Liste des sites Natura 2000 de France

La France s'est dotée d'outils réglementaires efficaces à partir de 2001, au moyen de deux décrets :

1. décret n^o 2001-1031 du 8 novembre 2001[2] relatif à la procédure de désignation des sites Natura 2000 et modifiant le code rural (articles R. 214-15 à R. 214-22) ;
2. décret n^o 2001-1216 du 20 décembre 2001[3] relatif à la gestion des sites Natura 2000 et modifiant le code rural (articles R. 214-23 à R. 214-39).

Historiquement, après une période de « gel » de la procédure de désignation des sites[N 1], une réflexion nationale a permis de déterminer la méthode de désignation à mettre en œuvre en France, en application de la directive n^o 92/43/cee[4] et de la directive n^o 2009/147/ce[5], selon des règles de désignation (et de gestion) traduites dans le droit français dans une section spécifique du Code de l'environnement (France)[6].

Le réseau de sites Natura 2000 français a été particulièrement long à se mettre en place, souvent du fait des polémiques et du mauvais accueil réservé à ce qui a été perçu comme une confiscation des terres. Aussi la Cour de justice des Communautés européennes a sanctionné la France à trois reprises, malgré des avancées significatives, pour le retard pris dans la constitution du réseau Natura 2000[7] :

• une première fois le 6 avril 2000, pour le retard pris par la France dans la transposition en droit national des deux directives Habitats et Oiseaux[8] ;
• le 11 septembre 2001, pour insuffisance de propositions de zones spéciales de conservation (ZSC)[9] ;
• le 26 novembre 2002, pour insuffisance de désignation de zones de protection spéciale (ZPS)[10], notamment pour ne pas avoir classé une superficie suffisante de la plaine des Maures (département du Var) en ZPS.

À la suite de ces deux condamnations, les rapports entre la France et la Commission européenne sont devenus plus difficiles encore lorsque cette dernière a envoyé en 2004 à l’État français une mise en demeure, puis un avis motivé lui demandant de compléter rapidement son réseau de sites. Cet avis était assorti de menaces de sanctions, notamment de suspension des fonds structurels européens pour les régions qui ne se mettraient pas en conformité avec la directive Habitats[7].

Pour respecter ses engagements et éviter cette condamnation, la France a transmis en 2006 à la Commission européenne plus de 400 dossiers, se traduisant par un accroissement de la surface du réseau de + 14 % au titre de la directive Habitats-faune-flore et de + 167 % au titre de la directive Oiseaux. Cet effort considérable permet à la France de présenter, au 30 avril 2006, un réseau plus cohérent au regard des enjeux de sauvegarde de la biodiversité de son territoire.

En septembre 2007, le réseau français de sites Natura 2000 comptait 1 705 sites couvrant 6,8 millions d'hectares (hors milieux marins), soit 12,4 % du territoire métropolitain terrestre, comprenant[11] :

• 1 334 sites d'intérêts communautaires (SIC) proposés, soit 4,6 millions d'hectares ;
• 371 zones de protection spéciales (ZPS) représentant 4,3 millions d'hectares.

La liste des sites français a été validée par la Commission européenne le 21 mars 2007[12], qui a classé définitivement les deux derniers contentieux pour insuffisance de désignation de sites Natura 2000 en France.

La forêt joue un grand rôle dans le réseau[13] car présentant encore de grandes surfaces, et abritant de nombreux habitats naturels et espèces. De nombreuses forêts publiques, gérées par l'Office national des forêts comprennent des zones Natura 2000. Les forestiers privés ont en France manifesté leur réticence lors de la création du réseau. La Fédération Nationale des Communes Forestières s'est dotée d'une Chargée de mission sur le thème « Biodiversité et Natura 2000 » et promeut[14] « les peuplements mélangés, préserver les sols, adapter le calendrier des coupes et travaux, garder du bois mort et des vieux arbres, protéger les milieux ouverts et les zones humides »[14].

En décembre 2018, le réseau Natura 2000 compte en France 1 779 sites dont 212 sites marins, comprenant :

• 402 zones de protection spéciale (ZPS) pour les oiseaux ;
• 1 377 zones spéciales de conservation (ZSC) pour les habitats et les espèces.

La superficie totale est de 200 364 km², ce qui représente 12,9 % de la surface terrestre et marine du territoire de la France[1].

Chaque site Natura 2000 est géré par une « structure porteuse » désignée lors de la création du site. Il ne peut s'agir que d'une collectivité territoriale ou d'un groupement de collectivités territoriales concerné(e) par le site. Si aucune collectivité ne s'engage, c'est le préfet qui le prend en charge. Un comité de pilotage (dit Copil), équivalent du comité consultatif d'une réserve naturelle, doit veiller à la bonne application du droit et au bon déroulement de la gestion du site. Il regroupe des représentants des acteurs en présence sur le site : associations, agriculteurs, collectivités, pouvoirs publics, chasseurs, pêcheurs, etc.

La structure porteuse doit élaborer un document d'objectifs (couramment appelé DOCOB), Celui-ci dresse l'état des lieux naturels et socio-économiques et établit les objectifs de gestion du site, pour la conservation du patrimoine naturel, l'information et la sensibilisation du public, le travail réalisé en collaboration avec les acteurs locaux. Le DocOb comprend un échéancier des actions prévues. La rédaction peut être confiée à un tiers, le rédacteur du DocOb est appelé « Opérateur ». Sur le terrain, le suivi des actions réalisées peut être confié à une autre entité qui sera qualifiée de « structure animatrice »[18].

Le document d'objectifs d'un site est mis à la disposition du public dans toutes les mairies situées sur le territoire du site en question.

Les propriétaires fonciers peuvent s'engager sur des actions prévues dans une « charte Natura 2000 », tandis que les exploitants et autres ayants-droit peuvent s'engager sur des « contrats », enfin les travaux sans rapport avec la protection de la nature sont soumis à des « études d'incidence ».

Contrats Natura 2000

L'entretien des haies fait partie des objectifs de certains contrats Natura 2000 visant à conserver le bocage traditionnel, ici dans le Boulonnais, Pas-de-Calais, France.

Il existe 3 types de contrat Natura 2000 : agricoles, forestier ou « ni-ni ».

Pour les terres agricoles ce sont les MAEC, « Mesures agro-environnementales et climatiques » (appelées MAET avant 2013, ou CAD avant 2007). Un contrat Natura 2000 indique la liste des « bonnes pratiques agro-environnementales » que le contractant s'engage à appliquer, ainsi que le descriptif des engagements qui, allant au-delà de ces bonnes pratiques, ouvrent droit à une contrepartie financière.

Les mesures agro-environnementales visent souvent à maintenir des pratiques agricoles anciennes, favorables à la biodiversité, comme le pâturage extensif, l'entretien du bocage ou de mares.

Le financement est assuré en partie par l'État et par l'Union européenne via le second pilier de la PAC et le FEADER garé par les régions. La rémunération du contractant est versée par l'Agence de Service et de Paiement (fusion en 2009 du CNASEA (Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles) et de l'Agence unique de paiement).