Bibus est un logiciel qui permet d'insérer des références bibliographiques et des citations dans OpenOffice et même dans Word (pour les irréductibles). Pour les utilisateurs de Ubuntu 9.10 et ultérieurs, seule la partie concernant l'import de bibliographies en provenance d'autres logiciels reste valide.
Il suffit d'installer le paquet bibus
wget -q http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio/pmartino.gpgkey -O- | sudo apt-key add -
deb http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
Par défaut la sécurité concernant les macros peut être à un niveau trop élevé (refus des macros non signées) pour permettre à Bibus d'initier correctement la communication avec OpenOffice. Il faut donc la diminuer un peu dans le menu : Outils > Options > OpenOffice.org > Sécurité > Sécurité des Macros > puis cliquez sur “Niveau de sécurité moyen” (demande à l'utilisateur s'il veut utiliser la macro).
Il suffit de lancer bibus (applications>bureautique>Base de données bibliographiques Bibus).
Un écran d'accueil de première connexion est ouvert, choisissez Openoffice et cliquez sur “suivant”
Cliquez sur le bouton “activer” ce qui lance OpenOffice (si tout est OK)
Cliquez sur “Suivant”
Entrez le nom d'utilisateur de la base de données (votre login par exemple) et cliquez sur “suivant”
Indiquez un chemin et un nom à votre base de données bibliographique (/home/user/base-bibus par exemple)
Si vous venez d'installer bibus et d'activer la communication avec OpenOffice, pensez à redémarrer celui-ci (même le chargement rapide). Il faut avoir le document texte ouvert avec OOo ET Bibus ouvert également. Il faut également avoir des références dans sa base (ça ne marche pas directement depuis l'interrogation de pubMed). Donc essayez de récupérer une référence sur pubMed et copiez-la de “requêtes” vers “références”. Sélectionnez la référence à insérer puis choisissez dans le menu “openoffice.org” l'action “insérer la citation”…. tadaaaaa! ça doit s'insérer tout seul. Si on veut avoir un aperçu de ce que ça donnera il faut, dans bibus toujours, cliquer sur “openoffice.org/formater la bibliographie”. Pour le rendu final, il faut utiliser “openoffice.org/finaliser”
Je vous laisse découvrir les options de mise en page via le menu “style”. C'est un résultat tout à fait comparable avec ce qui est obtenu avec des logiciels payants….
Pour importer une base de données bibliographiques de EndNote vers Bibus il faut :
méthode qui marche sous win xp avec endnote 9 : “file” “Export …” choisis Save as type “XML” et enfin “save” puis dans bibus “File” “import” “XML from endnote” (tout en bas), … avec codec utf_8 (le 4ieme) en 2'zcondes) et pouf …
Refworks est un logiciel de gestion de références en ligne. (payant)
Pour importer une base de données bibliographiques de Reference Manager vers Bibus il faut :
Si votre connexion internet passe par un proxy, Bibus sera incapable de récupérer les citations sur PubMed. Ma demi-solution : avec un script ça fonctionne…
Créez un script de lancement bibus.sh comme suit :
gedit /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh
taper le code suivant :
#!/bin/sh export http_proxy="http://proxy.domaine.fr:3128" /usr/bin/bibus
Il ne reste plus qu'à éditer le raccourci qui pointe dans le menus applications>bureautique>bibus (via applications>outils système>Editeur du menu applications sous breezy ou applications>accessoires>Editeur de menu Alacarte sous dapper) et remplacer dans le champ “command” (via clic droit>propriété) “bibus” par “sh /home/nomutilisateur/dossier/bibus.sh”.
Chez certains utilisateurs qui ont fortement “customisé” leur distribution ou qui utilisent des versions différentes d'OpenOffice (autres que celle du dépôt) des étapes supplémentaires peuvent être nécessaires :
Dans ce cas essayez de rentrer ce code (merci strataoïde)
sudo ldconfig -v /usr/lib/openoffice2/program
Continuez le processus et déclarez votre nom d'utilisateur et le chemin vers votre base de données bibliographiques. Puis recherchez et ouvrez le fichier “/usr/share/bibus/setup/UnoConnectionListener.sxd” Cela permettra d'activer la connexion entre bibus et OpenOffice.
Bibus refuse d'ouvrir une base de données SQLite crée précédemment.
Installer le paquet python-pysqlite2 devrait résoudre le problème.
En cas de problème en cours d'installation, ou pour re-initialiser bibus, effacez simplement le fichier “.bibus” qui se trouve dans votre répertoire “home”. La prochaine fois que vous lancerez Bibus il vous faudra refaire les étapes décrites lors du premier lancement.
Contrairement à ses concurrents payants, Bibus est “open source”. Si vous créez des styles de mise en page répondant aux spécifications de journaux, pensez à en faire profiter la communauté en les déposant sur le site de bibus : http://bibus-biblio.sourceforge.net Le site utilise la machine Wiki de Wikipedia. Vous pouvez donc créer une page librement et y attacher un style pour que tout le monde puisse en profiter. Le mieux c'est de le zipper ou gzipper pour éviter les problèmes de conversion de retour ligne unix/windows. (merci à Pierre Martineau pour ces précisions)