Phytoplasme

Les phytoplasmes sont des bactéries sans paroi et dépourvues de forme spécifique (procaryotes pléiomorphes) qui se multiplient exclusivement dans les tubes criblés du phloème.

Phyllodie sur Solidago
Jaunissement mortel du palmier.

Ils appartiennent à la classe des Mollicutes. À leur découverte ils ont été nommés MLO (sigle de Mycoplasma Like Organism) en raison de leur ressemblance (en microscopie électronique) avec les mycoplasmes.

Ils sont à l’origine de nombreuses maladies bactériennes des plantes telles que la phyllodie par exemple. Ils sont transmis par des insectes vecteurs, le plus souvent des cicadelles. La croissance se fait dans les glandes salivaires, le tractus intestinal, l'hémolymphe, intracellulairement. Le temps de latence avant la transmission varie de 10 à 45 jours suivant la température.

L'acquisition des phytoplasmes est rendue plus efficace par les larves. Les symptômes (phytoplasmes) peuvent être la jaunisse foliaire, le nanisme, la phyllodie, la virescence ou l'apparition de proliférations appelées « balai de sorcière ».

Exemple de la prolifération du pommier

La prolifération du pommier est une maladie anciennement connue mais discrète ces dernières années, qui connaît actuellement une certaine recrudescence. Elle est due à un phytoplasme transmis par au moins une espèce de psylle. Sa recrudescence est probablement liée à l'allègement des traitements insecticides polyvalents dans le cadre de la lutte intégrée, dans les vergers mais aussi leur environnement. Une fois la maladie identifiée (examen des symptômes et vérification au laboratoire), le seul moyen de lutte est l'arrachage des arbres.

Taxonomie

Les phytoplasmes appartiennent à l'ordre monophylétique des Acholeplasmatales[1]. En 1992, le sous-comité de taxinomie des Mollicutes du Comité international de systématique des Procaryotes a proposé d'employer le nom de Phytoplasma au lieu du terme pseudo-mycoplasme ou MLO (mycoplasma-like organism) « en référence aux mollicutes phytopathogènes »[2]. Le nom générique Phytoplasma fut adopté en 2004. Il est actuellement sous le statut de Candidatus[3], qui est employé pour désigner les bactéries qui ne peuvent être cultivées. Sa taxinomie est compliquée car il ne peut pas être cultivé, donc les méthodes normalement utilisées pour la classification des procaryotes ne sont pas possibles[1].

La classification des phytoplasmes en groupes taxinomiques sont fondées sur des différences de taille des fragments produits par la digestion de restriction de la séquence du gène 16S ARNr (RFLP) ou par comparaison de séquences d'ADN des régions de l'espaceur 16s / 23s[4]. Des désaccords subsistent sur le nombre de groupes taxinomiques des phytoplasmes, des travaux récents faisant appel à la simulation par ordinateur des restrictions de digestion du gène 16S ARNr suggèrent qu'il pourrait y avoir jusqu'à 28 groupes[5], tandis que d'autres articlent plaident pour moins de groupes, mais plus de sous-groupes. Chaque groupe comprend au moins une espèce de Candidatus Phytoplasma caractérisée par des propriétés distinctives biologiques, phytopathologies et génétiques.

  • Liste des espèces de Ca. Phytoplasma, principaux groupes et sous-groupes publiés avec leurs noms communs et numéros d'accession GenBank de la séquence du gène 16S ARNr.
  • Nota : les espèces de Ca. Phytoplasma indiquées entre crochets sont provisoires (similarité des séquence du 16S ARNr inférieure à 97,5 %) et non encore publiées séparément comme espèces nouvelles.
    « Indéterminé » indique les espèces de Ca. Phytoplasma pour lesquelles le classement dans un groupe ou sous-groupe est en attente.
    « Non assigné » indique les espèces de Ca. Phytoplasma dont le statut est en attente (similarité des séquence du 16S ARNr supérieure à 97,5 %) car les symptômes présentés par la plante ou l'insecte hôtes sont significativement différents lorsqu'ils sont infectés par la souche du phytoplasme décrite comparée à une souche de la même espèce ou du même groupe.
N° Nom commun Espèce de Phytoplasma Groupe / sous-groupe Numéro d'accession Référence
1Maladie d'Awka[Ca. P. cocosnigeriae]16Sr XXII-AY14175Firraro, 2004
2Tanzanian lethal disease[Ca. P. cocostanzaniae]indéterminéX80117Firraro, 2004
3Loofah witches' broom[Ca. P. luffae]16Sr VIII-AAF086621Firraro, 2004
4Jaunisse létale du palmier[Ca. P. palmae]16Sr IV-AU18747Firraro, 2004
5Maladie X[Ca. P. pruni]16Sr III-AL04682Firraro, 2004
6Stolbur[Ca. P. solani]16Sr XII-AAF248959Firraro, 2004
7Flavescence dorée[Ca. P. vitis]16Sr V-CAF176319Firraro, 2004
8Papaya yellow crinkleCa. P. aurantifolia16Sr II-DY10097Davis et al., 1997
9Allocasuarina yellowsCa. P. allocasuarinaeindéterminéAY135523Marcone et al., 2004
10Flétrissement violacé de la pomme de terreCa. P. americanum16Sr XVIIIDQ174122Lee et al., 2006
11Lime witches' broomCa. P. aurantifolia16Sr II-BU15442Zriek et al., 1995
12Jaunisse de la vigneCa. P. australience16Sr XIIL76865Davis et al., 1997
13Balanites witches' broomCa. P. balanitae16Sr VAB689678Win et al., 2012
14Hibiscus witches' broomCa. P. brasiliense16Sr XVAF147708Montano et al., 2001
15Papaya bunchy topCa. P. caricae16Sr XVIIAY725234Arocha et al., 2005
16Balai de sorcière du châtaignierCa. P. castaneae16Sr XIXAB054986Jung et al., 2002
17Jaunisse du liseronCa. P. convolvuli16Sr XIIJN833705Martini et al., 2012
18Soybean stuntCa. P. costaricanum16Sr XXXIHQ225630Lee et al., 2011
19Feuilles blanches de la canne à sucreCa. P. cynodontis16Sr XIAB052874Jung et al., 2003
20Areca palm yellow leafCa. P. cynodontis16Sr XI-AJN967909Ramaswamy et al., 2012
21Feuilles blanches de la canne à sucreCa. P. cynodontis16Sr XI-CX76432Lee et al., 1998
22Leafhopper bourne BVKCa. P. cynodontis16Sr XIVX76429Semuller et al., 2004
23Bermuda grass white leafCa. P. cynodontis16Sr XIVAJ550985Marcone et al., 2004
24Cynodon white leafCa. P. cynodontisindéterminéAF509321Blanche et al., 2003
25Sorghum grassy shootCa. P. cynodontisindéterminéAF509324Blanche et al., 2003
26Sorghum grassy shootCa. P. cynodontisindéterminéAF509325Blanche et al., 2003
27Balai de sorcière du fraisierCa. P. fragariae16Sr XII-EDQ086423Valiunas et al., 2006
28Jaunisse du frêneCa. P. fraxini16Sr VII-AAF092209Griffiths et al., 1999
29Sugarcane Yellow LeafCa. P. graminis16Sr XVIAY725228Arocha et al., 2005
30Hydrangea phyllodyCa. P. japonicum16Sr XII-DAB010425Sawayanagi et al., 1999
31Parsley leaf of tomatoCa. P. lycopersiciindéterminéEF199549Arocha et al., 2007
32Periwinkle phyllodyCa. P. malasianum16Sr XXXIIEU371934Nejat et al., 2012
33Prolifération du pommierCa. P. mali16Sr X-AAJ542541Semuller et al., 2004
34Cassia italica witches' broomCa. P. omanense16Sr XXIXEF666051Saddy et al., 2008
35Nanisme jaune du rizCa. P. oryzae16Sr XI-AD12581Namba et al., 2009
36Nanisme jaune du rizCa. P. oryzae16Sr XI-AAB052873Jung et al., 2003
37Almond lethal diseaseCa. P. phoenicium16Sr IX-DAF515636Verdin et al., 2003
38Pine shoot proliferationCa. P. pini16Sr XXIAJ632155Schneider et al., 2005
39Maladie XCa. P. pruni16Sr III-AJQ044393Davis et al., 2012
40European stone fruitCa. P. prunorum16Sr X-FAJ542544Semuller et al., 2004
41Dépérissement du poirierCa. P. pyri16Sr X-CAJ542543Semuller et al., 2004
42Buckthorn witches' broomCa. P. rhamni16Sr XXX76431Marcone et al., 2004
43Rubus stuntCa. P. rubi16Sr VAY197648Maher et al., 2011
44Bois noirCa. P. solani16Sr XIIJQ730746Quaglino et al., 2013
45Spartium witches' broomCa. P. spartii16Sr X-DX92869Marcone et al., 2004
46Balai de sorcière de la passifloreCa. P. sudamericanum16Sr III-VGU292082Davis et al., 2012
47Balai de sorcière de la passifloreCa. P. sudamericanum16Sr VIGU292081Davis et al., 2012
48Salt cedar witches' broomCa. P. tamaricis16Sr XXXFJ432664Zhao et al., 2009
49Prolifération du trèfleCa. P. trifolii16Sr VI-AAY390261Hiruki et al., 2004
50Jaunisse de l'ormeCa. P. ulmi16Sr V-AAY197655Lee et al., 2004
51Balai de sorcière du jujubierCa. P. ziziphi16Sr V-BAB052876Jung et al., 2003
52Jaunisse de l'asterCa. P. asteris16Sr IM30790Lee et al., 2004
53Virescence de la pervenche mexicainenon assigné16Sr XIII-AAF248960Wei et al. 2007
54Bermuda grass white leafnon assigné16Sr XIVAJ550984Marcone et al., 2004
55Jaunisse de la vigne (Grapevine yellow)non assigné16Sr XXIII-AAY083605Wei et al., 2007
56Sorghum bunchy shootnon assigné16Sr XXIV-AAF509322Wei et al., 2007
57Weeping tea witches' broomnon assigné16Sr XXV-AAF521672Wei et al., 2007
58Jaunisse de la canne à sucrenon assigné16Sr XXVI-AAJ539179Wei et al., 2007
59Jaunisse de la canne à sucrenon assigné16Sr XXVII-AAJ539180Wei et al., 2007
60Derbid phytoplasmanon assigné16Sr XXVIII-AAY744945Wei et al., 2007
61Chinaberry yellowsnon assignéindéterminéAF495882Wei et al., 2007

Notes et références
  1. (en) IM Lee, RE Davis et DE Gundersen-Rindal, « Phytoplasma: Phytopathogenic Mollicutes », Annual Review of Microbiology, Annual Reviews, vol. 54,‎ , p. 221–255 (PMID 11018129, DOI 10.1146/annurev.micro.54.1.221, lire en ligne).
  2. (en) Subcommittee on the Taxonomy of Mollicutes, « Minutes of the Interim Meetings, 1er et 2 août 1992, Ames, Iowa », International journal of systematic bacteriology, vol. 43, no 2 (cf. minutes 10 et 25),‎ , p. 394-397 (lire en ligne).
  3. (en) The IRPCM Phytoplasma/Spiroplasma Working Team - Phytoplasma taxonomy group, « Candidatus Phytoplasma, a taxon for the wall-less, non-helical prokaryotes that colonize plant phloem and insects », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 54,‎ , p. 1243-1255 (lire en ligne).
  4. (en) J. Hodgetts, T. Ball, N. Boonham, R. Mumford et M. Dickinson, « Taxonomic groupings based on the analysis on the 16s/23s spacer regions which shows greater variation than the normally used 16Sr RNA gene results in classification similar to that derived from 16s rRNA data but with more detailed subdivisions », Plant Pathology, vol. 56,‎ , p. 357–365 (DOI 10.1111/j.1365-3059.2006.01561.x).
  5. (en) W. Wei, RE Davis, IM Lee et Y. Zhao, « Computer-simulated RFLP analysis of 16S rRNA genes: identification of ten new phytoplasma groups », International journal of systematic and evolutionary microbiology, vol. 57, no Pt 8,‎ , p. 1855–1867 (PMID 17684271, DOI 10.1099/ijs.0.65000-0).

Voir aussi

Articles connexes
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