ase les fréquences

• Lien tableur: ase intercalaires entre cds
• Légende:   long, longueur en pbs,   intercal pour intercalaire

  - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.

  - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

  - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

  - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

  - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 17.12.20.

ase autres intercalaires

• Lien tableur: ase autres intercalaires
• Légende:  

  - comp, le gène est sur le brin complement

  - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

ase intercalaires tRNA

• Lien tableur: ase intercalaires tRNA
• Légende:

  - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

  - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

• Cumuls comp'+continu du tableau

	deb	fin	total
	deb	fin	total
<201	30	28	58
total	50	51	101
taux	60%	55%	57%

ase intercalaires rRNA

• Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre ase blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau ase autres intercalaires.
• Remarque: ase a 6 blocs à rRNAs seuls. Trois sont sur le brin de référence et les 3 autres sur le brin complément. Les intercalaires cds-16s sont tous plus grands que ceux 5s-cds. Par exemple le 1er bloc a 556 et 134 pbs pour respectivement cds-16s et 5s-cds. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
• Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans ase cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
78	202		17	132	-12		23	31		12	103	79
279	257		8	42	8		22	278		14	203	89
387	151		18	296	13		409	32		47	116	91
595	338		24	151	19		104	345		5	274	92
92	274		25	19	19		317	43		11	138	94
434	817		27	278	22		699	34		29	345	104
185	74		26	31	23		35	411		38	136	112
42	8		28	409	32		412	380		34	178	113
1343	459		31	699	34		113	178		37	136	116
430	148		32	411	35		69	51		23	362	131
94	138		43	81	37		167	55		41	296	135
79	103		19	373	38		136	116		45	175	136
55	221		22	1132	38		136	112		10	430	148
203	89		30	317	43		546	451		3	387	151
262	244		21	827	47		65	419		46	204	190
91	54		35	69	51		135	296		20	315	217
132	-12		16	91	54		599	71		15	262	244
296	13		13	221	55		81	37		2	279	257
373	38		36	167	55		64	171		48	370	329
217	315		44	171	64		136	175		4	595	338
47	827		40	419	65		190	204		33	412	380
38	1132		42	599	71		91	116		49	524	408
362	131		7	185	74		329	370		6	817	434
19	151		50	1017	77		524	408		39	546	451
19	19		1	202	78		77	1017		9	1343	459