ARN polymérase ARN-dépendante
L'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp, RDR), parfois appelée ARN réplicase, est une nucléotidyltransférase qui catalyse la réaction :
- nucléoside triphosphate + ARNn PPi + ARNn+1.
| N° EC | EC |
|---|---|
| N° CAS |
| IUBMB | Entrée IUBMB |
|---|---|
| IntEnz | Vue IntEnz |
| BRENDA | Entrée BRENDA |
| KEGG | Entrée KEGG |
| MetaCyc | Voie métabolique |
| PRIAM | Profil |
| PDB | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum |
| GO | AmiGO / EGO |
Cette enzyme catalyse la réplication de l'ARN, contrairement à une ARN polymérase typique qui catalyse la biosynthèse d'un brin d'ARN à partir d'une matrice d'ADN. Elle catalyse donc la synthèse d'un brin d'ARN complémentaire à partir d'un brin d'ARN servant de matrice. Elle est indispensable à la réplication des virus à ARN à polarité négative et positive sans étape à ADN[2],[3], c'est-à-dire aux groupes III à V de la classification Baltimore :
- virus à ARN double brin (groupe III) tels que les familles Cystoviridae (en), Reoviridae, Hypoviridae, Partitiviridae, Totiviridae (en), ou encore les Birnaviridae ;
- virus à ARN monocaténaire à polarité positive (groupe IV) tels que les familles Nidovirales (dont Coronavirus), Picornavirales ou encore Tymovirales (en) ;
- virus à ARN monocaténaire à polarité négative (groupe V) et à génome non segmenté — Mononegavirales — ou segmenté : Arenavirus, Bunyavirus, Hantavirus, Nairovirus, Phlebovirus, Tenuivirus, Tospovirus et Orthomyxovirus — comprenant le virus de la grippe A, le virus de la grippe B, le virus de la grippe C et le virus de la grippe D ainsi que les genres Thogotovirus et Isavirus (virus de l'anémie infectieuse du saumon).
L'amorçage de la réaction a lieu à proximité de l'extrémité 3' du brin d'ARN modèle. Il peut s'agir d'un amorçage de novo (sans amorce) ou à l'aide d'une protéine virale liée au génome utilisée comme amorce. L'amorçage de novo consiste en l'addition d'un nucléoside triphosphate au 3'–OH du premier nucléoside triphosphate d'amorçage ; cette réaction est répétée par la suite au cours de la phase d'élongation avec d'autres nucléotides triphosphates afin de produire un brin d'ARN qui soit complémentaire du brin d'ARN modèle[4].
Notes et références
- (en) Masato Akutsu, Yu Ye, Satpal Virdee, Jason W. Chin et David Komander, « Molecular basis for ubiquitin and ISG15 cross-reactivity in viral ovarian tumor domains », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 108, no 6, , p. 2228-2233 (PMID 21266548, PMCID 3038727, DOI 10.1073/pnas.1015287108, lire en ligne)
- (en) E.V. Koonin, A.E. Gorbalenya et K.M. Chumakova, « Tentative identification of RNA-dependent RNA polymerases of dsRNA viruses and their relationship to positive strand RNA viral polymerases », FEBS Letters, vol. 252, nos 1-2, , p. 42-46 (PMID 2759231, DOI 10.1016/0014-5793(89)80886-5, lire en ligne)
- (en) P. M. Zanotto, M. J. Gibbs, E. A. Gould et E. C. Holmes, « A reevaluation of the higher taxonomy of viruses based on RNA polymerases », Journal of Virology, vol. 70, no 9, , p. 6083-6096 (PMID 8709232, PMCID 190630, lire en ligne)
- (en) C.Cheng Kao, Paul Singh et David J. Ecker, « De Novo Initiation of Viral RNA-Dependent RNA Synthesis », Virology, vol. 287, no 2, , p. 251-260 (PMID 11531403, DOI 10.1006/viro.2001.1039, lire en ligne)
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