Partitiviridae

Les Partitiviridae sont une famille de virus de l'ordre des Durnavirales, qui comprend cinq genres et 60 espèces (dont 15 non assignées à un genre) acceptés par l'ICTV. Ce sont des virus à ARN à double brin[3] classés dans le groupe III de la classification Baltimore. Les hôtes naturels de ces virus sont des espèces de champignons, de plantes et de protozoaires. Le nom « Partitiviridae » dérive du latin « partitius », qui signifie « divisé », en référence au génome segmenté des Partitivirus. La famille comprend 60 espèces qui sont rattachées à cinq genres ou pour certaines non attribuées à un genre[4]^,[5]^,[6].

Partitiviridae

Reconstruction en cryo-microscopie électronique (cryo-ME) de la capside d'un Partitivirus, Penicillium stoloniferum virus S[1].

Classification selon l’ICTV
Royaume	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Duplopiviricetes
Ordre	Durnavirales

Famille

Partitiviridae
ICTV 1984[2]

Genres de rang inférieur

Alphapartitivirus
Betapartitivirus
Cryspovirus
Deltapartitivirus
Gammapartitivirus

Les virus de la famille des Partitiviridae, qu'ils infectent des champignons (virus fongiques) ou des plantes (virus végétaux), sont tous associés à des infections latentes de leurs hôtes respectifs, c'est-à-dire sans symptômes apparents. On ne connaît aucun vecteur biologique naturel de ces virus[7].

Les virus fongiques sont transmis par voie intracellulaire lors de la division cellulaire et la sporogenèse (transmission verticale) ainsi qu'après une anastomose hyphale, c'est-à-dire une fusion cellulaire, entre des souches fongiques compatibles (transmission horizontale). Les virus végétaux ne sont pas transmis horizontalement par greffage ou par d'autres moyens mécaniques, mais sont seulement transmis par les ovules ou le pollen à l'embryon de la graine (transmission verticale)[7].

Structure

Les virus de la famille des Partitiviridae sont des virus nus ( non enveloppés) à géométrie icosaédrique de type T = 1. Le diamètre est d'environ 35 à 40 nm[4]^,[5].

Génome

Génome de Atkinsonella hypoxylon virus (AhV) du genre Betapartitivirus.

Les Partitivirus ont des génomes à ARN bicaténaire (double brin) divisés en deux segments génomiques essentiels, ARNbc1 et ARNbc2, contenant chacun un gros cadre de lecture ouvert (ORF) sur le brin positif de la molécule d'ARN. Des segments d'ARNbc supplémentaires (satellites ou défectueux) peuvent également être présents. Les segments linéaires d'ARNbc sont encapsidés séparément. Le plus petit des deux segments du génome code généralement la protéine d'enveloppe (CP). Le plus gros segment code l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) associée au virion. Les génomes sont linéaires et mesurent environ 1,4 à 3,0 kb[4]^,[5].

Cycle biologique

La réplication virale est cytoplasmique. L'entrée dans la cellule-hôte est obtenue par pénétration dans la cellule-hôte. La réplication et la transcription suivent le modèle des virus à ARN double brin. Le virus quitte la cellule hôte par un déplacement de cellule à cellule. Les champignons et les plantes servent d'hôtes naturels[4]^,[5]. Les Cryspovirus infectent des protozoaires apicomplexiens du genre Cryptosporidium[8], tandis que les virus des autres genres infectent des plantes et des champignons.

Genre	Hôtes	Tropisme tissulaire	Détails de l'entrée	Dissémination	Site de réplication	Site d'assemblage	Transmission
Cryspovirus	Protistes	Aucun	Division cellulaire ; sporogenèse ; anastomose hyphale	Division cellulaire ; sporogenèse ; anastomose hyphale	Cytoplasme	Cytoplasme	Division cellulaire ; sporogenèse ; anastomose hyphale
Alphapartitivirus	Champignons, plantes	Aucun			Cytoplasme	Cytoplasme	Division cellulaire
Deltapartitivirus	Plantes	Aucun	Mouvement viral ; inoculation mécanique	Division cellulaire	Cytoplasme	Cytoplasme	Division cellulaire
Betapartitivirus	Champignons, plantes	Aucun			Cytoplasme	Cytoplasme	Division cellulaire
Gammapartitivirus	Champignons	Aucun	Échange cytoplasmique ; anastomose hyphale	Échange cytoplasmique ; anastomose hyphale	Cytoplasme	Cytoplasme	Échange cytoplasmique ; anastomose hyphale

Phylogénie

Sur la base du gène de l'ARN polymérase, ce groupe peut être divisé en quatre clades (I-IV)[9]. Quatre isolats d'animaux et de protozoaires forment un cinquième clade. Les clades I à IV sont constitués de mélanges de séquences de type Partitivirus provenant de plantes et de champignons

Taxinomie

Cinq genres ont été reconnus au sein de la famille des Partitiviridae. Quinze autres espèces de cette famille ne sont affectées à aucun genre[4] :

Alphapartitivirus
- Beet cryptic virus 1
- Carrot cryptic virus
- Cherry chlorotic rusty spot associated partitivirus
- Chondrostereum purpureum cryptic virus 1
- Flammulina velutipes browning virus
- Helicobasidium mompa partitivirus V70
- Heterobasidion partitivirus 1
- Heterobasidion partitivirus 3
- Rosellinia necatrix partitivirus 2
- Vicia cryptic virus
- White clover cryptic virus 1 (espèce-type)

Betapartitivirus
- Atkinsonella hypoxylon virus (espèce-type)
- Cannabis cryptic virus
- Ceratocystis resinifera virus 1
- Crimson clover cryptic virus 2
- Dill cryptic virus 2
- Fusarium poae virus 1
- Heterobasidion partitivirus 2
- Heterobasidion partitivirus 8
- Heterobasidion partitivirus P
- Hop trefoil cryptic virus 2
- Pleurotus ostreatus virus 1
- Primula malacoides virus 1
- Red clover cryptic virus 2
- Rhizoctonia solani virus 717
- Rosellinia necatrix virus 1
- White clover cryptic virus 2
Cryspovirus
- Cryptosporidium parvum virus 1 (espèce-type)
Deltapartitivirus
- Beet cryptic virus 2
- Beet cryptic virus 3
- Fig cryptic virus
- Pepper cryptic virus 1 (espèce-type)
- Pepper cryptic virus 2
Gammapartitivirus
- Aspergillus ochraceous virus
- Discula destructiva virus 1
- Discula destructiva virus 2
- Fusarium solani virus 1
- Gremmeniella abietina RNA virus MS1
- Ophiostoma partitivirus 1
- Penicillium stoloniferum virus F
- Penicillium stoloniferum virus S (espèce-type)
Non affectés à un genre
- Agaricus bisporus virus 4
- Alfalfa cryptic virus 1
- Carnation cryptic virus 1
- Carrot temperate virus 1
- Carrot temperate virus 2
- Carrot temperate virus 3
- Carrot temperate virus 4
- Gaeumannomyces graminis virus 019/6-A
- Gaeumannomyces graminis virus T1-A
- Hop trefoil cryptic virus 1
- Hop trefoil cryptic virus 3
- Radish yellow edge virus
- Ryegrass cryptic virus
- Spinach temperate virus
- White clover cryptic virus 3

Arbre phylogénétique des Partitiviridae.

Notes et références

(en) J. Tang, J. Pan, W.M. Havens, W.F. Ochoa, T. S.Y. Guu, S.A. Ghabrial et M.L. Nibert, « Backbone Trace of Partitivirus Capsid Protein from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling », Biophysical Journal, vol. 99, n^o 2,‎ 2010, p. 685–694 (DOI 10.1016/j.bpj.2010.04.058, Bibcode 2010BpJ....99..685T).
ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021
(en) EJ Vainio, S Chiba, SA Ghabrial, E Maiss, M Roossinck, S Sabanadzovic et N Suzuki, « ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae », The Journal of General Virology, vol. 99, n^o 1,‎ janvier 2018, p. 17–18 (DOI 10.1099/jgv.0.000985).
(en) « ICTV Online Report Partitiviridae ».
(en) « Viral Zone », ExPASy (consulté le 15 juin 2015).
(en) ICTV, « Virus Taxonomy: 2014 Release » (consulté le 15 juin 2015).
(en) S.A.Ghabrial, W.F.Ochoa, T.S.Baker, M.L.Nibert, « Partitiviruses: General Features », dans Brian W.J. Mahy, Marc H.V. Van Regenmortel, Encyclopedia of Virology, Elsevier Ltd., 2008, 3^e éd., 3234 p. (ISBN 978-0-12-374410-4), p. 68-75.
(en) Nibert ML, Woods KM, Upton SJ, Ghabrial SA, « Cryspovirus: a new genus of protozoan viruses in the family Partitiviridae », Arch. Virol., vol. 154, n^o 12,‎ 2009, p. 1959–1965.
(en) Liu H, Fu Y, Xie J, Cheng J, Ghabrial SA, Li G, Yi X, Jiang D, « Discovery of Novel dsRNA Viral Sequences by In Silico Cloning and Implications for Viral Diversity, Host Range and Evolution », PLoS One, vol. 7, n^o 7,‎ 2012, e42147.

Liens externes

(en) Référence ICTV : Partitiviridae (consulté le 24 janvier 2021)
(en) Référence BioLib : Partitiviridae (consulté le 15 décembre 2020)
(en) Référence NCBI : Partitiviridae (taxons inclus) (consulté le 15 décembre 2020)
(en) Référence uBio : Partitiviridae (consulté le 15 décembre 2020)
(en) Référence World Register of Marine Species : taxon Partitiviridae (+ liste genres + liste espèces) (consulté le 15 décembre 2020)

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[1] (en) J. Tang, J. Pan, W.M. Havens, W.F. Ochoa, T. S.Y. Guu, S.A. Ghabrial et M.L. Nibert, « Backbone Trace of Partitivirus Capsid Protein from Electron Cryomicroscopy and Homology Modeling », Biophysical Journal, vol. 99, n^o 2,‎ 2010, p. 685–694 (DOI 10.1016/j.bpj.2010.04.058, Bibcode 2010BpJ....99..685T).

[ICTV24_janvier_2021-2] ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. Taxonomy history. Published on the Internet https://talk.ictvonline.org/., consulté le 24 janvier 2021

[ICTVProfile-3] (en) EJ Vainio, S Chiba, SA Ghabrial, E Maiss, M Roossinck, S Sabanadzovic et N Suzuki, « ICTV Virus Taxonomy Profile: Partitiviridae », The Journal of General Virology, vol. 99, n^o 1,‎ janvier 2018, p. 17–18 (DOI 10.1099/jgv.0.000985).

[ICTVReport-4] (en) « ICTV Online Report Partitiviridae ».

[ViralZone-5] (en) « Viral Zone », ExPASy (consulté le 15 juin 2015).

[ICTV-6] (en) ICTV, « Virus Taxonomy: 2014 Release » (consulté le 15 juin 2015).

[Ghabrial-7] (en) S.A.Ghabrial, W.F.Ochoa, T.S.Baker, M.L.Nibert, « Partitiviruses: General Features », dans Brian W.J. Mahy, Marc H.V. Van Regenmortel, Encyclopedia of Virology, Elsevier Ltd., 2008, 3^e éd., 3234 p. (ISBN 978-0-12-374410-4), p. 68-75.

[Nibert2009-8] (en) Nibert ML, Woods KM, Upton SJ, Ghabrial SA, « Cryspovirus: a new genus of protozoan viruses in the family Partitiviridae », Arch. Virol., vol. 154, n^o 12,‎ 2009, p. 1959–1965.

[Liu2012-9] (en) Liu H, Fu Y, Xie J, Cheng J, Ghabrial SA, Li G, Yi X, Jiang D, « Discovery of Novel dsRNA Viral Sequences by In Silico Cloning and Implications for Viral Diversity, Host Range and Evolution », PLoS One, vol. 7, n^o 7,‎ 2012, e42147.