Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/cyano

Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133

npu opérons

Lien tableur: npu opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Nostocales; Nostocaceae; Nostoc.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Cy1. npu opérons, Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133
41.4%GC	12.8.19 Paris	79	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
	199270..199464	CDS		237	237			65
comp	199702..199775	agg		33	33
comp	199809..200906	CDS						366

comp	352653..353060	CDS		690	690			136
comp	353751..353822	ggc		147	147
comp	353970..354548	CDS						193

	503259..503606	CDS		145	145			116
	503752..503827	atgj	+	-1		-1
	503827..503901	atgj	2 atg	397	397
	504299..505384	CDS	@1					362

comp	777899..778429	CDS		34	34			177
	778464..778537	cgt		38	38
comp	778576..779829	CDS						418

	878016..878609	CDS		384	384			198
	878994..879064	tgc		205	205
	879270..879491	CDS						74

comp	951559..952671	CDS		53	53			371
	952725..952796	acc		310	310
comp	953107..953340	CDS						78

comp	954493..955170	CDS		72	72			226
comp	955243..955315	aga		356	356
	955672..956331	CDS						220

	1054005..1054811	CDS		290	290			269
comp	1055102..1055172	gga		50	50
comp	1055223..1056383	CDS						387

comp	1175326..1175523	CDS		247	247			66
comp	1175771..1175844	ccg		138	138
	1175983..1176855	CDS						291

	1380042..1380593	CDS		226	226			184
comp	1380820..1380904	tcc		107	107
	1381012..1381380	CDS						123

	1442145..1442867	CDS		32	32			241
	1442900..1442974	ttc		362	362
	1443337..1444770	CDS						478

comp	1650791..1652236	CDS		133	133			482
comp	1652370..1652443	gac		111	111
comp	1652555..1653088	CDS						178

comp	2020233..2021171	CDS		317	317			313
	2021489..2022985	16s		123				1497
	2023109..2023185	atc		79			79
	2023265..2023340	gca		249
	2023590..2026486	23s		59				2897
	2026546..2026663	5s		230	230			118
> comp	2026894..2027373	CDS						160

comp	2303766..2304149	CDS		124	124			128
	2304274..2304349	cac		1362	1362
	2305712..2308132	CDS						807

comp	3372671..3373291	CDS		143	143			207
	3373435..3373507	gta		415	415
	3373923..3374555	CDS						211

comp	3434121..3435443	CDS		204	204			441
comp	3435648..3435739	agc		141	141
comp	3435881..3436813	CDS						311

	3439846..3440202	CDS	@2	-19	-19			119
comp	3440184..3440257	gca		48		48
comp	3440306..3440378	aca	+	8		8
comp	3440387..3440462	atgf	2 aca	11		11
comp	3440474..3440546	cta		4		4
comp	3440551..3440623	ccg		6		6
comp	3440630..3440706	ctc		2		2
comp	3440709..3440785	ctg		3		3
comp	3440789..3440861	cca		1		1
comp	3440863..3440940	tta		6		6
comp	3440947..3441023	ttg		6		6
comp	3441030..3441105	caa		3		3
comp	3441109..3441181	cag		5		5
comp	3441187..3441261	aac		6		6
comp	3441268..3441365	aca		81		81
comp	3441447..3441521	cgt		4		4
comp	3441526..3441615	agc		113		113
comp	3441729..3441800	gaa		58		58
comp	3441859..3441933	tgg		88		88
comp	3442022..3442095	tgc		132		132
comp	3442228..3442301	gac		118	118
comp	3442420..3442614	CDS						65

	3448311..3448919	CDS		80	80			203
comp	3449000..3449072	gaa		120	120
	3449193..3449375	CDS						61

	4538041..4538745	CDS		151	151			235
	4538897..4538981	tcg		194	194
	4539176..4540357	CDS						394

comp	4869164..4869988	CDS		584	584			275
comp	4870573..4870646	cca		298	298
comp	4870945..4871493	CDS						183

comp	5426384..5427841	CDS		100	100			486
comp	5427942..5428018	atgf		46	46
comp	5428065..5429018	CDS						318

comp	5480844..5481563	CDS		407	407			240
comp	5481971..5482043	gcc		94	94
comp	5482138..5482332	CDS						65

	5510568..5511620	CDS		319	319			351
comp	5511940..5512057	5s		59				118
comp	5512117..5515016	23s		249				2900
comp	5515266..5515341	gca		82			82
comp	5515424..5515497	atc		123
comp	5515621..5517117	16s		682	682			1497
comp	5517800..5519035	CDS						412

comp	5572068..5572769	CDS		290	290			234
	5573060..5573132	atgi		153	153
comp	5573286..5573720	CDS						145

	5573827..5574450	CDS		93	93			208
comp	5574544..5574615	aca		345	345
	5574961..5575881	CDS						307

< comp	5655591..5655800	CDS		21	21			70
comp	5655822..5655893	aac		144	144
comp	5656038..5656589	CDS						184

	5688669..5689538	CDS		75	75			290
	5689614..5689689	ttc		663	663
comp	5690353..5692080	CDS						576

	5756596..5757801	CDS		66	66			402
	5757868..5757940	cgg		400	400
comp	5758341..5759045	CDS						235

comp	6075820..6077016	CDS		175	175			399
comp	6077192..6077263	ggg		171	171
comp	6077435..6078052	CDS						206

comp	6083633..6084493	CDS		676	676			287
	6085170..6086666	16s		123				1497
	6086790..6086866	atc		79			79
	6086946..6087021	gca		249
	6087271..6090169	23s		59				2899
	6090229..6090346	5s		176	176			118
comp	6090523..6090720	CDS						66

comp	6498176..6499135	CDS		149	149			320
comp	6499285..6499402	5s		59				118
comp	6499462..6502360	23s		249				2899
comp	6502610..6502685	atc		79			79
comp	6502765..6502841	gca		123
comp	6502965..6504461	16s		315	315			1497
	6504777..6505643	CDS						289

	6889916..6890785	CDS		61	61			290
	6890847..6890918	aaa		294	294
comp	6891213..6892148	CDS						312

	6948457..6949644	CDS		162	162			396
	6949807..6949888	cta		400	400
	6950289..6950609	CDS						107

comp	6980662..6982233	CDS		171	171			524
	6982405..6982478	gtc		1521	1521
comp	6984000..6985919	CDS						640

	7066111..7067829	CDS		232	232			573
comp	7068062..7068133	caa		270	270
comp	7068404..7069606	CDS						401

comp	7071719..7071991	CDS		39	39			91
comp	7072031..7072114	ttg		109	109
comp	7072224..7073345	CDS						374

comp	7074644..7076011	CDS		409	409			456
	7076421..7076502	ctg		95	95
	7076598..7077374	CDS						259

	7130044..7131132	CDS		131	131			363
comp	7131264..7131335	acg		33	33
	7131369..7131662	CDS						98

	7224805..7225167	CDS		146	146			121
	7225314..7225386	tgg		378	378
	7225765..7225986	CDS						74

comp	7346902..7348245	CDS		396	396			448
	7348642..7348724	ctc		127	127
	7348852..7349475	CDS						208

	7506243..7506593	CDS		747	747			117
comp	7507341..7507414	ccc		50	50
comp	7507465..7507830	CDS						122

	7517008..7519347	CDS		167	167			780
	7519515..7519588	atgj		213	213
<> comp	7519802..7520109	CDS						103

comp	7571389..7571706	CDS		895	895			106
comp	7572602..7572676	aag		63	63
comp	7572740..7574992	CDS						751

comp	7610323..7610769	CDS		481	481			149
comp	7611251..7611323	gca		71	71
	7611395..7612312	CDS						306

	7936008..7936736	CDS		65	65			243
	7936802..7936874	gcg		437	437
	7937312..7938874	CDS						521

	7972961..7973239	CDS		313	313			93
comp	7973553..7973624	acc		88		88
comp	7973713..7973798	tac		124	124
comp	7973923..7974897	CDS						325

	7975047..7975976	CDS		100	100			310
	7976077..7976161	tca		374	374
	7976536..7978545	CDS						670

npu cumuls

Lien tableur: npu cumuls

cumuls. npu.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	4	1	2		1	1	1		100	13	30	0
	16 23 5s 0	0	20	12		50	10	40		200	21	60	0
	16 atc gca	4	40	0		100	14	80		300	22	90	10
	16 23 5s a	0	60	2		150	18	120		400	19	120	9
	max a	2	80	0	3	200	9	160		500	10	150	7
	a doubles	0	100	3	1	250	8	200		600	4	180	3
	autres	0	120	1		300	5	240		700	2	210	10
	total aas	8	140	1		350	6	280		800	2	240	7
sans	opérons	43	160	0		400	9	320		900	1	270	4
	1 aa	40	180	0		450	4	360		1000	0	300	6
	max a	20	200	0		500	1	400		1100	0	330	9
	a doubles	2		0			9				0		29
	total aas	64		16	4		79		0		85		65
total aas		72
remarques		2
avec jaune			moyenne	32	79		254				279
			variance	43	0		254				171
sans jaune			moyenne	11			176				240		188
			variance	17			111				122		85

npu blocs

Lien tableur: npu blocs

Cy1. npu blocs, Nostoc punctiforme
CDS	317	313	676	287
16s	123	1497	123	1497
atc	79		79
gca	249		249
23s	59	2897	59	2897
5s	230	118	176	118
CDS		160		66

CDS	319	351	149	320
5s	59	118	59	118
23s	249	2900	249	2899
gca	82		79
atc	123		123
16s	682	1497	315	1497
CDS		412		289

npu remarques

Remarques
1. @ un intercalaire entre 2 aas négatif d’une pb.
2. @ un cds négatif de 19 qui empiète de 25% sur le tRNA gca.
  - une séquence de tRNAs de 20, semblable à celles des bacilli, avec des intercalaires très faibles, 13 sur 21 de 1 à 11.
  
  - Cette séquence présente un intercalaire de tête de 48 et une queue avec 5 intercalaires élevés de 48 à 132 pbs.
3. Les protéines des cds sont aussi très petites comme npu avec une moyenne de 188 (170) aas pour 65 (45) cds sur 94 (69).
4. 4 blocs à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs. Par contre atc-gca est très élevé par rapport à celui de npu, 79 contre 12.
Séquence des doubles: très peu de doubles comme npu, à peine 2 doublets. Par contre le code génétique montre un doublement quasi généralisé des tRNAs avec apparition de ata et les multiplicités de atc et gca sont dues aux blocs à rRNAs. Le doublement généralisé est du à la longue séquence 20 aas. Les tRNAs ordinairement faibles sont gtg gag cga. Par contre d’autres faibles sont doubles, ccc ccg aag ctg.
Multiples, sup1: blocs sans rRNA ayant 2 aas ou plus, sans les 4 atcgca des blocs à rRNAs. Tous les simples, 40, (blocs à un seul aa) n'ont qu'une occurrence sauf ttc. Voir code génétique ci-dessous.

gca	ctc	caa	agc	*
aca	ctg	cag	gaa	atgj2
atgf	cca	aac	tgg	*
cta	tta	aca	tgc	acc
ccg	ttg	cgt	gac	tac

Code génétique de npu:
Lien tableur: npu remarques
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 79 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 72 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Cy1. npu, Nostoc punctiforme PCC 73102

Cy11. décompte gtRNAdb
g1		t1				79	72
a atgi	2	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	1	tac	2	tgc	2
f atc	4	j acc	1	aac	2	agc	2
g ctc	2	f ccc	2	cac	2	cgt	2
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	2	taa		tga
j ata	1	k aca	2	aaa	2	aga	1
k cta	2	g cca	2	caa	2	cga
l gta	1	o gca	6	gaa	2	gga	1
m ttg	3	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	3	l acg	1	aag	2	agg	1
o ctg	2	h ccg	2	cag	1	cgg	1
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1

Cy12. cumuls, 72 tRNAs

atgi	1	tct		tat		atgf	2
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc	2	tcc	1	tac	1	tgc	2
atc	4	acc	2	aac	2	agc	2
ctc	2	ccc	1	cac	1	cgt	2
gtc	1	gcc	1	gac	2	ggc	1
tta	1	tca	1	taa		tga
ata		aca	3	aaa	1	aga	1
cta	2	cca	2	caa	2	cga
gta	1	gca	6	gaa	2	gga	1
ttg	2	tcg	1	tag		tgg	2
atgj	3	acg	1	aag	1	agg	1
ctg	2	ccg	2	cag	1	cgg	1
gtg		gcg	1	gag		ggg	1

Cy13. sup1, 24 tRNAs

atgi		tct		tat		atgf	1
att		act		aat		agt
ctt		cct		cat		cgc
gtt		gct		gat		ggt
ttc		tcc		tac	1	tgc	1
atc		acc	1	aac	1	agc	1
ctc	1	ccc		cac		cgt	1
gtc		gcc		gac	1	ggc
tta	1	tca		taa		tga
ata		aca	2	aaa		aga
cta	1	cca	1	caa	1	cga
gta		gca	1	gaa	1	gga
ttg	1	tcg		tag		tgg	1
atgj	2	acg		aag		agg
ctg	1	ccg	1	cag	1	cgg
gtg		gcg		gag		ggg

npu distribution

Lien tableur: npu distribution
Légende: couleur orange clair, contient 1 tRNA du bloc de 20 aas sans rRNA, sauf pour aca qui en compte 2 séparés.
Notes:
- atgj2, un seul double, en gras.

- gca: compte 4 +16s, 1 >1aa appartenant au bloc à 20 aas et 1 =1aa.

Cy1 npu. La distribution des tRNAs. Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133. Cyanobacteria.
g1		t1
a atgi	2	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	2
f atc	4	j acc	2	aac	2	agc	2
g ctc	2	f ccc	1	cac	1	cgt	2
h gtc	1	n gcc	1	gac	2	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	3	aaa	1	aga	1
k cta	2	g cca	2	caa	2	cga
l gta	1	o gca	6	gaa	2	gga	1
m ttg	2	d tcg	1	tag		tgg	2
n atgj	3	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	2	h ccg	2	cag	1	cgg	1
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1
tenr	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
npu	25 *	39 *				8	72

Prochlorococcus marinus str. MIT 9301

pmg opérons

Lien tableur: pmg opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Cyanobacteria; Synechococcales; Prochloraceae; Prochlorococcus.
Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé

Cy2. pmg opérons, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
31.3%GC	13.8.19 Paris	37	doubles	intercal	cds	aa	avec aa	cdsa
comp	74235..75521	CDS		4	4			429
comp	75526..75607	ctt		259	259
	75867..77216	CDS						450

	132034..132708	CDS		49	49			225
	132758..132829	aac		566	566
	133396..133845	CDS						150

comp	239249..240268	CDS		170	170			340
comp	240439..240520	cta		71	71
	240592..241041	CDS						150

comp	257573..258844	CDS		77	77			424
comp	258922..258995	cgt		86	86
	259082..259333	CDS						84

comp	272771..274039	CDS		18	18			423
comp	274058..274130	atgi		141	141
	274272..274832	CDS						187

	305431..305850	CDS		84	84			140
comp	305935..306010	ttc		91	91
comp	306102..307331	CDS						410

	313891..314472	CDS		178	178			194
comp	314651..314722	aca		65	65
comp	314788..315120	CDS						111

comp	320549..321988	CDS		603	603			480
	322592..324074	16s		125
	324200..324273	atc		12			12
	324286..324358	gca		256
	324615..327496	23s		60
	327557..327673	5s		43	43
comp	327717..328595	CDS						293

comp	354976..355167	CDS		88	88			64
comp	355256..355327	acc		10		10
comp	355338..355419	tac		102	102
	355522..355962	CDS						147

comp	434230..435660	CDS		17	17			477
comp	435678..435751	gac		149	149
comp	435901..436095	CDS		35	35			65
comp	436131..436203	tgg		53	53
comp	436257..436727	CDS						157

	521448..522497	CDS		99	99			350
	522597..522682	tta		78	78
	522761..522994	CDS						78

comp	609397..609897	CDS		249	249			167
comp	610147..610233	tca		404	404
	610638..611399	CDS						254

	774440..775240	CDS		210	210			267
comp	775451..775524	ccc		27	27
comp	775552..776280	CDS						243

comp	828018..828392	CDS		49	49			125
	828442..828528	tcc		214	214
	828743..830740	CDS						666

	868731..869213	CDS		29	29			161
	869243..869316	atgj		67	67
	869384..869671	CDS						96

	909742..910707	CDS		45	45			322
	910753..910829	atgf		591	591
	911421..911810	CDS						130

	996073..996609	CDS		16	16			179
comp	996626..996698	gaa		41	41
comp	996740..997858	CDS						373

comp	1040019..1040135	CDS		177	177			39
	1040313..1040384	aaa		512	512
	1040897..1041004	CDS						36

	1044863..1045423	CDS		276	276			187
	1045700..1045773	cca		188	188
comp	1045962..1046666	CDS						235

	1134197..1134427	CDS		251	251			77
comp	1134679..1134763	tcg		63	63
comp	1134827..1135849	CDS						341

comp	1163424..1164092	CDS		138	138			223
	1164231..1164304	aga		27	27
	1164332..1165600	CDS						423

	1212124..1212894	CDS		58	58			257
comp	1212953..1213025	gcc		129	129
comp	1213155..1214180	CDS						342

	1253753..1255123	CDS		525	525			457
	1255649..1255730	ttg		5	5
	1255736..1256911	CDS						392

comp	1259549..1260784	CDS		131	131			412
	1260916..1260988	cac		72	72
	1261061..1262455	CDS						465

	1275239..1277272	CDS		0	0			678
comp	1277273..1277343	gga		112	112
	1277456..1278802	CDS						449

	1308006..1308797	CDS		50	50			264
	1308848..1308919	gtc		67	67
	1308987..1309604	CDS						206

comp	1419657..1419893	CDS		54	54			79
	1419948..1420019	acg		100	100
	1420120..1420440	CDS						107

	1453287..1454075	CDS		35	35			263
comp	1454111..1454199	agc		61	61
comp	1454261..1455460	CDS						400

	1472925..1473932	CDS		94	94			336
	1474027..1474098	caa		16	16
	1474115..1474891	CDS						259

comp	1485558..1486649	CDS		77	77			364
	1486727..1486800	cgg		11	11
comp	1486812..1487258	CDS						149

comp	1500099..1501325	CDS		42	42			409
	1501368..1501438	tgc	@1	364	364
comp	1501803..1502447	CDS						215

comp	1517796..1518128	CDS		78	78			111
comp	1518207..1518280	agg		38	38
	1518319..1518700	ncRNA		21	21
	1518722..1519471	CDS						250

comp	1554202..1554633	CDS		45	45			144
comp	1554679..1554750	ggc		61	61
comp	1554812..1555288	CDS						159

comp	1600898..1601284	CDS	@2	-30	-30			129
comp	1601255..1601326	gta		98	98
	1601425..1602279	CDS						285

pmg cumuls

Lien tableur: pmg cumuls
Légende:
Notes: l'opéron à 2 aas sans rRNA est tac-acc

cumuls. pmg.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds chromosome
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	1	1			1	2	1		100	9	30	0
	16 23 5s 0	0	20	1	1	50	22	40		200	20	60	2
	16 atc gca	1	40			100	23	80		300	15	90	6
	16 23 5s a	0	60			150	7	120		400	10	120	4
	max a	2	80			200	4	160		500	13	150	9
	a doubles	0	100			250	3	200		600	0	180	5
	autres	0	120			300	3	240		700	2	210	4
	total aas	2	140			350	0	280		800	0	240	4
sans	opérons	34	160			400	1	320		900	0	270	8
	1 aa	33	180			450	1	360		1000	0	300	2
	max a	2	200			500	0	400		1100	0	330	1
	a doubles	0					5				0		24
	total aas	35		1	1		63		0		67		45
total aas		37
remarques		2
avec jaune			moyenne	10	12		127				260
			variance	0	0		146				147
sans jaune			moyenne				93				248		170
			variance				76				130		74

pmg blocs

Lien tableur: pmg blocs
Légende:

Cy2. pmg blocs, Prochlorococcus marinus str. MIT 9301
CDS	603	480
16s	125	1483
atc	12
gca	256
23s	60	2882
5s	43	117
CDS		293

pmg remarques

Lien tableur: pmg remarques
Légende:
Remarques
1. @ Un cds négatif de 30 qui empiète de 40% sur le tRNA gta, et un cds nul qui côtoie gga.
2. @ Ensuite une moyenne générale des intercalaires des cds très faible, et 64 tRNAs sur 71 ne dépassant pas 300 pbs avec une moyenne de 93.
3. Les protéines des cds sont aussi très petites avec une moyenne de 170 aas pour 45 cds sur 69.
4. Un seul bloc à rRNA du type le plus courant atcgca avec des intercalaires classiques, surtout gca-23s à 256 pbs.
Séquence des doubles: néant, même pas séparés. Le tableau du code génétique le montre bien. Et les tRNAs qui manquent sont ceux se terminant par g, ctg gtg ccg gcg aag cag gag ggg cga (à la place de cgg) en dehors des obligatoires, tgg agg ttg atg cgg, il n’y a que tcg acg ccc.
Code génétique de pmg:
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 19/1/20 Paris
- - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus est égal au total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.

Cy2. pmg, Prochlorococcus marinus
g1		t1					37
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt	1	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc		f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag		agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg

pmg distribution

Lien tableur: pmg distribution

Cy2 pmg. La distribution des tRNAs. Prochlorococcus marinus str. MIT 9301. Cyanobacteria.
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt	1	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc		f ccc	1	cac	1	cgt	1
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta	1	o gca	1	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag		agg	1
o ctg		h ccg		cag		cgg	1
p gtg		p gcg		gag		ggg
tenr	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
pmg	2	33				2	37

pmg intercalaires entre cds

Lien NCBI
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

pmg les fréquences

Lien tableur: pmg intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 8.2.21.

pmg Les fréquences des intercalaires entre cds
pmg	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5
	négatif	253	14.1	négatif	-10	11	-1 à -67	1641879	-1	253
	zéro	45	2.5					intercals	0	45
	1 à 200	1326	73.7	0 à 200	55	51		139122	5	189
	201 à 370	120	6.7	201 à 370	270	48		8.5%	10	126
	371 à 600	42	2.3	371 à 600	452	60			15	84
	601 à max	14	0.8	601 à 1051	778	154			20	71
	total 1800	<201	90.2	total 1798	74	114	-67 à 1051		25	41
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	56
1337910	1643	-1	253	-70	0		0	45	35	35
344859	1208	0	45	-60	3		-1	36	40	43
1131068	1051	1	35	-50	3		-2	0	45	34
1332255	987	2	43	-40	4		-3	0	50	39
666029	950	3	47	-30	4	min à -1	-4	109	55	34
1046608	901	4	37	-20	20	253	-5	0	60	33
873756	800	5	27	-10	46	14.1%	-6	2	65	30
1082452	696	6	35	0	218		-7	1	70	42
1073300	690	7	19	10	315		-8	24	75	36
1086818	679	8	19	20	155		-9	1	80	44
1350077	676	9	33	30	97		-10	2	85	36
947641	638	10	20	40	78	1 à 100	-11	14	90	27
1340696	638	11	20	50	73	1104	-12	2	95	22
1274338	625	12	16	60	67	61%	-13	3	100	37
1330270	579	13	19	70	72		-14	9	105	20
1040897	574	14	12	80	80		-15	3	110	23
39429	566	15	17	90	63		-16	5	115	19
956617	560	16	14	100	59		-17	7	120	16
1328069	560	17	16	110	43		-18	1	125	15
1331574	540	18	17	120	35		-19	0	130	16
1071397	523	19	8	130	31		-20	4	135	23
661816	518	20	16	140	43		-21	2	140	20
1341490	508	21	4	150	22		-22	2	145	14
660601	495	22	11	160	27		-23	2	150	8
872185	484	23	8	170	18	1 à 200	-24	2	155	18
353338	478	24	13	180	21	1326	-25	2	160	9
134240	471	25	5	190	18	74%	-26	4	165	8
1198984	467	26	8	200	9		-27	1	170	10
332235	461	27	15	210	12		-28	1	175	8
892293	459	28	12	220	11		-29	0	180	13
948687	458	29	8	230	14		-30	1	185	9
1321313	450	30	13	240	6		-31	0	190	9
924950	449	31	7	250	7	0 à 200	-32	1	195	6
914728	448	32	10	260	8	1371		286	200	3
1066510	445	33	8	270	6		reste	12	205	7
938157	441	34	2	280	4		total	298	210	5
226447	435	35	8	290	6				215	4
1188279	430	36	12	300	11		intercal	fréquencef	220	7
773451	421	37	6	310	3		600	1786	225	8
858898	421	38	8	320	6		620		230	6
		39	7	330	8		640	3	235	3
			40	340	10	201 à 370	660		240	3
		reste	857	350	5	120	680	2	245	3
		total	1800	360	1	6.7%	700	2	250	4
				370	4		720		255	4
adresse	intercaln	décalage	long	380	4		740		260	4
1631675	-67	comp		390	1		760		265	3
701382	-65	shfit2	592	400	3		780		270	3
886946	-61	comp		410	6		800	1	275	3
1045962	-59	shfit2	646	420	1		820		280	1
828743	-50	shfit2	1948	430	4		840		285	5
1349614	-50	shfit2	463	440	1		860		290	1
1425201	-44	shfit2	1765	450	5		880		295	6
1539296	-43	comp		460	2		900		300	5
1249293	-42	comp		470	2		920	1	305	1
244064	-41	shfit2	295	480	2		940		310	2
162356	-38			490	1		960	1	315	3
20410	-35			500	1		980		320	3
427059	-32			510	1		1000	1	325	7
587323	-30			520	1		1020		330	1
1611400	-28			530	1		1040		335	3
744978	-27			540	1	371 à 600	1060	1	340	5
303832	-26			550	0	42		12	345	3
489984	-26			560	2	2.3%			350	2
808548	-26			570	1				355	1
1223639	-26			580	2	601 à max			360	0
1181603	-25			590	0	14			365	3
1209844	-25			600	0	0.8%			370	1
27867	-24			reste	14		reste	2	reste	56
975566	-24			total	1800		total	1800	total	1800

pmg autres intercalaires

Lien tableur: pmg autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

pmg Les autres intercalaires.

pmg1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	65120	306
	tmRNA	66389	44	comp
fin	CDS	66707
deb	CDS	74235	4	comp
	tRNA	75526	259	comp
fin	CDS	75867
deb	CDS	132034	49
	tRNA	132758	566
fin	CDS	133396
deb	CDS	239249	185	comp
	tRNA	240439	71	comp
fin	CDS	240592
deb	CDS	257573	77	comp
	tRNA	258922	86	comp
fin	CDS	259082
deb	CDS	272771	18	comp
	tRNA	274058	141	comp
fin	CDS	274272
deb	CDS	305431	87
	tRNA	305938	91	comp
fin	CDS	306102		comp
deb	CDS	313891	178
	tRNA	314651	65	comp
fin	CDS	314788		comp
deb	CDS	320549	601	comp
	rRNA	322590	125
	tRNA	324200	12
	tRNA	324286	258
	rRNA	324617	64
	rRNA	327557	43
fin	CDS	327717		comp
deb	CDS	354976	88	comp
	tRNA	355256	10	comp
	tRNA	355338	102	comp
fin	CDS	355522
deb	CDS	434230	17	comp
	tRNA	435678	149	comp
deb	CDS	435901	35	comp
	tRNA	436131	53	comp
fin	CDS	436257		comp

pmg2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	521448	99
	tRNA	522597	78
fin	CDS	522761
deb	CDS	609397	249	comp
	tRNA	610147	404	comp
fin	CDS	610638
deb	CDS	656308	17
	ncRNA	657516	162
fin	CDS	657863
deb	CDS	774440	210
	tRNA	775451	27	comp
fin	CDS	775552		comp
deb	CDS	828018	49	comp
	tRNA	828442	214
fin	CDS	828743
deb	CDS	868731	29
	tRNA	869243	67
fin	CDS	869384
deb	CDS	909742	45
	tRNA	910753	591
fin	CDS	911421
deb	CDS	996073	16
	tRNA	996626	41	comp
fin	CDS	996740		comp
deb	CDS	1040019	177	comp
	tRNA	1040313	512
fin	CDS	1040897
deb	CDS	1044863	276
	tRNA	1045700	188
fin	CDS	1045962		comp
deb	CDS	1134197	251
	tRNA	1134679	63	comp
fin	CDS	1134827		comp
deb	CDS	1163424	138	comp
	tRNA	1164231	342
fin	CDS	1164647
deb	CDS	1212124	58
	tRNA	1212953	129	comp
fin	CDS	1213155		comp
deb	CDS	1253753	525
	tRNA	1255649	5
fin	CDS	1255736

pmg3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	1259549	131	comp
	tRNA	1260916	72
fin	CDS	1261061
deb	CDS	1264859	12
	ncRNA	1265987	47	comp
fin	CDS	1266131
deb	CDS	1275239	0
	tRNA	1277273	112	comp
fin	CDS	1277456
deb	CDS	1308006	50
	tRNA	1308848	67
fin	CDS	1308987
deb	CDS	1419657	54	comp
	tRNA	1419948	100
fin	CDS	1420120
deb	CDS	1453287	35
	tRNA	1454111	61	comp
fin	CDS	1454261		comp
deb	CDS	1472925	94
	tRNA	1474027	16
fin	CDS	1474115
deb	CDS	1485558	77	comp
	tRNA	1486727	11
fin	CDS	1486812		comp
deb	CDS	1500099	42	comp
	tRNA	1501368	210
fin	CDS	1501649		comp
deb	CDS	1517796	78	comp
	tRNA	1518207	38	comp
	ncRNA	1518319	21
fin	CDS	1518722
deb	CDS	1526173	34	comp
	regulatory	1527578	66	comp
fin	CDS	1527743		comp
deb	CDS	1554202	45	comp
	tRNA	1554679	61	comp
fin	CDS	1554812		comp
deb	CDS	1600898	-30	comp
	tRNA	1601255	98	comp
fin	CDS	1601425

pmg intercalaires tRNA

Lien tableur: pmg intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

 	deb	fin	total
<201	29	25	54
total	34	33	67
%	85	76	81

pmg intercalaires tRNA

pmg les relevés deb-fin
entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
		4	comp’	259
		49		566
		185	comp’	71
		77	comp’	86
		18	comp’	141
	comp’	87		91
	comp’	178		65
10		88	comp’	102
		17		149
		35		53
		99		78
		249	comp’	404
	comp’	210		27
	comp’	49		214
		29		67
		45		591
	comp’	16		41
	comp’	177		512
		276	comp’	188
	comp’	251		63
	comp’	138		342
	comp’	58		129
		525		5
	comp’	131		72
	comp’	0	comp’	112
		50		67
	comp’	54		100
	comp’	35		61
		94		16
	comp’	77	comp’	11
	comp’	42	comp’	210
		78
		45		61
		-30	comp’	98

pmg intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
-30	5	deb
4	16	<201	16
17	27	total	19
18	41	%	84%
29	53
35	61	fin
45	61	<201	17
45	63	total	22
49	65	%	77%
50	67
77	67	total
78	72	<201	33
88	78	total	41
94	91	%	80%
99	100
185	129
249	149
276	214
525	342
_	512
_	566
_	591	comp’	cumuls
0	11	deb
16	71	<201	13
35	86	total	15
42	98	%	87%
49	102
54	112	fin
58	141	<201	8
77	188	total	11
87	210	%	73%
131	259
138	404	total
177	-	<201	21
178	-	total	26
210	-	%	81%
251	-

pmg intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre pmg blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau pmg autres intercalaires.
Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 603 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 43 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans pmg cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		deb	fin		grand	petit		grand	petit
4	259		177	512		98	-30		214	49
49	566		276	188		112	0		67	50
185	71		251	63		259	4		100	54
77	86		138	342		525	5		129	58
18	141		58	129		77	11		251	63
87	91		525	5		41	16		178	65
178	65		131	72		94	16		185	71
88	102		0	112		149	17		131	72
17	149		50	67		141	18		86	77
35	53		54	100		210	27		99	78
99	78		35	61		67	29		91	87
249	404		94	16		53	35		102	88
210	27		77	11		61	35		342	138
49	214		42	210		210	42		512	177
29	67		45	61		591	45		276	188
45	591		-30	98		61	45		404	249
16	41		-	-		566	49		-	-

cyano synthèse

Liens aux indices des clades: alpha bacilli gamma actino clostridia bacteroide cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo

cyano distribution par génome

Lien tableur: cyano distribution par génome

cyano distribution par génome
cyano2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	duplica	1-3aas	total
npu	21	39				8	4		72
pmg	2	33				2			37
total	23	72				10	4		109

cyano distribution du total

Lien tableur: cyano distribution du total
Légende:
- Couleurs du 1er tableau: voir bacilli

- Couleurs du 2ème tableau: d'après les couleurs du pieds du tableau. Cependant les duplicata ne sont pas comptés dans ce tableau mais dans les >1aa du 1er.

- Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

Cyano. Distribution du total.

cyano. Distribution du total: sans +16s.
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt	1	e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	2	tgc	3
f atc		j acc	3	aac	3	agc	3
g ctc	2	f ccc	2	cac	2	cgc	3
h gtc	2	n gcc	2	gac	3	ggc	2
i tta	2	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	4	aaa	2	aga	2
k cta	3	g cca	3	caa	3	cga
l gta	2	o gca	2	gaa	3	gga	2
m ttg	3	d tcg	2	tag		tgg	3
n atgj	4	l acg	2	aag	1	agg	2
o ctg	2	h ccg	2	cag	1	cgg	2
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1
cyano2	>1aa	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type	27	72					99

cyano. Distribution du total: +16s duplicata
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	5	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca	2	aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	5	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj	2	l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
cyano2	dupli	1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
type	4					10	10

cyano. indices du 25.11.20 84 génomes
g1		t1		84	3959	3,6	0
a atgi	105	a tct		tat		atgf	98
b att	7.1	i act	2.4	aat	3.6	agt
c ctt	17	e cct	2.4	cat	2.4	cgc	1.2
d gtt		m gct	1.2	gat		ggt
e ttc	123	b tcc	102	tac	118	tgc	113
f atc	195	j acc	106	aac	117	agc	114
g ctc	94	f ccc	101	cac	110	cgt	111
h gtc	102	n gcc	108	gac	119	ggc	108
i tta	83	c tca	114	taa	2.4	tga
j ata	9.5	k aca	114	aaa	115	aga	114
k cta	118	g cca	130	caa	114	cga	2.4
l gta	111	o gca	193	gaa	118	gga	111
m ttg	119	d tcg	113	tag	2.4	tgg	110
n atgj	118	l acg	102	aag	38	agg	77
o ctg	92	h ccg	85	cag	13	cgg	100
p gtg	43	p gcg	82	gag	8.3	ggg	76
	inter		max		min		total

cyano distribution par type

Lien tableur: cyano distribution par type
Légende: voir bacilli

Cyano. Distribution par type.

cyano. distribution des solitaires
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	2
b att		i act		aat		agt
c ctt	1	e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac		tgc	2
f atc		j acc	1	aac	2	agc	2
g ctc	1	f ccc	2	cac	2	cgc	2
h gtc	2	n gcc	1	gac	2	ggc	2
i tta	1	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	2	aaa	2	aga	2
k cta	2	g cca	2	caa	2	cga
l gta	2	o gca	1	gaa	2	gga	2
m ttg	2	d tcg	2	tag		tgg	2
n atgj	2	l acg	2	aag	1	agg	2
o ctg	1	h ccg	1	cag		cgg	2
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1
cyano2	1aa	72

cyano. distribution du type >1aa sans duplicata.
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgt
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac	2	tgc	1
f atc		j acc	2	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc		cac		cgc	1
h gtc		n gcc	1	gac	1	ggc
i tta	1	c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga
l gta		o gca	1	gaa	1	gga
m ttg	1	d tcg		tag		tgg	1
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
cyano2	>1aa	23

cyano par rapport au groupe de référence

Lien tableur: cyano par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

Comparaison avec la référence
	cyano2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	19	4					23
16	moyen	27	10	2			10	49
14	fort	26	9	2				37
		72	23	4			10	109
10	g+cga	8	2					10
2	agg+cgg	4						4
4	carre ccc	6	2					8
5	autres	1						1
		19	4					23
		total tRNAs ‰
	cyano2	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	cyano ‰	ref.‰
21	faible	174	37					211	26
16	moyen	248	92	18			92	450	324
14	fort	239	83	18				339	650
		661	211	37			92	109	729
10	g+cgg	73	18					92	10
2	agg+cga	37						37
4	carre ccc	55	18					73	16
5	autres	9						9
		174	37					211
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	cyano2	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	192	40		232	26	26	17
16	moyen	273	101	20	394	324	38	43
14	fort	263	91	20	374	650	36	39
		727	232	40	99	729	72	23
10	g+cgg	81	20		101	10	42
2	agg+cga	40			40		21
4	carre ccc	61	20		81	16	32
5	autres	10			10		5
		192	40		232		19

cyano, estimation des -rRNAs

Lien tableur: cyano, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 25.11.20
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

cyano, calcul des -rRNAs

Lien tableur: cyano, calcul des -rRNAs

cya cyano 31 génomes

cya1 cumul des +rRNAs de la fiche cyano pour 31 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	58	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	45	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
cyan31	inter		max		min		total
	103		0		0		103

cya2 indices du clade cyano du 25.11.20 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1				3.6	0
a atgi	105	a tct		tat		atgf	98
b att	7.1	i act	2.4	aat	3.6	agt
c ctt	17	e cct	2.4	cat	2.4	cgc	1.2
d gtt		m gct	1.2	gat		ggt
e ttc	123	b tcc	102	tac	118	tgc	113
f atc	195	j acc	106	aac	117	agc	114
g ctc	94	f ccc	101	cac	110	cgt	111
h gtc	102	n gcc	108	gac	119	ggc	108
i tta	83	c tca	114	taa		tga
j ata	9.5	k aca	114	aaa	115	aga	114
k cta	118	g cca	130	caa	114	cga	2.4
l gta	111	o gca	193	gaa	118	gga	111
m ttg	119	d tcg	113	tag		tgg	110
n atgj	118	l acg	102	aag	38	agg	77
o ctg	92	h ccg	85	cag	13	cgg	100
p gtg	43	p gcg	82	gag	8.3	ggg	76
gtRNA	inter		max		min		total
	1906		1607		1171		4684

cya3 cumul des -rRNAs de l'annexe archeo 2 génomes
g1		t1
a atgi	3	a tct		tat		atgf	3
b att		i act		aat		agt
c ctt	1	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	2	b tcc	2	tac	2	tgc	3
f atc		j acc	3	aac	3	agc	3
g ctc	2	f ccc	2	cac	2	cgt	3
h gtc	2	n gcc	2	gac	3	ggc	2
i tta	2	c tca	2	taa		tga
j ata		k aca	4	aaa	2	aga	2
k cta	3	g cca	3	caa	3	cga
l gta	2	o gca	2	gaa	3	gga	2
m ttg	3	d tcg	2	tag		tgg	3
n atgj	4	l acg	2	aag	1	agg	2
o ctg	2	h ccg	2	cag	1	cgg	2
p gtg		p gcg	1	gag		ggg	1
cyan2	inter		max		min		total
	39		37		23		99

cya4 indices des +rRNAs de la fiche cyano pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	187	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	145	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
cyan31	inter		max		min		total
	332		0		0		332

cya5 estimation des -rRNA du clade cyano pour 100 génomes
g1		t1				3.6	0
a atgi	105	a tct	0.2	tat		atgf	98
b att		i act	0.7	aat		agt	0.2
c ctt	0.9	e cct	0.5	cat	0.9	cgc	1.4
d gtt	0.2	m gct	0.2	gat	0.9	ggt	0.2
e ttc	123	b tcc	102	tac	118	tgc	113
f atc	8	j acc	106	aac	117	agc	114
g ctc	94	f ccc	101	cac	110	cgt	111
h gtc	102	n gcc	108	gac	119	ggc	108
i tta	83	c tca	114	taa		tga	0
j ata	9.5	k aca	114	aaa	115	aga	114
k cta	118	g cca	130	caa	114	cga	2
l gta	111	o gca	48	gaa	118	gga	111
m ttg	119	d tcg	113	tag		tgg	110
n atgj	118	l acg	102	aag	38	agg	77
o ctg	92	h ccg	85	cag	13	cgg	100
p gtg	43	p gcg	82	gag	8	ggg	76
-rRNA	inter		max		min		total
	1574		1607		1156		4337

cya6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	150	a tct		tat		atgf	150
b att		i act		aat		agt
c ctt	50	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	100	b tcc	100	tac	100	tgc	150
f atc		j acc	150	aac	150	agc	150
g ctc	100	f ccc	100	cac	100	cgt	150
h gtc	100	n gcc	100	gac	150	ggc	100
i tta	100	c tca	100	taa		tga
j ata		k aca	200	aaa	100	aga	100
k cta	150	g cca	150	caa	150	cga
l gta	100	o gca	100	gaa	150	gga	100
m ttg	150	d tcg	100	tag		tgg	150
n atgj	200	l acg	100	aag	50	agg	100
o ctg	100	h ccg	100	cag	50	cgg	100
p gtg		p gcg	50	gag		ggg	50
cyan2	inter		max		min		total
	1950		1850		1150		4950

cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: cyano, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- cya7. diff, somme des couleurs de cya7. La différence entre tRNAs est faite entre cya5 et cya6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- cya8. rap, rapport des sommes couleurs cya5/cya2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de cya5 sur celui de cya2.
Fréquences des différences en % du tableau cya7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100		total
fréquence	1	12	9	14	3	2	1	0	1	0	5	0	48
tot ≤ 50						40

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 2% au dessus de celle de la fiche des cyano.

tRNAs		fiche		annexe
sans		1505		99
avec		119		10
genomes		31		2
indice %	49		50

cya cyano 63 génomes

cya7 cyano, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	30	a tct	100	tat		atgf	35
b att		i act	100	aat		agt	100
c ctt	98	e cct	100	cat	100	cgc	100
d gtt	100	m gct	100	gat	100	ggt	100
e ttc	19	b tcc	2	tac	15	tgc	25
f atc	100	j acc	29	aac	22	agc	24
g ctc	6	f ccc	1	cac	9	cgt	26
h gtc	2	n gcc	7	gac	21	ggc	7
i tta	17	c tca	12	taa		tga
j ata	100	k aca	43	aaa	13	aga	12
k cta	21	g cca	13	caa	24	cga	100
l gta	10	o gca	52	gaa	21	gga	10
m ttg	21	d tcg	12	tag		tgg	27
n atgj	41	l acg	2	aag	24	agg	23
o ctg	8	h ccg	15	cag	74	cgg	0
p gtg	100	p gcg	39	gag	100	ggg	34
diff	inter		max		min		total
	330		279		337		946

cya8 cyano, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act	29	aat		agt
c ctt	5	e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	4	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	25	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	83		100		99		93

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