Lactobacillales
Les Lactobacillales sont un ordre de bactéries à gram positif, placé parmi les Firmicutes. Elles comprennent les bactéries lactiques.
Dans la classification phylogénétique actuellement acceptée[2], cet ordre est divisé en six familles : Aerococcaceae, Carnobacteriaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Leuconostocaceae, Streptococcaceae.
Très largement présentes dans la nature, on les trouve aussi bien dans le sol, l'eau, que chez les plantes et les animaux. Elles sont utilisées depuis le néolithique par l'homme, pour la fabrication d'aliments fermentés.
Écologie
Les lactobacillales se rencontrent dans l'eau, les égouts, les plantes et les animaux. Elles sont largement employées en agro-alimentaires.
Ils comportent la famille type des Lactobacillaceae dont de nombreux éléments font partie du microbiote de la bouche, du tractus gastro-intestinal et du vagin des animaux homéothermes (l'homme y compris). Ces bacilles sont présents dans les aliments comme les produits laitiers, la viande, le poisson, les céréales, les fruits, les jus de fruits, les légumes, les sauces et les plats cuisinés[3]. Ils servent à la production d'aliments fermentés comme les fromages, les yaourts, le kéfir, le pain au levain, le vin, la bière et le cidre où ils acidifient le substrat et inhibent ainsi la croissance d'autres organismes. Les Aerococcaceae ont été trouvés dans des habitats variés : air, poussière, végétation, sol. Les Carnobacteriaceae se trouvent dans la viande emballée sous vide, le fromage, le poisson, les lacs antarctiques méromictiques[4]. Les Enterococcaceae font partie de la flore intestinale des mammifères et des oiseaux. Les Leuconostocaceae se trouvent sur les plantes et dans divers aliments comme le lait et les produits laitiers fermentés (fromages, kéfir), les végétaux fermentés (vin, cidre, olives, choucroute) et la viande. Beaucoup de Streptococcaceae sont des commensaux ou des parasites des animaux, certains étant très pathogènes[4].
Caractères bactériologiques
Les lactobacillales sont des cellules de formes variées : coques, bâtonnets ou de forme intermédiaire entre les coques rondes et les bacilles en bâtonnets (dites coccobacilles)
Ils puisent leur énergie de l’oxydation de composés organiques. Ce sont des chimio-organotrophes[3].
- à Gram positif
- non sporulé, généralement non mobile
- aéro-anaéorobie, aérobie facultatif ou strict ou micro-aérophile
- Oxydase négatif (absence de l'enzyme oxydase capable d'oxyder)
- Catalase négatif (absence de l'enzyme catalase capable de décomposer l'eau oxygénée)
Phylogénie
Suivant la taxonomie généralement acceptée basée sur la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN) [2],[5], l'ordre des Lactobacillales comprend six familles :
| Lactobacillales | |
| Familles | Genres |
|---|---|
| Aerococcaceae | Abiotrophia - Aerococcus - Dolosicoccus - Eremococcus - Facklamia - Globicatella - Ignavigranum |
| Carnobacteriaceae | Agitococcus - Alkalibacterium - Allofustis - Alloiococcus - Atopobacter - Atopococcus - Atopostipes - Carnobacterium - Desemzia - Dolosigranulum - Granulicatella - Isobaculum - Lacticigenium - Lactosphaera - Marinilactibacillus - Pisciglobus - Trichococcus |
| Enterococcaceae | Bavariicoccus - Catellicoccus - Enterococcus - Melissococcus - Pilibacter - Tetragenococcus - Vagococcus |
| Lactobacillaceae | Lactobacillus - Paralactobacillus - Pediococcus - Sharpea |
| Leuconostocaceae | Fructobacillus - Leuconostoc - Oenococcus - Weissella |
| Streptococcaceae | Lactococcus - Lactovum - Streptococcus |
L'ordre des Lactobacillales initialement proposé en 2005, a été décrit en 2009 dans le volume 3 de la deuxième édition du Bergey's Manual of Systematic Bacteriology (Ludwig et al.) et validé en mars 2010 par inscription sur la liste de validation 132.
L'ordre des Lactobacillales est défini principalement sur la base des analyses phylogénétiques déduites de l'étude des séquences des ARNr 16S.
Notes
Références
- VALIDATION LIST N° 132. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2010, 60, 469-472. [LUDWIG (W.), SCHLEIFER (K.H.) and WHITMAN (W.B.): Order II. Lactobacillales ord. nov. In: P. DE VOS, G.M. GARRITY, D. JONES, N.R. KRIEG, W. LUDWIG, F.A. RAINEY, K.H. SCHLEIFER and W.B. WHITMAN (eds): Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, second edition, vol. 3 (The Firmicutes), Springer, Dordrecht, Heidelberg, London, New York, 2009, p. 464.]
- voir la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Données provenant de J.P. Euzéby, « Lactobacillales » (consulté en mai 2013)
- Prokaryotes
- David R. Boone, George M. Garrity, Richard W. Castenholz, Don J. Brenner, Noel R. Krieg, James T. Staley, Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: The Firmicutes, Springer, (ISBN 0387684891)
- NCBI webpage on Lactobacillales Données extraites de Sayers et al., « NCBI Taxonomy Browser », National Center for Biotechnology Information (consulté en mai 2013)
