30	0
	23s5s	1	20	1		50	8	40		200	13	60	1
	16s	1	40			100	5	80		300	12	90	9
	16s23s	0	60	1		150	9	120		400	13	120	4
	max a	0	80			200	4	160		500	3	150	2
	a doubles	0	100	1		250	4	200		600	3	180	7
	spéciaux	0	120			300	1	240		700	3	210	3
	total aas	0	140			350	1	280		800	1	240	4
sans	opérons	29	160			400	3	320		900	0	270	3
	1 aa	25	180			450	2	360		1000	0	300	3
	max a	2	200			500	4	400		1100	0	330	5
	a doubles	0		1			21				2		20
	total aas	33		4	0		62		0		61		61
total aas		33
remarques		1
avec jaune			moyenne				612				310
			variance				665				291
sans jaune			moyenne	57			193				269		176
			variance	40			148				176		86

rtb blocs

Lien tableur: rtb blocs

A8. rtb, blocs à rRNA.
cds	732	304	methionyl-tRNA formyltransferase
23s	206	2786
5s	173	115
cds		358	cell division protein ZapE

cds	2465	641	hp
16s	1854	1500
cds		600	PAS domain-containing sensor histidine kinase

rtb remarques

Remarques: Les rickettia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire @1 entre 2 aas de 1051 pbs. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.
- Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 1051 95 60 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le rprésentant de la moyenne dans cette étude.
- Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes
1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 6 aas dont celui avec 1051, et le 16s. Sur ces 14 intercalaires 10 sont supérieurs à 900 et 4 entre 400 et 600 pbs.
2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 4 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs et l'autre inférieur à 300 pbs.
3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 1051. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.
  - 11 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 900 et va jusqu’à 2465 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré et assez courant pour les blocs à rRNAs.
  
  - 3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.
Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds.

				
	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse			Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	337399			ttc	8851
	gac	645245			gta	815173
	gtc	650501			cac	877991
	cgt	698934			atgi	962339
	ggc	743160				
	16s	780332			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	agc	920834			atgf	48988
	:	:			acc	73947
	:	:			tgg	157307
	:	:			cgg-caa	599733
	:	:			gga-tac	830567
	:	:			cta	1099281

Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

Rickettsia prowazekii str. Breinl

rpl opérons

Lien tableur: rpl opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rickettsiales; Rickettsiaceae; Rickettsieae; Rickettsia; typhus group.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A7. Rickettsia prowazekii str. Breinl
29%GC	30.12.19 Paris	33	doubles	intercal	cds	aa	cdsa	protéines
comp	31462..31892	cds		263	263		144	p-preprotein translocase subunit YajC
comp	32156..32181	rpr		870	870		26	tandem
comp	33052..33126	ggc		1253	1253
comp	34380..35750	cds		256	256			magnesium transporter
comp	36007..36093	ctc		190	190
comp	36284..37144	cds					287	TIGR01459 family HAD-type hydrolase

	46825..47040	cds		31	31		72	hp
	47072..47146	gca		1964	1964
	49111..49650	cds					180	copper chaperone Pcu(A)C

comp	71150..76816	cds		933	933		1889	alpha-2-macroglobulin family protein
comp	77750..77826	cgt		1179	1179
	79006..80241	cds					412	tyrosine--tRNA ligase

	121704..121946	cds		984	984		81	HU family DNA-binding protein
comp	122931..123007	gtc		446	446
	123454..124113	cds					220	(d)CMP kinase

	126222..126827	cds		236	236		202	ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
	127064..127139	gcc	@1	830		830
comp	127970..128046	gac		365	365
	128412..128843	cds					144	ribosome-associated translation inhibitor RaiA

	171237..173012	cds		50	50		592	aminopeptidase P family protein
	173063..173137	caa		49		49
comp	173187..173263	cgg		18	18
comp	173282..174265	cds					328	polyprenyl synthetase family protein

	186344..187336	cds		58	58		331	tryptophan--tRNA ligase
	187395..187484	tca		354	354
comp	187839..188738	cds					300	hydroxymethylbilane synthase

	203097..203846	cds		219	219		250	bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase
	204066..204153	tcc		1457	1457
	205611..206639	cds					343	type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase

comp	299321..300853	cds		419	419		511	hp
comp	301273..301349	atc		15		15
comp	301365..301440	aaa		219	219
	301660..302400	cds					247	3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

comp	328700..329635	cds		22	22		312	site-specific tyrosine recombinase XerD
comp	329658..329732	tgc		499	499
	330232..330699	cds					156	DUF2155 domain-containing protein

	429121..429807	cds		723	723		229	hp
comp	430531..430605	aac		359	359
comp	430965..432767	cds					601	elongation factor 4

	473867..474352	cds		928	928		162	RNA pyrophosphohydrolase
comp	475281..475357	atgj		40	40
comp	475398..475883	cds					162	30S ribosomal protein S9

	506934..508007	cds		183	183		358	cell division protein ZapE
comp	508191..508305	5s		240			115
comp	508546..511330	23s		716	716		2785
comp	512047..512958	cds					304	methionyl-tRNA formyltransferase

	577419..579725	cds		138	138		769	outer membrane protein assembly factor BamA
	579864..579939	acg		1026	1179
comp	580966..581169	cds					68	DUF2674 domain-containing protein

comp	612439..612639	cds		143	143		67	preprotein translocase subunit SecE
comp	612783..612858	tgg		143	143
comp	613002..615101	cds					700	elongation factor G

comp	656226..656870	cds		296	296		215	YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein
comp	657167..657243	atgf		119	119
comp	657363..657599	cds					79	50S ribosomal protein L31

comp	678911..679213	cds		19	19		101	preprotein translocase subunit SecG
comp	679233..679307	acc		159	159
comp	679467..680723	cds					419	MFS transporter

comp	746326..746529	cds		1664	1664		68	hp
comp	748194..748268	gaa		109	109
comp	748378..749421	cds					348	autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein

comp	756703..757686	cds		363	363		328	tRNA dihydrouridine synthase DusB
	758050..758125	ttc		564	564
	758690..759730	cds					347	UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase

	776202..776537	cds		154	154		112	30S ribosomal protein S16
	776692..776766	aca		467	467
	777234..777863	cds					210	lipoyl(octanoyl) transferase LipB

	779197..780348	cds		140	140		384	succinyl-diaminopimelate desuccinylase
	780489..780573	cta		37	37
	780611..781075	cds					155	DNA polymerase III subunit chi

comp	823242..823559	cds		98	98		106	DUF167 domain-containing protein
	823658..823734	aga		1364	1364
comp	825099..825230	cds					44	hp

comp	854241..854456	cds		17	17		72	translation initiation factor IF-1
comp	854474..854550	cca		1573	1573
comp	856124..856357	cds					78	BolA family transcriptional regulator

	915034..915501	cds		391	391		156	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
	915893..915969	atgi		41	41
	916011..917099	cds					363	YjgP/YjgQ family permease

	953564..954742	cds		696	696		393	acetyl-CoA C-acetyltransferase
comp	955439..955530	agc		898	898
comp	956429..957373	cds					315	ACP S-malonyltransferase

comp	1009435..1011165	cds		142	142		577	ATP-binding cassette domain-containing protein
comp	1011308..1011384	cac		346	346
	1011731..1012414	cds					228	7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC

comp	1045414..1045656	cds		2381	2381		81	hp
comp	1048038..1048123	tta		135	135
comp	1048259..1048387	cds					43	hp

comp	1056245..1056973	cds		188	188		243	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	1057162..1057247	tac		105		105
	1057353..1057426	gga		82	82
	1057509..1058693	cds					395	elongation factor Tu

	1072391..1072663	cds		62	62		91	30S ribosomal protein S20
	1072726..1072801	gta		1181	1181
comp	1073983..1074648	cds					222	hp

	1102136..1103935	cds		1458	1462		600	PAS domain-containing sensor histidine kinase
	1105394..1106893	16s		1462	1462		1500
	1108356..1109301,1..184	cds					377	P-hp

rpl cumuls

Lien tableur: rpl cumuls
Légende
Notes: moyenne et variance des intercalaires élevés des 21 cds : 1204 et 453

cumuls. rpl.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	2	1		-	1	0	1		100	12	30	0
	23s5s	1	20	1		50	9	40		200	11	60	2
	16s	1	40			100	4	80		300	12	90	9
	16s23s	0	60	1		150	8	120		400	15	120	4
	max a	0	80			200	5	160		500	2	150	2
	a doubles	0	100			250	3	200		600	4	180	6
	spéciaux	0	120	1		300	3	240		700	2	210	2
	total aas	0	140			350	1	280		800	1	240	5
sans	opérons	29	160			400	5	320		900	0	270	3
	1 aa	25	180			450	2	360		1000	0	300	2
	max a	2	200			500	2	400		1100	0	330	5
	a doubles	0		1			21				1		20
	total aas	33		4	0		63		0		60		60
total aas		33
remarques		1
avec jaune			moyenne				528				293
			variance				558				271
sans jaune			moyenne	56			191				243		172
			variance	45			140				145		89

rpl blocs

Lien tableur: rpl blocs

A7. rpl, blocs à rRNA.
cds	183	358	cell division protein ZapE
5s	240	115
23s	716	2785
cds		304	methionyl-tRNA formyltransferase

cds	1458	600	PAS domain-containing sensor histidine kinase
16s	1462	1500
cds		377	P-hp

rpl remarques

Remarques: Les rickettsia, rtb et rpl, présentent de nombreux intercalaires très élevés. D’où cet intercalaire entre 2 aas de 830 pbs. La phylogénie très forte entre ces 2 génomes donne des blocs analogues mais avec des intercalaires différents. Ici les intercalaires élevés sont atténués. Je détaille ici les intercalaires du tableau des cumuls.
- Les intercalaires entre aas: Il y a quatre intercalaires de ce type, 830 105 49 15. A part le 1er les 3 autres sont courants dans cette étude et seulement le dernier est le représentant de la moyenne dans cette étude.
- Les intercalaires avec un cds. Les 31 blocs de ce génomes se répartissent en 3 groupes
1. Les RNAs complètement isolés, les 2 intercalaires du bloc sont supérieurs à 400 pbs. Il y a 7 aas dont celui avec 830, et le 16s. Ici aac, gac et ttc ont l’intercalaire mineur à peine inférieur à 400. Sur ces 16 intercalaires 9 sont supérieurs à 800 et 7 entre 360 et 700 pbs.
2. Les tRNAs proches de leurs 2 cds. Il y a 6 aas dont les 2 intercalaires sont inférieurs à 300 pbs et 3 aas dont au moins un des 2 intercalaires est entre 300 et 400 pbs.
3. Il reste 14 blocs dont le 23s5s, auxquels il faut ajouter l’aa gcc voisin du gac isolé par 830. Ces blocs sont très polarisés, leurs 2 intercalaires sont très dissymétriques.
  10 aas ont leur intercalaire majeur supérieur à 800 et va jusqu’à 2381 pbs. Le 23s5s a un intercalaire majeur modéré, 723, assez courant pour les blocs à rRNAs.
  
  3 aas ont leur intercalaire majeur de 450 pbs environ.
Les blocs isolés et les blocs entourés par 2 cds

	Blocs à RNAs isolés par 2 intercalaires de plus de 400 pbs.					
	bloc	adresse	intercalaire	Blocs entourés par 2 intercalaires de 300 à 400 pbs	
	aac	430531	723-359		cac	1011308
	gac	127064	830-365		atgi	915893
	gtc	122931			tca	187395
	cgt	77750				
	ggc	33052			Blocs entourés par 2 intercalaires inférieurs à 300 pbs	
	16s	1105394			atgf	657167
	agc	955439			acc	679233
	ttc	758050	564-363		tgg	612783
	:	:			cgg-caa	173063
	:	:			gga-tac	1057162
	:	:			cta	780489

Les séquences des doubles: Il n'y a aucun double dans ce génome

Rhodospirillum photometricum DSM 122

rpm opérons

Lien tableur: rpm opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Pararhodospirillum.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A5. Rhodospirillum photometricum DSM 122
64.7%GC	26.12.19 Paris	95	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
comp	3322..4194	cds		30	30			291	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
comp	4225..4821	23s°	@1	196				595
comp	5018..5093	gca		182
comp	5276..5684	16s°		38	38			407
	5723..6664	cds						314	SEL1-like repeat protein

comp <	12458..13198	cds		242	242			247	p-transposase
comp	13441..13555	5s	@2	72				113
comp	13628..13880	23s°		-7	-7			251
comp	13874..15127	cds						418	hp

	21325..22362	cds		586	586			346	hp
	22949..23237	16s°		85	85			287
comp	23323..23490	cds						56	hp

comp	24015..24287	cds		250	250			91	TraYdomain-containingprotein
comp	24538..24652	5s		71				113
comp	24724..27490	23s		212				2765
comp	27703..27779	atc		112
comp	27892..28378	16s°		18	18			485
<>	28397..29119	cds						241	p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein

comp	32782..33759	cds		190	190			326	glycosyltransferase
	33950..34357	16s°		112				406
	34470..34546	atc		216
	34763..35591	23s°		44				827
comp	35636..35750	5s		72				113
comp	35823..38589	23s		215				2765
comp	38805..38881	atc		112
comp	38994..40502	16s		260				1507
comp	40763..42629	23s°		-15				1865
	42615..42903	16s°		112				287
	43016..43092	atc		213
	43306..44132	23s°		-1				825
comp	44132..44835	23s°		-5	-5			702
	44831..45121	cds						97	hp

<	45496..45768	cds		553	553			91	p-glycosyl transferase family 1
	46322..47040	16s°		0	0			717
comp	47041..47433	cds						131	winged helix-turn-helix domain-containing protein

comp	49761..51017	cds		128	128			419	glycosyltransferase
comp	51146..51221	23s°		214				74
comp	51436..51512	atc		112
comp	51625..52017	16s°		-7				391
	52011..52881	23s°		106	106			869
	52988..53464	cds		-37	-37			159	hp
>	53428..53694	cds		86	86			89	p-glycosyltransferase
comp	53781..54709	23s°		26				927
	54736..54898	16s°		112				161
	55011..55087	atc		216
	55304..55741	23s°		438	438			436
	56180..56440	cds						87	hp

comp	82891..83088	cds		116	116			66	preprotein translocase subunit SecE
comp	83205..83280	tgg		199	199
>comp	83480..84178	cds						233	p-elongation factor Tu

	417242..417412	cds		142	142			57	tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase
	417555..417631	atgj	+	24		24
	417656..417732	atgj	2 atgj	38	38
comp	417771..418796	cds						342	tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG

	434306..435142	cds		512	512			279	CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
	435655..435842	16s°		-6				186
	435837..436075	23s°		72				237
	436148..436262	5s		51				113
	436314..436390	atgf		196	196
	436587..436883	cds						99	hp

comp	467261..468370	cds		167	167			370	3-isopropylmalate dehydrogenase
	468538..468667	23s°		72				128
	468740..468854	5s		51				113
	468906..468982	atgf		125	125
	469108..469863	cds						252	SAM-dependent chlorinase/fluorinase

comp	534521..536161	cds		367	367			547	glucose-6-phosphate isomerase
	536529..536603	acg		92	92
comp	536696..537778	cds						361	tyrosine-type recombinase/integrase

comp	658467..658931	cds		110	110			155	GNAT family N-acetyltransferase
comp	659042..659116	gtc		155	155
	659272..660159	cds		106	106			296	N-formylglutamate amidohydrolase
	660266..660340	gtc		648	648
comp	660989..661800	cds						271	p-N-formylglutamate amidohydrolase

comp	684188..685141	cds		323	323			318	cation transporter
comp	685465..685539	gtg	+	25		25
comp	685565..685639	gtg	2 gtg	195	195
	685835..686251	cds						139	NUDIX hydrolase

comp	691078..691773	cds		4	4			232	ComF family protein
	691778..691897	23s°		72				118
	691970..692084	5s		114	114			113
comp	692199..694505	cds						769	VWA domain-containing protein

	750262..751398	cds		161	161			379	[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
comp	751560..751674	5s		72				113
comp	751747..752005	23s°		597	597			257
	752603..752814	rpr	@4	388	388			21	CRISPR
	753203..753760	cds						186	hp

comp	839981..840214	cds		4	4			78	hp
comp	840219..840478	16s°		568	568			258
comp	841047..844388	cds						1114	response regulator

	874585..875391	cds		88	88			269	phosphoadenylyl-sulfate reductase
	875480..875556	cac		81	81
	875638..876117	cds						160	CreA family protein

	885688..886299	cds		176	176			204	LysE family translocator
	886476..886552	ccc		144	144
comp	886697..887233	cds						179	helix-turn-helix transcriptional regulator

	932708..934243	cds		93	93			512	Fic family protein
comp	934337..934413	cgt	+	35		35
comp	934449..934525	cgt	3 cgt	44		44
comp	934570..934646	cgt		449	449
	935096..936175	cds						360	hp

comp	978995..979396	cds		138	138			134	MFS transporter
comp	979535..979609	ggc	+	23		23
comp	979633..979707	ggc	4 ggc	45		45
comp	979753..979827	ggc		29		29
comp	979857..979931	ggc		206	206
	980138..981679	cds						514	murein biosynthesis integral membrane protein MurJ

	997575..997898	cds		95	95			108	DUF1476 domain-containing protein
comp	997994..998067	cag	+	54		54
comp	998122..998195	cag	2 cag	168	168
	998364..999509	cds						382	Ppx/GppA family phosphatase

	1050081..1051028	cds		60	60			316	NnrS family protein
comp	1051089..1051163	acc	+	16		16
comp	1051180..1051254	acc	3 acc	18		18
comp	1051273..1051347	acc		170	170
comp	1051518..1053305	cds						596	EAL domain-containing protein

	1197836..1199341	cds		197	197			502	aldehyde dehydrogenase
	1199539..1199623	cta		126	126
	1199750..1201090	cds						447	trigger factor

	1206196..1206501	cds		93	93			102	HU family DNA-binding protein
	1206595..1206670	gta		50	50
	1206721..1207092	cds						124	hp

	1213113..1214459	cds		210	210			449	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
comp	1214670..1214874	16s°		600	600			203
comp	1215475..1216716	cds						414	polyphosphate kinase

comp	1349719..1350132	cds		109	109			138	NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
comp	1350242..1350608	23s°		212				365
comp	1350821..1350897	atc		115
comp	1351013..1351438	16s°		23	23			424
< comp	1351462..1352160	cds						233	p-tetratricopeptide repeat protein

	1359745..1360302	cds		176	176			186	hp
	1360479..1360555	gac	+	37		37
	1360593..1360669	gac	2 gac	274	274
	1360944..1361204	cds						87	hp

	1416615..1417769	cds		214	214			385	glycosyltransferase family 61 protein
	1417984..1418074	tcc		154	154
comp	1418229..1419095	cds						289	LysR family transcriptional regulator

comp	1472421..1473403	cds		250	250			328	biotin synthase BioB
comp	1473654..1473740	ttg		77	77
comp	1473818..1474678	cds						287	homocysteine S-methyltransferase family protein

comp	1735298..1736380	cds		209	209			361	DUF262 domain-containing protein
	1736590..1736859	23s°		72				268
	1736932..1737046	5s		52				113
	1737099..1737175	atgf		93	93
comp	1737269..1737694	cds						142	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin

comp	1812365..1813924	cds		894	894			520	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
	1814819..1815040	16s°		-7	-7			222
<comp	1815034..1815837	cds		80	80			268	p-elongation factor Tu
comp	1815918..1815991	gga		34			34
comp	1816026..1816111	tac		144	144
	1816256..1817143	cds						296	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB

comp	1833109..1833603	cds		83	83			165	MBL fold metallo-hydrolase
comp	1833687..1833762	aag	+	24		24
comp	1833787..1833862	aag	2 aag	198	198
comp	1834061..1835224	cds						388	rod shape-determining protein RodA

>	1941413..1943059	cds		-30	-30			549	p-recombinase family protein
comp	1943030..1943121	agc		160	160
comp	1943282..1944133	cds						284	FAD-dependent thymidylate synthase

comp	2087696..2090938	cds		705	705			1081	PAS domain-containing protein
	2091644..2091826	16s°		7	7			181
	2091834..2092247	cds						138	hp

comp	2095044..2095490	cds		48	48			149	hp
comp	2095539..2095733	16s°		614	614			193
comp	2096348..2097337	cds						330	trypsin-like serine protease

comp	2113248..2114603	cds		219	219			452	hp
comp	2114823..2114899	aga		55	55
comp	2114955..2115251	cds		71	71			99	ETC complex I subunit
comp	2115323..2115399	cca		261	261
comp	2115661..2115960	cds						100	hp

comp	2144042..2146288	cds		308	308			749	HAMP domain-containing protein
	2146597..2147256	23s°		72				658
	2147329..2147443	5s		52				113
	2147496..2147572	atgf		645	645
comp	2148218..2148664	cds						149	hp

	2268003..2268461	cds		87	87			153	23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH
comp	2268549..2268625	ccg	+	165		165
comp	2268791..2268867	ccg	2 ccg	56	56
comp	2268924..2269910	cds						329	farnesyltranstransferase

comp	2321621..2322145	cds		332	332			175	hp
	2322478..2322554	ccc		225	225
	2322780..2322974	cds						65	hp

comp	2393295..2396009	cds	@3	1003	1003			905	CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
	2397013..2397919	16s°		2	2			905
	2397922..2400888	cds						989	hp

comp	2517845..2520559	cds		229	229			905	phosphoenolpyruvate carboxylase
comp	2520789..2520903	5s		72				113
comp	2520976..2521339	23s°		189	189			362
comp	2521529..2522152	cds						208	3-isopropylmalate dehydratase small subunit

comp	2596508..2596738	cds		989	989			77	motility twitching protein PilT
comp	2597728..2597815	tca		194	194
	2598010..2599204	cds						398	hp

comp	2621435..2622058	cds		106	106			208	helix-turn-helix transcriptional regulator
comp	2622165..2622251	ctc		202	202
	2622454..2623107	cds						218	lipoyl(octanoyl) transferase LipB

	2631201..2631554	cds		192	192			118	hp
	2631747..2631822	gcc	+	70		70
	2631893..2631968	gcc	4 gcc	69		69
	2632038..2632113	gcc		57		57
	2632171..2632246	gcc		166	166
<	2632413..2632965	cds		-41	-41			184	p-IS256 family transposase
	2632925..2633473	cds		30	30			183	hp
comp	2633504..2633579	aca		93	93
comp	2633673..2634200	cds		271	271			176	N-acetyltransferase
comp	2634472..2634561	tcg		155	155
	2634717..2635742	cds						342	hp

comp	2655872..2656489	cds		182	182			206	YitT family protein
comp	2656672..2656747	gag		141	141
comp	2656889..2657674	cds						262	MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein

	2758160..2758312	cds		110	110			51	light-harvesting protein
comp	2758423..2758509	tta		94	94
comp	2758604..2759899	cds						432	bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase

>	2768823..2769518	cds		-12	-12			232	methyltransferase
	2769507..2769776	23s°		71				268
	2769848..2769962	5s		118	118			113
comp	2770081..2771016	cds						312	tetratricopeptide repeat protein

	2792922..2794778	cds		129	129			619	glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB
	2794908..2794982	caa		92	92
comp	2795075..2795686	cds						204	hp

	2862755..2862982	cds		123	123			76	hp
	2863106..2863182	cca		117		117
	2863300..2863374	atgi		373		373
	2863748..2863823	gca		157		157
	2863981..2864056	aca		15
	2864072..2864317	cds		8				82	DUF2829 domain-containing protein
	2864326..2864401	aaa		250	250
>	2864652..2865041	cds						130	p-hp

	2867066..2868112	cds		76	76			349	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	2868189..2868264	aaa		99	99
comp	2868364..2868870	cds						169	peptidylprolyl isomerase

	2893891..2894430	cds		25	25			180	phage portal protein
	2894456..2894570	5s		51				113
	2894622..2894698	atgf		285	285
	2894984..2895400	cds						139	p-hp

comp	3034652..3035092	cds		250	250			147	hp
comp	3035343..3035418	aaa		8	8
comp	3035427..3035986	cds						187	DUF2829 domain-containing protein

comp	3305068..3306534	cds		379	379			489	S8 family serine peptidase
comp	3306914..3306989	ttc	+	29		29
comp	3307019..3307094	ttc	4 ttc	34		34
comp	3307129..3307204	ttc		33		33
comp	3307238..3307313	ttc		60	60
comp	3307374..3308864	cds						497	RimK family protein

comp	3332977..3334356	cds		54	54			460	type II secretion system protein
	3334411..3334487	cgg		176	176
< comp	3334664..3335983	cds						440	p-hp

	3408217..3409026	cds		91	91			270	hp
comp	3409118..3409232	5s		71				113
comp	3409304..3409410	23s°		1	1			105
<	3409412..3409711	cds						100	p-IS5/IS1182 family transposase

comp	3456276..3461666	cds	@5	387	387			1797	alpha-2-macroglobulin family protein
	3462054..3462130	agg		29	29
	3462160..3462951	cds						264	amino acid ABC transporter substrate-binding protein

comp	3500025..3500675	cds		210	210			217	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
	3500886..3500959	tgc	+	27		27
	3500987..3501061	aac	2 aac	31		31
	3501093..3501167	aac		84	84
comp	3501252..3501659	cds						136	hp

	3639978..3641276	cds		172	172			433	outer membrane efflux protein
	3641449..3641525	gcg	+	70		70
	3641596..3641671	gcg	3 gcg	33		33
	3641705..3641780	gcg		389	389
	3642170..3644392	cds						741	sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator

	3651524..3652711	cds		55	55			396	aminotransferase
	3652767..3652843	cac		202	202
<comp	3653046..3653543	cds						166	arsenical-resistance protein

	3710072..3710840	cds		126	126			256	TonB family protein
comp	3710967..3711042	gaa	+	214		214
comp	3711257..3711332	gaa	2 gaa	125	125
comp	3711458..3711664	cds						69	cold-shock protein

comp	3727874..3729085	cds		828	828			404	hp
	3729914..3730068	16s°		87	87			153
	3730156..3730545	cds						130	hp

comp	3804728..3805231	cds		118	118			168	response regulator
comp	3805350..3805425	gag		241	241
comp	3805667..3806140	cds						158	transcription elongation factor GreA

	3813820..3815895	cds		138	138			692	RNA polymerase sigma factor RpoD
	3816034..3816109	atgi		94	94
	3816204..3818993	cds						930	diguanylate cyclase

comp	3827982..3828878	cds		90	90			299	phosphoserine phosphatase SerB
comp	3828969..3829042	ggg		292	292
	3829335..3830670	cds						445	chemotaxis protein

comp	3832305..3833264	cds		311	311			320	complex I NDUFA9 subunit family protein
	3833576..3833662	ctg	+	47		47
	3833710..3833796	ctg	5 ctg	153		153
	3833950..3834036	ctg		48		48
	3834085..3834171	ctg		47		47
	3834219..3834305	ctg		113	113
	3834419..3835039	cds						207	ribonuclease D

rpm cumuls

Lien tableur: rpm cumuls

cumuls. rpm.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	27	1	0		1	9	1		100	20	1	0
	16s°atc23s°	7	20	2		50	15	40		200	35	30	0
	16s°gca23s°	1	40	13		100	30	80		300	30	60	3
	16s°23s°	1	60	7		150	24	120		400	23	90	10
	max a	2	80	3		200	23	160		500	14	120	10
	a doubles	0	100	0		250	16	200		600	7	150	14
	spéciaux	18	120	1		300	5	240		700	2	180	13
	total aas	15	140	0		350	4	280		800	3	210	11
sans	opérons	46	160	2		400	5	320		900	0	240	6
	1 aa	30	180	1		450	2	360		1000	4	270	9
	max a	5	200	0		500	0	400		1100	1	300	9
	a doubles	15		2			14				2		56
	total aas	77		31	0		147		0		141		141
total aas		92
remarques		5
avec jaune			moyenne	69			194				310
			variance	75			197				248
sans jaune			moyenne	39			147				252		170
			variance	16			112				134		71

rpm blocs

rpm blocs protéines

Lien tableur: rpm blocs protéines
Note:
- hp pour hypothetical protein

- p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.

A5p. rpm, protéines.
abrégé	nom
23s	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
3-isop	3-isopropylmalate dehydrogenase
3-isop-sub	3-isopropylmalate dehydratase small subunit
acetyl	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit
cas3	CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3
CDP	CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase
ComF	ComF family protein
CRISPR	CRISPR
DUF262	DUF262 domain-containing protein
FeFe	[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE
glyco	glycosyltransferase
HAMP	HAMP domain-containing protein
LysM	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein
methyl	methyltransferase
NAD	NAD(P) transhydrogenase subunit alpha
p-elon	p-elongation factor Tu
p-EscV	p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein
p-glyco	p-glycosyltransferase
P-glyco1	p-glycosyl transferase family 1
p-IS5	p-IS5/IS1182 family transposase
p-tetra	p-tetratricopeptide repeat protein
p-trans	p-transposase
PAS	PAS domain-containing protein
peptido	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
phage	phage portal protein
phospho	phosphoenolpyruvate carboxylase
polypho	polyphosphate kinase
respons	response regulator
SAM	SAM-dependent chlorinase/fluorinase
SEL1	SEL1-like repeat protein
tetra	tetratricopeptide repeat protein
TraY	TraY domain-containing protein
trypsin	trypsin-like serine protease
type II	type II toxin-antitoxin system VapC family toxin
VWA	VWA domain-containing protein
winged	winged helix-turn-helix domain-containing protein

rpm blocs construits

Lien tableur: rpm blocs construits
Légende: lien au tableau des protéines, abrégés
- vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cdsa) sont en aas.

- bleu: protéines bien caractérisées alors qu'en clair sont les protéines candidates à la création, hp pour hypothetical protein, p-protéine pour pseudo-protéine et les protéines caractérisées seulement par un domaine comme DUF262 par exemple.

- cyan: Les intercalaires constantes vestiges des blocs complets représentés par l'unique bloc contenant le 16s avec les intercalaires 71 pour 5s-23s, 212 pour 23s-atc, 112 pour atc-16s et 52 dans le cas de 5s-atgf.

- gris: Je ne considère ici que les protéines créées à l'intérieur d'un bloc rRNA. Les protéines non canditates à la création sont en bleu, voir ci-dessus le bleu, mais la reconstruction des blocs détruits m'a obligé à considérer des protéines internes au bloc, bien caractérisées non candiates à la création. Aussi je n'ai conservé que les plus petites, metyl adresse 2768823, 3-isop-sub adresse 2521529 et glyco adresse 49761. La reconstruction ne m'a pas permis de faire de grands blocs pour 4 clusters listés à la fin des 2 derniers tableaux en gris. Ces clusters sont restés parce qu'ils mettraient des protéines non candidates en intra bloc avec de grande taille.
Notes: Il faut noter que théoriquement, pour cet organisme où la destruction des blocs est spéctaculaire, les protéines créées pourraient être aussi grande que le 23s en paires de base, 2765 soit 900 aas à peu près. C'est ce que j'ai suggéré en plaçant le 16s° contenant 1 grosse protéine candidate pour la création parce qu'elle est hypothétique dans le reconstruction du bloc b10, cas3-16s°-hp, 905-16s°-989. La même situation est reproduite dans le bloc b9 avec PAS-16s°-hp, 1081-16s°-138.

A5b. rpm blocs et leur réorganisation.

A5b1. 9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca
sens	adresse	bloc	interca	cdsa	protéine	rRNA°	ordre
	21325..22362	cds	586	346	hp	1493
	22949..23237	16s°	85	287
comp	23323..23490	cds		56	hp		b3
					abrégés
<	45496..45768	cds	553	91	p-glyco1	1383
	46322..47040	16s°	0	717
comp	47041..47433	cds		131	winged		b4
					abrégés
comp	839981..840214	cds	4	78	hp	492
comp	840219..840478	16s°	568	258
comp	841047..844388	cds		1114	respons		b7
					abrégés
	1213113..1214459	cds	210	449	acetyl	1445
comp	1214670..1214874	16s°	600	203
comp	1215475..1216716	cds		414	polypho
					abrégés
comp	1812365..1813924	cds	894	520	peptido	1026
	1814819..1815040	16s°	-7	222
<comp	1815034..1815837	cds		268	p-elon		b5
					abrégés
comp	2087696..2090938	cds	705	1081	PAS	595
	2091644..2091826	16s°	7	181
	2091834..2092247	cds		138	hp		b9
					abrégés
comp	2095044..2095490	cds	48	149	hp	640
comp	2095539..2095733	16s°	614	193
comp	2096348..2097337	cds		330	trypsin		b8
					abrégés
comp	2393295..2396009	cds	1003	905	cas3
	2397013..2397919	16s°	2	905		905
	2397922..2400888	cds		989	hp		b10
					abrégés
comp	3727874..3729085	cds	828	404	hp	1755
	3729914..3730068	16s°	87	153
	3730156..3730545	cds		130	hp		b2
					abrégés
	434306..435142	cds	512	279	CDP
	435655..435842	16s°	-6	186		1023
					abrégés
comp	3322..4194	cds	30	291	LysM
comp	4225..4821	23s°	196	595		1468
comp	5018..5093	gca	182
comp	5276..5684	16s°	38	407
	5723..6664	cds		314	SEL1		b6
					abrégés
comp	32782..33759	cds	190	326	glyco
	33950..34357	16s°	112	406
	34470..34546	atc	216
	34763..35591	23s°	44	827		827	b7
comp	35636..35750	5s	72	113
comp	35823..38589	23s	215	2765
comp	38805..38881	atc	112
comp	38994..40502	16s	260	1507			b0
comp	40763..42629	23s°	-15	1865		1865	b4
	42615..42903	16s°	112	287
	43016..43092	atc	213
	43306..44132	23s°	-1	825		825	b8
comp	44132..44835	23s°	-5	702		993
	44831..45121	cds		97	hp		b5
					abrégés
comp	49761..51017	cds	128	419	glyco	1331
comp	51146..51221	23s°	214	74
comp	51436..51512	atc	112
comp	51625..52017	16s°	-7	391			b9
	52011..52881	23s°	106	869		1346
	52988..53464	cds	-37	159	hp
>	53428..53694	cds	86	89	p-glyco
comp	53781..54709	23s°	26	927		1194	b3
	54736..54898	16s°	112	161
	55011..55087	atc	216			697
	55304..55741	23s°	438	436
	56180..56440	cds		87	hp		b10

A5b2. 9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets
sens	adresse	bloc	interca	cdsa	protéine	rRNA°	ordre
comp	13874..15127	cds	-7	418	hp	1505
comp	13628..13880	23s°	72	251
comp	13441..13555	5s	242	113
comp <	12458..13198	cds		247	p-trans		b5
					abrégés
comp	691078..691773	cds	4	232	ComF	814
	691778..691897	23s°	72	118
	691970..692084	5s	114	113
comp	692199..694505	cds		769	VWA		b9
					abrégés
	753203..753760	cds	388	186	hp	1028
	752603..752814	rpr	597	71	CRISPR
comp	751747..752005	23s°	72	257
comp	751560..751674	5s	161	113
	750262..751398	cds		379	FeFe		b8
					abrégés
comp	2521529..2522152	cds	189	208	3-isop-sub	986
comp	2520976..2521339	23s°	72	362
comp	2520789..2520903	5s	229	113
comp	2517845..2520559	cds		905	phospho		b7
					abrégés
>	2768823..2769518	cds	-12	232	methyl	964
	2769507..2769776	23s°	71	268
	2769848..2769962	5s	118	113
comp	2770081..2771016	cds		312	tetra		b6
					abrégés
<	3409412..3409711	cds	1	100	p-IS5	405
comp	3409304..3409410	23s°	71	105
comp	3409118..3409232	5s	91	113
	3408217..3409026	cds		270	hp		b4
					abrégés
comp	467261..468370	cds	167	370	3-isop	1238
	468538..468667	23s°	72	128
	468740..468854	5s	51	113
	468906..468982	atgf	125
	469108..469863	cds		252	SAM
					abrégés
comp	1735298..1736380	cds	209	361	DUF262	1351
	1736590..1736859	23s°	72	268
	1736932..1737046	5s	52	113
	1737099..1737175	atgf	93
comp	1737269..1737694	cds		142	type II		b10
					abrégés
comp	2144042..2146288	cds	308	749	HAMP	2905
	2146597..2147256	23s°	72	658
	2147329..2147443	5s	52	113
	2147496..2147572	atgf	645
comp	2148218..2148664	cds		149	hp		b2
					abrégés
comp	24015..24287	cds	250	91	TraY
comp	24538..24652	5s	71	113
comp	24724..27490	23s	212	2765
comp	27703..27779	atc	112
comp	27892..28378	16s°	18	485
<>	28397..29119	cds		241	p-EscV		b1
					abrégés
comp	35636..35750	5s	72	113
comp	35823..38589	23s	215	2765
comp	38805..38881	atc	112
comp	38994..40502	16s	260	1507			b0
					abrégés
	434306..435142	cds	512	279	CDP
	435655..435842	16s°	-6	186		1023
	435837..436075	23s°	72	237
	436148..436262	5s	51	113		237
	436314..436390	atgf	196
	436587..436883	cds		99	hp		b3
					abrégés
	2893891..2894430	cds	25	180	phage
	2894456..2894570	5s	51	113		540
	2894622..2894698	atgf	285
	2894984..2895400	cds		139	p-hp

A5b3. Fait: 4 blocs sans aas
sens	adresse	bloc	interca	cdsa	protéine	rRNA°	ordre
comp	35636..35750	5s	72	113			b0
comp	35823..38589	23s	215	2765		2765
comp	38805..38881	atc	112
comp	38994..40502	16s	260	1507		1507
					abrégés
comp	24015..24287	cds	250	91	TraY		b1
comp	24538..24652	5s	71	113
comp	24724..27490	23s	212	2765		2765
comp	27703..27779	atc	112
comp	27892..28378	16s°	18	485		1208
<>	28397..29119	cds		241	p-EscV
					abrégés
comp	3727874..3729085	cds	828	404	hp	1755	b2
	3729914..3730068	16s°	87	153		1365
	3730156..3730545	cds		130	hp
comp	2144042..2146288	cds	308	749	HAMP
	2146597..2147256	23s°	72	658
	2147329..2147443	5s	52	113
	2147496..2147572	atgf	645
comp	2148218..2148664	cds		149	hp	2905
					abrégés
	21325..22362	cds	586	346	hp	1493	b3
	22949..23237	16s°	85	287		1325
comp	23323..23490	cds		56	hp
	52011..52881	23s°	106	869		1346
	52988..53464	cds	-37	159	hp
>	53428..53694	cds	86	89	p-glyco
comp	53781..54709	23s°	26	927		1194
	435837..436075	23s°	72	237		237
	436148..436262	5s	51	113
	436314..436390	atgf	196
	436587..436883	cds		99	hp	2777
					abrégés
<	45496..45768	cds	553	91	p-glyco1	1383	b4
	46322..47040	16s°	0	717
comp	47041..47433	cds		131	winged
comp	40763..42629	23s°	-15	1865		1865
<	3409412..3409711	cds	1	100	p-IS5
comp	3409304..3409410	23s°	71	105		405
comp	3409118..3409232	5s	91	113
	3408217..3409026	cds		270	hp	2270
					abrégés
comp	1812365..1813924	cds	894	520	peptido		b5
	1814819..1815040	16s°	-7	222		1026
<comp	1815034..1815837	cds		268	p-elon
comp	44132..44835	23s°	-5	702		993
	44831..45121	cds		97	hp
comp	13874..15127	cds	-7	418	hp	1505
comp	13628..13880	23s°	72	251
comp	13441..13555	5s	242	113
comp <	12458..13198	cds		247	p-trans	2498
					abrégés

	2893891..2894430	cds	25	180	phage
	2894456..2894570	5s	51	113		540
	2894622..2894698	atgf	285
	2894984..2895400	cds		139	p-hp
					abrégés
	1213113..1214459	cds	210	449	acetyl	1445
comp	1214670..1214874	16s°	600	203
comp	1215475..1216716	cds		414	polypho
					abrégés
comp	467261..468370	cds	167	370	3-isop	1238
	468538..468667	23s°	72	128
	468740..468854	5s	51	113
	468906..468982	atgf	125
	469108..469863	cds		252	SAM

A5b4. Fait: 5 blocs atc, gca
sens	adresse	bloc	interca	cdsa	protéine	rRNA°	ordre
	5723..6664	cds		314	SEL1	1349	b6
comp	5276..5684	16s°	38	407
comp	5018..5093	gca	182
comp	4225..4821	23s°	196	595
comp	3322..4194	cds	30	291	LysM	1468
>	2768823..2769518	cds	-12	232	methyl	964
	2769507..2769776	23s°	71	268
	2769848..2769962	5s	118	113
comp	2770081..2771016	cds		312	tetra	2432
					abrégés
comp	841047..844388	cds		1114	respons	898	b7
comp	840219..840478	16s°	568	258		492
comp	839981..840214	cds	4	78	hp
comp	32782..33759	cds	190	326	glyco
	33950..34357	16s°	112	406		406
	34470..34546	atc	216
	34763..35591	23s°	44	827		827
comp	2521529..2522152	cds	189	208	3-isop-sub	986
comp	2520976..2521339	23s°	72	362
comp	2520789..2520903	5s	229	113		1238
comp	2517845..2520559	cds		905	phospho	1813
					abrégés

comp	2096348..2097337	cds		330	trypsin	927	b8
comp	2095539..2095733	16s°	614	193		640
comp	2095044..2095490	cds	48	149	hp
	42615..42903	16s°	112	287		287
	43016..43092	atc	213
	43306..44132	23s°	-1	825		825
	753203..753760	cds	388	186	hp
	752603..752814	rpr	597	71	CRISPR	1028
comp	751747..752005	23s°	72	257
comp	751560..751674	5s	161	113
	750262..751398	cds		379	FeFe	1853
					abrégés
comp	2087696..2090938	cds	705	1081	PAS	986	b9
	2091644..2091826	16s°	7	181		595
	2091834..2092247	cds		138	hp
comp	51625..52017	16s°	-7	391		391
comp	51436..51512	atc	112
comp	51146..51221	23s°	214	74
comp	49761..51017	cds	128	419	glyco	1331
comp	691078..691773	cds	4	232	ComF
	691778..691897	23s°	72	118		814
	691970..692084	5s	114	113
comp	692199..694505	cds		769	VWA	2145
					abrégés
comp	2393295..2396009	cds	1003	905	cas3	1066	b10
	2397013..2397919	16s°	2	905		905
	2397922..2400888	cds		989	hp
	54736..54898	16s°	112	161		161
	55011..55087	atc	216
	55304..55741	23s°	438	436
	56180..56440	cds		87	hp	697
comp	1735298..1736380	cds	209	361	DUF262	1351
	1736590..1736859	23s°	72	268
	1736932..1737046	5s	52	113
	1737099..1737175	atgf	93
comp	1737269..1737694	cds		142	type II	2048
					abrégés

	434306..435142	cds	512	279	CDP
	435655..435842	16s°	-6	186		1023
	435837..436075	23s°	72	237
	436148..436262	5s	51	113		237
	436314..436390	atgf	196
	436587..436883	cds		99	hp

rpm remarques

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170

rru opérons

Lien tableur: rru opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Rhodospirillum.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A4. Rhodospirillum rubrum ATCC 11170
64.97%GC	26.12.19 Paris	55	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
chromosome
comp	16232..16852	cds		163	163			207	3'-5' exonuclease
comp	17016..17102	ctg		253	253
	17356..18378	cds						341	3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase

	117072..117287	cds		37	37			72	slyX
comp	117325..117401	agg		341	341
	117743..123022	cds						1760	alpha-2-macroglobulin-like protein

comp	149921..151015	cds		225	225			365	hp
	151241..151317	cgg		136	136
comp	151454..152929	cds						492	chemotaxis sensory transducer protein

	189941..191668	cds		859	859			576	sulfate transporter/antisigma-factor antagonist
	192528..194004	16s		184				1477
	194189..194265	atc		66			66
	194332..194407	gca		362
	194770..197527	23s		119				2758
	197647..197761	5s		96				115
	197858..197934	atgf		287	287
comp	198222..198455	cds						78	hp

comp	305449..306648	cds		257	257			400	Ppx/GppA phosphatase
	306906..306979	cag		319	319
comp	307299..308303	cds						335	LacI family transcriptional regulator

comp	322896..323807	cds		292	292			304	hp
comp	324100..324174	caa		98	98
comp	324273..325601	cds						443	chemotaxis sensory transducer protein

	362552..362881	cds		224	224			110	hp
	363106..363181	gcc	+	202		202
	363384..363459	gcc	2 gcc	43	43
comp	363503..364531	cds						343	esterase

	407067..407606	cds		92	92			180	YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	407699..407790	agc		141	141
	407932..408774	cds						281	hp

	466945..467925	cds		115	115			327	hp
comp	468041..468126	tta		83	83
comp	468210..468458	cds						83	hp

comp	559038..559610	cds		86	86			191	OsmC-like protein
	559697..559772	aag		140	140
	559913..560608	cds						232	hp

comp	794877..795188	cds		-81	-81			104	hp
comp	795108..795188	Sig-pep		217	217			27	hp
	795406..795496	tcc		44	44
	795541..795846	cds						102	hp

comp	908584..910185	cds		-102	-102			534	peptidase M23B
comp	910084..910185	Sig-pep	@1	1212	1212			34	hp
	911398..912874	16s		182				1477
	913057..913133	atc		66			66
	913200..913275	gca		361
	913637..916394	23s		118				2758
	916513..916627	5s		95				115
	916723..916799	atgf		573	573
	917373..921860	cds						1496	hp

	1159249..1160091	cds		71	71			281	Linocin_M18 bacteriocin protein
	1160163..1160238	gag		117	117
	1160356..1160613	cds						86	prevent-host-death protein

comp	1464820..1465122	cds		283	283			101	50S ribosomal protein L21
	1465406..1465495	tcg		139	139
comp	1465635..1466303	cds						223	cytochrome B561

	1791953..1792159	cds		116	116			69	hp
comp	1792276..1792351	gaa		131	131
comp	1792483..1792689	cds						69	cold-shock DNA-binding protein family protein

	1824302..1825738	cds		98	98			479	malonyl-CoA decarboxylase
	1825837..1825921	cta		102	102
	1826024..1827415	cds						464	trigger factor

	1833133..1833408	cds		284	284			92	histone-like DNA-binding protein
	1833693..1833768	gta		70	70
comp	1833839..1835326	cds						496	methyl-accepting chemotaxis sensory transducer

	1933506..1934138	cds		-633	-633			211	hp
	1933506..1933652	Sig-pep		571	571			49	hp
	1934224..1934300	cca		63	63
	1934364..1934663	cds		12	12			100	ETC complex I subunit region
	1934676..1934752	aga		396	396
	1935149..1939624	cds						1492	hp

	1959133..1959858	cds		175	175			242	MerR family transcriptional regulator
	1960034..1960110	ccc	@2	1062	1062
	1961173..1961367	cds						65	hp

comp	1996760..1998124	cds		-120	-120			455	lytic murein transglycosylase
comp	1998005..1998124	Sig-pep		119	119			40	hp
	1998244..1998333	tca		927	927
comp	1999261..1999929	cds						223	hp

	2032027..2032863	cds		123	123			279	phage integrase
comp	2032987..2033062	aaa		186	186
comp	2033249..2033755	cds						169	peptidyl-prolyl isomerase

comp	2093327..2093977	cds		295	295			217	protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase
	2094273..2094346	tgc		81		81
	2094428..2094502	aac		150	150
	2094653..2094916	cds						88	prevent-host-death protein

comp	2304404..2305834	cds		89	89			477	divalent cation transporter
comp	2305924..2306010	ctc		178	178
	2306189..2306839	cds						217	lipoate-protein ligase B

	2331183..2331521	cds		73	73			113	hp
	2331595..2331671	atgj		126	126
comp	2331798..2332040	cds						81	hp

comp	2411337..2411804	cds		-72	-72			156	CreA
comp	2411733..2411804	Sig-pep		202	202			24	hp
comp	2412007..2412083	cac		75	75
comp	2412159..2413343	cds						395	hp

	2729598..2731271	cds		449	449			558	macrocin-O-methyltransferase
comp	2731721..2731797	atgf		95
comp	2731893..2732007	5s		119				115
comp	2732127..2734884	23s		362				2758
comp	2735247..2735322	gca		66			66
comp	2735389..2735465	atc		184
comp	2735650..2737126	16s		606	606			1477
comp	2737733..2738110	cds						126	hp

comp	2959802..2961874	cds		354	354			691	chemotaxis sensory transducer protein
comp	2962229..2962303	gtc		123	123
	2962427..2963359	cds						311	N-formylglutamate amidohydrolase

comp	3124836..3125033	cds		151	151			66	preprotein translocase subunit SecE
comp	3125185..3125260	tgg		343	343
comp	3125604..3126794	cds		93	93			397	elongation factor Tu
comp	3126888..3126961	gga		27		27
comp	3126989..3127074	tac		37	37
	3127112..3128158	cds		57	57			349	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	3128216..3128291	aca		127	127
	3128419..3128652	cds						78	hp

comp	3193350..3194507	cds		430	430			386	acyltransferase
comp	3194938..3195013	ttc		103	103
comp	3195117..3195635	cds						173	hp

	3320745..3322115	cds		-1371	-1371			457	virulence protein
	3320745..3320816	Sig-pep		1389	1389			24	hp
comp	3322206..3322281	atgi		60	60
comp	3322342..3324432	cds						697	RNA polymerase sigma factor RpoD

comp	3377932..3378114	cds		140	140			61	hp
	3378255..3378329	acc	+	165		165
	3378495..3378569	acc	2 acc	237	237
	3378807..3379370	cds		234	234			188	hp
	3379605..3379681	gac		77	77
comp	3379759..3380517	cds						253	diguanylate phosphodiesterase

comp	3399207..3399494	cds		262	262			96	hp
comp	3399757..3399833	ccg		56	56
comp	3399890..3400972	cds						361	farnesyltranstransferase

	3490378..3491148	cds		84	84			257	2-phosphoglycolate phosphatase
	3491233..3491307	gtg		407	407
	3491715..3492080	cds						122	hp

comp	3719367..3719753	cds		163	163			129	hp
comp	3719917..3719990	ggg		95	95
comp	3720086..3720859	cds						258	enoyl-ACP reductase

	3805869..3806813	cds		130	130			315	inner-membrane translocator
comp	3806944..3807058	5s		116				115
comp	3807175..3809932	23s		362				2758
comp	3810295..3810370	gca		66			66
comp	3810437..3810513	atc		184
comp	3810698..3812174	16s		1227	1227			1477
	3813402..3814118	cds						239	transposase

comp	3824154..3825854	cds		76	76			567	phage integrase
comp	3825931..3826007	cgt		387	387
	3826395..3827531	cds						379	hp

	4021982..4023163	cds		27	27			394	diguanylate phosphodiesterase
comp	4023191..4023277	ttg		224	224
	4023502..4023855	cds						118	hp

comp	4058818..4059117	cds		187	187			100	hp
	4059305..4059380	gcg		179	179
comp	4059560..4060126	cds						189	hp

comp	4105626..4107317	cds		-114	-114			564	chemotaxis sensory transducer
comp	4107204..4107317	Sig-pep		721	721			38	hp
comp	4108039..4108113	acg		148	148
	4108262..4108843	cds						194	D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase

comp	4261100..4262038	cds		269	269			313	thioredoxin-like protein
	4262308..4262382	ggc		118	118
	4262501..4263136	cds						212	lysine exporter protein LysE/YggA

rru cumuls

Lien tableur: rru cumuls

cumuls. rru.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1			1	7	1		100	23	1	0
	16atcgca235	1	20			50	6	40		200	17	30	3
	Id-atgf	3	40	1		100	19	80		300	16	60	4
	-		60			150	20	120		400	17	90	12
	max a	3	80		4	200	8	160		500	8	120	10
	a doubles	0	100	1		250	7	200		600	5	150	3
	spéciaux	0	120			300	9	240		700	2	180	4
	total aas	11	140			350	3	280		800	0	210	5
sans	opérons	40	160			400	3	320		900	0	240	8
	1 aa	36	180	1		450	3	360		1000	0	270	4
	max a	2	200			500	0	400		1100	0	300	3
	a doubles	2		1			10				3		35
	total aas	44		4	4		95		0		91		91
total aas		55
remarques
avec jaune			moyenne	119	66		208				292
			variance	79	0		333				187
sans jaune			moyenne				148				237		140
			variance				83				132		69

rru blocs

Lien tableur: rru blocs
Légende:
sulfate sulfate transporter/antisigma-factor antagonist

inner inner-membrane translocator

macrocin macrocin-O-methyltransferase

peptidase peptidase M23B

hp Hypothetical protein

A4. rru, blocs à rRNA.
cds	859	576	sulfate	cds	606	126	hp
16s	184	1477		16s	184	1477
atc	66			atc	66
gca	362			gca	362
23s	119	2758		23s	119	2758
5s	96	115		5s	95	115
atgf	287			atgf	449
cds		78	hp	cds		558	macrocin

cds	-102	534	peptidase
Sig-pep	1212	34	hp	cds	1227	239	transposase
16s	182	1477		16s	184	1477
atc	66			atc	66
gca	361			gca	362
23s	118	2758		23s	116	2758
5s	95	115		5s	130	115
atgf	573			cds		315	inner
cds		1496	hp

rru remarques

Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares.
1. @ Les intercalaires élevés
  - il n’y a pas d’aas isolés et les mineurs des blocs à rRNAs sont normaux pour ces blocs, inférieurs à 573.
  
  - Pour les aas il n’y a que 5 intercalaires élevés entre 571-1389, et 2 dépassant à peine 400 pbs.
  
  - Pour les blocs à rRNAs il n’y a que 3 intercalaires franchement élevés, 1227 1212 859.
2. @ Sig-pep, signal peptide.
  - Il y a 580 sig-peptide dans ce génome. Dans le tableau des opérons ce sont de petites séquences peptidiques de moins de 30 aas placsés au début du cds. D’où l’intercalaire négatif.
  
  - Dans le tableau sur les 7 seg-pep, 4 sont associés à des intercalaires élevés (voir tableau ci-dessous) et 3 à des intercalaires inférieurs à 219 pbs.
Note: Les 4 blocs à rRNAs sont tous complets ayant atcgca en interne dont 3 ont atgf qui suit 5s. Aucun bloc ne contient un cds en interne.
Séquences des doubles: Sur 40 blocs sans rRNAs seulement 4 ont 2 aas dont 2 ont un doublet, gcc et acc.
Tableau des intercalaires

16s			aas			Sig-pep
adresse	intercalaire	adresse	intercalaire	intercalaire
911398	1212-573	atgi	3322206	1389	1389
2735650	606-449		ccc	1960034	1062	1212
3810698	1227-130	tca	1998244	927	721
192528	859-257		acg	4108039	721	571
			cca	1934224	571	3 <219
			ttc	3194938	430	
			gtg	3491233	407

Ochrobactrum anthropi ATCC 49188

oan opérons

Lien tableur: oan opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Brucellaceae; Ochrobactrum.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A3. Ochrobactrum anthropi ATCC 49188
56.1%GC	27.12.19 Paris	61	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
chromosom1
	34057..34446	cds		224	224			130	TIGR02300 family protein
	34671..34746	gcc	@1	-40	-40
	34707..35480	cds						258	glutathione S-transferase family protein

	223549..224394	cds		164	164			282	3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ
	224559..224635	ccg		109	109
comp	224745..225806	cds						354	site-specific integrase

comp	337757..338197	cds		158	158			147	DMT family transporter
comp	338356..338431	ttc		171	171
comp	338603..338818	cds						72	DNA gyrase inhibitor YacG

comp	344419..344598	cds		147	147			60	hp
	344746..344820	acc		397	397
	345218..346030	cds						271	DUF2189 domain-containing protein

comp	351922..353328	cds		167	167			469	deoxyribodipyrimidine photo-lyase
comp	353496..353572	cgt		159	159
comp	353732..355285	cds						518	HAMP domain-containing histidine kinase

comp	725472..726479	cds		219	219			336	glycosyltransferase family 4 protein
	726699..726773	caa		61	61
comp	726835..727413	cds						193	hp

comp	934613..934987	cds		333	333			125	transposase
comp	935321..935397	agg		114	114
comp	935512..936675	cds						388	amidohydrolase

	1049919..1051202	cds		24	24			428	cystathionine gamma-synthase family protein
comp	1051227..1051311	ttg	@2	593	593
comp	1051905..1053539	cds						545	phosphoethanolamine transferase

comp	1081066..1083021	cds		998	998			652	M23 family metallopeptidase
	1084020..1085508	16s		268				1489
	1085777..1085853	atc		11			11
	1085865..1085940	gca		39	39
>comp	1085980..1086168	cds	@3	38	38			63	P-hp
	1086207..1089125	23s		186				2919
	1089312..1089426	5s		54				115
	1089481..1089557	atgf		363	363
	1089921..1090091	cds						57	LysR family transcriptional regulator

	1096454..1096912	cds		7	7			153	hp
comp	1096920..1097009	tcg		352	352
	1097362..1097751	cds						130	50S ribosomal protein L21

	1311344..1311823	cds		211	211			160	hp
	1312035..1312109	gag		88	88
	1312198..1312467	cds						90	hp

	1344750..1345565	cds		677	677			272	IclR family transcriptional regulator
	1346243..1347731	16s		268				1489
	1348000..1348076	atc		11			11
	1348088..1348163	gca		39	39
>comp	1348203..1348391	cds		38	38			63	P-hp
	1348430..1351348	23s		186				2919
	1351535..1351649	5s		54				115
	1351704..1351780	atgf		360	360
	1352141..1353082	cds						314	LysR family transcriptional regulator

	1354558..1355604	cds		85	85			349	polysaccharide deacetylase family protein
comp	1355690..1355764	ggc		136	136
comp	1355901..1357280	cds						460	MFS transporter

comp	1386666..1387982	cds		819	819			439	hp
comp	1388802..1388891	tcc		374	374
	1389266..1389589	cds						108	hp

comp	1405236..1405859	cds		139	139			208	5,6-dimethylbenzimidazole synthase
comp	1405999..1406085	ctg		146	146
comp	1406232..1406852	cds						207	2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase

comp	1604615..1604854	cds		26	26			80	hp
comp	1604881..1604958	atgj		10	10
comp	1604969..1605214	cds						82	hp

	1639492..1640289	cds		-44	-44			266	hp
comp	1640246..1640322	atgj		55	55
	1640378..1640572	cds						65	hp

comp	1778816..1779571	cds		385	385			252	SIMPL domain-containing protein
	1779957..1780033	atgi		265	265
	1780299..1780844	cds						182	sigma-70 family RNA polymerase sigma factor

>	1945985..1946374	cds		721	721			130	P-hp
comp	1947096..1947171	aag		-38	-38
comp	1947134..1947319	cds						62	hp

comp	2014813..2015097	cds		103	103			95	DUF2218 domain-containing protein
comp	2015201..2015275	gaa	+	146		146
comp	2015422..2015496	gaa	2 gaa	200	200
comp	2015697..2016962	cds						422	DUF882 domain-containing protein

comp	2040234..2040453	cds		91	91			73	hp
	2040545..2040629	tac		24		24
	2040654..2040727	gga		6	6
comp	2040734..2040916	cds		-50	-50			61	hp
	2040867..2042042	cds		65	65			392	elongation factor Tu
	2042108..2042183	tgg		420	420
	2042604..2042804	cds						67	preprotein translocase subunit SecE

	2168416..2168658	cds		28	28			81	PepSY domain-containing protein
comp	2168687..2168760	ggg		289	289
	2169050..2169946	cds						299	lipid kinase

comp	2244184..2245050	cds		112	112			289	mechanosensitive ion channel
comp	2245163..2245248	tta		200	200
	2245449..2246705	cds						419	threonine ammonia-lyase IlvA

	2267888..2268835	cds		305	305			316	patatin family protein
	2269141..2269225	ctc		66	66
comp	2269292..2270185	cds						298	tyrosine-type recombinase/integrase

	2332394..2333530	cds		393	393			379	glycosyltransferase family 2 protein
comp	2333924..2334000	cgg		169	169
comp	2334170..2335792	cds						541	ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein

comp	2339396..2340514	cds		1650	1650			373	porin
comp	2342165..2342239	gtg		178	178
comp	2342418..2344424	cds						669	murein L,D-transpeptidase

comp	2369668..2370441	cds		152	152			258	NAD kinase
	2370594..2370669	aca		987	987
comp	2371657..2372076	cds						140	SUF system Fe-S cluster assembly protein

comp	2442729..2443145	cds		299	299			139	hp
comp	2443445..2443519	atgf		70	70
<comp	2443590..2443799	cds						70	helix-turn-helix domain-containing protein

comp	2449947..2451311	cds		156	156			455	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	2451468..2451550	cta		236	236
comp	2451787..2452356	cds						190	hp

comp	2548914..2550098	cds		513	513			395	alpha/beta hydrolase
comp	2550612..2550688	gac	+	245		245
comp	2550934..2551010	gac	2 gac	328	328
	2551339..2551956	cds						206	TetR/AcrR family transcriptional regulator

	2604616..2605908	cds		824	824			431	FAD-binding oxidoreductase
comp	2606733..2606808	gta		264	264
comp	2607073..2607996	cds						308	sugar kinase

	2641040..2641360	cds		97	97			107	YnfA family protein
	2641458..2641534	ccc		94	94
	2641629..2642357	cds						243	SDR family oxidoreductase

	2696299..2697183	cds		54	54			295	transcriptional regulator GcvA
comp	2697238..2697314	aga		123	123
comp	2697438..2697743	cds		156	156			102	ETC complex I subunit
comp	2697900..2697976	cca		186	186
	2698163..2698309	cds						49	hp

comp	2771579..2772697	cds		584	584			373	porin
	2773282..2773372	agc		203	203
	2773576..2774643	cds						356	porin
chromosom2
	149537..151504	cds		355	355			656	selenocysteine-specific translation elongation factor
	151860..151955	tga		14	14
comp	151970..152605	cds						212	lipase

comp	298403..299422	cds		300	300			340	TerC family protein
comp	299723..299796	cag		361	361
comp	300158..300460	cds						101	DUF1127 domain-containing protein

	455428..456111	cds		713	713			228	FkbM family methyltransferase
	456825..458313	16s		268				1489
	458582..458658	atc		11			11
	458670..458745	gca		39	39
>comp	458785..458973	cds		38	38			63	P-hp
	459012..461930	23s		186				2919
	462117..462231	5s		54				115
	462286..462362	atgf		-44	-44
comp	462319..463974	cds						552	recombinase family protein

comp	572059..572721	cds		545	545			221	response regulator transcription factor
comp	573267..573357	other	@4	620	620
comp	573978..575285	cds						436	SidA/IucD/PvdA family monooxygenase

comp	611464..611742	cds		88	88			93	hp
comp	611831..611905	ggc		387	387
	612293..612814	cds						174	prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein

	991265..991999	cds		217	217			245	alpha/beta hydrolase
comp	992217..992306	tca		323	323
	992630..992884	cds						85	DUF2171 domain-containing protein

comp	1031528..1032946	cds		607	607			473	PepSY domain-containing protein
comp	1033554..1033629	aaa		327	327
	1033957..1035651	cds						565	membrane protein

	1067405..1068742	cds		131	131			446	DNA polymerase IV
	1068874..1068947	tgc		739	739
	1069687..1069905	cds						73	hp

	1081639..1082031	cds		103	103			131	hp
comp	1082135..1082209	aac		168	168
	1082378..1082653	cds						92	hp

comp	1333375..1333587	cds		209	209			71	hp
comp	1333797..1333873	cac		352	352
	1334226..1337393	cds						1056	PAS domain S-box protein

	1473437..1474405	cds		269	269			323	nitronate monooxygenase
	1474675..1474750	acg		156	156
>comp	1474907..1475239	cds						111	DNA adenine methylase

comp	1597496..1597666	cds		363	363			57	LysR family transcriptional regulator
comp	1598030..1598106	atgf		54
comp	1598161..1598275	5s		186				115
comp	1598462..1601380	23s		38	38			2919
<	1601419..1601607	cds		39	39			63	P-hp
comp	1601647..1601722	gca		11			11
comp	1601734..1601810	atc		268
comp	1602079..1603567	16s		743	743			1489
	1604311..1605192	cds						294	ATPase

	1720169..1720531	cds		113	113			121	response regulator
	1720645..1720719	gtc		465	465
	1721185..1721838	cds						218	protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase

oan cumuls

Lien tableur: oan cumuls

cumuls. oan.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1		4	1	5	1		100	25	1	0
	16atcgca-cds	4	20			50	15	40		200	20	30	0
	-		40	1		100	12	80		300	21	60	4
	-		60			150	12	120		400	15	90	18
	max a	3	80			200	15	160		500	11	120	8
	a doubles	0	100			250	7	200		600	5	150	9
	spéciaux	0	120			300	6	240		700	3	180	3
	total aas	12	140			350	5	280		800	0	210	6
sans	opérons	45	160	1		400	12	320		900	0	240	4
	1 aa	42	180			450	1	360		1000	0	270	6
	max a	2	200			500	1	400		1100	1	300	8
	a doubles	2		1			16				0		35
	total aas	48		3	4		107		0		101		101
total aas		60
remarques		4
avec jaune			moyenne	138	11		258				256
			variance	111	0		268				180
sans jaune			moyenne				174				218		150
			variance				117				132		81

oan blocs

Lien tableur: oan blocs
Légende:
p-hp pseudo hypothetical protein

A3. oan, blocs à rRNA.
bloc 16s	intercal	cdsa
Constantes
cds	intercal	cdsa
16s	268	1489
atc	11
gca	39
cds	38	63	p-hp
23s	186	2919
5s	54	115
atgf
cds
Variations
1084020..1085508	998	652	M23 family metallopeptidase
	363	57	LysR family transcriptional regulator

1346243..1347731	677	272	IclR family transcriptional regulator
	360	314	LysR family transcriptional regulator

456825..458313	713	228	FkbM family methyltransferase
	-44	552	recombinase family protein

1602079..1603567	743	294	ATPase
	363	57	LysR family transcriptional regulator

oan remarques

Remarques: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires très élevés existent, 3 contre 10, 987 988 1650. Ce génome est analogue à agr pour les cds internes aux blocs à RNAs.
1. @ Des intercalaires négatifs avec les cds, 5, de -40 à -50 même dans un bloc à rRNAs, -44.
2. @ Les intercalaires avec les cds élevés supérieurs à 500, 16 dont 4 pour les blocs. Voir le tableau des intercalaires ci-dessous .
  - Par rapport à agr analogue de ce génome, il y a nettement plus d’intercalaires élevés. Sur 45 blocs à aas il y a 12 intercalaires supérieurs à 500, contre 6 pour 38 aas chez agr.
  
  - Un seul cas où les 2 intercailaires d’un cluster sont supérieurs à 500, other, voir @4 ici.
  
  - Tous les 11 autres paires sont très assymétriques.
  
  - 2 intercalaires sur 3 entre aas sont du même ordre que la moyenne de ceux des cds sans jaune, 245 et 146 contre 174 pour la moyenne de ceux des cds.
3. @ Les blocs à rRNAs sont identiques et ne diffèrent que par l’intercalaire du cds.
  - Le cds intra blocs est une pseudo protéine hypothétique, de faible taille, 63aas.
  
  - Ses intercalaires avec gca et 23s sont quasi identiques, très faibles et se situent dans la 1ère gamme des intercalaires cds.
4. @ other, cela doit être un tRNA incomplet comme ceux des mitochondries
Note: les cds intra bloc à rRNAs. Les 4 blocs sont identiques. Cela veut dire que le cds interne est bien du au processus de la création des blocs. Le fait que le cds soit un pseudo renforce encore l’hypothèse de la création de ce cds par le processus de création ou de conversion. Voir remarque @2 de agr remarques.
Séquences des doubles, quasiment pas de doubles, 42 solitaires sur 45 opérons et 2 doubles seulement, gac et gaa.
Tableau des intercalaires

						
Intercalaires élevés		Intercalaires moyens	
pbs	adresse	RNA		pbs	adresse	tRNA
1650	2342165	gtg		465	1720645	gtc
987	2370594	aca		420	2042108	tgg
824	2606733	gta		397	344746	acc
819	1096920	tcg		387	611831	ggc
739	1068874	tgc		385	1779957	atgi
721	1947096	aag		363	1089481	atgf
620	573267	other isolé	363	1598030	atgf
607	1033554	aaa		352	1333797	cac
593	1051227	ttg		333	935321	agg
584	2773282	agc		323	992217	tca
513	2550612	gac		305	2269141	ctc
						
998	1084020	16s				
743	1602079	16s				
713	456825	16s				
677	1346243	16s

Azospirillum brasilense Az39

abq opérons

Lien tableur: abq opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A2. Azospirillum brasilense strain Az39
68.45%GC	29.12.19 Paris	88	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
chromosome
	125527..126444	cds		127	127			306	restriction endonuclease
comp	126572..126647	gcg		206	206
	126854..127138	cds						95	YggT family protein

comp	163237..164982	cds		175	175			582	hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA
	165158..165234	agg		59	59
	165294..166022	cds						243	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase

comp	188235..189860	cds		42	42			542	glycosyltransferase
comp	189903..189977	acg		81	81
comp	190059..191987	cds						643	DNA helicase RecQ

comp	250833..251111	cds		169	169			93	hp
comp	251281..251356	gcc		141	141
comp	251498..251893	cds						132	TIGR02300 family protein

comp	458142..458459	cds		209	209			106	50S ribosomal protein L21
	458669..458758	tcg		63	63
comp	458822..459664	cds						281	alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein

comp	496776..497171	cds		162	162			132	cupin domain-containing protein
comp	497334..497420	ttg		137	137
	497558..498085	cds						176	disulfide bond formation protein B

comp	615937..616350	cds		121	121			138	hp
comp	616472..616548	ccg	+	206		206
comp	616755..616831	ccg	2 ccg	109	109
comp	616941..617957	cds						339	farnesyltranstransferase

comp	748703..749161	cds		38	38			153	hp
comp	749200..749275	aca		91	91
comp	749367..750221	cds		144	144			285	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	750366..750451	tac		60		60
	750512..750585	gga		81	81
	750667..751857	cds		153	153			397	elongation factor Tu
	752011..752086	tgg		69	69
	752156..752353	cds						66	preprotein translocase subunit SecE

comp	794457..795983	cds		296	296			509	methyltransferase domain-containing protein
	796280..796355	aag	+	76		76
	796432..796507	aag	2 aag	109	109
comp	796617..797057	cds						147	MaoC family dehydratase

	870412..872373	cds		159	159			654	RNA polymerase sigma factor RpoD
	872533..872608	atgi		5	5
comp	872614..873093	cds		134	134			160	GNAT family N-acetyltransferase
comp	873228..873304	cgt		212	212
	873517..874023	cds						169	hp

	931962..933011	cds		68	68			350	low specificity L-threonine aldolase
	933080..933155	gag	+	38		38
	933194..933269	gag	2 gag	72	72
comp	933342..934340	cds						333	transglycosylase SLT domain-containing protein

	997881..998357	cds		246	246			159	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp	998604..998678	acc		175	175
comp	998854..1000815	cds						654	polysaccharide biosynthesis protein

comp	1164137..1165048	cds		159	159			304	DUF3108 domain-containing protein
	1165208..1165282	gtg	+	132		132
	1165415..1165489	gtg	2 gtg	231	231
	1165721..1165885	cds						55	hp

	1242416..1242919	cds		85	85			168	MerR family transcriptional regulator
	1243005..1243081	ccc		139	139
comp	1243221..1244999	cds						593	cyclic nucleotide-binding domain-containing protein

comp	1353398..1353895	cds		118	118			166	hp
	1354014..1354091	cca		49	49
	1354141..1354437	cds		10	10			99	ETC complex I subunit
	1354448..1354524	aga		443	443
	1354968..1355213	cds						82	hp

comp	1370270..1370500	cds		196	196			77	hp
comp	1370697..1370772	aac	@2	220		220
comp	1370993..1371066	tgc		218	218
	1371285..1371941	cds						219	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

comp	1427443..1427733	cds		236	236			97	YkgJ family cysteine cluster protein
comp	1427970..1428085	5s		129				116
comp	1428215..1430967	23s		266				2753
comp	1431234..1431309	gca		30			30
comp	1431340..1431416	atc		108
comp	1431525..1433015	16s		779	779			1491
	1433795..1437778	cds						1328	non-ribosomal peptide synthetase

comp	1576457..1577296	cds		243	243			280	aldo/keto reductase
comp	1577540..1577615	gaa		123	123
comp	1577739..1579538	cds						600	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ

comp	1723089..1723457	cds		344	344			123	NADH-quinone oxidoreductase subunit A
comp	1723802..1723878	gac		164		164
comp	1724043..1724117	gta		106	106
comp	1724224..1724496	cds						91	HU family DNA-binding protein

comp	1730385..1731719	cds		91	91			445	trigger factor
comp	1731811..1731895	cta		173	173
comp	1732069..1733634	cds						522	malonyl-CoA decarboxylase

comp	1733741..1735207	cds		129	129			489	bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
comp	1735337..1735412	cac	+	109		109
comp	1735522..1735597	cac	2 cac	337	337
	1735935..1736273	cds						113	P-II family nitrogen regulator

	1951126..1951752	cds		149	149			209	nitrogen fixation protein NifQ
	1951902..1951987	tac		74	74
comp	1952062..1952424	cds						121	hp

	1996903..1997244	cds		595	595			114	hp
comp	1997840..1997914	atgj		131	131
comp	1998046..1999179	cds						378	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA

	2086487..2088658	cds		156	156			724	malate synthase G
comp	2088815..2088889	gtc		234	234
	2089124..2090002	cds						293	N-formylglutamate amidohydrolase

comp	2303404..2303880	cds		414	414			159	bacterioferritin
comp	2304295..2304377	tta		406	406
comp	2304784..2305029	cds						82	hp

	2482875..2484518	cds		365	365			548	recombinase family protein
comp	2484884..2484974	tcc		120	120
comp	2485095..2485898	cds						268	alpha/beta hydrolase

comp	2640759..2641325	cds		149	149			189	prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	2641475..2641549	ggc		688	688
	2642238..2642915	cds						226	dimethylmenaquinone methyltransferase

comp	2764482..2765567	cds		659	659			362	hp
comp	2766227..2766300	ggg		35	35
comp	2766336..2766995	cds						220	N-acetyltransferase

	2781933..2783774	cds		187	187			614	EAL and GGDEF domain-containing protein
comp	2783962..2784077	5s		129				116
comp	2784207..2786959	23s		255				2753
comp	2787215..2787290	gca		30			30
comp	2787321..2787397	atc		108
comp	2787506..2789006	16s		496	496			1501
comp	2789503..2790207	cds						235	phosphatase PAP2 family protein

	2843264..2843443	cds		77	77			60	hp
comp	2843521..2843597	cgt		170	170
	2843768..2844268	cds						167	xanthine phosphoribosyltransferase
plasmide2
comp	51090..51836	cds		481	481			249	sigma-70 family RNA polymerase sigma factor
comp	52318..52393	tgg		363	363
	52757..53587	cds						277	hp

comp	809229..810019	cds		870	870			264	IS5 family transposase
comp	810890..810966	atgf		96
comp	811063..811178	5s		127				116
comp	811306..814058	23s		266				2753
comp	814325..814400	gca		30			30
comp	814431..814507	atc		108
comp	814616..816106	16s		452	452			1491
comp	816559..817443	cds						295	helix-turn-helix domain-containing protein
plasmide4
	196992..199346	cds		148	148			785	mechanosensitive ion channel
	199495..199581	ctg		30		30
	199612..199687	gcc		188	188
	199876..201333	cds						486	hp

	237538..238578	cds		92	92			347	response regulator
comp	238671..238747	cgg		96	96
comp	238844..239821	cds						326	alpha/beta hydrolase

comp	257739..258470	cds		125	125			244	lipoyl(octanoyl) transferase LipB
	258596..258682	ctc		123	123
comp	258806..259108	cds						101	STAS domain-containing protein

comp	399367..400527	cds		278	278			387	PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp	400806..400921	5s		129				116
comp	401051..403803	23s		255				2753
comp	404059..404134	gca		30			30
comp	404165..404241	atc		108
comp	404350..405850	16s		502	502			1501
comp	406353..406547	cds						65	hp

	504531..504893	cds		82	82			121	response regulator
	504976..505051	aac		3		3
	505055..505131	gac		4		4
	505136..505210	ggc		102	102
comp	505313..506080	cds		83	83			256	helix-turn-helix transcriptional regulator
	506164..506790	cds		202	202			209	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp	506993..507108	5s		127				116
comp	507236..509988	23s		266				2753
comp	510255..510330	gca		30			30
comp	510361..510437	atc		110
comp	510548..512038	16s		615	615			1491
	512654..513568	cds						305	lytic transglycosylase domain-containing protein

comp	588108..590768	cds		340	340			887	bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
	591109..591184	ttc		286	286
	591471..592979	cds						503	FAD-binding oxidoreductase
plasmide5
	86421..87089	cds		455	455			223	RraA family protein
	87545..87619	ggc		193	193
	87813..88865	cds						351	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
plasmide1		@3
>comp	115594..115896	cds		394	394			101	P-IS5/IS1182 family transposase
comp	116291..116367	atgf		96
comp	116464..116579	5s		129				116
comp	116709..119461	23s		255				2753
comp	119717..119792	gca		30			30
comp	119823..119899	atc		108
comp	120008..121498	16s		740	740			1491
	122239..123597	cds						453	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein

comp	217550..218176	cds		123	123			209	ribonuclease D
comp	218300..218386	ctg		228	228
	218615..219604	cds						330	complex I NDUFA9 subunit family protein

comp	300477..301733	cds		472	472			419	exonuclease subunit SbcD
	302206..303696	16s		108				1491
	303805..303881	atc		30			30
	303912..303987	gca		255
	304243..306995	23s		129				2753
	307125..307240	5s		96				116
	307337..307413	atgf		161	161
<comp	307575..307805	cds						77	p-ATP-binding protein

comp	466493..467710	cds		231	231			406	site-specific integrase
comp	467942..468031	tca		205	205
comp	468237..468809	cds						191	hp

	512242..512790	cds		136	136			183	pantetheine-phosphate adenylyltransferase
	512927..513002	aaa		209	209
	513212..514036	cds						275	DUF3618 domain-containing protein

	931813..933912	cds		79	79			700	membrane protein
	933992..934066	caa		382	382
comp	934449..935270	cds						274	hp

comp	948715..949743	cds		199	199			343	Ppx/GppA family phosphatase
	949943..950016	cag		246	246
comp	950263..950829	cds						189	IS3 family transposase

>	971260..971532	cds		493	493			91	P-hp
comp	972026..972119	agc		197	197
	972317..972550	cds						78	hp

comp	1302373..1303350	cds		166	166			326	alpha-1,3-fucosyltransferase
comp	1303517..1303592	ttc		98	98
comp	1303691..1303876	cds						62	DNA gyrase inhibitor YacG

	1349823..1350929	cds		145	145			369	GNAT family N-acetyltransferase
comp	1351075..1353828	23s		262				2754
comp	1354091..1355591	16s	@1	676	676			1501
	1356268..1356726	cds						153	MarR family transcriptional regulator

comp	1441708..1443066	cds		153	153			453	hp
	1443220..1443294	acc		1		1
	1443296..1443371	gcg		99		99
	1443471..1443547	gac		44		44
	1443592..1443666	gtc		1		1
	1443668..1443741	cag		137	137
comp	1443879..1446428	cds						850	dipeptide ABC transporter ATP-binding protein

	1566394..1566612	cds		193	193			73	hp
comp	1566806..1566921	5s		128				116
comp	1567050..1569802	23s		254				2753
comp	1570057..1570132	gca		30			30
comp	1570163..1570239	atc		94
comp	1570334..1571834	16s		444	444			1501
comp	1572279..1572707	cds						143	DUF1489 domain-containing protein

	1723583..1724962	cds		94	94			460	hp
comp	1725057..1725143	ctc		475	475
	1725619..1726311	cds						231	FadR family transcriptional regulator

	1757680..1760568	cds		308	308			963	PAS domain-containing protein
	1760877..1760963	ctg		29		29
	1760993..1761068	gcc		247	247
comp	1761316..1761840	cds						175	helix-turn-helix transcriptional regulator

	1854042..1855049	cds		135	135			336	inorganic phosphate transporter
comp	1855185..1855259	ggc		243	243
	1855503..1858685	cds						1061	AAA family ATPase

>comp	1883235..1883816	cds		210	210			194	P-hp
	1884027..1884102	aac		4		4
	1884107..1884183	gac		32	32
comp	1884216..1884821	cds						202	hp

abq cumuls

Lien tableur: abq cumuls

cumuls. abq.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	9	1	2		1	0	1		100	17	1	0
	16atcgca235	5	20	3		50	7	40		200	29	30	0
	Id-atgf	3	40	3	8	100	19	80		300	24	60	2
	16s23s	1	60	2		150	26	120		400	18	90	9
	max a	3	80	1		200	20	160		500	8	120	11
	a doubles	0	100	1		250	18	200		600	8	150	8
	spéciaux	0	120	1		300	3	240		700	5	180	11
	total aas	19	140	1		350	4	280		800	2	210	9
sans	opérons	51	160	0		400	4	320		900	2	240	6
	1 aa	38	180	1		450	4	360		1000	1	270	6
	max a	5	200	0		500	7	400		1100	1	300	8
	a doubles	5		2			9				1		46
	total aas	68		17	8		121		0		116		116
total aas		87
remarques		3
avec jaune			moyenne	72	30		227				308
			variance	72	0		175				230
sans jaune			moyenne				153				249		166
			variance				74				142		71

abq blocs

Lien tableur: abq blocs

A2. abq, blocs à rRNA.
bloc	intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa		abrégé	nom
cds	779	1328	non-rib	496	235	PAP2	502	65	hp	615	305	lytic	444	143	DUF1489	DUF1489	DUF1489 domain-containing protein
16s	108	1491		108	1501		108	1501		110	1491		94	1501		EAL	EAL and GGDEF domain-containing protein
atc	30			30			30			30			30			GNAT	GNAT family N-acetyltransferase
gca	266			255			255			266			254			H-turn-H	helix-turn-helix domain-containing protein
23s	129	2753		129	2753		129	2753		127	2753		128	2753		IS5	IS5 family transposase
5s	236	116		187	116		278	116		202	116		193	116		IS1182	p-IS5/IS1182 family transposase
cds		97	YkgJ		614	EAL		387	PQQ		209	pyridox		73	hp	lytic	lytic transglycosylase domain-containing protein
																MarR	MarR family transcriptional regulator
cds	452	295	H-turn-H	740	453	peptido	472	419	SbcD							p-ATP	p-ATP-binding protein
16s	108	1491		108	1491		108	1491								PAP2	phosphatase PAP2 family protein
atc	30			30			30									peptido	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
gca	266			255			255				cds	676	153	MarR		PQQ	PQQ-dependent sugar dehydrogenase
23s	127	2753		129	2753		129	2753			16s	262	1501			pyridox	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
5s	96	116		96	116		96	116			23s	145	2754			non-rib	non-ribosomal peptide synthetase
atgf	870			394			161				cds		369	GNAT		SbcD	exonuclease subunit SbcD
cds		264	IS5		101	IS1182		77	p-ATP							YkgJ	YkgJ family cysteine cluster protein

abq remarques

Azospirillum brasilense Sp245

abs opérons

Lien tableur: abs opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Rhodospirillaceae; Azospirillum.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A9. Azospirillum brasilense strain Sp245
68.45%GC	10.1.20 Paris	80	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
chromosome
comp	16414..16980	cds		163	163			189	prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	17144..17218	ggc		670	670
	17889..18566	cds						226	demethylmenaquinone methyltransferase

	84790..85017	cds		114	114			76	osmotically-inducible lipoprotein B
comp	85132..85205	ggg		35	35
comp	85241..85900	cds						220	N-acetyltransferase

comp	93530..94258	cds		60	60			243	SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase
comp	94319..94395	agg		175	175
	94571..96262	cds						564	hp

comp	131833..132117	cds		206	206			95	YggT family protein
	132324..132399	gcg		140	140
comp	132540..133586	cds						349	DMT family transporter

comp	483582..484082	cds		170	170			167	xanthine phosphoribosyltransferase
	484253..484329	cgt		77	77
comp	484407..484586	cds						60	hp

	536869..537573	cds		495	495			235	phosphatase PAP2 family protein
	538069..539152	16s’		189				1084
	539342..540019	23s°		127				678
	540147..540262	5s		153	153			116
comp	540416..542290	cds						625	GGDEF domain-containing protein

	600048..601079	cds		79	79			344	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	601159..601233	acg		81	81
comp	601315..603243	cds						643	DNA helicase RecQ

comp	656242..656520	cds		169	169			93	hp
comp	656690..656765	gcc		141	141
comp	656907..657305	cds						133	TIGR02300 family protein

comp	864141..864458	cds		209	209			106	50S ribosomal protein L21
	864668..864757	tcg		79	79
comp	864837..865679	cds						281	alpha/beta hydrolase

	927651..927896	cds		392	392			82	hp
	928289..928371	tta		175	175
	928547..929164	cds						206	hp

comp	1148345..1149223	cds		234	234			293	N-formylglutamate amidohydrolase
	1149458..1149532	gtc		106	106
comp	1149639..1151516	cds						626	methyl-accepting chemotaxis protein

	1243974..1245108	cds		131	131			378	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA
	1245240..1245314	atgj		354	354
comp	1245669..1246637	cds						323	NAD(+) diphosphatase

	1279875..1280237	cds		74	74			121	hp
comp	1280312..1280397	tac		148	148
comp	1280546..1281172	cds						209	nitrogen fixation protein NifQ

comp	1500772..1501110	cds		338	338			113	P-II family nitrogen regulator
	1501449..1501524	cac	+	109		109
	1501634..1501709	cac	2 cac	129	129
	1501839..1503305	cds		106	106			489	bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase
	1503412..1504977	cds		173	173			522	malonyl-CoA decarboxylase
	1505151..1505235	cta		91	91
	1505327..1506661	cds						445	trigger factor

	1511745..1512017	cds		105	105			91	HU family DNA-binding protein
	1512123..1512197	gta		163		163
	1512361..1512437	gac		344	344
	1512782..1513150	cds						123	NADH-quinone oxidoreductase subunit A

	1657596..1659397	cds		123	123			601	p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
	1659521..1659596	gaa		234	234
	1659831..1660671	cds						280	aldo/keto reductase

comp	1808199..1808735	cds		79	79			179	hp
	1808815..1808892	cca		49	49
	1808942..1809238	cds		10	10			99	ETC complex I subunit
	1809249..1809325	aga		442	442
	1809768..1810013	cds						82	hp

comp	1825075..1825305	cds		210	210			77	hp
comp	1825516..1825591	aac		219		219
comp	1825811..1825884	tgc		217	217
	1826102..1826758	cds						219	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase

comp	1878424..1878714	cds		244	244			97	YkgJ family cysteine cluster protein
comp	1878959..1879074	5s		123				116
comp	1879198..1881950	23s		272				2753
comp	1882223..1882298	gca		32			32
comp	1882331..1882407	atc		110
comp	1882518..1883224	16s°		100	100			707
<comp	1883325..1883763	cds						146	p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase

	1896604..1897080	cds		192	192			159	peptidoglycan-associated lipoprotein Pal
comp	1897273..1897347	acc		162	162
comp	1897510..1899495	cds						662	polysaccharide biosynthesis protein

comp	2032701..2033588	cds		165	165			296	DUF3108 domain-containing protein
	2033754..2033828	gtg	+	132		132
	2033961..2034035	gtg	2 gtg	231	231
	2034267..2034431	cds						55	hp

	2113098..2113601	cds		85	85			168	MerR family transcriptional regulator
	2113687..2113763	ccc		140	140
comp	2113904..2115682	cds						593	cyclic nucleotide-binding domain-containing protein

comp	2163405..2167388	cds		775	775			1328	non-ribosomal peptide synthetase
	2168164..2168552	16s°		100				389
comp	2168653..2169323	16s°		522	522			671
comp	2169846..2170325	cds						160	DUF2141 domain-containing protein

	2176963..2177427	cds		107	107			155	membrane protein
comp	2177535..2177610	gcc		30		30
comp	2177641..2177727	ctg		135	135
comp	2177863..2180208	cds						782	mechanosensitive ion channel

	2233677..2234435	cds		92	92			253	hp
comp	2234528..2234603	gag	+	38		38
comp	2234642..2234717	gag	2 gag	68	68
comp	2234786..2235836	cds						350	p-low specificity L-threonine aldolase

comp	2293087..2293593	cds		211	211			169	hp
	2293805..2293881	cgt		137	137
	2294019..2294495	cds		5	5			159	GNAT family N-acetyltransferase
comp	2294501..2294576	atgi		145	145
comp	2294722..2296683	cds						654	RNA polymerase sigma factor RpoD

	2372946..2373401	cds		86	86			152	MaoC family dehydratase
comp	2373488..2373563	aag	+	74		74
comp	2373638..2373713	aag	2 aag	309	309
	2374023..2375549	cds						509	methyltransferase domain-containing protein

comp	2418203..2418400	cds		69	69			66	preprotein translocase subunit SecE
comp	2418470..2418545	tgg		152	152
comp	2418698..2419888	cds		81	81			397	elongation factor Tu
comp	2419970..2420043	gga		60		60
comp	2420104..2420189	tac		144	144
	2420334..2421188	cds		91	91			285	23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB
	2421280..2421355	aca		137	137
	2421493..2423187	cds						565	site-specific integrase

	2561207..2562223	cds		109	109			339	farnesyltranstransferase
	2562333..2562409	ccg	+	205		205
	2562615..2562691	ccg	2 ccg	136	136
	2562828..2563241	cds						138	hp

comp	2680406..2680930	cds		140	140			175	disulfide bond formation protein B
	2681071..2681157	ttg		162	162
	2681320..2681715	cds						132	cupin domain-containing protein

	2856509..2858152	cds		365	365			548	recombinase family protein
comp	2858518..2858608	tcc		118	118
comp	2858727..2859530	cds						268	alpha/beta hydrolase
plasmide1
	198109..199200	cds		84	84			364	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	199285..199360	aaa		135	135
comp	199496..200044	cds						183	pantetheine-phosphate adenylyltransferase

	243776..244348	cds		205	205			191	hp
	244554..244643	tca		143	143
	244787..245683	cds						299	diguanylate cyclase

	338004..339383	cds		116	116			460	hp
comp	339500..339586	ctc		257	257
comp	339844..340836	cds						331	alpha/beta hydrolase

comp	364473..365501	cds		200	200			343	Ppx/GppA family phosphatase
	365702..365775	cag		746	746
	366522..367214	cds						231	FadR family transcriptional regulator

	474173..477079	cds		298	298			969	PAS domain-containing protein
	477378..477464	ctg		30		30
	477495..477570	gcc		238	238
	477809..478123	cds						105	hp

	599223..600230	cds		245	245			336	inorganic phosphate transporter
comp	600476..600550	ggc		351	351
	600902..602071	cds						390	adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein

comp	629856..631229	cds		154	154			458	tetratricopeptide repeat protein
	631384..631458	acc		1		1
	631460..631535	gcg		99		99
	631635..631711	gac		35		35
	631747..631821	gtc		1		1
	631823..631896	cag		153	153
	632050..632259	cds						70	hp

>comp	699265..699846	cds		210	210			194	P-hp
	700057..700132	aac		4		4
	700137..700213	gac		32	32
comp	700246..700851	cds						202	hp

	909530..909766	cds		153	153			79	hp
comp	909920..910035	5s		127				116
comp	910163..912915	23s		271				2753
comp	913187..913262	gca		30			30
comp	913293..913369	atc		110
comp	913480..914970	16s		486	486			1491
	915457..916713	cds						419	exonuclease subunit SbcD

comp	998160..999149	cds		229	229			330	complex I NDUFA9 subunit family protein
	999379..999465	ctg		123	123
	999589..1000215	cds						209	ribonuclease D

comp	1098197..1098655	cds		675	675			153	MarR family transcriptional regulator
	1099331..1100821	16s		107				1491
	1100929..1101005	atc		31			31
	1101037..1101112	gca		271
	1101384..1104136	23s		147	147			2753
comp	1104284..1105390	cds						369	GNAT family N-acetyltransferase

	1157171..1157356	cds		98	98			62	DNA gyrase inhibitor YacG
	1157455..1157530	ttc		178	178
	1157709..1158686	cds						326	alpha-(1,3)-fucosyltransferase

	1394614..1396740	cds		453	453			709	PAS domain S-box protein
	1397194..1397287	agc		52	52
comp	1397340..1397858	cds						173	tyrosine-type recombinase/integrase

	1399009..1399830	cds		301	301			274	hp
comp	1400132..1400206	caa		79	79
comp	1400286..1402379	cds						698	hp

	1577667..1578095	cds		457	457			143	DUF1489 domain-containing protein
	1578553..1580043	16s		110				1491
	1580154..1580230	atc		31			31
	1580262..1580337	gca		269
	1580607..1581986	23s°		100				1380
	1582087..1582616	23s°		123				530
	1582740..1582855	5s		100				116
	1582956..1583032	atgf		706	706
	1583739..1585157	cds						473	pyruvate kinase
plasmide2
	271302..272090	cds		529	529			263	ATP-binding cassette domain-containing protein
	272620..272695	tgg		480	480
	273176..273922	cds						249	sigma-70 family RNA polymerase sigma factor

	449562..450338	cds		465	465			259	IclR family transcriptional regulator
	450804..452289	16s		584				1486
	452874..453640	23s°		128				767
	453769..453884	5s		101				116
	453986..454062	atgf		359	359
comp	454422..457751	cds						1110	NERD domain-containing protein
plasmide4
>comp	131140..131621	cds		193	193			161	p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
	131815..131891	atgf		202	202
comp	132094..132276	cds						61	hp

comp	197300..198643	cds		738	738			448	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
	199382..199953	16s°		193				572
	200147..200223	atgf		437	437
comp	200661..202571	cds						637	PAS domain-containing sensor histidine kinase

	246777..248687	cds		208	208			637	RNA-directed DNA polymerase
comp	248896..248972	cgg		96	96
comp	249069..249983	cds						305	alpha/beta hydrolase

	319641..319943	cds		134	134			101	STAS domain-containing protein
comp	320078..320164	ctc		125	125
	320290..321018	cds						243	lipoyl(octanoyl) transferase LipB

comp	401067..402227	cds		281	281			387	PQQ-dependent sugar dehydrogenase
comp	402509..402624	5s		129				116
comp	402754..403402	23s°		106				649
comp	403509..403880	16s°		502	502			372
comp	404383..404577	cds						65	hp

	501394..501756	cds		95	95			121	response regulator
	501852..501927	aac		4		4
	501932..502008	gac		4		4
	502013..502087	ggc		102	102
comp	502190..502957	cds						256	helix-turn-helix transcriptional regulator

	503041..503667	cds		249	249			209	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
comp	503917..504474	16s°		547	547			558
	505022..506005	cds						328	lytic transglycosylase domain-containing protein

comp	601019..603679	cds		358	358			887	bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase
	604038..604113	ttc		318	318
>	604432..605613	cds						394	site-specific integrase
plasmide6
	88804..89472	cds		397	397			223	RraA family protein
	89870..89944	ggc		249	249
	90194..91186	cds						331	UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)

abs cumuls

Lien tableur: abs cumuls

cumuls. abs.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
	opérons		Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	cdsa 30-300
avec rRNA	opérons	10	1	2		1	0	1		100	18	1	0
	16atcgca235	1	20	3		50	5	40		200	29	30	0
	Id-23s°-atgf	1	40	4	4	100	22	80		300	26	60	3
	1623s°5atgf	1	60	1		150	29	120		400	20	90	10
	max a	3	80	1		200	18	160		500	7	120	9
	a doubles	0	100	1		250	18	200		600	6	150	8
	autres	7	120	1		300	3	240		700	9	180	13
	total aas	10	140	1		350	5	280		800	2	210	9
sans	opérons		160	0		400	7	320		900	1	240	6
	1 aa	39	180	1		450	2	360		1000	1	270	8
	max a	5	200	0		500	6	400		1100	0	300	7
	a doubles	5		2			10				2		48
	total aas	67		17	4		125		0		121		121
total aas
remarques		76
avec jaune			moyenne	71	31		221				308
			variance	72	1		168				230
sans jaune			moyenne				151				242		166
			variance				72				137		72

abs blocs

abs blocs abrégé

Lien tableur: abs blocs abrégé
Note:
- hp pour hypothetical protein

- p- pour pseudo, par exemple p-elon en abrégé donne p-elongation factor Tu.

A9p. abs, protéines.
abrégé	nom
DUF1489	DUF1489 domain-containing protein
DUF2141	DUF2141 domain-containing protein
EAL	EAL and GGDEF domain-containing protein
GGDEF	GGDEF domain-containing protein
GNAT	GNAT family N-acetyltransferase
H-turn-H	helix-turn-helix domain-containing protein
IclR	IclR family transcriptional regulator
IS1182	p-IS5/IS1182 family transposase
IS5	IS5 family transposase
lytic	lytic transglycosylase domain-containing protein
MarR	MarR family transcriptional regulator
NERD	NERD domain-containing protein
non-rib	non-ribosomal peptide synthetase
p-ATP	p-ATP-binding protein
p-eryt	p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase
PAP2	phosphatase PAP2 family protein
PAS	PAS domain-containing sensor histidine kinase
peptido	peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein
PQQ	PQQ-dependent sugar dehydrogenase
pyridox	pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
pyruvat	pyruvate kinase
SbcD	exonuclease subunit SbcD
YkgJ	YkgJ family cysteine cluster protein

abs blocs tableau

Lien tableur: abs blocs tableau
Légende: lien au tableau des protéines, abrégé
- vert: la taille des rRNAs en pbs alors que les protéines (cdsa) sont en aas.

A9b. abs blocs.
gène	inter	long	abrégé	gène	inter	long	abrégé	gène	inter	long	abrégé
cds	486	419	SbcD	cds	100	146	P-eryt	cds	675	153	MarR
16s	110	1491		16s°	110	707		16s	107	1491
atc	30			atc	32			atc	31
gca	271			gca	272			gca	271
23s	127	2753		23s	123	2753		23s	147	2753
5s	153	116		5s	244	116		cds		369	GNAT
cds		79	hp	cds		97	YkgJ

cds	457	143	DUF1489
16s	110	1491
atc	31
gca	269
23s°	100	1380
23s°	123	530
5s	100	116
atgf	706
cds		473	pyruvat

cds	465	259	IclR	cds	502	65	hp	cds	495	235	PAP2
16s	584	1486		16s°	106	372		16s'	189	1084
23s°	128	767		23s°	129	649		23s°	127	678
5s	101	116		5s	281	116		5s	153	v116
atgf	359			cds		387	PQQ	cds		625	GGDEF
cds		1110	NERD

cds	775	1328	non-rib	cds	738	448	peptido	cds	249	209	pyridox
16s°	100	389		16s°	193			16s°	547	558
16s°	522	671		atgf	437			cds		328	lytic
cds		160	DUF2141	cds		637	PAS

abs abq blocs

Lien tableur: abs abq blocs

abs remarques

Agrobacterium sp. H13-3

agr opérons

Lien tableur: agr opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A6. Agrobacterium sp. H13-3
59.3%GC	29.12.19 Paris	58	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	protéines
chromosoml
comp	1064633..1065274	cds		296	296			214	hp
	1065571..1065655	ttg		266	266
	1065922..1066437	cds						172	disulfide bond formation protein B

comp	1178605..1179114	cds		256	256			170	prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein
	1179371..1179445	ggc	@1	793		793
comp	1180239..1180315	atgj		135	135
comp	1180451..1181647	cds						399	tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA

comp	1320644..1321006	cds		318	318			121	hp
comp	1321325..1321414	tcg		197	197
comp	1321612..1322493	cds						294	dihydrodipicolinate synthase family protein

comp	1361929..1362942	cds		554	554			338	sugar ABC transporter substrate-binding protein
comp	1363497..1363571	gtc		81	81
comp	1363653..1364015	cds						121	response regulator

<comp	1426814..1427137	cds		105	105			108	hp
	1427243..1428733	16s		337				1491
	1429071..1429147	atc		59			59
	1429207..1429282	gca		146	146
<comp	1429429..1429626	cds	@2	241	241			66	P-hp
	1429868..1432681	23s		242				2814
	1432924..1433038	5s		257				115
	1433296..1433372	atgf		311	311
	1433684..1434118	cds						145	acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit

	1503534..1504520	cds		122	122			329	beta-ketoacyl-ACP synthase III
comp	1504643..1504716	cag		123	123
comp	1504840..1505277	cds						146	Lrp/AsnC family transcriptional regulator

	1605356..1605856	cds		71	71			167	hp
comp	1605928..1606003	gcc		152	152
comp	1606156..1606545	cds						130	TIGR02300 family protein

<comp	1687683..1688015	cds		105	105			111	hp
	1688121..1689611	16s		337				1491
	1689949..1690025	atc		59			59
	1690085..1690160	gca		146	146
<comp	1690307..1690504	cds		241	241			66	P-hp
	1690746..1693559	23s		242				2814
	1693802..1693916	5s		257				115
	1694174..1694250	atgf		203	203
comp	1694454..1694645	cds						64	hp

<comp	2103153..2103404	cds		105	105			84	P-hp
	2103510..2105000	16s		337				1491
	2105338..2105414	atc		59			59
	2105474..2105549	gca		146	146
<comp	2105696..2105893	cds		241	241			66	P-hp
	2106135..2108948	23s		242				2814
	2109191..2109305	5s		257				115
	2109563..2109639	atgf		633	633
	2110273..2110680	cds						136	membrane protein
chromosomc
<comp	56862..57137	cds		105	105			92	P-hp
	57243..58733	16s		337				1491
	59071..59147	atc		59			59
	59207..59282	gca		146	146
<comp	59429..59626	cds		241	241			66	P-hp
	59868..62681	23s		242				2814
	62924..63038	5s		257				115
	63296..63372	atgf		196	196
	63569..65377	cds						603	DNA helicase RecQ

comp	125821..127722	cds		287	287			634	molecular chaperone DnaK
comp	128010..128099	tcc		220	220
	128320..128637	cds						106	hp

	227621..228004	cds		240	240			128	membrane protein
comp	228245..228331	ctg		120	120
comp	228452..228757	cds						102	SelT/SelW/SelH family protein

>	378307..378396	cds		40	40			30	P-hp
	378437..378513	cgt		174	174
	378688..379500	cds						271	class I SAM-dependent methyltransferase

comp	407277..407435	cds		167	167			53	YqaE/Pmp3 family membrane protein
comp	407603..407678	acg		137	137
comp	407816..408778	cds						321	nitronate monooxygenase

	425990..427087	cds		56	56			366	2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase
	427144..427217	ggg		154	154
	427372..428058	cds						229	aquaporin Z

	458659..459081	cds		285	285			141	hp
	459367..459442	ttc		246	246
comp	459689..460033	cds						115	cation:proton antiporter

comp	493759..494025	cds		155	155			89	hp
	494181..494255	acc		195	195
comp	494451..495686	cds						412	flagellin

comp	564938..568684	cds		361	361			1249	PAS domain S-box protein
	569046..569122	cac		79	79
	569202..570920	cds						573	Ppx/GppA family phosphatase

comp	763448..764356	cds		202	202			303	MBL fold metallo-hydrolase
	764559..764633	caa		263	263
comp	764897..766549	cds						551	malate dehydrogenase (quinone)

comp	767020..767439	cds		264	264			140	hp
	767704..767780	ccg		159	159
comp	767940..768260	cds						107	hp

comp	960360..960701	cds		163	163			114	hp
	960865..960955	agc		500	500
comp	961456..961671	cds						72	hp

	1123408..1124136	cds		141	141			243	hp
	1124278..1124363	tta		241	241
	1124605..1127115	cds						837	copper-translocating P-type ATPase

	1154411..1154803	cds		91	91			131	DUF2934 domain-containing protein
comp	1154895..1154969	aac		176	176
	1155146..1155424	cds						93	hp

comp	1162767..1163027	cds		138	138			87	hp
comp	1163166..1163242	ccc		218	218
	1163461..1163997	cds						179	DUF1269 domain-containing protein

	1192452..1194650	cds		660	660			733	esterase-like activity of phytase family protein
comp	1195311..1195386	gta	+	446		446
	1195833..1195909	gac	2 gac	41		41
	1195951..1196027	gac		435	435
	1196463..1196828	cds						122	NADH-quinone oxidoreductase subunit A

	1421863..1422201	cds		134	134			113	hp
comp	1422336..1422425	tca		88	88
comp	1422514..1422678	cds						55	hp

comp	1468229..1469110	cds		180	180			294	HNH endonuclease
comp	1469291..1469367	atgf		132	132
comp	1469500..1470450	cds						317	hp

comp	1508458..1508883	cds		558	558			142	PAS domain-containing protein
comp	1509442..1509526	ctc		189	189
	1509716..1510447	cds						244	lipoyl(octanoyl) transferase LipB

	1531160..1531933	cds		447	447			258	amino acid ABC transporter ATP-binding protein
	1532381..1532455	gaa		121	121
	1532577..1532818	cds		89	89			81	P-hp
	1532908..1532982	gaa		129	129
comp	1533112..1534920	cds						603	single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ

	1584509..1584763	cds		155	155			85	GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein
	1584919..1584994	aag		134	134
comp	1585129..1585575	cds						149	hp

comp	1612420..1613898	cds		240	240			493	trigger factor
comp	1614139..1614221	cta		447	447
<	1614669..1614876	cds						69	P-hp

comp	1672216..1672887	cds		245	245			224	protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
comp	1673133..1673206	tgc		240	240
comp	1673447..1673599	cds						51	DUF3309 family protein

comp	1744688..1745434	cds		341	341			249	cytochrome c biogenesis protein CcdA
	1745776..1745851	aaa		310	310
	1746162..1746743	cds						194	DUF1003 domain-containing protein

comp	1770727..1772280	cds		91	91			518	tyrosine-type recombinase/integrase
comp	1772372..1772448	cca		265	265
	1772714..1773019	cds		51	51			102	ETC complex I subunit
	1773071..1773147	aga		7	7
comp	1773155..1773892	cds						246	DUF429 domain-containing protein

comp	1902337..1902537	cds		184	184			67	preprotein translocase subunit SecE
comp	1902722..1902797	tgg		241	241
comp	1903039..1903845	cds						269	glycosyltransferase

	1908698..1908892	cds		70	70			65	hp
comp	1908963..1909036	gga		26	26	26
comp	1909063..1909147	tac		209	209
	1909357..1910244	cds						296	23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB

	1922447..1922800	cds		55	55			118	hp
comp	1922856..1922931	aca		207	207
	1923139..1924878	cds						580	GGDEF domain-containing protein

	2079925..2080287	cds		156	156			121	hp
comp	2080444..2080519	atgi		178	178
	2080698..2081441	cds						248	SIMPL domain-containing protein

comp	2275632..2276138	cds		522	522			169	winged helix-turn-helix transcriptional regulator
	2276661..2276737	cgg		287	287
	2277025..2277264	cds						80	hp

comp	2388300..2388497	cds		87	87			66	hp
	2388585..2388659	ggc		361	361
	2389021..2391024	cds						668	methyl-accepting chemotaxis protein

comp	2490745..2491854	cds		535	535			370	2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein
comp	2492390..2492466	atgf		287				115
comp	2492754..2492868	5s		242				2814
comp	2493111..2495924	23s		241	241
>	2496166..2496363	cds		146	146			66	P-hp
comp	2496510..2496585	gca		59			59
comp	2496645..2496721	atc		337
comp	2497059..2498549	16s		105	105			1491
>	2498655..2498930	cds						92	P-hp

agr cumuls

Lien tableur: agr cumuls

cumuls. agr.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	5	1			1	0	1		100	24	1	0
	16atcgca235	0	20			50	3	40		200	30	30	1
	Id-atgf	5	40	1		100	12	80		300	14	60	3
	16s23s	0	60	1	5	150	22	120		400	8	90	17
	max a	3	80			200	17	160		500	2	120	13
	a doubles	0	100			250	18	200		600	4	150	14
	spéciaux	0	120			300	9	240		700	4	180	5
	total aas	15	140			350	4	280		800	1	210	1
sans	opérons	38	160			400	2	320		900	1	240	3
	1 aa	35	180			450	3	360		1000	0	270	7
	max a	3	200			500	1	400		1100	0	300	4
	a doubles	1		2			6				1		21
	total aas	42		4	5		97		0		89		89
total aas		57
remarques		2
avec jaune			moyenne		59		213				230
			variance		0		134				209
sans jaune			moyenne	33			172				185		137
			variance				76				131		71

agr blocs

Lien tableur: agr blocs
Légende:
CoA acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit

helicase DNA helicase RecQ

2Fe-2S 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein

membrane membrane protein

hp hypothetical protein

p-hp pseudo hp

A6. agr, blocs à rRNA.
chromoml	intercal	cdsa		intercal	cdsa		intercal	cdsa
cds	105	108	hp	105	111	hp	105	84	P-hp
16s	337	1491		337	1491		337	1491
atc	59			59			59
gca	146			146			146
cds	241	66	P-hp	241	66	P-hp	241	66	P-hp
23s	242	2814		242	2814		242	2814
5s	257	115		257	115		257	115
atgf	311			203			633
cds		145	CoA		64	hp		136	membrane
chromosomc
cds	105	92	P-hp	105	92	P-hp
16s	337	1491		337	1491
atc	59			59
gca	146			146
cds	241	66	P-hp	241	66	P-hp
23s	242	2814		242	2814
5s	257	115		287	115
atgf	196			535
cds		603	helicase		370	2Fe-2S

agr remarques

Remarques
1. @: Par rapport aux rickettsia rtb et rpl, les intercalaires élevés sont rares et faibles, 6 sur 38 aas sont entre 500 et 793. Voir tableau ci-dessous.
  - un seul aa isolé, gta , 660-446.
  
  - 2 intercalaires élevés entre 2 aas, ggc-atgi 793 et gta-gac 446. Le 1er est du même ordre que celui de rtb et rpl, 1051 830.
  
  - Les intercalaires entre aas: Il y en a quatre comme les rickettsia, 793 446 41 26. Les 2 petits sont proches de la moyenne de cette étude de 15 pbs.
  
  - Les intercalaires avec un cds. Ils sont très faibles sur les 38 aas un seul atteint 660 pbs les autres élevés se répartissent en 4 entre 500-558 et 3 entre 435-447. Ces valeurs sont analogues à ceux des blocs à rRNA, 535 et 633 tout à fait courants dans le haut de gamme de cette étude. Les 30 aas restants ont des intercalaires cds inférieurs à 400 dont 3 seulement dépassent les 300, cac aaa ggc.
2. @ Les cds dans les blocs à rRNAs. Voir agr blocs.
- Les 5 blocs sont identiques qu’ils soient sur le chromosome linéaire ou circulaire. C’est comme une duplication répétée 5 fois.

- Le cds interne a toutes les caractéristiques d’un candidat à la création: interne, hypothétique et petit. La caractéristique pseudo est encore un indice très fort de la genèse, la séquence acquiera plus tard le codon initial et le codon stop ou tout autre complément imposé par le système de réparation contraint par l’évolution de l’environnement du génome.

- On retrouve la situation du génome oan, avec un p-hp de 63 aas contre 66 ici. Ces 2 génomes se ressemblent beaucoup,
+ DNAa total identique oan et agr 4,8 mega, 2 chromosomes dont 1 linéaire pour agr. Tous les blocs se terminent par atgf et sont complets.

+ Beaucoup de cds hp externes.
- Chez agr, 5 hp dont 3 p-hp au-dessus de 16s de la même taille que le p-hp interne. Ils se comportent comme lui, quasimment même petite taille et des intercalaires identiques de 105 pbs. Ces 10 cds font partie intégrante du processus de réparation ou de conversion qui a créé les 5 blocs. Après 5s 3 cds de petites tailles dont un hpcomme ceux au-dessus du 16s. Donc 2 cds bien caractérisés se comportant comme le p-hp interne candidat à la création. Cependant ces 3 cds apparemment ne font pas partie intégrante du processus de conversion puisque leurs intercalaires avec atgf varient beaucoup de 203 à 633, comme les 2 restant.

- Chez oan seulement 2 cds de 57 aas sur un total de 8 cds. Ils sont bien caractérisés.

- La question qui se pose alors est : est-ce que ces 10 cds analogues aux internes peuvent ils être des candidats à la création?
Séquence des doubles: très peu de doubles, 1 doublets pour 38 opérons à aas.
Tableau des intercalaires élevés

aas	adresse	pbs	note
ggc	1179371	793	aa-aa
gtc	1363497	554	
agc	960865	500	
ctc	1509442	558	
gaa	1532381	447	
cta	1614139	447	
cgg	2276661	522	
gta	1195311	660	isolé
gac	1195833	446	aa-aa
gac	1195951	435	
			
cac	569046	361	
aaa	1745776	341-310	
ggc	2388585	361	
			
atgf	2492390	535	5s-aa
atgf	2109563	633	5s-aa

Aureimonas sp. AU20

aua opérons

Lien tableur: aua opérons
Liens: gtRNAdb [], NCBI , génome [orgn], pau20rrn
Phylogénie: Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Aurantimonadaceae; Aureimonas.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

A1. Aureimonas sp. AU20
67%GC	8.8.19 Paris	55	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa	cdsd	protéines
pAU20rrn
	324..1028	CDS rep		461				235		replication initiation protein
comp	1490..1604	5s	@1	82				115
comp	1687..4515	23s		-15				2829
comp	4501..4851	CDS hp		142				117		hp
comp	4994..5069	gca		33			33
comp	5103..5179	atc		233
comp	5413..6898	16s		1752				1486
comp	8651..9109	CDS hp						153		hp

Chromosome
comp	170900..171925	CDS		368	368			342
	172294..172378	ctg		130	130				130
	172509..172772	CDS						88

comp	330094..330690	CDS		338	338			199
	331029..331103	ggc	@2	404		404
comp	331508..331584	atg	+	44		44
comp	331629..331705	atg	2 atg	255	255				255
comp	331961..333217	CDS						419

	344949..346025	CDS		589	589			359	589
	346615..346704	tcg		609	609
	347314..348471	CDS						386

comp	393335..395356	CDS		800	800			674
comp	396157..396232	gcc		439	439				439
comp	396672..397094	CDS						141

	635177..637537	CDS		640	640			787
comp	638178..638253	gcg		182	182				182
	638436..638738	CDS						101

comp	924507..925466	CDS		529	529			320
comp	925996..926085	tcc		349	349				349
	926435..926767	CDS						111

	1216789..1217439	CDS		60	60			217	60
	1217500..1217576	agg		68	68
comp	1217645..1218760	CDS						372

	1350534..1352180	CDS	@4	-30	-30			549
comp	1352151..1352227	cgt	+	51		51
comp	1352279..1352355	cgt	2 cgt	169	169
comp	1352525..1353967	CDS						481

	1401921..1402442	CDS		142	142			174	142
	1402585..1402661	cac		585	585
	1403247..1404875	CDS						543

	1544580..1546277	CDS		455	455			566
comp	1546733..1546808	ttc	@2	161		161
	1546970..1547044	acc		414	414				414
	1547459..1549516	CDS						686

	1609269..1610216	CDS		278	278			316
comp	1610495..1610571	cgg		121	121				121
comp	1610693..1611427	CDS						245

>	1683255..1683581	CDS		209	209			109	209
comp	1683791..1683864	cag		580	580
	1684445..1685734	CDS						430

	1700827..1701852	CDS		300	300			342
comp	1702153..1702227	gtc	+	128		128
comp	1702356..1702430	gtc	3 gtc	186		186
comp	1702617..1702691	gtc		68	68				68
comp	1702760..1703125	CDS						122

	1946715..1946936	CDS		6	6			74	6
comp	1946943..1947018	atgi		105	105
	1947124..1947345	CDS						74

	1981934..1983139	CDS		139	139			402	139
	1983279..1983368	agc		825	825
	1984194..1985339	CDS						382

	1996083..1997171	CDS		243	243			363
comp	1997415..1997490	acg		112	112				112
comp	1997603..1998583	CDS						327

comp	2263930..2264781	CDS		30	30			284	30
comp	2264812..2264886	gtg		111	111
comp	2264998..2265768	CDS						257

	2363764..2364786	CDS		18	18			341	18
comp	2364805..2364879	gaa	+	140		140
comp	2365020..2365094	gaa	2 gaa	69	69				69
comp	2365164..2366144	CDS						327

	2367774..2368247	CDS		105	105			158
	2368353..2368429	cca	@3	43	43				43
	2368473..2368778	CDS		36	36			102	36
	2368815..2368890	aga		448	448
	2369339..2369929	CDS						197

comp	2401620..2402732	CDS		155	155			371	155
comp	2402888..2402963	aaa		169	169
	2403133..2403870	CDS						246

	2419689..2420852	CDS		13	13			388	13
	2420866..2420955	tca		238	238
	2421194..2421934	CDS						247

comp	2601493..2601858	CDS		287	287			122	287
comp	2602146..2602222	gac	+	58		58
comp	2602281..2602357	gac	2 gac	270		270
	2602628..2602703	gta	@2	330	330
comp	2603034..2603312	CDS						93

comp	2608494..2609852	CDS		73	73			453	73
comp	2609926..2610009	cta		307	307
	2610317..2610460	CDS						48

comp	2641174..2641824	CDS	@3	125	125			217	125
comp	2641950..2642023	tgc		153	153
comp <	2642177..2642443	CDS		296	296			89
	2642740..2642814	aac		269	269				269
	2643084..2644127	CDS						348

comp	2651145..2652935	CDS		239	239			597	239
	2653175..2653259	tta		265	265
	2653525..2653725	CDS						67

comp	2749758..2750318	CDS		3102	3102			187
comp	2753421..2753497	atg		83	83				83
comp	2753581..2754180	CDS						200

	2768127..2769224	CDS		63	63			366	63
comp	2769288..2769364	ccg	@2	173		173
	2769538..2769612	caa		528	528
comp	2770141..2770566	CDS						142

comp	2787112..2788920	CDS		217	217			603	217
comp	2789138..2789214	ccc		265	265
comp	2789480..2790022	CDS						181

	2927857..2928789	CDS		136	136			311	136
comp	2928926..2929010	ctc	+	132		132
comp	2929143..2929227	ctc	2 ctc	175	175
	2929403..2930164	CDS						254

comp	2971057..2971257	CDS		130	130			67
comp	2971388..2971463	tgg		53	53				53
comp	2971517..2972374	CDS						286

comp	2973322..2974497	CDS		291	291			392
comp	2974789..2974862	gga		24		24
comp	2974887..2974971	tac		259	259				259
	2975231..2976097	CDS						289

comp	2979955..2981049	CDS		221	221			365
	2981271..2981346	aca		55	55				55
comp	2981402..2981752	CDS						117

comp	3063743..3064045	CDS		106	106			101	106
comp	3064152..3064227	aag		147	147
comp	3064375..3064803	CDS						143

comp	3194307..3194906	CDS		249	249			200
	3195156..3195232	atg		173	173				173
	3195406..3196356	CDS						317

comp	3206006..3206455	CDS		743	743			150
comp	3207199..3207273	gag		50	50				50
comp	3207324..3207689	CDS						122

	3398165..3399901	CDS		554	554			579
	3400456..3400530	aac		115	115				115
	3400646..3400924	CDS						93

	3401737..3403497	CDS		227	227			587
comp	3403725..3403799	ggc		208		208
comp	3404008..3404082	ggg		74	74				74
comp	3404157..3404819	CDS						221

comp	3597872..3598414	CDS		370	370			181
	3598785..3598869	ttg		151	151				151
comp	3599021..3599251	CDS						77

aua cumuls

Lien tableur: aua cumuls

cumuls. aua. Aureimonas sp. AU20
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	1	1	0	-	1	1	1	0	100	10	1	0
	16 aas 23 5s	0	20	0		50	7	40	7	200	22	30	0
	16 atc gca hp	1	40	1		100	10	80	9	300	11	60	1
	16 cds 23 5s	0	60	3		150	14	120	9	400	20	90	7
	max a	2	80	0		200	8	160	4	500	5	120	8
	a doubles	0	100	0		250	8	200	3	600	6	150	7
	spéciaux	0	120	0		300	10	240	4	700	3	180	2
	total aas	2	140	3		350	4	280	1	800	1	210	7
sans	opérons	38	160	0		400	2	320		900	0	240	3
	1 aa	26	180	2		450	3	360	2	1000	0	270	5
	max a	3	200	1		500	1	400		1100	0	300	3
	a doubles	6		3			12		1		0		35
	total aas	53		13	0		80		40		78		78
total aas		55
remarques		4
avec jaune			moyenne
			variance
sans jaune			moyenne	131			226		153		235		158
			variance	75			165		128		125		69

aua blocs

Lien tableur: aua blocs

A1. aua, blocs à rRNA du 8.8.19.
CDS	1752	153	hp
16s	233	1486
atc	33
gca	142
CDS	-15	117	hp
23s	82	2829
5s	461	115
CDS		235	replication initiation protein

aua remarques

A1. aua, blocs à rRNA du 6.1.20.
	324..1028	cds	461	235	replication initiation protein
comp	1490..1604	5s	82	115
comp	1687..4515	23s	-6	2829
	4510..4740	cds	253	77	hp
comp	4994..5069	gca	33
comp	5103..5179	atc	236
comp	5416..6898	16s	718	1483
comp	7617..8363	cds	287	249	hp
comp	8651..9178	cds		176	excisionase family DNA-binding protein

Remarques: Le seul génome de cette étude dont l’unique bloc rRNA est dans un tout petit plasmide de 9 kpbs pour un chromosome circulaire de 3 742 793 pbs.
1. @ Une protéine candidate à la création est dans le bloc rRNA, hp, petite taille de 77 aas avec un intercalaire négatif avec 23s (voir prélèvement du 6.1.20 ci-dessus)
2. @ Des intercalaires entre aas très élevés par rapport aux clusters à plusieurs aas étudiés. Trois très élevés au-delà de 200 pbs, 44 270 208, trois supérieurs à 160, 161 173 186. Alors que la moyenne des autres génomes est autour de 15 pbs.
3. @ A l’adresse 2367774, deux aas séparés par un cds à très faibles intercalaires, 43 et 36 pbs. Le cds a une taille de 102 aas. Est-ce un candidat à la création? La même situation se retrouve à l’adresse 2641174, avec des intervals moyens, 153 2936 mais le cds a encore une taille plus petite 89 aas.
4. @ Un intercalaire négatif qui souligne surtout la proximité d’un aa et d’un cds se trouvant sur 2 brins différents. Ceci est du certainement aux processus de conversion génique qui agissent sur les blocs à rRNA, ici ceux-là ont disparus laissant cette configuration. Les 2 cds entourant les 2 aas sont énormes, 500 aas environs, et ne sont donc pas candidats à la création.
Note: En séparant les tRNAs des 2 clusters du @3 le spectre des blocs sans rRNA est le suivant

	aas   effectif	total
	1	30	30
	2	7	14
	3	3	9
total aas		53

Séquences des doubles: La caractéristique principale des doublons pour ce génome est la grandeur de leurs inteercalaires. Les blocs à doublons se répartissent en
- 3 blocs à 2 aas doubles, cgt gaa ctc, séparés entre eux par respectivement, 51 140 132 pbs.

- 2 blocs à 3 aas dont un doublet chacun, ggc atg atg et gta gac gac, avec respectivement entre les doubles 44 et 58 pbs

- 1 bloc avec un triplet gtc avec les intercalaires de 128 186 pbs.

Cet article est issu de Wikiversity. Le texte est sous licence Creative Commons - Attribution - Partage dans les Mêmes. Des conditions supplémentaires peuvent s'appliquer aux fichiers multimédias.