Origine du SARS-CoV-2

En décembre 2019 et janvier 2020, une épidémie à pneumopathie éclate en Chine et touche surtout la province du Hubei. Le marché de gros de fruits de mer de Huanan, à Wuhan, est désigné comme épicentre de l'épidémie par les autorités locales le 31 décembre 2019[4]. Il est fermé le lendemain même, le 1^er janvier 2020. Le marché de Huanan a la particularité d'offrir une grande diversité de produits issus de la faune sauvage[5] Les premiers symptômes attribuables a posteriori au SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le 1^er décembre 2019 chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché[6].

Le premier cas exporté hors de la Chine continentale est découvert le 13 janvier en Thaïlande[7]. La situation se dégrade rapidement au niveau mondial, et l'épidémie est déclarée urgence de santé publique de portée internationale par l'OMS le 30 janvier 2020[8]. C'est la sixième fois seulement que l'OMS déclenche ce niveau d'alerte dans son histoire[9]. Dans les premières semaines de l'épidémie de 2019-2020, le virus se propage via des voyageurs vers différents pays d'Asie[10]^,[11]^,[12], le 21 janvier en Amérique du Nord[13], le 24 janvier, en Australie[14], en Europe[15]^,[16], le 16 février en Afrique[17] et le 26 février en Amérique du Sud[18]. Il s'agit là des premiers cas recensés, en réalité le virus est probablement arrivé plus tôt sur chacun de ces territoires, en y passant inaperçu. Le SARS-CoV-2 circulait probablement en France dès novembre 2019[19].

Mi-février 2020, le plus important foyer hors de Chine est le paquebot de croisière Diamond Princess, en quarantaine dans le port de Yokohama[20]. Dans la troisième semaine de février des foyers secondaires d'importance émergent en Corée du Sud, en Italie et en Iran[21], faisant craindre une installation durable de l'épidémie au niveau mondial[22]. Cette crainte se confirme début mars : le 11 mars, le directeur général de l'OMS déclare que « la COVID-19 peut être qualifiée de pandémie »[23].

Le SARS-CoV-2 a des similitudes avec les Betacoronavirus trouvés chez les chauves-souris et les pangolins[24]^,[25]. L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[26]^,[27]^,[28] :

En matière d'homologie, le SARS-CoV-2 est :

• à 96 % identique à celui de BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013, un coronavirus d'une chauve-souris chinoise du genre Rhinolophe : Rhinolophus affinis[35]^,[36] ;
• à 91 % identique à un coronavirus présent chez les pangolins javanais[37]^,[38]^,[39]^,[40]^,[41].

De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que le coronavirus RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une chauve-souris[42]^,[43].

Il est généralement admis que la transmission zoonotique des coronavirus de la chauve-souris à l'humain passe par une espèce animale intermédiaire. Cet hôte intermédiaire serait un prérequis : les récepteurs comme l'ACE2 sont différents entre un humain et une chauve-souris[44]. Ainsi il est suggéré que le SARS-CoV-1 a passé la barrière inter-espèce via la civette. Le taux d’identité entre le génome du SARS-CoV-1 humain et celui de la souche de civette la plus proche était de 99,52 %[44]. Concernant le MERS-CoV, il est suggéré que la transmission s'est faite via le dromadaire.

De nombreuses hypothèses ont émergé concernant l'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2. Une première hypothèse, reprise par la presse, a suggéré deux espèces de serpents, Bungarus multicinctus et Naja atra[45], mais cette hypothèse a rapidement été écartée[46]^,[47]. Aucun coronavirus n'est connu à ce jour chez les animaux à sang froid : ils infectent des oiseaux ou plus souvent des mammifères[48].

Des experts[49]^,[50] ont avancé l'hypothèse d'un pangolin, un mammifère en danger d'extinction qui fait l'objet d'une consommation illégale en Chine, et qui était en vente sur le marché de Wuhan. On trouve chez le pangolin javanais Manis javanica des coronavirus quasiment identiques, en particulier pour leur spicule protéique[39]^,[40]^,[41]. Néanmoins, le taux d’identité des nucléotides des pangolins dans la région RBD atteint à peine 89 %, un pourcentage bien inférieur aux taux observés entre les souches de virus isolées chez l’humain et celles infectant les derniers intermédiaires animaux lors des précédentes transmissions zoonotiques comme le SARS-CoV-1[44].

En 2020, il est constaté que de nombreux animaux peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 : les singes, les félidés (chats, tigres), les lapins, le chien viverrin, les furets et le hamster[51]. Il est suggéré que l'infection est le plus souvent bénigne, voire asymptomatique[52]. Le vison d'Amérique est capable de retransmettre la Covid à l'humain. Dans des élevages contaminés, 68 % des personnes en contact ont été infectées au SARS-CoV-2 par des visons[53]^,[54]. Pour cette raison 17 millions de visons ont été abattus au Danemark[55]. Enfin, alors qu’auparavant, le SARS-CoV-2 ne pouvait infecter que des rongeurs transgéniques porteurs du récepteur ACE2 humain, depuis 2021 avec l'apparition des variants anglais, sud-africain et brésilien, il a été constaté que le virus se transmet facilement aux rongeurs « sauvages », faisant craindre une accélération incontrôlable de l'évolution des mutants du SARS-CoV-2[56]^,[57].

Selon Fox News, le virus aurait pu s'être échappé par accident de l'Institut de virologie de Wuhan. L'hypothèse est évoquée par Mike Pompeo, secrétaire d'État des États-Unis citant une enquête en cours de leur administration[58]. Richard Ebright (en), expert américain en biosécurité, estime que « les preuves laissent une base pour exclure que la Covid-19 soit une construction de laboratoire, mais aucune base pour exclure un accident »[59]. Des chercheurs du CNRS donnent du crédit à cette hypothèse[60].

En janvier 2021, l'Organisation mondiale de la santé envoie à Wuhan une équipe pour enquêter sur l'origine du virus[61]. L'enquête, placée en Chine sous surveillance étroite, « n'a pu percer les origines du Covid-19 », mais « les experts de l'OMS ont toutefois jugé hautement improbable l'hypothèse de la fuite depuis un laboratoire de la ville [de Wuhan]. » Le patron de l'OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a par la suite affirmé le 12 février que « toutes les hypothèses (restaient) sur la table » pour expliquer l'origine de la pandémie[62].

Le 14 mai 2021, 18 scientifiques américains publient dans le magazine Science, un article invitant la communauté scientifique à envisager toutes les pistes, notamment celle d'une fuite d'un laboratoire de Wuhan[63].