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Methanobacterium formicicum DSM1535
mfi opérons
- Lien tableur: mfi opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
- Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanobacteria; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobacterium.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
41.2%GC | 17.8.19 Paris | 47 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
157153..157563 | CDS | 36 | 36 | 137 | ||||||
comp | 157600..157683 | ctc | 246 | 246 | ||||||
157930..158232 | CDS | 101 | ||||||||
comp | 211693..213681 | CDS | 206 | 206 | 663 | |||||
213888..213971 | tcg | 281 | 281 | |||||||
214253..215677 | CDS | 475 | ||||||||
comp | 314088..314264 | CDS | 50 | 50 | 59 | |||||
comp | 314315..314487 | caa | @1 | -1 | -1 | |||||
comp | 314487..314654 | CDS | 56 | |||||||
comp | 317759..318211 | CDS | 198 | 198 | 151 | |||||
comp | 318410..318494 | tcc | 177 | 177 | ||||||
comp | 318672..319634 | CDS | 321 | |||||||
comp | 419250..419975 | CDS | 156 | 156 | 242 | |||||
comp | 420132..420204 | aac | 29 | 29 | ||||||
comp | 420234..420545 | CDS | 104 | |||||||
comp | 466570..467484 | CDS | 223 | 223 | 305 | |||||
comp | 467708..467792 | agc | 186 | 186 | ||||||
comp | 467979..468294 | ncRNA | @2 | 122 | 122 | 316 | ||||
468417..469397 | CDS | 327 | ||||||||
681116..681676 | CDS | 37 | 37 | 187 | ||||||
comp | 681714..681786 | gcg | 195 | 195 | ||||||
comp | 681982..682488 | CDS | 169 | |||||||
695936..696538 | CDS | 939 | 939 | 201 | ||||||
comp | 697478..697600 | 5s | 305 | 123 | ||||||
comp | 697906..700772 | 23s | 233 | 2867 | ||||||
comp | 701006..701079 | gca | 87 | |||||||
comp | 701167..702646 | 16s | 724 | 724 | 1480 | |||||
703371..704336 | CDS | 322 | ||||||||
comp | 746487..747290 | CDS | 155 | 155 | 268 | |||||
comp | 747446..747518 | acc | 85 | 85 | ||||||
comp | 747604..747686 | tta | 303 | 303 | ||||||
747990..748163 | CDS | 58 | ||||||||
comp | 800615..801820 | CDS | 43 | 43 | 402 | |||||
comp | 801864..801935 | caa | 72 | 72 | ||||||
comp | 802008..802697 | CDS | 230 | |||||||
comp | 963425..964432 | CDS | 273 | 273 | 336 | |||||
964706..964778 | aac | 5 | 5 | |||||||
964784..964857 | atgi | 58 | 58 | |||||||
964916..964990 | gaa | 53 | 53 | |||||||
965044..965127 | cta | 29 | 29 | |||||||
965157..965232 | cac | 146 | 146 | |||||||
965379..965717 | CDS | 113 | ||||||||
comp | 974621..974842 | CDS | 564 | 564 | 74 | |||||
975407..975480 | aag | 90 | 90 | |||||||
975571..975653 | ttg | 504 | 504 | |||||||
976158..976231 | aaa | 148 | 148 | |||||||
comp | 976380..976679 | CDS | 100 | |||||||
comp | 1006329..1008095 | CDS | 397 | 397 | 589 | |||||
1008493..1008614 | 5s | @3 | 748 | 122 | ||||||
1009363..1009485 | 5s | 286 | 123 | |||||||
1009772..1012638 | 23s | 233 | 2867 | |||||||
1012872..1012945 | gca | 72 | ||||||||
1013018..1014497 | 16s | 454 | 454 | 1480 | ||||||
1014952..1016097 | CDS | 382 | ||||||||
comp | 1088211..1088831 | CDS | 53 | 53 | 207 | |||||
comp | 1088885..1089038 | tgg | @1 | 40 | 40 | |||||
comp | 1089079..1089150 | tgc | 212 | 212 | ||||||
comp | 1089363..1089746 | CDS | 128 | |||||||
1143658..1144137 | CDS | 166 | 166 | 160 | ||||||
comp | 1144304..1144610 | ncRNA | @2 | 14 | 14 | 307 | ||||
comp | 1144625..1144699 | atgf | 139 | 139 | ||||||
comp | 1144839..1145162 | CDS | 108 | |||||||
1153368..1154087 | CDS | 56 | 56 | 240 | ||||||
1154144..1154217 | aga | 62 | 62 | |||||||
1154280..1154354 | agg | 552 | 552 | |||||||
comp | 1154907..1156157 | CDS | 417 | |||||||
1247204..1247659 | CDS | 4 | 4 | 152 | ||||||
comp | 1247664..1247739 | cga | 133 | 133 | ||||||
comp | 1247873..1248481 | CDS | 203 | |||||||
comp | 1320721..1321641 | CDS | 183 | 183 | 307 | |||||
1321825..1321896 | gta | 99 | 99 | |||||||
1321996..1322067 | gtg | 228 | 228 | |||||||
comp | 1322296..1323084 | CDS | 263 | |||||||
comp | 1403886..1409507 | CDS | 351 | 351 | 1874 | |||||
comp | 1409859..1409930 | cgc | 222 | 222 | ||||||
comp | 1410153..1410620 | CDS | 156 | |||||||
1532795..1533088 | CDS | 127 | 127 | 98 | ||||||
comp | 1533216..1533325 | atgj | @1 | 246 | 246 | |||||
1533572..1534402 | CDS | 277 | ||||||||
1541929..1542321 | CDS | 127 | 127 | 131 | ||||||
1542449..1542522 | ggg | 1 | 1 | |||||||
comp | 1542524..1543528 | CDS | 335 | |||||||
1602054..1603277 | CDS | 257 | 257 | 408 | ||||||
1603535..1603608 | aca | 76 | 76 | |||||||
1603685..1603759 | cca | 44 | 44 | |||||||
1603804..1603877 | tac | 170 | 170 | |||||||
1604048..1604119 | gac | 7 | 7 | |||||||
1604127..1604200 | aaa | 24 | 24 | |||||||
1604225..1604461 | CDS | 79 | ||||||||
1617553..1617861 | CDS | 187 | 187 | 103 | ||||||
1618049..1618133 | tca | 252 | 252 | |||||||
1618386..1619444 | CDS | 353 | ||||||||
comp | 1692202..1692552 | CDS | 271 | 271 | 117 | |||||
comp | 1692824..1692895 | cag | 156 | 156 | ||||||
comp | 1693052..1693972 | CDS | 307 | |||||||
1887796..1888038 | CDS | 136 | 136 | 81 | ||||||
1888175..1888257 | ctg | 193 | 193 | |||||||
1888451..1891267 | CDS | 939 | ||||||||
2057488..2057883 | CDS | 230 | 230 | 132 | ||||||
2058114..2058184 | tgc | 143 | 143 | |||||||
2058328..2059713 | CDS | 462 | ||||||||
2128536..2129312 | CDS | 123 | 123 | 259 | ||||||
2129436..2129509 | acg | 362 | 362 | |||||||
comp | 2129872..2130963 | CDS | ||||||||
comp | 2204492..2204932 | CDS | 178 | 178 | 147 | |||||
2205111..2205182 | gtc | 4 | 4 | |||||||
2205187..2205259 | ttc | 283 | 283 | |||||||
comp | 2205543..2205875 | CDS | 111 | |||||||
2317208..2317498 | CDS | 271 | 271 | 97 | ||||||
2317770..2317842 | atc | 460 | 460 | |||||||
2318303..2318863 | CDS | 187 | ||||||||
comp | 2414821..2415903 | CDS | 491 | 491 | 361 | |||||
2416395..2416468 | gcc | 303 | 303 | |||||||
comp | 2416772..2417797 | CDS | 342 | |||||||
comp | 2432399..2432848 | CDS | 537 | 537 | 150 | |||||
2433386..2433459 | ggc | 2 | 2 | |||||||
2433462..2433535 | gga | 326 | 326 | |||||||
comp | 2433862..2434263 | CDS | 134 |
mfi cumuls
- Lien tableur: mfi cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 2 | 1 | 0 | - | 1 | 2 | 1 | 100 | 9 | 30 | 0 | |
16 23 5s 0 | 0 | 20 | 4 | 50 | 8 | 20 | 200 | 21 | 60 | 3 | |||
16 gca 235 | 2 | 40 | 2 | 100 | 3 | 40 | 300 | 10 | 90 | 3 | |||
16 23 5s a | 0 | 60 | 3 | 150 | 10 | 60 | 400 | 12 | 120 | 10 | |||
max a | 1 | 80 | 2 | 200 | 12 | 80 | 500 | 5 | 150 | 7 | |||
a doubles | 0 | 100 | 3 | 250 | 8 | 100 | 600 | 1 | 180 | 5 | |||
autres | 2 | 120 | 0 | 300 | 7 | 120 | 700 | 1 | 210 | 5 | |||
total aas | 2 | 140 | 0 | 350 | 3 | 140 | 800 | 0 | 240 | 2 | |||
sans | opérons | 29 | 160 | 0 | 400 | 3 | 160 | 900 | 0 | 270 | 4 | ||
1 aa | 20 | 180 | 1 | 450 | 0 | 180 | 1000 | 1 | 300 | 1 | |||
max a | 5 | 200 | 0 | 500 | 3 | 200 | 1100 | 0 | 330 | 6 | |||
a doubles | 0 | 1 | 5 | 1 | 15 | ||||||||
total aas | 45 | 16 | 0 | 64 | 0 | 61 | 61 | ||||||
total aas | 47 | ||||||||||||
remarques | 3 | ||||||||||||
avec jaune | moyenne | 83 | 224 | 266 | |||||||||
variance | 121 | 176 | 265 | ||||||||||
sans jaune | moyenne | 35 | 178 | 213 | 171 | ||||||||
variance | 27 | 96 | 115 | 81 |
mfi blocs
- Lien tableur: mfi blocs
CDS | 939 | 201 |
5s | 305 | 123 |
23s | 233 | 2867 |
gca | 87 | |
16s | 724 | 1480 |
CDS | 322 | |
CDS | 397 | 589 |
5s | 748 | !122 |
5s | 286 | 123 |
23s | 233 | 2867 |
gca | 72 | |
16s | 454 | 1480 |
CDS | 382 |
mfi remarques
- Lien tableur: mfi remarques
- Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
- @ Les introns des(gtRNAdb) archées existent pour tgg et atgj tujours. Ici en plus il y a un caa.
- - caa (Join(314315..314349,314448..314487)), l’intron empiète sur le cds d’où l’intercalaire négatif.
- - tgg ( join(1088885..1088919,1089000..1089038)), l’intron mais n’empiète pas sur les cds.
- - atgj Join(1533216..1533251,1533288..1533325), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.
- @ Ces ncRNAs sont dans le même cluster, sur le même brin qu’ un tRNA et très proche de lui, agc 186 et atgf 14. Ils sont petits respectivement 316 et 307 pbs.
- @ Le 5s collé au cluster du 16sgca23s5s, il se comporte comme un tRNA. Il a une pb de moins que les 2 autres 5s.
- @ Les introns des(gtRNAdb) archées existent pour tgg et atgj tujours. Ici en plus il y a un caa.
- Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca aac aaa caa tgc.
- Tableau du code génétique de mfi
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
- - totaux en en-tête, 47 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 47 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
g1 | t1 | 47 | 47 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 2 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 1 | ccc | cac | 1 | cgc | 1 | |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 2 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 2 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 2 | gaa | 1 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | cag | 1 | cgg | ||
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | ggg | 1 |
mfi distribution
- Lien tableur: mfi distribution
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 2 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 1 | ccc | cac | 1 | cgc | 1 | |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 2 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 2 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 2 | gaa | 1 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | cag | 1 | cgg | ||
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | ggg | 1 | |
arch | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
mfi | 25 | 20 * | 2 | 47 |
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661
mja opérons
- Lien tableur: mja opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
- Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Methanomada group; Methanococci; Methanococcales; Methanocaldococcaceae; Methanocaldococcus.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
31.3%GC | 17.8.19 Paris | 37 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
comp | 96499..97053 | CDS | 372 | 372 | 185 | |||||
comp | 97426..97537 | atgj | @1 | 91 | 91 | |||||
97629..97716 | ctc | 241 | 241 | |||||||
97958..99259 | CDS | 434 | ||||||||
comp | 110328..111545 | CDS | 222 | 222 | 406 | |||||
111768..111852 | tga | 21 | 21 | |||||||
111874..112785 | CDS | 304 | ||||||||
137244..138245 | CDS | 98 | 98 | 334 | ||||||
comp | 138344..138419 | gtg | 59 | 59 | ||||||
comp | 138479..138781 | CDS | 101 | |||||||
153070..154479 | CDS | 182 | 182 | 470 | ||||||
comp | 154662..157639 | 23s | 207 | 2978 | ||||||
comp | 157847..157919 | gca | 64 | |||||||
comp | 157984..159463 | 16s | 340 | 340 | 1480 | |||||
159804..160085 | CDS | 94 | ||||||||
comp | 185874..186671 | CDS | 306 | 306 | 266 | |||||
186978..187066 | tcc | 71 | 71 | |||||||
187138..187590 | CDS | 151 | ||||||||
190579..190800 | CDS | 31 | 31 | 74 | ||||||
190832..190908 | ccc | 32 | 32 | |||||||
190941..191114 | CDS | 58 | ||||||||
comp | 214560..215060 | CDS | 149 | 149 | 167 | |||||
215210..215297 | tta | 154 | 154 | |||||||
215452..216240 | CDS | 263 | ||||||||
226386..227639 | CDS | 64 | 64 | 418 | ||||||
comp | 227704..227780 | gcc | 239 | 239 | ||||||
228020..229720 | CDS | 567 | ||||||||
303613..303927 | CDS | 64 | 64 | 105 | ||||||
303992..304081 | tca | 230 | 230 | |||||||
comp | 304312..304752 | CDS | 147 | |||||||
comp | 357984..358547 | CDS | 220 | 220 | 188 | |||||
358768..358845 | aga | 23 | 23 | |||||||
358869..358943 | gaa | 164 | 164 | |||||||
359108..359923 | CDS | 272 | ||||||||
359108..359923 | CDS | 48 | 48 | 272 | ||||||
comp | 359972..360047 | atgf | 103 | 103 | ||||||
comp | 360151..361485 | CDS | 445 | |||||||
401945..402796 | CDS | 171 | 171 | 284 | ||||||
comp | 402968..403044 | gtc | 229 | 229 | ||||||
403274..403834 | CDS | 187 | ||||||||
comp | 618311..618757 | CDS | 402 | 402 | 149 | |||||
comp | 619160..619234 | tgc | 63 | 63 | ||||||
comp | 619298..619915 | CDS | 206 | |||||||
636394..637449 | CDS | 133 | 133 | 352 | ||||||
637583..637659 | ttc | 7 | 7 | |||||||
637667..637742 | aac | 29 | 29 | |||||||
637772..637849 | atgi | 18 | 18 | |||||||
637868..637942 | gaa | 39 | 39 | |||||||
637982..638069 | cta | 11 | 11 | |||||||
638081..638152 | cac | 295 | ||||||||
638448..639930 | 16s | 64 | 1483 | |||||||
639995..640067 | gca | 207 | ||||||||
640275..643254 | 23s | 78 | 2980 | |||||||
643333..643447 | 5s | 56 | 115 | |||||||
643504..643761 | ncRNA | @2 | 232 | 232 | 258 | |||||
643994..644962 | CDS | 323 | ||||||||
762859..763608 | CDS | 157 | 157 | 250 | ||||||
comp | 763766..763842 | acc | 178 | 178 | ||||||
764021..764096 | caa | 50 | 50 | |||||||
764147..764818 | CDS | 224 | ||||||||
862207..862410 | CDS | 179 | 179 | 68 | ||||||
862590..862661 | cga | 41 | 41 | |||||||
862703..863392 | CDS | 86 | 86 | 230 | ||||||
863479..863555 | aca | 14 | 14 | |||||||
863570..863647 | cca | 8 | 8 | |||||||
863656..863732 | tac | 83 | 83 | |||||||
863816..863889 | aaa | 13 | ||||||||
863903..864017 | 5s | @3 | 46 | 115 | ||||||
864064..864141 | gac | 80 | 80 | |||||||
864222..864842 | CDS | 207 | ||||||||
871492..873447 | CDS | 238 | 238 | 652 | ||||||
comp | 873686..873763 | atc | 102 | 102 | ||||||
comp | 873866..875110 | CDS | 415 | |||||||
comp | 882566..883615 | CDS | 65 | 65 | 350 | |||||
883681..883754 | gta | 123 | 123 | |||||||
comp | 883878..884297 | CDS | 140 | |||||||
comp | 1037197..1038504 | CDS | 39 | 39 | 436 | |||||
comp | 1038544..1038620 | cgc | @4 | 1 | 1 | |||||
comp | 1038622..1039386 | CDS | 255 | |||||||
comp | 1148669..1149934 | CDS | 210 | 210 | 422 | |||||
1150145..1150220 | ggc | 34 | 34 | |||||||
1150255..1150330 | gga | 243 | 243 | |||||||
1150574..1151254 | CDS | 227 | ||||||||
comp | 1188906..1189772 | CDS | 172 | 172 | 289 | |||||
1189945..1190055 | tgg | @1 | 95 | 95 | ||||||
1190151..1190684 | CDS | 178 | ||||||||
comp | 1312335..1312781 | CDS | 383 | 383 | 149 | |||||
1313165..1313249 | agc | 177 | 177 | |||||||
1313427..1314617 | CDS | 397 |
mja cumuls
- Lien tableur: mja cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 2 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 1 | 100 | 4 | 30 | 0 | |
16 23 5s 0 | 0 | 20 | 0 | 5 | 50 | 7 | 20 | 200 | 12 | 60 | 1 | ||
16 atc gca | 0 | 40 | 2 | 2 | 100 | 10 | 40 | 300 | 13 | 90 | 2 | ||
16 23 5s a | 0 | 60 | 0 | 0 | 150 | 5 | 60 | 400 | 6 | 120 | 3 | ||
max a | 7 | 80 | 0 | 0 | 200 | 8 | 80 | 500 | 8 | 150 | 4 | ||
a doubles | 0 | 100 | 1 | 1 | 250 | 10 | 100 | 600 | 1 | 180 | 3 | ||
autres | 2 | 120 | 0 | 0 | 300 | 0 | 120 | 700 | 1 | 210 | 5 | ||
total aas | 13 | 140 | 0 | 0 | 350 | 2 | 140 | 800 | 0 | 240 | 3 | ||
sans | opérons | 20 | 160 | 0 | 0 | 400 | 2 | 160 | 900 | 0 | 270 | 4 | |
1 aa | 16 | 180 | 1 | 0 | 450 | 1 | 180 | 1000 | 0 | 300 | 4 | ||
max a | 2 | 200 | 0 | 0 | 500 | 0 | 200 | 1100 | 0 | 330 | 2 | ||
a doubles | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 14 | |||||||
total aas | 24 | 4 | 8 | 46 | 0 | 45 | 45 | ||||||
total aas | 37 | ||||||||||||
remarques | 4 | ||||||||||||
avec jaune | moyenne | 82 | 26 | 154 | 269 | ||||||||
variance | 71 | 25 | 102 | 137 | |||||||||
sans jaune | moyenne | 29 | 18 | 152 | 253 | 194 | |||||||
variance | 8 | 12 | 95 | 117 | 74 |
mja blocs
- Lien tableur: mja blocs
CDS | 182 | |
23s | 207 | 2978 |
gca | 64 | |
16s | 340 | 1480 |
CDS | ||
cac | 295 | |
16s | 64 | 1483 |
gca | 207 | |
23s | 78 | 2980 |
5s | 56 | 115 |
ncRNA | 232 | 258 |
CDS | ||
aaa | 13 | |
5s | 46 | 115 |
gac | 80 | |
CDS |
mja remarques
- Lien tableur: mja remarques
- Remarques: pas de doubles mais des séquences. Il n’y a pas de cgt, on est avec les archées.
- @ Les introns (gtRNAdb) des archées existent toujours pour tgg et atgj.
- - tgg, Join(1189945..1189984,1190018..1190055), l’ intron mais n’empiète pas sur les cds.
- - atgj, Join(97426..97464,97500..97537), n’empiète pas sur les cds. C’est Met mais pas Il2 ni atgf.
- @ Ce ncRNA est dans et sur le même brin que le cluster et très proche de lui, 56 au lieu de 232 avec cds. Il est petit, 258 pbs comme pour mfi.
- @ Le 5s est décollé du cluster du 16sgca23s, il se comporte comme un tRNA et est dans leur séquence. C’est pour ça que j’ai ces aas dans la colonne “avec rRNAs”.
- @ cgc très collé à ses 2 cds
- @ Les introns (gtRNAdb) des archées existent toujours pour tgg et atgj.
- Séquence des doubles: aucun double dans une séquence. Les doubles exitants sont gca gaa.
- Tableau du code génétique de mja
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
- - totaux en en-tête, 37 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 37 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 17.8.19
g1 | t1 | 37 | 37 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 1 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 1 | agc | 1 |
ctc | 1 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | 1 | |
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 2 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | tcg | tag | tgg | 1 | |||
atg | 1 | acg | aag | agg | |||
ctg | ccg | cag | cgg | ||||
gtg | 1 | gcg | gag | ggg |
mja distribution
- Lien tableur: mja distribution
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 1 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 1 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 1 |
atc | 1 | acc | 1 | aac | 1 | agc | 1 |
ctc | 1 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 1 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 1 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | 1 | |
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 2 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | tcg | tag | tgg | 1 | |||
atgj | 1 | acg | aag | agg | |||
ctg | ccg | cag | cgg | ||||
gtg | 1 | gcg | gag | ggg | |||
arch | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
mja | 8 | 16 | 1 | 4 | 6 * | 2 | 37 |
mja intercalaires entre cds
- Lien NCBI 9.4.20
- Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.
mja les fréquences
- Lien tableur: mja intercalaires entre cds
- Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.
- - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
- - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
- - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
- - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 9.4.20.
mja | intercalaires | total | % | intercalaires | moyenne | ecartype | plage | ADN | intercal | frequence5 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
négatif | 219 | 12.7 | négatif | -13 | 14 | -1 à -83 | 1 664 970 | -1 | 219 | |
zéro | 21 | 1.2 | intercals | 0 | 21 | |||||
1 à 200 | 1275 | 73.7 | 0 à 200 | 64 | 56 | 151 580 | 5 | 128 | ||
201 à 370 | 166 | 9.6 | 201 à 370 | 265 | 47 | 9.1% | 10 | 100 | ||
371 à 600 | 37 | 2.1 | 371 à 600 | 438 | 51 | 15 | 102 | |||
601 à max | 12 | 0.7 | 601 à 1028 | 675 | 39 | 20 | 83 | |||
total 1730 | <201 | 88 | total 1727 | 85 | 109 | -83 à 724 | 25 | 73 | ||
adresse | intercalx | intercal | fréquence1 | intercal | fréquence6 | cumul,% | intercal | fréquence-1 | 30 | 35 |
470326 | 1019 | -1 | 219 | -70 | 3 | 0 | 21 | 35 | 39 | |
47370 | 859 | 0 | 21 | -60 | 3 | -1 | 25 | 40 | 27 | |
451281 | 848 | 1 | 30 | -50 | 1 | -2 | 0 | 45 | 36 | |
449897 | 724 | 2 | 40 | -40 | 5 | -3 | 0 | 50 | 25 | |
291222 | 711 | 3 | 9 | -30 | 10 | min à -1 | -4 | 77 | 55 | 18 |
623421 | 694 | 4 | 38 | -20 | 25 | 219 | -5 | 2 | 60 | 37 |
1432395 | 694 | 5 | 11 | -10 | 44 | 12.7% | -6 | 4 | 65 | 22 |
694012 | 687 | 6 | 9 | 0 | 149 | -7 | 3 | 70 | 36 | |
1461617 | 685 | 7 | 7 | 10 | 228 | -8 | 14 | 75 | 21 | |
1176472 | 629 | 8 | 20 | 20 | 185 | -9 | 3 | 80 | 27 | |
328329 | 625 | 9 | 35 | 30 | 108 | -10 | 1 | 85 | 27 | |
911715 | 622 | 10 | 29 | 40 | 66 | 1 à 200 | -11 | 12 | 90 | 44 |
106958 | 542 | 11 | 23 | 50 | 61 | 935 | -12 | 3 | 95 | 22 |
91672 | 527 | 12 | 26 | 60 | 55 | 54.0% | -13 | 4 | 100 | 33 |
692428 | 522 | 13 | 20 | 70 | 58 | -14 | 10 | 105 | 21 | |
256182 | 501 | 14 | 18 | 80 | 48 | -15 | 3 | 110 | 17 | |
1370826 | 495 | 15 | 15 | 90 | 71 | -16 | 2 | 115 | 21 | |
15863 | 490 | 16 | 15 | 100 | 55 | -17 | 5 | 120 | 25 | |
424100 | 489 | 17 | 12 | 110 | 38 | -18 | 2 | 125 | 22 | |
1547813 | 489 | 18 | 19 | 120 | 46 | -19 | 2 | 130 | 20 | |
73799 | 487 | 19 | 21 | 130 | 42 | -20 | 6 | 135 | 25 | |
1128054 | 479 | 20 | 16 | 140 | 51 | -21 | 1 | 140 | 26 | |
777753 | 478 | 21 | 20 | 150 | 34 | -22 | 0 | 145 | 18 | |
983847 | 478 | 22 | 15 | 160 | 31 | -23 | 7 | 150 | 16 | |
1338520 | 474 | 23 | 10 | 170 | 21 | 1 à 200 | -24 | 1 | 155 | 15 |
518562 | 472 | 24 | 14 | 180 | 28 | 1275 | -25 | 4 | 160 | 16 |
410085 | 456 | 25 | 14 | 190 | 24 | 74% | -26 | 1 | 165 | 11 |
1291124 | 450 | 26 | 10 | 200 | 25 | -27 | 0 | 170 | 10 | |
1607321 | 446 | 27 | 8 | 210 | 15 | -28 | 1 | 175 | 16 | |
1596121 | 439 | 28 | 3 | 220 | 22 | -29 | 4 | 180 | 12 | |
439827 | 431 | 29 | 6 | 230 | 17 | -30 | 0 | 185 | 10 | |
489906 | 417 | 30 | 8 | 240 | 12 | -31 | 0 | 190 | 14 | |
966335 | 417 | 31 | 7 | 250 | 12 | 0 à 200 | -32 | 5 | 195 | 16 |
7338 | 412 | 32 | 6 | 260 | 7 | 1296 | 223 | 200 | 9 | |
325298 | 411 | 33 | 12 | 270 | 13 | reste | 17 | 205 | 6 | |
1119539 | 406 | 34 | 13 | 280 | 9 | total | 240 | 210 | 9 | |
258119 | 400 | 35 | 1 | 290 | 14 | 215 | 11 | |||
36 | 5 | 300 | 4 | 220 | 11 | |||||
37 | 4 | 310 | 5 | 225 | 5 | |||||
38 | 6 | 320 | 12 | 230 | 12 | |||||
39 | 11 | 330 | 3 | 235 | 5 | |||||
40 | 1 | 340 | 6 | 201 à 370 | 240 | 7 | ||||
reste | 903 | 350 | 3 | 166 | 245 | 6 | ||||
total | 1730 | 360 | 6 | 9.6% | 250 | 6 | ||||
370 | 6 | 255 | 4 | |||||||
380 | 6 | 260 | 3 | |||||||
390 | 3 | 265 | 7 | |||||||
adresse | intercaln | décalage | long | 400 | 4 | 270 | 6 | |||
349543 | -83 | shift2 | 635 | 410 | 1 | 275 | 7 | |||
541115 | -73 | shift2 | 498 | 420 | 4 | 280 | 2 | |||
575292 | -71 | shift2 | 146 | 430 | 0 | 285 | 9 | |||
125178 | -64 | shift2 | 246 | 440 | 2 | 290 | 5 | |||
1600078 | -62 | comp | 450 | 2 | 295 | 3 | ||||
1611178 | -62 | shift2 | 1499 | 460 | 1 | 300 | 1 | |||
28018 | -59 | shift2 | 497 | 470 | 0 | 305 | 4 | |||
316817 | -49 | shift2 | 495 | 480 | 5 | 310 | 1 | |||
1478759 | -48 | comp | 490 | 4 | 315 | 6 | ||||
739648 | -44 | shift2 | 851 | 500 | 1 | 320 | 6 | |||
875683 | -41 | shift2 | 635 | 510 | 1 | 325 | 3 | |||
1378478 | -41 | shift2 | 1910 | 520 | 0 | 330 | 0 | |||
12869 | -39 | 530 | 2 | 335 | 5 | |||||
1051112 | -38 | 540 | 0 | 371 à 600 | 340 | 1 | ||||
1285398 | -38 | 550 | 1 | 37 | 345 | 2 | ||||
1623026 | -38 | 560 | 0 | 2.1% | 350 | 1 | ||||
697374 | -35 | 570 | 0 | 355 | 3 | |||||
1152607 | -34 | 580 | 0 | 601 à max | 360 | 3 | ||||
1328814 | -34 | 590 | 0 | 12 | 365 | 4 | ||||
139527 | -32 | 600 | 0 | 0.7% | 370 | 2 | ||||
312088 | -32 | reste | 12 | reste | 49 | |||||
352843 | -32 | total | 1730 | total | 1730 |
mja autres intercalaires
- Lien tableur: mja autres intercalaires
- Légende:
- - comp, le gène est sur le brin complement
- - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
|
|
|
mja intercalaires tRNA
- Lien tableur: mja intercalaires tRNA
- Légende:
- - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
- - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
- Cumuls comp'+continu du tableau
deb fin total <201 14 16 30 total 22 21 43 taux 64% 76% 70%
|
|
mja intercalaires rRNA
- Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre mja blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau mja autres intercalaires.
- Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici pour les 2 blocs de 340 295 pbs. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, il est ici pour les 2 blocs de, respectivement, 182 232 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
- Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans mja cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb fin tri grand petit 372 241 18 39 1 250 19 2 250 19 98 59 5 32 31 306 71 14 179 41 31 32 10 103 48 149 154 13 157 50 64 239 3 98 59 64 230 12 402 63 220 164 7 239 64 48 103 8 230 64 171 229 17 123 65 402 63 4 306 71 157 50 15 86 80 179 41 20 172 95 86 80 16 238 102 238 102 6 154 149 65 123 9 220 164 39 1 11 229 171 210 243 21 383 177 172 95 19 243 210 383 177 1 372 241
Methanosarcina barkeri str. Fusaro
mba opérons
- Lien tableur: mba opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome
- Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina.
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
39.2%GC | 2.2.20 Paris | 62 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
91192..91938 | cds | 137 | 137 | 249 | DUF429 domain-containing protein | |||||
comp | 92076..92160 | ctc | + | 132 | 132 | |||||
comp | 92293..92377 | ctc | 2 ctc | 298 | 298 | |||||
comp | 92676..93476 | cds | 267 | DNA-directed RNA polymerase subunit D | ||||||
comp | 98630..99337 | cds | 535 | 535 | 236 | ABC transporter ATP-binding protein | ||||
comp | 99873..99955 | tcc | 222 | 222 | ||||||
comp | 100178..101194 | cds | 339 | RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5 | ||||||
comp | 146979..147518 | cds | 80 | 80 | 180 | tyrosine-type recombinase/integrase | ||||
comp | 147599..147670 | acc | 198 | 198 | ||||||
comp | 147869..148381 | cds | 171 | DUF98 domain-containing protein | ||||||
comp | 199345..200268 | cds | 492 | 492 | 308 | aldolase | ||||
comp | 200761..200833 | aac | + | 71 | 71 | |||||
comp | 200905..200979 | atgi | 2 aac | 119 | 119 | |||||
comp | 201099..201171 | aac | 964 | 964 | ||||||
202136..202366 | cds | 77 | hp | |||||||
260990..261532 | cds | 173 | 173 | 181 | nitroreductase family protein" | |||||
261706..261777 | cgg | 673 | 673 | |||||||
262451..262960 | cds | 170 | hp | |||||||
comp | 463836..464723 | cds | 2075 | 2075 | 296 | polyprenyl synthetase family protein | ||||
466799..466870 | gga | 94 | 94 | |||||||
466965..467049 | cta | 221 | 221 | |||||||
comp | 467271..468818 | cds | 516 | MBL fold metallo-hydrolase | ||||||
473154..473723 | cds | 298 | 298 | 190 | hp | |||||
comp | 474022..474096 | gag | 246 | 246 | ||||||
comp | 474343..475584 | cds | 414 | proteasome-activating nucleotidase | ||||||
comp | 692109..692987 | cds | 349 | 349 | 293 | branched-chain-amino-acid transaminase | ||||
693337..693411 | aga | 400 | 400 | |||||||
comp | 693812..694420 | cds | 203 | sulfite exporter TauE/SafE family protein | ||||||
comp | 703446..703958 | cds | 488 | 488 | 171 | biotin transporter BioY | ||||
704447..704521 | agg | 283 | 283 | |||||||
704805..705284 | cds | 160 | N-acetyltransferase | |||||||
comp | 800463..800642 | cds | 799 | 799 | 60 | hp | ||||
comp | 801442..801526 | agc | 137 | 137 | ||||||
comp | 801664..801978 | ncRNA | @1 | 327 | 327 | 315 | ||||
802306..803931 | cds | 542 | methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase | |||||||
1109819..1110013 | cds | 15 | 15 | 65 | hp | |||||
1110029..1110103 | atgf | + | 63 | 63 | ||||||
1110167..1110241 | atgf | 3 atg | 63 | 63 | ||||||
1110305..1110379 | atgf | 273 | 273 | |||||||
1110653..1111984 | cds | 444 | signal recognition particle protein | |||||||
comp | 1134460..1135074 | cds | 235 | 235 | 205 | endonuclease III | ||||
comp | 1135310..1135381 | tgc | + | 65 | 65 | |||||
comp | 1135447..1135518 | tgc | 2 tgc | 126 | 126 | |||||
comp | 1135645..1136277 | cds | 211 | hp | ||||||
1137210..1137680 | cds | 488 | 488 | 157 | P-bacterioferritin | |||||
comp | 1138169..1138290 | 5s | 129 | 122 | ||||||
comp | 1138420..1141252 | 23s | 222 | 2833 | ||||||
comp | 1141475..1142963 | 16s | 830 | 830 | 1489 | |||||
1143794..1145302 | cds | 503 | 2-isopropylmalate synthase | |||||||
comp | 1249870..1250040 | cds | 423 | 423 | 57 | CopG family transcriptional regulator | ||||
comp | 1250464..1250537 | aag | 546 | 546 | ||||||
1251084..1251290 | cds | 69 | TRAM domain-containing protein | |||||||
1315521..1315691 | cds | @2 | -12 | -12 | 57 | hp | ||||
comp | 1315680..1315751 | cgc | 174 | 174 | ||||||
1315926..1317110 | cds | 395 | redox-regulated ATPase YchF | |||||||
<comp | 1514831..1515373 | cds | 1133 | 1133 | 181 | ArsR family transcriptional regulator | ||||
1516507..1516579 | caa | 760 | 760 | |||||||
comp | 1517340..1517663 | cds | 108 | hp | ||||||
comp | 1538879..1539286 | cds | 36 | 36 | 136 | sensor histidine kinase | ||||
comp | 1539323..1539395 | other | @3 | 1249 | 1249 | 73 | ||||
>comp | 1540645..1540794 | cds | 50 | PKD domain-containing protein | ||||||
comp | 1546247..1547791 | cds | 576 | 576 | 515 | aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme | ||||
comp | 1548368..1548441 | aca | 448 | 448 | ||||||
< | 1548890..1549093 | cds | 68 | matrixin family metalloprotease | ||||||
1550566..1550760 | cds | 745 | 745 | 65 | DeoR family transcriptional regulator | |||||
comp | 1551506..1551579 | aca | 506 | 506 | ||||||
1552086..1552640 | cds | 185 | YkgJ family cysteine cluster protein | |||||||
1621639..1622835 | cds | 433 | 433 | 399 | methionine adenosyltransferase | |||||
1623269..1623384 | tac | @4 | 112 | 112 | ||||||
1623497..1623569 | gac | 300 | 300 | |||||||
comp | 1623870..1624067 | cds | 66 | hp | ||||||
1714788..1715069 | cds | 154 | 154 | 94 | hp | |||||
comp | 1715224..1715295 | acg | 187 | 187 | ||||||
comp | 1715483..1716493 | cds | 337 | class I SAM-dependent methyltransferase family protein | ||||||
comp | 1755811..1755993 | cds | 113 | 113 | 61 | DNA-directed RNA polymerase subunit K | ||||
comp | 1756107..1756181 | ccg | @5 | 0 | 0 | |||||
comp | 1756182..1756370 | cds | 63 | DNA-directed RNA polymerase subunit N | ||||||
1842058..1842195 | cds | 16 | 16 | 46 | hp | |||||
comp | 1842212..1842285 | gtg | 717 | 717 | ||||||
1843003..1843767 | cds | 255 | peptidase A24 | |||||||
comp | 1852573..1852896 | cds | 1364 | 1364 | 108 | PadR family transcriptional regulator | ||||
comp | 1854261..1854338 | ccc | 198 | 198 | ||||||
comp | 1854537..1855097 | cds | 187 | CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein | ||||||
comp | 1908225..1908989 | cds | 349 | 349 | 255 | hp | ||||
comp | 1909339..1909530 | tgg | 445 | 445 | ||||||
> | 1909976..1910152 | cds | 59 | nitrogenase reductase | ||||||
1926717..1927178 | cds | 183 | 183 | 154 | DUF4145 domain-containing protein | |||||
comp | 1927362..1927445 | tcg | 125 | 125 | ||||||
comp | 1927571..1928944 | cds | 458 | endonuclease Q family protein | ||||||
comp | 2005431..2007053 | cds | 2315 | 2315 | 541 | PKD domain-containing protein | ||||
comp | 2009369..2009443 | cca | 199 | 199 | ||||||
comp | 2009643..2010194 | cds | 184 | UbiX family flavin prenyltransferase | ||||||
comp | 2026807..2028456 | cds | 314 | 314 | 550 | ATP-dependent DNA ligase | ||||
2028771..2028842 | ggg | 513 | 513 | |||||||
comp | 2029356..2029766 | cds | 137 | PaaI family thioesterase | ||||||
2157926..2158684 | cds | 567 | 567 | 253 | hp | |||||
2159252..2159362 | atgj | 349 | 349 | |||||||
2159712..2160225 | cds | 171 | amidohydrolase family protein | |||||||
comp | 2194967..2195302 | cds | 713 | 713 | 112 | translation initiation factor eIF-1A | ||||
2196016..2197504 | 16s | 222 | 1489 | |||||||
2197727..2200559 | 23s | 129 | 2833 | |||||||
2200689..2200810 | 5s | 607 | 607 | 122 | ||||||
comp | 2201418..2201615 | cds | 66 | hp | ||||||
>comp | 2434335..2434609 | cds | 603 | 603 | 92 | nucleoside deaminase | ||||
comp | 2435213..2435284 | gcc | 223 | 223 | ||||||
2435508..2435584 | atc | + | 74 | 74 | ||||||
2435659..2435735 | atc | 2 atc | 241 | 241 | ||||||
comp | 2435977..2436390 | cds | 138 | transcriptional regulator | ||||||
2622097..2624025 | cds | 1489 | 1489 | 643 | replication factor C large subunit | |||||
2625515..2625588 | gta | 1102 | 1102 | |||||||
2626691..2626918 | cds | 76 | hp | |||||||
2650514..2651296 | cds | 164 | 164 | 261 | thiazole biosynthesis protein | |||||
2651461..2651532 | cac | 218 | 218 | |||||||
2651751..2653460 | cds | 570 | radical SAM protein | |||||||
2663547..2664668 | cds | 318 | 318 | 374 | PGF-pre-PGF domain-containing protein | |||||
comp | 2664987..2665058 | ggc | 263 | 263 | ||||||
2665322..2666563 | cds | 414 | hp | |||||||
2856552..2857409 | cds | 134 | 134 | 286 | hp | |||||
comp | 2857544..2857628 | tca | 153 | 153 | ||||||
comp | 2857782..2858546 | cds | 255 | peptidylprolyl isomerase | ||||||
3326036..3326557 | cds | 539 | 539 | 174 | hp | |||||
3327097..3327168 | tgc | 995 | 995 | |||||||
3328164..3328898 | cds | 245 | hp | |||||||
3994472..3994921 | cds | 514 | 514 | 150 | IS200/IS605 family transposase | |||||
comp | 3995436..3995529 | cga | 477 | 477 | ||||||
3996007..3996714 | cds | 236 | hp | |||||||
4005709..4006026 | cds | 269 | 269 | 106 | divalent-cation tolerance protein CutA | |||||
4006296..4006378 | ttg | 860 | 860 | |||||||
4007239..4009012 | rpr | @6 | 169 | 169 | 1774 | Family CRISPR | ||||
comp | 4009182..4009478 | cds | 99 | CRISPR-associated endonuclease Cas2 | ||||||
comp | 4031590..4031871 | cds | 1075 | 1075 | 94 | hp | ||||
4032947..4033019 | cag | 182 | 182 | |||||||
comp | 4033202..4033765 | cds | 188 | hp | ||||||
comp | 4041205..4041960 | cds | 96 | 96 | 252 | MBL fold metallo-hydrolase | ||||
4042057..4042141 | tta | 375 | 375 | |||||||
comp | 4042517..4044976 | cds | 820 | beta-propeller fold lactonase family protein | ||||||
comp | 4045359..4048274 | cds | 718 | 718 | 972 | PKD domain-containing protein | ||||
4048993..4049077 | tta | 35 | 35 | |||||||
comp | 4049113..4052403 | cds | 241 | 241 | 1097 | PGF-pre-PGF domain-containing protein | ||||
4052645..4052729 | tta | 177 | 177 | |||||||
comp | 4052907..4053395 | cds | 163 | MarR family transcriptional regulator | ||||||
4407561..4407830 | cds | 64 | 64 | 90 | elongation factor 1-beta | |||||
4407895..4407966 | gcg | 675 | 675 | |||||||
comp | 4408642..4409715 | cds | 358 | radical SAM protein | ||||||
comp | 4504139..4504300 | cds | 536 | 536 | 54 | hp | ||||
comp | 4504837..4504921 | ctg | 220 | 220 | ||||||
comp | 4505142..4506050 | cds | 303 | ornithine carbamoyltransferase | ||||||
comp | 4551177..4551851 | cds | 566 | 566 | 225 | MBL fold metallo-hydrolase | ||||
4552418..4552491 | gtc | + | 94 | 94 | ||||||
4552586..4552660 | ttc | 2 gtc | 7 | 7 | ||||||
4552668..4552739 | ggc | 2 ttc | 61 | 61 | ||||||
4552801..4552874 | gtc | 2 ggc | 94 | 94 | ||||||
4552969..4553043 | ttc | 7 | 7 | |||||||
4553051..4553122 | ggc | 717 | 717 | |||||||
4553840..4554052 | cds | 71 | MoaD/ThiS family protein | |||||||
4617920..4618339 | cds | 200 | 200 | 140 | hp | |||||
4618540..4618617 | gaa | 351 | 351 | |||||||
4618969..4619190 | cds | 377 | 377 | 74 | hp | |||||
4619568..4619645 | gaa | 214 | 214 | |||||||
comp | 4619860..4620678 | cds | 273 | hp | ||||||
4673041..4673643 | cds | 289 | 289 | 201 | adenosylcobinamide amidohydrolase | |||||
comp | 4673933..4674054 | 5s | 129 | 122 | ||||||
comp | 4674184..4677016 | 23s | 135 | 2833 | ||||||
comp | 4677152..4677224 | gca | 79 | |||||||
comp | 4677304..4678792 | 16s | 1242 | 1242 | 1489 | |||||
4680035..4680817 | cds | 261 | methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase | |||||||
comp | 4759174..4759410 | cds | 89 | 89 | 79 | DNA-directed RNA polymerase subunit H | ||||
comp | 4759500..4759576 | aaa | 655 | 655 | ||||||
comp | 4760232..4760801 | cds | 190 | DJ-1/PfpI family protein |
mba cumuls
- Lien tableur: mba cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 3 | 1 | 0 | - | 1 | 2 | 1 | 100 | 25 | 30 | 0 | |
16 23 5s 0 | 2 | 20 | 2 | 50 | 4 | 20 | 200 | 27 | 60 | 7 | |||
16 gca 235 | 1 | 40 | 0 | 100 | 4 | 40 | 300 | 21 | 90 | 14 | |||
16 23 5s a | 0 | 60 | 0 | 150 | 6 | 60 | 400 | 8 | 120 | 8 | |||
max a | 1 | 80 | 6 | 200 | 14 | 80 | 500 | 4 | 150 | 5 | |||
a doubles | 0 | 100 | 3 | 250 | 9 | 100 | 600 | 7 | 180 | 10 | |||
autres | 0 | 120 | 2 | 300 | 8 | 120 | 700 | 1 | 210 | 11 | |||
total aas | 1 | 140 | 1 | 350 | 6 | 140 | 800 | 0 | 240 | 4 | |||
sans | opérons | 44 | 160 | 0 | 400 | 4 | 160 | 900 | 1 | 270 | 10 | ||
1 aa | 37 | 180 | 0 | 450 | 4 | 180 | 1000 | 1 | 300 | 4 | |||
max a | 6 | 200 | 0 | 500 | 4 | 200 | 1100 | 1 | 330 | 2 | |||
a doubles | 6 | 1 | 35 | 0 | 21 | ||||||||
total aas | 61 | 15 | 0 | 100 | 0 | 96 | 96 | ||||||
total aas | 62 | ||||||||||||
remarques | 6 | ||||||||||||
avec jaune | moyenne | 85 | 457 | 240 | |||||||||
variance | 52 | 407 | 194 | ||||||||||
sans jaune | moyenne | 51 | 210 | 186 | 158 | ||||||||
variance | 28 | 98 | 106 | 78 |
mba blocs
- Lien tableur: mba blocs
cds | 289 | 201 | adenosylcobinamide amidohydrolase |
5s | 129 | 122 | |
23s | 135 | 2833 | |
gca | 79 | ||
16s | 1242 | 1489 | |
cds | 261 | methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase | |
cds | 713 | 112 | translation initiation factor eIF-1A |
16s | 222 | 1489 | |
23s | 129 | 2833 | |
5s | 607 | 122 | |
cds | 66 | hp | |
cds | 488 | 157 | P-bacterioferritin |
5s | 129 | 122 | |
23s | 222 | 2833 | |
16s | 830 | 1489 | |
cds | 503 | 2-isopropylmalate synthase |
mba remarques
- Lien tableur: mba remarques
- Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
- @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
- @ intercalaire négatif du au changement de sens
- @ un autre aa, other
- @ 4 introns
- - tac 1623269..1623304,1623349..1623384
- - tgg 1909339..1909374,1909493..1909530
- - atgj 2159252..2159289,2159327..2159362
- - cga 3995436..3995470,3995491..3995529
- @ un intercalaire nul sans changement de sens
- @ rpr, repeat région famille CRISPR, assez grand 1774 pbs. Dans le même sens que l’aa.
- Séquence des doubles: 6 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas et un triplet.
- - 2 doublets seuls ctc tgc
- - gcc 2atc
- - aac atgi aac
- - 3 atgf
- - 2 (gtc ttc ggc)
- Tableau du code génétique de mba
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
- - totaux en en-tête, 62 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 62 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
g1 | t1 | 62 | 62 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 3 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 2 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 4 |
atc | 2 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 2 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 2 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 3 |
tta | 3 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 2 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atg | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | 1 | cag | 1 | cgg | 1 |
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | 1 | ggg | 1 |
- intercalaires élevés avec le cds 43/100
1315680 cgc -12 comp 1756107 ccg 0 1250464 aag 423 1623269 tac 433 1909339 tgg 445 comp 1548368 aca 448 comp 3995436 cga 477 comp 704447 agg 488 comp 1138169 5s 488 comp 200761 aac 492 1551506 aca 506 comp 2028771 ggg 513 comp 3995436 cga 514 comp 99873 tcc 535 4504837 ctg 536 3327097 tgc 539 1250464 aag 546 comp 4552418 gtc 566 comp 2159252 atgj 567 1548368 aca 576 2435213 gcc 603 2200689 5s 607 comp 4759500 aaa 655 261706 cgg 673 4407895 gcg 675 comp 2194967 16s 713 comp 1842212 gtg 717 comp 4553840 ggc 717 4048993 tta 718 comp 1551506 aca 745 comp 1516507 caa 760 comp 801442 agc 799 1141475 16s 830 comp 4006296 ttg 860 201099 aac 964 comp 3327097 tgc 995 4032947 cag 1075 comp 2625515 gta 1102 1516507 caa 1133 comp 4677304 16s 1242 comp 1539323 other 1249 1854261 ccc 1364 2625515 gta 1489 466799 gga 2075 2009369 cca 2315 moyenne 795 écart 415
- intercalaires élevés entre aas
ttc-ggc 7 ttc-ggc 7 ggc-gtc 61 atgf-atgf 63 atgf-atgf 63 tgc-tgc 65 aac-atgi 71 atc-atc 74 -- -- gga-cta 94 gtc-ttc 94 gtc-ttc 94 tac-gac 112 intron atgi-aac 119 intron ctc-ctc 132 gcc-atc 223
mba distribution
- Lien tableur: mba distribution
- Notes
- - 9 duplicata: atc2 ctc2 atgf3 tgc2
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 3 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 2 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 3 |
atc | 2 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 2 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 2 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 3 |
tta | 3 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 2 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | 1 | cag | 1 | cgg | 1 |
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | 1 | ggg | 1 |
arch | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
mba | 23 * | 37 * | 1 | 61 |
mba intercalaires entre cds
- Lien NCBI 17.12.20
- Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.
mba les fréquences
- Lien tableur: mba intercalaires entre cds
- Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquencez est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes.
- - cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.
- - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.
- - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.
- - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 17.12.20.
mba | intercalaires | total | % | intercalaires | moyenne | ecartype | plage | ADN | intercal | frequence5 | intercal | fréquencez |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
négatif | 329 | 8.3 | négatif | -12 | 13 | -1 à -74 | 4 837 408 | -1 | 329 | 610 | 21 | |
zéro | 22 | 0.6 | intercals | 0 | 22 | 620 | 23 | |||||
1 à 200 | 1478 | 37.5 | 0 à 200 | 85 | 62 | 1 292 909 | 5 | 110 | 630 | 21 | ||
201 à 370 | 782 | 19.8 | 201 à 370 | 278 | 48 | 26.7% | 10 | 53 | 640 | 20 | ||
371 à 600 | 643 | 16.3 | 371 à 600 | 475 | 66 | 15 | 73 | 650 | 14 | |||
601 à max | 689 | 17.5 | 601 à 1028 | 920 | 310 | 20 | 67 | 660 | 22 | |||
total 3943 | <201 | 46 | total 3938 | 324 | 341 | -74 à 2323 | 25 | 46 | 670 | 14 | ||
adresse | intercalx | intercal | fréquence1 | intercal | fréquence6 | cumul,% | intercal | fréquence-1 | 30 | 37 | 680 | 28 |
3095040 | 2919 | -1 | 329 | -70 | 1 | 0 | 22 | 35 | 39 | 690 | 6 | |
526434 | 2894 | 0 | 22 | -60 | 0 | -1 | 33 | 40 | 54 | 700 | 11 | |
1788553 | 2705 | 1 | 22 | -50 | 8 | -2 | 2 | 45 | 35 | 710 | 20 | |
2002090 | 2693 | 2 | 33 | -40 | 7 | -3 | 2 | 50 | 31 | 720 | 14 | |
4631335 | 2517 | 3 | 12 | -30 | 14 | min à -1 | -4 | 120 | 55 | 34 | 730 | 7 |
818173 | 2323 | 4 | 19 | -20 | 34 | 329 | -5 | 1 | 60 | 45 | 740 | 16 |
2797830 | 2322 | 5 | 24 | -10 | 66 | 8.3% | -6 | 2 | 65 | 34 | 750 | 20 |
3799612 | 2309 | 6 | 15 | 0 | 221 | -7 | 5 | 70 | 25 | 760 | 12 | |
376145 | 2299 | 7 | 4 | 10 | 163 | -8 | 33 | 75 | 34 | 770 | 18 | |
3653740 | 2282 | 8 | 6 | 20 | 140 | -9 | 1 | 80 | 36 | 780 | 12 | |
4809596 | 2233 | 9 | 8 | 30 | 83 | -10 | 4 | 85 | 41 | 790 | 8 | |
1187952 | 2165 | 10 | 20 | 40 | 93 | 1 à 100 | -11 | 13 | 90 | 30 | 800 | 7 |
4415180 | 2161 | 11 | 18 | 50 | 66 | 900 | -12 | 0 | 95 | 27 | 810 | 6 |
3268995 | 2076 | 12 | 8 | 60 | 79 | 22.8% | -13 | 5 | 100 | 27 | 820 | 8 |
372411 | 1964 | 13 | 19 | 70 | 59 | -14 | 18 | 105 | 23 | 830 | 8 | |
3552425 | 1946 | 14 | 15 | 80 | 70 | -15 | 0 | 110 | 31 | 840 | 9 | |
3151269 | 1901 | 15 | 13 | 90 | 71 | -16 | 5 | 115 | 32 | 850 | 13 | |
3603917 | 1870 | 16 | 14 | 100 | 54 | -17 | 12 | 120 | 41 | 860 | 6 | |
542032 | 1854 | 17 | 11 | 110 | 54 | -18 | 5 | 125 | 25 | 870 | 18 | |
682785 | 1848 | 18 | 16 | 120 | 73 | -19 | 4 | 130 | 25 | 880 | 8 | |
3195397 | 1797 | 19 | 8 | 130 | 50 | -20 | 8 | 135 | 24 | 890 | 10 | |
2484625 | 1761 | 20 | 18 | 140 | 55 | -21 | 0 | 140 | 31 | 900 | 9 | |
3100209 | 1754 | 21 | 9 | 150 | 71 | -22 | 1 | 145 | 42 | 910 | 7 | |
2724177 | 1733 | 22 | 12 | 160 | 47 | -23 | 6 | 150 | 29 | 920 | 5 | |
912406 | 1712 | 23 | 6 | 170 | 58 | 1 à 200 | -24 | 0 | 155 | 23 | 930 | 4 |
2448660 | 1707 | 24 | 14 | 180 | 60 | 1478 | -25 | 5 | 160 | 24 | 940 | 7 |
2750853 | 1677 | 25 | 5 | 190 | 75 | 37.5% | -26 | 9 | 165 | 22 | 950 | 15 |
4703857 | 1624 | 26 | 6 | 200 | 57 | -27 | 1 | 170 | 36 | 960 | 9 | |
974831 | 1613 | 27 | 11 | 210 | 39 | -28 | 3 | 175 | 29 | 970 | 5 | |
4637075 | 1600 | 28 | 5 | 220 | 74 | -29 | 1 | 180 | 31 | 980 | 9 | |
2503952 | 1596 | 29 | 5 | 230 | 51 | -30 | 0 | 185 | 39 | 990 | 8 | |
511626 | 1595 | 30 | 10 | 240 | 47 | -31 | 0 | 190 | 36 | 1000 | 9 | |
2705610 | 1569 | 31 | 3 | 250 | 51 | 0 à 200 | -32 | 4 | 195 | 33 | 1010 | 3 |
3908084 | 1568 | 32 | 6 | 260 | 59 | 1500 | 325 | 200 | 24 | 1020 | 9 | |
2490112 | 1557 | 33 | 8 | 270 | 53 | reste | 26 | 205 | 19 | 1030 | 4 | |
63786 | 1555 | 34 | 10 | 280 | 55 | total | 351 | 210 | 20 | 1040 | 7 | |
136653 | 1553 | 35 | 12 | 290 | 42 | 215 | 46 | 1050 | 3 | |||
958597 | 1549 | 36 | 14 | 300 | 35 | 220 | 28 | 1060 | 7 | |||
301149 | 1548 | 37 | 9 | 310 | 43 | 225 | 29 | 1070 | 10 | |||
1165546 | 1516 | 38 | 11 | 320 | 44 | intercal | frequencef | 230 | 22 | 1080 | 5 | |
39 | 10 | 330 | 37 | 600 | 3254 | 235 | 24 | 1090 | 3 | |||
40 | 10 | 340 | 49 | 201 à 370 | 700 | 180 | 240 | 23 | 1100 | 1 | ||
reste | 3113 | 350 | 40 | 782 | 800 | 134 | 245 | 29 | 1110 | 8 | ||
total | 3943 | 360 | 32 | 19.8% | 900 | 95 | 250 | 22 | 1120 | 4 | ||
370 | 31 | 1000 | 78 | 255 | 30 | 1130 | 3 | |||||
adresses | intercaln | décalage | long | 380 | 36 | 1100 | 52 | 260 | 29 | 1140 | 4 | |
4403838 | -74 | comp | 390 | 23 | 1200 | 41 | 265 | 26 | 1150 | 3 | ||
1874377 | -59 | shift2 | 688 | 400 | 37 | 1300 | 30 | 270 | 27 | 1160 | 5 | |
4136612 | -59 | shift2 | 694 | 410 | 34 | 1400 | 22 | 275 | 22 | 1170 | 4 | |
493240 | -56 | shift2 | 127 | 420 | 31 | 1500 | 15 | 280 | 33 | 1180 | 3 | |
942901 | -56 | shift2 | 601 | 430 | 43 | 1600 | 13 | 285 | 20 | 1190 | 3 | |
4169341 | -56 | shift2 | 238 | 440 | 34 | 1700 | 3 | 290 | 22 | 1200 | 4 | |
4335751 | -56 | shift2 | 445 | 450 | 30 | 1800 | 6 | 295 | 20 | 580 | ||
4374865 | -55 | comp | 460 | 27 | 1900 | 3 | 300 | 15 | reste | 109 | ||
2801727 | -51 | comp | 470 | 31 | 2000 | 3 | 305 | 18 | total | 3943 | ||
1742959 | -49 | shift2 | 2660 | 480 | 28 | 2100 | 1 | 310 | 25 | |||
2882494 | -49 | shift2 | 1325 | 490 | 28 | 2200 | 2 | 315 | 24 | |||
3292321 | -49 | shift2 | 101 | 500 | 26 | 2300 | 3 | 320 | 20 | |||
2440972 | -47 | shift2 | 664 | 510 | 22 | 2400 | 3 | 325 | 19 | |||
4561346 | -44 | shift2 | 1744 | 520 | 32 | 2500 | 0 | 330 | 18 | |||
1057681 | -41 | shift2 | 394 | 530 | 25 | 2600 | 1 | 335 | 21 | |||
1723225 | -41 | comp | 540 | 20 | 371 à 600 | 2700 | 1 | 340 | 28 | |||
82489 | -38 | 550 | 23 | 643 | 2800 | 1 | 345 | 21 | ||||
222695 | -38 | 560 | 22 | 16.3% | 2900 | 1 | 350 | 19 | ||||
3533580 | -38 | 570 | 22 | 3000 | 1 | 355 | 19 | |||||
1573832 | -35 | 580 | 28 | 601 à max | 689 | 360 | 13 | |||||
1931905 | -35 | 590 | 18 | 689 | 365 | 15 | ||||||
3122151 | -35 | 600 | 23 | 17.5% | 370 | 16 | ||||||
3337334 | -35 | reste | 689 | reste | 0 | reste | 1332 | |||||
4054645 | -35 | total | 3943 | total | 3943 | total | 3943 |
mba autres intercalaires
- Lien tableur: mba autres intercalaires
- Légende:
- - comp, le gène est sur le brin complement
- - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
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mba intercalaires tRNA
- Lien tableur: mba intercalaires tRNA
- Légende:
- - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.
- - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
- Cumuls comp'+continu du tableau
deb fin toal <201 16 12 28 total 46 44 90 taux 35% 27% 31%
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mba intercalaires rRNA
- Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre mba blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau mba autres intercalaires.
- Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici pour les 3 blocs de 1242 713 830. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, il est ici pour les 3 blocs de, respectivement, 289 607 488 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
- Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans mba cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.
deb fin tri grand petit deb fin tri grand petit 137 298 13 174 -12 349 445 43 377 214 535 222 20 113 0 183 125 40 536 220 80 198 10 273 15 2315 199 6 2075 221 492 790 21 717 16 314 513 2 535 222 173 673 37 718 35 567 349 28 603 241 2075 221 15 1249 36 603 241 7 298 246 298 246 39 675 64 1489 1102 31 318 263 349 400 3 198 80 164 218 14 760 286 488 307 44 655 89 318 263 18 433 300 15 273 36 375 96 134 153 9 488 307 235 126 24 183 125 539 995 26 513 314 423 546 11 235 126 514 477 8 400 349 -12 174 32 153 134 1075 182 23 445 349 286 760 1 298 137 96 375 27 567 349 36 1249 19 187 154 718 35 12 546 423 576 448 30 218 164 241 177 16 576 448 745 506 5 673 173 64 675 34 514 477 433 300 38 241 177 536 220 4 790 492 154 187 35 1075 182 566 717 17 745 506 113 0 22 1379 198 200 351 33 995 539 16 717 25 2315 199 377 214 41 717 566 1379 198 42 351 200 89 655 29 1489 1102
Methanosarcina sp. WH1
mfe opérons
- Lien tableur: mfe opérons
- Liens: gtRNAdb , NCBI , génome , %GC 41.80
- Phylogénie: Archaea; Euryarchaeota; Stenosarchaea group; Methanomicrobia; Methanosarcinales; Methanosarcinaceae; Methanosarcina; unclassified Methanosarcina
- Légende: cdsa: cds aas, cdsd: cds dirigé
40.2%GC | 2.2.20 Paris | 56 | doubles | intercal | cds | aa | avec aa | cdsa | cdsd | protéines |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
comp | 38726..40264 | cds | 698 | 698 | 513 | 2-isopropylmalate synthase | ||||
40963..42450 | 16s | 208 | 1488 | |||||||
42659..45491 | 23s | 130 | 2833 | |||||||
45622..45743 | 5s | 857 | 857 | 122 | ||||||
46601..47164 | cds | 102 | 102 | 188 | hp | |||||
47267..47338 | tgc | + | 72 | 72 | ||||||
47411..47482 | tgc | 2 tgc | 411 | 411 | ||||||
47894..48508 | cds | 205 | endonuclease III | |||||||
comp | 71092..72423 | cds | 384 | 384 | 444 | signal recognition particle protein | ||||
comp | 72808..72882 | atgf | + | 89 | 89 | |||||
comp | 72972..73046 | atgf | 2 atgf | 234 | 234 | |||||
73281..73472 | cds | 64 | hp | |||||||
comp | 175573..176153 | cds | 163 | 163 | 194 | hp | ||||
comp | 176317..176389 | gac | 111 | 111 | ||||||
comp | 176501..176614 | tac | @1 | 295 | 295 | |||||
176910..177248 | cds | 113 | hp | |||||||
comp | 214884..215966 | cds | 801 | 801 | 361 | hp | ||||
comp | 216768..216841 | aca | 150 | 150 | ||||||
216992..217582 | cds | 197 | aldolase | |||||||
comp | 372219..373091 | cds | 558 | 558 | 291 | hp | ||||
comp | 373650..373723 | gtg | 340 | 340 | ||||||
374064..374828 | cds | 255 | peptidase A24 | |||||||
comp | 379248..381950 | cds | 1076 | 1076 | 901 | DNA mismatch repair protein MutS | ||||
comp | 383027..383104 | ccc | 193 | 193 | ||||||
comp | 383298..383882 | cds | 195 | CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein | ||||||
comp | 532751..533176 | cds | 356 | 356 | 142 | hp | ||||
comp | 533533..533607 | cca | 149 | 149 | ||||||
comp | 533757..534308 | cds | 184 | UbiX family flavin prenyltransferase | ||||||
comp | 598666..599850 | cds | 170 | 170 | 395 | redox-regulated ATPase YchF | ||||
600021..600092 | cgc | 341 | 341 | |||||||
600434..600868 | cds | 145 | cell surface lipoprotein | |||||||
680493..681734 | cds | 185 | 185 | 414 | proteasome-activating nucleotidase | |||||
681920..681994 | gag | 242 | 242 | |||||||
> | 682237..682560 | cds | 108 | p-IS200/IS605 family transposase | ||||||
689062..689631 | cds | 36 | 36 | 190 | phosphatase PAP2 family protein | |||||
comp | 689668..689752 | cta | 73 | 73 | ||||||
comp | 689826..689897 | gga | 1481 | 1481 | ||||||
691379..691483 | cds | 35 | CcmD family protein | |||||||
comp | 793563..795017 | cds | 111 | 111 | 485 | p-IS66 family transposase | ||||
comp | 795129..795213 | ctc | + | 117 | 117 | |||||
comp | 795331..795418 | ctc | 2 ctc | 235 | 235 | |||||
comp | 795654..796454 | cds | 267 | DNA-directed RNA polymerase subunit D | ||||||
810088..810471 | cds | 861 | 861 | 128 | hp | |||||
comp | 811333..811415 | tcc | 123 | 123 | ||||||
comp | 811539..812555 | cds | 339 | RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5 | ||||||
comp | 893309..894232 | cds | 391 | 391 | 308 | aldolase | ||||
comp | 894624..894696 | aac | + | 87 | 87 | |||||
comp | 894784..894858 | atgi | 2 aac | 110 | 110 | |||||
comp | 894969..895041 | aac | 1415 | 1415 | ||||||
comp | 896457..897506 | cds | 350 | TIGR00303 family protein | ||||||
949570..950112 | cds | 208 | 208 | 181 | nitroreductase family protein | |||||
950321..950392 | cgg | 498 | 498 | |||||||
comp | 950891..952300 | cds | 470 | NADPH-dependent glutamate synthase | ||||||
1088496..1090946 | cds | 360 | 360 | 817 | PGF-pre-PGF domain-containing protein | |||||
comp | 1091307..1091378 | gcc | 227 | 227 | ||||||
1091606..1091682 | atc | + | 62 | 62 | ||||||
1091745..1091818 | atc | 2 atc | 353 | 353 | ||||||
comp | 1092172..1092585 | cds | 138 | transcriptional regulator | ||||||
1155736..1156137 | cds | 210 | 210 | 134 | AsnC family transcriptional regulator | |||||
1156348..1156425 | gaa | + | 718 | 718 | ||||||
1157144..1157221 | gaa | 2 gaa | 233 | 233 | ||||||
comp | 1157455..1158645 | cds | @4 | 397 | ISH3 family transposase | |||||
comp | 1199367..1200149 | cds | 967 | 967 | 261 | methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase | ||||
1201117..1202604 | 16s | 80 | 1488 | |||||||
1202685..1202757 | gca | 135 | ||||||||
1202893..1205725 | 23s | 130 | 2833 | |||||||
1205856..1205977 | 5s | 5 | 5 | 122 | ||||||
comp | 1205983..1206231 | cds | 83 | hp | ||||||
1207508..1211485 | cds | 12 | 12 | 1326 | PAS domain S-box protein | |||||
comp | 1211498..1211582 | ctg | 190 | 190 | ||||||
comp | 1211773..1212681 | cds | 303 | ornithine carbamoyltransferase | ||||||
comp | 1220571..1220783 | cds | 596 | 596 | 71 | MoaD/ThiS family protein | ||||
comp | 1221380..1221451 | ggc | + | 25 | 25 | |||||
comp | 1221477..1221551 | ttc | 2 ggc | 57 | 57 | |||||
comp | 1221609..1221682 | gtc | 2 ttc | 71 | 71 | |||||
comp | 1221754..1221825 | ggc | 2 gtc | 25 | 25 | |||||
comp | 1221851..1221925 | ttc | 118 | 118 | ||||||
comp | 1222044..1222117 | gtc | 358 | 358 | ||||||
1222476..1223792 | cds | 439 | methanogenesis marker 16 metalloprotein | |||||||
1400830..1401773 | cds | 914 | 914 | 315 | helix-turn-helix domain-containing protein | |||||
1402688..1402761 | gta | 287 | 287 | |||||||
1403049..1403276 | cds | 76 | hp | |||||||
comp | 1504221..1505630 | cds | 686 | 686 | 470 | F0F1 ATP synthase subunit beta | ||||
comp | 1506317..1506410 | cga | 750 | 750 | ||||||
1507161..1508039 | cds | 293 | response regulator | |||||||
1513245..1513562 | cds | 213 | 213 | 106 | divalent-cation tolerance protein CutA | |||||
1513776..1513858 | ttg | 268 | 268 | |||||||
> | 1514127..1514647 | cds | 174 | p-IS1634 family transposase | ||||||
1887880..1888338 | cds | 392 | 392 | 153 | pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein | |||||
comp | 1888731..1888802 | ggc | 378 | 378 | ||||||
1889181..1890518 | cds | 446 | DHH family phosphoesterase | |||||||
1962666..1963553 | cds | 130 | 130 | 296 | hp | |||||
comp | 1963684..1963768 | tta | 235 | 235 | ||||||
1964004..1964759 | cds | 252 | MBL fold metallo-hydrolase | |||||||
1971331..1971852 | cds | 319 | 319 | 174 | hp | |||||
comp | 1972172..1972244 | cag | 204 | 204 | ||||||
comp | 1972449..1972850 | cds | 134 | hp | ||||||
comp | 2170713..2172446 | cds | 156 | 156 | 578 | radical SAM protein | ||||
comp | 2172603..2172674 | cac | 174 | 174 | ||||||
comp | 2172849..2173631 | cds | 261 | thiazole biosynthesis protein | ||||||
<comp | 2320809..2321131 | cds | 141 | 141 | 108 | p-IS200/IS605 family transposase | ||||
comp | 2321273..2321344 | gcg | 65 | 65 | ||||||
comp | 2321410..2321679 | cds | 90 | elongation factor 1-beta | ||||||
2387890..2388675 | cds | 150 | 150 | 262 | peptidylprolyl isomerase | |||||
2388826..2388911 | tca | 326 | 326 | |||||||
comp | 2389238..2389453 | cds | 72 | hp | ||||||
comp | 2678132..2678368 | cds | 85 | 85 | 79 | DNA-directed RNA polymerase subunit H | ||||
comp | 2678454..2678530 | aaa | 824 | 824 | ||||||
comp | 2679355..2679537 | cds | 61 | hp | ||||||
3091524..3091754 | cds | 271 | 271 | 77 | hp | |||||
comp | 3092026..3092147 | 5s | 130 | 122 | ||||||
comp | 3092278..3095110 | 23s | 208 | 2833 | ||||||
comp | 3095319..3096806 | 16s | 839 | 839 | 1488 | |||||
3097646..3097975 | cds | 110 | translation initiation factor eIF-1A | |||||||
comp | 3153517..3155214 | cds | 599 | 599 | 566 | diguanylate phosphodiesterase | ||||
comp | 3155814..3155923 | atgj | 799 | 799 | ||||||
3156723..3157106 | cds | 128 | tRNA CCA-pyrophosphorylase | |||||||
comp | 3241682..3242944 | cds | 473 | 473 | 421 | diaminopimelate decarboxylase | ||||
3243418..3243489 | ggg | 377 | 377 | |||||||
3243867..3244073 | cds | 69 | hp | |||||||
3341829..3342017 | cds | @2 | 0 | 0 | 63 | DNA-directed RNA polymerase subunit N | ||||
3342018..3342092 | ccg | 112 | 112 | |||||||
3342205..3342387 | cds | 61 | DNA-directed RNA polymerase subunit K | |||||||
3358176..3359186 | cds | 533 | 533 | 337 | class I SAM-dependent methyltransferase family protein | |||||
3359720..3359791 | acg | 52 | 52 | |||||||
comp | 3359844..3360305 | cds | 154 | peroxiredoxin | ||||||
comp | 3397316..3398947 | cds | 422 | 422 | 544 | methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase | ||||
3399370..3399684 | ncRNA | @3 | 149 | 149 | 315 | |||||
3399834..3399918 | agc | 230 | 230 | |||||||
3400149..3400847 | cds | 233 | ATPase | |||||||
3435506..3436918 | cds | 181 | 181 | 471 | phosphotransferase | |||||
3437100..3437183 | tcg | 273 | 273 | |||||||
3437457..3437948 | cds | 870 | 870 | 164 | rubrerythrin family protein | |||||
3438819..3438989 | cds | 107 | 107 | 57 | hp | |||||
3439097..3439289 | tgg | 42 | 42 | |||||||
comp | 3439332..3439484 | cds | 51 | hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS | ||||||
3456114..3456473 | cds | 260 | 260 | 120 | hp | |||||
comp | 3456734..3456805 | acc | 200 | 200 | ||||||
comp | 3457006..3457518 | cds | 171 | DUF98 domain-containing protein | ||||||
comp | 3583589..3584044 | cds | 295 | 295 | 152 | N-acetyltransferase | ||||
comp | 3584340..3584414 | agg | 339 | 339 | ||||||
3584754..3585317 | cds | 188 | biotin transporter BioY | |||||||
3593430..3593861 | cds | 343 | 343 | 144 | PspC domain-containing protein | |||||
comp | 3594205..3594279 | aga | 348 | 348 | ||||||
3594628..3595506 | cds | 293 | branched-chain-amino-acid transaminase | |||||||
3603458..3603697 | cds | 389 | 389 | 80 | type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin | |||||
3604087..3604159 | caa | 633 | 633 | |||||||
comp | 3604793..3606301 | cds | 503 | lipopolysaccharide biosynthesis protein | ||||||
comp | 3856073..3856279 | cds | 402 | 402 | 69 | TRAM domain-containing protein | ||||
3856682..3856755 | aag | 498 | 498 | |||||||
3857254..3857424 | cds | 57 | CopG family transcriptional regulator |
mfe cumuls
- Lien tableur: mfe cumuls
opérons | Fréquences intercalaires tRNAs | Fréquences intercalaires cds | Fréquences aas cds chromosome | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
effectif | gammes | sans rRNAs | avec rRNAs | gammes | cds | gammes | cdsd | gammes | cdsa | gammes | cdsa 300 | ||
avec rRNA | opérons | 3 | 1 | 0 | - | 1 | 1 | 1 | 100 | 18 | 30 | 0 | |
16 23 5s 0 | 2 | 20 | 0 | 50 | 4 | 20 | 200 | 29 | 60 | 4 | |||
16 gca 235 | 1 | 40 | 2 | 100 | 3 | 40 | 300 | 12 | 90 | 14 | |||
16 23 5s a | 0 | 60 | 1 | 150 | 11 | 60 | 400 | 9 | 120 | 6 | |||
max a | 1 | 80 | 4 | 200 | 9 | 80 | 500 | 9 | 150 | 8 | |||
a doubles | 0 | 100 | 2 | 250 | 10 | 100 | 600 | 5 | 180 | 7 | |||
autres | 0 | 120 | 4 | 300 | 7 | 120 | 700 | 0 | 210 | 9 | |||
total aas | 1 | 140 | 0 | 350 | 7 | 140 | 800 | 0 | 240 | 1 | |||
sans | opérons | 40 | 160 | 0 | 400 | 10 | 160 | 900 | 1 | 270 | 6 | ||
1 aa | 31 | 180 | 0 | 450 | 3 | 180 | 1000 | 1 | 300 | 4 | |||
max a | 6 | 200 | 0 | 500 | 3 | 200 | 1100 | 0 | 330 | 3 | |||
a doubles | 7 | 2 | 20 | 1 | 23 | ||||||||
total aas | 55 | 15 | 0 | 88 | 0 | 85 | 85 | ||||||
total aas | 56 | ||||||||||||
remarques | |||||||||||||
avec jaune | moyenne | 131 | 376 | 255 | |||||||||
variance | 169 | 299 | 210 | ||||||||||
sans jaune | moyenne | 55 | 223 | 207 | 157 | ||||||||
variance | 21 | 108 | 127 | 80 |
mfe blocs
- Lien tableur: mfe blocs
cds | 698 | 513 | 2-isopropylmalate synthase |
16s | 208 | 1488 | |
23s | 130 | 2833 | |
5s | 857 | 122 | |
cds | 102 | 188 | hp |
cds | 967 | 261 | methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase |
16s | 80 | 1488 | |
gca | 135 | ||
23s | 130 | 2833 | |
5s | 5 | 122 | |
cds | 83 | hp | |
cds | 271 | 77 | hp |
5s | 130 | 122 | |
23s | 208 | 2833 | |
16s | 839 | 1488 | |
cds | 110 | translation initiation factor eIF-1A |
mfe remarques
- Lien tableur: mfe remarques
- Remarques un génome avec beaucoup de doubles dont une séquence de 3 aas.
- @ ncRNA, dans le même ques l que’aa, taille de 315 pbs.
- @ 4 introns
- - tac 176501..176536,176579..176614
- - tgg 3439097..3439134,3439254..3439289
- - atgj 3155814..3155849,3155886..3155923
- - cga 1506317..1506351,1506372..1506410
- @ un intercalaire nul sans changement de sens
- @ intercalaire très élevé 718 pbs entre 2 aas, le nouveau doublet gaa.
- Séquence des doubles: 7 clusters avec des doubles dont une séquence de 3 aas
- - 4 doublets seuls ctc tgc atgf gaa
- - gcc 2atc
- - aac atgi aac
- - 2 (gtc ttc ggc)
- - par rapport à mja un noveau doublet, gaa. Le triplet atgf est changé en doublet. Les autres restent identiques.
- Tableau du code génétique de mfe
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
- - totaux en en-tête, 56 total de gtRNAdb contenant des pseudo et inconnus; 56 total du cumul.
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Metf Met.
- - Voir la légende des tris et couleurs, g1 t1.
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 2.2.20
g1 | t1 | 56 | 56 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 2 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 2 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 2 |
atc | 2 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 2 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 2 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 3 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atg | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | 1 | cag | 1 | cgg | 1 |
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | 1 | ggg | 1 |
- intercalaires élevés avec le cds 26/88
3856682 aag 402 comp 47411 tgc 411 3399370 ncRNA 422 comp 3243418 ggg 473 comp 950321 cgg 498 comp 3856682 aag 498 3359720 acg 533 373650 gtg 558 1221380 ggc 596 3155814 atgj 599 3604087 caa 633 comp 1506317 cga 686 40963 16s 698 comp 1506317 cga 750 comp 3155814 atgj 799 comp 216768 aca 801 2678454 aaa 824 3095319 16s 839 comp 45622 5s 857 811333 tcc 861 comp 3438819 cds 870 1402688 gta 914 1201117 16s 967 comp 383027 ccc 1076 894969 aac 1415 689826 gga 1481 comp
- intercalaires élevés entre aas
ggc-ttc 25 ggc-ttc 25 ttc-gtc 57 atc-atc 62 gtc-ggc 71 tgc-tgc 72 cta-gga 73 aac-atgi 87 atgf-atgf 89 atgi-aac 110 gac-tac 111 ctc-ctc 117 ttc-gtc 118 gcc-atc 227 gaa-gaa 718
mfe distribution
- Lien tableur: mfe distribution
g1 | t1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
atgi | 1 | tct | tat | atgf | 2 | ||
att | act | aat | agt | ||||
ctt | cct | cat | cgt | ||||
gtt | gct | gat | ggt | ||||
ttc | 2 | tcc | 1 | tac | 1 | tgc | 2 |
atc | 2 | acc | 1 | aac | 2 | agc | 1 |
ctc | 2 | ccc | 1 | cac | 1 | cgc | 1 |
gtc | 2 | gcc | 1 | gac | 1 | ggc | 3 |
tta | 1 | tca | 1 | taa | tga | ||
ata | aca | 1 | aaa | 1 | aga | 1 | |
cta | 1 | cca | 1 | caa | 1 | cga | 1 |
gta | 1 | gca | 1 | gaa | 2 | gga | 1 |
ttg | 1 | tcg | 1 | tag | tgg | 1 | |
atgj | 1 | acg | 1 | aag | 1 | agg | 1 |
ctg | 1 | ccg | 1 | cag | 1 | cgg | 1 |
gtg | 1 | gcg | 1 | gag | 1 | ggg | 1 |
arch | >1aa | =1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | total |
mfe | 24 * | 31 * | 1 | 56 |
archées synthèse
- Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo
archées distribution par génome
- Lien tableur: archées distribution par génome
- Notes: -5s et +5s sont inversés et le -16s est d'un seul bloc de 6 aas.
arch | >1aa | 1aa | -5s | +5s | -16s | +16s | duplica | 1-3aas | total |
mba | 14 | 37 | 1 | 9 | 61 | ||||
mfe | 14 | 31 | 1 | 10 | 56 | ||||
mfi | 25 | 20 | 2 | 47 | |||||
mja | 8 | 16 | 1 | 4 | 6 | 2 | 37 | ||
total | 61 | 104 | 1 | 4 | 6 | 6 | 19 | 0 | 201 |
archées distribution du total
- Lien tableur: archées distribution du total
- Liens indices: euryarchaeota
- Notes: Les -5s +5s et -16s sont colorés et correspondent à un seul tRNA du génome mja. Les +16s sont tout les 6 des gca. Les -16s sont d'un seul bloc de 6 aas. Les -5s et +5s sont inversés dans le bloc 4aas-5s-gac.
- Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.
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archées distribution par type
- Lien tableur: archées distribution par type
- Notes: Le cyan pour les effectifs élevés des solitaires, le jaune celui des multiples sans duplicata et le blanc, le reste. En rapportant au total de chaque type je constate que les 3 processus sont distincts et se chevauchent très peu, respectivement pour 1aa >1aa duplicata, % 65 61 79.
1aa >1aa duplica % 104 % 61 % 19 jaune 4 4 37 61 0 0 cyan 68 65 7 11 4 21 blanc 32 31 17 28 15 79
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archées par rapport au groupe de référence
- Lien tableur: archées par rapport au groupe de référence
- Le groupe de référence: voir la référence
- Légende:
- - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc
- - g+cgg, c'est gtg xcg xag ggg cgg (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg chez les archées)
tRNAs | blocs tRNAs | blocs rRNAs | |||||||
archeo4 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | total | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
21 | faible | 40 | 11 | 4 | 55 | ||||
16 | moyen | 39 | 16 | 8 | 9 | 72 | |||
14 | fort | 25 | 34 | 7 | 4 | 4 | 74 | ||
104 | 61 | 19 | 4 | 13 | 201 | ||||
10 | g+cgg | 26 | 2 | 28 | |||||
2 | agg+cga | 6 | 1 | 7 | |||||
4 | carre ccc | 7 | 8 | 4 | 19 | ||||
5 | autres | 1 | 1 | ||||||
40 | 11 | 4 | 55 | ||||||
total tRNAs ‰ | |||||||||
archeo4 | 1aa | >1aa | dup | +5s | 1-3aas | autres | archeo ‰ | ref.‰ | |
21 | faible | 199 | 55 | 20 | 274 | 26 | |||
16 | moyen | 194 | 80 | 40 | 45 | 358 | 324 | ||
14 | fort | 124 | 169 | 35 | 20 | 20 | 368 | 650 | |
517 | 303 | 95 | 20 | 65 | 201 | 729 | |||
10 | g+cgg | 129 | 10 | 139 | 10 | ||||
2 | agg+cga | 30 | 5 | 35 | |||||
4 | carre ccc | 35 | 40 | 20 | 95 | 16 | |||
5 | autres | 5 | 5 | ||||||
199 | 55 | 20 | 274 | ||||||
blocs tRNAs ‰ | total colonne % | ||||||||
archeo4 | 1aa | >1aa | dup | total | ref.‰ | 1aa | >1aa | dup | |
21 | faible | 217 | 60 | 22 | 299 | 26 | 38 | 18 | |
16 | moyen | 212 | 87 | 43 | 342 | 324 | 38 | 26 | |
14 | fort | 136 | 185 | 38 | 359 | 650 | 24 | 56 | |
565 | 332 | 103 | 184 | 729 | 104 | 61 | |||
10 | g+cgg | 141 | 11 | 152 | 10 | 65 | |||
2 | agg+cga | 33 | 5 | 38 | 15 | ||||
4 | carre ccc | 38 | 43 | 22 | 103 | 16 | 18 | ||
5 | autres | 5 | 5 | 3 | |||||
217 | 60 | 22 | 299 | 40 |
euryarchaeota, estimation des -rRNAs
- Lien tableur: euryarchaeota, estimation des -rRNAs
- Liens fiche: typage
- Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 16.1.21
- - ttt et tgt sont nuls partout
- - atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.
- - atgf, c'est iMet, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.
- - atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met iMet.
- - Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs
euryarchaeota, calcul des -rRNAs
- Lien tableur: euryarchaeota, calcul des -rRNAs
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euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs
- Lien tableur: euryarchaeota, comparaison clade-annexe des -rRNAs
- Légende
- - eur7. diff, somme des couleurs de eur7. La différence entre tRNAs est faite entre eur5 et eur6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.
- - eur8. rap, rapport des sommes couleurs eur5/eur2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de eur5 sur celui de eur2.
- Fréquences des différences en % du tableau eur7
gamme 0/0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 total fréquence 1 17 14 10 3 2 0 0 0 0 0 1 48 tot ≤ 50 41
- Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 10% au dessus de celle de la fiche des archées.
tRNAs fiche annexe
sans 2642 184
avec 150 17
genomes 63 4
indice % 42 46
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