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Paris le 02.02.17
Protéines aux substrats ADN ou ARN, en fonction du %GC du génome
codons
- Diagrammes pour 111 bactéries et 6 enzymes d'un total moyen de 6 550 aas chacune.
- Les diagrammes ont été construits dans Libreoffice/calc à partir du tableau des diagrammes des codons puis exportés au format png.
- Les légendes reportent le codon suivi de sa valeur à 75% de l'équation, puis de l'abscisse du maximum ( en %), du maximum de cette abscisse, et enfin en gras le coefficient de détermination R2. Les valeurs calculées le sont d'après les équations de tendances reportées sur le diagrammes. Le détail des calculs se trouve dans les Tableaux numériques.
- Les diagrammes sont construits en forçant l'ordonnée à l'origine à zéro ( case à cocher dans 'formater la courbe de tendance'). Aussi les diagrammes des codons se terminant par a ou t sont reportés en fonction du %AT et ceux des codons se terminant par g ou c en fonction du %GC.Seuls 2 codons, ttg et agg, sont reportés en %AT et tga en %GC, ceci en considérant toujours la tendance à la hausse pour forcer l'ordonnée à l'origine à zéro. Ces 3 codons sont en majuscule et en gras: TTG, AGG, TGA.
![]() ttt 288 95 ![]() ttc 231 96 ![]() tta 389 92 ![]() TTG 67 60% 119 76 |
![]() tct 137 86% 148 88 ![]() tcc 100 67% 107 87 ![]() tca 120 89 ![]() tcg 138 85 |
![]() tat 261 97 ![]() tac 172 83% 177 93 ![]() taa 5 75% 5 84 ![]() tag 1 49 |
![]() tgt 51 85 ![]() tgc 40 64% 48 87 ![]() TGA 3 73 ![]() tgg 89 97 |
![]() ctt 112 63% 153 81 ![]() ctc 289 84 ![]() cta 53 71% 54 76 ![]() ctg 351 71% 357 88 |
![]() cct 98 68% 104 94 ![]() ccc 140 73 ![]() cca 106 74% 106 85 ![]() ccg 213 82% 220 88 |
![]() cat 91 73% 91 91 ![]() cac 131 96 ![]() caa 174 80% 178 88 ![]() cag 202 68% 213 96 |
![]() cgt 71 56% 134 74 ![]() cgc 359 94 ![]() cga 19 61% 28 57 ![]() cgg 131 70 |
![]() att 369 91 ![]() atc 295 73% 296 94 ![]() ata 259 69 ![]() atg 135 51% 168 98 |
![]() act 137 82% 142 89 ![]() acc 238 77% 238 93 ![]() aca 129 78% 129 88 ![]() acg 105 69% 110 83 |
![]() aat 399 97 ![]() aac 162 66% 171 95 ![]() aaa 622 96 ![]() aag 314 85% 325 92 |
![]() agt 78 88 ![]() agc 56 61% 75 86 ![]() aga 150 71 ![]() AGG 19 59% 36 31 |
![]() gtt 198 68% 211 94 ![]() gtc 328 92 ![]() gta 138 70% 143 89 ![]() gtg 230 70% 236 91 |
![]() gct 148 66% 170 91 ![]() gcc 405 93 ![]() gca 129 67% 141 93 ![]() gcg 287 88 |
![]() gat 320 70% 329 97 ![]() gac 447 97 ![]() gaa 391 67% 420 95 ![]() gag 513 92 |
![]() ggt 156 63% 183 90 ![]() ggc 419 96 ![]() gga 157 78% 159 85 ![]() ggg 63 64% 70 71 |
Comparaison entre diagrammes
- Diagramme corcodon, de la moyenne d'un codon en fonction de sa corrélation moyenne avec les autres codons. Voir son tableau numérique.
- Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en AT de son génome. Pour les codons xxa ou xxt. Voir les tableaux numériques de ces codons.
- Diagramme du coefficient de corrélation (X100) d'un codon en fonction de son paramètre diag de son diagramme en fonction du contenu en GC de son génome. Pour les codons xxg ou xxc. Voir les tableaux numériques de ces codons.
![]() corcodon |
![]() cordiag-at |
![]() cordiag-gc |
acides aminés
- Les diagrammes sont construits avec le tableau des diagrammes des aas
![]() Ala 99 ![]() Cys 89 ![]() Asp 99 ![]() Glu 99 ![]() Phe 97 |
![]() Gly 99 ![]() His 99 ![]() Ile 97 ![]() Lys 95 ![]() Leu 99 |
![]() Met 98 ![]() Asn 92 ![]() Pro 99 ![]() Gln 98 ![]() Arg 99 |
![]() Ser 98 ![]() Thr 99 ![]() Val 99 ![]() Trp 99 ![]() Tyr 98 |
Comparaison entre acides aminés et codons
- Diagramme coraa, moyenne d'un aa en fonction de sa corrélation moyenne en corrélation avec les autres aas.
- Diagramme de la répartition des fréquences des corrélations des aas entre eux et de celle des codons entre eux. Voir les tableaux des fréquences.
- Tableaux triés des corrélations entre codons et aas.
![]() Moyenne des aas et leurs corrélations moyennes (coraa) |
![]() Répartition des corrélations codons et aas |
![]() Fréquences des corrélations entre codons |
![]() Tableau trié des corrélations entre aas |
![]() Fréquences des corrélations entre aas |
![]() Répartition des corrélations entre codons |
![]() Répartition des corrélations entre aas |
![]() Tableau trié des corrélations entre codons |
Corrélations entre bactéries et conformation des protéines
Conformation par le nombre d'aas et de codons
- Voir les tableaux numériques
aas codons codons bbc,g codons bbt,a
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g. |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a. |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre d'aas: pente |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons: pente |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbc,g: pente |
![]() Évolution de la conformation des protéines par le nombre de codons bbt,a: pente |
Exemples de conformations de couples de bactéries aux contenus en GC très proches
- Voir tableaux numériques
![]() bbc,g: eal-lfc |
![]() bbc,g: aae-bae |
![]() bbt,a: thl-lat |
![]() bbt,a: chp-spl |
![]() aas: hth-lpl |
![]() aas: din-say |
Fréquences des corrélations entre bactéries
![]() Fréquences des corrélations entre bactéries/codons |
![]() Distribution des corrélations entre bactéries/codons |
![]() Distribution des corrélations entre bactéries/aas |
Comparaison entre protéines aux petits substrats du métabolisme central et protéines à substrats ADN ou ARN
![]() ttt et ttc ![]() tta et ttg ![]() ctt et ctc ![]() cta et ctg |
![]() att et atc ![]() ata et atg ![]() gtt et gtc ![]() gta et gtg |
![]() tct et tcc ![]() tca et tcg ![]() cct et ccc ![]() cca et ccg |
![]() act et acc ![]() aca et acg ![]() gct et gcc ![]() gca et gcg |
![]() tat et tac ![]() taa et tag ![]() cat et cac ![]() caa et cag |
![]() aat et aac ![]() aaa et aag ![]() gat et gac ![]() gaa et gag |
![]() tgt et tgc ![]() tga et tgg ![]() cgt et cgc ![]() cga et cgg |
![]() agt et agc ![]() aga et agg ![]() ggt et ggc ![]() gga et ggg |
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