Virus de l'immunodéficience simienne

Le virus d'immunodéficience simienne (VIS, SIV en anglais, pour Simian Immunodeficiency Virus) est un rétrovirus ayant de nombreuses souches et touchant exclusivement une quarantaine d'espèces de primates non humains. Ce virus est responsable du syndrome d'immunodéficience acquise du singe (SIDAS). On pensait que les souches naturellement présentes chez une espèce n'entraînaient aucune maladie chez cette dernière, jusqu'à la découverte de symptômes du sidas en phase terminale chez le chimpanzé Pan troglodytes schweinfurth[1] [Passage contradictoire] .

Virus de l'immunodéficience
simienne
Légende
Classification
Type Virus
Groupe Groupe VI
Famille Retroviridae
Genre Lentivirus

Espèce

'Virus de l'immunodéficience simienne'
— auteur incomplet —, date à préciser

Arbre phylogénétique

L'arbre phylogénétique du VIH est le suivant :

VIScpzPts, Pan troglodytes schweinfurthii, chimpanzé d’Afrique de l’Est, 25 % (EF394356 Tanzanie 2000)[2]


VISgor Gorilla gorilla gorilla, Gorille des plaines de l'Ouest

VIH-1 type O, 41 % (JX245015 Gabon 2011) [3]

VIH-1 type P, 34 % (GU111555 France 2009) [4]

VIScpzPtt, Pan troglodytes troglodytes, chimpanzé d’Afrique centrale de l’Ouest

VIH-1 type N, 51 % (KY498771 Cameroun 2015)[5]

VIH-1 type M, 76% (HIVU76035 RDC 1976)


VIH-1 M ss-type A, 81 % (KX389622 Nigeria 2009) [6]

VIH-1 M ss-type A, (DRC60 Léopoldville 1960) [7]

VIH-1 M ss-type B, 84 % (KY778422 USA 2013) [8]

VIH-1 M ss-type C, 93 % (HIVU46016 Ethiopie 1986)

VIH-1 M ss-type C, 100 % (MW262773 USA 2019) [9]

VIH-1 M ss-type D, 76 % (MF109713 UK 2013) [10]

VIH-1 M ss-type D, (ZR59 Léopoldville 1959) [7]

VIH-1 M ss-type F, 82 % (MT417762 Belgique 2019) [11]

VIH-1 M ss-type G, 85 % (MK254637 China 2016) [12]

VIH-1 M ss-type H, 84 % (KU168273 RDC 2004) [13]

VIH-1 M ss-type J, 82 % (GU237072 Cameroun 2004) [14]

VIH-1 M ss-type K, 82 % (AJ249235 RDC 1997) [15]

VIH-1 M ss-type L, 82 % (MN271384 RDC 2001) [16]

VIH-1 M ss-type U, 83 % (MN736708 Slovénie 2016) [17]

VISsmm Cercocebus atys atys, Singe vert mangabey[18]

VIH-2, proche à 0 % du VIH-1 (AB485670, Côte d'Ivoire)[19]



Histoire

Il a été établi que les deux types de VIH entraînant le sida chez l'Homme sont apparus à la suite de mutations lors de son passage du singe à l'Homme. Le passage aurait eu lieu dans la première moitié du XXe siècle.

Le SIV n'a été découvert qu'en 1985 - chez un macaque rhésus souffrant du SIDAS - soit après la découverte du VIH.

Il a maintenant été établi que l'origine du VIH-2 est le SIVsmm du mangabey enfumé (Cercocebus atys) en Afrique de l'Ouest.

À l'origine du VIH-1, groupes M et N, le SIVcpzPtt. Il est toujours présent dans les populations des chimpanzés de l’Afrique Centrale de l’ouest (Pan troglodytes troglodytes) du Sud Cameroun. Le gorille de l’Ouest (Gorilla gorilla gorilla) est infecté par un virus, SIVgor, proche du VIH-1 groupe O. (Phylogénie des SIV et des VIH Mieux comprendre l’origine des VIH_ Martine Peeters, Marie-Laure Chaix, Eric Delaporte, MEDECINE/SCIENCES 2008 ; 24 : 621-8)

Syndrome d'immunodéficience acquise simien

Le SIDAS est la version simienne du sida. Il apparaît lorsqu'une espèce est contaminée par le SIV, et peut se développer au sein d'une nouvelle espèce, par le phénomène de franchissement des barrières d'espèce [Passage contradictoire] . Par exemple, la souche SIVsm du singe mangabé enfumé (Cercocebus atys) d'Afrique de l'Ouest est la cause du sida simien chez le macaque rhésus. De nombreuses espèces de singes d'Afrique sont porteuses du SIV sans développer de sidas.

Béatrice Hahn de l'Université d'Alabama a montré que les chimpanzés pouvaient mourir du syndrome d'immunodéficience acquise simien (SIDAS). Elle aurait également montré que l'épidémie de sida en Afrique était la cause d'une mortalité accrue chez les populations de chimpanzés[20]. En Pandrea I, Silvestri G, Apetrei C. avaient déjà exprimé leur questionnement sur ce point dans AIDS in african nonhuman primate hosts of SIVs: a new paradigm of SIV infection. Curr HIV Res. 2009 Jan;7(1):57-72..

Recherche

Une étude des virus des singes (le Mandrillus leucophaeus) de l’île de Bioko en 2010 montre que la souche virale du SIDAS aurait un âge compris entre 32 000 ans et 74 000 ans, voire beaucoup plus, et non pas quelques centaines d'années comme on l'imaginait alors[21].

Le VIH-1 ne provoquant le sida que chez l'homme (ce qui a été démenti par les découvertes plus récentes de Béatrice Hahn[réf. souhaitée]), les chercheurs ne disposaient pas de modèle animal pour tester des médicaments par exemple. Dès 1992, plusieurs équipes se sont intéressées à la création de virus hybrides couplant le VIS et le VIH-1 qui pallierait cette difficulté : Klaus Überla produit en 1995 un virus hybride - RT-SHIV - capable d'induire le syndrome du sidas chez des macaques rhésus[22].

Notes et références
  1. « Les chimpanzés sauvages souffrent d'une forme de sida » Olivier Donnars, La Recherche
  2. (en) J. Takehisa, « Generation of infectious molecular clones of simian immunodeficiency virus from fecal consensus sequences of wild chimpanzees », J. Virol.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  3. (en) F. Liegeois, « HIV type-1 group O infection in Gabon: low prevalence rate but circulation of genetically diverse and drug-resistant HIV type-1 group O strains », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  4. (en) JC Plantier, « A new human immunodeficiency virus derived from gorillas », Nat. Med.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  5. (en) M.A. Rodgers, « Identification of rare HIV-1 Group N, HBV AE, and HTLV-3 strains in rural South Cameroon », Virology,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  6. (en) R.A. Heipertz,, « Significant contribution of subtype G to HIV-1 genetic complexity in Nigeria identified by a newly developed subtyping assay specific for subtype G and CRF02_AG », Medicine,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  7. (en) MG Berg, « A high prevalence of potential HIV elite controllers identified over 30 years in Democratic Republic of Congo », EBio Medicine,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  8. (en) B. Hiener, « Identification of Genetically Intact HIV-1 Proviruses in Specific CD4(+) T Cells from Effectively Treated Participants. », Cell. Rep.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  9. (en) F.R. Simonetti, « Antigen-driven clonal selection shapes the persistence of HIV-1 infected CD4+ T cells in vivo », J Clin Invest,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  10. (en) G. Yebra, « A high HIV-1 strain variability in London, UK, revealed by full-genome analysis: Results from the ICONIC project », PLoS ONE,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  11. (en) L. Hebberecht, « Characterizing viruses involved in local HIV transmission using near full-length genome sequencing », Unpublished,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  12. (en) T. Li, « HIV-1 isolate 10818 from China, complete genome », Department of AIDS Research, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  13. (en) M.G. Berg, « A Pan-HIV Strategy for Complete Genome Sequencing », J. Clin. Microbiol.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  14. (en) J. Yamaguchi, « Near full-length sequence of HIV type 1 subtype J strain 04CMU11421 from Cameroon. », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  15. (en) K. Triques, « Near-full-length genome sequencing of divergent African HIV type 1 subtype F viruses leads to the identification of a new HIV type 1 subtype designated K », AIDS Res. Hum. Retroviruses,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  16. (en) J. Yamaguchi, « Complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L », J. Acquir. Immune Defic. Syndr.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  17. (en) M.M. Lunar, « HIV-1 Unique Recombinant Forms Identified in Slovenia and Their Characterization by Near Full-Length Genome Sequencing », Viruses,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  18. Jacques Pépin, Aux origines du SIDA, Seuil, 2019, p. 318
  19. (en) N. Takekawa, « A comprehensive panel of infectious molecular clones derived from HIV isolates of BBI subtype infectivity panel », Unpublished,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  20. (en) Study Finds Chimps Die From Simian AIDS, Dispelling Widely Held Belief Article de Lawrence K. Altman dans le New York Times, 22 juillet 2009
  21. (en) Michael Worobey & al, « Island Biogeography Reveals the Deep History of SIV », Science, vol. 329, no 5998,‎ (DOI 10.1126/science.1193550, lire en ligne)
  22. Vers un modèle animal pour le sida ? Article de Klaus Überla dans la Recherche

Lien externe
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