ImageJ

ImageJ se présente sous la forme d'une fenêtre principale flottante qui ouvre des fenêtres de données, elles aussi flottantes. La fenêtre principale contient les menus et les boutons des outils disponibles (sélection rectangulaire, ovale, main libre, etc.).

Fenêtre principale d'ImageJ

La plupart des opérations courantes de traitement d'images sont réalisables avec ImageJ : visualisation et ajustement de l'histogramme des niveaux de gris, débruitage, correction d'éclairage, détection de contours, transformation de Fourier directe et inverse, seuillage, opérations logiques et arithmétiques entre images, et d'une manière générale, tout type de transformation linéaire par définition personnalisée de masques.

Des traitements issus de la morphologie mathématique sont aussi disponibles : érosion/dilatation, ligne de partage des eaux, squelettisation...

En analyse d'image, ImageJ permet de dénombrer des particules, d'évaluer leurs ratios d'aspect, de mesurer diverses grandeurs (distances, surfaces), d'extraire des coordonnées de contours...

ImageJ a été initialement développé pour des applications biomédicales. Il permet par exemple de faire des analyses de gels d'électrophorèse, ou de la détection et analyse de tumeurs. Son usage s'est depuis étendu à d'autres domaines, comme la science des matériaux (détermination de tailles de grains, traitement d'images obtenues par microtomographie X par exemple).

ImageJ peut visualiser, éditer, traiter, et analyser les images ou des piles d'images (stack) en 8-bits, 16-bits, 32-bits et les images couleur. ImageJ est capable d'ouvrir et sauver des images dans de nombreux formats, notamment en TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, mais aussi des images en format brut (raw).

ImageJ est un logiciel libre : le code source est en accès libre et peut être modifié. C'est un logiciel multiplateformes, en raison de son fonctionnement sur une machine virtuelle Java. Ses fonctions sont extensibles ; de nombreux plug-ins existent, qui abordent des domaines jusque-là réservés aux logiciels commerciaux comme Aphelion : manipulation et visualisation d'images tridimensionelles, filtrages médians et morphologiques 3D, contours actifs (snakes), filtres diffusifs... Par ailleurs, il est possible de combiner les fonctions natives ou ajoutées en créant des macros – la maîtrise de Java n'est pas alors nécessaire. La diversité des plug-ins disponibles – plus d'une centaine – en fait son avantage principal, mais peut dérouter les néophytes : il est parfois difficile de trouver rapidement une fonction correspondant à un besoin précis.

Une version 2 nommée ImageJ2[4] est en cours de développement. Elle peut déjà être utilisée en installant Fiji[5]. ImageJ2 peut être appelée depuis Python[6] via la bibliothèque pyimagej[7].

• (en) Site officiel
• (en) Documentation
• (en) Liste des plugins
• (en) Tutoriel sur les plugins de Werner Bailer de l'Université de Sciences Appliquées de Haute-Autriche

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