TCDB

TCDB, de l'anglais Transporter Classification DataBase, est une base de données bio-informatique des protéines de transport membranaire, y compris les canaux ioniques[1],[2],[3]. Sa classification est approuvée par l'IUBMB, et est construire de manière semblable à celle de la nomenclature EC des enzymes. Elle comprend neuf classes de premier niveau, elles-mêmes subdivisées en sous-classes de deuxième niveau, puis en superfamilles, familles et substrats.

Les neuf classes TCBD sont ainsi :

  1. Canaux ioniques et pores
  2. Transporteurs activés par potentiel électrochimique
  3. Transporteurs actifs directs (primaires)
  4. Translocateurs de groupes
  5. Transporteurs de molécules de transfert d'électrons
  6. Classe réservée pour extensions futures
  7. Classe réservée pour extensions futures
  8. Facteurs annexes impliqués dans le transport
  9. Systèmes de transport partiellement caractérisés

Notes et références
  1. (en) Milton H. Saier Jr, Vamsee S. Reddy, Dorjee G. Tamang et Åke Västermark, « The Transporter Classification Database », Nucleic Acids Research, vol. 42, no D1,‎ , D251-D258 (PMID 24225317, PMCID 3964967, DOI 10.1093/nar/gkt1097, lire en ligne)
  2. (en) Milton H. Saier Jr, Ming Ren Yen, Keith Noto, Dorjee G. Tamang et Charles Elkan, « The Transporter Classification Database: recent advances », Nucleic Acids Research, vol. 37, no Supplement 1,‎ , D274-D278 (PMID 19022853, PMCID 2686586, DOI 10.1093/nar/gkn862, lire en ligne)
  3. (en) Milton H. Saier Jr, Can V. Tran et Ravi D. Barabote, « TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information », Nucleic Acids Research, vol. 34, no Supplement 1,‎ , D181-D186 (PMID 16381841, PMCID 1334385, DOI 10.1093/nar/gkj001, lire en ligne)

Annexes
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