National Center for Biotechnology Information

Le National Center for Biotechnology Information (NCBI, « Centre américain pour les informations biotechnologiques ») est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire.

Le logo du NCBI évoque la double spirale de l'ADN.

Cet organisme, fondé en 1988 et situé à Bethesda dans le Maryland, fait partie de la Bibliothèque américaine de médecine, un des Instituts américains de la santé.

Missions

Le NCBI conduit des recherches dans la biologie informatique, développe des logiciels pour analyser des données de génome et fournir des informations biomédicales.

Le NCBI n'est pas une base de données, mais il développe aussi des bases de données publiques telles que :

  • GenBank
  • dbSNP
  • RefSeq
  • PubMed

Il est en quelque sorte le pendant américain de l’Institut européen de bio-informatique (EBI).

Le NCBI propose et contient une base de données NCBI taxonomy qui n'est qu'indicative. Le site internet du NCBI précise que cette base n'est pas une source fiable pour la nomenclature ou de classification, et qu'il faut consulter la littérature scientifique pertinente pour les informations les plus fiables[1]. La taxonomie du NCBI représente environ 10 % des espèces vivantes de la planète. Cette taxonomie est une classification curée et se propose comme une nomenclature organisée pour les séquences d'organismes dans des bases de données publiques[2]. Le TaxID (identifiant unique dans la taxonomie du NCBI) sert de lien entre les trois bases de données du International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, « Collaboration internationale en bases de données de séquences nucléotidiques ») [3] dont sont membres la DNA Data Bank of Japan (DDBJ), le NCBI (USA) and l'Institut Européen de Bio-Informatique (EMBL-EBI, Europe)[4].

Notes et références

  1. (en) « Disclaimer: The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information. » (Voir bas de page sur cet exemple de recherche.)
  2. « Home - Taxonomy - NCBI », sur www.ncbi.nlm.nih.gov (consulté le 30 août 2017)
  3. (en) Scott Federhen, Karen Clark, Tanya Barrett et Helen Parkinson, « Toward richer metadata for microbial sequences: replacing strain-level NCBI taxonomy taxids with BioProject, BioSample and Assembly records », Standards in Genomic Sciences, vol. 9, no 3,‎ , p. 1275 (ISSN 1944-3277, DOI 10.4056/sigs.4851102, lire en ligne)
  4. (en) « International Nucleotide Sequence Database Collaboration | INSDC », sur www.insdc.org (consulté le 30 août 2017)

Voir aussi

Articles connexes

  • Entrez, le système global de recherches inter-bases de données du NCBI.
  • BLAST, un logiciel du NCBI, permettant la comparaison de séquences de nucléotides et de protéines.
  • La liste des pages Wikipédia décrivant un taxon utilisant une référence au NCBI.

Liens externes

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