Les cds dans les blocs à tRNA

• Lien tableur: cds
• Légende:

fréquences intercalaires	fréquences cds en aa	
autour du cds				
	9				2
10	20			50	20
50	21			100	9
90	21			150	10
130	21			200	4
170	5			250	5
210	6			300	3
250	2			350	8
290	8			400	9
	113				70

Les totaux des types

• Lien tableur: Les totaux des types

• Note: le -16s long de 33 est compté dans les +5s >3.

La référence +5s >3

• Lien tableur: La référence +5s >3
• Ce sont ceux des bacilli plus ceux des clostridia parce qu'ils sont nombreux et réduits à 2 clades, donc homogènes. Tenericutes en possèdent 2 fois 11. Les arcchées en possèdent aussi, mais seulement 1 de 6aas. Voir les études plus détaillées dans les fiches qui ne concernent que les blocs à rRNA.
• Légende:

  - Cyan pour les valeurs faibles, total 19 pour 21 tRNAs.

  - Jaune pour les valeurs fortes et en gras les plus fortes, total 474 pour 14 tRNAs

  - blanc pour les valeurs intermédiaires, gca et atc le sont aussi, total 236 pour 16 tRNAs.

  - Le rouge pour l'emplacement des +16s occupés, gca et atc.

  - Les encadrés sont les emplacements des 1-3aas des +5s de alpha + gamma.

  - Le -16s de 33 aas est compté ici comme un +5s long (inversion).

totaux par rapport au groupe de référence

• Lien tableur: totaux par rapport au groupe de référence
• Le groupe de référence: voir la référence
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication

• Lien tableur: Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication
• Le groupe de référence: voir la référence. Ici les intermédiaires sont remplacés par le vert au lieu du blanc. La colonne +5s représente la référence (729) plus ceux des tenericutes (22, 2*11) ce qui ne change pas l'ordre de son classement: atgijf ttc tta gta aaa tca aca gca gac.
• Légende:

  - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

  - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

0	23		16	9		32	5		48	0	
1	6		17	0		33	6		49	0	
2	0		18	4		34	3		50	1	
3	6		19	3		35	2		51	5	
4	13		20	9		36	1		52	2	
5	6		21	4		37	4		53	1	
6	3		22	4		38	0		54	0	
7	5		23	4		39	2		55	2	
8	5		24	2		40	1		56	2	
9	1		25	1		41	3		57	3	
10	5		26	2		42	2		61	1	
11	4		27	2		43	1		68	1	
12	5		28	0		44	2		87	1	
13	3		29	1		45	1		99	1	
14	4		30	1		46	0				
15	3		31	5		47	0				
	92			51			33			20	196

Les processus +16s -16s -5s 1-3aas

+16s	gca	atc	aaa	gta	gcc	gaa	total
gama	29	23	8	8	2	33	103
clos	26	11			5		42
afn	2	2					4
baci	16	15					31
alpha*	37	43					80
b t c	21	23					44
actino	0	0	0	0	0	0	0
total	131	117	8	8	7	33	304

total 1-3aas					
	alpha	gama	baci	clos	tener
atgf	23		2	2	
gac		23	2	1	
aac			4	7	6
acc		9	1	1	
tgg		8		1	
tca		4			
gaa		1		2	
tcc			1		
total	23	45	10	14	6
autres				37	

-16s	2gga 2tac aac agc atc cgt gca tca tcc		
-5s	3aca 5gga 5aac

Méthode de prélèvement

1. Afficher le NCBI et relever taille et date
2. Copier dans txt et rechercher join( et résoudre ses adresses en adresses uniques
3. copier dans un calc temporaire pour faciliter les sélecitions début ou fin
4. select ctrl+Maj+fin et trier croissant. Le curseur est à la fin. Rechercher (ctrl+H) tRNA précédent.
5. select ctrl+Maj+fin et supprimer
6. se posirionner au début ctrl+début et rechercher (ctrl+H) ‘ CDS ‘ suivant sans les cotes
7. mettre le curseur loin à droite et effacer le début, ctrl+Maj+début.
8. Le curseur est au début rechercher CDS suivant puis sélectionner ctrl+Maj+fin et coller au début de la feuille
9. sans séléction remplacer CDS gene rRNA tRNA en ajoutant (;)
10. rechercher tRNA; suivant et ajouter (;) aux gènes restants, ncRNA misc regulatory. Vérifier s’il n’y a pas d’autres entre CDS; et gene; .
11. suprimer la ligne où le gène est ‘source’.
12. sélect tout ctrl+Maj+fin, copier dans txt puis dans le calc temporaire à de la première colonne avec les (;)
13. Sélect la colonne contenant les adresses, ctrl+H et enlever les blancs ( <)> et lexpression régulière [:alph:] .
14. remplacer les 2 points des adresses .. en ; en copiant la colonne dans txt et ctrl H . Puis copier le tout en 2 colonnes dans calc en écrasant la colonne des adresses modifiée.
15. sur la colonne à gauche des adresses en colonne numéroter en séquence gene puis CDS puis le reste 1 puis formule cellule de 1, + 1. Couper la formule et select la plage, coller et couper coller format.
16. sauvegarder le tout dans le calc de travail. Copier les 4 dernières colonnes dans le calc temporaire nettoyé.
17. dans le temporaire, trier d’abord sur la colonne 1 des numéros, puis trier sur 1ère et 2ème adresse
18. A ce moment gene et CDS sont dans ce sens pour la même adresse.
19. Dans le cas où la 1ère adresse est identique à celle du gène et que les 2 2èmes adresses sont différentes, dans le cas où le CDS n’existe pas, les 2 différences entre 2 lignes succesives pour les 2 1ères adresses et les 2 2èmes adresses, sur la ligne gene, seront différentes. Les différences sur la ligne suivante seront différentes en général.
20. En triant sur les 2 différences tous les gene avec 0 et 0 sur leur ligne sont à suprimer.
21. On supprime les 2 colonnes des différences et on trie le reste sur 1ère et 2ème adresse. On calcule les intercalaires toujours: écriture de la formule, la couper, ctrl+Maj+fin, réduire à la colonne et coller puis couper et coller format.
22. on colorie les CDS de la colonne des gènes. Les gènes différents apparaissent en clair
23. Sur la colonne de gauche du pavé deb à côté du CDS du début et fin à côté du CDS de fin encadrant le gène en clair
24. deb-fin

    - Trier en 1er sur la colonne deb-fin et en 2ème la colonne CDS, copier les lignes avec deb et fin et les sauvegarder plus loin.

    - Suprimer du pavé principal les lignes deb.

    - Copier les lignes en clair qui se trouvent à la fin du pave et les coller sous les lignes du pavé deb-fin sauvegardé.

    - Trier le reste du pavé sur adresse1 et 2 et le positionner en haut de la feuille. C’est le pavé du travail qui suit.