Duke Nukem: Zero Hour

Duke Nukem est appelé par le gouvernement : Les aliens tentent une nouvelle fois d'envahir la terre. Duke Nukem met fin à cette invasion en les combattant avec l'aide de marines dans les rues de New York et sur le site de la statue de la Liberté. C'est ici que Duke Nukem découvre le véritable plan des aliens : aller dans le passé pour changer l'histoire de la terre afin de la rendre plus vulnérable dans le présent. Cependant, durant le combat, Duke Nukem se retrouve téléporté dans le futur.

Dans le futur décrit par cette période, les humains sont au bord de l'extinction : les aliens ont gagné. Duke Nukem doit combattre de nouveaux type d'ennemis, aliens ou encore zombies, qui ne sont autres que les humains n'ayant pas survécu à l'hiver nucléaire. Duke Nukem rencontre une résistance de combattants ayant pris leurs quartiers dans ce qui était le siège de l'armée des États-Unis, à New York. Duke Nukem apprend que les aliens sont bien en train de modifier le cours de l'histoire à leur avantage, et qu'il devra se battre pour les en empêcher. Pour cela, il apprend également que les humains ont construit leur propre modèle de machine à voyager dans le temps, afin d'envoyer un guerrier dans le passé, et ainsi redresser le cours de l'histoire. Voila comment Duke Nukem se retrouve envoyé dans le Far West.

Le but des aliens à cette époque est de priver la Terre de ses ressources. Duke Nukem doit s'adapter aux armes de l'époque, même si quelques armes modernes ont pu être envoyées par ses alliés. Les aliens ont commencé la création de super soldats afin de combattre Duke Nukem et ses alliés du futur. Il détruisit un vaisseau contenant des supers soldats avant de se rendre à Roswell, sa destination. C'est dans ce lieu qu'il met fin au projet des aliens, et élimine le Général Custer, un humain chargé des opérations. Duke Nukem apprend alors que le passé des États-Unis n'est pas le seul à avoir été modifié, et que Londres Victorienne l'est aussi.

Durant cette période (Londres en 1888), des armes biologiques ont été créées par les aliens. Les zombies jonchent les rues, et des "cerveaux" volent dans les airs. Duke Nukem doit combattre un clone^{[précision nécessaire]} dans un château investi par les aliens, à la suite de l'explosion du ballon dirigeable dans lequel il était monté. C'est aussi dans ce château que Duke Nukem doit combattre l'alien chargé de toute l'opération : un cerveau géant. Après l'élimination de la menace, une faille dans le continuum espace-temps apparait, et tous les aliens se donnent rendez-vous dans le temps présent à New York afin de tenter une frappe désespérée pour détruire l'Humanité

Duke Nukem s'infiltre dans le vaisseau Extraterrestre, combat des vagues d'aliens afin d'affronter le commanditaire du plan : Zero. Duke Nukem utilise les technologies aliens contre eux-mêmes afin d'éradiquer toute menace, dont Zero, qu'il combat au sommet des gratte-ciel. Tout revient alors dans l'ordre, et Duke Nukem peut alors profiter de sa "récompense".