Recherche:Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes/Annexe/spiro

Spirochetes

Sphaerochaeta coccoides DSM 17374

scc opérons

Lien tableur: scc opérons
Liens: gtRNAdb , NCBI , génome [orgn]
Phylogénie: Bacteria; Spirochaetes; Spirochaetales; Spirochaetaceae; Sphaerochaeta.
Légende:

Sp1. scc opérons, Sphaerochaeta coccoides DSM 17374.
50.6%GC	12.1.21 Paris	3.16s	doubles	intercal	cds	aa	avec.aa	cdsa	cdsd	protéines
comp	215073..215231	cds		1194	1194			53		hp
comp	216426..216498	gcg	@1	369	369				369
comp	216868..217047	cds						60		hp

	243358..244170	cds	@2	812	812			271		HAD-IIB family hydrolase
	244983..246519	16s		132			132
	246652..246725	atc		79			79
	246805..249778	23s		72
	249851..249962	5s		175	175				175
	250138..250947	cds						270		metal ABC transporter permease

	300128..301798	cds		669	669			557		formate--tetrahydrofolate ligase
	302468..302539	ggg		452	452				452
	302992..304032	cds						347		ABC transporter substrate-binding protein

comp	316296..317216	cds		152	152			307	152	phosphatase PAP2 family protein
	317369..317442	gac		176	176
	317619..318692	cds						358		tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA

	330207..331004	cds		16	16			266	16	class I SAM-dependent methyltransferase
comp	331021..331104	ttg		251	251
	331356..333446	cds						697		patatin-like phospholipase family protein

comp	345290..346216	cds		228	228			309		hp
comp	346445..346517	ccg		182	182				182
comp	346700..347059	cds						120		hp

	422975..424363	cds		71	71			463	71	sulfatase-like hydrolase/transferase
comp	424435..424506	gtc		252	252
	424759..426600	cds						614		hp

	436852..438168	cds		237	237			439		MFS transporter
comp	438406..438477	gtg		202	202				202
	438680..440152	cds						491		hp

comp	481186..482484	cds		180	180			433		HD domain-containing protein
	482665..482737	atgj		82	82				82
	482820..483494	cds						225		hp

	530805..532313	cds		82	82			503	82	IMP dehydrogenase
	532396..532467	gta		310	310
	532778..533485	cds						236		YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme

	568939..569700	cds		102	102			254	102	NAD-dependent deacetylase
	569803..569874	gga		412	412
	570287..570952	cds						222		hp

	636017..636391	cds		52	52			125	52	chorismate mutase
	636444..636517	aca		334	334
comp	636852..637013	cds						54		hp

comp	717326..717772	cds		66	66			149	66	YkgJ family cysteine cluster protein
comp	717839..717920	tac		230	230
	718151..719386	cds						412		aminopeptidase

comp	721419..723056	cds	@3	67	67			546	67	ATP-binding cassette domain-containing protein
comp	723124..723195	gag		10		10
comp	723206..723276	cag		104	104
comp	723381..723911	cds						177		adenine phosphoribosyltransferase

comp	724974..725225	cds		236	236			84		hp
comp	725462..725533	acg		124	124				124
comp	725658..728366	cds						903		pyruvate, phosphate dikinase

comp	767509..768549	cds		350	350			347	350	DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein
comp	768900..769011	5s		72
comp	769084..772057	23s		40			40
comp	772098..772171	gca		137			137
comp	772309..773845	16s		535	535
	774381..774947	cds						189		peroxiredoxin

	783089..784627	cds		273	273			513		glycoside hydrolase family 43 protein
comp	784901..784972	gaa		43		43
comp	785016..785088	aaa		223	223				223
	785312..787483	cds						724		cadmium-translocating P-type ATPase

comp	877367..879202	cds		447	447			612	447	translational GTPase TypA
comp	879650..879761	5s		72
comp	879834..882807	23s		40			40
comp	882848..882921	gca		137			137
comp	883059..884595	16s		648	648
	885244..885867	cds						208		GNAT family N-acetyltransferase

	900855..901490	cds		73	73			212	73	Fic family protein
comp	901564..901637	ccc		214	214
	901852..903519	cds						556		Alpha-glucosidase

	928254..930545	cds		138	138			764	138	AAA family ATPase
	930684..930755	cac		32		32
	930788..930861	cga		38		38
	930900..930972	aag		37		37
	931010..931091	cta		36		36
	931128..931199	ggc		423	423
	931623..932981	cds						453		trigger factor

	937885..939693	cds		171	171			603	171	oligoendopeptidase F
	939865..939938	aga		437	437
	940376..940579	cds						68		helix-turn-helix domain-containing protein

comp	974079..974468	cds	@4	223	223			130		tyrosine-type recombinase/integrase
comp	974692..974775	ctc		153	153				153
comp	974929..975384	cds		112	112			152		VOC family protein
comp	975497..975569	cca		95	95				95
	975665..976339	cds						225		endonuclease III

	1069506..1069922	cds		81	81			139		hp
comp	1070004..1070087	tta		78	78				78
	1070166..1070981	cds						272		TatD family hydrolase

comp	1113338..1113928	cds		247	247			197	247	NAD(P)H-dependent oxidoreductase
	1114176..1114248	aac		247	247
comp	1114496..1117318	cds						941		5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein

comp	1126672..1127604	cds		173	173			311	173	DUF362 domain-containing protein
	1127778..1127850	caa		193	193
comp	1128044..1128334	cds						97		septation regulator SpoVG

comp	1257969..1258763	cds		140	140			265		nucleotidyltransferase domain-containing protein
	1258904..1258977	agg		79	79				79
	1259057..1259779	cds						241		nitroreductase family protein

comp	1273039..1273944	cds		217	217			302		DNA-protecting protein DprA
	1274162..1274234	ttc		103	103				103
comp	1274338..1274865	cds						176		cysteine hydrolase

comp	1363097..1364389	cds		432	432			431		H(+)-transporting two-sector ATPase
	1364822..1364894	atgf		213	213				213
	1365108..1366457	cds						450		Trk system potassium transporter TrkA

comp	1478531..1479448	cds		196	196			306	196	hp
	1479645..1479718	cgg		256	256
comp	1479975..1481738	cds						588		ABC transporter ATP-binding protein

comp	1522454..1523143	cds		86	86			230		hp
	1523230..1523301	tgc		34	34				34
comp	1523336..1523890	cds						185		hp

comp	1540671..1541807	cds		186	186			379	186	DUF2974 domain-containing protein
comp	1541994..1542066	gcc		351	351
	1542418..1544223	cds						602		IS1634 family transposase

	1691238..1692578	cds		189	189			447	189	sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase
	1692768..1692851	ctg		564	564
	1693416..1693646	cds						77		helix-turn-helix domain-containing protein

comp	1760709..1761905	cds		185	185			399	185	hp
	1762091..1762164	atgi		316	316
comp	1762481..1765135	cds						885		valine--tRNA ligase

comp	2034849..2035028	cds	@4	32	32			60		preprotein translocase subunit SecE
comp	2035061..2035134	tgg		26	26				26
comp	2035161..2035337	cds		64	64			59	64	50S ribosomal protein L33
comp	2035402..2035474	acc		246	246
	2035721..2036506	cds						262		HAD family hydrolase

	2185380..2186171	cds	@5	84	84			264	84	16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase
	2186256..2186340	tca		40		40
	2186381..2186467	agc		25		25
	2186493..2186566	cgc		16		16
	2186583..2186669	tcg		40		40
	2186710..2186795	tcc		13
	2186809..2186906	ncRNA		133	133			33
comp	2187040..2188236	cds						399		transposase

scc cumuls

Lien tableur: scc cumuls

cumuls. scc.
opérons			Fréquences intercalaires tRNAs			Fréquences intercalaires cds				Fréquences aas cds
		effectif	gammes	sans rRNAs	avec rRNAs	gammes	cds	gammes	cdsd	gammes	cdsa	gammes	cdsa 300
avec rRNA	opérons	3	1	0		1	0	1	0	100	9	-	-
	16 23 5s 0		20	2		50	4	20	1	200	11
	16 atc23s5s	1	40	7	2	100	14	40	2	300	16
	16gca23s5s	2	60	1	0	150	8	60	1	400	11
	max a	1	80		1	200	13	80	7	500	9
	a doubles		100		0	250	13	100	4	600	6
	autres		120		0	300	4	120	2	700	5
	total aas	3	140		3	350	4	140	2	800	2
sans	opérons	34	160			400	2	160	2	900	1
	1 aa	30	180			450	5	180	3	1000	2
	max a	5	200			500	1	200	5	1100
	a doubles	0					6		4
	total aas	44		10	6		74		33		72
total aas		47
remarques	5
avec jaune			moyenne	32	94		236		154		343
			variance	11	47		196		108		215
sans jaune			moyenne				188		124		299
			variance				110		64		164

scc blocs

Lien tableur: scc blocs

Sp1. Sphaerochaeta coccoides
cds	812	cds	350	447
16s	132	5s	72	72
atc	79	23s	40	40
23s	72	gca	137	137
5s	175	16s	535	648
cds		cds

scc remarques

Lien tableur: scc remarques
Remarques : Ce génome se distingue par ses 3 blocs à rRNA avec 1 seul aa et le grand nombre de solitaires.
1. @ Sur les 30 solitaires 9 sont rares dont ccc. Deux autres rares sont dans un blocs de 2 aas. Les 2 blocs de 5aas contiennent chacun un rare, tcg aag.
2. @ Il n’y a pas plus d’un aa entre 16s et 23s et qui sont les plus communs, atc et gca comme les archées qui n’ont que gca. Les intercalaires, à par les cds, sont identiques sauf pour l’intercalaire aa-23s qui est différent entre atc et gca, du double, 40/79.
3. @ Les 2 rares ne sont pas solitaires comme les 9 autres. Ils appartiennent à la même colonne, xag qui est plus fréquentes que la colonne xcg.
4. @ 2 blocs avec 2 opérons solitaires séparés par un petit cds de 152 et 59 aas. Les intercalaires sont moyens pour le 1er (120 pbs) et faibles (30 pbs) pour le second.
5. @ 2 blocs de 5 aas. Le dernier contient un aa rare et cgc au lieu de cgt.
Séquences des doubles: pas de doubles.

scc distribution

Lien tableur: scc distribution
Lien indices clades: cyano tener spiro beta epsilon delta bactéries
Liens aux fiches: spiro tener gama alpha beta delta epsilon bacilli clostridia autres firmicutes actino bactero cyano archeo
Légende: Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt.

sp1 scc, Sphaerochaeta coccoides DSM 17374. spirochète.

sp11 scc, distribution par type
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	1
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	0
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
spiro	>1aa	=1aa	-5s	+5s	-16s	+16s	total
scc	14	30				3	47

sp12 scc, distribution sur référence
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	1
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc	1	j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt	0
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca	2	gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
	inter		max		min		total
	17		13		17		47

spiro2. indices du 11.1.21 73 génomes
g1		t1		73	2823	0	0
a atgi	96	a tct		tat		atgf	96
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	90
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	125	b tcc	100	tac	100	tgc	100
f atc	100	j acc	100	aac	100	agc	100
g ctc	103	f ccc	55	cac	100	cgt	12
h gtc	55	n gcc	59	gac	107	ggc	103
i tta	100	c tca	100	taa		tga	16
j ata	1	k aca	100	aaa	100	aga	101
k cta	100	g cca	100	caa	100	cga	92
l gta	101	o gca	114	gaa	82	gga	100
m ttg	100	d tcg	41	tag		tgg	100
n atgj	97	l acg	58	aag	78	agg	66
o ctg	52	h ccg	42	cag	42	cgg	47
p gtg	34	p gcg	41	gag	40	ggg	21
	inter		max		min		total

scc intercalaires entre cds

Lien NCBI
Note: Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de rru du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. Voir l'exemple d'eco (remarque @3) avec tac-tac-tpr et aca-tac-gga-acc-tufB.

scc les fréquences

Lien tableur: scc intercalaires entre cds
Légende: long, longueur en pbs, intercal pour intercalaire
- fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence fréquence6 est étendue à 1200 pour certains grands génomes.

- cumul,% colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau.

- La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire.

- intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux.

- colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la méthode des prélèvements de NCBI du 16.7.20.

scc Les fréquences des intercalaires entre cds
scc	intercalaires	total	%	intercalaires	moyenne	ecartype	plage	ADN	intercal	frequence5
	négatif	347	19.2	négatif	-10	13	-1 à -74	2 227 296	-1	347
	zéro	8	0.4					intercals	0	8
	1 à 200	1112	61.6	0 à 200	69	57		195 310	5	106
	201 à 370	241	13.4	201 à 370	269	49		8.8%	10	67
	371 à 600	78	4.3	371 à 600	445	63			15	78
	601 à max	19	1.1	601 à 1048	779	145			20	57
	total 1805	<201	81	total 1800	103	136	-74 à 1048		25	44
adresse	intercalx	intercal	fréquence1	intercal	fréquence6	cumul,%	intercal	fréquence-1	30	36
1398976	1670	-1	347	-70	2		0	8	35	30
1167746	1666	0	8	-60	2		-1	39	40	31
1943263	1598	1	32	-50	3		-2	1	45	39
2221165	1229	2	27	-40	6		-3	0	50	33
940376	1048	3	26	-30	6	min à -1	-4	158	55	27
2116721	960	4	8	-20	27	347	-5	0	60	14
1197192	959	5	13	-10	62	19.2%	-6	2	65	36
1728512	916	6	4	0	247		-7	6	70	26
1917725	874	7	10	10	173		-8	31	75	22
972954	867	8	11	20	135		-9	2	80	31
1554925	775	9	21	30	80		-10	5	85	26
1997696	715	10	21	40	61	1 à 100	-11	19	90	27
1693573	700	11	12	50	72	793	-12	2	95	33
1314184	671	12	17	60	41	44%	-13	3	100	22
1528150	655	13	18	70	62		-14	17	105	23
1659099	643	14	18	80	53		-15	1	110	21
1773078	643	15	13	90	53		-16	5	115	20
1732369	635	16	8	100	55	0 à 200	-17	9	120	21
356981	617	17	8	110	44	1120	-18	1	125	20
137346	590	18	15	120	41		-19	0	130	18
1639500	590	19	11	130	38		-20	10	135	20
977451	580	20	15	140	39		-21	0	140	19
661808	579	21	7	150	30		-22	0	145	16
1611095	565	22	6	160	30		-23	4	150	14
1590201	563	23	10	170	27	1 à 200	-24	2	155	17
1330173	561	24	12	180	28	1112	-25	2	160	13
379215	558	25	9	190	22	62%	-26	7	165	15
1755945	548	26	12	200	28		-27	0	170	12
191845	527	27	7	210	21		-28	0	175	12
1897378	525	28	5	220	27		-29	2	180	16
72886	522	29	6	230	19		-30	0	185	12
1978592	521	30	6	240	22		-31	2	190	10
511329	515	31	9	250	17		-32	3	195	14
220737	512	32	3	260	12			42	200	14
1410834	511	33	4	270	15		reste	14	205	11
		34	8	280	10		total	355	210	10
		35	6	290	15				215	20
		36	6	300	12		intercal	frequencef	220	7
		37	4	310	11		600	1786	225	11
		38	9	320	16		620	1	230	8
		39	10	330	8		640	1	235	10
		40	2	340	11	201 à 370	660	3	240	12
		reste	1001	350	7	241	680	1	245	8
		total	1638	360	12	13.4%	700	1	250	9
				370	6		720	1	255	7
				380	8		740		260	5
adresse	intercaln	décalage	long	390	10		760		265	8
438680	-120	comp		400	6		780	1	270	7
1693416	-74	shift2	158	410	7		800		275	4
277564	-68	shift2	1487	420	8		820		280	6
1935981	-68	shift2	686	430	4		840		285	6
964418	-59	shift2	296	440	4		860		290	9
1721260	-59	shift2	1127	450	1		880	2	295	8
482820	-53	shift2	623	460	1		900		300	4
1283977	-47	comp		470	5		920	1	305	6
1310625	-46	shift2	417	480	3		940		310	5
1544483	-44	shift2	374	490	2		960	2	315	9
1705959	-44	shift2	1007	500	2		980		320	7
950419	-41			510	1		1000		325	4
1249575	-41			520	3		1020		330	4
2054241	-34			530	4		1040		335	4
937251	-32			540	0	371 à 600	1060	1	340	7
1154295	-32			550	1	78		15	345	2
1972305	-32			560	1	4.3%			350	5
485333	-31			570	3				355	4
1666650	-31			580	2	601 à max			360	8
952193	-29			590	2	19			365	4
1123783	-29			600	0	1.1%			370	2
669889	-26			reste	19		reste	4	reste	97
733006	-26			total	1805		total	1805	total	1805

scc autres intercalaires

Lien tableur: scc autres intercalaires
Légende:
- comp, le gène est sur le brin complement

- deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.

scc Les autres intercalaires.

scc1 adresses1
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	215073	1194	comp
	tRNA	216426	369	comp
fin	CDS	216868		comp
deb	CDS	243358	812
	rRNA	244983	132
	tRNA	246652	79
	rRNA	246805	72
	rRNA	249851	175
fin	CDS	250138		comp
deb	CDS	300128	669
	tRNA	302468	452
fin	CDS	302992
deb	CDS	316296	152	comp
	tRNA	317369	176
fin	CDS	317619
deb	CDS	330207	16
	tRNA	331021	251	comp
fin	CDS	331356
deb	CDS	345290	228	comp
	tRNA	346445	182	comp
fin	CDS	346700		comp
deb	CDS	422975	71
	tRNA	424435	252	comp
fin	CDS	424759
deb	CDS	436852	237
	tRNA	438406	202	comp
fin	CDS	438680
deb	CDS	481186	180	comp
	tRNA	482665	82
fin	CDS	482820
deb	CDS	530805	82
	tRNA	532396	310
fin	CDS	532778
deb	CDS	568939	102
	tRNA	569803	412
fin	CDS	570287
deb	CDS	636017	52
	tRNA	636444	334
fin	CDS	636852		comp
deb	CDS	640192	79
	tmRNA	640610	334
fin	CDS	641322		comp
deb	CDS	711173	51
	ncRNA	712064	10	comp
fin	CDS	712417		comp
deb	CDS	717326	66
	tRNA	717839	230
fin	CDS	718151

scc2 adresses2
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	721419	67	comp
	tRNA	723124	10	comp
	tRNA	723206	104	comp
fin	CDS	723381		comp
deb	CDS	724974	236	comp
	tRNA	725462	124	comp
fin	CDS	725658		comp
deb	CDS	767509	350	comp
	rRNA	768900	72	comp
	rRNA	769084	40	comp
	tRNA	772098	137	comp
	rRNA	772309	535	comp
fin	CDS	774381
deb	CDS	783089	273
	tRNA	784901	43	comp
	tRNA	785016	223	comp
fin	CDS	785312
deb	CDS	877367	447	comp
	rRNA	879650	72	comp
	rRNA	879834	40	comp
	tRNA	882848	137	comp
	rRNA	883059	648	comp
fin	CDS	885244
deb	CDS	900855	73
	tRNA	901564	214	comp
fin	CDS	901852
deb	CDS	928254	138
	tRNA	930684	32
	tRNA	930788	38
	tRNA	930900	37
	tRNA	931010	36
	tRNA	931128	423
fin	CDS	931623
deb	CDS	937885	171
	tRNA	939865	437
fin	CDS	940376
deb	CDS	974079	223	comp
	tRNA	974692	153	comp
deb	CDS	974929	112	comp
	tRNA	975497	95	comp
fin	CDS	975665
deb	CDS	1069506	81
	tRNA	1070004	78	comp
fin	CDS	1070166
deb	CDS	1084097	24
	regulatory	1084535	39
fin	CDS	1084670

scc3 adresses3
deb-fin	gènes	adresses	intercal	sens
deb	CDS	1113338	247	comp
	tRNA	1114176	247
fin	CDS	1114496		comp
deb	CDS	1126672	173	comp
	tRNA	1127778	193
fin	CDS	1128044		comp
deb	CDS	1257969	140	comp
	tRNA	1258904	79
fin	CDS	1259057
deb	CDS	1273039	217	comp
	tRNA	1274162	103
fin	CDS	1274338		comp
deb	CDS	1301674	54
	repeat_region	1302007	4
fin	CDS	1306496
deb	CDS	1319568	73
	repeat_region	1319986	84
fin	CDS	1322087		comp
deb	CDS	1363097	432	comp
	tRNA	1364822	213
fin	CDS	1365108
deb	CDS	1478531	196	comp
	tRNA	1479645	256
fin	CDS	1479975		comp
deb	CDS	1522454	86	comp
	tRNA	1523230	34
fin	CDS	1523336		comp
deb	CDS	1540671	186	comp
	tRNA	1541994	351	comp
fin	CDS	1542418
deb	CDS	1691238	189
	tRNA	1692768	564
fin	CDS	1693416
deb	CDS	1760709	185	comp
	tRNA	1762091	316
fin	CDS	1762481		comp
deb	CDS	2034849	32	comp
	tRNA	2035061	26	comp
deb	CDS	2035161	64	comp
	tRNA	2035402	246	comp
fin	CDS	2035721
deb	CDS	2185380	84
	tRNA	2186256	40
	tRNA	2186381	25
	tRNA	2186493	16
	tRNA	2186583	40
	tRNA	2186710	13
	ncRNA	2186809	133
fin	CDS	2187040		comp

scc intercalaires tRNA

Lien tableur: scc intercalaires tRNA
Légende:
- comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin.

- deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc.
Cumuls comp'+continu du tableau

	deb	fin	total
<201	24	13	37
total	34	33	67
%	71	39	55

scc intercalaires tRNA

scc les relevés deb-fin
entre tRNAs	comp’	deb	comp’	fin
		1194		369
		669		452
	comp’	152		176
	comp’	16	comp’	251
		228		182
	comp’	71	comp’	252
	comp’	237	comp’	202
	comp’	180		82
		82		310
		102		412
		52	comp’	334
		66		230
10		67		104
		236		124
43	comp’	273	comp’	223
	comp’	73	comp’	214
32 38 37 36		138		423
		171		437
		223		153
		112	comp’	95
	comp’	81	comp’	78
	comp’	247	comp’	247
	comp’	173	comp’	193
	comp’	140		79
	comp’	217	comp’	103
	comp’	432		213
	comp’	196	comp’	256
	comp’	86	comp’	34
		186	comp’	351
		189		564
	comp’	185	comp’	316
		32		26
		64	comp’	246
40 25 16 40 13		84

scc intercalaires inférieures à 201 pbs
deb	fin	continu	cumuls
32	26	deb
52	79	<201	13
64	82	total	18
66	104	taux	72%
67	124
82	153	fin
84	176	<201	8
102	182	total	17
112	213	taux	47%
138	230
171	310	total
186	369	<201	21
189	412	total	35
223	423	taux	60%
228	437
236	452
669	564
1194		comp’	cumuls
16	34	deb
71	78	<201	11
73	95	total	16
81	103	taux	69%
86	193
140	202	fin
152	214	<201	5
173	223	total	16
180	246	taux	31%
185	247
196	251	total
217	252	<201	16
237	256	total	32
247	316	taux	50%
273	334
432	351

scc intercalaires rRNA

Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre scc blocs de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau scc autres intercalaires.
Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé, il est ici de 812 pbs pour le 1er boc. L'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible, ici 175 pbs. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres génome-bloc de chaque génome.
Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans scc cumuls et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit.

deb	fin		tri	grand	petit		deb	fin		tri	grand	petit
1194	369		4	251	16		171	437		17	423	138
669	452		32	32	26		223	153		3	176	152
152	176		28	86	34		112	95		19	223	153
16	251		11	334	52		81	78		18	437	171
228	182		33	246	64		247	247		23	193	173
71	252		12	230	66		173	193		5	228	182
237	202		13	104	67		140	79		31	316	185
180	82		6	252	71		217	103		29	351	186
82	310		16	214	73		432	213		30	564	189
102	412		21	81	78		196	256		27	256	196
52	334		24	140	79		86	34		7	237	202
66	230		8	180	82		186	351		26	432	213
67	104		9	310	82		189	564		15	273	223
236	124		20	112	95		185	316		22	247	247
273	223		10	412	102		32	26		1	1194	369
73	214		25	217	103		64	246		2	669	452
138	423		14	236	124		-	-		-	-	-

scc par rapport au groupe de référence

Lien tableur: scc par rapport au groupe de référence
Le groupe de référence: voir la référence
Légende:
- carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc

- g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg)

scc: Comparaison avec la référence
	scc	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	total
tRNAs		blocs tRNAs			blocs rRNAs
21	faible	11	6					17
16	moyen	9	5				3	17
14	fort	10	3					13
		30	14	0	0	0	3	47
10	g+cga	5	6					11
2	agg+cgg	2						2
4	carre ccc	4						4
5	autres							0
		11	6	0	0	0	0	17
		total tRNAs ‰
	scc	1aa	>1aa	dup	+5s	1-3aas	autres	scc ‰	ref.‰
21	faible	234	128					362	26
16	moyen	191	106				64	362	324
14	fort	213	64					277	650
		638	298				64	47	729
10	g+cga	106	128					234	10
2	agg+cgg	43						43
4	carre ccc	85						85	16
5	autres
		234	128					362
		blocs tRNAs ‰					total colonne %
	scc	1aa	>1aa	dup	total	ref.‰	1aa	>1aa	dup
21	faible	250	136		386	26	37	43
16	moyen	205	114		318	324	30	36
14	fort	227	68		295	650	33	21
		682	318		44	729	30	14
10	g+cga	114	136		250	10	45	100
2	agg+cgg	45			45		18
4	carre ccc	91			91	16	36
5	autres
		250	136		386		11	6

spirochetes, estimation des -rRNAs

Lien tableur: spirochetes, estimation des -rRNAs
Liens fiche: typage
Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 11.1.21
- ttt et tgt sont nuls partout

- atgi, c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes.

- atgf, c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes.

- atgj, c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet.

- Voir la légende des tris, g1 t1 et des couleurs

spirochetes, calcul des -rRNAs

Lien tableur: spirochetes, calcul des -rRNAs

spi spirochetes 13 génomes

spi1 cumul des +rRNAs de la fiche spirochetes pour 13 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	9	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgt
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	12	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
spir13	inter		max		min		total
	13						21

spi2 indices du clade spirochetes du 11.1.21 de gtRNAdb pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	96	a tct		tat		atgf	96
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	125	b tcc	100	tac	100	tgc	100
f atc	100	j acc	100	aac	100	agc	100
g ctc	103	f ccc	55	cac	100	cgt	12
h gtc	55	n gcc	59	gac	107	ggc	103
i tta	100	c tca	100	taa		tga	16
j ata	1	k aca	100	aaa	100	aga	101
k cta	100	g cca	100	caa	100	cga	92
l gta	101	o gca	114	gaa	82	gga	100
m ttg	100	d tcg	41	tag		tgg	100
n atgj	97	l acg	58	aag	78	agg	66
o ctg	52	h ccg	42	cag	42	cgg	47
p gtg	34	p gcg	41	gag	40	ggg	21
gtRNA	inter		max		min		total
	1560		1326		891		3777

spi3 cumul des -rRNAs de l'annexe spiro de 1 génome
g1		t1
a atgi	1	a tct		tat		atgf	1
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	1
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	1	b tcc	1	tac	1	tgc	1
f atc		j acc	1	aac	1	agc	1
g ctc	1	f ccc	1	cac	1	cgt
h gtc	1	n gcc	1	gac	1	ggc	1
i tta	1	c tca	1	taa		tga
j ata		k aca	1	aaa	1	aga	1
k cta	1	g cca	1	caa	1	cga	1
l gta	1	o gca		gaa	1	gga	1
m ttg	1	d tcg	1	tag		tgg	1
n atgj	1	l acg	1	aag	1	agg	1
o ctg	1	h ccg	1	cag	1	cgg	1
p gtg	1	p gcg	1	gag	1	ggg	1
spir1	inter		max		min		total
	14		14		16		44

spi4 indices des +rRNAs de la fiche spirochetes pour 100 génomes
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	69	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	92	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
spir13	inter		max		min		total
	162		0		0		162

spi5 estimation des -rRNA du clade spirochetes pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	96	a tct		tat		atgf	96
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	90
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	125	b tcc	100	tac	100	tgc	100
f atc	31	j acc	100	aac	100	agc	100
g ctc	103	f ccc	55	cac	100	cgt	12
h gtc	55	n gcc	59	gac	107	ggc	103
i tta	100	c tca	100	taa		tga	16
j ata	1	k aca	100	aaa	100	aga	101
k cta	100	g cca	100	caa	100	cga	92
l gta	101	o gca	22	gaa	82	gga	100
m ttg	100	d tcg	41	tag		tgg	100
n atgj	97	l acg	58	aag	78	agg	66
o ctg	52	h ccg	42	cag	42	cgg	47
p gtg	34	p gcg	41	gag	40	ggg	21
-rRNA	inter		max		min		total
	1398		1326		891		3615

spi6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes
g1		t1
a atgi	100	a tct		tat		atgf	100
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc	100
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	100	b tcc	100	tac	100	tgc	100
f atc		j acc	100	aac	100	agc	100
g ctc	100	f ccc	100	cac	100	cgt
h gtc	100	n gcc	100	gac	100	ggc	100
i tta	100	c tca	100	taa		tga
j ata		k aca	100	aaa	100	aga	100
k cta	100	g cca	100	caa	100	cga	100
l gta	100	o gca		gaa	100	gga	100
m ttg	100	d tcg	100	tag		tgg	100
n atgj	100	l acg	100	aag	100	agg	100
o ctg	100	h ccg	100	cag	100	cgg	100
p gtg	100	p gcg	100	gag	100	ggg	100
spir1	inter		max		min		total
	1400		1400		1600		4400

spirochetes, comparaison clade-annexe des -rRNAs

Lien tableur: spirochetes, comparaison clade-annexe des -rRNAs
Légende
- spi7. diff, somme des couleurs de spi7. La différence entre tRNAs est faite entre spi5 et spi6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100.

- spi8. rap, rapport des sommes couleurs spi5/spi2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de spi5 sur celui de spi2.
Fréquences des différences en % du tableau spi7

gamme		0/0	10	20	30	40	50	60	70	80	90	100			total
fréquence		27	2	1	1	5	6	1	1	0	5	0	49
tot ≤ 50							36

Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 18% au dessus de celle de la fiche des spirochetes.

tRNAs		fiche		annexe
sans		485		44
avec		22		3
genomes		13		1
indice %	37		44

spi spirochetes 13 génomes

spi7 spirochetes, différence clade-annexe des -rRNAs
g1		t1
a atgi	4	a tct		tat		atgf	4
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc	20	b tcc	0	tac	0	tgc	0
f atc	100	j acc	0	aac	0	agc	0
g ctc	3	f ccc	45	cac	0	cgt	100
h gtc	45	n gcc	41	gac	7	ggc	3
i tta	0	c tca	0	taa		tga	100
j ata	100	k aca	0	aaa	0	aga	1
k cta	0	g cca	0	caa	0	cga	8
l gta	1	o gca	100	gaa	18	gga	0
m ttg	0	d tcg	59	tag		tgg	0
n atgj	3	l acg	42	aag	22	agg	34
o ctg	48	h ccg	58	cag	58	cgg	53
p gtg	66	p gcg	59	gag	60	ggg	79
diff	inter		max		min		total
	56		62		732		850

spi8 spirochetes, rapports -rRNA/total
g1		t1
a atgi		a tct		tat		atgf
b att		i act		aat		agt
c ctt		e cct		cat		cgc
d gtt		m gct		gat		ggt
e ttc		b tcc		tac		tgc
f atc	31	j acc		aac		agc
g ctc		f ccc		cac		cgc
h gtc		n gcc		gac		ggc
i tta		c tca		taa		tga
j ata		k aca		aaa		aga
k cta		g cca		caa		cga
l gta		o gca	19	gaa		gga
m ttg		d tcg		tag		tgg
n atgj		l acg		aag		agg
o ctg		h ccg		cag		cgg
p gtg		p gcg		gag		ggg
rap	inter		max		min		total
	50		0		0		50

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