Royaume (virologie)

En virologie, le royaume est le rang taxonomique le plus élevé établi par l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV, Comité international de taxonomie des virus), qui supervise la taxinomie des virus. Quatre royaumes viraux sont reconnus et caractérisés par des traits spécifiques hautement conservés :

Duplodnaviria, qui contient tous les virus à ADN bicaténaire (ADNbc) codant la protéine de capside HK97,
Monodnaviria, qui contient tous les virus à ADN monocaténaire (ADNmc) codant une superfamille d'endonucléases HUH et leurs descendants,
Riboviria, qui contient tous les virus à ARN qui codent l'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) et tous les virus qui codent la transcriptase inverse (RT), et
Varidnaviria, qui contient tous les virus à ADNbc qui codent une protéine de capside à repliement jelly roll vertical.

Histoire

Avant le XXI^e siècle, on croyait que les relations évolutives profondes entre les virus ne pourraient pas être découvertes en raison de leur taux de mutation élevé et du petit nombre de gènes impliqués rendant plus difficile la découverte de ces relations. Pour cette raison, de 1991 à 2017, le rang taxinomique le plus élevé dans la classification des virus était l'ordre. Au XXI^e siècle, cependant, diverses méthodes ont été développées qui ont permis d'étudier ces relations évolutives plus profondes, y compris la métagénomique, qui a identifié de nombreux virus non identifiés auparavant, et la comparaison de traits hautement conservés, conduisant au désir d'établir une taxinomie des virus à un niveau supérieur[1].

Lors de deux votes en 2018 et 2019, l'ICTV a décidé d'adopter un système de classification des virus à 15 rangs, allant du royaume à l'espèce[1]. Quatre royaume ont été établis : Riboviria en 2018 sur la base d'une analyse phylogénétique des polymérases dépendant de l'ARN (RdRp) qui sont monophylétiques[2]^,[3], Duplodnaviria en 2019 sur la base de preuves croissantes que les bactériophages à queue et les Herpesviridae partagent de nombreux traits[4]^,[5], Monodnaviria en 2019 après la résolution de la relation et de l'origine des virus à ADN CRESS[6]^,[7] et Varidnaviria en 2019 sur la base des caractéristiques communes des virus membres[8]^,[9].

Notes et références

(en) International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee, « The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks », Nat Microbiol, vol. 5, n^o 5,‎ mai 2020, p. 668–674 (DOI 10.1038/s41564-020-0709-x, lire en ligne).
(en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for realm Riboviria » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18 octobre 2019.
(en) « ICTV Taxonomy history: Riboviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, février 2019 (consulté le 21 janvier 2021).
(en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.
(en) « ICTV Taxonomy history: Duplodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).
(en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for ssDNA viruses » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.
(en) « ICTV Taxonomy history: Monodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).
(en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.
(en) « ICTV Taxonomy history: Varidnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).

Voir aussi

Articles connexes

Classification des virus

Liens externes

(en) « The International Code of Virus Classification and Nomenclature (Code international de classification et de nomenclature des virus) », sur talk.ictvonline.org, octobre 2018 (consulté le 18 janvier 2021).

Portail de la virologie

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[exec-1] (en) International Committee on Taxonomy of Viruses Executive Committee, « The New Scope of Virus Taxonomy: Partitioning the Virosphere Into 15 Hierarchical Ranks », Nat Microbiol, vol. 5, n^o 5,‎ mai 2020, p. 668–674 (DOI 10.1038/s41564-020-0709-x, lire en ligne).

[ribo-2] (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for realm Riboviria » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18 octobre 2019.

[3] (en) « ICTV Taxonomy history: Riboviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, février 2019 (consulté le 21 janvier 2021).

[duplo-4] (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal/primary taxonomic ranks, for dsDNA viruses encoding HK97-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.

[5] (en) « ICTV Taxonomy history: Duplodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).

[mono-6] (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for ssDNA viruses » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.

[7] (en) « ICTV Taxonomy history: Monodnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).

[vari-8] (en) « Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for DNA viruses encoding vertical jelly roll-type major capsid proteins » [docx], sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, 18 octobre 2019.

[9] (en) « ICTV Taxonomy history: Varidnaviria », sur talk.ictvonline, International Committee on Taxonomy of Viruses, mars 2020 (consulté le 21 janvier 2021).