Présidence de Thomas Jefferson

Après l'issue victorieuse de la guerre d'indépendance, bon nombre de fédéralistes souhaitaient maintenir en place les structures de l'époque coloniale. Jefferson, à l'inverse, voulait bouleverser l'ordre social[20] : sa philosophie, que les historiens résument généralement sous le nom de « démocratie jeffersonienne », était marquée par sa croyance dans l'agrarisme et dans un interventionnisme limité du gouvernement fédéral. Les concepts de démocratie et d'égalité n'étaient alors pas très répandus et le plaidoyer de Jefferson en faveur de l'égalité politique pour les hommes blancs constituait une voix originale parmi les Pères fondateurs des États-Unis, dont beaucoup continuaient de penser que seuls les riches et les puissants devaient diriger la société[21].

Sous la pression des partisans de Jefferson, les États finirent par ouvrir le suffrage universel à tous les hommes blancs en supprimant les exigences en matière de propriété. L'extension du droit de vote et la mobilisation accrue des citoyens ordinaires permirent à des individus n'appartenant pas à l'élite d'accéder à des responsabilités gouvernementales, en particulier dans le Nord[22]. Dans les premières années de la République américaine, faire campagne était considéré comme une atteinte au droit de chaque citoyen de penser et de voter en toute indépendance ; en l'absence de véritable compétition électorale, le taux de participation était souvent très faible, parfois moins de 5 % des hommes éligibles[23]. Avec l'avènement du système bipartite, de nombreuses régions virent le taux de participation bondir à 20 % dans les années 1790 et à 80 % sous la présidence de Jefferson. L'historien Gordon S. Wood écrit que « selon les normes du début du XIX^e siècle, l'Amérique possédait le système électoral le plus populaire au monde »[24].

Le développement de l'égalitarisme s'étendit au-delà du droit de vote avec le déclin de l'engagisme et la remise en question des hiérarchies traditionnelles en matière d'emploi et d'éducation[25]. Dans la même optique, Jefferson rompit avec certaines traditions initiées par ses prédécesseurs Adams et Washington en acceptant de recevoir tous les visiteurs sans distinction de statut social, en mettant fin à la pratique pour le président de prononcer ses discours au Congrès en personne et en appliquant un protocole moins strict lors des réceptions à la Maison-Blanche[26].

Face à l'extension du droit de vote, les fédéralistes commencèrent à leur tour à entrer dans le jeu partisan en se dotant d'une structure politique, de journaux et de sociétés auxiliaires[27]. La transition du pouvoir avec les républicains-démocrates en 1800 s'était déroulée de façon pacifique mais la plupart des dirigeants fédéralistes pensaient revenir rapidement aux affaires. Leur parti disposait encore d'un certain nombre de relais à l'échelon local ou étatique même si des personnalités comme John Jay ou Charles Cotesworth Pinckney s'étaient retirés de la vie publique. John Quincy Adams, reflétant les craintes d'autres fédéralistes jeunes et ambitieux, écrivit que le Parti fédéraliste a été « a été abandonné de façon totale et irrévocable… il ne pourra plus être ravivé, et ne le sera d'ailleurs jamais »[28]. À mesure que s'écoulait la présidence de Jefferson, la prédiction d'Adams se révéla exacte car les fédéralistes avaient de plus en plus mal à concurrencer les républicains-démocrates en dehors de la Nouvelle-Angleterre[29].

Le secrétaire au Trésor Albert Gallatin, peint en 1805 par Rembrandt Peale.

L'une des priorités de Jefferson au début de son premier mandat fut de démanteler le programme fédéraliste des années 1790. Dès son entrée en fonction, il abrogea les dernières clauses subsistantes des lois sur les étrangers et la sédition et accorda son pardon aux dix individus qui avaient été poursuivis en justice en vertu de ces lois[30]. Il commença également à défaire le système fiscal mis en place par Hamilton, avec l'aide du secrétaire au Trésor Albert Gallatin[31]. L'administration Jefferson supprima aussi le droit d'accise sur le whisky ainsi que plusieurs autres impôts après avoir procédé à la fermeture de « bureaux inutiles » et à une coupe drastique dans le « personnel et les dépenses superflus »[32]^,[33].

Avec la suppression de ces diverses taxes, les recettes du gouvernement fédérales provinrent désormais à plus de 90 % des droits de douane[34]. Jefferson, opposant de longue date à la banque nationale, maintint toutefois en place la Première banque des États-Unis sur les conseils de Gallatin[35]. L'abrogation d'une grande partie du programme fédéraliste fit que de nombreux Américains n'avaient plus qu'un contact réduit avec les autorités fédérales, à l'exception du service postal[32]. L'historien Bernard Vincent relativise toutefois ce constat en écrivant que « le système fiscal et financier de Hamilton fut très peu touché, de même que les modalités règlementant les relations entre les États et le pouvoir fédéral »[36].

L'objectif ultime de Jefferson était l'abolition de la dette nationale, dont il considérait l'existence comme dangereuse et immorale[34]. Même si le « gaspillage » budgétaire fédéraliste se révéla moins important que ce que lui et Gallatin avaient prévu, la réduction des dépenses gouvernementales et la persistance d'une économie florissante pendant une grande partie de la présidence de Jefferson permirent à ce dernier de dégager des surplus budgétaires[37]. Le président diminua les effectifs de l'armée et de la marine qui ne revêtaient plus à ses yeux une grande utilité en temps de paix[38]. Sous son impulsion, la flotte abandonna les coûteux vaisseaux de guerre pour se doter de canonnières bon marché et cantonnées à des missions d'ordre purement défensif, afin de ne pas s'attirer l'hostilité des puissances étrangères[32]. Son administration limogea également de nombreux militaires et l'armée ne comptait plus que 3 350 officiers et soldats à la fin de sa présidence[34].

À l'issue de ses huit années au pouvoir, Jefferson était parvenu à réduire considérablement la dette publique, qui passa de 83 millions à 57 millions de dollars[39]. En 1806, confiant dans la capacité du pays à rembourser prochainement l'intégralité de sa dette, Jefferson proposa d'augmenter les effectifs de l'armée et d'adopter un amendement constitutionnel autorisant explicitement le Congrès à allouer des fonds pour l'éducation et les travaux publics, mais ces suggestions furent rejetées par les parlementaires[40]. La même année, le Congrès autorisa la construction de la National Road qui devait relier la côte Est à Saint-Louis dans le Missouri, mais le chantier ne démarra véritablement qu'en 1811[41].

Au début des années 1800, une grande partie de la frontière américaine était sujette à une compétition féroce entre les colons, les spéculateurs fonciers et les Amérindiens. Les terres de la Yazoo (Yazoo Land), situées à l'ouest de la Géorgie, ne faisaient pas exception et furent au cœur d'une vive controverse sous la présidence de Jefferson. L'État de Géorgie s'était en effet livré à une opération frauduleuse massive en cédant de larges parcelles de la Yazoo Land avant d'adopter peu après une loi qui annulait rétroactivement les ventes. Avec la signature du pacte de 1802 entre les autorités fédérales et l'État de Géorgie, le gouvernement acheta les terres à l'ouest de la Géorgie — l'Alabama et le Mississippi actuels —, accepta de tout faire pour écarter les revendications amérindiennes dans la région et s'employa à régler les cas d'individus qui avaient été floués dans cette affaire[42]. En 1804, Jefferson chercha à dédommager les victimes du scandale en leur octroyant une partie des terres acquises lors du pacte, mais le député John Randolph parvint, avec d'autres, à enterrer le projet qu'il considérait comme un cadeau fait aux spéculateurs fonciers. Cet incident marqua le début d'un factionnalisme au sein du Parti républicain-démocrate qui se révéla problématique pour Jefferson et ses successeurs, Randolph et ses partisans (surnommés les tertium quids) n'hésitant pas à critiquer les présidents issus de leur propre parti[43]. La controverse de Yazoo Land se poursuivit jusqu'en 1814, date à laquelle le Congrès accepta d'indemniser les plaignants[44].

Rencontre entre la tribu des Chinook et l'expédition de Lewis et Clark sur le fleuve Columbia, en octobre 1805. Peinture de Charles Marion Russell, 1905.

Avant même l'achat de la Louisiane à la France en 1803, Jefferson avait planifié une expédition dans les terres situées à l'ouest du fleuve Mississippi[45]. Le président considérait qu'il était important pour les États-Unis de s'attribuer la « découverte » du territoire de l'Oregon en documentant et en établissant une présence américaine effective avant que les Européens ne le fassent[46]. Jefferson espérait également que l'expédition arriverait à découvrir un passage au nord-ouest vers l'océan Pacifique et contribuer ainsi à l'expansion du commerce américain[47]. En 1804, il désigna Meriwether Lewis, son secrétaire particulier, et William Clark pour commander l'expédition et baptisa cette dernière le « corps de la découverte » (Corps of Discovery)[48]^,[49]. Le choix de Lewis plutôt qu'une personnalité scientifique pour diriger la mission s'était imposé à Jefferson en raison de l'expérience militaire de Lewis en forêt et de sa « familiarité avec les mœurs et le caractère indiens ». Avant le départ, Jefferson, qui possédait la plus grande collection de livres au monde en matière de géographie et d'histoire naturelle du continent nord-américain, enseigna à Lewis les rudiments de la cartographie, de la botanique, de l'histoire naturelle, de la minéralogie, de l'astronomie et de la navigation[50].

En mai 1804, l'expédition, composée d'une quarantaine de personnes, quitta Saint-Louis et remonta le cours du Missouri[51]. Sur les indications de Sacagawea, une jeune guide shoshone, et de plusieurs tribus amérindiennes rencontrées en chemin, Lewis et Clark atteignirent l'océan Pacifique en novembre 1805. Après la fin de l'hiver, l'expédition entama le voyage de retour le 22 mars 1806 et rentra à Saint-Louis le 23 septembre de la même année. Son principal apport fut de faire considérablement progresser la connaissance géographique et scientifique de l'Ouest nord-américain ainsi que des tribus amérindiennes peuplant ce territoire[52]. Deux mois après la fin de l'expédition, Jefferson fit sa première déclaration publique au Congrès dans laquelle il mentionnait en une phrase le succès de la mission avant de justifier les dépenses engagées[47]. La plupart des découvertes de l'expédition — graines, fossiles, plantes et autres spécimens — furent déposées à la Société américaine de philosophie[53]. Une entreprise de commerce de fourrure transcontinentale vit le jour dès 1808 sous l'impulsion de l'homme d'affaires John Jacob Astor, et en 1811 fut bâti Fort Astoria, le premier établissement américain de la côte Ouest[54].

En dehors de l'expédition Lewis et Clark, Jefferson organisa d'autres missions d'exploration vers l'Ouest dont certaines s'aventurèrent jusqu'en territoire espagnol[55]. William Dunbar et George Hunter conduisirent une expédition sur la rivière Ouachita, Thomas Freeman et Peter Custis visitèrent la Rivière Rouge et Zebulon Pike explora les Montagnes Rocheuses ainsi que le Sud-Ouest. Les expéditions menées sous la présidence de Jefferson fournirent des informations extrêmement précieuses pour la connaissance de la frontière américaine[56].

Jefferson estimait urgent de disposer, à l'échelle nationale, d'une académie militaire capable de former des officiers du génie compétents afin de ne plus dépendre de recrues étrangères pour des postes de ce type[57]. La création d'une académie devait aussi aider à remplacer les nombreux officiers fédéralistes limogés par Jefferson lors de sa prise de fonction[58]. Le 16 mars 1802, Jefferson promulgua le Military Peace Establishment Act qui donnait naissance à l’Académie militaire de West Point. Les 29 articles de la loi détaillaient également l'ensemble des nouveaux droits et devoirs attribués aux militaires[59].

Un nouvel État, l'Ohio, fut admis dans l'Union sous la présidence de Jefferson. La pétition des autorités locales pour le processus d'admission fut validée par le Congrès le 19 février 1803 mais ne fut pas soumise aux États pour ratification, ce qui laissait planer une incertitude quant à la date exacte de l'admission de l'Ohio au sein de l'Union. Cette lacune ne fut comblée qu'en 1953 avec l'adoption par le Congrès d'une législation fixant la date en question au 1^er mars 1803[60].

Afin d'éviter la répétition d'un scénario semblable à l'élection présidentielle de 1800, qui avait vu Jefferson et Burr arriver à égalité des votes au sein du collège électoral, le Congrès adopta le 12^e amendement de la Constitution des États-Unis qui instaurait une nouvelle procédure pour l'élection du président et du vice-président. Le texte fut soumis aux États pour ratification en décembre 1803 et validé par la majorité d'entre eux (treize à l'époque) pour être formellement intégré à la Constitution en septembre 1804[61].

Abordage d'une canonnière tripolitaine par les hommes du lieutenant Stephen Decatur lors du bombardement de Tripoli, le 3 août 1804. Huile sur toile de Dennis Malone Carter, XIX^e siècle, Naval Historical Center, Washington, D.C..

Les États-Unis étaient confrontés depuis plusieurs décennies au problème des pirates barbaresques d'Afrique du Nord qui capturaient les navires de commerce américains, pillaient les marchandises, réduisaient en esclavage les équipages et exigeaient de lourdes rançons pour leur libération[62]. Au temps des colonies britanniques d'Amérique, les navires américains étaient protégés des attaques de pirates par l'influence navale et diplomatique de la Grande-Bretagne, mais cette protection cessa lorsque les colonies déclarèrent leur indépendance en 1776[63]. Pour faire face à la menace, le Congrès adopta en 1794 une loi qui autorisait le paiement de tributs aux États barbaresques et vota la même année le Naval Act qui créait l'U.S. Navy en lançant la construction de six frégates. À la fin des années 1790, les États-Unis avaient conclu des accords avec l'ensemble des États barbaresques, mais dans les semaines qui précédèrent l'investiture de Jefferson, Tripoli commença à attaquer des vaisseaux de commerce américains afin d'obtenir un nouveau tribut[64].

Jefferson ne souhaitait pas déclencher une guerre internationale mais il pensait que le recours à la force était le meilleur moyen d'empêcher les États barbaresques d'exiger des tributs supplémentaires. Il déploya en conséquence la marine américaine en mer Méditerranée pour lutter contre les pirates barbaresques, précipitant le déclenchement de la guerre de Tripoli. Les premiers résultats furent toutefois décevants avec la capture en 1803, au large de Tripoli, de la frégate USS Philadelphia. En février 1804, le lieutenant Stephen Decatur conduisit un raid audacieux dans la rade de Tripoli qui se solda par la destruction de la Philadelphia, hissant Decatur au rang de héros national[65]. Grâce à l'action de la jeune marine américaine, Jefferson contraignit Tunis et Alger à rompre leur alliance avec Tripoli, qui dut se résoudre à demander la paix. Le président fit en parallèle bombarder Tripoli à cinq reprises par la flotte, ce qui permit de restaurer momentanément la paix en Méditerranée[66]. Jefferson n'en continua pas moins de verser des tributs aux États barbaresques restants jusqu'à la fin de sa présidence[67].

Le territoire acheté à la France lors de l'acquisition de la Louisiane en 1803 totalisait plus de 2 millions de km², soit presque le double de la superficie des États-Unis d'alors.

Jefferson considérait l'expansion vers l'Ouest comme une étape importante dans l'établissement d'une république peuplée de fermiers autonomes et relativement affranchis des contraintes du pouvoir fédéral. Au moment de sa prise de fonction, les colons américains s'étaient implantés jusqu'au fleuve Mississippi même si de nombreuses terres restaient vacantes ou habitées seulement par les Amérindiens[68]. Un fort courant aux États-Unis, particulièrement à l'Ouest, était favorable à l'expansion territoriale et notamment à l'annexion de la province espagnole de Louisiane[69]. Du fait de la faiblesse des établissements espagnols dans cette région, Jefferson pensait que l'occupation de la Louisiane par la Grande-Bretagne ou les États-Unis n'était qu'une question de temps[70]. Les visées expansionnistes de Washington furent toutefois compromises avec la signature, en 1801, du traité d'Aranjuez qui transférait la souveraineté de la Louisiane à la France de Napoléon Bonaparte[69]. Bien que les pressions exercées par le gouvernement français eussent précipité la ratification du traité, l'Espagne jugeait également que la présence des Français en Louisiane contribuerait à mettre la Nouvelle-Espagne à l'abri des velléités d'expansion américaines[70].

Le rêve de Napoléon était de recréer l'Empire colonial français en Amérique du Nord, ce qui n'était pas sans risquer de rallumer les tensions avec la République américaine, encore vives après la conclusion de la Quasi-guerre en 1800[69]. Son intention initiale était de rétablir la puissance française dans un espace géographique allant de La Nouvelle-Orléans à Saint-Domingue, une île à sucre des Caraïbes qui était alors secouée par une révolte d'esclaves. Un corps expéditionnaire français fut dépêché à Saint-Domingue pour mater l'insurrection tandis qu'un second corps se préparait à débarquer à La Nouvelle-Orléans, mais la défaite de l'armée face aux rebelles haïtiens mit fin aux ambitions de Napoléon dans l'hémisphère Ouest[71]. Au début de l'année 1803, le président Jefferson demanda à James Monroe de rejoindre en France l'ambassadeur Robert Livingston afin de négocier l'achat de La Nouvelle-Orléans, de la Floride orientale et de la Floride occidentale à la France[72]. À la grande surprise de la délégation américaine, Napoléon se déclara prêt à céder l'entièreté de la Louisiane aux États-Unis pour la somme de 15 millions de dollars[73]. En revanche, les deux Florides restaient au pouvoir de l'Espagne en vertu des clauses du traité d'Aranjuez, malgré l'insistance des négociateurs américains. Les conditions de l'achat de la Louisiane furent validées par les deux partis le 30 avril et approuvées par Napoléon le lendemain[74].

Le secrétaire d'État James Madison ayant donné son assurance que l'acquisition était conforme aux principes de la Constitution, le traité fut rapidement confirmé par le Sénat et le financement nécessaire autorisé dans la foulée par la Chambre des représentants[75]. L'achat de la Louisiane, conclu en décembre 1803, scella la fin des prétentions françaises en Amérique du Nord et assura aux États-Unis le contrôle du fleuve Mississippi[76]. La superficie du pays en fut presque doublée et le secrétaire au Trésor Gallatin n'eut d'autre choix que d'emprunter auprès de banques étrangères pour honorer le paiement[77]. L'acquisition de la Louisiane fut, dans l'ensemble, largement approuvée au sein de la population, mais quelques fédéralistes osèrent émettre une voix discordante : le représentant Fisher Ames écrivit ainsi : « nous devons donner de l'argent dont nous manquons pour des terres dont nous disposons déjà à l'excès »[78].

Ayant dû renoncer à se représenter sur le ticket républicain-démocrate de 1804, le vice-président Aaron Burr tenta vainement de se faire élire gouverneur de New York en avril 1804. Le chef de file du Parti fédéraliste, Alexander Hamilton, avait joué un rôle décisif dans cette défaite[79] par des remarques acerbes faites à l'encontre de Burr. S'estimant gravement offensé, Burr provoqua Hamilton en duel[80]. Celui-ci se déroula le 11 juillet 1804 à Weehawken, dans le New Jersey, et Hamilton fut mortellement blessé. Accusé de meurtre dans les États de New York et du New Jersey, Burr s'enfuit un temps en Géorgie avant de rentrer à Washington pour présider le Sénat lors du procès du juge Samuel Chase. Les procédures ouvertes à son encontre furent alors « discrètement enterrées », selon l'expression d'un historien américain[79].

« Le chien de prairie » : caricature anti-Jefferson critiquant les négociations secrètes menées par le président pour l'achat de la Floride à l'Espagne en 1804.

Dans les premiers mois de l'année 1802, après avoir pris connaissance des intentions de Napoléon de reprendre pied à Saint-Domingue et en Louisiane, Jefferson proclama la neutralité de son pays vis-à-vis de la révolution haïtienne. Les États-Unis permirent toutefois à la contrebande de guerre « de continuer à affluer vers les Noirs par les canaux marchands américains habituels » tandis que « l'administration refuserait toutes les demandes françaises d'assistance, de crédit ou de prêt ». Jefferson redoutait certes d'assister à l'émergence d'une nation dirigée par des esclaves mais les implications géopolitiques et commerciales des projets de Napoléon constituaient à ses yeux une menace bien plus grave[81].

La république indépendante d'Haïti fut proclamée en 1804 après la victoire des rebelles sur l'armée française, mais Jefferson refusa de reconnaître officiellement la nouvelle nation[82]. Par ce geste, il souhaitait en partie manifester ses bonnes dispositions à l'égard de Napoléon et obtenir son soutien pour l'acquisition de la Floride[83]. En outre, les propriétaires d'esclaves américains avaient été horrifiés par les massacres de planteurs commis par les esclaves lors de la rébellion et le Congrès, à majorité sudiste, était franchement « hostile à Haïti ». Tous craignaient en particulier que le succès de cette révolte n'encourageât les esclaves des États du Sud à faire de même. Pour l'historien Tim Matthewson, Jefferson « a embrassé les vues de la politique sudiste, l'embargo sur le commerce et la non-reconnaissance, la défense de l'esclavage dans son pays et le dénigrement d'Haïti à l'étranger »[84]. George Herring affirme quant à lui : « la diplomatie conduite au sujet de la Floride le révèle [Jefferson] sous son plus mauvais jour. Sa soif de terre l'emportait sur son souci des principes »[85].

Pour autant, l'attitude défiante adoptée par Jefferson à l'égard d'Haïti n'entraîna aucun progrès significatif quant au projet d'acquisition des deux Florides, toujours sous le contrôle de l'Espagne. L'un des arguments utilisés par le président était que la vente de la Louisiane concernait également les terres s'étendant à l'ouest jusqu'au Río Grande ainsi que la Floride occidentale délimitée par le fleuve Perdido à l'est. L'administration Jefferson entendait s'appuyer sur ces revendications pour contraindre l'Espagne, avec l'aide des Français, à se séparer des deux Florides. En 1806, le Congrès débloqua 2 millions de dollars en prévision de l'achat et certains expansionnistes souhaitaient même autoriser le président à s'emparer du Canada, par la force si nécessaire[86]. Cependant, contrairement à ce qui s'était passé pour la Louisiane, les dynamiques de la politique européenne vinrent contrarier l'ambition de Jefferson. Si Napoléon avait certes joué la carte de Washington contre Madrid pour s'en tirer à bon compte, la France était toujours alliée à l'Espagne et cette dernière n'avait aucune envie de céder la Floride, espérant au contraire s'en servir comme point d'appui face à des États-Unis en pleine expansion. Par ailleurs, les révélations sur le fait que Jefferson avait offert des pots-de-vin à des responsables français choquèrent les autorités espagnoles et le président dut finalement renoncer à acquérir la Floride[87].

Le « prophète » chaouanon Tenskwatawa. Tableau de Charles Bird King, vers 1820.

Conformément à ses idéaux issus de la philosophie des Lumières, Jefferson adopta à l'égard des Amérindiens une politique d'assimilation (qu'il appelait son « programme de civilisation ») reposant sur la négociation de traités pacifiques avec les tribus amérindiennes et le développement de l'agriculture[88]. L'historienne Élise Marienstras écrit : « le processus consisterait pour les Indiens […] d'abandonner ces terres dont ils n'étaient pas capables de profiter, et de partir plus loin ou de se transformer en cultivateurs américains jeffersoniens. Ceux-ci, une fois vendu l'excédent de terres, disposeraient d'un capital à investir dans une agriculture intensive, dont les surplus produiraient des bénéfices grâce auxquels ils pourraient encore accroître leur production, leur consommation et leur bien-être »[89]. Plusieurs tribus, dont les Chaouanons du chef Catecahassa et les Creeks, se soumirent aux exigences de Jefferson. Cependant, le rêve du président américain de fonder une nation transcontinentale le fit douter de plus en plus du bien-fondé des politiques d'assimilation et, à mesure que sa présidence continuait, il encouragea la colonisation des territoires de l'Ouest par les Blancs au détriment de l'assimilation pacifique des autochtones[88].

Au moment où Jefferson arriva au pouvoir, le chef chaouanon Tecumseh et son frère Tenskwatawa menaient des raids contre les établissements américains de la vallée de l'Ohio, avec le soutien des marchands anglais du Canada qui fournissait les Amérindiens en munitions. Déterminés à bâtir une confédération des tribus autochtones du Nord-Ouest, les deux frères furent une source d'agacement continuelle pour les colons. Les nations amérindiennes étaient particulièrement sensibles au message de Tenskwatawa qui, au nom de la purification de sa société, en appelait à l'expulsion des colons américains, ces « enfants du démon »[90]. Les succès obtenus par les Amérindiens poussèrent la Grande-Bretagne à envisager la création d'une nation satellite indienne dans certaines parties du territoire américain[91], et les raids furent l'une des causes majeures du déclenchement de la guerre anglo-américaine de 1812.

Dans les années 1790, un certain nombre de dirigeants hostiles à l'esclavage pensaient que l'« institution particulière » était condamnée à disparaître dans un futur proche. Leur espoir résidait dans la vigueur du mouvement abolitionniste au Nord et dans la chute des importations d'esclaves en direction des États du Sud. Le principal obstacle à une avancée majeure sur la question était une disposition constitutionnelle qui interdisait au Congrès de voter une loi interdisant l'importation des esclaves avant 1808[92]. Le Sud était d'autant moins enclin à soutenir l'abolition que la crainte de révoltes d'esclaves s'était beaucoup répandue à la fin du XVIII^e siècle et que de nombreux États avaient adopté des Black Codes (« codes noirs ») afin de restreindre les libertés des Noirs affranchis[93]. Sous son mandat, Jefferson fut déçu de constater que la jeune génération ne faisait rien pour tenter d'abolir l'esclavage et il évita le plus souvent d'aborder le sujet avant 1806, même s'il parvint à convaincre le Congrès d'empêcher l'importation de nouveaux esclaves en Louisiane[94].

En prévision de l'expiration de la clause constitutionnelle interdisant de légiférer sur le commerce d'esclaves, Jefferson s'exprima sur la question dans son message annuel au Congrès de décembre 1806 et se prononça en faveur de l'abolition de la traite négrière, qu'il considérait comme « des violations des droits humains qui ont été commises depuis si longtemps sur les inoffensifs habitants d'Afrique, et que la moralité, le prestige et les meilleurs intérêts de notre pays sont depuis longtemps désireux de proscrire ». Jefferson promulgua la loi mettant fin à la traite négrière en janvier 1808[95]. Ainsi que le rappelle Bernard Vincent, l'adoption du texte au Congrès ne s'était pas faite sans difficulté : « la loi fut votée, mais il fut clair pour tous que les sudistes ne la respecteraient pas »[96]. De fait, alors que le commerce légal d'esclaves avait entraîné l'importation de 14 000 esclaves par an, les importations illégales se poursuivirent dans les décennies suivantes au rythme d'environ 1 000 esclaves chaque année[95]. L'historien John Chester Miller affirme néanmoins que « l'achat de la Louisiane et l'abolition de la traite négrière furent les deux plus grandes réussites de la présidence de Jefferson »[97].

Avec le déclenchement des guerres de la Révolution française en 1792, le commerce américain connut une expansion phénoménale, en partie grâce au fait que les navires battant pavillon des États-Unis étaient considérés comme neutres par les puissances européennes[98]. Même si les Britanniques souhaitaient limiter les échanges commerciaux avec la France, ils ne s'opposèrent pas vraiment à la poursuite du commerce américain avec la métropole française et ses colonies après la signature du traité de Jay en 1794[99]. Jefferson était partisan de la neutralité à l'égard des conflits européens et se fit un ardent défenseur de la liberté de navigation pour les vaisseaux neutres, dont ceux des États-Unis[100]. Au début de son mandat, il parvint à conserver des relations amicales avec la France et la Grande-Bretagne mais les tensions avec cette dernière se firent de plus en plus fortes à partir de 1805[101].

Le HMS Leopard ouvre le feu sur l'USS Chesapeake le 22 juin 1807. Cet incident fut à l'origine des lois sur l'embargo. Dessin de Fred S. Cozzens publié en 1897.

En quête de matelots pour peupler ses bâtiments de guerre, la Royal Navy s'empara de plusieurs centaines de navires américains et enrôla de force les équipages, soit 6 000 marins, en vertu de la méthode de la « presse ». Ces procédés rendirent les Américains fous de rage[102]. Londres décréta également un blocus sur l'ensemble du continent européen, ce qui mit fin à sa politique de tolérance à l'égard du commerce américain. Si les Britanniques restituaient la plupart du temps les marchandises américaines saisies mais non destinées aux ports français, le blocus affecta considérablement le dynamisme commercial des États-Unis et suscita une profonde indignation à travers le pays, non seulement pour ses répercussions économiques mais aussi parce qu'il était perçu comme une atteinte scandaleuse à l'honneur national. En réaction aux agissements de la Grande-Bretagne, Jefferson préconisa un renforcement de la marine tandis que le Congrès vota le Non-Importation Act, qui imposait des restrictions sur la majeure partie des importations d'origine britannique[103].

Afin de rétablir des relations plus pacifiques entre les États-Unis et la Grande-Bretagne, l'ambassadeur américain à Londres James Monroe négocia le traité Monroe-Pinkney de 1806 qui devait être un renouvellement du traité de Jay[104]. Opposant de longue date à cet accord, qui avait empêché d'imposer des sanctions économiques à l'Angleterre, Jefferson rejeta le nouveau traité. Les tensions avec les Britanniques s'aggravèrent à l'occasion de l'affaire Chesapeake-Leopard : en juin 1807, un combat naval entre une frégate américaine, l'USS Chesapeake, et un navire de ligne britannique, le HMS Leopard, s'était en effet soldé par la mort ou l'enrôlement forcé de plusieurs marins américains. Pour ne rien arranger, Napoléon signa en décembre 1807 le décret de Milan qui autorisait la saisie des navires commerçant avec l'Angleterre, ce qui rendait les vaisseaux de commerce américains vulnérables aux attaques des deux premières puissances maritimes mondiales[105].

La réaction de Jefferson ne se fit pas attendre : la même année, le Congrès adopta l’Embargo Act dont l'objectif était d'obliger la France et l'Angleterre à respecter la neutralité américaine en stoppant toute activité commerciale avec ces deux pays[106]. L'historien André Kaspi précise que l'embargo « s'applique à toutes les nations : les bateaux américains ne feront plus voile vers les ports étrangers ; les bateaux étrangers ne transporteront plus de marchandises jusqu'aux ports américains »[107]. Des exportations vers l'Europe continuèrent toutefois d'avoir lieu par le biais de la contrebande qui connut très rapidement un vif regain[106]. Jefferson tenta d'endiguer le phénomène en ordonnant à l'armée de faire respecter l'embargo, ce qui allait pourtant à l'encontre de sa conception d'un gouvernement au pouvoir limité. En conséquence, le commerce extérieur des États-Unis s'effondra, ce qui entraîna de graves répercussions économiques à l'échelle du pays ; en Nouvelle-Angleterre, particulièrement touchée, l'embargo devint extrêmement impopulaire. La contestation était telle que le Congrès décida, en mars 1809, de supprimer l'embargo pour le remplacer par le Non-Intercourse Act qui autorisait de nouveau le commerce avec l'Europe à l'exception de l'Angleterre et de la France[108].

La plupart des historiens ont tiré un bilan sévère de l'embargo, jugé inefficace et préjudiciable aux intérêts américains[109]^,[110]. Les membres du cabinet de Jefferson formulaient eux-mêmes de nombreuses critiques sur la politique de l'embargo mais ils la considéraient préférable à la guerre[111]. Pour Joyce O. Appleby, l'embargo fut indubitablement la « politique la moins efficace » de Jefferson, tandis que Joseph J. Ellis le décrit comme « une calamité pure et simple »[112]^,[113]. D'autres spécialistes estiment cependant qu'au travers de cette mesure novatrice et non-violente, les États-Unis sont parvenus à aider la France dans sa guerre avec l'Angleterre tout en préservant leur neutralité[114]^,[115]. De son côté, Jefferson pensait que l'échec de l'embargo avait été précipité par l'égoïsme et le manque de « vertu républicaine » des marchands et commerçants, et affirmait qu'une application plus stricte des mesures de restriction à l'encontre des marchandises aurait permis d'éviter le déclenchement de la guerre de 1812[114]^,[116].

Résultats de l'élection présidentielle américaine de 1804.

À l'instar de ses deux prédécesseurs, Jefferson fut candidat à un second mandat lors de l'élection présidentielle de 1804. Cette dernière fut la première à se dérouler après la ratification du 12^e amendement de la Constitution, en vertu duquel le président et le vice-président étaient élus par les grands électeurs de façon séparée. Burr n'ayant que peu de chance d'être reconduit dans ses fonctions, le caucus républicain-démocrate désigna comme colistier de Jefferson le gouverneur de New York George Clinton. Le Parti fédéraliste choisit de son côté Charles Cotesworth Pinckney pour la présidence et Rufus King pour la vice-présidence. Les fédéralistes dénoncèrent l'athéisme supposé de Jefferson et critiquèrent son soutien à la démocratisation du système politique, mais leurs attaques se concentrèrent principalement sur la relation du président avec l'une de ses esclaves, Sally Hemings, qu'ils jugeaient hypocrite étant donné le soutien inébranlable de Jefferson à la perpétuation de l'esclavage. Les républicains-démocrates avaient toutefois la chance de bénéficier d'une organisation politique solidement implantée alors que la philosophie fédéraliste du « gouvernement par l'élite » rencontrait de moins en moins l'adhésion des foules. Le jour de l'élection, Jefferson obtint 162 votes de grands électeurs sur 174 et remporta tous les États à l'exception du Delaware et du Connecticut[117].

Considérant que les présidents en exercice ne devaient pas pouvoir servir indéfiniment, Jefferson refusa de concourir à un troisième mandat, suivant en cela la tradition initiée par George Washington. Il appuya alors la candidature de son conseiller et ami James Madison en vue de l'élection présidentielle de 1808. La politique extérieure ambitieuse de Jefferson avait valu à ce dernier d'être critiqué au sein même de son parti, notamment par les tertium quids de John Randolph[118]. Une partie des dirigeants républicains-démocrates dont Randolph, Samuel Smith ou William Duane, s'opposèrent à Madison et lui préférèrent un autre candidat potentiel, James Monroe[119]. En outre, le vice-président Clinton, de nouveau candidat à sa propre succession, décida également de briguer la présidence des États-Unis. Il fallut tout le prestige et le charme de Jefferson pour convaincre les républicains-démocrates dissidents de demeurer au sein du parti malgré leurs désaccords avec Madison[120]. Débarrassé de ces querelles intestines, Madison remporta l'élection face au candidat fédéraliste Charles Cotesworth Pinckney avec 122 votes de grands électeurs sur 176[121].