Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/bacteroide

Myroides sp. A21

myr opérons

Lien tableur: myr opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Myroides; unclassified Myroides.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Bd1. myr opérons, Myroides sp. A21
41.4%GC	12.8.19 Paris	101	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
comp	151454..152776	CDS		270	270			441
comp	153047..153134	tca		208	208
comp	153343..154476	CDS						378

	211346..212332	CDS		123	123			329
comp	212456..212530	gta	+	27		27
comp	212558..212635	gta	5 gta	27		27
comp	212663..212740	gta		27		27
comp	212768..212845	gta		42		42
comp	212888..212965	gta		92	92
comp	213058..214275	CDS						406

comp	294948..295334	CDS		146	146			129
comp	295481..295554	aga		28		28
comp	295583..295660	cca		7		7
comp	295668..295751	agc		280	280
	296032..297210	CDS						393

	327067..328053	CDS		112	112			329
comp	328166..328241	aaa	+	698		698
comp	328940..329021	ctc	6 aaa	87		87
comp	329109..329184	aaa	@1	31		31
comp	329216..329291	aaa		36		36
comp	329328..329403	aaa		45		45
comp	329449..329524	aaa		33		33
comp	329558..329633	aaa		129	129
	329763..330281	CDS						173

comp	353908..354384	CDS		259	259			159
comp	354644..354753	5s		107				§110
comp	354861..357744	23s		150				§2884
comp	357895..357971	gca		88			88
comp	358060..358136	atc		75
comp	358212..359735	16s		265				§1524
comp	360001..360110	5s		103				§110
comp	360214..363107	23s		150				§2894
comp	363258..363334	gca		88			88
comp	363423..363499	atc		75
comp	363575..365098	16s		687	687			§1524
comp	365786..366973	CDS						396

comp	407344..408819	CDS		141	141			492
comp	408961..409037	aca	+	33		33
comp	409071..409147	aca	5 aca	38		38
comp	409186..409262	aca		39		39
comp	409302..409378	aca		41		41
comp	409420..409493	aca		81	81
comp	409575..409838	CDS						88

comp	550792..551043	CDS		37	37			84
comp	551081..551155	gaa	+	40		40
comp	551196..551267	gaa	6 gaa	37		37
comp	551305..551376	gaa		38		38
comp	551415..551486	gaa		35		35
comp	551522..551596	gaa		38		38
comp	551635..551706	gaa		75	75
comp	551782..553257	CDS						492

comp	571079..574315	CDS		165	165			1079
comp	574481..574590	5s		107				§110
comp	574698..577581	23s		118				§2884
comp	577700..577776	gca		88			88
comp	577865..577941	atc		76
comp	578018..579541	16s		264				§1524
comp	579806..579915	5s		106				§110
comp	580022..582915	23s		150				§2894
comp	583066..583142	gca		88			88
comp	583231..583307	atc		77
comp	583385..584908	16s		1070	1070			§1524
comp	585979..586545	CDS						189

comp	719558..719755	CDS		13	13			66
comp	719769..719842	tgg		60	60
comp	719903..721090	CDS		58	58			396
comp	721149..721220	acc		20		20
comp	721241..721321	tac		27		27
comp	721349..721425	aca		93	93
comp	721519..721818	CDS						100

	781522..782178	CDS		76	76			219
	782255..782330	atgf		93	93
	782424..782978	CDS						185

comp	783008..783451	CDS		332	332			148
	783784..783859	atgf		110	110
comp	783970..785886	CDS						639

comp	814859..815281	CDS		541	541			141
comp	815823..815899	cga		10	10
comp	815910..816362	CDS						151

	868515..869267	CDS		37	37			251
comp	869305..869380	gga	+	34		34
comp	869415..869490	gga	6 gga	34		34
comp	869525..869600	gga		34		34
comp	869635..869710	gga		34		34
comp	869745..869820	gga		37		37
comp	869858..869930	gga		242	242
	870173..870646	CDS						158

	1010425..1011210	CDS		92	92			262
comp	1011303..1011376	caa	+	221		221
comp	1011598..1011668	caa	2 caa	183	183
	1011852..1015055	CDS						1068

comp	1110980..1111921	CDS		158	158			314
	1112080..1112162	ttg		44	44
comp	1112207..1112701	CDS						165

	1113809..1114273	CDS		158	158			155
comp	1114432..1114541	5s		105				§110
comp	1114647..1117530	23s		150				§2884
comp	1117681..1117757	gca		88			88
comp	1117846..1117922	atc		75
comp	1117998..1119521	16s		266				§1524
comp	1119788..1119897	5s		105				§110
comp	1120003..1122896	23s		150				§2894
comp	1123047..1123123	gca		88			88
comp	1123212..1123288	atc		77
comp	1123366..1124889	16s		77				§1524
comp	1126238..1126311	aac		90	90
comp	1126402..1127745	CDS						448

	1214932..1215615	CDS		101	101			228
comp	1215717..1215790	tgc		88	88
comp	1215879..1216235	CDS						119

	1391184..1391825	CDS		85	85			214
	1391911..1391987	aac	+	370		370
	1392358..1392434	aac	2 aac	590	590
comp	1393025..1393459	CDS						145

	1597909..1598226	CDS		635	635			106
	1598862..1598938	gac	+	148		148
	1599087..1599163	gac	3 gac	202		202
	1599366..1599442	gac		169	169
comp	1599612..1600157	CDS						182

comp	1643091..1644479	CDS		132	132			463
	1644612..1644696	cta	+	183		183
	1644880..1644961	cta	2 cta	314	314
	1645276..1646115	CDS						280

	1721814..1722689	CDS		66	66			292
comp	1722756..1722826	tgg		51	51
comp	1722878..1723252	CDS						125

comp	1738209..1739033	CDS		183	183			275
comp	1739217..1739293	atgi	+	24		24
comp	1739318..1739394	atgi	2 atgi	69	69
comp	1739464..1739865	CDS						134

>	1924596..1926158	CDS	+	-41	-41			521
comp	1926118..1926206	tta	2 tta	341		341
comp	1926548..1926633	tta	@2	320	320
<	1926954..1927025	CDS						24

	1928728..1929714	CDS		125	125			329
comp	1929840..1929925	tta		147	147
comp	1930073..1930444	CDS		108	108			124
comp	1930553..1930638	tta		6		6
comp	1930645..1930720	ggc		201	201
comp	1930922..1933519	CDS						866

comp	1961822..1962571	CDS		128	128			250
	1962700..1962775	ttc	+	32		32
	1962808..1962883	ttc	3 ttc	23		23
	1962907..1962982	ttc		97	97
comp	1963080..1964066	CDS						329

	2082191..2082733	CDS		1103	1103			181
	2083837..2085360	16s		77				§1524
	2085438..2085514	atc		88			88
	2085603..2085679	gca		150
	2085830..2088713	23s		106				§2884
	2088820..2088929	5s		156	156			§110
	2089086..2089943	CDS						286

	2147912..2148241	CDS		286	286			110
	2148528..2148604	cgt	+	49		49
	2148654..2148730	cgt	2 cgt	69	69
	2148800..2149288	CDS						163

comp	2207990..2208685	CDS		111	111			232
comp	2208797..2208872	atgf		106	106
comp	2208979..2209605	CDS		147	147			209
comp	2209753..2209829	atgj		145	145
	2209975..2210361	CDS						129

comp	2425634..2426896	CDS		299	299			421
comp	2427196..2427270	cca		353	353
	2427624..2428565	CDS						314

comp	2434061..2435053	CDS		125	125			331
comp	2435179..2435252	atgj		366	366
	2435619..2436269	CDS						217

	2561350..2563341	CDS		1072	1072			664
	2564414..2565937	16s		74				§1524
	2566012..2566088	atc		90			90
	2566179..2566255	gca		118
	2566374..2569256	23s		105				§2883
	2569362..2569471	5s		279	279			§110
	2569751..2571682	CDS						610

comp	2676791..2678620	CDS		235	235			610
comp	2678856..2678940	tca		497	497
	2679438..2681390	CDS						651

comp	2977513..2977920	CDS		497	497			136
comp	2978418..2978492	gta		61	61
comp	2978554..2978928	CDS						125

	3228192..3228908	CDS		79	79			239
	3228988..3229064	cac	+	23		23
	3229088..3229164	cac	4 cac	22		22
	3229187..3229263	cac		21		21
	3229285..3229361	cac		40	40
comp	3229402..3230577	CDS						392

comp	3394869..3395093	CDS		90	90			75
comp	3395184..3395268	tca		215	215
comp	3395484..3396884	CDS						467

	3457542..3458360	CDS		150	150			273
	3458511..3458594	tac	+	49		49
	3458644..3458727	tac	4 tac	48		48
	3458776..3458859	tac		41		41
	3458901..3458984	tac		309	309
comp	3459294..3460415	CDS						374

	3951958..3953367	CDS		595	595			470
	3953963..3954039	aga	+	80		80
	3954120..3954196	aga	2 aga	36	36
comp	3954233..3954712	CDS						160

	3975219..3976205	CDS		99	99			329
comp	3976305..3976379	cca	+	36		36
comp	3976416..3976493	cca	2 cca	7		7
comp	3976501..3976587	agc		965	965
	3977553..3978161	CDS						203

myr cumuls

Lien tableur: myr cumuls

cumuls. myr.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	8	1	0		1	1	1		100	6	30	1
	16 23 5s 0	0	20	4		50	7	20		200	25	60	0
	16 atc gca	8	40	28		100	21	40		300	16	90	4
	16 23 5s a	0	60	7		150	18	60		400	14	120	4
	max a	2	80	1		200	7	80		500	9	150	10
	a doubles	0	100	1	8	250	5	100		600	1	180	8
	autres	0	120	0		300	6	120		700	5	210	6
	total aas	16	140	0		350	4	140		800	0	240	6
sans	opérons	34	160	1		400	2	160		900	1	270	3
	1 aa	13	180	0		450	0	180		1000	0	300	5
	max a	7	200	1		500	2	200		1100	2	330	6
	a doubles	17		5			9				0		26
	total aas	85		40	8		70		0		70		53
total aas		101
remarques		2
avec jaune			moyenne	74	88		223				302
			variance	120	0		242				209
sans jaune			moyenne	33			144				244		189
			variance	13			90				122		78

myr blocs

Lien tableur: myr blocs

Bd1. myr blocs, Myroides sp. A21
CDS	259	159	165	1079	CDS	158	155
5s	107	110	107	110	5s	105	110
23s	150	2884	118	2884	23s	150	2884
gca	88		88		gca	88
atc	75		76		atc	75
16s	265	1524	264	1524	16s	266	1524
5s	103	110	106	110	5s	105	110
23s	150	2894	150	2894	23s	150	2894
gca	88		88		gca	88
atc	75		77		atc	77
16s	687	1524	1070	1524	16s	77	1524
CDS		396		189	aac	90
					CDS		448

CDS	1103	181	1072	664
16s	77	1524	74	1524
atc	88		90
gca	150		118
23s	106	2884	105	2883
5s	156	110	279	110
CDS		286		644

myr remarques

Lien tableur: myr remarques
Remarques
1. @1 intercalaire entre aas très élevé voir /Annexe/alpha#abq_remarques pour intercalaires élevés
2. @2 un cds négatif de 41 qui empiète de 53% sur le tRNA tta, et un intercalaire entre les 2 tta élevé de 341.
3. Six blocs à rRNAs sont juxtaposés 2 par 2 dont un a un tRNA externe. Le 2 blocs restants sont séparés et ne portent pas de tRNA externe.
Séquences des doubles: La caractéristique principale de ce génome c’est l’existence de nombreux clusters sans rRNAs avec quasiment que des n-tuples, séquence inintérompue du même aa.
1. Il y a 17 clusters de ce genre sur 34 et se répartissent comme suite
  - 2 sextuplets, gga gaa
  
  - 3 quintuplets, aaa aca gta
  
  - 2 quadruplets, cac tac
  
  - 2 triplets, gac ttc
  
  - 8 doublets
2. Malgré le grand nombre de tRNAs de ce génome 14 se terminant par c a g sont absents dont ceux parmi les plus fréquents chez les bactéries, gtc tcc ccc gcc agg ctg cgg, et en même temps cga, très rare, est présent.
3. Il ne reste donc plus que 6 tRNAs à un seul exemplaire et 5 en 2 (atgj agc tgg) et 3 (tca atgf) exemplaires séparés.
4. atc et gca sont en 8 exemplaires chacun et appartiennent aux 8 blocs à rRNAs, sans exemplaire en dehors.
5. Tableau du code génétique avec les n-tuplets colorés en vert. Ils sont concentrés dans les colonnes 1,3 et les lignes 2,3. Par ailleurs la colonne 2 est à moitié vide ( 7 sur 12 sont vides) et la ligne 4 quasiment vide, seul ttg non obligatoire existe.
Code génétique de myr:
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
- - totaux en en-tête, 101 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 101 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Bd1 myr, Myroides sp. A21
g1		t1				101	101
a atgi	2	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc	0	tac	5	tgc	1
f atc	8	j acc	1	aac	3	agc	2
g ctc	1	f ccc	0	cac	4	cgt	2
h gtc		n gcc	0	gac	3	ggc	1
i tta	4	c tca	3	taa		tga
j ata		k aca	6	aaa	6	aga	3
k cta	2	g cca	4	caa	2	cga	1
l gta	6	o gca	8	gaa	6	gga	6
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	2
n atgj	2	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg

myr distribution

Lien tableur: myr distribution
Légende:
- en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
Notes:
- 16 *, =1aa a un total de 16 dont 1 tta, 1 cca et 1 gta sont indiqués dans 4 et 6. Le reste de ces cumuls sont des >1aa.

- 1 *, -16s ne contient qu'un tRNA aac indiqué dans 3, le reste appartient aux >1aa.

- 68 *, les >1aa sont représentés en clair. A ces tRNAs il faut ajouter donc 3 tta 3 cca 5 gta et 2 aac, d'après les 2 notes ci-dessus. Le total des >1aa est donc de 68.

- Les duplications, tableau Bd12, sont les répétitions en continu du même tRNA. Elles sont cumulées dans le tableau Bd11 avec les >1aa, blocs sans rRNAs contenant plus d'un tRNA. Ainsi il y a 11 tRNAs sur 68 qui ne sont pas dupliqués dans ces blocs.

Bd1 myr, Myroides sp. A21. bacteroide.

Bd11 myr. La distribution des tRNAs
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc		tac	5	tgc	1
f atc	8	j acc	1	aac	3	agc	2
g ctc	1	f ccc		cac	4	cgt	2
h gtc		n gcc		gac	3	ggc	1
i tta	4	c tca	3	taa		tga
j ata		k aca	6	aaa	6	aga	3
k cta	2	g cca	4	caa	2	cga	1
l gta	6	o gca	8	gaa	6	gga	6
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	2
n atgj	2	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
myr	68 *	16 *			1 *	16	101

Bd12 myr. Les duplications.
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc		tac	4	tgc
f atc		j acc		aac	2	agc
g ctc		f ccc		cac	4	cgt	2
h gtc		n gcc		gac	3	ggc
i tta	2	c tca		taa		tga
j ata		k aca	5	aaa	5	aga	2
k cta	2	g cca	2	caa	2	cga
l gta	5	o gca		gaa	6	gga	6
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
myr	57						57

myr intercalaires entre cds

Lien NCBI
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

myr les fréquences

Lien tableur: myr intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 18.1.21.

myr Les fréquences des intercalaires entre cds
myr	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5	intercal	fréquencez
	négatif	302	8.5	négatif	-9	10	-1 à -68	4 155 464	-1	302	610	6
	zéro	18	0.5					intercals	0	18	620	2
	1 à 200	2443	68.7	0 à 200	67	56		507 186	5	304	630	6
	201 à 370	440	12.4	201 à 370	271	47		12.2%	10	157	640	4
	371 à 600	202	5.7	371 à 600	470	61			15	155	650	2
	601 à max	150	4.2	601 à 1353	802	166			20	108	660	8
	total 3555	<201	77.7	total 3549	139	188	-68 à 1353		25	81	670	5
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	70	680	3
1253774	2764	-1	302	-70	0		0	18	35	54	690	3
4076145	2069	0	18	-60	1		-1	71	40	67	700	2
3818684	1978	1	66	-50	0		-2	0	45	52	710	10
3657182	1824	2	83	-40	5		-3	2	50	67	720	4
4012754	1661	3	66	-30	7	min à -1	-4	69	55	67	730	2
3629577	1544	4	59	-20	22	302	-5	0	60	49	740	10
2952529	1353	5	30	-10	78	8.5%	-6	3	65	78	750	2
3023352	1312	6	43	0	207		-7	10	70	74	760	6
3091776	1283	7	27	10	461		-8	34	75	64	770	4
3063256	1274	8	34	20	263		-9	0	80	67	780	5
792903	1218	9	26	30	151		-10	3	85	56	790	4
128855	1210	10	27	40	121	1 à 100	-11	30	90	69	800	5
1814854	1180	11	42	50	119	1780	-12	0	95	73	810	3
2893024	1157	12	48	60	116	50%	-13	2	100	50	820	2
3791894	1149	13	19	70	152		-14	22	105	50	830	2
1764716	1121	14	28	80	131		-15	1	110	45	840	3
3858117	1092	15	18	90	125		-16	2	115	55	850	1
2631119	1079	16	20	100	123		-17	16	120	44	860	1
3204160	1074	17	25	110	95		-18	1	125	38	870	0
3970791	1045	18	21	120	99		-19	1	130	32	880	1
638891	1022	19	22	130	70		-20	7	135	37	890	3
3392036	1020	20	20	140	71		-21	0	140	34	900	1
3864400	1007	21	15	150	79		-22	0	145	40	910	3
1410445	1003	22	19	160	60		-23	7	150	39	920	2
3966467	1001	23	15	170	58	1 à 200	-24	0	155	36	930	2
180046	997	24	18	180	54	2443	-25	1	160	24	940	1
226066	997	25	14	190	51	69%	-26	4	165	38	950	0
102898	986	26	12	200	44		-27	0	170	20	960	2
1232294	981	27	14	210	41		-28	0	175	25	970	0
66244	978	28	16	220	33		-29	3	180	29	980	1
1851963	956	29	14	230	34		-30	0	185	24	990	2
2836755	953	30	14	240	39		-31	0	190	27	1000	2
3339204	937	31	12	250	31	1 à 200	-32	1	195	23	1010	3
485591	928	32	15	260	30	2461		308	200	21	1020	1
1163082	925	33	8	270	39		reste	12	205	21	1030	1
2704567	918	34	14	280	17		total	320	210	20	1040	0
1624776	912	35	5	290	25				215	19	1050	1
1989125	909	36	17	300	20		intercal	fréquencef	220	14	1060	0
2763942	909	37	11	310	24		600	3405	225	17	1070	0
3941959	907	38	9	320	26		650	20	230	17	1080	2
3569216	896	39	18	330	21		700	21	235	16	1090	0
3279840	890	40	12	340	12	201 à 370	750	28	240	23	1100	1
3713046	890	reste	2239	350	16	440	800	24	245	16	1110	0
1258251	888	total	3555	360	20	12%	850	11	250	15	1120	0
3954233	874			370	12		900	6	255	14	1130	1
248335	860			380	9		950	8	260	16	1140	0
				390	8		1000	7	265	17	1150	1
				400	9		1050	6	270	22	1160	1
adresse	intercaln	décalage	long	410	15		1100	3	275	14	1170	0
849554	-68	comp		420	12		1150	2	280	3	1180	1
3465496	-47	shift2	473	430	11		1200	2	285	14	1190	0
3335648	-46	shift2	705	440	9		1250	2	290	11	1200	0
1686663	-44	shift2	464	450	18		1300	2	295	11	reste	12
626279	-41			460	9		1350	1	300	9	total	150
3285379	-41			470	14		1400	1	305	18
569581	-38			480	10		1450	0	310	6
3645168	-38			490	11		1500	0	315	11
3007311	-35			500	5		1550	1	320	15
890595	-34			510	9		1600	0	325	10
1138331	-34			520	5		1650	0	330	11
1639425	-34			530	9		1700	1	335	4
1509236	-32			540	3	371 à 600		146	340	8
2356195	-29			550	7	202			345	11
2927121	-29			560	6	5.7%			350	5
3218460	-29			570	7				355	11
74410	-26			580	4	601 à max			360	9
1241101	-26			590	6	150			365	6
1964711	-26			600	6	4.2%			370	6
3675717	-26			reste	150		reste	4	reste	352
424302	-25			total	3555		toal	3555	toal	3555

myr autres intercalaires

Lien tableur: myr autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

myr Les autres intercalaires.

myr1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	151454	273	comp
	tRNA	153050	208	comp
fin	CDS	153343		comp
deb	CDS	171836	177	comp
	regulatory	174323	162
fin	CDS	174673		comp
deb	CDS	211346	123
	tRNA	212456	30	comp
	tRNA	212561	30	comp
	tRNA	212666	30	comp
	tRNA	212771	42	comp
	tRNA	212888	92	comp
fin	CDS	213058		comp
deb	CDS	294948	146	comp
	tRNA	295481	31	comp
	tRNA	295586	7	comp
	tRNA	295668	280	comp
fin	CDS	296032
deb	CDS	327067	115
	tRNA	328169	466	comp
deb	CDS	328708	73
	tRNA	328940	90	comp
	tRNA	329112	34	comp
	tRNA	329219	39	comp
	tRNA	329331	48	comp
	tRNA	329452	36	comp
	tRNA	329561	129	comp
fin	CDS	329763
deb	CDS	353908	259	comp
	rRNA	354644	109	comp
	rRNA	354863	151	comp
	tRNA	357898	91	comp
	tRNA	358063	80	comp
	rRNA	358217	266	comp
	rRNA	360001	105	comp
	rRNA	360216	151	comp
	tRNA	363261	91	comp
	tRNA	363426	80	comp
	rRNA	363580	688	comp
fin	CDS	365786		comp
deb	CDS	407344	144	comp
	tRNA	408964	36	comp
	tRNA	409074	41	comp
	tRNA	409189	42	comp
	tRNA	409305	41	comp
	tRNA	409420	81	comp
fin	CDS	409575		comp
deb	CDS	539601	209	comp
	tRNA	542039	32	comp
fin	CDS	542191		comp
deb	CDS	550792	40	comp
	tRNA	551084	40	comp
	tRNA	551196	37	comp
	tRNA	551305	38	comp
	tRNA	551415	38	comp
	tRNA	551525	38	comp
	tRNA	551635	75	comp
fin	CDS	551782		comp
deb	CDS	571079	165	comp
	rRNA	574481	109	comp
	rRNA	574700	119	comp
	tRNA	577703	91	comp
	tRNA	577868	81	comp
	rRNA	578023	265	comp
	rRNA	579806	108	comp
	rRNA	580024	151	comp
	tRNA	583069	91	comp
	tRNA	583234	82	comp
	rRNA	583390	1071	comp
fin	CDS	585979		comp
deb	CDS	719558	16	comp
	tRNA	719772	60	comp
deb	CDS	719903	58	comp
	tRNA	721149	20	comp
	tRNA	721241	30	comp
	tRNA	721352	93	comp
fin	CDS	721519		comp
deb	CDS	781522	76
	tRNA	782255	96
fin	CDS	782424
deb	CDS	783008	332	comp
	tRNA	783784	113
fin	CDS	783970		comp

myr2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	814859	544	comp
	tRNA	815826	10	comp
fin	CDS	815910		comp
deb	CDS	868515	40
	tRNA	869308	37	comp
	tRNA	869418	37	comp
	tRNA	869528	37	comp
	tRNA	869638	37	comp
	tRNA	869748	37	comp
	tRNA	869858	242	comp
fin	CDS	870173		comp
deb	CDS	887776	96
	regulatory	888352	64
fin	CDS	888516
deb	CDS	900643	77	comp
	regulatory	902862	75	comp
fin	CDS	903026		comp
deb	CDS	1010425	95
	tRNA	1011306	221	comp
	tRNA	1011598	183	comp
fin	CDS	1011852
deb	CDS	1110980	158	comp
	tRNA	1112080	47
fin	CDS	1112207		comp
deb	CDS	1113809	158
	rRNA	1114432	107	comp
	rRNA	1114649	151	comp
	tRNA	1117684	91	comp
	tRNA	1117849	80	comp
	rRNA	1118003	267	comp
	rRNA	1119788	107	comp
	rRNA	1120005	151	comp
	tRNA	1123050	91	comp
	tRNA	1123215	82	comp
	rRNA	1123371	1349	comp
	tRNA	1126238	90	comp
fin	CDS	1126402		comp
deb	CDS	1214932	104
	tRNA	1215720	88	comp
fin	CDS	1215879		comp
deb	CDS	1391184	85
	tRNA	1391911	373
	tRNA	1392358	593
fin	CDS	1393025		comp
deb	CDS	1597909	635
	tRNA	1598862	151
	tRNA	1599087	202
	tRNA	1599366	169
fin	CDS	1599612		comp
deb	CDS	1604664	112	comp
	regulatory	1606846	57	comp
fin	CDS	1607085		comp
deb	CDS	1643091	132	comp
	tRNA	1644612	186
	tRNA	1644880	314
fin	CDS	1645276
deb	CDS	1721814	66
	tRNA	1722756	51	comp
fin	CDS	1722878		comp
deb	CDS	1738209	186	comp
	tRNA	1739220	24	comp
	tRNA	1739318	69	comp
fin	CDS	1739464		comp
deb	CDS	1924596	-38
	tRNA	1926121	341	comp
	tRNA	1926548	381	comp
fin	CDS	1927015
deb	CDS	1928728	125
	tRNA	1929840	147	comp
deb	CDS	1930073	108	comp
	tRNA	1930553	9	comp
	tRNA	1930648	201	comp
fin	CDS	1930922		comp
deb	CDS	1961822	128	comp
	tRNA	1962700	35
	tRNA	1962808	26
	tRNA	1962907	100
fin	CDS	1963080		comp
deb	CDS	2082191	1104
	rRNA	2083838	82
	tRNA	2085438	91
	tRNA	2085603	151
	rRNA	2085828	108
	rRNA	2088820	156
fin	CDS	2089086

myr3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	2147912	286
	tRNA	2148528	52
	tRNA	2148654	72
fin	CDS	2148800
deb	CDS	2207990	114	comp
	tRNA	2208800	106	comp
deb	CDS	2208979	150	comp
	tRNA	2209756	145	comp
fin	CDS	2209975
deb	CDS	2224025	53	comp
	ncRNA	2225644	58	comp
fin	CDS	2225810		comp
deb	CDS	2302059	133
	regulatory	2303686	199
fin	CDS	2304079
deb	CDS	2425634	299	comp
	tRNA	2427196	353	comp
fin	CDS	2427624
deb	CDS	2434061	125	comp
	tRNA	2435179	366	comp
fin	CDS	2435619
deb	CDS	2505104	88	comp
	ncRNA	2506290	93
fin	CDS	2506482		comp
deb	CDS	2561350	1073
	rRNA	2564415	79
	tRNA	2566012	93
	tRNA	2566179	119
	rRNA	2566372	107
	rRNA	2569362	279
fin	CDS	2569751
deb	CDS	2640485	167	comp
	regulatory	2641078	541	comp
fin	CDS	2641765
deb	CDS	2676791	235	comp
	tRNA	2678856	497	comp
fin	CDS	2679438
deb	CDS	2729998	20
	tRNA	2731143	22
	tRNA	2731236	22
	tRNA	2731329	22
	tRNA	2731422	22
	tRNA	2731515	294
fin	CDS	2731880
deb	CDS	2977513	497	comp
	tRNA	2978418	61	comp
fin	CDS	2978554		comp
deb	CDS	3228192	79
	tRNA	3228988	26
	tRNA	3229088	25
	tRNA	3229187	24
	tRNA	3229285	43
fin	CDS	3229402		comp
deb	CDS	3299472	99
	tmRNA	3300558	220	comp
fin	CDS	3301177
deb	CDS	3394869	90	comp
	tRNA	3395184	215	comp
fin	CDS	3395484		comp
deb	CDS	3457542	150
	tRNA	3458511	49
	tRNA	3458644	51
	tRNA	3458776	44
	tRNA	3458901	312
fin	CDS	3459294		comp
deb	CDS	3475368	61	comp
	regulatory	3476731	337	comp
fin	CDS	3477177
deb	CDS	3488568	61	comp
	regulatory	3489832	337	comp
fin	CDS	3490278
deb	CDS	3951958	595
	tRNA	3953963	83
	tRNA	3954120	39
fin	CDS	3954233		comp
deb	CDS	3975219	99
	tRNA	3976305	39	comp
	tRNA	3976419	10	comp
	tRNA	3976504	965	comp
fin	CDS	3977553
deb	CDS	4054689	76
	ncRNA	4055338	275	comp
fin	CDS	4055928

myr intercalaires tRNA

Lien tableur: myr intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

	deb	fin	total
<201	30	25	55
total	39	40	79
taux	77%	63%	70%

myr intercalaires tRNA

myr les relevés deb-fin
entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
		273		208
30*3 42	comp’	123		92
31 7		146	comp’	280
	comp’	115	comp’	466
90 34 39 48 36	comp’	73	comp’	129
36 41 42 41		144		81
		209		32
40 37 38*3		40		75
		16		60
20 30		58		93
		76		96
	comp’	332	comp’	113
		54		10
37*5	comp’	40		242
221	comp’	95	comp’	183
	comp’	158	comp’	47
			comp’	90
	comp’	104		88
373		85	comp’	593
151 202		635	comp’	169
186	comp’	132		314
	comp’	66		51
24		186		69
341	comp’	-38	comp’	381
	comp’	125		147
9		108		201
35 26	comp’	128	comp’	100
52		286		72
		114		106
		150	comp’	145
		299	comp’	353
		125	comp’	366
		235	comp’	497
22*4		20		294
		497		61
26 25 24		79	comp’	43
		90		220
		90		215
49 51 44		150	comp’	312
83		595	comp’	39

myr intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
16	10	deb
20	32	<201	18
40	51	total	26
54	60	%	69%
58	61
76	69	fin
79	72	<201	15
85	75	total	22
90	81	%	68%
90	88
108	92	total
114	93	<201	33
125	96	total	48
144	106	%	69%
146	147
150	201
150	208
186	215
209	220
235	242
273	294
286	314
299	-
497	-
595	-
635	-	comp’	cumuls
-38	39	deb
40	43	<201	12
66	47	total	13
73	90	%	92%
95	100
104	113	fin
115	129	<201	10
123	145	total	18
125	169	%	56%
128	183
132	280	total
158	312	<201	22
332	353	total	31
_	366	%	71%
_	381
_	466
_	497
_	593

myr intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre myr blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau myr autres intercalaires.
Remarque: Pour le dernier (adresse 2564414..2565937) bloc 16s l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 1072 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 279 pbs. L'avant dernier est aussi clairement orienté. Les 6 autres blocs présentent tous cette orientation mais ils sont regroupés par 2 et leur intercalaire faible est collé au rRNA suivant. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans myr cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
273	208		23	381	-38		66	51		36	220	90
123	92		13	54	10		186	69		37	215	90
146	280		9	60	16		-38	381		2	123	92
115	466		33	294	20		125	147		15	183	95
73	129		7	209	32		108	201		26	128	100
144	81		39	595	39		128	100		28	114	106
209	32		8	75	40		286	72		25	201	108
40	75		14	242	40		114	106		12	332	113
16	60		35	79	43		150	145		4	466	115
58	93		16	158	47		299	353		24	147	125
76	96		21	66	51		125	366		31	366	125
332	113		10	93	58		235	497		20	314	132
54	10		34	497	61		20	294		29	150	145
40	242		22	186	69		497	61		3	280	146
95	183		27	286	72		79	43		38	312	150
158	47		5	129	73		90	220		19	635	169
104	88		11	96	76		90	215		1	273	208
85	593		6	144	81		150	312		32	497	235
635	169		18	593	85		595	39		30	353	299
132	314		17	104	88		*			*

Flavobacterium psychrophilum JIP02/86

fps opérons

Lien tableur: fps opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
Phylogénie: Bacteria; Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Bd2. fps opérons, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
32.4%GC	14.8.19 Paris	49	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
	3517..4200	CDS		43	43			228
comp	4244..4317	tgc		104	104
comp	4422..4781	CDS						120

	113561..114154	CDS		107	107			198
comp	114262..114335	aac		147	147
comp	114483..115817	CDS						445

comp	190346..191287	CDS		175	175			314
	191463..191545	ttg	@1	290		290
comp	191836..191920	cta		132	132
	192053..193441	CDS						463

comp	295744..295950	CDS		179	179			69
comp	296130..296203	atgi		86	86
comp	296290..296694	CDS						135

comp	318122..319414	CDS		896	896			431
comp	320311..320387	gac		86	86
comp	320474..321400	CDS						309

comp	371118..374348	CDS		154	154			1077
	374503..374576	caa		47	47
comp	374624..375631	CDS						336

comp	464114..466717	CDS		125	125			868
comp	466843..466920	cca		163	163
	467084..468346	CDS						421

	507944..508621	CDS		1042	1042			226
	509664..511163	16s		110				1500
	511274..511350	atc		158			158
	511509..511585	gca		213
	511799..514683	23s		156				2885
	514840..514945	5s		204	204			106
	515150..515902	CDS						251

	596537..597679	CDS		312	312			381
comp	597992..598074	ctc	+	40		40
comp	598115..598190	aaa	2 aaa	23		23
comp	598214..598289	aaa		128	128
	598418..598936	CDS						173

	642117..643595	CDS		91	91			493
	643687..643758	gaa	+	31		31
	643790..643864	gaa	2 gaa	162	162
	644027..644278	CDS		1149	1149			84
	645428..646927	16s		110				1500
	647038..647114	atc		158			158
	647273..647349	gca		213
	647563..650447	23s		156				2885
	650604..650709	5s		931	931			106
	651641..653437	CDS						599

	726614..727399	CDS		207	207			262
comp	727607..727684	gta		81	81
comp	727766..728980	CDS						405

	852715..853170	CDS		128	128			152
comp	853299..853375	cac		75	75
comp	853451..854167	CDS						239

	897041..897184	CDS		75	75			48
	897260..897336	cgt		46	46
	897383..897955	CDS						191

comp	982868..984043	CDS		254	254			392
	984298..984384	agc		15		15
	984400..984477	cca		30		30
	984508..984584	aga		93	93
	984678..985880	CDS						401

comp	1110660..1112606	CDS		1082	1082			649
	1113689..1115188	16s		110				1500
	1115299..1115375	atc		158			158
	1115534..1115610	gca		213
	1115824..1118708	23s		156				2885
	1118865..1118970	5s		282	282			106
comp	1119253..1120218	CDS						322

comp	1123344..1124324	CDS		-981	-981			327
comp	1123344..1124324	rpr	@2	191	191			981
comp	1124516..1124698	rpr		20	20			183
comp	1124719..1124862	rpr		289	289			144
comp	1125152..1125229	gta		82	82
comp	1125312..1125686	CDS						125

	1285199..1285477	CDS		148	148			93
	1285626..1285710	tac		473	473
	1286184..1286810	CDS						209

	1309373..1310833	CDS		1079	1079			487
comp	1311913..1312018	5s		156				106
comp	1312175..1315059	23s		213				2885
comp	1315273..1315349	gca		158			158
comp	1315508..1315584	atc		110
comp	1315695..1317194	16s		1276	1276			1500
	1318471..1319160	CDS						230

comp	1395138..1395728	CDS		73	73			197
comp	1395802..1396536	rpr		93	93			735
comp	1396630..1397052	rpr		248	248			423
comp	1397301..1397388	tca		135	135
comp	1397524..1398660	CDS						379

comp	1622342..1622755	CDS		100	100			138
comp	1622856..1622929	aca		79	79
comp	1623009..1623275	CDS						89

comp	1815453..1816334	CDS		239	239			294
	1816574..1816649	atgf	+	31		31
	1816681..1816756	atgf	2 atgf	591	591
	1817348..1817794	CDS						149

	1859580..1860149	CDS		305	305			190
comp	1860455..1860531	atgj		143	143
	1860675..1861067	CDS						131

comp	1904719..1905537	CDS		26	26			273
comp	1905564..1905637	cga		70	70
comp	1905708..1906157	CDS						150

	1995546..1996253	CDS		35	35			236
comp	1996289..1996361	gga		281	281
	1996643..1997074	CDS						144

	2088032..2088418	CDS		105	105			129
	2088524..2089369	rpr		116				846
comp	2089486..2089591	5s		156				106
comp	2089748..2092632	23s		213				2885
comp	2092846..2092922	gca		158			158
comp	2093081..2093157	atc		110
comp	2093268..2094767	16s		1570	1570			1500
comp	2096338..2099241	CDS						968

	2182840..2185440	CDS		138	138			867
	2185579..2185654	ggc		40		40
	2185695..2185782	tta		93	93
comp	2185876..2190132	CDS						1419

comp	2295987..2296184	CDS		14	14			66
comp	2296199..2296272	tgg		61	61
comp	2296334..2297521	CDS		55	55			396
comp	2297577..2297651	acc		83		83
comp	2297735..2297818	tac		138		138
comp	2297957..2298033	aca		90	90
comp	2298124..2298426	CDS						101

	2506720..2507055	CDS		288	288			112
comp	2507344..2507449	5s		156				106
comp	2507606..2510490	23s		213				2885
comp	2510704..2510780	gca		158			158
comp	2510939..2511015	atc		110
comp	2511126..2512625	16s		1010	1010			1500
comp	2513636..2514889	CDS						418

	2632307..2633335	CDS		53	53			343
	2633389..2633476	tcc		246	246
	2633723..2634982	CDS						420

comp	2752993..2753322	CDS		64	64			110
	2753387..2753463	gcc		105	105
comp	2753569..2757033	CDS						1155

comp	2800796..2801521	CDS		98	98			242
	2801620..2801695	ttc		299	299
comp	2801995..2802723	gene	@3	406	406			243
comp	2803130..2803444	CDS						105

fps cumuls

Lien tableur: fps cumuls

cumuls. fps.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	6	1	0		1	1	1		100	6	30	0
	16 23 5s 0	0	20	1		50	7	20		200	19	60	1
	16 atc gca	6	40	6		100	20	40		300	12	90	4
	16 23 5s a	0	60	0		150	13	60		400	10	120	6
	max a	2	80	0		200	6	80		500	10	150	8
	a doubles	0	100	1		250	5	100		600	1	180	2
	autres	0	120	0		300	6	120		700	1	210	5
	total aas	12	140	1		350	2	140		800	0	240	5
sans	opérons	26	160	0	6	400	0	160		900	2	270	4
	1 aa	19	180	0		450	1	180		1000	1	300	2
	max a	3	200	0		500	1	200		1100	1	330	4
	a doubles	3		1			10						24
	total aas	37		7	6		59		0		57		41
total aas		49
remarques		3
avec jaune			moyenne	72	158		257				333
			variance	85	0		374				276
sans jaune			moyenne	30			135				246		181
			variance	9			82				126		78

fps blocs

Lien tableur: fps blocs

Bd2. fps blocs, Flavobacterium psychrophilum
CDS	1042	226	1149	84	1082	649
16s	110	1500	110	1500	110	1500
atc	158		158		158
gca	213		213		213
23s	156	2885	156	2885	156	2885
5s	204	106	931	106	282	106
CDS		251		599		322

			105	129
CDS	1079	487	116	846	288	112
5s	156	106	156	106	156	106
23s	213	2885	213	2885	213	2885
gca	158		158		158
atc	110		110		110
16s	1276	1500	1570	1500	1010	1500
CDS		230		968		418

fps remarques

Lien tableur: fps remarques
Remarques: des blocs à rRNAs tous identiques de type atcgca
1. @ Les intercalaires très élevés entre 2 aas
2. @ rpr pour repeat region, peuvent jouer un rôle dans la création de gènes.
3. @ NCBI l’a qualifié de pseudo gène sans lui attribuer le label de cds
Séquence des doubles: très peu de doubles, avec 3 doublets seulement aaa gaa atgf
Code génétique de fps:
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le
- - totaux en en-tête, 49 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 49 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86
g1		t1				49	49
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	2	tgc	1
f atc	6	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	0	cac	1	cgt	1
h gtc		n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	2	caa	1	cga	1
l gta	2	o gca	6	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg

fps distribution

Lien tableur: fps distribution
Légende:
- en en-tête les blocs sans rRNA, >1aa pour plus d'un tRNA et 1aa, 1 seul tRNA; les blocs à rRNA, -5s +5s -16s +16s, respectivement avant et après 5s, avant et après 16s.
Notes:
- 17 *, >1aa a un total de 17 dont aaa gaa atgf sont des doubles.

- 20 *, =1aa a un total de 20 dont aca cca tac qui se trouvent dans 2, ont un tRNA =1aa et l'autre >1aa.

Bd2 fps, Flavobacterium psychrophilum JIP02/86. bacteroide.
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	2	tgc	1
f atc	6	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc		n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	2	aga	1
k cta	1	g cca	2	caa	1	cga	1
l gta	2	o gca	6	gaa	2	gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj	1	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
fps	17 *	20 *				12	49

bacteroide synthèse

Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo

bacteroide distribution par génome

Lien tableur: bacteroide distribution par génome

Bacteroide distribution par génome
bact2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
myr	11	16			1	16	57		101
fps	11	20				12	6		49
total	22	36	0	0	1	28	63	0	150

bacteroide distribution du total

Lien tableur: bacteroide distribution du total
Notes: dans tac souligné il y a 1 -16s, les +16s sont tous en rouge.
Légende: Couleurs des tableaux, voir bacilli
- Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

bacteroide. Distribution du total et indices

bacteroide. Distribution du total
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	5
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	8	tgc	2
f atc	14	j acc	2	aac	3	agc	3
g ctc	2	f ccc		cac	5	cgt	3
h gtc		n gcc	1	gac	4	ggc	2
i tta	4	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	8	aaa	8	aga	4
k cta	3	g cca	6	caa	3	cga	2
l gta	9	o gca	14	gaa	8	gga	7
m ttg	2	d tcg		tag		tgg	3
n atgj	3	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type	85	36			1	28	150

bacteroide. indices du 27.5.20 146 génomes
g1		t1		146	7096	1,4	0,7
a atgi	105	a tct	0,7	tat	0,7	atgf	129
b att	0,7	i act		aat		agt
c ctt	0,7	e cct	1,4	cat		cgc	1,4
d gtt	0,7	m gct		gat		ggt	0,7
e ttc	129	b tcc	98	tac	152	tgc	119
f atc	295	j acc	102	aac	130	agc	110
g ctc	99	f ccc	58	cac	114	cgt	134
h gtc	35	n gcc	83	gac	173	ggc	151
i tta	112	c tca	125	taa	6,2	tga	2,1
j ata	0,7	k aca	161	aaa	186	aga	108
k cta	109	g cca	149	caa	113	cga	42
l gta	184	o gca	286	gaa	181	gga	141
m ttg	101	d tcg	21	tag	0,7	tgg	117
n atgj	114	l acg	32	aag	47	agg	68
o ctg	49	h ccg	30	cag	29	cgg	55
p gtg	3,4	p gcg	4,1	gag	25	ggg	34
	inter		max		min		total

bacteroide distribution par type

Lien tableur: bacteroide distribution par type
Légende: voir bacilli

Bacteroide. Distribution par type.

bacteroide. distribution des solitaires
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc		j acc		aac	1	agc
g ctc		f ccc		cac	1	cgt	1
h gtc		n gcc	1	gac	1	ggc
i tta	1	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa		aga
k cta		g cca	2	caa	1	cga	2
l gta	3	o gca		gaa		gga	1
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	3
n atgj	3	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	1aa	36

bacteroide. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac	2	tgc
f atc		j acc	2	aac		agc	3
g ctc	2	f ccc		cac		cgt
h gtc		n gcc		gac		ggc	2
i tta	1	c tca		taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	1	aga	2
k cta	1	g cca	2	caa		cga
l gta	1	o gca		gaa		gga
m ttg	1	d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	>1aa	22

bacteroide. distribution du type >1aa duplicata
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	3	b tcc		tac	4	tgc
f atc		j acc		aac	2	agc
g ctc		f ccc		cac	4	cgt	2
h gtc		n gcc		gac	3	ggc
i tta	2	c tca		taa		tga
j ata		k aca	5	aaa	7	aga	2
k cta	2	g cca	2	caa	2	cga
l gta	5	o gca		gaa	8	gga	6
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	dupli	63

bacteroide par rapport au groupe de référence

Lien tableur: bacteroide par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence
	bact2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	3	2	0				5
16	moyen	16	10	12			28	66
14	fort	17	10	51			1	79
		36	22	63			29	150
10	g+cga	2						2
2	agg+cgg
4	carre ccc	1	2					3
5	autres
		3	2					5
		total tRNAs ‰
	bact2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	bact ‰	ref.‰
21	faible	20	13					33	26
16	moyen	107	67	80			187	440	324
14	fort	113	67	340			7	527	650
		240	147	420			193	150	729
10	g+cgg	13						13	10
2	agg+cga
4	carre ccc	7	13					20	16
5	autres
		20	13					33
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	bact2	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	25	17		41	26	8	9
16	moyen	132	83	99	314	324	44	45	19
14	fort	140	83	421	645	650	47	45	81
		298	182	521	121	729	36	22	63
10	g+cgg	17			17	10
2	agg+cga
4	carre ccc	8	17		25	16
5	autres
		25	17		41

bacteroide, estimation des -rRNAs

Lien tableur: bacteroide, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 27.5.20
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

bacteroide, calcul des -rRNAs

Lien tableur: bacteroide, calcul des -rRNAs

bac bacteroide 63 génomes

bac1 cumul des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 29 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	104	j acc		aac	1	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt	1
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca	1	taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa	1	cga
l gta		o gca	102	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact29	inter		max		min		total
	207		3		0		210

bac2 indices du clade bacteroide du 27.5.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1				1.4	0.7
a atgi	105	a tct	0.7	tat	0.7	atgf	129
b att	0.7	i act		aat		agt
c ctt	0.7	e cct	1.4	cat		cgc	1.4
d gtt	0.7	m gct		gat		ggt	0.7
e ttc	129	b tcc	98	tac	152	tgc	119
f atc	295	j acc	102	aac	130	agc	110
g ctc	99	f ccc	58	cac	114	cgt	134
h gtc	35	n gcc	83	gac	173	ggc	151
i tta	112	c tca	125	taa	6.2	tga	2.1
j ata	0.7	k aca	161	aaa	186	aga	108
k cta	109	g cca	149	caa	113	cga	42
l gta	184	o gca	286	gaa	181	gga	141
m ttg	101	d tcg	21	tag	0.7	tgg	117
n atgj	114	l acg	32	aag	47	agg	68
o ctg	49	h ccg	30	cag	29	cgg	55
p gtg	3.4	p gcg	4.1	gag	25	ggg	34
gtRNA	inter		max		min		total
	2064		2113		669		4846

bac3 cumul des -rRNAs de l'annexe bacteroide de 2 génomes
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	5
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	4	b tcc	1	tac	7	tgc	2
f atc		j acc	2	aac	3	agc	3
g ctc	2	f ccc		cac	5	cgt	3
h gtc		n gcc	1	gac	4	ggc	2
i tta	4	c tca	4	taa		tga
j ata		k aca	8	aaa	8	aga	4
k cta	3	g cca	6	caa	3	cga	2
l gta	9	o gca		gaa	8	gga	7
m ttg	2	d tcg		tag		tgg	3
n atgj	3	l acg		aag		agg
o ctg	0	h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	inter		max		min		total
	39		77		5		121

bac4 indices des +rRNAs de la fiche bacteroide pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	359	j acc	3.4	aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgt	3.4
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca	3.4	taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa	3.4	cga
l gta		o gca	354	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact29	inter		max		min		total
	714		10		0		725

bac5 estimation des -rRNA du clade bacteroide pour 100 génomes
g1		t1				1.4	0.7
a atgi	105	a tct	0.2	tat		atgf	129
b att		i act	0.7	aat		agt	0.2
c ctt	0.9	e cct	0.5	cat	0.9	cgc	1.4
d gtt	0.2	m gct	0.2	gat	0.9	ggt	0.2
e ttc	129	b tcc	98	tac	152	tgc	119
f atc	-64	j acc	102	aac	127	agc	110
g ctc	99	f ccc	58	cac	114	cgt	131
h gtc	35	n gcc	83	gac	173	ggc	151
i tta	112	c tca	122	taa	6.2	tga	2
j ata	0.7	k aca	161	aaa	186	aga	108
k cta	109	g cca	146	caa	113	cga	42
l gta	184	o gca	-66	gaa	181	gga	141
m ttg	101	d tcg	21	tag	0.7	tgg	117
n atgj	114	l acg	32	aag	47	agg	68
o ctg	49	h ccg	30	cag	29	cgg	55
p gtg	3	p gcg	4.1	gag	25	ggg	34
-rRNA	inter		max		min		total
	1350		2103		670		4122

bac6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	150	a tct		tat		atgf	250
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	200	b tcc	50	tac	350	tgc	100
f atc		j acc	100	aac	150	agc	150
g ctc	100	f ccc		cac	250	cgt	150
h gtc		n gcc	50	gac	200	ggc	100
i tta	200	c tca	200	taa		tga
j ata		k aca	400	aaa	400	aga	200
k cta	150	g cca	300	caa	150	cga	100
l gta	450	o gca		gaa	400	gga	350
m ttg	100	d tcg		tag		tgg	150
n atgj	150	l acg		aag		agg
o ctg	0	h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
bact2	inter		max		min		total
	1950		3850		250		6050

bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: bacteroide, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- bac7. diff, somme des couleurs de bac7. La différence entre tRNAs est faite entre bac5 et bac6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- bac8. rap, rapport des sommes couleurs bac5/bac2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bac5 sur celui de bac2.
Fréquences des différences en % du tableau bac7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	0	3	4	6	4	4	9	0	0	0	18	0	48
tot ≤ 50						21

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 12% au dessus de celle de la fiche des bacteroides.

tRNAs		fiche		annexe
sans		1559		121
avec		218		29
genomes		29		2
indice %	54		61

bac bacteroide 63 génomes

bac7 bacteroide, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	30	a tct	100	tat		atgf	48
b att		i act	100	aat		agt	100
c ctt	100	e cct	100	cat	100	cgc	100
d gtt	100	m gct	100	gat	100	ggt	100
e ttc	36	b tcc	49	tac	57	tgc	16
f atc	100	j acc	2	aac	16	agc	27
g ctc	1	f ccc	100	cac	54	cgt	13
h gtc	100	n gcc	40	gac	14	ggc	34
i tta	44	c tca	39	taa		tga	100
j ata	100	k aca	60	aaa	54	aga	46
k cta	27	g cca	51	caa	25	cga	58
l gta	59	o gca	100	gaa	55	gga	60
m ttg	1	d tcg	100	tag	100	tgg	22
n atgj	24	l acg	100	aag	100	agg	100
o ctg	100	h ccg	100	cag	100	cgg	100
p gtg	100	p gcg	100	gag	100	ggg	100
diff	inter		max		min		total
	381		579		99		1059

bac8 bacteroide, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt	129	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	-22	j acc		aac	97	agc
g ctc		f ccc		cac		cgt	97
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca	97	taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca	98	caa		cga
l gta		o gca	-23	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	65		100		100		85

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