Population fantôme

Une population fantôme, en génétique, est une population éteinte dont l'existence a été inférée par des études génétiques portant sur les populations existantes : même si la population disparue ne peut être associée à aucun fossile connu, sa contribution génétique a été isolée.

Exemples chez l'être humain
  • Une population fantôme a contribué pour 8% au patrimoine génétique des Yorubas[1] mais aussi des Khoïsans (4%), des Pygmées Mbuti (4.3%) et des Mandenka (5.8%)[2]
  • L'Homme de Denisova a d'abord été identifié par la génétique (donc en tant que population fantôme) avant que des restes soient découverts en Sibérie[3]
  • Une population fantôme apparentée aux mélanésiens a contribué au patrimoine génétique des indigènes de l'amazonie[4].

Chez les animaux domestiques

Références
  1. (en) Arun Durvasula et Sriram Sankararaman, « Recovering signals of ghost archaic admixture in the genomes of present-day Africans », bioRxiv,‎ (DOI 10.1101/285734).
  2. Belen Lorente-Galdos, Oscar Lao, Gerard Serra-Vidal et Gabriel Santpere, « Whole-genome sequence analysis of a Pan African set of samples reveals archaic gene flow from an extinct basal population of modern humans into sub-Saharan populations », Genome Biology, vol. 20, no 1,‎ , p. 77 (ISSN 1474-760X, PMID 31023378, PMCID PMC6485163, DOI 10.1186/s13059-019-1684-5, lire en ligne, consulté le )
  3. (en) F. L. Mendez, J. C. Watkins et M. F. Hammer, « Global Genetic Variation at OAS1 Provides Evidence of Archaic Admixture in Melanesian Populations », Molecular Biology and Evolution, vol. 29, no 6,‎ , p. 1513–1520 (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msr301).
  4. Ewen Callaway, « ‘Ghost population’ hints at long-lost migration to the Americas », Nature News,‎ (DOI doi:10.1038/nature.2015.18029, lire en ligne)
  5. Zhenxin Fan, Pedro Silva, Ilan Gronau, Shuoguo Wang, Aitor Serres Armero, Rena M. Schweizer, Oscar Ramirez, John Pollinger, Marco Galaverni, Diego Ortega Del-Vecchyo, Lianming Du, Wenping Zhang, Zhihe Zhang, Jinchuan Xing, Carles Vilà, Tomas Marques-Bonet, Raquel Godinho, Bisong Yue et Robert K. Wayne, « Worldwide patterns of genomic variation and admixture in gray wolves », Genome Research, vol. 26, no 2,‎ , p. 163–73 (PMID 26680994, PMCID 4728369, DOI 10.1101/gr.197517.115, lire en ligne)
  6. K.-P. Koepfli, J. Pollinger, R. Godinho, J. Robinson, A. Lea, S. Hendricks, R. M. Schweizer, O. Thalmann, P. Silva, Z. Fan, A. A. Yurchenko, P. Dobrynin, A. Makunin, J. A. Cahill, B. Shapiro, F. Álvares, J. C. Brito, E. Geffen, J. A. Leonard, K. M. Helgen, W. E. Johnson, S. J. O’Brien, B. Van Valkenburgh et R. K. Wayne, « Genome-wide Evidence Reveals that African and Eurasian Golden Jackals Are Distinct Species », Current Biology, vol. 25, no 16,‎ , p. 2158–65 (PMID 26234211, DOI 10.1016/j.cub.2015.06.060)
  7. Adam H. Freedman, Ilan Gronau, Rena M. Schweizer, Diego Ortega-Del Vecchyo, Eunjung Han, Pedro M. Silva, Marco Galaverni, Zhenxin Fan, Peter Marx, Belen Lorente-Galdos, Holly Beale, Oscar Ramirez, Farhad Hormozdiari, Can Alkan, Carles Vilà, Kevin Squire, Eli Geffen, Josip Kusak, Adam R. Boyko, Heidi G. Parker, Clarence Lee, Vasisht Tadigotla, Adam Siepel, Carlos D. Bustamante, Timothy T. Harkins, Stanley F. Nelson, Elaine A. Ostrander, Tomas Marques-Bonet, Robert K. Wayne et John Novembre, « Genome Sequencing Highlights the Dynamic Early History of Dogs », PLOS Genetics, vol. 10, no 1,‎ , e1004016 (PMID 24453982, PMCID 3894170, DOI 10.1371/journal.pgen.1004016)
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