Arabidopsis thaliana

Arabette des dames, Arabette de Thalius

Arabidopsis thaliana
Arabette des dames
Classification APG III (2009)
Règne Plantae
Clade Angiospermes
Clade Dicotylédones vraies
Clade Noyau des Dicotylédones vraies
Clade Rosidées
Clade Malvidées
Ordre Brassicales
Famille Brassicaceae
Genre Arabidopsis

Espèce

Arabidopsis thaliana
(L.) Heynh., 1842[1]

Synonymes

  • Arabidopsis thaliana var. apetala O.E.Schulz[1]
  • Arabis arcuata Dulac[1]
  • Arabis pubicalyx Miq.[1]
  • Arabis scabra Gilib.[1]
  • Arabis thaliana L.[1],[2],[3]
  • Cardamine pusilla Hochst. ex A.Rich.[1]
  • Conringia thaliana (L.) Rchb.[1]
  • Crucifera thaliana (L.) E.H.L.Krause[1]
  • Erysimum pubicalyx (Miq.) Kuntze[1]
  • Erysimum thalianum (L.) Kittel[1]
  • Hesperis thaliana (L.) Kuntze[1]
  • Nasturtium thaliana (L.) Andrz. ex DC.[1]
  • Phryne gesneri Bubani[1]
  • Pilosella thaliana (L.) Kostel.[1]
  • Sisymbrium thalianum (L.) J. Gay & Monn.[2]
  • Sisymbrium thalianum (L.) J. Gay & Monnard[3]
  • Sisymbrium thalianum (L.) J.Gay[1]
  • Stenophragma thalianum (L.) Čelak.[1],[2]

L’Arabette des dames ou Arabette de Thalius (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) est une espèce de plantes appartenant à la famille des Brassicacées. Elle est souvent considérée comme une « mauvaise herbe » poussant au bord des routes. Cette petite plante annuelle, originaire d'Europe, d'Asie et du nord-ouest de l'Afrique, a un cycle de vie rapide (six semaines de graine à graines), elle est résistante et peut s'autoféconder. A. thaliana a un génome relativement petit d'environ 135 millions de paires de bases (Mbp). Ces qualités en ont fait depuis 1998 un organisme modèle de référence, pour la recherche aussi bien biologique que génétique.

Dénominations

Description
  • Planche botanique de 1826.
  • Spécimen en campagne.
  • Spécimen en ville.
  • Rosette de feuilles.
  • Tige, feuilles et boutons.
  • Inflorescence et fruits.

Caractéristiques générales
  • A. thaliana est une plante annuelle (rarement bisannuelle).
  • Appareil végétatif :
    • Feuilles : en rosette de feuilles velues entourant la tige
    • Tige : peu feuillée, terminée par de petites grappes de fleurs
  • Organes reproducteurs :
  • Graine :
    • Fruit : silique fine, allongée, contenant de minuscules graines.
    • Mode de dissémination : anémochore
  • Habitat et répartition :
    • Habitat type : annuelles pionnières des clairières, lisières et éboulis européens
    • Aire de répartition : cosmopolite

données d'après : Julve, Ph., 1998 ff. - Baseflor. Index botanique, écologique et chorologique de la flore de France. Version : 23 avril 2004.

Habitat, morphologie et cycle
Répartition géographique d'Arabidopsis thaliana.
En vert, zones d'où elle provient, en bleu, zones où elle s'est acclimatée.

Arabidopsis thaliana est une plante annuelle originaire d'Europe, d'Asie et du nord-ouest de l’Afrique[9],[10]. Elle a été introduite en Amérique du Nord, en Australie, en Argentine, etc.[11]

Elle pousse surtout dans des sols rocailleux, dans des dunes de sables et des sols calcaires. Elle est particulièrement courante comme mauvaise herbe dans les jardins et les trottoirs[11] .

D’une taille de 20−25 cm de hauteur, ses feuilles sont vertes ou légèrement violacées et forment une rosette à sa base. Les feuilles sont couvertes de petits poils unicellulaires (appelés trichomes). Ses fleurs blanches de 3 mm de diamètre sont disposées en corymbe, et formeront des siliques contenant en moyenne cinquante graines. Le cycle complet d’Arabidopsis thaliana est d’environ six semaines, la tige centrale, qui produit des fleurs et des siliques, se développe après environ trois semaines.

Utilisation comme un organisme modèle

À partir du début du XXe siècle, Arabidopsis thaliana a commencé à être utilisée à des fins de recherches et les premières collections de mutants furent produites à partir de 1948. Cependant Arabidopsis thaliana n’a été désignée comme organisme modèle qu'en 1998[12]. À l’heure actuelle A. thaliana est un organisme de référence aussi bien pour la recherche végétale que pour l’évolution, la génétique ou encore la recherche fondamentale[13]. C'est la première plante qui a eu son génome séquencé en entier[11] car elle a un génome relativement petit, d'environ 135 paires de mégabase (Mbp)[14].

Arabidopsis thaliana a été très importante dans la formulation influente du modèle ABC du développement des fleurs de Coen and Meyerowitz dans la revue Nature (revue) en 1991[11],[15].

Sa petite taille, son cycle de vie rapide de six semaines (de graine à graines), sa résistance et sa capacité à s’autoféconder sont des atouts pour son utilisation en recherche, notamment dans le domaine de la génétique.

Autres utilisations

Arabidopsis thaliana était utilisée dans la médecine indienne traditionnelle pour guérir l'asthme, les maux de gorges et de poitrine[16].

Elle a été utile aussi pour la recherche spatiale, notamment elle a été la première plante à faire son cycle de vie complet — de la germination des graines à la floraison jusqu'à la mise en graine — dans l'espace à bord de la station spatiale Mir en 1997.

Elle a aussi servi à la station spatiale internationale pour déterminer les gènes activés ou régulés par la gravité. Selon la NASA cela pourrait avoir des applications pratiques pour l'agriculture.

Génome nucléaire

Le génome d’Arabidopsis thaliana, relativement petit (157 millions de paires de base réparties sur cinq paires de chromosomes)[17]. En comparaison, certaines plantes possèdent un génome beaucoup plus important comme c'est le cas du blé ou Triticum qui possède 15 500 millions de paires de bases[18]. Dû à sa petite taille et au fait qu'il est diploïde [19] rend la plante utile pour la cartographie et le séquencage génétique. Le génome est composé de cinq chromosomes et une taille totale de 135 mégabase[14]. En 2000, le génome d'Arabidopsis thaliana a été le premier génome de plante à être totalement séquencé[20]. Le projet The 1001 Genomes Project a été lancé en 2008 et a permis le séquençage du génome de 1 135 lignées d’Arabidopsis thaliana isolées à travers le monde afin d’en décrypter la variabilité génétique. Il a été estimé que chez Arabidopsis thaliana, une mutation apparaît pour 100 millions de paires de bases environ à chaque génération. Ainsi, chaque graine de cette plante compte en moyenne une modification du génome par rapport à la graine qui lui a donné naissance[21],[22]. Aujourd'hui, le nombre de gènes connus chez A. thaliana est de l'ordre de 30 000 gènes[23],[24].

Arabidopsis thaliana a la possibilité d’être transformée en routine à l'aide d'Agrobacterium tumefaciens, permettant le transfert d’ADN (ADN-T) dans le génome de la plante[25] qui en s’intégrant aléatoirement vont permettre l’inactivation de gènes et la création de mutations à des fins de recherches. Cette technique de transformation a permis de générer plusieurs collections de mutants d’insertions aléatoires, contenant plus de 300 000 lignées transgéniques indépendantes.

L’ensemble des ressources concernant Arabidopsis thaliana (séquences, lignées, graines, expression des gènes, etc.), sont compilées par The Arabidopsis Information Resource et l'European Arabidopsis Stock Centre. En laboratoire, Arabidopsis thaliana peut être cultivé en boîte de Petri ou en pot.

Génome plastidial
Carte du génome chloroplastique d'Arabidopsis thaliana[26],[27]. Les introns sont figurés en gris. Certains gènes possèdent des portions en 5′ et en 3′. Les gènes des brins 1 et 2 sont respectivement transcrits dans les sens horaire et anté-horaire. Le cercle le plus interne fournit les bornes des grandes et petites régions non répétées (LSC et SSC, en violet). Ces dernières sont séparées par une paire de séquences répétées inversées (IRa et IRb, en noir).

Le plastome d'Arabidopsis thaliana est une molécule d'ADN longue de 154,478 paires de bases[26], c'est-à-dire une taille qui se rencontre habituellement chez la plupart des plantes à fleurs (cf. liste des plastomes séquencés). Cet ADN chloroplastique comprend 136 gènes qui codent de petites protéines ribosomiques (rps, en jaune : cf. figure), de grandes protéines ribosomiques (rpl, orange), des cadres de lecture ouverts hypothétiques (ycf, citron), des proteins impliquées dans les réactions photosynthétiques (en vert) ou dans d'autres fonctions (en rouge), des ARN ribosomiques (rrn, en bleu), et des ARN de transfert (trn, en noir)[27].

Intérêt scientifique
Anthère d'Arabidopsis thaliana

Cette plante est un organisme modèle pour la recherche génétique dans le monde végétal. En 2000, ce fut le premier génome végétal séquencé[20]. Les raisons de ce choix sont nombreuses :

  • petite taille ; en laboratoire, on peut cultiver un millier de pieds sur un mètre carré ;
  • cycle de développement court, le cycle graine → plante → graine ne dure que deux mois ;
  • un plant produit environ 40 000 graines ;
  • c'est un des plus petits génomes connus dans le monde végétal. Sa taille a initialement été estimée à 125 millions de paires de bases, réparties sur cinq paires de chromosomes contenant 33 323 gènes, dont 27 206 codant des protéines[28] ; mais une étude datée de 2003[17] montre que la quantité d'ADN a été sous-estimée et qu'elle serait en réalité de 0,16 picogramme par noyau cellulaire, soit environ 157 millions de paires de bases[29].
  • absence d'intérêts économiques sur cette espèce, ce qui facilite la diffusion des informations entre laboratoires.

Des recherches sont actuellement en cours pour permettre la détection de mines anti-personnel grâce à des graines d'Arabidopsis qui, après modification génétique, changeraient de couleur en cas de culture au-dessus d'une mine, ce qui en faciliterait la détection et l'élimination[30],[31].

On a montré qu'une protéine (histone H2A.Z) est impliquée chez cette plante dans la détection de faibles variations de température (quelques degrés Celsius). Cette protéine modifie l’enroulement de l’ADN sur lui-même et contrôle ainsi l’accès à l’ADN de certaines molécules inhibant ou activant la transcription de plusieurs dizaines de gènes. Cet effet « bio-thermostat » semble fréquent dans la nature, car également détecté chez la levure[32],[33]. Ceci devrait aider à mieux comprendre certains effets (sur les gènes) des variations climatiques.

Entre 2007 et 2009, des graines furent exposées au vide de l’espace plus d'un an dans le module EXPOSE (en) de la Station spatiale internationale et survécurent[34].

En 2014, une nouvelle étude sur cette plante a révélé qu'elle était capable de percevoir son environnement et d'interagir avec celui-ci[35],[36].

Notes et références
  1. The Plant List, consulté le 18 avril 2018
  2. BioLib, consulté le 18 avril 2018
  3. USDA, Agricultural Research Service, National Plant Germplasm System. 2021. Germplasm Resources Information Network (GRIN Taxonomy). National Germplasm Resources Laboratory, Beltsville, Maryland., consulté le 18 avril 2018
  4. Arabidopsis thaliana ethnobotanique sur le site de Téla Botanica, consulté le 18 avril 2018.
  5. Meyer C., ed. sc., 2015, Dictionnaire des Sciences Animales. [lire en ligne]. Montpellier, France, Cirad. [12/05/2015].
  6. Nom en français d’après Termium plus, la banque de données terminologiques et linguistiques du gouvernement du Canada
  7. Nom en français d'après l'Inventaire National du Patrimoine Naturel, sur le site Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN)
  8. Nom en français d'après la fiche de cette espèce dans Brouillet et al. 2010+. VASCAN (Base de données des plantes vasculaires du Canada) de Canadensys.
  9. Flora of NW Europe: Arabidopsis thaliana
  10. Blamey, M. & Grey-Wilson, C. (1989). Flora of Britain and Northern Europe. (ISBN 0-340-40170-2).
  11. (en) « Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science », sur Plants of the World Online (consulté le )
  12. Fink G (1998). Anatomy of a Revolution. Genetics 149: 473–477.
  13. Coelho SM, Peters AF, Charrier B, et al (2007). Complex life cycles of multicellular eukaryotes: new approaches based on the use of model organisms. Gene 406 (1-2): 152–70. doi:10.1016/j.gene.2007.07.025. PMID 17870254
  14. « TAIR - Genome Assembly », sur www.arabidopsis.org (consulté le )
  15. (en) Enrico S. Coen et Elliot M. Meyerowitz, « The war of the whorls: genetic interactions controlling flower development », Nature, vol. 353, no 6339,‎ , p. 31–37 (ISSN 1476-4687, DOI 10.1038/353031a0, lire en ligne, consulté le )
  16. (en) « Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science », sur Plants of the World Online (consulté le )
  17. Bennett MD, Leitch IJ, Price HJ and Johnston JS. 2003. Comparisons with Caenorhabditis (~100 Mb) and Drosophila (~ 175 Mb) using flow cytometry show genome size in Arabidopsis to be ~157 Mb and thus ~25 % larger than the Arabidopsis Genome Initiative estimate of ~125 MB. Annals of Botany, 91: 547-557.
  18. Aline Gerstner, « Le blé dévoile tout son génome », sur Pourlascience.fr (consulté le )
  19. MICHAEL D. BENNETT, ILIA J. LEITCH, H. JAMES PRICE et J. SPENCER JOHNSTON, « Comparisons with Caenorhabditis (∼100 Mb) and Drosophila (∼175 Mb) Using Flow Cytometry Show Genome Size in Arabidopsis to be ∼157 Mb and thus ∼25 % Larger than the Arabidopsis Genome Initiative Estimate of ∼125 Mb », Annals of Botany, vol. 91, no 5,‎ , p. 547–557 (ISSN 0305-7364, PMID 12646499, PMCID 4242247, DOI 10.1093/aob/mcg057, lire en ligne, consulté le )
  20. (en) Arabidopsis Genome Initiative, « Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana », Nature, vol. 408, no 6814,‎ , p. 796-815 (DOI 10.1038/35048692)
  21. S. Ossowski, K. Schneeberger, J.I. Lucas-Lledo, N. Warthmann, R.M. Clark, R.G. Shaw, D. Weigel, M. Lynch, The Rate and Molecular Spectrum of Spontaneous Mutations in Arabidopsis thaliana, Science 327, janvier 2010, 92–94, doi: 10.1126/science.1180677
  22. M. Lynch, Evolution of the mutation rate, Trends in Genetic, Août 2010, 26(8):345-52, doi:10.1016/j.tig.2010.05.003
  23. (en) Tanya Z. Berardini, Leonore Reiser, Donghui Li et Yarik Mezheritsky, « The arabidopsis information resource: Making and mining the “gold standard” annotated reference plant genome: Tair: Making and Mining the “Gold Standard” Plant Genome », genesis, vol. 53, no 8,‎ , p. 474–485 (PMID 26201819, PMCID PMC4545719, DOI 10.1002/dvg.22877, lire en ligne, consulté le )
  24. The Arabidopsis Information Resource (TAIR): gene structure and function annotation
  25. Zhang X, Henriques R, Lin SS, Niu QW, Chua NH (2006). "Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana using the floral dip method". Nat Protoc 1 (2): 641–6. doi:10.1038/nprot.2006.97. PMID 17406292
  26. « Arabidopsis thaliana chloroplast, complete genome — NCBI accession number NC_000932.1 », National Center for Biotechnology Information (consulté le )
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  28. http://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/annotation_data.jsp
  29. Un picogramme équivaut à environ 978 millions de paires de bases, d'après Doležel, J., J. Bartoš, H. Voglmayr, and J. Greilhuber. 2003. Nuclear DNA content and genome size of trout and human. Cytometry 51A: 127-128.
  30. La plante qui détecte les mines.
  31. Nathaniel Herzberg, La souris, reine contestée des labos dans Le Monde du 18 février 2015, Suppl. Sciences et Médecine, p. 4
  32. S.V. Kumar et P.A. Wigge, H2A.Z-containing nucleosomes mediate the thermosensory response in Arabidopsis, Cell, vol. 140, p. 136-147, 2010.
  33. Brève du journal Pour la Science (par Jean-Jacques Perrier, 2010/01/25).
  34. (fr)« Le liseron, une fleur dont les graines pourraient être semées dans l'espace ? », (consulté le )
  35. (en) H. M. Appel et R. B. Cocroft, « Plants respond to leaf vibrations caused by insect herbivore chewing », Oecologia, vol. 175, no 4,‎ , p. 1257–1266 (ISSN 0029-8549 et 1432-1939, DOI 10.1007/s00442-014-2995-6, lire en ligne, consulté le )
  36. Adrien Bertoni, « Une découverte sans précédent : les plantes savent quand elles sont en train d’être mangées », Daily Geek Show,‎ (lire en ligne, consulté le ).

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